cgi-bin/ctsim.cgi.in

   1 #!/usr/bin/perl
   2 # @configure_input@
   3
   4 use strict;
   5 use CGI;
   6 use File::Basename;
   7 use Fcntl ':flock';
   8
   9 require './ctsim.conf';
  10
  11 my $opt_d = 0;
  12 $ENV{'PATH'} = "$::bindir:$::lamrundir:/bin";
  13
  14 my $fromhost = $ENV{'REMOTE_HOST'};
  15
  16 my $gmt_start = time();
  17 my $gmt_end;
  18 my $execution_time;
  19
  20 my %in;
  21 CGI::ReadParse(\%in);
  22
  23 # Incoming variables
  24 #   Phantom_Name, Phantom_Nx, Phantom_Ny, Phantom_NSample
  25 #   PJ_NDet, PJ_NRot, PJ_NRay, PJ_RotAngle,
  26 #   IR_Nx, IR_Ny, IR_Filter, IR_Filter_Param
  27
  28 my $error = "";
  29
  30 if ($::single_process_only > 0) {
  31   my @processes = `/bin/ps -A`;
  32   my $running = 0;
  33   foreach my $p (@processes) {
  34     if ($p =~ m/ctsimtext/) {
  35       $error .= "Another online simulation is currently running.<br>You may wait a moment and then click your browser's <b>Refresh</b> button to resubmit your simulation<br>";
  36       last;
  37     }
  38   }
  39 }
  40
  41 my $Phantom_Name = FilterMetaChars($in{'Phantom_Name'});
  42 my $Phantom_Nx = FilterToNumber($in{'Phantom_Nx'});
  43 my $Phantom_Ny = FilterToNumber($in{'Phantom_Ny'});
  44 my $Phantom_NSample = FilterToNumber($in{'Phantom_NSample'});
  45 $error .= "Phantom name must not be blank<br>" if ($Phantom_Name eq "");
  46 $error .= "Phantom NX and NY must be between 5 and 512<br>" if ($Phantom_Nx < 5 || $Phantom_Nx > 512 || $Phantom_Ny < 5 || $Phantom_Ny > 512);
  47 $error .= "Phantom NSample must be between 1 and 5<br>" if ($Phantom_NSample < 1 || $Phantom_NSample > 5);
  48
  49 my $PJ_Geometry = FilterMetaChars($in{'PJ_Geometry'});
  50 my $PJ_NDet = FilterToNumber($in{'PJ_NDet'});
  51 my $PJ_NRot = FilterToNumber($in{'PJ_NRot'});
  52 my $PJ_FocalLength = FilterToNumber($in{'PJ_FocalLength'});
  53 my $PJ_NRay = FilterToNumber($in{'PJ_NRay'});
  54 my $PJ_RotAngle = FilterToNumber($in{'PJ_RotAngle'});
  55 $error .= "Projection NDet must be between 5 and 1000<br>" if ($PJ_NDet < 5 || $PJ_NDet > 1000);
  56 $error .= "Projection NRot must be between 5 and 1000<br>" if ($PJ_NRot < 5 || $PJ_NRot > 1000);
  57 $error .= "Projection NRay must be between 1 and 5<br>" if ($PJ_NRay < 1 || $PJ_NRay > 5);
  58 $error .= "Projection RotAngle must be between 0.1 and 2<br>" if ($PJ_RotAngle < 0.1 || $PJ_RotAngle > 2);
  59 $error .= "Focal length must be between 1.01 and 10<b>" if ($PJ_FocalLength <= 1 || $PJ_FocalLength > 10);
  60
  61 #my $IR_Nx = FilterToNumber($in{'IR_Nx'});
  62 #my $IR_Ny = FilterToNumber($in{'IR_Ny'});
  63 my $IR_Nx = $Phantom_Nx;
  64 my $IR_Ny = $Phantom_Ny;
  65 my $IR_FilterMethod = FilterMetaChars($in{'IR_FilterMethod'});
  66 my $IR_Zeropad = FilterToNumber($in{'IR_Zeropad'});
  67 my $IR_Filter = FilterMetaChars($in{'IR_Filter'});
  68 my $IR_Filter_Param = FilterToNumber($in{'IR_Filter_Param'});
  69 my $IR_Interp = FilterMetaChars($in{'IR_Interp'});
  70 my $IR_Backproj = FilterMetaChars($in{'IR_Backproj'});
  71
  72 my $Disp_Min = "auto";
  73 my $Disp_Max = "auto";
  74 $Disp_Min = FilterToNumber($in{'Disp_Min'}) if ($in{'Disp_Min'} ne "auto" && $in{'Disp_Min'} ne "");
  75 $Disp_Max = FilterToNumber($in{'Disp_Max'}) if ($in{'Disp_Max'} ne "auto" && $in{'Disp_Max'} ne "");
  76 if ($Disp_Min ne 'auto' && ! ($Disp_Min =~ /^[\d\.\-]+$/)) {
  77     $error .= "Display Minimum must be 'auto' or numeric (received $Disp_Min) <br>";
  78 }
  79 if ($Disp_Max ne 'auto' && ! ($Disp_Max =~ /^[\d\.\-]+$/)) {
  80     $error .= "Display Maximum must be 'auto' or numeric (received $Disp_Max) <br>";
  81 }
  82
  83 my $MPI_Str = FilterMetaChars($in{'MPI'});
  84 my $MPI = 0;
  85 $MPI = 1 if ($MPI_Str eq "yes" && $::mpi_enable ne "");
  86
  87 $error .= "IR Nx and Ny must be between 5 and 1024<br>" if ($IR_Nx < 5 || $IR_Nx > 1024 || $IR_Ny < 5 || $IR_Ny > 1024);
  88 $error .= "IR Filter Parameter must be between 0 and 1<br>" if ($IR_Filter_Param < 0 || $IR_Filter_Param > 1);
  89
  90
  91 my $tmpid = $$;
  92 my $auto_window_img = "std0.1";
  93 my $auto_window_diff = "std1";
  94 my $auto_window_pj = "full";
  95 my $logfile = "$::jobdir/ctsim.log";
  96
  97 my $result_fname = "$::datadir/result-$tmpid.html";
  98 my $phantom_fname = "$::datadir/phantom-$tmpid.if";
  99 my $pj_fname = "$::datadir/pj-$tmpid.pj";
 100 my $ir_fname = "$::datadir/ir-$tmpid.if";
 101 my $pj_if_fname = "$::datadir/pj-$tmpid.if";
 102 my $sub_fname = "$::datadir/sub-$tmpid.if";
 103 my $phantom_png = "$::datadir/phantom-$tmpid.png";
 104 my $ir_png = "$::datadir/ir-$tmpid.png";
 105 my $pj_png = "$::datadir/pj-$tmpid.png";
 106 my $sub_png = "$::datadir/sub-$tmpid.png";
 107
 108 my $result_url = "$::url_datadir/result-$tmpid.html";
 109 my $phantom_png_url = "$::url_datadir/phantom-$tmpid.png";
 110 my $ir_png_url = "$::url_datadir/ir-$tmpid.png";
 111 my $pj_png_url = "$::url_datadir/pj-$tmpid.png";
 112 my $sub_png_url = "$::url_datadir/sub-$tmpid.png";
 113
 114 my $pjrec_ver = "$::bindir/ctsimtext pjrec";
 115 my $phm2pj_ver = "$::bindir/ctsimtext phm2pj";
 116 my $phm2if_ver = "$::bindir/ctsimtext phm2if";
 117 my $diff_ver = "$::bindir/ctsimtext if2";
 118
 119 $pjrec_ver = "/opt/lam/bin/mpirun N N $::lamrundir/pjrec-lam" if $MPI;
 120 $phm2pj_ver = "/opt/lam/bin/mpirun N N $::lamrundir/phm2pj-lam" if $MPI;
 121 $phm2if_ver = "/opt/lam/bin/mpirun N N $::lamrundir/phm2if-lam" if $MPI;
 122
 123 my $gp_cmd = "$phm2if_ver $phantom_fname $Phantom_Nx $Phantom_Ny --phantom $Phantom_Name --nsample $Phantom_NSample";
 124 my $pj_cmd = "$phm2pj_ver $pj_fname $PJ_NDet $PJ_NRot --phantom $Phantom_Name --nray $PJ_NRay --rotangle $PJ_RotAngle --geometry $PJ_Geometry --focal-length $PJ_FocalLength";
 125 my $pj_if_cmd = "$::bindir/pj2if $pj_fname $pj_if_fname";
 126 my $pjrec_cmd = "$pjrec_ver $pj_fname $ir_fname $IR_Nx $IR_Ny --filter $IR_Filter --filter-param $IR_Filter_Param --interp $IR_Interp --backproj $IR_Backproj --filter-method $IR_FilterMethod --zeropad $IR_Zeropad";
 127 my $sub_cmd = "$diff_ver $phantom_fname $ir_fname $sub_fname --sub";
 128 my $diff_cmd = "$diff_ver $phantom_fname $ir_fname --comp";
 129
 130 my $window_options = "--auto $auto_window_img";
 131 if ($Disp_Min ne 'auto') {
 132     $window_options .= " --min $Disp_Min";
 133 }
 134 if ($Disp_Max ne 'auto') {
 135     $window_options .= " --max $Disp_Max";
 136 }
 137
 138 my $png1_cmd = "$::bindir/ifexport $phantom_fname $phantom_png $window_options --stats --format png";
 139 my $png2_cmd = "$::bindir/ifexport $ir_fname $ir_png $window_options --stats --format png";
 140 my $png3_cmd = "$::bindir/ifexport $pj_if_fname $pj_png --auto $auto_window_pj --stats --format png";
 141 my $png4_cmd = "$::bindir/ifexport $sub_fname $sub_png --auto $auto_window_diff --stats --format png";
 142
 143 my $title = "CT Simulation Results";
 144
 145 my $out = head();
 146 $out .= "<HTML> <HEAD><TITLE> $title </TITLE></HEAD>\n";
 147 $out .= "<BODY  BGCOLOR=\"#FFFFFF\" TEXT=\"#000000\"  VLINK=\"#800020\" LINK=\"#0000FF\">\n";
 148 $out .= "<H1>$title</H1><HR>\n";
 149
 150 if ($opt_d) {
 151     $out .= "<H2>Commands</H2>\n";
 152     $out .= "$gp_cmd<br>\n$pj_cmd<br>\n$pj_if_cmd<br>\n$pjrec_cmd<br>\n$diff_cmd<br>\n$png1_cmd<br>\n$png2_cmd<br>\n" .
 153             "$png3_cmd<br>\n$png4_cmd<br>\n";
 154 }
 155
 156 my $cmdout = "";
 157 if ($error ne "") {
 158     $out .= "<FONT COLOR=\"#FF0000\">The following errors were present in your request.<br>\n";
 159     $out .= "Please correct them and try submitting your request again.</FONT><br>\n";
 160     $out .= "<i>$error</i>";
 161 } else {
 162   my $gp_out;
 163   my $pj_out;
 164   my $pj_if_out;
 165   my $pjrec_out;
 166   my $sub_out;
 167   my $diff_out;
 168   my $png_gp_out;
 169   my $png_pjrec_out;
 170   my $png_pj_out;
 171   my $png_sub_out;
 172   $gp_out = `$gp_cmd`;
 173   if (-s $phantom_fname) {
 174     $pj_out .= `$pj_cmd`;
 175     $png_gp_out .= `$png1_cmd`;
 176     if (-s $pj_fname) {
 177       $pj_if_out .= `$pj_if_cmd`;
 178       $png_pj_out .= `$png3_cmd`;
 179       $pjrec_out .= `$pjrec_cmd`;
 180       if (-s $ir_fname) {
 181         $png_pjrec_out .= `$png2_cmd`;
 182         $sub_out .= `$sub_cmd`;
 183         $diff_out .= `$diff_cmd`;
 184         $png_sub_out .= `$png4_cmd`;
 185       }
 186     }
 187   }
 188   # Delete image files and projection files
 189   unlink($phantom_fname);
 190   unlink($ir_fname);
 191   unlink($pj_fname);
 192   unlink($pj_if_fname);
 193   unlink($sub_fname);
 194
 195   $cmdout = "$gp_cmd\n $gp_out $pj_cmd\n $pj_out $pj_if_cmd\n $pj_if_out $pjrec_cmd\n $pjrec_out $diff_cmd\n $diff_out $png1_cmd\n $png_gp_out $png2_cmd\n $png_pjrec_out $png3_cmd\n $png_pj_out $png4_cmd\n $png_sub_out";
 196   if (open(LOGFILE,">> $logfile")) {
 197     flock(LOGFILE,LOCK_EX);
 198     seek(LOGFILE, 0, 2);
 199     print LOGFILE "Job $tmpid\n";
 200     print LOGFILE $cmdout;
 201     print LOGFILE "----------------------------------------------------\n";
 202     flock(LOGFILE,LOCK_UN);
 203     close(LOGFILE);
 204   }
 205   $gmt_end = time();
 206   $execution_time = $gmt_end - $gmt_start;
 207   if ($opt_d) {
 208     $out .= "<H3>Command Output</H3>$cmdout<HR>\n";
 209   }
 210   my $png_gp_out_html = $png_gp_out;
 211   my $png_pjrec_out_html = $png_pjrec_out;
 212   my $png_pj_out_html = $png_pj_out;
 213   my $png_sub_out_html = $png_sub_out;
 214   $png_gp_out_html =~ s/\n/<br>/gms;
 215   $png_pjrec_out_html =~ s/\n/<br>/gms;
 216   $png_pj_out_html =~ s/\n/<br>/gms;
 217   $png_sub_out_html =~ s/\n/<br>/gms;
 218   $out .= "<TABLE><TR><TD>Phantom Image</TD><TD>Reconstructed Image</TD></TR>\n";
 219   $out .= "<TR><TD><IMG SRC=\"$phantom_png_url\"><br><FONT SIZE=1>$png_gp_out</FONT></TD>\n";
 220   $out .= "<TD><IMG SRC=\"$ir_png_url\"><br><FONT SIZE=1>$png_pjrec_out</FONT></TD></TR>\n";
 221   $out .= "<TR><TD>Projection Sinusoid</TD><TD>Phantom/Reconst Error</TD></TR>\n";
 222   $out .= "<TR><TD><IMG SRC=\"$pj_png_url\"><br><FONT SIZE=1>$png_pj_out</FONT></TD>\n";
 223   $out .= "<TD><IMG SRC=\"$sub_png_url\"><br><FONT SIZE=2>$sub_out</FONT><br><FONT SIZE=1>$png_sub_out</FONT></TD></TR>\n";
 224   $out .= "</TABLE>";
 225   $out .= "Execution time: $execution_time seconds\n";
 226   $out .= "<p>\nStatistics<br>";
 227   $out .= "$diff_out";
 228 }
 229
 230 $out .= "<HR>\n";
 231 $out .= "Return to <A HREF=\"http://www.ctsim.org\">CTSim</a>.<br>\n";
 232 $out .= "</BODY> </HTML>";
 233 $out .= "\n";
 234
 235 if (open(OUTFILE,"> $result_fname"))
 236 {
 237     flock(OUTFILE,LOCK_EX);
 238     print OUTFILE $out;
 239     flock(OUTFILE,LOCK_UN);
 240     close OUTFILE;
 241     print "Location: $result_url\n\n";
 242 }
 243 else
 244 {
 245     print "Content-type: text/plain\n\n";
 246     print "The simulator was unable to create an result file.\n";
 247 }
 248 if (open(JOBFILES,"> $::jobdir/$tmpid"))
 249 {
 250     flock(JOBFILES,LOCK_EX);
 251     print JOBFILES "gmt_start=$gmt_start\n";
 252     print JOBFILES "gmt_end=$gmt_end\n";
 253     print JOBFILES "execution_time=$execution_time\n";
 254     print JOBFILES "Phantom_Name=$Phantom_Name\n";
 255     print JOBFILES "Phantom_Nx=$Phantom_Nx\n";
 256     print JOBFILES "Phantom_Ny=$Phantom_Nx\n";
 257     print JOBFILES "Phantom_NSample=$Phantom_NSample\n";
 258     print JOBFILES "PJ_NDet=$PJ_NDet\n";
 259     print JOBFILES "PJ_NRot=$PJ_NRot\n";
 260     print JOBFILES "PJ_NRay=$PJ_NRay\n";
 261     print JOBFILES "PJ_RotAngle=$PJ_RotAngle\n";
 262     print JOBFILES "IR_Nx=$IR_Nx\n";
 263     print JOBFILES "IR_Ny=$IR_Ny\n";
 264     print JOBFILES "IR_Interp=$IR_Interp\n";
 265     print JOBFILES "IR_Filter=$IR_Filter\n";
 266     print JOBFILES "IR_Filter_Param=$IR_Filter_Param\n";
 267     print JOBFILES "IR_Backproj=$IR_Backproj\n";
 268     print JOBFILES "Disp_Min=$Disp_Min\n";
 269     print JOBFILES "Disp_Max=$Disp_Max\n";
 270     print JOBFILES "MPI=$MPI\n";
 271     print JOBFILES "Files=$result_fname,$phantom_fname,$pj_fname,$ir_fname,$phantom_png,$ir_png,$pj_if_fname,$pj_png\n" if ($error eq "");
 272     printf JOBFILES "cmdout=$cmdout\n";
 273     flock(JOBFILES,LOCK_UN);
 274     close JOBFILES;
 275 }
 276
 277
 278 exit;
 279
 280
 281 sub internal_error
 282 {
 283   my $out = head();
 284   $out .= "<H1>Internal error</H1>
 285   Please notify <A HREF=mailto:webmaster\@med-info.com>webmaster\@med-info.com</A>
 286   </BODY>";
 287   print $out;
 288   exit;
 289 }
 290
 291 sub head
 292 {
 293 #  "Content: text/html\n\n";
 294 }
 295
 296
 297 sub FilterMetaChars
 298 {
 299    my $var = pop(@_);
 300    $var =~ /^(\w+)$/;
 301    $1;
 302 }
 303
 304 sub FilterToNumber
 305 {
 306    my $var = pop(@_);
 307    $var =~ /^(\-*\d*\.*\d*)$/;
 308    $1;
 309 }