composite.lisp

   1 ;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          composite.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Composite Classes for UMLisp
   7 ;;;; Programmer:    Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: composite.lisp,v 1.12 2002/11/23 22:19:17 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package :umlisp)
  20 (declaim (optimize (speed 3) (safety 1) (compilation-speed 0) (debug 3)))
  21
  22
  23 ;;; Semantic type constants
  24
  25 (defun find-tui-word (words)
  26   (kmrcl:aif (car (find-usty-word words))
  27        (tui kmrcl::it)
  28        nil))
  29 (kmrcl:memoize 'find-tui-word)
  30
  31 (defun tui-disease-or-syndrome ()
  32   (find-tui-word "disease or syndrome"))
  33 (defun tui-sign-or-symptom ()
  34   (find-tui-word "sign or symptom"))
  35 (defun tui-finding ()
  36   (find-tui-word "finding"))
  37
  38
  39 ;;;; Related concepts with specific tui lookup functions
  40
  41 (defun ucon-is-tui? (ucon tui)
  42   "Returns t if ucon has a semantic type of tui"
  43   (find tui (s#sty ucon) :key #'tui))
  44
  45 (defun find-ucon2-tui (ucon tui cui2-func related-con-func)
  46   "Returns a list of related ucons that have specific tui"
  47   (remove-duplicates
  48    (filter
  49     #'(lambda (c)
  50         (kmrcl:aif (funcall cui2-func c)
  51              (let ((ucon2 (find-ucon-cui kmrcl::it)))
  52                (when (ucon-is-tui? ucon2 tui)
  53                  ucon2))
  54              nil))
  55     (funcall related-con-func ucon))
  56    :key #'cui))
  57
  58 (defun find-ucon2-coc-tui (ucon tui)
  59   "Return list of ucon's that have co-occuring concepts of semantic type tui"
  60   (find-ucon2-tui ucon tui #'cui2 #'s#coc))
  61
  62 (defun find-ucon2-rel-tui (ucon tui)
  63   "Return list of ucon's that have related concepts to ucon and semantic type tui"
  64   (find-ucon2-tui ucon tui #'cui2 #'s#rel))
  65
  66 ;;; Composite Objects
  67
  68 (defclass ucon_freq (ucon)
  69   ((freq :type integer :initarg :freq :accessor freq :print-formatter fmt-comma-integer))
  70   (:metaclass hyperobject-class)
  71   (:default-initargs :freq 0)
  72   (:title "Concept and Count")
  73   (:print-slots cui freq pfstr)
  74   (:documentation "Composite object of ucon/freq"))
  75
  76 (defclass ustr_freq (ustr)
  77   ((freq :type fixnum :initarg :freq :accessor freq :print-formatter fmt-comma-integer))
  78   (:metaclass hyperobject-class)
  79   (:default-initargs :freq 0)
  80   (:title "String and Count")
  81   (:print-slots sui freq stt lrl str)
  82   (:documentation "Composite object of ustr/freq"))
  83
  84 (defclass usty_freq (usty)
  85   ((freq :type fixnum :initarg :freq :accessor freq))
  86   (:metaclass hyperobject-class)
  87   (:default-initargs :freq 0)
  88   (:title "Semantic Type and Count")
  89   (:print-slots tui freq sty)
  90   (:documentation "Composite object of usty/freq"))
  91
  92 (defun find-usty_freq-all ()
  93   (let ((usty_freqs '()))
  94     (dolist (tuple (mutex-sql-query "select distinct TUI from MRSTY"))
  95       (let* ((tui (car tuple))
  96              (freq (ensure-integer
  97                      (caar (mutex-sql-query
  98                             (format nil "select count(*) from MRSTY where TUI=~a" tui))))))
  99         (push (make-instance 'usty_freq :usty (find-usty-tui tui) :freq freq) usty_freqs)))
 100     (sort usty_freqs #'> :key #'freq)))
 101
 102
 103 (defclass usrl_freq (usrl)
 104   ((freq :type fixnum :initarg :freq :accessor freq :print-formatter fmt-comma-integer))
 105   (:metaclass hyperobject-class)
 106   (:default-initargs :freq 0)
 107   (:title "Source and Count")
 108   (:print-slots sab freq srl)
 109   (:documentation "Composite object of usrl/freq"))
 110
 111 ;; Frequency finding functions
 112
 113 (defun find-usrl_freq-all ()
 114   (let ((freqs '()))
 115     (dolist (usrl (find-usrl-all))
 116       (let ((freq (ensure-integer
 117                    (caar (mutex-sql-query
 118                           (format nil "select count(*) from MRSO where SAB='~a'"
 119                                   (sab usrl)))))))
 120         (push (make-instance 'usrl_freq :usrl usrl :freq freq) freqs)))
 121     (sort freqs #'> :key #'usrl_freq-freq)))
 122
 123 (defun find-ucon2_freq-coc-tui (ucon tui)
 124 "Return sorted list of tuples with ucon and freq that have co-occuring concepts of semantic type tui"
 125   (let ((ucon_freqs '()))
 126     (dolist (ucoc (s#coc ucon))
 127       (kmrcl:aif (cui2 ucoc)
 128            (let ((ucon2 (find-ucon-cui kmrcl::it)))
 129              (when (ucon-is-tui? ucon2 tui)
 130                (push (make-instance 'ucon_freq :cui (cui ucon2) :lrl (lrl ucon2)
 131                                     :pfstr (pfstr ucon2) :freq (cof ucoc))
 132                      ucon_freqs)))))
 133     (setq ucon_freqs (delete-duplicates ucon_freqs :key #'cui))
 134     (sort ucon_freqs #'> :key #'freq)))
 135
 136 (defun find-ucon2-str&sty (str sty lookup-func)
 137   "Call lookup-func for ucon and usty for given str and sty"
 138   (let ((ucon (car (find-ucon-str str)))
 139         (usty (car (find-usty-word sty))))
 140     (if (and ucon usty)
 141         (funcall lookup-func ucon (tui usty))
 142       nil)))
 143
 144 (defun find-ucon2-coc-str&sty (str sty)
 145   "Find all ucons that are a co-occuring concept for concept named str
 146    and that have semantic type of sty"
 147   (find-ucon2-str&sty str sty #'find-ucon2-coc-tui))
 148
 149 (defun find-ucon2-rel-str&sty (str sty)
 150   "Find all ucons that are a relationship to concept named str
 151    and that have semantic type of sty"
 152   (find-ucon2-str&sty str sty #'find-ucon2-rel-tui))
 153
 154 ;;; Most common relationships, co-occurances
 155
 156 (defun find-ucon2_freq-tui-all (tui ucon2-tui-func)
 157   "Return sorted list of all ucon2 that have a semantic type tui with ucon that is also has sty of tui"
 158   (let ((ucon_freqs (make-array (1+ (find-cui-max)) :initial-element nil)))
 159     (dolist (ucon (find-ucon-tui tui)) ;; for all disease-or-syn
 160       (dolist (ucon2 (funcall ucon2-tui-func ucon tui)) ;; for each related disease
 161         (kmrcl:aif (aref ucon_freqs (cui ucon2))
 162              (setf (freq kmrcl::it) (1+ (freq kmrcl::it)))
 163              (setf (aref ucon_freqs (cui ucon2))
 164                (make-instance 'ucon_freq :cui (cui ucon2) :lrl (lrl ucon2)
 165                               :pfstr (pfstr ucon2) :freq 1)))))
 166     (let ((ucon_freq-list '()))
 167       (dotimes (i (find-cui-max))
 168         (declare (fixnum i))
 169         (kmrcl:awhen (aref ucon_freqs i)
 170              (push kmrcl::it ucon_freq-list)))
 171       (sort ucon_freq-list #'> :key #'freq))))
 172
 173 (defun find-ucon2_freq-rel-tui-all (tui)
 174   "Sorted list of ucon_freq with semantic type tui that are rel's of ucons with semantic type tui"
 175   (find-ucon2_freq-tui-all tui #'find-ucon2-rel-tui))
 176
 177 (defun find-ucon2_freq-coc-tui-all (tui)
 178   (find-ucon2_freq-tui-all tui #'find-ucon2-coc-tui))
 179
 180 #+(or cmu scl)
 181 (dolist (c '(ucon_freq ustr_freq usty_freq usrl_freq))
 182   (let ((cl #+cmu (pcl:find-class c)
 183             #+scl (find-class c)))
 184     #+cmu (pcl:finalize-inheritance cl)
 185     #+scl (clos:finalize-inheritance cl)))