doc/ctsim.tex

   1 \documentclass[11pt,texhelp]{report}
   2 \usepackage[dvips]{graphics}
   3
   4 \begin{document}
   5
   6 \newcommand{\ctsim}{{\tt ctsim}}
   7
   8
   9 \title{CTSim - An Open-Source Computed Tomography Simulator}
  10 \author{Kevin Rosenberg, MD\footnote{San Juan Regional Medical Center, 801 W. Maple, Farmington NM 87401. Phone: (505) 599-6103. E-mail: kevin@rosenberg.net}}
  11 \date{September 2000}
  12 \maketitle
  13
  14 \chapter{Introduction}
  15 Computed Tomography is the process of acquiring X-ray data (projections)
  16 though an object and then using mathematics to reconstruct the interior
  17 of that object.
  18
  19 \chapter{Installation}
  20 \subsection{Requirements}
  21 \begin{itemize}
  22   \item Running CTSim
  23   \begin{itemize}
  24     \item Apache or other CGI compatible web server
  25
  26     \item Perl (version 4.0 or higher)
  27
  28     \item A client web browser than can display PNG files. Most
  29     current web browswer do support PNG.
  30
  31   \end{itemize}
  32   \item Building CTSim
  33   \begin{itemize}
  34   \item zlib Library (optional)
  35         \par Used for PNG file export.
  36
  37   \item libpng Library (optional)
  38         \par Used for PNG file export.
  39         \par www.libpng.org
  40
  41   \item FFTW library (optional)
  42         \par Used for frequency-based filtering
  43         \par www.fftw.org
  44
  45   \item dmalloc library (optional)
  46         \par Used for debugging memory allocation
  47         \par www.dmalloc.com
  48
  49   \item wxWindows library (optional) \par Used for
  50   platform-independent graphical interface. The graphical-shell
  51   program {\tt ctsim} requires this library.  \par www.wxwindows.org
  52
  53   \end{itemize}
  54 \end{itemize}
  55
  56 \subsection{Download}
  57 \subsection{Install Binary Distribution}
  58 \subsection{Build From Sources}
  59
  60 \chapter{The Programs}
  61
  62 \section{ctsim - The Graphical User Interface}
  63 \ctsim\ is the graphical shell for the CTSim project. It is
  64 written using the wxLibrary for cross-platform compatibility with GTK,
  65 Motif, and Microsoft Windows.
  66
  67 \ctsim\ incorporates most of the capabilities of the CTSim
  68 project. There are still functions that are only available to the
  69 command line tools.
  70
  71 \subsection{Usage}
  72 ctsim [OPTIONS] [files to open...]
  73
  74 \ctsim\ can open projection files and image files.
  75
  76 \section{The Web Browser CGI Interface}
  77 \subsection{Overview}
  78 The CGI program {\tt ctsim.cgi} takes projections of a standard
  79 phantom object, performs reconstruction, and then compares the
  80 rasterized phantom object with the reconstruction. The comparison is
  81 performed both visually by an image subtraction as well as by standard
  82 statistics as described by Herman\cite{HERMAN80}.
  83
  84 \section{tools - The Command Line Interface}
  85 \subsection{phm2pj}
  86 Converts a phantom object to a set of projections
  87
  88 {\tt phm2pj} simulates the process of collection of X-Ray projection data
  89 such as collected by a CT scanner.
  90
  91 \subsection{pjrec}
  92
  93 \subsection{phm2if}
  94
  95 \section{Function Parameters}
  96 \subsection{Collection Projections}
  97 \begin{itemize}
  98   \item Phantom
  99   Select which phantom to collect projections
 100
 101   \item Geometry
 102   \begin{itemize}
 103     \item Parallel
 104     \item Equiangular
 105     \item Equilinear
 106   \end{itemize}
 107
 108   \item Number of Detectors
 109
 110   \item Number of Views
 111
 112   \item Number of Samples Per Detector
 113
 114 \end{itemize}
 115
 116 \subsection{Reconstruct Image From Projections}
 117 \begin{itemize}
 118   \item Filter
 119   Selects which filter to apply to each projection. To
 120   properly reconstruct an image, the should be multiplied
 121   by the absolute value of distance from zero frequency.
 122
 123   \item Filter Parameter
 124   \item Filter Method
 125   \item Filter Generation
 126   \item Interpolation
 127   \item Backprojection
 128   \item Zeropad
 129   \item Preinterpolation Factor
 130 \end{itemize}
 131
 132 \bibliographystyle{abbrv}
 133 \bibliography{yes}
 134
 135
 136 \end{document}