data-structures.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:    data-structures.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Basic data objects for UMLisp
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id$
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2006 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp)
  20
  21 ;;; Paths for files
  22
  23 (defparameter *umls-path*
  24   (make-pathname :directory '(:absolute "srv" "umls" "2006AC"))
  25   "Path for base of UMLS data files")
  26
  27 (defparameter *meta-path*
  28     (merge-pathnames
  29      (make-pathname :directory '(:relative "META"))
  30      *umls-path*))
  31
  32 (defparameter *lex-path*
  33     (merge-pathnames
  34      (make-pathname :directory '(:relative "LEX"))
  35      *umls-path*))
  36
  37 (defparameter *net-path*
  38     (merge-pathnames
  39      (make-pathname :directory '(:relative "NET"))
  40      *umls-path*))
  41
  42 (defun umls-path! (p)
  43   (setq *umls-path* p))
  44
  45
  46 ;;; Structures for parsing UMLS text files
  47
  48 (defparameter *umls-files* nil
  49   "List of umls file structures. Used when parsing text files.")
  50 (defparameter *umls-cols* nil
  51   "List of meta column structures. Used when parsing text files.")
  52
  53
  54 ;; Special variables
  55
  56 (defvar *has-fixnum-class* (when (ignore-errors (find-class 'fixnum)) t))
  57
  58 (defvar *octet-sql-storage* t
  59   "Used to deciding field lengths. Use nil if using UTF-8 database encoding. But, UTF-8 will cause MySQL to double the bytes used for fixed field sizes.")
  60
  61 ;; Preliminary objects to replace structures
  62
  63 (defclass ufile ()
  64   ((subdir :initarg :subdir :accessor subdir)
  65    (dir :initarg :dir :accessor dir)
  66    (fil :initarg :fil :accessor fil)
  67    (table :initarg :table :accessor table)
  68    (des :initarg :des :accessor des)
  69    (fmt :initarg :fmt :accessor fmt)
  70    (cls :initarg :cls :accessor cls)
  71    (rws :initarg :rws :accessor rws)
  72    (bts :initarg :bts :accessor bts)
  73    (fields :initarg :fields :accessor fields)
  74    (ucols :initarg :ucols :accessor ucols))
  75   (:default-initargs :fil nil :table nil :des nil :fmt nil :cls nil :rws nil :bts nil
  76                      :fields nil :ucols nil :subdir nil :dir nil)
  77   (:documentation "UMLS File"))
  78
  79 (defclass ucol ()
  80   ((col :initarg :col :accessor col)
  81    (des :initarg :des :accessor des)
  82    (ref :initarg :ref :accessor ref)
  83    (min :initarg :min :accessor cmin)
  84    (av :initarg :av :accessor av)
  85    (max :initarg :max :accessor cmax)
  86    (fil :initarg :fil :accessor fil)
  87    (sqltype :initarg :sqltype :accessor sqltype)
  88    (dty :initarg :dty :accessor dty :documentation "new in 2002: suggested SQL datatype")
  89    (parse-fun :initarg :parse-fun :accessor parse-fun)
  90    (quote-str :initarg :quote-str :accessor quote-str)
  91    (datatype :initarg :datatype :accessor datatype)
  92    (custom-value-fun :initarg :custom-value-fun :accessor custom-value-fun))
  93   (:default-initargs :col nil :des nil :ref nil :min nil :av nil :max nil :fil nil
  94                      :sqltype nil :dty nil :parse-fun nil :datatype nil
  95                      :custom-value-fun nil)
  96   (:documentation "UMLS column"))
  97
  98
  99 (defmethod print-object ((obj ufile) (s stream))
 100   (print-unreadable-object (obj s :type t)
 101     (format s "~A" (fil obj))))
 102
 103 (defmethod print-object ((obj ucol) (s stream))
 104   (print-unreadable-object (obj s :type t)
 105     (format s "~A" (col obj))))
 106
 107