src/views.cpp

   1 /*****************************************************************************
   2 ** FILE IDENTIFICATION
   3 **
   4 **   Name:          view.cpp
   5 **   Purpose:       View & Canvas routines for CTSim program
   6 **   Programmer:    Kevin Rosenberg
   7 **   Date Started:  July 2000
   8 **
   9 **  This is part of the CTSim program
  10 **  Copyright (c) 1983-2001 Kevin Rosenberg
  11 **
  12 **  $Id: views.cpp,v 1.85 2001/01/28 20:05:17 kevin Exp $
  13 **
  14 **  This program is free software; you can redistribute it and/or modify
  15 **  it under the terms of the GNU General Public License (version 2) as
  16 **  published by the Free Software Foundation.
  17 **
  18 **  This program is distributed in the hope that it will be useful,
  19 **  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  20 **  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  21 **  GNU General Public License for more details.
  22 **
  23 **  You should have received a copy of the GNU General Public License
  24 **  along with this program; if not, write to the Free Software
  25 **  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
  26 ******************************************************************************/
  27
  28 // For compilers that support precompilation, includes "wx/wx.h".
  29 #include "wx/wxprec.h"
  30
  31 #ifdef __BORLANDC__
  32 #pragma hdrstop
  33 #endif
  34
  35 #ifndef WX_PRECOMP
  36 #include "wx/wx.h"
  37 #endif
  38
  39 #if !wxUSE_DOC_VIEW_ARCHITECTURE
  40 #error You must set wxUSE_DOC_VIEW_ARCHITECTURE to 1 in setup.h!
  41 #endif
  42
  43 #include "wx/image.h"
  44 #include "wx/progdlg.h"
  45
  46 #include "ct.h"
  47 #include "ctsim.h"
  48 #include "docs.h"
  49 #include "views.h"
  50 #include "dialogs.h"
  51 #include "dlgprojections.h"
  52 #include "dlgreconstruct.h"
  53 #include "backprojectors.h"
  54 #include "reconstruct.h"
  55 #include "timer.h"
  56
  57 #if defined(MSVC) || HAVE_SSTREAM
  58 #include <sstream>
  59 #else
  60 #include <sstream_subst>
  61 #endif
  62
  63
  64 // ImageFileCanvas
  65
  66 BEGIN_EVENT_TABLE(ImageFileCanvas, wxScrolledWindow)
  67 EVT_MOUSE_EVENTS(ImageFileCanvas::OnMouseEvent)
  68 END_EVENT_TABLE()
  69
  70
  71 ImageFileCanvas::ImageFileCanvas (ImageFileView* v, wxFrame *frame, const wxPoint& pos, const wxSize& size, const long style)
  72 : wxScrolledWindow(frame, -1, pos, size, style), m_pView(v), m_xCursor(-1), m_yCursor(-1)
  73 {
  74 }
  75
  76 ImageFileCanvas::~ImageFileCanvas()
  77 {
  78   m_pView = NULL;
  79 }
  80
  81 void
  82 ImageFileCanvas::OnDraw(wxDC& dc)
  83 {
  84   if (m_pView)
  85     m_pView->OnDraw(& dc);
  86 }
  87
  88 void
  89 ImageFileCanvas::DrawRubberBandCursor (wxDC& dc, int x, int y)
  90 {
  91   const ImageFile& rIF = m_pView->GetDocument()->getImageFile();
  92   int nx = rIF.nx();
  93   int ny = rIF.ny();
  94
  95   int yPt = ny - y - 1;
  96   dc.SetLogicalFunction (wxINVERT);
  97   dc.SetPen (*wxGREEN_PEN);
  98   dc.DrawLine (0, yPt, nx, yPt);
  99   dc.DrawLine (x, 0, x, ny);
 100   dc.SetLogicalFunction (wxCOPY);
 101 }
 102
 103 bool
 104 ImageFileCanvas::GetCurrentCursor (int& x, int& y)
 105 {
 106   x = m_xCursor;
 107   y = m_yCursor;
 108
 109   if (m_xCursor >= 0 && m_yCursor >= 0)
 110     return true;
 111   else
 112     return false;
 113 }
 114
 115 void
 116 ImageFileCanvas::OnMouseEvent(wxMouseEvent& event)
 117 {
 118   if (! m_pView)
 119     return;
 120
 121   wxClientDC dc(this);
 122   PrepareDC(dc);
 123
 124   wxPoint pt(event.GetLogicalPosition(dc));
 125
 126   const ImageFileDocument* pIFDoc = m_pView->GetDocument();
 127   if (! pIFDoc)
 128     return;
 129   const ImageFile& rIF = pIFDoc->getImageFile();
 130   ImageFileArrayConst v = rIF.getArray();
 131   int nx = rIF.nx();
 132   int ny = rIF.ny();
 133   const int yPt = ny - 1 - pt.y;
 134   if (event.RightIsDown()) {
 135     if (pt.x >= 0 && pt.x < nx && pt.y >= 0 && pt.y < ny) {
 136       std::ostringstream os;
 137       os << "Image value (" << pt.x << "," << yPt << ") = " << v[pt.x][yPt];
 138       if (rIF.isComplex()) {
 139         double dImag = rIF.getImaginaryArray()[pt.x][yPt];
 140         if (dImag < 0)
 141           os << " - " << -dImag;
 142         else
 143           os << " + " << dImag;
 144         os << "i\n";
 145       } else
 146         os << "\n";
 147       *theApp->getLog() << os.str().c_str();
 148     } else
 149       *theApp->getLog() << "Mouse out of image range (" << pt.x << "," << yPt << ")\n";
 150   }
 151   else if (event.LeftIsDown() || event.LeftUp() || event.RightUp()) {
 152     if (pt.x >= 0 && pt.x < nx && pt.y >= 0 && pt.y < ny) {
 153       if (m_xCursor >= 0 && m_yCursor >= 0) {
 154         DrawRubberBandCursor (dc, m_xCursor, m_yCursor);
 155       }
 156       DrawRubberBandCursor (dc, pt.x, yPt);
 157       m_xCursor = pt.x;
 158       m_yCursor = yPt;
 159     } else
 160       *theApp->getLog() << "Mouse out of image range (" << pt.x << "," << yPt << ")\n";
 161   }
 162   if (event.LeftUp()) {
 163     std::ostringstream os;
 164     os << "Selected column " << pt.x << " , row " << yPt << "\n";
 165     *theApp->getLog() << os.str().c_str();
 166   }
 167 }
 168
 169 wxSize
 170 ImageFileCanvas::GetBestSize() const
 171 {
 172   if (! m_pView)
 173     return wxSize(0,0);
 174
 175   const ImageFile& rIF = m_pView->GetDocument()->getImageFile();
 176   return wxSize (rIF.nx(), rIF.ny());
 177 }
 178
 179
 180 // ImageFileView
 181
 182 IMPLEMENT_DYNAMIC_CLASS(ImageFileView, wxView)
 183
 184 BEGIN_EVENT_TABLE(ImageFileView, wxView)
 185 EVT_MENU(IFMENU_FILE_EXPORT, ImageFileView::OnExport)
 186 EVT_MENU(IFMENU_FILE_PROPERTIES, ImageFileView::OnProperties)
 187 EVT_MENU(IFMENU_VIEW_SCALE_MINMAX, ImageFileView::OnScaleMinMax)
 188 EVT_MENU(IFMENU_VIEW_SCALE_AUTO, ImageFileView::OnScaleAuto)
 189 EVT_MENU(IFMENU_VIEW_SCALE_FULL, ImageFileView::OnScaleFull)
 190 EVT_MENU(IFMENU_COMPARE_IMAGES, ImageFileView::OnCompare)
 191 EVT_MENU(IFMENU_COMPARE_ROW, ImageFileView::OnCompareRow)
 192 EVT_MENU(IFMENU_COMPARE_COL, ImageFileView::OnCompareCol)
 193 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_INVERTVALUES, ImageFileView::OnInvertValues)
 194 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_SQUARE, ImageFileView::OnSquare)
 195 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_SQRT, ImageFileView::OnSquareRoot)
 196 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_LOG, ImageFileView::OnLog)
 197 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_EXP, ImageFileView::OnExp)
 198 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_FOURIER, ImageFileView::OnFourier)
 199 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_INVERSE_FOURIER, ImageFileView::OnInverseFourier)
 200 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_SHUFFLEFOURIERTONATURALORDER, ImageFileView::OnShuffleFourierToNaturalOrder)
 201 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_SHUFFLENATURALTOFOURIERORDER, ImageFileView::OnShuffleNaturalToFourierOrder)
 202 EVT_MENU(IFMENU_IMAGE_ADD, ImageFileView::OnAdd)
 203 EVT_MENU(IFMENU_IMAGE_SUBTRACT, ImageFileView::OnSubtract)
 204 EVT_MENU(IFMENU_IMAGE_MULTIPLY, ImageFileView::OnMultiply)
 205 EVT_MENU(IFMENU_IMAGE_DIVIDE, ImageFileView::OnDivide)
 206 EVT_MENU(IFMENU_IMAGE_SCALESIZE, ImageFileView::OnScaleSize)
 207 #ifdef HAVE_FFT
 208 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_FFT, ImageFileView::OnFFT)
 209 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_IFFT, ImageFileView::OnIFFT)
 210 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_FFT_ROWS, ImageFileView::OnFFTRows)
 211 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_IFFT_ROWS, ImageFileView::OnIFFTRows)
 212 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_FFT_COLS, ImageFileView::OnFFTCols)
 213 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_IFFT_COLS, ImageFileView::OnIFFTCols)
 214 #endif
 215 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_MAGNITUDE, ImageFileView::OnMagnitude)
 216 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_PHASE, ImageFileView::OnPhase)
 217 EVT_MENU(IFMENU_PLOT_ROW, ImageFileView::OnPlotRow)
 218 EVT_MENU(IFMENU_PLOT_COL, ImageFileView::OnPlotCol)
 219 #ifdef HAVE_FFT
 220 EVT_MENU(IFMENU_PLOT_FFT_ROW, ImageFileView::OnPlotFFTRow)
 221 EVT_MENU(IFMENU_PLOT_FFT_COL, ImageFileView::OnPlotFFTCol)
 222 #endif
 223 EVT_MENU(IFMENU_PLOT_HISTOGRAM, ImageFileView::OnPlotHistogram)
 224 END_EVENT_TABLE()
 225
 226 ImageFileView::ImageFileView()
 227 : wxView(), m_pFrame(NULL), m_pCanvas(NULL), m_pFileMenu(0), m_bMinSpecified(false), m_bMaxSpecified(false)
 228 {
 229   m_iDefaultExportFormatID = ImageFile::FORMAT_PNG;
 230 }
 231
 232 ImageFileView::~ImageFileView()
 233 {
 234   GetDocumentManager()->FileHistoryRemoveMenu (m_pFileMenu);
 235   GetDocumentManager()->ActivateView(this, FALSE, TRUE);
 236 }
 237
 238 void
 239 ImageFileView::OnProperties (wxCommandEvent& event)
 240 {
 241   const ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 242   if (rIF.nx() == 0 || rIF.ny() == 0)
 243     *theApp->getLog() << "Properties: empty imagefile\n";
 244   else {
 245     const std::string& rFilename = rIF.getFilename();
 246     std::ostringstream os;
 247     double min, max, mean, mode, median, stddev;
 248     rIF.statistics (rIF.getArray(), min, max, mean, mode, median, stddev);
 249     os << "Filename: " << rFilename << "\n";
 250     os << "Size: (" << rIF.nx() << "," << rIF.ny() << ")\n";
 251     os << "Data type: ";
 252     if (rIF.isComplex())
 253       os << "Complex\n";
 254     else
 255       os << "Real\n";
 256     os << "\nMinimum: "<<min<<"\nMaximum: "<<max<<"\nMean: "<<mean<<"\nMedian: "<<median<<"\nMode: "<<mode<<"\nStandard Deviation: "<<stddev << "\n";
 257     if (rIF.isComplex()) {
 258       rIF.statistics (rIF.getImaginaryArray(), min, max, mean, mode, median, stddev);
 259       os << "\nImaginary: min: "<<min<<"\nmax: "<<max<<"\nmean: "<<mean<<"\nmedian: "<<median<<"\nmode: "<<mode<<"\nstddev: "<<stddev << "\n";
 260     }
 261     if (rIF.nLabels() > 0) {
 262       os << "\n";
 263       rIF.printLabelsBrief (os);
 264     }
 265     *theApp->getLog() << os.str().c_str();
 266     wxMessageDialog dialogMsg (getFrameForChild(), os.str().c_str(), "Imagefile Properties", wxOK | wxICON_INFORMATION);
 267     dialogMsg.ShowModal();
 268   }
 269 }
 270
 271 void
 272 ImageFileView::OnScaleAuto (wxCommandEvent& event)
 273 {
 274   const ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 275   double min, max, mean, mode, median, stddev;
 276   rIF.statistics(min, max, mean, mode, median, stddev);
 277   DialogAutoScaleParameters dialogAutoScale (getFrameForChild(), mean, mode, median, stddev, m_dAutoScaleFactor);
 278   int iRetVal = dialogAutoScale.ShowModal();
 279   if (iRetVal == wxID_OK) {
 280     m_bMinSpecified = true;
 281     m_bMaxSpecified = true;
 282     double dMin, dMax;
 283     if (dialogAutoScale.getMinMax (&dMin, &dMax)) {
 284       m_dMinPixel = dMin;
 285       m_dMaxPixel = dMax;
 286       m_dAutoScaleFactor = dialogAutoScale.getAutoScaleFactor();
 287       OnUpdate (this, NULL);
 288     }
 289   }
 290 }
 291
 292 void
 293 ImageFileView::OnScaleMinMax (wxCommandEvent& event)
 294 {
 295   const ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 296   double min, max;
 297   if (! m_bMinSpecified && ! m_bMaxSpecified)
 298     rIF.getMinMax (min, max);
 299
 300   if (m_bMinSpecified)
 301     min = m_dMinPixel;
 302   if (m_bMaxSpecified)
 303     max = m_dMaxPixel;
 304
 305   DialogGetMinMax dialogMinMax (getFrameForChild(), "Set Image Minimum & Maximum", min, max);
 306   int retVal = dialogMinMax.ShowModal();
 307   if (retVal == wxID_OK) {
 308     m_bMinSpecified = true;
 309     m_bMaxSpecified = true;
 310     m_dMinPixel = dialogMinMax.getMinimum();
 311     m_dMaxPixel = dialogMinMax.getMaximum();
 312     OnUpdate (this, NULL);
 313   }
 314 }
 315
 316 void
 317 ImageFileView::OnScaleFull (wxCommandEvent& event)
 318 {
 319   if (m_bMinSpecified || m_bMaxSpecified) {
 320     m_bMinSpecified = false;
 321     m_bMaxSpecified = false;
 322     OnUpdate (this, NULL);
 323   }
 324 }
 325
 326 void
 327 ImageFileView::OnCompare (wxCommandEvent& event)
 328 {
 329   std::vector<ImageFileDocument*> vecIF;
 330   theApp->getCompatibleImages (GetDocument(), vecIF);
 331
 332   if (vecIF.size() == 0) {
 333     wxMessageBox("There are no compatible image files open for comparision", "No comparison images");
 334   } else {
 335     DialogGetComparisonImage dialogGetCompare(getFrameForChild(), "Get Comparison Image", vecIF, true);
 336
 337     if (dialogGetCompare.ShowModal() == wxID_OK) {
 338       const ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 339       ImageFileDocument* pCompareDoc = dialogGetCompare.getImageFileDocument();
 340       const ImageFile& rCompareIF = pCompareDoc->getImageFile();
 341       std::ostringstream os;
 342       double min, max, mean, mode, median, stddev;
 343       rIF.statistics (min, max, mean, mode, median, stddev);
 344       os << GetFrame()->GetTitle().c_str() << ": minimum=" << min << ", maximum=" << max << ", mean=" << mean << ", mode=" << mode << ", median=" << median << ", stddev=" << stddev << "\n";
 345       rCompareIF.statistics (min, max, mean, mode, median, stddev);
 346       os << pCompareDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str() << ": minimum=" << min << ", maximum=" << max << ", mean=" << mean << ", mode=" << mode << ", median=" << median << ", stddev=" << stddev << "\n";
 347       os << "\n";
 348       double d, r, e;
 349       rIF.comparativeStatistics (rCompareIF, d, r, e);
 350       os << "Comparative Statistics: d=" << d << ", r=" << r << ", e=" << e << "\n";
 351       *theApp->getLog() << os.str().c_str();
 352       if (dialogGetCompare.getMakeDifferenceImage()) {
 353         ImageFileDocument* pDifferenceDoc = theApp->newImageDoc();
 354         if (! pDifferenceDoc) {
 355           sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
 356           return;
 357         }
 358         ImageFile& differenceImage = pDifferenceDoc->getImageFile();
 359
 360         differenceImage.setArraySize (rIF.nx(), rIF.ny());
 361         if (! rIF.subtractImages (rCompareIF, differenceImage)) {
 362           pDifferenceDoc->getView()->getFrame()->Close(true);
 363           return;
 364         }
 365
 366         wxString s = GetFrame()->GetTitle() + ": ";
 367         differenceImage.labelsCopy (rIF, s.c_str());
 368         s = pCompareDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle() + ": ";
 369         differenceImage.labelsCopy (rCompareIF, s.c_str());
 370         std::ostringstream osLabel;
 371         osLabel << "Compare image " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str()
 372           << " and " << pCompareDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str() << ": "
 373           << os.str().c_str();
 374         differenceImage.labelAdd (os.str().c_str());
 375         if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 376           pDifferenceDoc->Modify (true);
 377         pDifferenceDoc->UpdateAllViews (this);
 378         pDifferenceDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
 379         pDifferenceDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
 380       }
 381       wxMessageBox(os.str().c_str(), "Image Comparison");
 382     }
 383   }
 384 }
 385
 386 void
 387 ImageFileView::OnInvertValues (wxCommandEvent& event)
 388 {
 389   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 390   rIF.invertPixelValues (rIF);
 391   rIF.labelAdd ("Invert Pixel Values");
 392   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 393     GetDocument()->Modify(TRUE);
 394   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
 395 }
 396
 397 void
 398 ImageFileView::OnSquare (wxCommandEvent& event)
 399 {
 400   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 401   rIF.square (rIF);
 402   rIF.labelAdd ("Square Pixel Values");
 403   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 404     GetDocument()->Modify(TRUE);
 405   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
 406 }
 407
 408 void
 409 ImageFileView::OnSquareRoot (wxCommandEvent& event)
 410 {
 411   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 412   rIF.sqrt (rIF);
 413   rIF.labelAdd ("Square-root Pixel Values");
 414   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 415     GetDocument()->Modify(TRUE);
 416   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
 417 }
 418
 419 void
 420 ImageFileView::OnLog (wxCommandEvent& event)
 421 {
 422   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 423   rIF.log (rIF);
 424   rIF.labelAdd ("Logrithm base-e Pixel Values");
 425   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 426     GetDocument()->Modify(TRUE);
 427   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
 428 }
 429
 430 void
 431 ImageFileView::OnExp (wxCommandEvent& event)
 432 {
 433   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 434   rIF.exp (rIF);
 435   rIF.labelAdd ("Exponent base-e Pixel Values");
 436   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 437     GetDocument()->Modify(TRUE);
 438   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
 439 }
 440
 441 void
 442 ImageFileView::OnAdd (wxCommandEvent& event)
 443 {
 444   std::vector<ImageFileDocument*> vecIF;
 445   theApp->getCompatibleImages (GetDocument(), vecIF);
 446
 447   if (vecIF.size() == 0) {
 448     wxMessageBox ("There are no compatible image files open for comparision", "No comparison images");
 449   } else {
 450     DialogGetComparisonImage dialogGetCompare (getFrameForChild(), "Get Image to Add", vecIF, false);
 451
 452     if (dialogGetCompare.ShowModal() == wxID_OK) {
 453       ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 454       ImageFileDocument* pRHSDoc = dialogGetCompare.getImageFileDocument();
 455       const ImageFile& rRHSIF = pRHSDoc->getImageFile();
 456       ImageFileDocument* pNewDoc = theApp->newImageDoc();
 457       if (! pNewDoc) {
 458         sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
 459         return;
 460       }
 461       ImageFile& newImage = pNewDoc->getImageFile();
 462       newImage.setArraySize (rIF.nx(), rIF.ny());
 463       rIF.addImages (rRHSIF, newImage);
 464       std::ostringstream os;
 465       os << "Add image " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str() << " and "
 466         << pRHSDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
 467       wxString s = GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle() + ": ";
 468       newImage.labelsCopy (rIF, s.c_str());
 469       s = pRHSDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle() + ": ";
 470       newImage.labelsCopy (rRHSIF, s.c_str());
 471       newImage.labelAdd (os.str().c_str());
 472       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
 473       if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 474         pNewDoc->Modify(TRUE);
 475       pNewDoc->UpdateAllViews (this);
 476       pNewDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
 477       pNewDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
 478     }
 479   }
 480 }
 481
 482 void
 483 ImageFileView::OnSubtract (wxCommandEvent& event)
 484 {
 485   std::vector<ImageFileDocument*> vecIF;
 486   theApp->getCompatibleImages (GetDocument(), vecIF);
 487
 488   if (vecIF.size() == 0) {
 489     wxMessageBox ("There are no compatible image files open for comparision", "No comparison images");
 490   } else {
 491     DialogGetComparisonImage dialogGetCompare (getFrameForChild(), "Get Image to Subtract", vecIF, false);
 492
 493     if (dialogGetCompare.ShowModal() == wxID_OK) {
 494       ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 495       ImageFileDocument* pRHSDoc = dialogGetCompare.getImageFileDocument();
 496       const ImageFile& rRHSIF = pRHSDoc->getImageFile();
 497       ImageFileDocument* pNewDoc = theApp->newImageDoc();
 498       if (! pNewDoc) {
 499         sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
 500         return;
 501       }
 502       ImageFile& newImage = pNewDoc->getImageFile();
 503       newImage.setArraySize (rIF.nx(), rIF.ny());
 504       rIF.subtractImages (rRHSIF, newImage);
 505       std::ostringstream os;
 506       os << "Subtract image " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str() << " and "
 507         << pRHSDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
 508       wxString s = GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle() + ": ";
 509       newImage.labelsCopy (rIF, s.c_str());
 510       s = pRHSDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle() + ": ";
 511       newImage.labelsCopy (rRHSIF, s.c_str());
 512       newImage.labelAdd (os.str().c_str());
 513       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
 514       if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 515         pNewDoc->Modify(TRUE);
 516       pNewDoc->UpdateAllViews (this);
 517       pNewDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
 518       pNewDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
 519     }
 520   }
 521 }
 522
 523 void
 524 ImageFileView::OnMultiply (wxCommandEvent& event)
 525 {
 526   std::vector<ImageFileDocument*> vecIF;
 527   theApp->getCompatibleImages (GetDocument(), vecIF);
 528
 529   if (vecIF.size() == 0) {
 530     wxMessageBox ("There are no compatible image files open for comparision", "No comparison images");
 531   } else {
 532     DialogGetComparisonImage dialogGetCompare (getFrameForChild(), "Get Image to Multiply", vecIF, false);
 533
 534     if (dialogGetCompare.ShowModal() == wxID_OK) {
 535       ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 536       ImageFileDocument* pRHSDoc = dialogGetCompare.getImageFileDocument();
 537       const ImageFile& rRHSIF = pRHSDoc->getImageFile();
 538       ImageFileDocument* pNewDoc = theApp->newImageDoc();
 539       if (! pNewDoc) {
 540         sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
 541         return;
 542       }
 543       ImageFile& newImage = pNewDoc->getImageFile();
 544       newImage.setArraySize (rIF.nx(), rIF.ny());
 545       rIF.multiplyImages (rRHSIF, newImage);
 546       std::ostringstream os;
 547       os << "Multiply image " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str() << " and "
 548         << pRHSDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
 549       wxString s = GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle() + ": ";
 550       newImage.labelsCopy (rIF, s.c_str());
 551       s = pRHSDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle() + ": ";
 552       newImage.labelsCopy (rRHSIF, s.c_str());
 553       newImage.labelAdd (os.str().c_str());
 554       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
 555       if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 556         pNewDoc->Modify(TRUE);
 557       pNewDoc->UpdateAllViews (this);
 558       pNewDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
 559       pNewDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
 560     }
 561   }
 562 }
 563
 564 void
 565 ImageFileView::OnDivide (wxCommandEvent& event)
 566 {
 567   std::vector<ImageFileDocument*> vecIF;
 568   theApp->getCompatibleImages (GetDocument(), vecIF);
 569
 570   if (vecIF.size() == 0) {
 571     wxMessageBox ("There are no compatible image files open for comparision", "No comparison images");
 572   } else {
 573     DialogGetComparisonImage dialogGetCompare (getFrameForChild(), "Get Image to Divide", vecIF, false);
 574
 575     if (dialogGetCompare.ShowModal() == wxID_OK) {
 576       ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 577       ImageFileDocument* pRHSDoc = dialogGetCompare.getImageFileDocument();
 578       const ImageFile& rRHSIF = pRHSDoc->getImageFile();
 579       ImageFileDocument* pNewDoc = theApp->newImageDoc();
 580       if (! pNewDoc) {
 581         sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
 582         return;
 583       }
 584       ImageFile& newImage = pNewDoc->getImageFile();
 585       newImage.setArraySize (rIF.nx(), rIF.ny());
 586       rIF.divideImages (rRHSIF, newImage);
 587       std::ostringstream os;
 588       os << "Divide image " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str() << " by "
 589         << pRHSDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
 590       wxString s = GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle() + ": ";
 591       newImage.labelsCopy (rIF, s.c_str());
 592       s = pRHSDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle() + ": ";
 593       newImage.labelsCopy (rRHSIF, s.c_str());
 594       newImage.labelAdd (os.str().c_str());
 595       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
 596       if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 597         pNewDoc->Modify(TRUE);
 598       pNewDoc->UpdateAllViews (this);
 599       pNewDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
 600       pNewDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
 601     }
 602   }
 603 }
 604
 605
 606 #ifdef HAVE_FFT
 607 void
 608 ImageFileView::OnFFT (wxCommandEvent& event)
 609 {
 610   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 611   rIF.fft (rIF);
 612   rIF.labelAdd ("FFT Image");
 613   m_bMinSpecified = false;
 614   m_bMaxSpecified = false;
 615   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 616     GetDocument()->Modify(TRUE);
 617   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
 618 }
 619
 620 void
 621 ImageFileView::OnIFFT (wxCommandEvent& event)
 622 {
 623   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 624   rIF.ifft (rIF);
 625   rIF.labelAdd ("IFFT Image");
 626   m_bMinSpecified = false;
 627   m_bMaxSpecified = false;
 628   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 629     GetDocument()->Modify(TRUE);
 630   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
 631 }
 632
 633 void
 634 ImageFileView::OnFFTRows (wxCommandEvent& event)
 635 {
 636   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 637   rIF.fftRows (rIF);
 638   rIF.labelAdd ("FFT Rows");
 639   m_bMinSpecified = false;
 640   m_bMaxSpecified = false;
 641   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 642     GetDocument()->Modify(TRUE);
 643   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
 644 }
 645
 646 void
 647 ImageFileView::OnIFFTRows (wxCommandEvent& event)
 648 {
 649   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 650   rIF.ifftRows (rIF);
 651   rIF.labelAdd ("IFFT Rows");
 652   m_bMinSpecified = false;
 653   m_bMaxSpecified = false;
 654   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 655     GetDocument()->Modify(TRUE);
 656   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
 657 }
 658
 659 void
 660 ImageFileView::OnFFTCols (wxCommandEvent& event)
 661 {
 662   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 663   rIF.fftCols (rIF);
 664   rIF.labelAdd ("FFT Columns");
 665   m_bMinSpecified = false;
 666   m_bMaxSpecified = false;
 667   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 668     GetDocument()->Modify(TRUE);
 669   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
 670 }
 671
 672 void
 673 ImageFileView::OnIFFTCols (wxCommandEvent& event)
 674 {
 675   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 676   rIF.ifftCols (rIF);
 677   rIF.labelAdd ("IFFT Columns");
 678   m_bMinSpecified = false;
 679   m_bMaxSpecified = false;
 680   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 681     GetDocument()->Modify(TRUE);
 682   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
 683 }
 684 #endif
 685
 686 void
 687 ImageFileView::OnFourier (wxCommandEvent& event)
 688 {
 689   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 690   wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Fourier"), wxString("Fourier Progress"), 1, getFrameForChild(), wxPD_APP_MODAL);
 691   rIF.fourier (rIF);
 692   rIF.labelAdd ("Fourier Image");
 693   m_bMinSpecified = false;
 694   m_bMaxSpecified = false;
 695   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 696     GetDocument()->Modify(TRUE);
 697   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
 698 }
 699
 700 void
 701 ImageFileView::OnInverseFourier (wxCommandEvent& event)
 702 {
 703   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 704   wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Inverse Fourier"), wxString("Inverse Fourier Progress"), 1, getFrameForChild(), wxPD_APP_MODAL);
 705   rIF.inverseFourier (rIF);
 706   rIF.labelAdd ("Inverse Fourier Image");
 707   m_bMinSpecified = false;
 708   m_bMaxSpecified = false;
 709   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 710     GetDocument()->Modify(TRUE);
 711   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
 712 }
 713
 714 void
 715 ImageFileView::OnShuffleNaturalToFourierOrder (wxCommandEvent& event)
 716 {
 717   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 718   Fourier::shuffleNaturalToFourierOrder (rIF);
 719   rIF.labelAdd ("Shuffle Natural To Fourier Order");
 720   m_bMinSpecified = false;
 721   m_bMaxSpecified = false;
 722   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 723     GetDocument()->Modify(TRUE);
 724   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
 725 }
 726
 727 void
 728 ImageFileView::OnShuffleFourierToNaturalOrder (wxCommandEvent& event)
 729 {
 730   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 731   Fourier::shuffleFourierToNaturalOrder (rIF);
 732   rIF.labelAdd ("Shuffle Fourier To Natural Order");
 733   m_bMinSpecified = false;
 734   m_bMaxSpecified = false;
 735   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 736     GetDocument()->Modify(TRUE);
 737   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
 738 }
 739
 740 void
 741 ImageFileView::OnMagnitude (wxCommandEvent& event)
 742 {
 743   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 744   if (rIF.isComplex()) {
 745     rIF.magnitude (rIF);
 746     rIF.labelAdd ("Magnitude of complex-image");
 747     m_bMinSpecified = false;
 748     m_bMaxSpecified = false;
 749     if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 750       GetDocument()->Modify(TRUE);
 751     GetDocument()->UpdateAllViews (this);
 752   }
 753 }
 754
 755 void
 756 ImageFileView::OnPhase (wxCommandEvent& event)
 757 {
 758   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 759   if (rIF.isComplex()) {
 760     rIF.phase (rIF);
 761     rIF.labelAdd ("Phase of complex-image");
 762     m_bMinSpecified = false;
 763     m_bMaxSpecified = false;
 764     if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 765       GetDocument()->Modify(TRUE);
 766     GetDocument()->UpdateAllViews (this);
 767   }
 768 }
 769
 770
 771 ImageFileCanvas*
 772 ImageFileView::CreateCanvas (wxFrame* parent)
 773 {
 774   ImageFileCanvas* pCanvas;
 775   int width, height;
 776   parent->GetClientSize(&width, &height);
 777
 778   pCanvas = new ImageFileCanvas (this, parent, wxPoint(0, 0), wxSize(width, height), 0);
 779
 780   pCanvas->SetScrollbars(20, 20, 50, 50);
 781   pCanvas->SetBackgroundColour(*wxWHITE);
 782   pCanvas->Clear();
 783
 784   return pCanvas;
 785 }
 786
 787 #if CTSIM_MDI
 788 wxDocMDIChildFrame*
 789 #else
 790 wxDocChildFrame*
 791 #endif
 792 ImageFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
 793 {
 794 #if CTSIM_MDI
 795   wxDocMDIChildFrame* subframe = new wxDocMDIChildFrame (doc, view, theApp->getMainFrame(), -1, "ImageFile Frame", wxPoint(-1, -1), wxSize(0, 0), wxDEFAULT_FRAME_STYLE);
 796 #else
 797   wxDocChildFrame* subframe = new wxDocChildFrame (doc, view, theApp->getMainFrame(), -1, "ImageFile Frame", wxPoint(-1, -1), wxSize(0, 0), wxDEFAULT_FRAME_STYLE);
 798 #endif
 799   theApp->setIconForFrame (subframe);
 800
 801   wxMenu *m_pFileMenu = new wxMenu;
 802
 803   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_PHANTOM, "Cr&eate Phantom...\tCtrl-P");
 804   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_FILTER, "Create &Filter...\tCtrl-F");
 805   m_pFileMenu->Append(wxID_OPEN, "&Open...\tCtrl-O");
 806   m_pFileMenu->Append(wxID_SAVE, "&Save\tCtrl-S");
 807   m_pFileMenu->Append(wxID_SAVEAS, "Save &As...");
 808   m_pFileMenu->Append(wxID_CLOSE, "&Close\tCtrl-W");
 809
 810   m_pFileMenu->AppendSeparator();
 811   m_pFileMenu->Append(IFMENU_FILE_PROPERTIES, "P&roperties");
 812   m_pFileMenu->Append(IFMENU_FILE_EXPORT, "&Export...");
 813
 814   m_pFileMenu->AppendSeparator();
 815   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT, "&Print...");
 816   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT_SETUP, "Print &Setup...");
 817   m_pFileMenu->Append(wxID_PREVIEW, "Print Pre&view");
 818 #ifdef CTSIM_MDI
 819   m_pFileMenu->AppendSeparator();
 820   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_EXIT, "E&xit");
 821 #endif
 822   GetDocumentManager()->FileHistoryAddFilesToMenu(m_pFileMenu);
 823   GetDocumentManager()->FileHistoryUseMenu(m_pFileMenu);
 824
 825   wxMenu *view_menu = new wxMenu;
 826   view_menu->Append(IFMENU_VIEW_SCALE_MINMAX, "Display Scale S&et...\tCtrl-E");
 827   view_menu->Append(IFMENU_VIEW_SCALE_AUTO, "Display Scale &Auto...\tCtrl-A");
 828   view_menu->Append(IFMENU_VIEW_SCALE_FULL, "Display F&ull Scale\tCtrl-U");
 829
 830   wxMenu* filter_menu = new wxMenu;
 831   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_INVERTVALUES, "&Invert Values");
 832   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_SQUARE, "&Square");
 833   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_SQRT, "Square &Root");
 834   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_LOG, "&Log");
 835   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_EXP, "&Exp");
 836   filter_menu->AppendSeparator();
 837 #ifdef HAVE_FFT
 838   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_FFT, "2D &FFT");
 839   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_IFFT, "2D &IFFT");
 840   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_FFT_ROWS, "FFT Rows");
 841   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_IFFT_ROWS, "IFFT Rows");
 842   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_FFT_COLS, "FFT Columns");
 843   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_IFFT_COLS, "IFFT Columns");
 844   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_FOURIER, "F&ourier");
 845   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_INVERSE_FOURIER, "Inverse Fo&urier");
 846 #else
 847   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_FOURIER, "&Fourier");
 848   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_INVERSE_FOURIER, "&Inverse Fourier");
 849 #endif
 850   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_SHUFFLEFOURIERTONATURALORDER, "S&huffle Fourier to Natural Order");
 851   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_SHUFFLENATURALTOFOURIERORDER, "Shu&ffle Natural to Fourier Order");
 852   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_MAGNITUDE, "&Magnitude");
 853   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_PHASE, "&Phase");
 854
 855   wxMenu* image_menu = new wxMenu;
 856   image_menu->Append (IFMENU_IMAGE_ADD, "&Add...");
 857   image_menu->Append (IFMENU_IMAGE_SUBTRACT, "&Subtract...");
 858   image_menu->Append (IFMENU_IMAGE_MULTIPLY, "&Multiply...");
 859   image_menu->Append (IFMENU_IMAGE_DIVIDE, "&Divide...");
 860   image_menu->AppendSeparator();
 861   image_menu->Append (IFMENU_IMAGE_SCALESIZE, "S&cale Size...");
 862
 863   wxMenu *analyze_menu = new wxMenu;
 864   analyze_menu->Append (IFMENU_PLOT_ROW, "Plot &Row");
 865   analyze_menu->Append (IFMENU_PLOT_COL, "Plot &Column");
 866   analyze_menu->Append (IFMENU_PLOT_HISTOGRAM, "Plot &Histogram");
 867   analyze_menu->AppendSeparator();
 868   analyze_menu->Append (IFMENU_PLOT_FFT_ROW, "Plot FFT Row");
 869   analyze_menu->Append (IFMENU_PLOT_FFT_COL, "Plot FFT Column");
 870   analyze_menu->AppendSeparator();
 871   analyze_menu->Append (IFMENU_COMPARE_IMAGES, "Compare &Images...");
 872   analyze_menu->Append (IFMENU_COMPARE_ROW, "Compare &Row");
 873   analyze_menu->Append (IFMENU_COMPARE_COL, "Compare &Column");
 874
 875   wxMenu *help_menu = new wxMenu;
 876   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_CONTENTS, "&Contents\tF1");
 877   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_TOPICS, "&Topics\tCtrl-H");
 878   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_ABOUT, "&About");
 879
 880   wxMenuBar *menu_bar = new wxMenuBar;
 881
 882   menu_bar->Append(m_pFileMenu, "&File");
 883   menu_bar->Append(view_menu, "&View");
 884   menu_bar->Append(image_menu, "&Image");
 885   menu_bar->Append(filter_menu, "Fi&lter");
 886   menu_bar->Append(analyze_menu, "&Analyze");
 887   menu_bar->Append(help_menu, "&Help");
 888
 889   subframe->SetMenuBar(menu_bar);
 890
 891   subframe->Centre(wxBOTH);
 892
 893   wxAcceleratorEntry accelEntries[10];
 894   accelEntries[0].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('O'), wxID_OPEN);
 895   accelEntries[1].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('S'), wxID_SAVE);
 896   accelEntries[2].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('W'), wxID_CLOSE);
 897   accelEntries[3].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('H'), MAINMENU_HELP_TOPICS);
 898   accelEntries[4].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('P'), MAINMENU_FILE_CREATE_PHANTOM);
 899   accelEntries[5].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('F'), MAINMENU_FILE_CREATE_FILTER);
 900   accelEntries[6].Set (wxACCEL_NORMAL, WXK_F1, MAINMENU_HELP_CONTENTS);
 901   accelEntries[7].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('A'), IFMENU_VIEW_SCALE_AUTO);
 902   accelEntries[8].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('U'), IFMENU_VIEW_SCALE_FULL);
 903   accelEntries[9].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('E'), IFMENU_VIEW_SCALE_MINMAX);
 904   wxAcceleratorTable accelTable (10, accelEntries);
 905   subframe->SetAcceleratorTable (accelTable);
 906
 907   return subframe;
 908 }
 909
 910
 911 bool
 912 ImageFileView::OnCreate (wxDocument *doc, long WXUNUSED(flags) )
 913 {
 914   m_pFrame = CreateChildFrame(doc, this);
 915      (m_pFrame);
 916
 917   m_bMinSpecified = false;
 918   m_bMaxSpecified = false;
 919   m_dAutoScaleFactor = 1.;
 920
 921   int width, height;
 922   m_pFrame->GetClientSize (&width, &height);
 923   m_pFrame->SetTitle("ImageFileView");
 924   m_pCanvas = CreateCanvas (m_pFrame);
 925
 926   int x, y;  // X requires a forced resize
 927   m_pFrame->GetSize(&x, &y);
 928   m_pFrame->SetSize(-1, -1, x, y);
 929   m_pFrame->SetFocus();
 930   m_pFrame->Show(true);
 931   Activate(true);
 932
 933   return true;
 934 }
 935
 936 void
 937 ImageFileView::OnDraw (wxDC* dc)
 938 {
 939   wxSize sizeWindow = m_pFrame->GetClientSize();
 940   wxSize sizeBest = m_pCanvas->GetBestSize();
 941   if (sizeWindow.x > sizeBest.x || sizeWindow.y > sizeBest.y)
 942     m_pFrame->SetClientSize (sizeBest);
 943
 944   if (m_bitmap.Ok())
 945     dc->DrawBitmap(m_bitmap, 0, 0, false);
 946
 947   int xCursor, yCursor;
 948   if (m_pCanvas->GetCurrentCursor (xCursor, yCursor))
 949     m_pCanvas->DrawRubberBandCursor (*dc, xCursor, yCursor);
 950 }
 951
 952
 953 void
 954 ImageFileView::OnUpdate (wxView *WXUNUSED(sender), wxObject *WXUNUSED(hint) )
 955 {
 956   const ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 957   ImageFileArrayConst v = rIF.getArray();
 958   int nx = rIF.nx();
 959   int ny = rIF.ny();
 960   if (v != NULL && nx != 0 && ny != 0) {
 961     if (! m_bMinSpecified || ! m_bMaxSpecified) {
 962       double min, max;
 963       rIF.getMinMax (min, max);
 964       if (! m_bMinSpecified)
 965         m_dMinPixel = min;
 966       if (! m_bMaxSpecified)
 967         m_dMaxPixel = max;
 968     }
 969     double scaleWidth = m_dMaxPixel - m_dMinPixel;
 970
 971     unsigned char* imageData = new unsigned char [nx * ny * 3];
 972     for (int ix = 0; ix < nx; ix++) {
 973       for (int iy = 0; iy < ny; iy++) {
 974         double scaleValue = ((v[ix][iy] - m_dMinPixel) / scaleWidth) * 255;
 975         int intensity = static_cast<int>(scaleValue + 0.5);
 976         intensity = clamp (intensity, 0, 255);
 977         int baseAddr = ((ny - 1 - iy) * nx + ix) * 3;
 978         imageData[baseAddr] = imageData[baseAddr+1] = imageData[baseAddr+2] = intensity;
 979       }
 980     }
 981     wxImage image (nx, ny, imageData, true);
 982     m_bitmap = image.ConvertToBitmap();
 983     delete imageData;
 984     int xSize = nx;
 985     int ySize = ny;
 986     ySize = clamp (ySize, 0, 800);
 987     m_pFrame->SetClientSize (xSize, ySize);
 988     m_pCanvas->SetScrollbars(20, 20, nx/20, ny/20);
 989     m_pCanvas->SetBackgroundColour(*wxWHITE);
 990   }
 991
 992   if (m_pCanvas)
 993     m_pCanvas->Refresh();
 994 }
 995
 996 bool
 997 ImageFileView::OnClose (bool deleteWindow)
 998 {
 999   if (! GetDocument() || ! GetDocument()->Close())
1000     return false;
1001
1002   if (m_pCanvas) {
1003         m_pCanvas->Show(false);
1004     m_pCanvas->setView(NULL);
1005     m_pCanvas = NULL;
1006   }
1007   wxString s(theApp->GetAppName());
1008   if (m_pFrame)
1009     m_pFrame->SetTitle(s);
1010
1011   SetFrame(NULL);
1012   Activate(false);
1013
1014   if (deleteWindow) {
1015     m_pFrame->Show(false);
1016         ::wxYield();
1017     m_pFrame->Destroy();
1018     m_pFrame = NULL;
1019   }
1020   return true;
1021 }
1022
1023 void
1024 ImageFileView::OnExport (wxCommandEvent& event)
1025 {
1026   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
1027   ImageFileArrayConst v = rIF.getArray();
1028   int nx = rIF.nx();
1029   int ny = rIF.ny();
1030   if (v != NULL && nx != 0 && ny != 0) {
1031     if (! m_bMinSpecified || ! m_bMaxSpecified) {
1032       double min, max;
1033       rIF.getMinMax (min, max);
1034       if (! m_bMinSpecified)
1035         m_dMinPixel = min;
1036       if (! m_bMaxSpecified)
1037         m_dMaxPixel = max;
1038     }
1039
1040     DialogExportParameters dialogExport (getFrameForChild(), m_iDefaultExportFormatID);
1041     if (dialogExport.ShowModal() == wxID_OK) {
1042       wxString strFormatName (dialogExport.getFormatName ());
1043       m_iDefaultExportFormatID = ImageFile::convertFormatNameToID (strFormatName.c_str());
1044
1045       wxString strExt;
1046       wxString strWildcard;
1047       if (m_iDefaultExportFormatID == ImageFile::FORMAT_PGM || m_iDefaultExportFormatID == ImageFile::FORMAT_PGMASCII) {
1048         strExt = ".pgm";
1049         strWildcard = "PGM Files (*.pgm)|*.pgm";
1050       }
1051 #ifdef HAVE_PNG
1052       else if (m_iDefaultExportFormatID == ImageFile::FORMAT_PNG || m_iDefaultExportFormatID == ImageFile::FORMAT_PNG16) {
1053         strExt = ".png";
1054         strWildcard = "PNG Files (*.png)|*.png";
1055       }
1056 #endif
1057
1058       const wxString& strFilename = wxFileSelector (wxString("Export Filename"), wxString(""),
1059         wxString(""), strExt, strWildcard, wxOVERWRITE_PROMPT | wxHIDE_READONLY | wxSAVE);
1060       if (strFilename) {
1061         rIF.exportImage (strFormatName.c_str(), strFilename.c_str(), 1, 1, m_dMinPixel, m_dMaxPixel);
1062         *theApp->getLog() << "Exported file " << strFilename << "\n";
1063       }
1064     }
1065   }
1066 }
1067
1068 void
1069 ImageFileView::OnScaleSize (wxCommandEvent& event)
1070 {
1071   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
1072   unsigned int iOldNX = rIF.nx();
1073   unsigned int iOldNY = rIF.ny();
1074
1075   DialogGetXYSize dialogGetXYSize (getFrameForChild(), "Set New X & Y Dimensions", iOldNX, iOldNY);
1076   if (dialogGetXYSize.ShowModal() == wxID_OK) {
1077     unsigned int iNewNX = dialogGetXYSize.getXSize();
1078     unsigned int iNewNY = dialogGetXYSize.getYSize();
1079     std::ostringstream os;
1080     os << "Scale Size from (" << iOldNX << "," << iOldNY << ") to (" << iNewNX << "," << iNewNY << ")";
1081     ImageFileDocument* pScaledDoc = theApp->newImageDoc();
1082     if (! pScaledDoc) {
1083       sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
1084       return;
1085     }
1086     ImageFile& rScaledIF = pScaledDoc->getImageFile();
1087     rScaledIF.setArraySize (iNewNX, iNewNY);
1088     rScaledIF.labelsCopy (rIF);
1089     rScaledIF.labelAdd (os.str().c_str());
1090     rIF.scaleImage (rScaledIF);
1091     *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
1092     if (theApp->getSetModifyNewDocs())
1093       pScaledDoc->Modify(TRUE);
1094     pScaledDoc->UpdateAllViews (this);
1095     pScaledDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
1096     pScaledDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
1097   }
1098 }
1099
1100 void
1101 ImageFileView::OnPlotRow (wxCommandEvent& event)
1102 {
1103   int xCursor, yCursor;
1104   if (! m_pCanvas->GetCurrentCursor (xCursor, yCursor)) {
1105     wxMessageBox ("No row selected. Please use left mouse button on image to select column","Error");
1106     return;
1107   }
1108
1109   const ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
1110   ImageFileArrayConst v = rIF.getArray();
1111   ImageFileArrayConst vImag = rIF.getImaginaryArray();
1112   int nx = rIF.nx();
1113   int ny = rIF.ny();
1114
1115   if (v != NULL && yCursor < ny) {
1116     double* pX = new double [nx];
1117     double* pYReal = new double [nx];
1118     double *pYImag = NULL;
1119     double *pYMag = NULL;
1120     if (rIF.isComplex()) {
1121       pYImag = new double [nx];
1122       pYMag = new double [nx];
1123     }
1124     for (int i = 0; i < nx; i++) {
1125       pX[i] = i;
1126       pYReal[i] = v[i][yCursor];
1127       if (rIF.isComplex()) {
1128         pYImag[i] = vImag[i][yCursor];
1129         pYMag[i] = ::sqrt (v[i][yCursor] * v[i][yCursor] + vImag[i][yCursor] * vImag[i][yCursor]);
1130       }
1131     }
1132     PlotFileDocument* pPlotDoc = theApp->newPlotDoc();
1133     if (! pPlotDoc) {
1134       sys_error (ERR_SEVERE, "Internal error: unable to create Plot file");
1135     } else {
1136       PlotFile& rPlotFile = pPlotDoc->getPlotFile();
1137       std::ostringstream os;
1138       os << "Row " << yCursor;
1139       std::string title("title ");
1140       title += os.str();
1141       rPlotFile.addEzsetCommand (title.c_str());
1142       rPlotFile.addEzsetCommand ("xlabel Column");
1143       rPlotFile.addEzsetCommand ("ylabel Pixel Value");
1144       rPlotFile.addEzsetCommand ("lxfrac 0");
1145       rPlotFile.addEzsetCommand ("box");
1146       rPlotFile.addEzsetCommand ("grid");
1147       rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 1");
1148       rPlotFile.addEzsetCommand ("color 1");
1149       if (rIF.isComplex()) {
1150         rPlotFile.addEzsetCommand ("dash 1");
1151         rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 2");
1152         rPlotFile.addEzsetCommand ("color 4");
1153         rPlotFile.addEzsetCommand ("dash 3");
1154         rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 3");
1155         rPlotFile.addEzsetCommand ("color 0");
1156         rPlotFile.addEzsetCommand ("solid");
1157         rPlotFile.setCurveSize (4, nx);
1158       } else
1159         rPlotFile.setCurveSize (2, nx);
1160       rPlotFile.addColumn (0, pX);
1161       rPlotFile.addColumn (1, pYReal);
1162       if (rIF.isComplex()) {
1163         rPlotFile.addColumn (2, pYImag);
1164         rPlotFile.addColumn (3, pYMag);
1165       }
1166       for (unsigned int iL = 0; iL < rIF.nLabels(); iL++)
1167         rPlotFile.addDescription (rIF.labelGet(iL).getLabelString().c_str());
1168       os << " Plot of " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1169       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
1170       rPlotFile.addDescription (os.str().c_str());
1171     }
1172     delete pX;
1173     delete pYReal;
1174     if (rIF.isComplex()) {
1175       delete pYImag;
1176       delete pYMag;
1177     }
1178     if (theApp->getSetModifyNewDocs())
1179       pPlotDoc->Modify(true);
1180     pPlotDoc->UpdateAllViews ();
1181   }
1182 }
1183
1184 void
1185 ImageFileView::OnPlotCol (wxCommandEvent& event)
1186 {
1187   int xCursor, yCursor;
1188   if (! m_pCanvas->GetCurrentCursor (xCursor, yCursor)) {
1189     wxMessageBox ("No column selected. Please use left mouse button on image to select column","Error");
1190     return;
1191   }
1192
1193   const ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
1194   ImageFileArrayConst v = rIF.getArray();
1195   ImageFileArrayConst vImag = rIF.getImaginaryArray();
1196   int nx = rIF.nx();
1197   int ny = rIF.ny();
1198
1199   if (v != NULL && xCursor < nx) {
1200     double* pX = new double [ny];
1201     double* pYReal = new double [ny];
1202     double* pYImag = NULL;
1203     double* pYMag = NULL;
1204     if (rIF.isComplex()) {
1205       pYImag = new double [ny];
1206       pYMag = new double [ny];
1207     }
1208     for (int i = 0; i < ny; i++) {
1209       pX[i] = i;
1210       pYReal[i] = v[xCursor][i];
1211       if (rIF.isComplex()) {
1212         pYImag[i] = vImag[xCursor][i];
1213         pYMag[i] = ::sqrt (v[xCursor][i] * v[xCursor][i] + vImag[xCursor][i] * vImag[xCursor][i]);
1214       }
1215     }
1216     PlotFileDocument* pPlotDoc = theApp->newPlotDoc();
1217     if (! pPlotDoc) {
1218       sys_error (ERR_SEVERE, "Internal error: unable to create Plot file");
1219     } else {
1220       PlotFile& rPlotFile = pPlotDoc->getPlotFile();
1221       std::ostringstream os;
1222       os << "Column " << xCursor;
1223       std::string title("title ");
1224       title += os.str();
1225       rPlotFile.addEzsetCommand (title.c_str());
1226       rPlotFile.addEzsetCommand ("xlabel Row");
1227       rPlotFile.addEzsetCommand ("ylabel Pixel Value");
1228       rPlotFile.addEzsetCommand ("lxfrac 0");
1229       rPlotFile.addEzsetCommand ("box");
1230       rPlotFile.addEzsetCommand ("grid");
1231       rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 1");
1232       rPlotFile.addEzsetCommand ("color 1");
1233       if (rIF.isComplex()) {
1234         rPlotFile.addEzsetCommand ("dash 1");
1235         rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 2");
1236         rPlotFile.addEzsetCommand ("color 4");
1237         rPlotFile.addEzsetCommand ("dash 3");
1238         rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 3");
1239         rPlotFile.addEzsetCommand ("color 0");
1240         rPlotFile.addEzsetCommand ("solid");
1241         rPlotFile.setCurveSize (4, ny);
1242       } else
1243         rPlotFile.setCurveSize (2, ny);
1244       rPlotFile.addColumn (0, pX);
1245       rPlotFile.addColumn (1, pYReal);
1246       if (rIF.isComplex()) {
1247         rPlotFile.addColumn (2, pYImag);
1248         rPlotFile.addColumn (3, pYMag);
1249       }
1250       for (unsigned int iL = 0; iL < rIF.nLabels(); iL++)
1251         rPlotFile.addDescription (rIF.labelGet(iL).getLabelString().c_str());
1252       os << " Plot of " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1253       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
1254       rPlotFile.addDescription (os.str().c_str());
1255     }
1256     delete pX;
1257     delete pYReal;
1258     if (rIF.isComplex()) {
1259       delete pYImag;
1260       delete pYMag;
1261     }
1262     if (theApp->getSetModifyNewDocs())
1263       pPlotDoc->Modify(true);
1264     pPlotDoc->UpdateAllViews ();
1265   }
1266 }
1267
1268 #ifdef HAVE_FFT
1269 void
1270 ImageFileView::OnPlotFFTRow (wxCommandEvent& event)
1271 {
1272   int xCursor, yCursor;
1273   if (! m_pCanvas->GetCurrentCursor (xCursor, yCursor)) {
1274     wxMessageBox ("No row selected. Please use left mouse button on image to select column","Error");
1275     return;
1276   }
1277
1278   const ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
1279   ImageFileArrayConst v = rIF.getArray();
1280   ImageFileArrayConst vImag = rIF.getImaginaryArray();
1281   int nx = rIF.nx();
1282   int ny = rIF.ny();
1283
1284   if (v != NULL && yCursor < ny) {
1285     fftw_complex* pcIn = new fftw_complex [nx];
1286
1287     int i;
1288     for (i = 0; i < nx; i++) {
1289       pcIn[i].re = v[i][yCursor];
1290       if (rIF.isComplex())
1291         pcIn[i].im = vImag[i][yCursor];
1292       else
1293         pcIn[i].im = 0;
1294     }
1295
1296     fftw_plan plan = fftw_create_plan (nx, FFTW_FORWARD, FFTW_IN_PLACE);
1297     fftw_one (plan, pcIn, NULL);
1298     fftw_destroy_plan (plan);
1299
1300     double* pX = new double [nx];
1301     double* pYReal = new double [nx];
1302     double* pYImag = new double [nx];
1303     double* pYMag = new double [nx];
1304     for (i = 0; i < nx; i++) {
1305       pX[i] = i;
1306       pYReal[i] = pcIn[i].re;
1307       pYImag[i] = pcIn[i].im;
1308       pYMag[i] = ::sqrt (pcIn[i].re * pcIn[i].re + pcIn[i].im * pcIn[i].im);
1309     }
1310     Fourier::shuffleFourierToNaturalOrder (pYReal, nx);
1311     Fourier::shuffleFourierToNaturalOrder (pYImag, nx);
1312     Fourier::shuffleFourierToNaturalOrder (pYMag, nx);
1313
1314     PlotFileDocument* pPlotDoc = theApp->newPlotDoc();
1315     if (! pPlotDoc) {
1316       sys_error (ERR_SEVERE, "Internal error: unable to create Plot file");
1317     } else {
1318       PlotFile& rPlotFile = pPlotDoc->getPlotFile();
1319       std::ostringstream os;
1320       os << "Row " << yCursor;
1321       std::string title("title ");
1322       title += os.str();
1323       rPlotFile.addEzsetCommand (title.c_str());
1324       rPlotFile.addEzsetCommand ("xlabel Column");
1325       rPlotFile.addEzsetCommand ("ylabel Pixel Value");
1326       rPlotFile.addEzsetCommand ("lxfrac 0");
1327       rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 1");
1328       rPlotFile.addEzsetCommand ("color 1");
1329       rPlotFile.addEzsetCommand ("dash 1");
1330       rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 2");
1331       rPlotFile.addEzsetCommand ("color 4");
1332       rPlotFile.addEzsetCommand ("dash 3");
1333       rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 3");
1334       rPlotFile.addEzsetCommand ("color 0");
1335       rPlotFile.addEzsetCommand ("solid");
1336       rPlotFile.addEzsetCommand ("box");
1337       rPlotFile.addEzsetCommand ("grid");
1338       rPlotFile.setCurveSize (4, nx);
1339       rPlotFile.addColumn (0, pX);
1340       rPlotFile.addColumn (1, pYReal);
1341       rPlotFile.addColumn (2, pYImag);
1342       rPlotFile.addColumn (3, pYMag);
1343       for (int iL = 0; iL < rIF.nLabels(); iL++)
1344         rPlotFile.addDescription (rIF.labelGet(iL).getLabelString().c_str());
1345       os << " FFT Plot of " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1346       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
1347       rPlotFile.addDescription (os.str().c_str());
1348     }
1349     delete pX;
1350     delete pYReal;
1351     delete pYImag;
1352     delete pYMag;
1353     delete [] pcIn;
1354
1355     if (theApp->getSetModifyNewDocs())
1356       pPlotDoc->Modify(true);
1357     pPlotDoc->UpdateAllViews ();
1358   }
1359 }
1360
1361 void
1362 ImageFileView::OnPlotFFTCol (wxCommandEvent& event)
1363 {
1364   int xCursor, yCursor;
1365   if (! m_pCanvas->GetCurrentCursor (xCursor, yCursor)) {
1366     wxMessageBox ("No column selected. Please use left mouse button on image to select column","Error");
1367     return;
1368   }
1369
1370   const ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
1371   ImageFileArrayConst v = rIF.getArray();
1372   ImageFileArrayConst vImag = rIF.getImaginaryArray();
1373   int nx = rIF.nx();
1374   int ny = rIF.ny();
1375
1376   if (v != NULL && xCursor < nx) {
1377     fftw_complex* pcIn = new fftw_complex [ny];
1378     double *pdTemp = new double [ny];
1379
1380     int i;
1381     for (i = 0; i < ny; i++)
1382       pdTemp[i] = v[xCursor][i];
1383     Fourier::shuffleNaturalToFourierOrder (pdTemp, ny);
1384     for (i = 0; i < ny; i++)
1385       pcIn[i].re = pdTemp[i];
1386
1387     for (i = 0; i < ny; i++) {
1388       if (rIF.isComplex())
1389         pdTemp[i] = vImag[xCursor][i];
1390       else
1391         pdTemp[i] = 0;
1392     }
1393     Fourier::shuffleNaturalToFourierOrder (pdTemp, ny);
1394     for (i = 0; i < ny; i++)
1395       pcIn[i].im = pdTemp[i];
1396
1397     fftw_plan plan = fftw_create_plan (ny, FFTW_BACKWARD, FFTW_IN_PLACE);
1398     fftw_one (plan, pcIn, NULL);
1399     fftw_destroy_plan (plan);
1400
1401     double* pX = new double [ny];
1402     double* pYReal = new double [ny];
1403     double* pYImag = new double [ny];
1404     double* pYMag = new double [ny];
1405     for (i = 0; i < ny; i++) {
1406       pX[i] = i;
1407       pYReal[i] = pcIn[i].re;
1408       pYImag[i] = pcIn[i].im;
1409       pYMag[i] = ::sqrt (pcIn[i].re * pcIn[i].re + pcIn[i].im * pcIn[i].im);
1410     }
1411
1412     PlotFileDocument* pPlotDoc = theApp->newPlotDoc();
1413     if (! pPlotDoc) {
1414       sys_error (ERR_SEVERE, "Internal error: unable to create Plot file");
1415     } else {
1416       PlotFile& rPlotFile = pPlotDoc->getPlotFile();
1417       std::ostringstream os;
1418       os << "Column " << xCursor;
1419       std::string title("title ");
1420       title += os.str();
1421       rPlotFile.addEzsetCommand (title.c_str());
1422       rPlotFile.addEzsetCommand ("xlabel Column");
1423       rPlotFile.addEzsetCommand ("ylabel Pixel Value");
1424       rPlotFile.addEzsetCommand ("lxfrac 0");
1425       rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 1");
1426       rPlotFile.addEzsetCommand ("color 1");
1427       rPlotFile.addEzsetCommand ("dash 1");
1428       rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 2");
1429       rPlotFile.addEzsetCommand ("color 4");
1430       rPlotFile.addEzsetCommand ("dash 3");
1431       rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 3");
1432       rPlotFile.addEzsetCommand ("color 0");
1433       rPlotFile.addEzsetCommand ("solid");
1434       rPlotFile.addEzsetCommand ("box");
1435       rPlotFile.addEzsetCommand ("grid");
1436       rPlotFile.setCurveSize (4, ny);
1437       rPlotFile.addColumn (0, pX);
1438       rPlotFile.addColumn (1, pYReal);
1439       rPlotFile.addColumn (2, pYImag);
1440       rPlotFile.addColumn (3, pYMag);
1441       for (int iL = 0; iL < rIF.nLabels(); iL++)
1442         rPlotFile.addDescription (rIF.labelGet(iL).getLabelString().c_str());
1443       os << " FFT Plot of " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1444       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
1445       rPlotFile.addDescription (os.str().c_str());
1446     }
1447     delete pX;
1448     delete pYReal;
1449     delete pYImag;
1450     delete pYMag;
1451     delete pdTemp;
1452     delete [] pcIn;
1453
1454     if (theApp->getSetModifyNewDocs())
1455       pPlotDoc->Modify(true);
1456     pPlotDoc->UpdateAllViews ();
1457   }
1458 }
1459 #endif
1460
1461 void
1462 ImageFileView::OnCompareCol (wxCommandEvent& event)
1463 {
1464   int xCursor, yCursor;
1465   if (! m_pCanvas->GetCurrentCursor (xCursor, yCursor)) {
1466     wxMessageBox ("No column selected. Please use left mouse button on image to select column","Error");
1467     return;
1468   }
1469
1470   std::vector<ImageFileDocument*> vecIFDoc;
1471   theApp->getCompatibleImages (GetDocument(), vecIFDoc);
1472   if (vecIFDoc.size() == 0) {
1473     wxMessageBox ("No compatible images for Column Comparison", "Error");
1474     return;
1475   }
1476   DialogGetComparisonImage dialogGetCompare (getFrameForChild(), "Get Comparison Image", vecIFDoc, false);
1477
1478   if (dialogGetCompare.ShowModal() == wxID_OK) {
1479     ImageFileDocument* pCompareDoc = dialogGetCompare.getImageFileDocument();
1480     const ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
1481     const ImageFile& rCompareIF = pCompareDoc->getImageFile();
1482
1483     ImageFileArrayConst v1 = rIF.getArray();
1484     ImageFileArrayConst v2 = rCompareIF.getArray();
1485     int nx = rIF.nx();
1486     int ny = rIF.ny();
1487
1488     if (v1 != NULL && xCursor < nx) {
1489       double* pX = new double [ny];
1490       double* pY1 = new double [ny];
1491       double* pY2 = new double [ny];
1492       for (int i = 0; i < ny; i++) {
1493         pX[i] = i;
1494         pY1[i] = v1[xCursor][i];
1495         pY2[i] = v2[xCursor][i];
1496       }
1497       PlotFileDocument* pPlotDoc = theApp->newPlotDoc();
1498       if (! pPlotDoc) {
1499         sys_error (ERR_SEVERE, "Internal error: unable to create Plot file");
1500       } else {
1501         PlotFile& rPlotFile = pPlotDoc->getPlotFile();
1502         std::ostringstream os;
1503         os << "Column " << xCursor << " Comparison";
1504         std::string title("title ");
1505         title += os.str();
1506         rPlotFile.addEzsetCommand (title.c_str());
1507         rPlotFile.addEzsetCommand ("xlabel Row");
1508         rPlotFile.addEzsetCommand ("ylabel Pixel Value");
1509         rPlotFile.addEzsetCommand ("lxfrac 0");
1510         rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 1");
1511         rPlotFile.addEzsetCommand ("color 2");
1512         rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 2");
1513         rPlotFile.addEzsetCommand ("color 4");
1514         rPlotFile.addEzsetCommand ("dash 5");
1515         rPlotFile.addEzsetCommand ("box");
1516         rPlotFile.addEzsetCommand ("grid");
1517         rPlotFile.setCurveSize (3, ny);
1518         rPlotFile.addColumn (0, pX);
1519         rPlotFile.addColumn (1, pY1);
1520         rPlotFile.addColumn (2, pY2);
1521
1522         unsigned int iL;
1523         for (iL = 0; iL < rIF.nLabels(); iL++) {
1524           std::string s = GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1525           s += ": ";
1526           s += rIF.labelGet(iL).getLabelString();
1527           rPlotFile.addDescription (s.c_str());
1528         }
1529         for (iL = 0; iL < rCompareIF.nLabels(); iL++) {
1530           std::string s = pCompareDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1531           s += ": ";
1532           s += rCompareIF.labelGet(iL).getLabelString();
1533           rPlotFile.addDescription (s.c_str());
1534         }
1535         os << " Between " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str() << " and "
1536           << pCompareDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1537         *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
1538         rPlotFile.addDescription (os.str().c_str());
1539       }
1540       delete pX;
1541       delete pY1;
1542       delete pY2;
1543       if (theApp->getSetModifyNewDocs())
1544         pPlotDoc->Modify(true);
1545       pPlotDoc->UpdateAllViews ();
1546     }
1547   }
1548 }
1549
1550 void
1551 ImageFileView::OnCompareRow (wxCommandEvent& event)
1552 {
1553   int xCursor, yCursor;
1554   if (! m_pCanvas->GetCurrentCursor (xCursor, yCursor)) {
1555     wxMessageBox ("No column selected. Please use left mouse button on image to select column","Error");
1556     return;
1557   }
1558
1559   std::vector<ImageFileDocument*> vecIFDoc;
1560   theApp->getCompatibleImages (GetDocument(), vecIFDoc);
1561
1562   if (vecIFDoc.size() == 0) {
1563     wxMessageBox ("No compatible images for Row Comparison", "Error");
1564     return;
1565   }
1566
1567   DialogGetComparisonImage dialogGetCompare (getFrameForChild(), "Get Comparison Image", vecIFDoc, false);
1568
1569   if (dialogGetCompare.ShowModal() == wxID_OK) {
1570     ImageFileDocument* pCompareDoc = dialogGetCompare.getImageFileDocument();
1571     const ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
1572     const ImageFile& rCompareIF = pCompareDoc->getImageFile();
1573
1574     ImageFileArrayConst v1 = rIF.getArray();
1575     ImageFileArrayConst v2 = rCompareIF.getArray();
1576     int nx = rIF.nx();
1577     int ny = rIF.ny();
1578
1579     if (v1 != NULL && yCursor < ny) {
1580       double* pX = new double [nx];
1581       double* pY1 = new double [nx];
1582       double* pY2 = new double [nx];
1583       for (int i = 0; i < nx; i++) {
1584         pX[i] = i;
1585         pY1[i] = v1[i][yCursor];
1586         pY2[i] = v2[i][yCursor];
1587       }
1588       PlotFileDocument* pPlotDoc = theApp->newPlotDoc();
1589       if (! pPlotDoc) {
1590         sys_error (ERR_SEVERE, "Internal error: unable to create Plot file");
1591       } else {
1592         PlotFile& rPlotFile = pPlotDoc->getPlotFile();
1593         std::ostringstream os;
1594         os << "Row " << yCursor << " Comparison";
1595         std::string title("title ");
1596         title += os.str();
1597         rPlotFile.addEzsetCommand (title.c_str());
1598         rPlotFile.addEzsetCommand ("xlabel Column");
1599         rPlotFile.addEzsetCommand ("ylabel Pixel Value");
1600         rPlotFile.addEzsetCommand ("lxfrac 0");
1601         rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 1");
1602         rPlotFile.addEzsetCommand ("color 2");
1603         rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 2");
1604         rPlotFile.addEzsetCommand ("color 4");
1605         rPlotFile.addEzsetCommand ("dash 5");
1606         rPlotFile.addEzsetCommand ("box");
1607         rPlotFile.addEzsetCommand ("grid");
1608         rPlotFile.setCurveSize (3, nx);
1609         rPlotFile.addColumn (0, pX);
1610         rPlotFile.addColumn (1, pY1);
1611         rPlotFile.addColumn (2, pY2);
1612         unsigned int iL;
1613         for (iL = 0; iL < rIF.nLabels(); iL++) {
1614           std::string s = GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1615           s += ": ";
1616           s += rIF.labelGet(iL).getLabelString();
1617           rPlotFile.addDescription (s.c_str());
1618         }
1619         for (iL = 0; iL < rCompareIF.nLabels(); iL++) {
1620           std::string s = pCompareDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1621           s += ": ";
1622           s += rCompareIF.labelGet(iL).getLabelString();
1623           rPlotFile.addDescription (s.c_str());
1624         }
1625         os << " Between " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str() << " and "
1626           << pCompareDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1627         *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
1628         rPlotFile.addDescription (os.str().c_str());
1629       }
1630       delete pX;
1631       delete pY1;
1632       delete pY2;
1633       if (theApp->getSetModifyNewDocs())
1634         pPlotDoc->Modify(true);
1635       pPlotDoc->UpdateAllViews ();
1636     }
1637   }
1638 }
1639
1640 static int NUMBER_HISTOGRAM_BINS = 256;
1641
1642 void
1643 ImageFileView::OnPlotHistogram (wxCommandEvent& event)
1644 {
1645   const ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
1646   ImageFileArrayConst v = rIF.getArray();
1647   int nx = rIF.nx();
1648   int ny = rIF.ny();
1649
1650   if (v != NULL && nx > 0 && ny > 0) {
1651     PlotFileDocument* pPlotDoc = theApp->newPlotDoc();
1652     if (! pPlotDoc) {
1653       sys_error (ERR_SEVERE, "Internal error: unable to create Plot file");
1654       return;
1655     }
1656
1657     double* pX = new double [NUMBER_HISTOGRAM_BINS];
1658     double* pY = new double [NUMBER_HISTOGRAM_BINS];
1659     double dMin, dMax;
1660     rIF.getMinMax (dMin, dMax);
1661     double dBinWidth = (dMax - dMin) / NUMBER_HISTOGRAM_BINS;
1662
1663     for (int i = 0; i < NUMBER_HISTOGRAM_BINS; i++) {
1664       pX[i] = dMin + (i + 0.5) * dBinWidth;
1665       pY[i] = 0;
1666     }
1667     for (int ix = 0; ix < nx; ix++)
1668       for (int iy = 0; iy < ny; iy++) {
1669         int iBin = nearest<int> ((v[ix][iy] - dMin) / dBinWidth);
1670         if (iBin >= 0 && iBin < NUMBER_HISTOGRAM_BINS)
1671           pY[iBin] += 1;
1672       }
1673
1674       PlotFile& rPlotFile = pPlotDoc->getPlotFile();
1675       std::ostringstream os;
1676       os << "Histogram";
1677       std::string title("title ");
1678       title += os.str();
1679       rPlotFile.addEzsetCommand (title.c_str());
1680       rPlotFile.addEzsetCommand ("xlabel Pixel Value");
1681       rPlotFile.addEzsetCommand ("ylabel Count");
1682       rPlotFile.addEzsetCommand ("box");
1683       rPlotFile.addEzsetCommand ("grid");
1684       rPlotFile.setCurveSize (2, NUMBER_HISTOGRAM_BINS);
1685       rPlotFile.addColumn (0, pX);
1686       rPlotFile.addColumn (1, pY);
1687       for (unsigned int iL = 0; iL < rIF.nLabels(); iL++) {
1688         std::string s = GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1689         s += ": ";
1690         s += rIF.labelGet(iL).getLabelString();
1691         rPlotFile.addDescription (s.c_str());
1692       }
1693       os << " Plot of " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1694       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
1695       rPlotFile.addDescription (os.str().c_str());
1696       delete pX;
1697       delete pY;
1698       if (theApp->getSetModifyNewDocs())
1699         pPlotDoc->Modify(true);
1700       pPlotDoc->UpdateAllViews ();
1701   }
1702 }
1703
1704
1705 // PhantomCanvas
1706
1707 PhantomCanvas::PhantomCanvas (PhantomFileView* v, wxFrame *frame, const wxPoint& pos, const wxSize& size, const long style)
1708 : wxScrolledWindow(frame, -1, pos, size, style)
1709 {
1710   m_pView = v;
1711 }
1712
1713 PhantomCanvas::~PhantomCanvas ()
1714 {
1715   m_pView = NULL;
1716 }
1717
1718 void
1719 PhantomCanvas::OnDraw (wxDC& dc)
1720 {
1721   if (m_pView)
1722     m_pView->OnDraw(& dc);
1723 }
1724
1725
1726 // PhantomFileView
1727
1728 IMPLEMENT_DYNAMIC_CLASS(PhantomFileView, wxView)
1729
1730 BEGIN_EVENT_TABLE(PhantomFileView, wxView)
1731 EVT_MENU(PHMMENU_FILE_PROPERTIES, PhantomFileView::OnProperties)
1732 EVT_MENU(PHMMENU_PROCESS_RASTERIZE, PhantomFileView::OnRasterize)
1733 EVT_MENU(PHMMENU_PROCESS_PROJECTIONS, PhantomFileView::OnProjections)
1734 END_EVENT_TABLE()
1735
1736 PhantomFileView::PhantomFileView()
1737 : wxView(), m_pFrame(NULL), m_pCanvas(NULL), m_pFileMenu(0)
1738 {
1739 #if defined(DEBUG) || defined(_DEBUG)
1740   m_iDefaultNDet = 165;
1741   m_iDefaultNView = 180;
1742 #else
1743   m_iDefaultNDet = 367;
1744   m_iDefaultNView = 320;
1745 #endif
1746   m_iDefaultNSample = 1;
1747   m_dDefaultRotation = 1;
1748   m_dDefaultFocalLength = 2;
1749   m_dDefaultFieldOfView = 1;
1750   m_iDefaultGeometry = Scanner::GEOMETRY_PARALLEL;
1751   m_iDefaultTrace = Trace::TRACE_NONE;
1752
1753 #ifdef DEBUG
1754   m_iDefaultRasterNX = 115;
1755   m_iDefaultRasterNY = 115;
1756   m_iDefaultRasterNSamples = 1;
1757 #else
1758   m_iDefaultRasterNX = 256;
1759   m_iDefaultRasterNY = 256;
1760   m_iDefaultRasterNSamples = 2;
1761 #endif
1762 }
1763
1764 PhantomFileView::~PhantomFileView()
1765 {
1766   GetDocumentManager()->FileHistoryRemoveMenu (m_pFileMenu);
1767   GetDocumentManager()->ActivateView(this, FALSE, TRUE);
1768 }
1769
1770 void
1771 PhantomFileView::OnProperties (wxCommandEvent& event)
1772 {
1773   const int idPhantom = GetDocument()->getPhantomID();
1774   const wxString& namePhantom = GetDocument()->getPhantomName();
1775   std::ostringstream os;
1776   os << "Phantom " << namePhantom.c_str() << " (" << idPhantom << ")" << "\n";
1777   const Phantom& rPhantom = GetDocument()->getPhantom();
1778   rPhantom.printDefinitions (os);
1779 #if DEBUG
1780   rPhantom.print (os);
1781 #endif
1782   *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
1783   wxMessageBox (os.str().c_str(), "Phantom Properties");
1784 }
1785
1786
1787 void
1788 PhantomFileView::OnProjections (wxCommandEvent& event)
1789 {
1790   DialogGetProjectionParameters dialogProjection (getFrameForChild(), m_iDefaultNDet, m_iDefaultNView, m_iDefaultNSample, m_dDefaultRotation, m_dDefaultFocalLength, m_dDefaultFieldOfView, m_iDefaultGeometry, m_iDefaultTrace);
1791   int retVal = dialogProjection.ShowModal();
1792   if (retVal == wxID_OK) {
1793     m_iDefaultNDet = dialogProjection.getNDet();
1794     m_iDefaultNView = dialogProjection.getNView();
1795     m_iDefaultNSample = dialogProjection.getNSamples();
1796     m_iDefaultTrace = dialogProjection.getTrace();
1797     m_dDefaultRotation = dialogProjection.getRotAngle();
1798     m_dDefaultFocalLength = dialogProjection.getFocalLengthRatio();
1799     m_dDefaultFieldOfView = dialogProjection.getFieldOfViewRatio();
1800     wxString sGeometry = dialogProjection.getGeometry();
1801     m_iDefaultGeometry = Scanner::convertGeometryNameToID (sGeometry.c_str());
1802
1803     if (m_iDefaultNDet > 0 && m_iDefaultNView > 0 && sGeometry != "") {
1804       const Phantom& rPhantom = GetDocument()->getPhantom();
1805       ProjectionFileDocument* pProjectionDoc = theApp->newProjectionDoc();
1806       if (! pProjectionDoc) {
1807         sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create projection document");
1808         return;
1809       }
1810       Projections& rProj = pProjectionDoc->getProjections();
1811       Scanner theScanner (rPhantom, sGeometry.c_str(), m_iDefaultNDet, m_iDefaultNView, m_iDefaultNSample, m_dDefaultRotation, m_dDefaultFocalLength, m_dDefaultFieldOfView);
1812       if (theScanner.fail()) {
1813         *theApp->getLog() << "Failed making scanner: " << theScanner.failMessage().c_str() << "\n";
1814         return;
1815       }
1816       rProj.initFromScanner (theScanner);
1817       m_dDefaultRotation /= PI;  // convert back to PI units
1818
1819       Timer timer;
1820       if (m_iDefaultTrace > Trace::TRACE_CONSOLE) {
1821         ProjectionsDialog dialogProjections (theScanner, rProj, rPhantom, m_iDefaultTrace, dynamic_cast<wxWindow*>(getFrameForChild()));
1822         for (int iView = 0; iView < rProj.nView(); iView++) {
1823           ::wxYield();
1824           if (dialogProjections.isCancelled() || ! dialogProjections.projectView (iView)) {
1825             pProjectionDoc->getView()->getFrame()->Close(true);
1826             return;
1827           }
1828           ::wxYield();
1829           while (dialogProjections.isPaused()) {
1830             ::wxYield();
1831             ::wxUsleep(50);
1832           }
1833         }
1834       } else {
1835         wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Projection"), wxString("Projection Progress"), rProj.nView() + 1, getFrameForChild(), wxPD_CAN_ABORT);
1836         for (int i = 0; i < rProj.nView(); i++) {
1837           theScanner.collectProjections (rProj, rPhantom, i, 1, true, m_iDefaultTrace);
1838           if (! dlgProgress.Update (i+1)) {
1839             pProjectionDoc->getView()->OnClose(true);
1840                         delete pProjectionDoc;
1841             return;
1842           }
1843         }
1844       }
1845
1846       std::ostringstream os;
1847       os << "Projections for " << rPhantom.name() << ": nDet=" << m_iDefaultNDet << ", nView=" << m_iDefaultNView << ", nSamples=" << m_iDefaultNSample << ", RotAngle=" << m_dDefaultRotation << ", FocalLengthRatio=" << m_dDefaultFocalLength << ", FieldOfViewRatio=" << m_dDefaultFieldOfView << ", Geometry=" << sGeometry.c_str();
1848       rProj.setCalcTime (timer.timerEnd());
1849       rProj.setRemark (os.str());
1850       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
1851
1852       ::wxYield();
1853       ProjectionFileView* projView = pProjectionDoc->getView();
1854       if (projView) {
1855         projView->OnUpdate (projView, NULL);
1856                 if (projView->getCanvas())
1857               projView->getCanvas()->SetClientSize (m_iDefaultNDet, m_iDefaultNView);
1858         if (wxFrame* pFrame = projView->getFrame()) {
1859           pFrame->Show(true);
1860           pFrame->SetFocus();
1861           pFrame->Raise();
1862         }
1863         GetDocumentManager()->ActivateView (projView, true, false);
1864       }
1865       ::wxYield();
1866       if (theApp->getSetModifyNewDocs())
1867         pProjectionDoc->Modify(true);
1868       pProjectionDoc->UpdateAllViews (this);
1869     }
1870   }
1871 }
1872
1873
1874 void
1875 PhantomFileView::OnRasterize (wxCommandEvent& event)
1876 {
1877   DialogGetRasterParameters dialogRaster (getFrameForChild(), m_iDefaultRasterNX, m_iDefaultRasterNY, m_iDefaultRasterNSamples);
1878   int retVal = dialogRaster.ShowModal();
1879   if (retVal == wxID_OK) {
1880     m_iDefaultRasterNX = dialogRaster.getXSize();
1881     m_iDefaultRasterNY  = dialogRaster.getYSize();
1882     m_iDefaultRasterNSamples = dialogRaster.getNSamples();
1883     if (m_iDefaultRasterNSamples < 1)
1884       m_iDefaultRasterNSamples = 1;
1885     if (m_iDefaultRasterNX > 0 && m_iDefaultRasterNY > 0) {
1886       const Phantom& rPhantom = GetDocument()->getPhantom();
1887       ImageFileDocument* pRasterDoc = theApp->newImageDoc();
1888       if (! pRasterDoc) {
1889         sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
1890         return;
1891       }
1892       ImageFile& imageFile = pRasterDoc->getImageFile();
1893
1894       imageFile.setArraySize (m_iDefaultRasterNX, m_iDefaultRasterNY);
1895       wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Rasterize"), wxString("Rasterization Progress"), imageFile.nx() + 1, getFrameForChild(), wxPD_CAN_ABORT);
1896       Timer timer;
1897       for (unsigned int i = 0; i < imageFile.nx(); i++) {
1898         rPhantom.convertToImagefile (imageFile, m_iDefaultRasterNSamples, Trace::TRACE_NONE, i, 1, true);
1899         if (! dlgProgress.Update (i+1)) {
1900           pRasterDoc->Close();
1901           pRasterDoc->getView()->OnClose(true);
1902                   delete pRasterDoc;
1903           return;
1904         }
1905       }
1906       if (theApp->getSetModifyNewDocs())
1907         pRasterDoc->Modify(true);
1908       pRasterDoc->UpdateAllViews (this);
1909       pRasterDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
1910       std::ostringstream os;
1911       os << "Rasterize Phantom " << rPhantom.name() << ": XSize=" << m_iDefaultRasterNX << ", YSize="
1912         << m_iDefaultRasterNY << ", nSamples=" << m_iDefaultRasterNSamples;
1913       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
1914       imageFile.labelAdd (os.str().c_str(), timer.timerEnd());
1915       ImageFileView* rasterView = pRasterDoc->getView();
1916       if (rasterView) {
1917         rasterView->getFrame()->SetFocus();
1918         rasterView->OnUpdate (rasterView, NULL);
1919       }
1920
1921     }
1922   }
1923 }
1924
1925
1926 PhantomCanvas*
1927 PhantomFileView::CreateCanvas (wxFrame *parent)
1928 {
1929   PhantomCanvas* pCanvas;
1930   int width, height;
1931   parent->GetClientSize(&width, &height);
1932
1933   pCanvas = new PhantomCanvas (this, parent, wxPoint(0, 0), wxSize(width, height), 0);
1934
1935   pCanvas->SetBackgroundColour(*wxWHITE);
1936   pCanvas->Clear();
1937
1938   return pCanvas;
1939 }
1940
1941 #if CTSIM_MDI
1942 wxDocMDIChildFrame*
1943 #else
1944 wxDocChildFrame*
1945 #endif
1946 PhantomFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
1947 {
1948 #if CTSIM_MDI
1949   wxDocMDIChildFrame *subframe = new wxDocMDIChildFrame (doc, view, theApp->getMainFrame(), -1, "Phantom Frame", wxPoint(10, 10), wxSize(256, 256), wxDEFAULT_FRAME_STYLE);
1950 #else
1951   wxDocChildFrame *subframe = new wxDocChildFrame (doc, view, theApp->getMainFrame(), -1, "Phantom Frame", wxPoint(10, 10), wxSize(256, 256), wxDEFAULT_FRAME_STYLE);
1952 #endif
1953   theApp->setIconForFrame (subframe);
1954
1955   wxMenu *m_pFileMenu = new wxMenu;
1956
1957   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_PHANTOM, "Cr&eate Phantom...\tCtrl-P");
1958   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_FILTER, "Create &Filter...\tCtrl-F");
1959   m_pFileMenu->Append(wxID_OPEN, "&Open...\tCtrl-O");
1960   m_pFileMenu->Append(wxID_SAVEAS, "Save &As...");
1961   m_pFileMenu->Append(wxID_CLOSE, "&Close");
1962
1963   m_pFileMenu->AppendSeparator();
1964   m_pFileMenu->Append(PHMMENU_FILE_PROPERTIES, "P&roperties");
1965
1966   m_pFileMenu->AppendSeparator();
1967   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT, "&Print...");
1968   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT_SETUP, "Print &Setup...");
1969   m_pFileMenu->Append(wxID_PREVIEW, "Print Pre&view");
1970 #ifdef CTSIM_MDI
1971   m_pFileMenu->AppendSeparator();
1972   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_EXIT, "E&xit");
1973 #endif
1974   GetDocumentManager()->FileHistoryAddFilesToMenu(m_pFileMenu);
1975   GetDocumentManager()->FileHistoryUseMenu(m_pFileMenu);
1976
1977   wxMenu *process_menu = new wxMenu;
1978   process_menu->Append(PHMMENU_PROCESS_RASTERIZE, "&Rasterize...\tCtrl-R");
1979   process_menu->Append(PHMMENU_PROCESS_PROJECTIONS, "&Projections...\tCtrl-J");
1980
1981   wxMenu *help_menu = new wxMenu;
1982   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_CONTENTS, "&Contents\tF1");
1983   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_TOPICS, "&Topics\tCtrl-H");
1984   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_ABOUT, "&About");
1985
1986   wxMenuBar *menu_bar = new wxMenuBar;
1987
1988   menu_bar->Append(m_pFileMenu, "&File");
1989   menu_bar->Append(process_menu, "&Process");
1990   menu_bar->Append(help_menu, "&Help");
1991
1992   subframe->SetMenuBar(menu_bar);
1993   subframe->Centre(wxBOTH);
1994
1995   wxAcceleratorEntry accelEntries[8];
1996   accelEntries[0].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('O'), wxID_OPEN);
1997   accelEntries[1].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('S'), wxID_SAVE);
1998   accelEntries[2].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('H'), MAINMENU_HELP_TOPICS);
1999   accelEntries[3].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('P'), MAINMENU_FILE_CREATE_PHANTOM);
2000   accelEntries[4].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('F'), MAINMENU_FILE_CREATE_FILTER);
2001   accelEntries[5].Set (wxACCEL_NORMAL, WXK_F1, MAINMENU_HELP_CONTENTS);
2002   accelEntries[6].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('J'), PHMMENU_PROCESS_PROJECTIONS);
2003   accelEntries[7].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('R'), PHMMENU_PROCESS_RASTERIZE);
2004   wxAcceleratorTable accelTable (8, accelEntries);
2005   subframe->SetAcceleratorTable (accelTable);
2006
2007   return subframe;
2008 }
2009
2010
2011 bool
2012 PhantomFileView::OnCreate(wxDocument *doc, long WXUNUSED(flags) )
2013 {
2014   m_pFrame = CreateChildFrame(doc, this);
2015   SetFrame(m_pFrame);
2016
2017   int width, height;
2018   m_pFrame->GetClientSize(&width, &height);
2019   m_pFrame->SetTitle("PhantomFileView");
2020   m_pCanvas = CreateCanvas (m_pFrame);
2021
2022 #ifdef __X__
2023   int x, y;  // X requires a forced resize
2024   m_pFrame->GetSize(&x, &y);
2025   m_pFrame->SetSize(-1, -1, x, y);
2026 #endif
2027
2028   m_pFrame->Show(true);
2029   Activate(true);
2030
2031   return true;
2032 }
2033
2034 void
2035 PhantomFileView::OnUpdate (wxView *WXUNUSED(sender), wxObject *WXUNUSED(hint) )
2036 {
2037   if (m_pCanvas)
2038     m_pCanvas->Refresh();
2039 }
2040
2041 bool
2042 PhantomFileView::OnClose (bool deleteWindow)
2043 {
2044   if (! GetDocument() || ! GetDocument()->Close())
2045     return false;
2046
2047   if (m_pCanvas) {
2048         m_pCanvas->Show(false);
2049     m_pCanvas->setView(NULL);
2050     m_pCanvas = NULL;
2051   }
2052   wxString s(wxTheApp->GetAppName());
2053   if (m_pFrame)
2054     m_pFrame->SetTitle(s);
2055
2056   SetFrame(NULL);
2057   Activate(false);
2058
2059   if (deleteWindow) {
2060    m_pFrame->Show(false);
2061         ::wxYield();
2062      m_pFrame->Destroy();
2063     m_pFrame = NULL;
2064   }
2065
2066   return true;
2067 }
2068
2069 void
2070 PhantomFileView::OnDraw (wxDC* dc)
2071 {
2072   int xsize, ysize;
2073   m_pCanvas->GetClientSize (&xsize, &ysize);
2074   SGPDriver driver (dc, xsize, ysize);
2075   SGP sgp (driver);
2076   const Phantom& rPhantom = GetDocument()->getPhantom();
2077   sgp.setColor (C_RED);
2078   rPhantom.show (sgp);
2079 }
2080
2081 // ProjectionCanvas
2082
2083 ProjectionFileCanvas::ProjectionFileCanvas (ProjectionFileView* v, wxFrame *frame, const wxPoint& pos, const wxSize& size, const long style)
2084 : wxScrolledWindow(frame, -1, pos, size, style)
2085 {
2086   m_pView = v;
2087 }
2088
2089 ProjectionFileCanvas::~ProjectionFileCanvas ()
2090 {
2091   m_pView = NULL;
2092 }
2093
2094 void
2095 ProjectionFileCanvas::OnDraw(wxDC& dc)
2096 {
2097   if (m_pView)
2098     m_pView->OnDraw(& dc);
2099 }
2100
2101 wxSize
2102 ProjectionFileCanvas::GetBestSize () const
2103 {
2104   wxSize best (0, 0);
2105   if (m_pView) {
2106     Projections& rProj = m_pView->GetDocument()->getProjections();
2107     best.Set (rProj.nDet(), rProj.nView());
2108   }
2109
2110   return best;
2111 }
2112
2113
2114 // ProjectionFileView
2115
2116 IMPLEMENT_DYNAMIC_CLASS(ProjectionFileView, wxView)
2117
2118 BEGIN_EVENT_TABLE(ProjectionFileView, wxView)
2119 EVT_MENU(PJMENU_FILE_PROPERTIES, ProjectionFileView::OnProperties)
2120 EVT_MENU(PJMENU_RECONSTRUCT_FBP, ProjectionFileView::OnReconstructFBP)
2121 EVT_MENU(PJMENU_CONVERT_POLAR, ProjectionFileView::OnConvertPolar)
2122 EVT_MENU(PJMENU_CONVERT_FFT_POLAR, ProjectionFileView::OnConvertFFTPolar)
2123 END_EVENT_TABLE()
2124
2125 ProjectionFileView::ProjectionFileView()
2126 : wxView(), m_pCanvas(NULL), m_pFrame(NULL), m_pFileMenu(0)
2127 {
2128 #ifdef DEBUG
2129   m_iDefaultNX = 115;
2130   m_iDefaultNY = 115;
2131 #else
2132   m_iDefaultNX = 256;
2133   m_iDefaultNY = 256;
2134 #endif
2135
2136   m_iDefaultFilter = SignalFilter::FILTER_ABS_BANDLIMIT;
2137   m_dDefaultFilterParam = 1.;
2138 #if HAVE_FFTW
2139   m_iDefaultFilterMethod = ProcessSignal::FILTER_METHOD_RFFTW;
2140   m_iDefaultFilterGeneration = ProcessSignal::FILTER_GENERATION_INVERSE_FOURIER;
2141 #else
2142   m_iDefaultFilterMethod = ProcessSignal::FILTER_METHOD_CONVOLUTION;
2143   m_iDefaultFilterGeneration = ProcessSignal::FILTER_GENERATION_DIRECT;
2144 #endif
2145   m_iDefaultZeropad = 1;
2146   m_iDefaultBackprojector = Backprojector::BPROJ_IDIFF3;
2147   m_iDefaultInterpolation = Backprojector::INTERP_LINEAR;
2148   m_iDefaultInterpParam = 1;
2149   m_iDefaultTrace = Trace::TRACE_NONE;
2150
2151   m_iDefaultPolarNX = 256;
2152   m_iDefaultPolarNY = 256;
2153   m_iDefaultPolarInterpolation = Projections::POLAR_INTERP_BILINEAR;
2154   m_iDefaultPolarZeropad = 1;
2155 }
2156
2157 ProjectionFileView::~ProjectionFileView()
2158 {
2159   GetDocumentManager()->FileHistoryRemoveMenu (m_pFileMenu);
2160   GetDocumentManager()->ActivateView(this, FALSE, TRUE);;
2161 }
2162
2163 void
2164 ProjectionFileView::OnProperties (wxCommandEvent& event)
2165 {
2166   const Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
2167   std::ostringstream os;
2168   rProj.printScanInfo(os);
2169   *theApp->getLog() << os.str().c_str();
2170   wxMessageDialog dialogMsg (getFrameForChild(), os.str().c_str(), "Projection File Properties", wxOK | wxICON_INFORMATION);
2171   dialogMsg.ShowModal();
2172 }
2173
2174
2175 void
2176 ProjectionFileView::OnConvertPolar (wxCommandEvent& event)
2177 {
2178   Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
2179   DialogGetConvertPolarParameters dialogPolar (getFrameForChild(), "Convert Polar", m_iDefaultPolarNX, m_iDefaultPolarNY,
2180     m_iDefaultPolarInterpolation, -1);
2181   if (dialogPolar.ShowModal() == wxID_OK) {
2182     wxString strInterpolation (dialogPolar.getInterpolationName());
2183     m_iDefaultPolarNX = dialogPolar.getXSize();
2184     m_iDefaultPolarNY = dialogPolar.getYSize();
2185     ImageFileDocument* pPolarDoc = theApp->newImageDoc();
2186     ImageFile& rIF = pPolarDoc->getImageFile();
2187     if (! pPolarDoc) {
2188       sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
2189       return;
2190     }
2191     rIF.setArraySize (m_iDefaultPolarNX, m_iDefaultPolarNY);
2192     m_iDefaultPolarInterpolation = Projections::convertInterpNameToID (strInterpolation.c_str());
2193     rProj.convertPolar (rIF, m_iDefaultPolarInterpolation);
2194     rIF.labelAdd (rProj.getLabel().getLabelString().c_str(), rProj.calcTime());
2195     std::ostringstream os;
2196     os << "Convert projection file " << GetFrame()->GetTitle().c_str() << " to polar image: xSize="
2197       << m_iDefaultPolarNX << ", ySize=" << m_iDefaultPolarNY << ", interpolation="
2198       << strInterpolation.c_str();
2199     *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
2200     rIF.labelAdd (os.str().c_str());
2201     if (theApp->getSetModifyNewDocs())
2202       pPolarDoc->Modify(true);
2203     pPolarDoc->UpdateAllViews ();
2204     pPolarDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
2205     pPolarDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
2206   }
2207 }
2208
2209 void
2210 ProjectionFileView::OnConvertFFTPolar (wxCommandEvent& event)
2211 {
2212   Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
2213   DialogGetConvertPolarParameters dialogPolar (getFrameForChild(), "Convert to FFT Polar", m_iDefaultPolarNX, m_iDefaultPolarNY,
2214     m_iDefaultPolarInterpolation, m_iDefaultPolarZeropad);
2215   if (dialogPolar.ShowModal() == wxID_OK) {
2216     wxString strInterpolation (dialogPolar.getInterpolationName());
2217     m_iDefaultPolarNX = dialogPolar.getXSize();
2218     m_iDefaultPolarNY = dialogPolar.getYSize();
2219     m_iDefaultPolarZeropad = dialogPolar.getZeropad();
2220     ImageFileDocument* pPolarDoc = theApp->newImageDoc();
2221     ImageFile& rIF = pPolarDoc->getImageFile();
2222     if (! pPolarDoc) {
2223       sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
2224       return;
2225     }
2226     rIF.setArraySize (m_iDefaultPolarNX, m_iDefaultPolarNY);
2227     m_iDefaultPolarInterpolation = Projections::convertInterpNameToID (strInterpolation.c_str());
2228     rProj.convertFFTPolar (rIF, m_iDefaultPolarInterpolation, m_iDefaultPolarZeropad);
2229     rIF.labelAdd (rProj.getLabel().getLabelString().c_str(), rProj.calcTime());
2230     std::ostringstream os;
2231     os << "Convert projection file " << GetFrame()->GetTitle().c_str() << " to FFT polar image: xSize="
2232       << m_iDefaultPolarNX << ", ySize=" << m_iDefaultPolarNY << ", interpolation="
2233       << strInterpolation.c_str() << ", zeropad=" << m_iDefaultPolarZeropad;
2234     *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
2235     rIF.labelAdd (os.str().c_str());
2236     if (theApp->getSetModifyNewDocs())
2237       pPolarDoc->Modify(true);
2238     pPolarDoc->UpdateAllViews ();
2239     pPolarDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
2240     pPolarDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
2241   }
2242 }
2243
2244 void
2245 ProjectionFileView::OnReconstructFourier (wxCommandEvent& event)
2246 {
2247   wxMessageBox ("Fourier Reconstruction is not yet supported", "Unimplemented function");
2248 }
2249
2250 void
2251 ProjectionFileView::OnReconstructFBP (wxCommandEvent& event)
2252 {
2253   DialogGetReconstructionParameters dialogReconstruction (getFrameForChild(), m_iDefaultNX, m_iDefaultNY, m_iDefaultFilter, m_dDefaultFilterParam, m_iDefaultFilterMethod, m_iDefaultFilterGeneration, m_iDefaultZeropad, m_iDefaultInterpolation, m_iDefaultInterpParam, m_iDefaultBackprojector, m_iDefaultTrace);
2254
2255   int retVal = dialogReconstruction.ShowModal();
2256   if (retVal == wxID_OK) {
2257     m_iDefaultNX = dialogReconstruction.getXSize();
2258     m_iDefaultNY = dialogReconstruction.getYSize();
2259     wxString optFilterName = dialogReconstruction.getFilterName();
2260     m_iDefaultFilter = SignalFilter::convertFilterNameToID (optFilterName.c_str());
2261     m_dDefaultFilterParam = dialogReconstruction.getFilterParam();
2262     wxString optFilterMethodName = dialogReconstruction.getFilterMethodName();
2263     m_iDefaultFilterMethod = ProcessSignal::convertFilterMethodNameToID(optFilterMethodName.c_str());
2264     m_iDefaultZeropad = dialogReconstruction.getZeropad();
2265     wxString optFilterGenerationName = dialogReconstruction.getFilterGenerationName();
2266     m_iDefaultFilterGeneration = ProcessSignal::convertFilterGenerationNameToID (optFilterGenerationName.c_str());
2267     wxString optInterpName = dialogReconstruction.getInterpName();
2268     m_iDefaultInterpolation = Backprojector::convertInterpNameToID (optInterpName.c_str());
2269     m_iDefaultInterpParam = dialogReconstruction.getInterpParam();
2270     wxString optBackprojectName = dialogReconstruction.getBackprojectName();
2271     m_iDefaultBackprojector = Backprojector::convertBackprojectNameToID (optBackprojectName.c_str());
2272     m_iDefaultTrace = dialogReconstruction.getTrace();
2273     if (m_iDefaultNX > 0 && m_iDefaultNY > 0) {
2274       ImageFileDocument* pReconDoc = theApp->newImageDoc();
2275       if (! pReconDoc) {
2276         sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
2277         return;
2278       }
2279       ImageFile& imageFile = pReconDoc->getImageFile();
2280       const Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
2281       imageFile.setArraySize (m_iDefaultNX, m_iDefaultNY);
2282
2283       Reconstructor* pReconstruct = new Reconstructor (rProj, imageFile, optFilterName.c_str(), m_dDefaultFilterParam, optFilterMethodName.c_str(), m_iDefaultZeropad, optFilterGenerationName.c_str(), optInterpName.c_str(), m_iDefaultInterpParam, optBackprojectName.c_str(), m_iDefaultTrace);
2284
2285       Timer timerRecon;
2286       if (m_iDefaultTrace > Trace::TRACE_CONSOLE) {
2287         ReconstructDialog* pDlgReconstruct = new ReconstructDialog (*pReconstruct, rProj, imageFile, m_iDefaultTrace, getFrameForChild());
2288         for (int iView = 0; iView < rProj.nView(); iView++) {
2289           ::wxYield();
2290           ::wxYield();
2291           if (pDlgReconstruct->isCancelled() || ! pDlgReconstruct->reconstructView (iView)) {
2292             delete pDlgReconstruct;
2293             delete pReconstruct;
2294             pReconDoc->getView()->getFrame()->Close(true);
2295             return;
2296           }
2297           ::wxYield();
2298           ::wxYield();
2299           while (pDlgReconstruct->isPaused()) {
2300             ::wxYield();
2301             ::wxUsleep(50);
2302           }
2303         }
2304         delete pDlgReconstruct;
2305       } else {
2306         wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Reconstruction"), wxString("Reconstruction Progress"), rProj.nView() + 1, getFrameForChild(), wxPD_CAN_ABORT);
2307         for (int i = 0; i < rProj.nView(); i++) {
2308           pReconstruct->reconstructView (i, 1);
2309           if (! dlgProgress.Update (i + 1)) {
2310             delete pReconstruct;
2311             pReconDoc->getView()->OnClose(true);
2312                         delete pReconDoc;
2313             return;
2314           }
2315         }
2316       }
2317       delete pReconstruct;
2318       if (theApp->getSetModifyNewDocs())
2319         pReconDoc->Modify(true);
2320       pReconDoc->UpdateAllViews (this);
2321       if (ImageFileView* rasterView = pReconDoc->getView()) {
2322         rasterView->OnUpdate (rasterView, NULL);
2323         rasterView->getFrame()->SetFocus();
2324         rasterView->getFrame()->Show(true);
2325       }
2326       std::ostringstream os;
2327       os << "Reconstruct " << rProj.getFilename() << ": xSize=" << m_iDefaultNX << ", ySize=" << m_iDefaultNY << ", Filter=" << optFilterName.c_str() << ", FilterParam=" << m_dDefaultFilterParam << ", FilterMethod=" << optFilterMethodName.c_str() << ", FilterGeneration=" << optFilterGenerationName.c_str() << ", Zeropad=" << m_iDefaultZeropad << ", Interpolation=" << optInterpName.c_str() << ", InterpolationParam=" << m_iDefaultInterpParam << ", Backprojection=" << optBackprojectName.c_str();
2328       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
2329       imageFile.labelAdd (rProj.getLabel());
2330       imageFile.labelAdd (os.str().c_str(), timerRecon.timerEnd());
2331     }
2332   }
2333 }
2334
2335
2336 ProjectionFileCanvas*
2337 ProjectionFileView::CreateCanvas (wxFrame *parent)
2338 {
2339   ProjectionFileCanvas* pCanvas;
2340   int width, height;
2341   parent->GetClientSize(&width, &height);
2342
2343   pCanvas = new ProjectionFileCanvas (this, parent, wxPoint(0, 0), wxSize(width, height), 0);
2344
2345   pCanvas->SetScrollbars(20, 20, 50, 50);
2346   pCanvas->SetBackgroundColour(*wxWHITE);
2347   pCanvas->Clear();
2348
2349   return pCanvas;
2350 }
2351
2352 #if CTSIM_MDI
2353 wxDocMDIChildFrame*
2354 #else
2355 wxDocChildFrame*
2356 #endif
2357 ProjectionFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
2358 {
2359 #ifdef CTSIM_MDI
2360   wxDocMDIChildFrame *subframe = new wxDocMDIChildFrame (doc, view, theApp->getMainFrame(), -1, "Projection Frame", wxPoint(10, 10), wxSize(0, 0), wxDEFAULT_FRAME_STYLE);
2361 #else
2362   wxDocChildFrame *subframe = new wxDocChildFrame (doc, view, theApp->getMainFrame(), -1, "Projection Frame", wxPoint(10, 10), wxSize(0, 0), wxDEFAULT_FRAME_STYLE);
2363 #endif
2364   theApp->setIconForFrame (subframe);
2365
2366   wxMenu *m_pFileMenu = new wxMenu;
2367
2368   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_PHANTOM, "Cr&eate Phantom...\tCtrl-P");
2369   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_FILTER, "Create &Filter...\tCtrl-F");
2370   m_pFileMenu->Append(wxID_OPEN, "&Open...\tCtrl-O");
2371   m_pFileMenu->Append(wxID_SAVE, "&Save\tCtrl-S");
2372   m_pFileMenu->Append(wxID_SAVEAS, "Save &As...");
2373   m_pFileMenu->Append(wxID_CLOSE, "&Close\tCtrl-W");
2374
2375   m_pFileMenu->AppendSeparator();
2376   m_pFileMenu->Append(PJMENU_FILE_PROPERTIES, "P&roperties");
2377
2378   m_pFileMenu->AppendSeparator();
2379   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT, "&Print...");
2380   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT_SETUP, "Print &Setup...");
2381   m_pFileMenu->Append(wxID_PREVIEW, "Print Pre&view");
2382 #ifdef CTSIM_MDI
2383   m_pFileMenu->AppendSeparator();
2384   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_EXIT, "E&xit");
2385 #endif
2386   GetDocumentManager()->FileHistoryAddFilesToMenu(m_pFileMenu);
2387   GetDocumentManager()->FileHistoryUseMenu(m_pFileMenu);
2388
2389   wxMenu *convert_menu = new wxMenu;
2390   convert_menu->Append (PJMENU_CONVERT_POLAR, "&Polar Image...\tCtrl-L");
2391   convert_menu->Append (PJMENU_CONVERT_FFT_POLAR, "&FFT->Polar Image...\tCtrl-I");
2392
2393   wxMenu *reconstruct_menu = new wxMenu;
2394   reconstruct_menu->Append (PJMENU_RECONSTRUCT_FBP, "&Filtered Backprojection...\tCtrl-R");
2395   reconstruct_menu->Append (PJMENU_RECONSTRUCT_FOURIER, "&Fourier...\tCtrl-E");
2396
2397   wxMenu *help_menu = new wxMenu;
2398   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_CONTENTS, "&Contents\tF1");
2399   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_TOPICS, "&Topics\tCtrl-H");
2400   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_ABOUT, "&About");
2401
2402   wxMenuBar *menu_bar = new wxMenuBar;
2403
2404   menu_bar->Append (m_pFileMenu, "&File");
2405   menu_bar->Append (convert_menu, "&Convert");
2406   menu_bar->Append (reconstruct_menu, "&Reconstruct");
2407   menu_bar->Append (help_menu, "&Help");
2408
2409   subframe->SetMenuBar(menu_bar);
2410   subframe->Centre(wxBOTH);
2411
2412   wxAcceleratorEntry accelEntries[11];
2413   accelEntries[0].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('O'), wxID_OPEN);
2414   accelEntries[1].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('S'), wxID_SAVE);
2415   accelEntries[2].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('W'), wxID_CLOSE);
2416   accelEntries[3].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('H'), MAINMENU_HELP_TOPICS);
2417   accelEntries[4].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('P'), MAINMENU_FILE_CREATE_PHANTOM);
2418   accelEntries[5].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('F'), MAINMENU_FILE_CREATE_FILTER);
2419   accelEntries[6].Set (wxACCEL_NORMAL, WXK_F1, MAINMENU_HELP_CONTENTS);
2420   accelEntries[7].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('L'), PJMENU_CONVERT_POLAR);
2421   accelEntries[8].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('I'), PJMENU_CONVERT_FFT_POLAR);
2422   accelEntries[9].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('R'), PJMENU_RECONSTRUCT_FBP);
2423   accelEntries[10].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('E'), PJMENU_RECONSTRUCT_FOURIER);
2424   wxAcceleratorTable accelTable (11, accelEntries);
2425   subframe->SetAcceleratorTable (accelTable);
2426
2427   return subframe;
2428 }
2429
2430
2431 bool
2432 ProjectionFileView::OnCreate(wxDocument *doc, long WXUNUSED(flags) )
2433 {
2434   m_pFrame = CreateChildFrame(doc, this);
2435   SetFrame(m_pFrame);
2436
2437   int width, height;
2438   m_pFrame->GetClientSize (&width, &height);
2439   m_pFrame->SetTitle ("ProjectionFileView");
2440   m_pCanvas = CreateCanvas (m_pFrame);
2441
2442 #ifdef __X__
2443   int x, y;  // X requires a forced resize
2444   m_pFrame->GetSize(&x, &y);
2445   m_pFrame->SetSize(-1, -1, x, y);
2446 #endif
2447
2448   m_pFrame->Show(true);
2449   Activate(true);
2450
2451   return true;
2452 }
2453
2454 void
2455 ProjectionFileView::OnDraw (wxDC* dc)
2456 {
2457   wxSize clientSize = m_pFrame->GetClientSize();
2458   wxSize bestSize = m_pCanvas->GetBestSize();
2459
2460   if (clientSize.x > bestSize.x || clientSize.y > bestSize.y)
2461     m_pFrame->SetClientSize (bestSize);
2462
2463   if (m_bitmap.Ok())
2464     dc->DrawBitmap (m_bitmap, 0, 0, false);
2465 }
2466
2467
2468 void
2469 ProjectionFileView::OnUpdate (wxView *WXUNUSED(sender), wxObject *WXUNUSED(hint) )
2470 {
2471   const Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
2472   const int nDet = rProj.nDet();
2473   const int nView = rProj.nView();
2474   if (nDet != 0 && nView != 0) {
2475     const DetectorArray& detarray = rProj.getDetectorArray(0);
2476     const DetectorValue* detval = detarray.detValues();
2477     double min = detval[0];
2478     double max = detval[0];
2479     for (int iy = 0; iy < nView; iy++) {
2480       const DetectorArray& detarray = rProj.getDetectorArray(iy);
2481       const DetectorValue* detval = detarray.detValues();
2482       for (int ix = 0; ix < nDet; ix++) {
2483         if (min > detval[ix])
2484           min = detval[ix];
2485         else if (max < detval[ix])
2486           max = detval[ix];
2487       }
2488     }
2489
2490     unsigned char* imageData = new unsigned char [nDet * nView * 3];
2491     double scale = (max - min) / 255;
2492     for (int iy2 = 0; iy2 < nView; iy2++) {
2493       const DetectorArray& detarray = rProj.getDetectorArray (iy2);
2494       const DetectorValue* detval = detarray.detValues();
2495       for (int ix = 0; ix < nDet; ix++) {
2496         int intensity = static_cast<int>(((detval[ix] - min) / scale) + 0.5);
2497         intensity = clamp(intensity, 0, 255);
2498         int baseAddr = (iy2 * nDet + ix) * 3;
2499         imageData[baseAddr] = imageData[baseAddr+1] = imageData[baseAddr+2] = intensity;
2500       }
2501     }
2502     wxImage image (nDet, nView, imageData, true);
2503     m_bitmap = image.ConvertToBitmap();
2504     delete imageData;
2505     int xSize = nDet;
2506     int ySize = nView;
2507     xSize = clamp (xSize, 0, 800);
2508     ySize = clamp (ySize, 0, 800);
2509     m_pFrame->SetClientSize (xSize, ySize);
2510     m_pCanvas->SetScrollbars (20, 20, nDet/20, nView/20);
2511   }
2512
2513   if (m_pCanvas)
2514     m_pCanvas->Refresh();
2515 }
2516
2517 bool
2518 ProjectionFileView::OnClose (bool deleteWindow)
2519 {
2520   if (! GetDocument() || ! GetDocument()->Close())
2521     return false;
2522
2523   if (m_pCanvas) {
2524         m_pCanvas->Show(false);
2525     m_pCanvas->setView(NULL);
2526     m_pCanvas = NULL;
2527   }
2528   wxString s(wxTheApp->GetAppName());
2529   if (m_pFrame)
2530     m_pFrame->SetTitle(s);
2531
2532   SetFrame(NULL);
2533   Activate(false);
2534
2535   if (deleteWindow) {
2536     m_pFrame->Show(false);
2537         ::wxYield();
2538     m_pFrame->Destroy();
2539     m_pFrame = NULL;
2540   }
2541   return true;
2542 }
2543
2544
2545
2546 // PlotFileCanvas
2547 PlotFileCanvas::PlotFileCanvas (PlotFileView* v, wxFrame *frame, const wxPoint& pos, const wxSize& size, const long style)
2548 : wxScrolledWindow(frame, -1, pos, size, style)
2549 {
2550   m_pView = v;
2551 }
2552
2553 PlotFileCanvas::~PlotFileCanvas ()
2554 {
2555   m_pView = NULL;
2556 }
2557
2558 void
2559 PlotFileCanvas::OnDraw(wxDC& dc)
2560 {
2561   if (m_pView)
2562     m_pView->OnDraw(& dc);
2563 }
2564
2565
2566 // PlotFileView
2567
2568 IMPLEMENT_DYNAMIC_CLASS(PlotFileView, wxView)
2569
2570 BEGIN_EVENT_TABLE(PlotFileView, wxView)
2571 EVT_MENU(PJMENU_FILE_PROPERTIES, PlotFileView::OnProperties)
2572 EVT_MENU(PLOTMENU_VIEW_SCALE_MINMAX, PlotFileView::OnScaleMinMax)
2573 EVT_MENU(PLOTMENU_VIEW_SCALE_AUTO, PlotFileView::OnScaleAuto)
2574 EVT_MENU(PLOTMENU_VIEW_SCALE_FULL, PlotFileView::OnScaleFull)
2575 END_EVENT_TABLE()
2576
2577 PlotFileView::PlotFileView()
2578 : wxView(), m_pFrame(NULL), m_pCanvas(NULL), m_pEZPlot(NULL), m_pFileMenu(0), m_bMinSpecified(false), m_bMaxSpecified(false)
2579 {
2580 }
2581
2582 PlotFileView::~PlotFileView()
2583 {
2584   if (m_pEZPlot)
2585     delete m_pEZPlot;
2586
2587   GetDocumentManager()->FileHistoryRemoveMenu (m_pFileMenu);
2588 }
2589
2590 void
2591 PlotFileView::OnProperties (wxCommandEvent& event)
2592 {
2593   const PlotFile& rPlot = GetDocument()->getPlotFile();
2594   std::ostringstream os;
2595   os << "Columns: " << rPlot.getNumColumns() << ", Records: " << rPlot.getNumRecords() << "\n";
2596   rPlot.printHeadersBrief (os);
2597   *theApp->getLog() << os.str().c_str();
2598   wxMessageDialog dialogMsg (getFrameForChild(), os.str().c_str(), "Plot File Properties", wxOK | wxICON_INFORMATION);
2599   dialogMsg.ShowModal();
2600 }
2601
2602
2603 void
2604 PlotFileView::OnScaleAuto (wxCommandEvent& event)
2605 {
2606   const PlotFile& rPlotFile = GetDocument()->getPlotFile();
2607   double min, max, mean, mode, median, stddev;
2608   rPlotFile.statistics (1, min, max, mean, mode, median, stddev);
2609   DialogAutoScaleParameters dialogAutoScale (getFrameForChild(), mean, mode, median, stddev, m_dAutoScaleFactor);
2610   int iRetVal = dialogAutoScale.ShowModal();
2611   if (iRetVal == wxID_OK) {
2612     m_bMinSpecified = true;
2613     m_bMaxSpecified = true;
2614     double dMin, dMax;
2615     if (dialogAutoScale.getMinMax (&dMin, &dMax)) {
2616       m_dMinPixel = dMin;
2617       m_dMaxPixel = dMax;
2618       m_dAutoScaleFactor = dialogAutoScale.getAutoScaleFactor();
2619       OnUpdate (this, NULL);
2620     }
2621   }
2622 }
2623
2624 void
2625 PlotFileView::OnScaleMinMax (wxCommandEvent& event)
2626 {
2627   const PlotFile& rPlotFile = GetDocument()->getPlotFile();
2628   double min;
2629   double max;
2630
2631   if (! m_bMinSpecified || ! m_bMaxSpecified) {
2632     if (! rPlotFile.getMinMax (1, min, max)) {
2633       *theApp->getLog() << "Error: unable to find Min/Max\n";
2634       return;
2635     }
2636   }
2637
2638   if (m_bMinSpecified)
2639     min = m_dMinPixel;
2640   if (m_bMaxSpecified)
2641     max = m_dMaxPixel;
2642
2643   DialogGetMinMax dialogMinMax (getFrameForChild(), "Set Y-axis Minimum & Maximum", min, max);
2644   int retVal = dialogMinMax.ShowModal();
2645   if (retVal == wxID_OK) {
2646     m_bMinSpecified = true;
2647     m_bMaxSpecified = true;
2648     m_dMinPixel = dialogMinMax.getMinimum();
2649     m_dMaxPixel = dialogMinMax.getMaximum();
2650     OnUpdate (this, NULL);
2651   }
2652 }
2653
2654 void
2655 PlotFileView::OnScaleFull (wxCommandEvent& event)
2656 {
2657   if (m_bMinSpecified || m_bMaxSpecified) {
2658     m_bMinSpecified = false;
2659     m_bMaxSpecified = false;
2660     OnUpdate (this, NULL);
2661   }
2662 }
2663
2664
2665 PlotFileCanvas*
2666 PlotFileView::CreateCanvas (wxFrame* parent)
2667 {
2668   PlotFileCanvas* pCanvas;
2669   int width, height;
2670   parent->GetClientSize(&width, &height);
2671
2672   pCanvas = new PlotFileCanvas (this, parent, wxPoint(0, 0), wxSize(width, height), 0);
2673
2674   pCanvas->SetBackgroundColour(*wxWHITE);
2675   pCanvas->Clear();
2676
2677   return pCanvas;
2678 }
2679
2680 #if CTSIM_MDI
2681 wxDocMDIChildFrame*
2682 #else
2683 wxDocChildFrame*
2684 #endif
2685 PlotFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
2686 {
2687 #ifdef CTSIM_MDI
2688   wxDocMDIChildFrame *subframe = new wxDocMDIChildFrame (doc, view, theApp->getMainFrame(), -1, "Plot Frame", wxPoint(10, 10), wxSize(500, 300), wxDEFAULT_FRAME_STYLE);
2689 #else
2690   wxDocChildFrame *subframe = new wxDocChildFrame(doc, view, theApp->getMainFrame(), -1, "Plot Frame", wxPoint(10, 10), wxSize(500, 300), wxDEFAULT_FRAME_STYLE);
2691 #endif
2692   theApp->setIconForFrame (subframe);
2693
2694   wxMenu *m_pFileMenu = new wxMenu;
2695
2696   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_PHANTOM, "Cr&eate Phantom...\tCtrl-P");
2697   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_FILTER, "Create &Filter...\tCtrl-F");
2698   m_pFileMenu->Append(wxID_OPEN, "&Open...\tCtrl-O");
2699   m_pFileMenu->Append(wxID_SAVE, "&Save\tCtrl-S");
2700   m_pFileMenu->Append(wxID_SAVEAS, "Save &As...");
2701   m_pFileMenu->Append(wxID_CLOSE, "&Close\tCtrl-W");
2702
2703   m_pFileMenu->AppendSeparator();
2704   m_pFileMenu->Append(PJMENU_FILE_PROPERTIES, "P&roperties");
2705
2706   m_pFileMenu->AppendSeparator();
2707   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT, "&Print...");
2708   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT_SETUP, "Print &Setup...");
2709   m_pFileMenu->Append(wxID_PREVIEW, "Print Pre&view");
2710 #ifdef CTSIM_MDI
2711   m_pFileMenu->AppendSeparator();
2712   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_EXIT, "E&xit");
2713 #endif
2714   GetDocumentManager()->FileHistoryAddFilesToMenu(m_pFileMenu);
2715   GetDocumentManager()->FileHistoryUseMenu(m_pFileMenu);
2716
2717   wxMenu *view_menu = new wxMenu;
2718   view_menu->Append(PLOTMENU_VIEW_SCALE_MINMAX, "Display Scale &Set...\tCtrl-E");
2719   view_menu->Append(PLOTMENU_VIEW_SCALE_AUTO, "Display Scale &Auto...\tCtrl-A");
2720   view_menu->Append(PLOTMENU_VIEW_SCALE_FULL, "Display &Full Scale\tCtrl-U");
2721
2722   wxMenu *help_menu = new wxMenu;
2723   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_CONTENTS, "&Contents\tF1");
2724   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_TOPICS, "&Topics\tCtrl-H");
2725   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_ABOUT, "&About");
2726
2727   wxMenuBar *menu_bar = new wxMenuBar;
2728
2729   menu_bar->Append(m_pFileMenu, "&File");
2730   menu_bar->Append(view_menu, "&View");
2731   menu_bar->Append(help_menu, "&Help");
2732
2733   subframe->SetMenuBar(menu_bar);
2734   subframe->Centre(wxBOTH);
2735
2736   wxAcceleratorEntry accelEntries[10];
2737   accelEntries[0].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('O'), wxID_OPEN);
2738   accelEntries[1].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('S'), wxID_SAVE);
2739   accelEntries[2].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('W'), wxID_CLOSE);
2740   accelEntries[3].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('H'), MAINMENU_HELP_TOPICS);
2741   accelEntries[4].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('P'), MAINMENU_FILE_CREATE_PHANTOM);
2742   accelEntries[5].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('F'), MAINMENU_FILE_CREATE_FILTER);
2743   accelEntries[6].Set (wxACCEL_NORMAL, WXK_F1, MAINMENU_HELP_CONTENTS);
2744   accelEntries[7].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('E'), PLOTMENU_VIEW_SCALE_MINMAX);
2745   accelEntries[8].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('A'), PLOTMENU_VIEW_SCALE_AUTO);
2746   accelEntries[9].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('U'), PLOTMENU_VIEW_SCALE_FULL);
2747   wxAcceleratorTable accelTable (10, accelEntries);
2748   subframe->SetAcceleratorTable (accelTable);
2749
2750   return subframe;
2751 }
2752
2753
2754 bool
2755 PlotFileView::OnCreate (wxDocument *doc, long WXUNUSED(flags) )
2756 {
2757   m_pFrame = CreateChildFrame(doc, this);
2758   SetFrame(m_pFrame);
2759
2760   m_bMinSpecified = false;
2761   m_bMaxSpecified = false;
2762   m_dAutoScaleFactor = 1.;
2763
2764   int width, height;
2765   m_pFrame->GetClientSize(&width, &height);
2766   m_pFrame->SetTitle ("Plot File");
2767   m_pCanvas = CreateCanvas (m_pFrame);
2768
2769 #ifdef __X__
2770   int x, y;  // X requires a forced resize
2771   m_pFrame->GetSize(&x, &y);
2772   m_pFrame->SetSize(-1, -1, x, y);
2773 #endif
2774
2775   m_pFrame->Show(true);
2776   Activate(true);
2777
2778   return true;
2779 }
2780
2781 void
2782 PlotFileView::OnDraw (wxDC* dc)
2783 {
2784   const PlotFile& rPlotFile = GetDocument()->getPlotFile();
2785   const int iNColumns = rPlotFile.getNumColumns();
2786   const int iNRecords = rPlotFile.getNumRecords();
2787
2788   if (iNColumns > 0 && iNRecords > 0) {
2789     int xsize, ysize;
2790     m_pCanvas->GetClientSize (&xsize, &ysize);
2791     SGPDriver driver (dc, xsize, ysize);
2792     SGP sgp (driver);
2793     if (m_pEZPlot)
2794       m_pEZPlot->plot (&sgp);
2795   }
2796 }
2797
2798
2799 void
2800 PlotFileView::OnUpdate (wxView *WXUNUSED(sender), wxObject *WXUNUSED(hint) )
2801 {
2802   const PlotFile& rPlotFile = GetDocument()->getPlotFile();
2803   const int iNColumns = rPlotFile.getNumColumns();
2804   const int iNRecords = rPlotFile.getNumRecords();
2805
2806   if (iNColumns > 0 && iNRecords > 0) {
2807     if (m_pEZPlot)
2808       delete m_pEZPlot;
2809     m_pEZPlot = new EZPlot;
2810
2811     for (unsigned int iEzset = 0; iEzset < rPlotFile.getNumEzsetCommands(); iEzset++)
2812       m_pEZPlot->ezset (rPlotFile.getEzsetCommand (iEzset));
2813
2814     if (m_bMinSpecified) {
2815       std::ostringstream os;
2816       os << "ymin " << m_dMinPixel;
2817       m_pEZPlot->ezset (os.str());
2818     }
2819
2820     if (m_bMaxSpecified) {
2821       std::ostringstream os;
2822       os << "ymax " << m_dMaxPixel;
2823       m_pEZPlot->ezset (os.str());
2824     }
2825
2826     m_pEZPlot->ezset("box");
2827     m_pEZPlot->ezset("grid");
2828
2829     double* pdXaxis = new double [iNRecords];
2830     rPlotFile.getColumn (0, pdXaxis);
2831
2832     double* pdY = new double [iNRecords];
2833     for (int iCol = 1; iCol < iNColumns; iCol++) {
2834       rPlotFile.getColumn (iCol, pdY);
2835       m_pEZPlot->addCurve (pdXaxis, pdY, iNRecords);
2836     }
2837
2838     delete pdXaxis;
2839     delete pdY;
2840   }
2841
2842   if (m_pCanvas)
2843     m_pCanvas->Refresh();
2844 }
2845
2846 bool
2847 PlotFileView::OnClose (bool deleteWindow)
2848 {
2849   if (! GetDocument() || ! GetDocument()->Close())
2850     return false;
2851
2852   if (m_pCanvas) {
2853         m_pCanvas->Show(false);
2854     m_pCanvas->setView (NULL);
2855     m_pCanvas = NULL;
2856   }
2857   wxString s(wxTheApp->GetAppName());
2858   if (m_pFrame)
2859     m_pFrame->SetTitle(s);
2860
2861   Activate(false);
2862
2863   m_pFrame->SetView(NULL);
2864    SetFrame(NULL);
2865   if (deleteWindow) {
2866     m_pFrame->Show(false);
2867         ::wxYield();
2868      m_pFrame->Destroy();
2869     m_pFrame = NULL;
2870   }
2871   return true;
2872 }
2873
2874
2875 ////////////////////////////////////////////////////////////////
2876
2877
2878 IMPLEMENT_DYNAMIC_CLASS(TextFileView, wxView)
2879
2880 TextFileView::~TextFileView()
2881 {
2882   GetDocumentManager()->FileHistoryRemoveMenu (m_pFileMenu);
2883   GetDocumentManager()->ActivateView(this, FALSE, TRUE);;
2884 }
2885
2886 bool TextFileView::OnCreate(wxDocument *doc, long WXUNUSED(flags) )
2887 {
2888   m_pFrame = CreateChildFrame(doc, this);
2889   SetFrame (m_pFrame);
2890
2891   int width, height;
2892   m_pFrame->GetClientSize(&width, &height);
2893   m_pFrame->SetTitle("TextFile");
2894   m_pCanvas = new TextFileCanvas (this, m_pFrame, wxPoint(0, 0), wxSize(width, height), wxTE_MULTILINE | wxTE_READONLY);
2895   m_pFrame->SetTitle("Log");
2896
2897 #ifdef __X__
2898   // X seems to require a forced resize
2899   int x, y;
2900   frame->GetSize(&x, &y);
2901   frame->SetSize(-1, -1, x, y);
2902 #endif
2903
2904   m_pFrame->Show (true);
2905   Activate (true);
2906
2907   return true;
2908 }
2909
2910 // Handled by wxTextWindow
2911 void TextFileView::OnDraw(wxDC *WXUNUSED(dc) )
2912 {
2913 }
2914
2915 void TextFileView::OnUpdate (wxView *WXUNUSED(sender), wxObject *WXUNUSED(hint) )
2916 {
2917 }
2918
2919 bool
2920 TextFileView::OnClose (bool deleteWindow)
2921 {
2922  // if (m_pFrame && m_pFrame->GetTitle() == "Log")
2923     return false;
2924
2925   if (! GetDocument() || ! GetDocument()->Close())
2926     return false;
2927
2928   m_pCanvas->Show(false);
2929   Activate(false);
2930
2931   SetFrame(NULL);
2932   m_pFrame->SetView(NULL);
2933   if (deleteWindow) {
2934     m_pFrame->Show(false);
2935         ::wxYield();
2936      m_pFrame->Destroy();
2937     m_pFrame = NULL;
2938
2939   }
2940   return TRUE;
2941 }
2942
2943 #if CTSIM_MDI
2944 wxDocMDIChildFrame*
2945 #else
2946 wxDocChildFrame*
2947 #endif
2948 TextFileView::CreateChildFrame (wxDocument *doc, wxView *view)
2949 {
2950 #if CTSIM_MDI
2951   wxDocMDIChildFrame* subframe = new wxDocMDIChildFrame (doc, view, theApp->getMainFrame(), -1, "TextFile Frame", wxPoint(-1, -1), wxSize(300, 150), wxDEFAULT_FRAME_STYLE);
2952 #else
2953   wxDocChildFrame* subframe = new wxDocChildFrame (doc, view, theApp->getMainFrame(), -1, "TextFile Frame", wxPoint(-1, -1), wxSize(300, 150), wxDEFAULT_FRAME_STYLE);
2954 #endif
2955   theApp->setIconForFrame (subframe);
2956
2957   wxMenu *m_pFileMenu = new wxMenu;
2958
2959   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_PHANTOM, "Cr&eate Phantom...\tCtrl-P");
2960   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_FILTER, "Create &Filter...\tCtrl-F");
2961   m_pFileMenu->Append(wxID_OPEN, "&Open...\tCtrl-O");
2962   m_pFileMenu->Append(wxID_SAVE, "&Save\tCtrl-S");
2963   m_pFileMenu->Append(wxID_SAVEAS, "Save &As...");
2964   //  m_pFileMenu->Append(wxID_CLOSE, "&Close\tCtrl-W");
2965
2966   m_pFileMenu->AppendSeparator();
2967   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT, "&Print...");
2968   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT_SETUP, "Print &Setup...");
2969   m_pFileMenu->Append(wxID_PREVIEW, "Print Pre&view");
2970 #ifdef CTSIM_MDI
2971   m_pFileMenu->AppendSeparator();
2972   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_EXIT, "E&xit");
2973 #endif
2974   GetDocumentManager()->FileHistoryAddFilesToMenu(m_pFileMenu);
2975   GetDocumentManager()->FileHistoryUseMenu(m_pFileMenu);
2976
2977   wxMenu *help_menu = new wxMenu;
2978   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_CONTENTS, "&Contents\tF1");
2979   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_TOPICS, "&Topics\tCtrl-H");
2980   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_ABOUT, "&About");
2981
2982   wxMenuBar *menu_bar = new wxMenuBar;
2983
2984   menu_bar->Append(m_pFileMenu, "&File");
2985   menu_bar->Append(help_menu, "&Help");
2986
2987   subframe->SetMenuBar(menu_bar);
2988   subframe->Centre(wxBOTH);
2989
2990   wxAcceleratorEntry accelEntries[5];
2991   accelEntries[0].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('O'), wxID_OPEN);
2992   accelEntries[1].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('S'), wxID_SAVE);
2993   accelEntries[2].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('W'), wxID_CLOSE);
2994   accelEntries[3].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('H'), MAINMENU_HELP_TOPICS);
2995   accelEntries[4].Set (wxACCEL_NORMAL, WXK_F1, MAINMENU_HELP_CONTENTS);
2996   wxAcceleratorTable accelTable (5, accelEntries);
2997   subframe->SetAcceleratorTable (accelTable);
2998
2999   return subframe;
3000 }
3001
3002
3003 // Define a constructor for my text subwindow
3004 TextFileCanvas::TextFileCanvas (TextFileView* v, wxFrame* frame, const wxPoint& pos, const wxSize& size, long style)
3005 : wxTextCtrl (frame, -1, "", pos, size, style), m_pView(v)
3006 {
3007 }
3008
3009 TextFileCanvas::~TextFileCanvas ()
3010 {
3011   m_pView = NULL;
3012 }