doc/ctsim-gui.tex

   1 \chapter{The Graphical User Interface}\label{ctsim}\index{ctsim}%
   2 \setheader{{\it CHAPTER \thechapter}}{}{}{}{}{{\it CHAPTER \thechapter}}%
   3 \setfooter{\thepage}{}{}{}{}{\thepage}%
   4
   5 \section{Overview}
   6 \ctsim\ is the graphical shell for the CTSim project. It utilizes
   7 using the \urlref{wxWindows}{http://www.wxwindows.org} library for
   8 cross-platform compatibility. The graphical shell is compatible
   9 with Microsoft Windows, \urlref{GTK}{http://www.gtk.org}, and
  10 \urlref{Motif}{http://www.openmotif.org} graphical environments.
  11 This graphical includes all of the functionality of the
  12 command-line interface \helprefn{\ctsimtext}{ctsimtext} as well as
  13 great image processing and visualization features.
  14
  15 \ctsim\ can open projection files, image files, phantom files, and
  16 plot files.
  17
  18 \usage \texttt{ctsim [files to open...]}
  19
  20 You can invoke \ctsim\ by itself on the command line, or include
  21 on the command-line any number of files that you want \ctsim\ to
  22 automatically open.
  23
  24 \section{File Types Support}
  25
  26 Phantom and plot files are stored as ASCII text. In contrast,
  27 image and projection files are stored in binary format. \ctsim
  28 incorporates logic so that binary files are cross-platform
  29 compatible between both little and big endian architectures.
  30
  31 \subsection{Phantom}
  32 Besides loading phantom files from the disk, the Herman and
  33 Shepp-Logan phantoms are built-in to \ctsim. Phantom files can be
  34 read and stored on the disk. However, a text editor is required to
  35 create and edit these files.
  36
  37 \subsection{Image}
  38 Image files are 2-dimensional files that store 4-byte floating
  39 point values. Images files can be either real or complex valued.
  40 Typically, all images are real except for images that have been
  41 processed by Fourier transforms. As you might expect,
  42 complex-valued images are twice the size of real-valued images
  43 since both a real and imaginary component need to be store.
  44
  45 Images files can also store any number of text labels. \ctsim\ uses
  46 these labels for storing history information regarding
  47 the creation and modifications of images.
  48
  49 When complex-valued images are viewed on the screen, only the real
  50 component is displayed.
  51
  52 \subsection{Projection}
  53 Projection files are created from Phantom files during the
  54 projection process. Numerous options are available for the
  55 creation of the these files. The files are stored in a binary
  56 format with cross-platform compatibility on little and big endian
  57 architectures.
  58
  59 \subsection{Plot}
  60 Plot files are created by \ctsim\ during analysis of image files.
  61 They can be read and stored on the disk. They are stored as ASCII
  62 files for easy cross-platform support.
  63
  64 \section{Phantom Menus}
  65
  66 \subsection{Properties}
  67 Displays the properties of a phantom which includes:
  68
  69 \begin{itemize}\itemsep=0pt
  70 \item Overall dimensions of a phantom
  71 \item A list of all component phantom elements
  72 \end{itemize}
  73
  74 \subsection{Rasterize Dialog}
  75 This creates an image file from a phantom. Technically, it
  76 converts the phantom from a vector (infinite resolution) object
  77 into a 2-dimension array of floating-point pixels. The parameters
  78 to set are:
  79
  80 \begin{twocollist}
  81 \twocolitemruled{\textbf{Parameter}}{\textbf{Options}}
  82 \twocolitem{\texttt{X size}}{Number of columns in image file}
  83 \twocolitem{\texttt{Y size}}{Number of rows in image file}
  84 \twocolitem{\texttt{Samples per pixel}}{Numbers of samples taken
  85 per pixel in both the x and y directions. For example, if the
  86 \texttt{Samples per pixel} is set to \texttt{3}, then for every
  87 pixel in the image file 9 samples (3 x 3) are averaged.}
  88 \end{twocollist}
  89
  90 \subsection{Projection Dialog}
  91 This creates a projection file from a phantom. The options
  92 available when collecting projections are:
  93
  94 \begin{twocollist}
  95 \twocolitem{\textbf{Geometry}}{
  96   \begin{itemize}\itemsep=0pt
  97     \item Parallel
  98     \item Equiangular
  99     \item Equilinear
 100   \end{itemize}}
 101 \twocolitem{\textbf{Number of detectors}}{Sets the number of
 102 detectors in the detector array.}
 103
 104 \twocolitem{\textbf{Number of views}}{Sets the number of views
 105 collected}
 106
 107 \twocolitem{\textbf{Samples per detector}}{Sets the number of
 108 samples collected for each detector}
 109
 110 \twocolitem{\textbf{View Ratio}}{Sets the field of view as a ratio
 111 of the diameter of the phantom.  For normal scanning, a value of
 112 1.0 is fine.}
 113
 114 \twocolitem{\textbf{Scan Ratio}}{Sets the length of scanning as a
 115 ratio of the view diameter. For normal scanning, a value of 1.0 is
 116 fine.}
 117
 118 \twocolitem{\textbf{Focal length ratio}}{Sets the distance of the
 119 radiation source and detectors from the center of the object as a
 120 ratio of the radius of the object.
 121
 122 For parallel geometries, a value of 1.0 is fine. For other
 123 geometries, this should be at least 2.0 to avoid artifacts.}
 124 \end{twocollist}
 125
 126 \subsection{Advanced Options}
 127 \begin{twocollist}
 128 \twocolitem{\textbf{Rotation Angle}}{Sets the rotation amount as a
 129 multiple of pi. For parallel geometries use a rotation angle of 1
 130 and for equilinear and equiangular geometries use a rotation angle
 131 of 2. Using any other rotation angle will lead to artifacts.}
 132 \end{twocollist}
 133
 134
 135
 136 \section{Image Menus}
 137 \subsection{File - Properties}
 138 Properties of image files include
 139 \begin{itemize}\itemsep=0pt
 140   \item Whether the image is real or complex valued
 141   \item Numeric statistics
 142   \item Image file labels
 143 \end{itemize}
 144
 145 \subsection{File - Export}
 146 This command allows for exporting image files to a standard
 147 graphics file format. This is helpful when you want to take an
 148 image and import it into another application. The current
 149 \helprefn{intensity scale}{intensityscale} is used when exporting
 150 the file. The support file formats are:
 151
 152 \begin{description}\itemsep=0pt
 153 \item[PNG]Portable Network Graphics format. This uses 8-bits or
 154 256 shades of gray.
 155
 156 \item[PNG-16]This is a 16-bit version of PNG which allows for
 157 65536 shades of gray.
 158 \item[PGM]Portable Graymap format. This is a common format used on
 159 UNIX systems.
 160 \item[PGM]ASCII version of PGM.
 161 \end{description}
 162
 163
 164 \subsection{View}\label{intensityscale}
 165 These options are for change the intensity scale for viewing the image.
 166 They do not change the image data.
 167 \subsubsection{Set}
 168 \subsubsection{Auto}
 169 \subsubsection{Full}
 170 This resets the intensity scale to the full scale of the image.
 171
 172 \subsection{Image}
 173 These commands create a new image based upon the current image,
 174 and for some commands, also a comparison image.
 175
 176 \subsubsection{Add, Subtract, Multiply, Divide}
 177
 178 \subsubsection{Image Size}
 179
 180 \subsubsection{3-D Conversion}
 181 Generates a 3-dimensional view of the current phantom.
 182
 183 \subsection{Filter}
 184 These commands filter and modify the image.
 185
 186 \subsubsection{Arithmetic}
 187
 188 \subsubsection{Frequency Based}
 189
 190 \subsection{Analyze}
 191 These commands are used for analyzing an image.
 192
 193 \subsubsection{Plotting}
 194
 195 \subsubsection{Image Comparison}
 196
 197 \section{Projection Menus}
 198
 199 \subsection{File - Properties}
 200
 201 \subsection{Process - Convert Polar Dialog}\label{convertpolardialog}
 202 The parameters are \texttt{xsize}, \texttt{ysize}, and \texttt{interpolation}.
 203 The \texttt{xsize} and \texttt{ysize} parameters set the size of the
 204 resulting image file. The \texttt{interpolation} parameter selects the
 205 interpolation method. Currently, the \texttt{bilinear} option provides
 206 the highest quality interpolation.
 207
 208 \subsection{Process - Convert FFT Polar Dialog}
 209 The parameters for this option are the same as \helprefn{Convert
 210 Polar Dialog}{convertpolardialog}. For this command, though, the
 211 projections are Fourier transformed prior to conversion to polar
 212 image.
 213
 214 \subsection{Reconstruct - Filtered Backprojection Dialog}
 215 This dialog sets the parameters for reconstructing an image from projections
 216 using the Filtered Backprojection technique. The parameters are identical
 217 to those for the \helprefn{pjrec}{pjrec} program.
 218
 219 \section{Plot Menus}
 220 \subsection{File - Properties}
 221
 222 \subsection{File - Save}
 223 Plot files can be saved. They are saved in an ASCII text format.
 224
 225 \subsection{View Menu}
 226 These commands set the scaling for the y-axis.
 227 \subsubsection{Set}
 228 \subsubsection{Auto}
 229 \subsubsection{Full}