data-structures.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          data-structures.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Basic data objects for UMLisp
   7 ;;;; Author:        Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: data-structures.lisp,v 1.8 2003/05/06 07:17:35 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp)
  20
  21 (eval-when (:compile-toplevel)
  22   (declaim (optimize (speed 3) (safety 1) (compilation-speed 0) (debug 3))))
  23
  24 ;;; Paths for files
  25
  26 (defvar *umls-path*
  27   (make-pathname :directory '(:absolute "data" "umls" "2003AA"))
  28   "Path for base of UMLS data files")
  29
  30 (defvar *meta-path*
  31     (merge-pathnames
  32      (make-pathname :directory '(:relative "META"))
  33      *umls-path*))
  34
  35 (defvar *lex-path*
  36     (merge-pathnames
  37      (make-pathname :directory '(:relative "LEX"))
  38      *umls-path*))
  39
  40 (defvar *net-path*
  41     (merge-pathnames
  42      (make-pathname :directory '(:relative "NET"))
  43      *umls-path*))
  44
  45 (defun umls-path! (p)
  46   (setq *umls-path* p))
  47
  48
  49 ;;; Structures for parsing UMLS text files
  50
  51 (defparameter *umls-files* nil
  52   "List of umls file structures. Used when parsing text files.")
  53 (defparameter *umls-cols* nil
  54   "List of meta column structures. Used when parsing text files.")
  55
  56
  57 ;; Preliminary objects to replace structures
  58
  59 (defclass ufile ()
  60   ((fil :initarg :fil :accessor fil)
  61    (table :initarg :table :accessor table)
  62    (des :initarg :des :accessor des)
  63    (fmt :initarg :fmt :accessor fmt)
  64    (cls :initarg :cls :accessor cls)
  65    (rws :initarg :rws :accessor rws)
  66    (bts :initarg :bts :accessor bts)
  67    (fields :initarg :fields :accessor fields)
  68    (ucols :initarg :ucols :accessor ucols))
  69   (:default-initargs :fil nil :table nil :des nil :fmt nil :cls nil :rws nil :bts nil
  70                      :fields nil :ucols nil)
  71   (:documentation "UMLS File"))
  72
  73 (defclass ucol ()
  74   ((col :initarg :col :accessor col)
  75    (des :initarg :des :accessor des)
  76    (ref :initarg :ref :accessor ref)
  77    (min :initarg :min :accessor cmin)
  78    (av :initarg :av :accessor av)
  79    (max :initarg :max :accessor cmax)
  80    (fil :initarg :fil :accessor fil)
  81    (sqltype :initarg :sqltype :accessor sqltype)
  82    (dty :initarg :dty :accessor dty :documentation "new in 2002: suggested SQL datatype")
  83    (parse-fun :initarg :parse-fun :accessor parse-fun)
  84    (quotechar :initarg :quotechar :accessor quotechar)
  85    (datatype :initarg :datatype :accessor datatype)
  86    (custom-value-fun :initarg :custom-value-fun :accessor custom-value-fun))
  87   (:default-initargs :col nil :des nil :ref nil :min nil :av nil :max nil :fil nil
  88                      :sqltype nil :dty nil :parse-fun nil :datatype nil
  89                      :custom-value-fun nil)
  90   (:documentation "UMLS column"))
  91