composite.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          composite.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Composite Classes for UMLisp
   7 ;;;; Programmer:    Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: composite.lisp,v 1.9 2002/11/04 18:02:13 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package :umlisp)
  20 (declaim (optimize (speed 3) (safety 1) (compilation-speed 0) (debug 3)))
  21
  22
  23 ;;; Semantic type constants
  24
  25 (defun find-tui-word (words)
  26   (kmrcl:aif (car (find-usty-word words))
  27        (tui kmrcl::it)
  28        nil))
  29 (kmrcl:memoize 'find-tui-word)
  30
  31 (defun tui-disease-or-syndrome ()
  32   (find-tui-word "disease or syndrome"))
  33 (defun tui-sign-or-symptom ()
  34   (find-tui-word "sign or symptom"))
  35 (defun tui-finding ()
  36   (find-tui-word "finding"))
  37
  38
  39 ;;;; Related concepts with specific tui lookup functions
  40
  41 (defun ucon-is-tui? (ucon tui)
  42   "Returns t if ucon has a semantic type of tui"
  43   (find tui (s#sty ucon) :key #'tui))
  44
  45 (defun find-ucon2-tui (ucon tui cui2-func related-con-func)
  46   "Returns a list of related ucons that have specific tui"
  47   (remove-duplicates
  48    (filter
  49     #'(lambda (c)
  50         (kmrcl:aif (funcall cui2-func c)
  51              (let ((ucon2 (find-ucon-cui kmrcl::it)))
  52                (when (ucon-is-tui? ucon2 tui)
  53                  ucon2))
  54              nil))
  55     (funcall related-con-func ucon))
  56    :key #'cui))
  57
  58 (defun find-ucon2-coc-tui (ucon tui)
  59   "Return list of ucon's that have co-occuring concepts of semantic type tui"
  60   (find-ucon2-tui ucon tui #'cui2 #'s#coc))
  61
  62 (defun find-ucon2-rel-tui (ucon tui)
  63   "Return list of ucon's that have related concepts to ucon and semantic type tui"
  64   (find-ucon2-tui ucon tui #'cui2 #'s#rel))
  65
  66 ;;; Composite Objects
  67
  68 (defclass ucon_freq (umlsclass)
  69   ((ucon :type ucon :initarg :ucon :reader ucon)
  70    (freq :type fixnum :initarg :freq :accessor freq))
  71   (:metaclass hyperobject-class)
  72   (:default-initargs :cui nil :pfstr nil :freq nil)
  73   (:title "Concept and Count")
  74   (:fields (cui :string fmt-cui) (freq :fixnum) (pfstr :cdata))
  75   (:ref-fields (cui find-ucon-cui))
  76   (:documentation "Composite object of ucon/freq"))
  77
  78 (defun ucon_freq-cui (c)
  79   (cui (ucon c)))
  80
  81 (defun ucon_freq-pfstr (c)
  82   (pfstr (ucon c)))
  83
  84 (defclass ustr_freq (umlsclass)
  85   ((ustr :type ustr :initarg :ustr :reader ustr)
  86    (freq :type fixnum :initarg :freq :accessor freq))
  87   (:metaclass hyperobject-class)
  88   (:default-initargs :cui nil :pfstr nil :freq nil)
  89   (:title "String and Count")
  90   (:fields (sui :string fmt-sui) (freq :fixnum) (stt :string) (lrl :fixnum) (str :cdata))
  91   (:ref-fields (sui find-ustr-sui))
  92   (:documentation "Composite object of ustr/freq"))
  93
  94 (defun ustr_freq-sui (s)
  95   (sui (ustr s)))
  96
  97 (defun ustr_freq-str (s)
  98   (str (ustr s)))
  99
 100 (defun ustr_freq-lrl (s)
 101   (lrl (ustr s)))
 102
 103 (defun ustr_freq-stt (s)
 104   (stt (ustr s)))
 105
 106 (defclass usty_freq (umlsclass)
 107   ((usty :type usty :initarg :usty :reader usty)
 108    (freq :type fixnum :initarg :freq :accessor freq))
 109   (:metaclass hyperobject-class)
 110   (:default-initargs :usty nil :freq nil)
 111   (:title "Semantic Type and Count")
 112 ;;  (:ref-fields (tui find-ucon-tui "subobjects=no"))
 113   (:ref-fields (tui find-ucon-tui))
 114   (:fields (tui :string fmt-tui) (freq :fixnum) (sty :string))
 115   (:documentation "Composite object of usty/freq"))
 116
 117 (defmethod tui ((s usty_freq))
 118   (tui (usty s)))
 119
 120 (defmethod sty ((s usty_freq))
 121   (sty (usty s)))
 122
 123
 124 (defun find-usty_freq-all ()
 125   (let ((usty_freqs '()))
 126     (dolist (tuple (mutex-sql-query "select distinct TUI from MRSTY"))
 127       (let* ((tui (car tuple))
 128              (freq (ensure-integer
 129                      (caar (mutex-sql-query
 130                             (format nil "select count(*) from MRSTY where TUI=~a" tui))))))
 131         (push (make-instance 'usty_freq :usty (find-usty-tui tui) :freq freq) usty_freqs)))
 132     (sort usty_freqs #'> :key #'freq)))
 133
 134
 135 (defclass usrl_freq (umlsclass)
 136   ((usrl :type usrl :initarg :usrl :reader usrl)
 137    (freq :type fixnum :initarg :freq :accessor freq))
 138   (:metaclass hyperobject-class)
 139   (:default-initargs :usrl nil :freq nil)
 140   (:title "Source and Count")
 141   (:ref-fields (sab find-ustr-sab))
 142   (:fields (sab :string) (freq :commainteger) (srl :fixnum))
 143   (:documentation "Composite object of usrl/freq"))
 144
 145 (defmethod sab ((s usrl_freq))
 146   (sab (usrl s)))
 147
 148 (defmethod srl ((s usrl_freq))
 149   (srl (usrl s)))
 150
 151
 152 ;; Frequency finding functions
 153
 154 (defun find-usrl_freq-all ()
 155   (let ((freqs '()))
 156     (dolist (usrl (find-usrl-all))
 157       (let ((freq (ensure-integer
 158                    (caar (mutex-sql-query
 159                           (format nil "select count(*) from MRSO where SAB='~a'"
 160                                   (sab usrl)))))))
 161         (push (make-instance 'usrl_freq :usrl usrl :freq freq) freqs)))
 162     (sort freqs #'> :key #'usrl_freq-freq)))
 163
 164 (defun find-ucon2_freq-coc-tui (ucon tui)
 165 "Return sorted list of tuples with ucon and freq that have co-occuring concepts of semantic type tui"
 166   (let ((ucon_freqs '()))
 167     (dolist (ucoc (s#coc ucon))
 168       (kmrcl:aif (cui2 ucoc)
 169            (let ((ucon2 (find-ucon-cui kmrcl::it)))
 170              (when (ucon-is-tui? ucon2 tui)
 171                (push (make-instance 'ucon_freq :ucon ucon2 :freq (cof ucoc))
 172                      ucon_freqs)))))
 173     (setq ucon_freqs (delete-duplicates ucon_freqs :key #'cui))
 174     (sort ucon_freqs #'> :key #'freq)))
 175
 176 (defun find-ucon2-str&sty (str sty lookup-func)
 177   "Call lookup-func for ucon and usty for given str and sty"
 178   (let ((ucon (car (find-ucon-str str)))
 179         (usty (car (find-usty-word sty))))
 180     (if (and ucon usty)
 181         (funcall lookup-func ucon (tui usty))
 182       nil)))
 183
 184 (defun find-ucon2-coc-str&sty (str sty)
 185   "Find all ucons that are a co-occuring concept for concept named str
 186    and that have semantic type of sty"
 187   (find-ucon2-str&sty str sty #'find-ucon2-coc-tui))
 188
 189 (defun find-ucon2-rel-str&sty (str sty)
 190   "Find all ucons that are a relationship to concept named str
 191    and that have semantic type of sty"
 192   (find-ucon2-str&sty str sty #'find-ucon2-rel-tui))
 193
 194 ;;; Most common relationships, co-occurances
 195
 196 (defun find-ucon2_freq-tui-all (tui ucon2-tui-func)
 197   "Return sorted list of all ucon2 that have a semantic type tui with ucon that is also has sty of tui"
 198   (let ((ucon_freqs (make-array (1+ (find-cui-max)) :initial-element nil)))
 199     (dolist (ucon (find-ucon-tui tui)) ;; for all disease-or-syn
 200       (dolist (ucon2 (funcall ucon2-tui-func ucon tui)) ;; for each related disease
 201         (kmrcl:aif (aref ucon_freqs (cui ucon2))
 202              (setf (freq kmrcl::it) (1+ (freq kmrcl::it)))
 203              (setf (aref ucon_freqs (cui ucon2))
 204                (make-instance 'ucon_freq :ucon ucon2 :freq 1)))))
 205     (let ((ucon_freq-list '()))
 206       (dotimes (i (find-cui-max))
 207         (declare (fixnum i))
 208         (kmrcl:awhen (aref ucon_freqs i)
 209              (push kmrcl::it ucon_freq-list)))
 210       (sort ucon_freq-list #'> :key #'freq))))
 211
 212 (defun find-ucon2_freq-rel-tui-all (tui)
 213   "Sorted list of ucon_freq with semantic type tui that are rel's of ucons with semantic type tui"
 214   (find-ucon2_freq-tui-all tui #'find-ucon2-rel-tui))
 215
 216 (defun find-ucon2_freq-coc-tui-all (tui)
 217   (find-ucon2_freq-tui-all tui #'find-ucon2-coc-tui))
 218
 219 #+(or cmu scl)
 220 (dolist (c '(ucon_freq ustr_freq usty_freq usrl_freq))
 221   (let ((cl #+cmu (pcl:find-class c)
 222             #+scl (find-class c)))
 223     #+cmu (pcl:finalize-inheritance cl)
 224     #+scl (clos:finalize-inheritance cl)))