data-structures.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:    data-structures.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Basic data objects for UMLisp
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id$
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2006 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp)
  20
  21 ;;; Paths for files
  22
  23 (defparameter *release* "2006AD")
  24
  25 (defparameter *umls-path*
  26   (make-pathname :directory (list :absolute "srv" "umls" *release*))
  27   "Path for base of UMLS data files")
  28
  29 (defparameter *meta-dir*
  30   (make-pathname :directory '(:relative "META")))
  31
  32 (defparameter *lex-dir*
  33   (make-pathname :directory '(:relative "LEX")))
  34
  35 (defparameter *net-dir*
  36   (make-pathname :directory '(:relative "NET")))
  37
  38 (defparameter *meta-path*
  39   (merge-pathnames *meta-dir* *umls-path*))
  40
  41 (defparameter *lex-path*
  42   (merge-pathnames *lex-dir* *umls-path*))
  43
  44 (defparameter *net-path*
  45   (merge-pathnames *net-dir* *umls-path*))
  46
  47 (defun umls-path! (p)
  48   (setq *umls-path* (etypecase p
  49                       (string (parse-namestring p))
  50                       (pathname p)))
  51   (setq *meta-path* (merge-pathnames *meta-dir* *umls-path*))
  52   (setq *lex-path* (merge-pathnames *lex-dir* *umls-path*))
  53   (setq *net-path* (merge-pathnames *net-dir* *umls-path*)))
  54
  55
  56 ;;; Structures for parsing UMLS text files
  57
  58 (defparameter *umls-files* nil
  59   "List of umls file structures. Used when parsing text files.")
  60 (defparameter *umls-cols* nil
  61   "List of meta column structures. Used when parsing text files.")
  62
  63
  64 ;; Special variables
  65
  66 (defvar *has-fixnum-class* (when (ignore-errors (find-class 'fixnum)) t))
  67
  68 (defvar *octet-sql-storage* t
  69   "Used to deciding field lengths. Use nil if using UTF-8 database encoding. But, UTF-8 will cause MySQL to double the bytes used for fixed field sizes.")
  70
  71 ;; Preliminary objects to replace structures
  72
  73 (defclass ufile ()
  74   ((subdir :initarg :subdir :accessor subdir)
  75    (dir :initarg :dir :accessor dir)
  76    (fil :initarg :fil :accessor fil)
  77    (table :initarg :table :accessor table)
  78    (des :initarg :des :accessor des)
  79    (fmt :initarg :fmt :accessor fmt)
  80    (cls :initarg :cls :accessor cls)
  81    (rws :initarg :rws :accessor rws)
  82    (bts :initarg :bts :accessor bts)
  83    (fields :initarg :fields :accessor fields)
  84    (ucols :initarg :ucols :accessor ucols))
  85   (:default-initargs :fil nil :table nil :des nil :fmt nil :cls nil :rws nil :bts nil
  86                      :fields nil :ucols nil :subdir nil :dir nil)
  87   (:documentation "UMLS File"))
  88
  89 (defclass ucol ()
  90   ((col :initarg :col :accessor col)
  91    (des :initarg :des :accessor des)
  92    (ref :initarg :ref :accessor ref)
  93    (min :initarg :min :accessor cmin)
  94    (av :initarg :av :accessor av)
  95    (max :initarg :max :accessor cmax)
  96    (fil :initarg :fil :accessor fil)
  97    (sqltype :initarg :sqltype :accessor sqltype)
  98    (dty :initarg :dty :accessor dty :documentation "new in 2002: suggested SQL datatype")
  99    (parse-fun :initarg :parse-fun :accessor parse-fun)
 100    (quote-str :initarg :quote-str :accessor quote-str)
 101    (datatype :initarg :datatype :accessor datatype)
 102    (custom-value-fun :initarg :custom-value-fun :accessor custom-value-fun))
 103   (:default-initargs :col nil :des nil :ref nil :min nil :av nil :max nil :fil nil
 104                      :sqltype nil :dty nil :parse-fun nil :datatype nil
 105                      :custom-value-fun nil)
 106   (:documentation "UMLS column"))
 107
 108
 109 (defmethod print-object ((obj ufile) (s stream))
 110   (print-unreadable-object (obj s :type t)
 111     (format s "~A" (fil obj))))
 112
 113 (defmethod print-object ((obj ucol) (s stream))
 114   (print-unreadable-object (obj s :type t)
 115     (format s "~A" (col obj))))
 116
 117