composite.lisp

   1 ;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          composite.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Composite Classes for UMLisp
   7 ;;;; Programmer:    Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: composite.lisp,v 1.20 2003/01/17 18:40:49 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package :umlisp)
  20 (declaim (optimize (speed 3) (safety 1) (compilation-speed 0) (debug 3)))
  21
  22
  23 ;;; Semantic type constants
  24
  25 (defun find-tui-word (words)
  26   (aif (car (find-usty-word words))
  27        (tui it)
  28        nil))
  29 (memoize 'find-tui-word)
  30
  31 (defun tui-disease-or-syndrome ()
  32   (find-tui-word "disease or syndrome"))
  33 (defun tui-sign-or-symptom ()
  34   (find-tui-word "sign or symptom"))
  35 (defun tui-finding ()
  36   (find-tui-word "finding"))
  37
  38
  39 ;;;; Related concepts with specific tui lookup functions
  40
  41 (defun ucon-is-tui? (ucon tui)
  42   "Returns t if ucon has a semantic type of tui"
  43   (find tui (s#sty ucon) :key #'tui))
  44
  45 (defun find-ucon2-tui (ucon tui cui2-func related-con-func)
  46   "Returns a list of related ucons that have specific tui"
  47   (remove-duplicates
  48    (filter
  49     #'(lambda (c)
  50         (aif (funcall cui2-func c)
  51              (let ((ucon2 (find-ucon-cui it)))
  52                (when (ucon-is-tui? ucon2 tui)
  53                  ucon2)) nil))
  54     (funcall related-con-func ucon))
  55    :key #'cui))
  56
  57 (defun find-ucon2-coc-tui (ucon tui)
  58   "Return list of ucon's that have co-occuring concepts of semantic type tui"
  59   (find-ucon2-tui ucon tui #'cui2 #'s#coc))
  60
  61 (defun find-ucon2-rel-tui (ucon tui)
  62   "Return list of ucon's that have related concepts to ucon and semantic type tui"
  63   (find-ucon2-tui ucon tui #'cui2 #'s#rel))
  64
  65 ;;; Composite Objects
  66
  67 (defclass freq (hyperobject)
  68   ((freq :value-type integer :initarg :freq :accessor freq :print-formatter fmt-comma-integer))
  69   (:metaclass hyperobject-class)
  70   (:default-initargs :freq 0)
  71   (:user-name "Frequency class")
  72   (:default-print-slots freq)
  73   (:description "Base class containing frequency slot, used for multi-inherited objects"))
  74
  75 (defclass ucon_freq (ucon freq)
  76   ()
  77   (:metaclass hyperobject-class)
  78   (:user-name "Concept and Count")
  79   (:default-print-slots cui freq pfstr)
  80   (:description "Composite object of ucon/freq"))
  81
  82 (defclass ustr_freq (ustr freq)
  83   ()
  84   (:metaclass hyperobject-class)
  85   (:user-name "String and Count")
  86   (:default-print-slots sui freq stt lrl str)
  87   (:description "Composite object of ustr/freq"))
  88
  89 (defclass usty_freq (usty freq)
  90   ((freq :value-type fixnum :initarg :freq :accessor freq))
  91   (:metaclass hyperobject-class)
  92   (:user-name "Semantic Type and Count")
  93   (:default-print-slots tui freq sty)
  94   (:description "Composite object of usty/freq"))
  95
  96 (defun find-usty_freq-all ()
  97   (let ((usty_freqs '()))
  98     (dolist (tuple (mutex-sql-query "select distinct TUI from MRSTY"))
  99       (let* ((tui (car tuple))
 100              (freq (ensure-integer
 101                      (caar (mutex-sql-query
 102                             (format nil "select count(*) from MRSTY where TUI=~a" tui)))))
 103              (usty (find-usty-tui tui)))
 104         (push (make-instance 'usty_freq :sty (sty usty)
 105                              :tui (tui usty) :freq freq) usty_freqs)))
 106     (sort usty_freqs #'> :key #'freq)))
 107
 108
 109 (defclass usrl_freq (usrl freq)
 110   ()
 111   (:metaclass hyperobject-class)
 112   (:user-name "Source and Count")
 113   (:default-print-slots sab freq srl)
 114   (:description "Composite object of usrl/freq"))
 115
 116 ;; Frequency finding functions
 117
 118 (defun find-usrl_freq-all ()
 119   (let ((freqs '()))
 120     (dolist (usrl (find-usrl-all))
 121       (let ((freq (ensure-integer
 122                    (caar (mutex-sql-query
 123                           (format nil "select count(*) from MRSO where SAB='~a'"
 124                                   (sab usrl)))))))
 125         (push (make-instance 'usrl_freq :sab (sab usrl) :srl (srl usrl)
 126                              :freq freq)
 127               freqs)))
 128     (sort freqs #'> :key #'freq)))
 129
 130 (defun find-ucon2_freq-coc-tui (ucon tui)
 131 "Return sorted list of tuples with ucon and freq that have co-occuring concepts of semantic type tui"
 132   (let ((ucon_freqs '()))
 133     (dolist (ucoc (s#coc ucon))
 134       (aif (cui2 ucoc)
 135            (let ((ucon2 (find-ucon-cui it)))
 136              (when (ucon-is-tui? ucon2 tui)
 137                (push (make-instance 'ucon_freq :cui (cui ucon2) :lrl (lrl ucon2)
 138                                     :pfstr (pfstr ucon2) :freq (cof ucoc))
 139                      ucon_freqs)))))
 140     (setq ucon_freqs (delete-duplicates ucon_freqs :key #'cui))
 141     (sort ucon_freqs #'> :key #'freq)))
 142
 143 (defun find-ucon2-str&sty (str sty lookup-func)
 144   "Call lookup-func for ucon and usty for given str and sty"
 145   (let ((ucon (car (find-ucon-str str)))
 146         (usty (car (find-usty-word sty))))
 147     (if (and ucon usty)
 148         (funcall lookup-func ucon (tui usty))
 149       nil)))
 150
 151 (defun find-ucon2-coc-str&sty (str sty)
 152   "Find all ucons that are a co-occuring concept for concept named str
 153    and that have semantic type of sty"
 154   (find-ucon2-str&sty str sty #'find-ucon2-coc-tui))
 155
 156 (defun find-ucon2-rel-str&sty (str sty)
 157   "Find all ucons that are a relationship to concept named str
 158    and that have semantic type of sty"
 159   (find-ucon2-str&sty str sty #'find-ucon2-rel-tui))
 160
 161 ;;; Most common relationships, co-occurances
 162
 163 (defun find-ucon2_freq-tui-all (tui ucon2-tui-func)
 164   "Return sorted list of all ucon2 that have a semantic type tui with ucon that is also has sty of tui"
 165   (let ((ucon_freqs (make-array (1+ (find-cui-max)) :initial-element nil)))
 166     (dolist (ucon (find-ucon-tui tui)) ;; for all disease-or-syn
 167       (dolist (ucon2 (funcall ucon2-tui-func ucon tui)) ;; for each related disease
 168         (aif (aref ucon_freqs (cui ucon2))
 169              (setf (freq it) (1+ (freq it)))
 170              (setf (aref ucon_freqs (cui ucon2))
 171                (make-instance 'ucon_freq :cui (cui ucon2) :lrl (lrl ucon2)
 172                               :pfstr (pfstr ucon2) :freq 1)))))
 173     (let ((ucon_freq-list '()))
 174       (dotimes (i (find-cui-max))
 175         (declare (fixnum i))
 176         (awhen (aref ucon_freqs i)
 177              (push it ucon_freq-list)))
 178       (sort ucon_freq-list #'> :key #'freq))))
 179
 180 (defun find-ucon2_freq-rel-tui-all (tui)
 181   "Sorted list of ucon_freq with semantic type tui that are rel's of ucons with semantic type tui"
 182   (find-ucon2_freq-tui-all tui #'find-ucon2-rel-tui))
 183
 184 (defun find-ucon2_freq-coc-tui-all (tui)
 185   (find-ucon2_freq-tui-all tui #'find-ucon2-coc-tui))
 186
 187 #+(or cmu scl)
 188 (dolist (c '(ucon_freq ustr_freq usty_freq usrl_freq))
 189   (let ((cl #+cmu (pcl:find-class c)
 190             #+scl (find-class c)))
 191     #+cmu (pcl:finalize-inheritance cl)
 192     #+scl (clos:finalize-inheritance cl)))