data-structures.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          data-structures.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Basic data objects for UMLisp
   7 ;;;; Author:        Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: data-structures.lisp,v 1.7 2003/05/06 06:09:29 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp)
  20
  21 (eval-when (:compile-toplevel)
  22   (declaim (optimize (speed 3) (safety 1) (compilation-speed 0) (debug 3))))
  23
  24 ;;; Paths for files
  25
  26 (defvar *umls-path*
  27   (make-pathname :directory '(:absolute "data" "umls" "2003AA"))
  28   "Path for base of UMLS data files")
  29
  30 (defvar *meta-path*
  31     (merge-pathnames
  32      (make-pathname :directory '(:relative "META"))
  33      *umls-path*))
  34
  35 (defvar *lex-path*
  36     (merge-pathnames
  37      (make-pathname :directory '(:relative "LEX"))
  38      *umls-path*))
  39
  40 (defvar *net-path*
  41     (merge-pathnames
  42      (make-pathname :directory '(:relative "NET"))
  43      *umls-path*))
  44
  45 (defun umls-path! (p)
  46   (setq *umls-path* p))
  47
  48
  49 ;;; Structures for parsing UMLS text files
  50
  51 (defparameter *umls-files* nil
  52   "List of umls file structures. Used when parsing text files.")
  53 (defparameter *umls-cols* nil
  54   "List of meta column structures. Used when parsing text files.")
  55
  56
  57 ;; Preliminary objects to replace structures
  58
  59 (defclass ufile ()
  60   ((fil :initarg :fil)
  61    (table :initarg :table)
  62    (des :initarg :des)
  63    (fmt :initarg :fmt)
  64    (cls :initarg :cls)
  65    (rws :initarg :rws)
  66    (bts :initarg :bts)
  67    (fields :initarg :fields)
  68    (ucols :initarg ucols))
  69   (:documentation "A UMLS File"))
  70
  71 (defclass ucol ()
  72   ((col :initarg :col)
  73    (des :initarg des)
  74    (ref :initarg ref)
  75    (min :initarg :min)
  76    (av :initarg :av)
  77    (max :initarg :max)
  78    (fil :initarg :fil)
  79    (sqltype :initarg :sqltype)
  80    (dty :initarg :dty :documentation "new in 2002: suggested SQL datatype")
  81    (parsefunc :initarg :parsefunc)
  82    (quotechar :initarg :quotechar)
  83    (datatype :initarg :datatype)
  84    (custom-value-func :initarg :custom-value-func))
  85   (:documentation "A UMLS column"))
  86
  87 (defstruct (umls-file)
  88   "Record for each UMLS File"
  89   fil table des fmt cls rws bts fields colstructs)
  90
  91 (defstruct (umls-col)
  92   "Record for each UMLS Column in each file"
  93   col des ref min av max fil sqltype
  94   dty ;; new in 2002 umls: suggested SQL datatype
  95   parsefunc quotechar datatype custom-value-func)
  96