data-structures.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:    data-structures.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Basic data objects for UMLisp
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id$
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2006 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp)
  20
  21 ;;; Paths for files
  22
  23 (defparameter *umls-path*
  24   (make-pathname :directory '(:absolute "home" "kevin" "2006AC"))
  25   "Path for base of UMLS data files")
  26
  27 (defvar *meta-path*
  28     (merge-pathnames
  29      (make-pathname :directory '(:relative "META"))
  30      *umls-path*))
  31
  32 (defvar *lex-path*
  33     (merge-pathnames
  34      (make-pathname :directory '(:relative "LEX"))
  35      *umls-path*))
  36
  37 (defvar *net-path*
  38     (merge-pathnames
  39      (make-pathname :directory '(:relative "NET"))
  40      *umls-path*))
  41
  42 (defun umls-path! (p)
  43   (setq *umls-path* p))
  44
  45
  46 ;;; Structures for parsing UMLS text files
  47
  48 (defparameter *umls-files* nil
  49   "List of umls file structures. Used when parsing text files.")
  50 (defparameter *umls-cols* nil
  51   "List of meta column structures. Used when parsing text files.")
  52
  53
  54 ;; Preliminary objects to replace structures
  55
  56 (defclass ufile ()
  57   ((subdir :initarg :subdir :accessor subdir)
  58    (dir :initarg :dir :accessor dir)
  59    (fil :initarg :fil :accessor fil)
  60    (table :initarg :table :accessor table)
  61    (des :initarg :des :accessor des)
  62    (fmt :initarg :fmt :accessor fmt)
  63    (cls :initarg :cls :accessor cls)
  64    (rws :initarg :rws :accessor rws)
  65    (bts :initarg :bts :accessor bts)
  66    (fields :initarg :fields :accessor fields)
  67    (ucols :initarg :ucols :accessor ucols))
  68   (:default-initargs :fil nil :table nil :des nil :fmt nil :cls nil :rws nil :bts nil
  69                      :fields nil :ucols nil :subdir nil :dir nil)
  70   (:documentation "UMLS File"))
  71
  72 (defclass ucol ()
  73   ((col :initarg :col :accessor col)
  74    (des :initarg :des :accessor des)
  75    (ref :initarg :ref :accessor ref)
  76    (min :initarg :min :accessor cmin)
  77    (av :initarg :av :accessor av)
  78    (max :initarg :max :accessor cmax)
  79    (fil :initarg :fil :accessor fil)
  80    (sqltype :initarg :sqltype :accessor sqltype)
  81    (dty :initarg :dty :accessor dty :documentation "new in 2002: suggested SQL datatype")
  82    (parse-fun :initarg :parse-fun :accessor parse-fun)
  83    (quote-str :initarg :quote-str :accessor quote-str)
  84    (datatype :initarg :datatype :accessor datatype)
  85    (custom-value-fun :initarg :custom-value-fun :accessor custom-value-fun))
  86   (:default-initargs :col nil :des nil :ref nil :min nil :av nil :max nil :fil nil
  87                      :sqltype nil :dty nil :parse-fun nil :datatype nil
  88                      :custom-value-fun nil)
  89   (:documentation "UMLS column"))
  90
  91
  92 (defmethod print-object ((obj ufile) (s stream))
  93   (print-unreadable-object (obj s :type t)
  94     (format s "~A" (fil obj))))
  95
  96 (defmethod print-object ((obj ucol) (s stream))
  97   (print-unreadable-object (obj s :type t)
  98     (format s "~A" (col obj))))
  99
 100
 101