composite.lisp

   1 ;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          composite.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Composite Classes for UMLisp
   7 ;;;; Author:        Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: composite.lisp,v 1.22 2003/05/14 05:37:48 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp)
  20
  21 (eval-when (:compile-toplevel)
  22   (declaim (optimize (speed 3) (safety 1) (compilation-speed 0) (debug 3))))
  23
  24
  25 ;;; Semantic type constants
  26
  27 (defun find-tui-word (words)
  28   (aif (car (find-usty-word words))
  29        (tui it)
  30        nil))
  31 (memoize 'find-tui-word)
  32
  33 (defun tui-disease-or-syndrome ()
  34   (find-tui-word "disease or syndrome"))
  35 (defun tui-sign-or-symptom ()
  36   (find-tui-word "sign or symptom"))
  37 (defun tui-finding ()
  38   (find-tui-word "finding"))
  39
  40
  41 ;;;; Related concepts with specific tui lookup functions
  42
  43 (defun ucon-is-tui? (ucon tui)
  44   "Returns t if ucon has a semantic type of tui"
  45   (find tui (s#sty ucon) :key #'tui))
  46
  47 (defun find-ucon2-tui (ucon tui cui2-func related-con-func)
  48   "Returns a list of related ucons that have specific tui"
  49   (remove-duplicates
  50    (filter
  51     #'(lambda (c)
  52         (aif (funcall cui2-func c)
  53              (let ((ucon2 (find-ucon-cui it)))
  54                (when (ucon-is-tui? ucon2 tui)
  55                  ucon2)) nil))
  56     (funcall related-con-func ucon))
  57    :key #'cui))
  58
  59 (defun find-ucon2-coc-tui (ucon tui)
  60   "Return list of ucon's that have co-occuring concepts of semantic type tui"
  61   (find-ucon2-tui ucon tui #'cui2 #'s#coc))
  62
  63 (defun find-ucon2-rel-tui (ucon tui)
  64   "Return list of ucon's that have related concepts to ucon and semantic type tui"
  65   (find-ucon2-tui ucon tui #'cui2 #'s#rel))
  66
  67 ;;; Composite Objects
  68
  69 (defclass freq (hyperobject)
  70   ((freq :value-type integer :initarg :freq :accessor freq :print-formatter fmt-comma-integer))
  71   (:metaclass hyperobject-class)
  72   (:default-initargs :freq 0)
  73   (:user-name "Frequency class" "Frequency classes")
  74   (:default-print-slots freq)
  75   (:description "Base class containing frequency slot, used for multi-inherited objects"))
  76
  77 (defclass ucon_freq (ucon freq)
  78   ()
  79   (:metaclass hyperobject-class)
  80   (:user-name "Concept and Count" "Concepts and Counts")
  81   (:default-print-slots cui freq pfstr)
  82   (:description "Composite object of ucon/freq"))
  83
  84 (defclass ustr_freq (ustr freq)
  85   ()
  86   (:metaclass hyperobject-class)
  87   (:user-name "String and Count" "Strings and Counts")
  88   (:default-print-slots sui freq stt lrl str)
  89   (:description "Composite object of ustr/freq"))
  90
  91 (defclass usty_freq (usty freq)
  92   ((freq :value-type fixnum :initarg :freq :accessor freq))
  93   (:metaclass hyperobject-class)
  94   (:user-name "Semantic Type and Count" "Semantic Types and Counts")
  95   (:default-print-slots tui freq sty)
  96   (:description "Composite object of usty/freq"))
  97
  98 (defun find-usty_freq-all ()
  99   (let ((usty_freqs '()))
 100     (dolist (tuple (mutex-sql-query "select distinct TUI from MRSTY"))
 101       (let* ((tui (car tuple))
 102              (freq (ensure-integer
 103                      (caar (mutex-sql-query
 104                             (format nil "select count(*) from MRSTY where TUI=~a" tui)))))
 105              (usty (find-usty-tui tui)))
 106         (push (make-instance 'usty_freq :sty (sty usty)
 107                              :tui (tui usty) :freq freq) usty_freqs)))
 108     (sort usty_freqs #'> :key #'freq)))
 109
 110
 111 (defclass usrl_freq (usrl freq)
 112   ()
 113   (:metaclass hyperobject-class)
 114   (:user-name "Source and Count" "Sources and Counts")
 115   (:default-print-slots sab freq srl)
 116   (:description "Composite object of usrl/freq"))
 117
 118 ;; Frequency finding functions
 119
 120 (defun find-usrl_freq-all ()
 121   (let ((freqs '()))
 122     (dolist (usrl (find-usrl-all))
 123       (let ((freq (ensure-integer
 124                    (caar (mutex-sql-query
 125                           (format nil "select count(*) from MRSO where SAB='~a'"
 126                                   (sab usrl)))))))
 127         (push (make-instance 'usrl_freq :sab (sab usrl) :srl (srl usrl)
 128                              :freq freq)
 129               freqs)))
 130     (sort freqs #'> :key #'freq)))
 131
 132 (defun find-ucon2_freq-coc-tui (ucon tui)
 133 "Return sorted list of tuples with ucon and freq that have co-occuring concepts of semantic type tui"
 134   (let ((ucon_freqs '()))
 135     (dolist (ucoc (s#coc ucon))
 136       (aif (cui2 ucoc)
 137            (let ((ucon2 (find-ucon-cui it)))
 138              (when (ucon-is-tui? ucon2 tui)
 139                (push (make-instance 'ucon_freq :cui (cui ucon2) :lrl (lrl ucon2)
 140                                     :pfstr (pfstr ucon2) :freq (cof ucoc))
 141                      ucon_freqs)))))
 142     (setq ucon_freqs (delete-duplicates ucon_freqs :key #'cui))
 143     (sort ucon_freqs #'> :key #'freq)))
 144
 145 (defun find-ucon2-str&sty (str sty lookup-func)
 146   "Call lookup-func for ucon and usty for given str and sty"
 147   (let ((ucon (car (find-ucon-str str)))
 148         (usty (car (find-usty-word sty))))
 149     (if (and ucon usty)
 150         (funcall lookup-func ucon (tui usty))
 151       nil)))
 152
 153 (defun find-ucon2-coc-str&sty (str sty)
 154   "Find all ucons that are a co-occuring concept for concept named str
 155    and that have semantic type of sty"
 156   (find-ucon2-str&sty str sty #'find-ucon2-coc-tui))
 157
 158 (defun find-ucon2-rel-str&sty (str sty)
 159   "Find all ucons that are a relationship to concept named str
 160    and that have semantic type of sty"
 161   (find-ucon2-str&sty str sty #'find-ucon2-rel-tui))
 162
 163 ;;; Most common relationships, co-occurances
 164
 165 (defun find-ucon2_freq-tui-all (tui ucon2-tui-func)
 166   "Return sorted list of all ucon2 that have a semantic type tui with ucon that is also has sty of tui"
 167   (let ((ucon_freqs (make-array (1+ (find-cui-max)) :initial-element nil)))
 168     (dolist (ucon (find-ucon-tui tui)) ;; for all disease-or-syn
 169       (dolist (ucon2 (funcall ucon2-tui-func ucon tui)) ;; for each related disease
 170         (aif (aref ucon_freqs (cui ucon2))
 171              (setf (freq it) (1+ (freq it)))
 172              (setf (aref ucon_freqs (cui ucon2))
 173                (make-instance 'ucon_freq :cui (cui ucon2) :lrl (lrl ucon2)
 174                               :pfstr (pfstr ucon2) :freq 1)))))
 175     (let ((ucon_freq-list '()))
 176       (dotimes (i (find-cui-max))
 177         (declare (fixnum i))
 178         (awhen (aref ucon_freqs i)
 179              (push it ucon_freq-list)))
 180       (sort ucon_freq-list #'> :key #'freq))))
 181
 182 (defun find-ucon2_freq-rel-tui-all (tui)
 183   "Sorted list of ucon_freq with semantic type tui that are rel's of ucons with semantic type tui"
 184   (find-ucon2_freq-tui-all tui #'find-ucon2-rel-tui))
 185
 186 (defun find-ucon2_freq-coc-tui-all (tui)
 187   (find-ucon2_freq-tui-all tui #'find-ucon2-coc-tui))
 188
 189 #+(or cmu scl)
 190 (dolist (c '(ucon_freq ustr_freq usty_freq usrl_freq))
 191   (let ((cl #+cmu (pcl:find-class c)
 192             #+scl (find-class c)))
 193     #+cmu (pcl:finalize-inheritance cl)
 194     #+scl (clos:finalize-inheritance cl)))