composite.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          composite.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Composite Classes for UMLisp
   7 ;;;; Programmer:    Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: composite.lisp,v 1.6 2002/10/16 16:05:23 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package :umlisp)
  20 (declaim (optimize (speed 3) (safety 1) (compilation-speed 0) (debug 3)))
  21
  22
  23 ;;; Semantic type constants
  24
  25 (defun find-tui-word (words)
  26   (kmrcl:aif (car (find-usty-word words))
  27        (tui kmrcl::it)
  28        nil))
  29 (kmrcl:memoize 'find-tui-word)
  30
  31 (defun tui-disease-or-syndrome ()
  32   (find-tui-word "disease or syndrome"))
  33 (defun tui-sign-or-symptom ()
  34   (find-tui-word "sign or symptom"))
  35 (defun tui-finding ()
  36   (find-tui-word "finding"))
  37
  38
  39 ;;;; Related concepts with specific tui lookup functions
  40
  41 (defun ucon-is-tui? (ucon tui)
  42   "Returns t if ucon has a semantic type of tui"
  43   (find tui (s#sty ucon) :key #'tui))
  44
  45 (defun find-ucon2-tui (ucon tui cui2-func related-con-func)
  46   "Returns a list of related ucons that have specific tui"
  47   (remove-duplicates
  48    (filter
  49     #'(lambda (c)
  50         (kmrcl:aif (funcall cui2-func c)
  51              (let ((ucon2 (find-ucon-cui kmrcl::it)))
  52                (when (ucon-is-tui? ucon2 tui)
  53                  ucon2))
  54              nil))
  55     (funcall related-con-func ucon))
  56    :key #'cui))
  57
  58 (defun find-ucon2-coc-tui (ucon tui)
  59   "Return list of ucon's that have co-occuring concepts of semantic type tui"
  60   (find-ucon2-tui ucon tui #'cui2 #'s#coc))
  61
  62 (defun find-ucon2-rel-tui (ucon tui)
  63   "Return list of ucon's that have related concepts to ucon and semantic type tui"
  64   (find-ucon2-tui ucon tui #'cui2 #'s#rel))
  65
  66 ;;; Composite Objects
  67
  68 (defclass ucon_freq (umlsclass)
  69   ((ucon :type ucon :initarg :ucon :reader ucon)
  70    (freq :type fixnum :initarg :freq :accessor freq))
  71   (:metaclass kmrcl:ml-class)
  72   (:default-initargs :cui nil :pfstr nil :freq nil)
  73   (:title "Concept and Count")
  74   (:fields (cui :string fmt-cui) (freq :fixnum) (pfstr :cdata))
  75   (:ref-fields (cui find-ucon-cui))
  76   (:documentation "Composite object of ucon/freq"))
  77
  78 (defun ucon_freq-cui (c)
  79   (cui (ucon c)))
  80
  81 (defun ucon_freq-pfstr (c)
  82   (pfstr (ucon c)))
  83
  84 (defclass ustr_freq (umlsclass)
  85   ((ustr :type ustr :initarg :ustr :reader ustr)
  86    (freq :type fixnum :initarg :freq :accessor freq))
  87   (:metaclass kmrcl:ml-class)
  88   (:default-initargs :cui nil :pfstr nil :freq nil)
  89   (:title "String and Count")
  90   (:fields (sui :string fmt-sui) (freq :fixnum) (stt :string) (lrl :fixnum) (str :cdata))
  91   (:ref-fields (sui find-ustr-sui))
  92   (:documentation "Composite object of ustr/freq"))
  93
  94 (defun ustr_freq-sui (s)
  95   (sui (ustr s)))
  96
  97 (defun ustr_freq-str (s)
  98   (str (ustr s)))
  99
 100 (defun ustr_freq-lrl (s)
 101   (lrl (ustr s)))
 102
 103 (defun ustr_freq-stt (s)
 104   (stt (ustr s)))
 105
 106 (defclass usty_freq (umlsclass)
 107   ((usty :type usty :initarg :usty :reader usty)
 108    (freq :type fixnum :initarg :freq :accessor freq))
 109   (:metaclass kmrcl:ml-class)
 110   (:default-initargs :usty nil :freq nil)
 111   (:title "Semantic Type and Count")
 112   (:ref-fields (tui find-ucon-tui "subobjects=no"))
 113   (:fields (tui :string fmt-tui) (freq :fixnum) (sty :string))
 114   (:documentation "Composite object of usty/freq"))
 115
 116 (defmethod tui ((s usty_freq))
 117   (usty-tui (usty_freq-usty s)))
 118
 119 (defmethod sty ((s usty_freq))
 120   (usty-sty (usty_freq-usty s)))
 121
 122
 123 (defun find-usty_freq-all ()
 124   (let ((usty_freqs '()))
 125     (dolist (tuple (mutex-sql-query "select distinct TUI from MRSTY"))
 126       (let* ((tui (car tuple))
 127              (freq (ensure-integer
 128                      (caar (mutex-sql-query
 129                             (format nil "select count(*) from MRSTY where TUI=~a" tui))))))
 130         (push (make-instance 'usty_freq :usty (find-usty-tui tui) :freq freq) usty_freqs)))
 131     (sort usty_freqs #'> :key #'freq)))
 132
 133
 134 (defclass usrl_freq (umlsclass)
 135   ((usrl :type usrl :initarg :usrl :reader usrl)
 136    (freq :type fixnum :initarg :freq :accessor freq))
 137   (:metaclass kmrcl:ml-class)
 138   (:default-initargs :usrl nil :freq nil)
 139   (:title "Source and Count")
 140   (:ref-fields (sab find-ustr-sab))
 141   (:fields (sab :string) (freq :commainteger) (srl :fixnum))
 142   (:documentation "Composite object of usrl/freq"))
 143
 144 (defmethod sab ((s usrl_freq))
 145   (sab (usrl s)))
 146
 147 (defmethod srl ((s usrl_freq))
 148   (srl (usrl s)))
 149
 150
 151 ;; Frequency finding functions
 152
 153 (defun find-usrl_freq-all ()
 154   (let ((freqs '()))
 155     (dolist (usrl (find-usrl-all))
 156       (let ((freq (ensure-integer
 157                    (caar (mutex-sql-query
 158                           (format nil "select count(*) from MRSO where SAB='~a'"
 159                                   (sab usrl)))))))
 160         (push (make-instance 'usrl_freq :usrl usrl :freq freq) freqs)))
 161     (sort freqs #'> :key #'usrl_freq-freq)))
 162
 163 (defun find-ucon2_freq-coc-tui (ucon tui)
 164 "Return sorted list of tuples with ucon and freq that have co-occuring concepts of semantic type tui"
 165   (let ((ucon_freqs '()))
 166     (dolist (ucoc (s#coc ucon))
 167       (kmrcl:aif (cui2 ucoc)
 168            (let ((ucon2 (find-ucon-cui kmrcl::it)))
 169              (when (ucon-is-tui? ucon2 tui)
 170                (push (make-instance 'ucon_freq :ucon ucon2 :freq (cof ucoc))
 171                      ucon_freqs)))))
 172     (setq ucon_freqs (delete-duplicates ucon_freqs :key #'cui))
 173     (sort ucon_freqs #'> :key #'freq)))
 174
 175 (defun find-ucon2-str&sty (str sty lookup-func)
 176   "Call lookup-func for ucon and usty for given str and sty"
 177   (let ((ucon (car (find-ucon-str str)))
 178         (usty (car (find-usty-word sty))))
 179     (if (and ucon usty)
 180         (funcall lookup-func ucon (tui usty))
 181       nil)))
 182
 183 (defun find-ucon2-coc-str&sty (str sty)
 184   "Find all ucons that are a co-occuring concept for concept named str
 185    and that have semantic type of sty"
 186   (find-ucon2-str&sty str sty #'find-ucon2-coc-tui))
 187
 188 (defun find-ucon2-rel-str&sty (str sty)
 189   "Find all ucons that are a relationship to concept named str
 190    and that have semantic type of sty"
 191   (find-ucon2-str&sty str sty #'find-ucon2-rel-tui))
 192
 193 ;;; Most common relationships, co-occurances
 194
 195 (defun find-ucon2_freq-tui-all (tui ucon2-tui-func)
 196   "Return sorted list of all ucon2 that have a semantic type tui with ucon that is also has sty of tui"
 197   (let ((ucon_freqs (make-array (1+ (find-cui-max)) :initial-element nil)))
 198     (dolist (ucon (find-ucon-tui tui)) ;; for all disease-or-syn
 199       (dolist (ucon2 (funcall ucon2-tui-func ucon tui)) ;; for each related disease
 200         (kmrcl:aif (aref ucon_freqs (cui ucon2))
 201              (setf (freq kmrcl::it) (1+ (freq kmrcl::it)))
 202              (setf (aref ucon_freqs (cui ucon2))
 203                (make-instance 'ucon_freq :ucon ucon2 :freq 1)))))
 204     (let ((ucon_freq-list '()))
 205       (dotimes (i (find-cui-max))
 206         (declare (fixnum i))
 207         (kmrcl:awhen (aref ucon_freqs i)
 208              (push kmrcl::it ucon_freq-list)))
 209       (sort ucon_freq-list #'> :key #'freq))))
 210
 211 (defun find-ucon2_freq-rel-tui-all (tui)
 212   "Sorted list of ucon_freq with semantic type tui that are rel's of ucons with semantic type tui"
 213   (find-ucon2_freq-tui-all tui #'find-ucon2-rel-tui))
 214
 215 (defun find-ucon2_freq-coc-tui-all (tui)
 216   (find-ucon2_freq-tui-all tui #'find-ucon2-coc-tui))
 217
 218 #+cmu
 219 (dolist (c '(ucon_freq ustr_freq usty_freq usrl_freq))
 220   (let ((cl #+cmu (pcl:find-class c)
 221             #+sbcl (sb-pcl:find-class c)))
 222     #+cmu (pcl:finalize-inheritance cl)
 223     #+sbcl (sb-pcl:finalize-inheritance cl)))