cgi-bin/ctsim.cgi.in

   1 #!/usr/bin/perl
   2 # @configure_input@
   3
   4 use strict;
   5 use CGI;
   6 use File::Basename;
   7 use Fcntl ':flock';
   8
   9 require ctsim.conf;
  10
  11 my $opt_d = 0;
  12 $ENV{'PATH'} = $bindir;
  13
  14 my $fromhost = $ENV{'REMOTE_HOST'};
  15
  16 my $gmt_start = time();
  17 my $gmt_end;
  18 my $execution_time;
  19
  20 my %in;
  21 CGI::ReadParse(\%in);
  22
  23 # Incoming variables
  24 #   Phantom_Name, Phantom_Nx, Phantom_Ny, Phantom_NSample
  25 #   RS_NDet, RS_NRot, RS_NRay, RS_RotAngle,
  26 #   IR_Nx, IR_Ny, IR_Filter, IR_Filter_Param
  27
  28 my $error = "";
  29
  30 my $Phantom_Name = FilterMetaChars($in{'Phantom_Name'});
  31 my $Phantom_Nx = FilterToNumber($in{'Phantom_Nx'});
  32 my $Phantom_Ny = FilterToNumber($in{'Phantom_Ny'});
  33 my $Phantom_NSample = FilterToNumber($in{'Phantom_NSample'});
  34 $error .= "Phantom name must not be blank<br>" if ($Phantom_Name eq "");
  35 $error .= "Phantom NX and NY must be between 5 and 1024<br>" if ($Phantom_Nx < 5 || $Phantom_Nx > 1024 || $Phantom_Ny < 5 || $Phantom_Ny > 1024);
  36 $error .= "Phantom NSample must be between 1 and 10<br>" if ($Phantom_NSample < 1 || $Phantom_NSample > 10);
  37
  38 my $RS_NDet = FilterToNumber($in{'RS_NDet'});
  39 my $RS_NRot = FilterToNumber($in{'RS_NRot'});
  40 my $RS_NRay = FilterToNumber($in{'RS_NRay'});
  41 my $RS_RotAngle = FilterToNumber($in{'RS_RotAngle'});
  42 $error .= "Raysum NDet must be between 5 and 1800<br>" if ($RS_NDet < 5 || $RS_NDet > 1800);
  43 $error .= "Raysum NRot must be between 5 and 2048<br>" if ($RS_NRot < 5 || $RS_NRot > 2048);
  44 $error .= "Raysum RotAngle must be between 0.1 and 2<br>" if ($RS_RotAngle < 0.1 || $RS_RotAngle > 2);
  45
  46 #my $IR_Nx = FilterToNumber($in{'IR_Nx'});
  47 #my $IR_Ny = FilterToNumber($in{'IR_Ny'});
  48 my $IR_Nx = $Phantom_Nx;
  49 my $IR_Ny = $Phantom_Ny;
  50 my $IR_Filter = FilterMetaChars($in{'IR_Filter'});
  51 my $IR_Filter_Param = FilterToNumber($in{'IR_Filter_Param'});
  52 my $IR_Interp = FilterMetaChars($in{'IR_Interp'});
  53 my $IR_Backproj = FilterMetaChars($in{'IR_Backproj'});
  54
  55 my $Disp_Min = "auto";
  56 my $Disp_Max = "auto";
  57 $Disp_Min = FilterToNumber($in{'Disp_Min'}) if ($in{'Disp_Min'} ne "auto" && $in{'Disp_Min'} ne "");
  58 $Disp_Max = FilterToNumber($in{'Disp_Max'}) if ($in{'Disp_Max'} ne "auto" && $in{'Disp_Max'} ne "");
  59 if ($Disp_Min ne 'auto' && ! ($Disp_Min =~ /^[\d\.]+$/)) {
  60     $error .= "Display Minimum must be 'auto' or numeric (received '$Disp_Min') <br>";
  61 }
  62 if ($Disp_Max ne 'auto' && ! ($Disp_Max =~ /^[\d\.]+$/)) {
  63     $error .= "Display Maximum must be 'auto' or numeric (received '$Disp_Max') <br>";
  64 }
  65
  66 my $MPI_Str = FilterMetaChars($in{'MPI'});
  67 my $MPI = 0;
  68 $MPI = 1 if ($MPI_Str eq "yes");
  69
  70 $error .= "IR Nx and Ny must be between 5 and 1024<br>" if ($IR_Nx < 5 || $IR_Nx > 1024 || $IR_Ny < 5 || $IR_Ny > 1024);
  71 $error .= "IR Filter Parameter must be between 0 and 1<br>" if ($IR_Filter_Param < 0 || $IR_Filter_Param > 1);
  72
  73
  74 my $tmpid = $$;
  75 my $auto_window_img = "std0.1";
  76 my $auto_window_diff = "std1";
  77 my $auto_window_rs = "full";
  78 my $logfile = "$jobdir/ctsim.log";
  79
  80 my $result_fname = "$datadir/result-$tmpid.html";
  81 my $phantom_fname = "$datadir/phantom-$tmpid.sdf";
  82 my $rs_fname = "$datadir/rs-$tmpid.rs";
  83 my $ir_fname = "$datadir/ir-$tmpid.sdf";
  84 my $rs_sdf_fname = "$datadir/rs-$tmpid.sdf";
  85 my $diff_fname = "$datadir/diff-$tmpid.sdf";
  86 my $phantom_png = "$datadir/phantom-$tmpid.png";
  87 my $ir_png = "$datadir/ir-$tmpid.png";
  88 my $rs_png = "$datadir/rs-$tmpid.png";
  89 my $diff_png = "$datadir/diff-$tmpid.png";
  90
  91 my $result_url = "$url_datadir/result-$tmpid.html";
  92 my $phantom_png_url = "$url_datadir/phantom-$tmpid.png";
  93 my $ir_png_url = "$url_datadir/ir-$tmpid.png";
  94 my $rs_png_url = "$url_datadir/rs-$tmpid.png";
  95 my $diff_png_url = "$url_datadir/diff-$tmpid.png";
  96
  97 my $ctrec_ver = "$bindir/ctrec";
  98 my $phm2rs_ver = "$bindir/phm2rs";
  99 my $phm2sdf_ver = "$bindir/phm2sdf";
 100 my $diff_ver = "$bindir/sdf-2";
 101 $ctrec_ver = "/opt/lam/bin/mpirun N N $bindir/ctrec-lam" if $MPI;
 102 $phm2rs_ver = "/opt/lam/bin/mpirun N N $bindir/phm2rs-lam" if $MPI;
 103 $phm2sdf_ver = "/opt/lam/bin/mpirun N N $bindir/phm2sdf-lam" if $MPI;
 104
 105 my $gp_cmd = "$phm2sdf_ver $phantom_fname $Phantom_Nx $Phantom_Ny --phantom $Phantom_Name --nsample $Phantom_NSample";
 106 my $rs_cmd = "$phm2rs_ver $rs_fname $RS_NDet $RS_NRot --phantom $Phantom_Name --nray $RS_NRay --rotangle $RS_RotAngle";
 107 my $rs_sdf_cmd = "$bindir/rs2sdf $rs_fname $rs_sdf_fname";
 108 my $ir_cmd = "$ctrec_ver $rs_fname $ir_fname $IR_Nx $IR_Ny --filter $IR_Filter --filter-param $IR_Filter_Param --interp $IR_Interp --backproj $IR_Backproj";
 109 my $diff_cmd = "$diff_ver $phantom_fname $ir_fname $diff_fname --comp";
 110
 111 my $window_options = "--auto $auto_window_img";
 112 if ($Disp_Min ne 'auto') {
 113     $window_options .= " --min $Disp_Min";
 114 }
 115 if ($Disp_Max ne 'auto') {
 116     $window_options .= " --max $Disp_Max";
 117 }
 118
 119 my $png1_cmd = "$bindir/sdf2img $phantom_fname $phantom_png $window_options --stats --format png";
 120 my $png2_cmd = "$bindir/sdf2img $ir_fname $ir_png $window_options --stats --format png";
 121 my $png3_cmd = "$bindir/sdf2img $rs_sdf_fname $rs_png --auto $auto_window_rs --stats --format png";
 122 my $png4_cmd = "$bindir/sdf2img $diff_fname $diff_png --auto $auto_window_diff --stats --format png";
 123
 124 my $title = "CT Simulation Results";
 125
 126 my $out = head();
 127 $out .= "<HTML> <HEAD><TITLE> $title </TITLE></HEAD>\n";
 128 $out .= "<BODY  BGCOLOR=\"#FFFFFF\" TEXT=\"#000000\"  VLINK=\"#800020\" LINK=\"#0000FF\">\n";
 129 $out .= "<H1>$title</H1><HR>\n";
 130
 131 if ($opt_d) {
 132     $out .= "<H2>Commands</H2>\n";
 133     $out .= "$gp_cmd<br>\n$rs_cmd<br>\n$rs_sdf_cmd<br>\n$ir_cmd<br>\n$diff_cmd<br>\n$png1_cmd<br>\n$png2_cmd<br>\n" .
 134             "$png3_cmd<br>\n$png4_cmd<br>\n";
 135 }
 136
 137 my $cmdout = "";
 138 if ($error ne "") {
 139     $out .= "<FONT COLOR=\"#FF0000\">The following errors were present in your request.<br>\n";
 140     $out .= "Please correct them and try submitting your request again.</FONT><br>\n";
 141     $out .= "<i>$error</i>";
 142 } else {
 143     my $gp_out;
 144     my $rs_out;
 145     my $rs_sdf_out;
 146     my $ir_out;
 147     my $diff_out;
 148     my $png_gp_out;
 149     my $png_ir_out;
 150     my $png_rs_out;
 151     my $png_diff_out;
 152     if (1) {
 153         $gp_out = `$gp_cmd`;
 154         $rs_out .= `$rs_cmd`;
 155         $rs_sdf_out .= `$rs_sdf_cmd`;
 156         $ir_out .= `$ir_cmd`;
 157         $diff_out .= `$diff_cmd`;
 158         $png_gp_out .= `$png1_cmd`;
 159         $png_ir_out .= `$png2_cmd`;
 160         $png_rs_out .= `$png3_cmd`;
 161         $png_diff_out .= `$png4_cmd`;
 162     } else {
 163         $gp_out = `$gp_cmd 2>&1`;
 164         $rs_out .= `$rs_cmd 2>&1`;
 165         $rs_sdf_out .= `$rs_sdf_cmd 2>&1`;
 166         $ir_out .= `$ir_cmd 2>&1`;
 167         $diff_out .= `$diff_cmd 2>&1`;
 168         $png_gp_out .= `$png1_cmd 2>&1`;
 169         $png_ir_out .= `$png2_cmd 2>&1`;
 170         $png_rs_out .= `$png3_cmd 2>&1`;
 171         $png_diff_out .= `$png4_cmd 2>&1`;
 172     }
 173     $cmdout = "$gp_cmd\n $gp_out $rs_cmd\n $rs_out $rs_sdf_cmd\n $rs_sdf_out $ir_cmd\n $ir_out $diff_cmd\n $diff_out $png1_cmd\n $png_gp_out $png2_cmd\n $png_ir_out $png3_cmd\n $png_rs_out $png4_cmd\n $png_diff_out";
 174     if (open(LOGFILE,">> $logfile")) {
 175         flock(LOGFILE,LOCK_EX);
 176         seek(LOGFILE, 0, 2);
 177         print LOGFILE "Job $tmpid\n";
 178         print LOGFILE $cmdout;
 179         print LOGFILE "----------------------------------------------------\n";
 180         flock(LOGFILE,LOCK_UN);
 181         close(LOGFILE);
 182     }
 183     $gmt_end = time();
 184     $execution_time = $gmt_end - $gmt_start;
 185     if ($opt_d)
 186     {
 187         $out .= "<H3>Command Output</H3>$cmdout<HR>\n";
 188     }
 189     my $png_gp_out_html = $png_gp_out;
 190     my $png_ir_out_html = $png_ir_out;
 191     my $png_rs_out_html = $png_rs_out;
 192     my $png_diff_out_html = $png_diff_out;
 193     $png_gp_out_html =~ s/\n/<br>/gms;
 194     $png_ir_out_html =~ s/\n/<br>/gms;
 195     $png_rs_out_html =~ s/\n/<br>/gms;
 196     $png_diff_out_html =~ s/\n/<br>/gms;
 197     $out .= "<TABLE><TR><TD>Phantom Image</TD><TD>Reconstructed Image</TD></TR>\n";
 198     $out .= "<TR><TD><IMG SRC=\"$phantom_png_url\"><br><FONT SIZE=1>$png_gp_out</FONT></TD>\n";
 199     $out .= "<TD><IMG SRC=\"$ir_png_url\"><br><FONT SIZE=1>$png_ir_out</FONT></TD></TR>\n";
 200     $out .= "<TR><TD>Raysum Sinusoid</TD><TD>Phantom/Reconst Error</TD></TR>\n";
 201     $out .= "<TR><TD><IMG SRC=\"$rs_png_url\"><br><FONT SIZE=1>$png_rs_out</FONT></TD>\n";
 202     $out .= "<TD><IMG SRC=\"$diff_png_url\"><br><FONT SIZE=2>$diff_out</FONT><br><FONT SIZE=1>$png_diff_out</FONT></TD></TR>\n";
 203     $out .= "</TABLE>";
 204     $out .= "Execution time: $execution_time seconds\n";
 205 }
 206
 207 $out .= "<HR>\n";
 208 $out .= "Return to <A HREF=\"/ctsim/index.html\">CT Simulation Designer</a>.<br>\n";
 209 $out .= "Return to <A HREF=\"www.med-info.com\">Med-Info</a>.\n";
 210 $out .= "</BODY> </HTML>";
 211 $out .= "\n";
 212
 213 if (open(OUTFILE,"> $result_fname"))
 214 {
 215     flock(OUTFILE,LOCK_EX);
 216     print OUTFILE $out;
 217     flock(OUTFILE,LOCK_UN);
 218     close OUTFILE;
 219     print "Location: $result_url\n\n";
 220 }
 221 else
 222 {
 223     print "Content-type: text/plain\n\n";
 224     print "The simulator was unable to create an result file.\n";
 225 }
 226 if (open(JOBFILES,"> $jobdir/$tmpid"))
 227 {
 228     flock(JOBFILES,LOCK_EX);
 229     print JOBFILES "gmt_start=$gmt_start\n";
 230     print JOBFILES "gmt_end=$gmt_end\n";
 231     print JOBFILES "execution_time=$execution_time\n";
 232     print JOBFILES "Phantom_Name=$Phantom_Name\n";
 233     print JOBFILES "Phantom_Nx=$Phantom_Nx\n";
 234     print JOBFILES "Phantom_Ny=$Phantom_Nx\n";
 235     print JOBFILES "Phantom_NSample=$Phantom_NSample\n";
 236     print JOBFILES "RS_NDet=$RS_NDet\n";
 237     print JOBFILES "RS_NRot=$RS_NRot\n";
 238     print JOBFILES "RS_NRay=$RS_NRay\n";
 239     print JOBFILES "RS_RotAngle=$RS_RotAngle\n";
 240     print JOBFILES "IR_Nx=$IR_Nx\n";
 241     print JOBFILES "IR_Ny=$IR_Ny\n";
 242     print JOBFILES "IR_Interp=$IR_Interp\n";
 243     print JOBFILES "IR_Filter=$IR_Filter\n";
 244     print JOBFILES "IR_Filter_Param=$IR_Filter_Param\n";
 245     print JOBFILES "IR_Backproj=$IR_Backproj\n";
 246     print JOBFILES "Disp_Min=$Disp_Min\n";
 247     print JOBFILES "Disp_Max=$Disp_Max\n";
 248     print JOBFILES "MPI=$MPI\n";
 249     print JOBFILES "Files=$result_fname,$phantom_fname,$rs_fname,$ir_fname,$phantom_png,$ir_png,$rs_sdf_fname,$rs_png\n" if ($error eq "");
 250     printf JOBFILES "cmdout=$cmdout\n";
 251     flock(JOBFILES,LOCK_UN);
 252     close JOBFILES;
 253 }
 254
 255
 256 exit;
 257
 258
 259 sub internal_error
 260 {
 261   my $out = head();
 262   $out .= "<H1>Internal error</H1>
 263   Please notify <A HREF=mailto:webmaster\@med-info.com>webmaster\@med-info.com</A>
 264   </BODY>";
 265   print $out;
 266   exit;
 267 }
 268
 269 sub head
 270 {
 271 #  "Content: text/html\n\n";
 272 }
 273
 274
 275 sub FilterMetaChars
 276 {
 277    my $var = pop(@_);
 278    $var =~ /^(\w+)$/;
 279    $1;
 280 }
 281
 282 sub FilterToNumber
 283 {
 284    my $var = pop(@_);
 285    $var =~ /^(\d*\.*\d*)$/;
 286    $1;
 287 }