obj-sql.lisp

   1 ;;; $Id: obj-sql.lisp,v 1.1 2002/10/05 20:17:14 kevin Exp $
   2
   3 (in-package :umlisp)
   4
   5 (declaim (optimize (speed 3) (safety 1)))
   6
   7 (defvar *current-srl* nil)
   8 (defun current-srl ()
   9   *current-srl*)
  10 (defun current-srl! (srl)
  11   (setq *current-srl* srl))
  12
  13 ;;; Initializers
  14
  15 (defun post-import-sql ()
  16   (make-ustats)
  17   (make-usrl)
  18   (make-user-table)
  19   #+pubmed (create-pmsearch-table))
  20
  21 ;;; Accessors (read on demand)
  22
  23 ;; defines a slot-unbound method for class and slot-name, fills
  24 ;; the slot by calling reader function with the slot values of
  25 ;; the instance's reader-keys
  26 (defmacro def-lazy-reader (class slot-name reader &rest reader-keys)
  27   (let* ((the-slot-name (gensym))
  28          (the-class (gensym))
  29          (the-instance (gensym))
  30          (keys '()))
  31     (dolist (key reader-keys)
  32       (push (list 'slot-value the-instance (list 'quote key)) keys))
  33     (setq keys (nreverse keys))
  34     `(defmethod slot-unbound (,the-class (,the-instance ,class)
  35                                          (,the-slot-name (eql ',slot-name)))
  36        (declare (ignore ,the-class))
  37        (setf (slot-value ,the-instance ,the-slot-name)
  38            (,reader ,@keys)))))
  39
  40 (def-lazy-reader ucon s#term find-uterm-cui cui)
  41 (def-lazy-reader ucon s#def find-udef-cui cui)
  42 (def-lazy-reader ucon s#sty find-usty-cui cui)
  43 (def-lazy-reader ucon s#rel find-urel-cui cui)
  44 (def-lazy-reader ucon s#coc find-ucoc-cui cui)
  45 (def-lazy-reader ucon s#lo find-ulo-cui cui)
  46 (def-lazy-reader ucon s#atx find-uatx-cui cui)
  47 (def-lazy-reader ucon s#sat find-usat-ui cui)
  48
  49 ;; For uterms
  50 (def-lazy-reader uterm s#str find-ustr-cuilui cui lui)
  51 (def-lazy-reader uterm s#sat find-usat-ui cui lui)
  52
  53 ;; For ustrs
  54 (def-lazy-reader ustr s#sat find-usat-ui cui lui sui)
  55 (def-lazy-reader ustr s#cxt find-ucxt-cuisui cui sui)
  56 (def-lazy-reader ustr s#so find-uso-cuisui cui sui)
  57
  58 ;;; Object lookups
  59
  60 ;;; Lookup functions for uterms,ustr in ucons
  61
  62 (defun find-uterm-in-ucon (ucon lui)
  63   (find lui (s#term ucon) :key #'uterm-lui :test 'equal))
  64
  65 (defun find-ustr-in-uterm (uterm sui)
  66   (find sui (s#str uterm) :key #'ustr-sui :test 'equal))
  67
  68 (defun find-ustr-in-ucon (ucon sui)
  69   (let ((found-ustr nil))
  70     (dolist (uterm (s#term ucon))
  71       (unless found-ustr
  72         (dolist (ustr (s#str uterm))
  73           (unless found-ustr
  74             (when (string-equal sui (sui ustr))
  75               (setq found-ustr ustr))))))
  76     found-ustr))
  77
  78
  79 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
  80   "Find ucon for a cui"
  81   (if (stringp cui)
  82       (setq cui (parse-cui cui)))
  83   (if cui
  84       (let ((ls (format nil "select KPFSTR,KCUILRL from MRCON where CUI=~d"
  85                         cui)))
  86         (if srl
  87             (string-append ls (format nil " and KCUILRL <= ~d limit 1" srl))
  88           (string-append ls " limit 1"))
  89         (gu:awhen (car (mutex-sql-query ls))
  90                   (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr (car gu::it)
  91                                  :lrl (ensure-integer (cadr gu::it)))))
  92     nil))
  93
  94 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
  95   "Find list of ucon for lui"
  96   (if (stringp lui)
  97       (setq lui (parse-lui lui)))
  98   (if lui
  99       (let ((ucons '())
 100             (ls (format nil "select distinct CUI,KPFSTR,KCUILRL from MRCON where LUI=~d" lui)))
 101         (if srl
 102             (string-append ls (format nil " and KCUILRL <= ~d" srl)))
 103         (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 104           (push (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer (nth 0 tuple))
 105                                :pfstr (nth 1 tuple)
 106                                :lrl (ensure-integer (nth 2 tuple)))
 107                 ucons))
 108         (nreverse ucons))
 109     nil))
 110
 111 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 112   "Find list of ucon for sui"
 113   (if (stringp sui)
 114       (setq sui (parse-sui sui)))
 115   (if sui
 116       (let ((ucons '())
 117             (ls (format nil "select distinct CUI,KPFSTR,KCUILRL from MRCON where SUI=~d" sui)))
 118         (when srl
 119             (string-append ls (format nil " and KCUILRL <= ~d" srl)))
 120         (let ((tuples (mutex-sql-query ls)))
 121           (dolist (tuple tuples)
 122             (push (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer (nth 0 tuple))
 123                                  :pfstr (nth 1 tuple)
 124                                  :lrl (ensure-integer (nth 2 tuple)))
 125                   ucons)))
 126     (nreverse ucons))
 127   nil))
 128
 129 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 130   "Find ucon for cui/sui"
 131   (if (stringp cui)
 132       (setq cui (parse-cui cui)))
 133   (if (stringp sui)
 134       (setq sui (parse-sui sui)))
 135   (if (and cui sui)
 136       (let ((ls (format nil "select distinct CUI,KPFSTR,KCUILRL from MRCON where KCUISUI=~d"
 137                         (make-cuisui cui sui))))
 138         (when srl
 139             (string-append ls (format nil " and KCUILRL <= ~d" srl)))
 140         (gu:aif (car (mutex-sql-query ls))
 141              (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer (nth 0 gu::it))
 142                             :pfstr (nth 1 gu::it)
 143                             :lrl (ensure-integer (nth 2 gu::it)))
 144              nil))
 145     nil))
 146
 147 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 148   "Find ucon that are exact match for str"
 149   (if str
 150       (let ((ucons '())
 151             (ls (format nil "select distinct CUI,KPFSTR,KCUILRL from MRCON where STR='~a'" str)))
 152         (when srl
 153             (string-append ls " and KCUILRL <= ~d" srl))
 154         (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 155           (push (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer (nth 0 tuple))
 156                                :pfstr (nth 1 tuple)
 157                                :lrl (ensure-integer (nth 2 tuple))) ucons))
 158         (nreverse ucons))
 159     nil))
 160
 161 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 162   "Return list of all ucon's"
 163   (let ((ls "select distinct CUI,KPFSTR,KCUILRL from MRCON"))
 164     (when srl
 165       (string-append ls (format nil " where KCUILRL <= ~d" srl)))
 166     (string-append ls " order by CUI asc")
 167     (with-sql-connection (db)
 168       (clsql:map-query
 169        'list
 170        #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 171            (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 172                           :pfstr pfstr
 173                           :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 174        ls
 175        :database db))))
 176
 177
 178
 179 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 180   "Return a list of udefs for cui"
 181   (let ((udefs '())
 182         (ls (format nil "select SAB,DEF from MRDEF where CUI=~d" cui)))
 183     (when srl
 184         (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 185     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 186       (push (make-instance 'udef :sab (car tuple) :def (cadr tuple)) udefs))
 187     (nreverse udefs)))
 188
 189 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 190   "Return a list of usty for cui"
 191   (let ((ustys '())
 192         (ls (format nil "select TUI,STY from MRSTY where CUI=~d" cui)))
 193     (when srl
 194         (string-append ls (format nil " and KLRL <= ~d" srl)))
 195     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 196       (push (make-instance 'usty :tui (ensure-integer (car tuple)) :sty (cadr tuple)) ustys))
 197     ustys))
 198
 199 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 200   "Return a list of usty that match word"
 201   (let ((ustys '())
 202         (ls (format nil "select distinct TUI,STY from MRSTY where STY like '%~a%'" word)))
 203     (when srl
 204         (string-append ls (format nil " and KLRL <= ~d" srl)))
 205     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 206       (push (make-instance 'usty :tui (ensure-integer (car tuple)) :sty (cadr tuple)) ustys))
 207     ustys))
 208
 209 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 210   "Return a list of urel for cui"
 211   (let ((urels '())
 212         (ls (format nil "select REL,CUI2,RELA,SAB,SL,MG,KPFSTR2 from MRREL where CUI1=~d" cui)))
 213     (when srl
 214         (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 215     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 216       (push (make-instance 'urel
 217               :cui1 cui
 218               :rel (nth 0 tuple)
 219               :cui2 (ensure-integer (nth 1 tuple))
 220               :rela (nth 2 tuple)
 221               :sab (nth 3 tuple)
 222               :sl (nth 4 tuple)
 223               :mg (nth 5 tuple)
 224               :pfstr2 (nth 6 tuple))
 225             urels))
 226     (nreverse urels)))
 227
 228 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 229   "Return a list of urel for cui2"
 230   (let ((urels '())
 231         (ls (format nil "select REL,CUI1,RELA,SAB,SL,MG,KPFSTR2 from MRREL where CUI2=~d" cui2)))
 232     (when srl
 233         (string-append ls (format nil " and SRL <= ~d" srl)))
 234     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 235       (push (make-instance 'urel
 236               :cui2 cui2
 237               :rel (nth 0 tuple)
 238               :cui1 (ensure-integer (nth 1 tuple))
 239               :rela (nth 2 tuple)
 240               :sab (nth 3 tuple)
 241               :sl (nth 4 tuple)
 242               :mg (nth 5 tuple)
 243               :pfstr2 (nth 6 tuple))
 244             urels))
 245     (nreverse urels)))
 246
 247 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 248   (mapcar
 249    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :key srl))
 250    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))))
 251
 252 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 253   "Return a list of ucoc for cui"
 254   (let ((ucocs '())
 255         (ls (format nil "select CUI2,SOC,COT,COF,COA,KPFSTR2 from MRCOC where CUI1=~d" cui)))
 256     (when srl
 257         (string-append ls (format nil " and KLRL <= ~d" srl)))
 258     (string-append ls " order by COF asc")
 259     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 260       (let ((cui2 (ensure-integer (nth 0 tuple))))
 261         (when (zerop cui2)
 262           (setq cui2 nil))
 263         (push (make-instance 'ucoc :cui1 cui
 264                              :cui2 cui2
 265                              :soc (nth 1 tuple)
 266                              :cot (nth 2 tuple)
 267                              :cof (ensure-integer (nth 3 tuple))
 268                              :coa (nth 4 tuple)
 269                              :pfstr2 (nth 5 tuple))
 270               ucocs)))
 271     ucocs)) ;; akready ordered by SQL select
 272
 273 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 274   "Return a list of ucoc for cui2"
 275   (let ((ucocs '())
 276         (ls (format nil "select CUI1,SOC,COT,COF,COA,KPFSTR2 from MRCOC where CUI2=~d" cui2)))
 277     (when srl
 278         (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 279     (string-append ls " order by COF asc")
 280     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 281       (push (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer (nth 0 tuple))
 282                            :cui2 cui2
 283                            :soc (nth 1 tuple)
 284                            :cot (nth 2 tuple)
 285                            :cof (ensure-integer (nth 3 tuple))
 286                            :coa (nth 4 tuple)
 287                            :pfstr2 (nth 5 tuple))
 288             ucocs))
 289     ucocs)) ;; already ordered by SQL select
 290
 291 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 292   "List of ucon with co-occurance cui2"
 293   (mapcar
 294    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :key srl))
 295    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 296
 297 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 298   "Return a list of ulo for cui"
 299   (let ((ulos '())
 300         (ls (format nil "select ISN,FR,UN,SUI,SNA,SOUI from MRLO where CUI=~d" cui)))
 301     (when srl
 302         (string-append ls (format nil " and KLRL <= ~d" srl)))
 303     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 304       (push (make-instance 'ulo :isn (nth 0 tuple)
 305                            :fr (ensure-integer (nth 1 tuple))
 306                            :un (nth 2 tuple)
 307                            :sui (ensure-integer (nth 3 tuple))
 308                            :sna (nth 4 tuple)
 309                            :soui (nth 5 tuple))
 310             ulos))
 311     (nreverse ulos)))
 312
 313 (defmethod suistr ((lo ulo))
 314   "Return the string for a ulo object"
 315   (find-string-sui (sui lo)))
 316
 317 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 318   "Return a list of uatx for cui"
 319   (let ((uatxs '())
 320         (ls (format nil "select SAB,REL,ATX from MRATX where CUI=~d" cui)))
 321     (when srl
 322         (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 323     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 324       (push (make-instance 'uatx :sab (nth 0 tuple)
 325                            :rel (nth 1 tuple)
 326                            :atx (nth 2 tuple))
 327             uatxs))
 328     (nreverse uatxs)))
 329
 330
 331 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 332   "Return a list of uterm for cui"
 333   (let ((uterms '())
 334         (ls (format nil "select distinct LUI,LAT,TS,KLUILRL from MRCON where CUI=~d" cui)))
 335     (when srl
 336         (string-append ls (format nil " and KLUILRL <= ~d" srl)))
 337     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 338       (push (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer (nth 0 tuple))
 339                            :cui cui
 340                            :lat (nth 1 tuple)
 341                            :ts (nth 2 tuple)
 342                            :lrl (ensure-integer (nth 3 tuple)))
 343         uterms))
 344     (nreverse uterms)))
 345
 346 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 347   "Return a list of uterm for lui"
 348   (if (stringp lui)
 349       (setq lui (parse-lui lui)))
 350   (let ((uterms '())
 351         (ls (format nil "select distinct CUI,LAT,TS,KLUILRL from MRCON where LUI=~d" lui)))
 352     (when srl
 353         (string-append ls (format nil " and KLUILRL <= ~d" srl)))
 354     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 355       (push (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer (nth 0 tuple))
 356                            :lui lui
 357                            :lat (nth 1 tuple)
 358                            :ts (nth 2 tuple)
 359                            :lrl (ensure-integer (nth 3 tuple)))
 360             uterms))
 361     (nreverse uterms)))
 362
 363 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 364   "Return single uterm for cui/lui"
 365   (let ((ls (format nil "select LAT,TS,KLUILRL from MRCON where KCUILUI=~d limit 1" (make-cuilui cui lui))))
 366     (when srl
 367         (string-append ls (format nil " and KLUILRL <= ~d" srl)))
 368     (gu:aif (car (mutex-sql-query ls))
 369          (make-instance 'uterm :cui cui
 370                         :lui lui
 371                         :lat (nth 0 gu::it)
 372                        :ts (nth 1 gu::it)
 373                        :lrl (ensure-integer (nth 2 gu::it)))
 374          nil)))
 375
 376 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 377   "Return a list of ustr for cui/lui"
 378   (declare (fixnum cui lui))
 379   (let ((ustrs '())
 380         (ls (format nil "select SUI,STT,STR,LRL from MRCON where KCUILUI=~d" (make-cuilui cui lui))))
 381     (when srl
 382         (string-append ls (format nil " and LRL <= ~d" srl)))
 383     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 384       (let* ((sui (ensure-integer (car tuple)))
 385              (ustr (make-instance 'ustr :sui sui
 386                                   :cui cui
 387                                   :cuisui (make-cuisui cui sui)
 388                                   :lui lui
 389                                   :stt (nth 1 tuple)
 390                                   :str (nth 2 tuple)
 391                                   :lrl (ensure-integer (nth 3 tuple)))))
 392         (push ustr ustrs)))
 393     (nreverse ustrs)))
 394
 395 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 396   "Return the single ustr for cuisui"
 397   (let ((ls (format nil "select LUI,STT,STR,LRL from MRCON where KCUISUI=~d"
 398                     (make-cuisui cui sui))))
 399     (when srl
 400         (string-append ls (format nil " and LRL <= ~d" srl)))
 401     (gu:aif (car (mutex-sql-query ls))
 402          (make-instance 'ustr :sui sui
 403                         :cui cui
 404                         :cuisui (make-cuisui cui sui)
 405                         :lui (ensure-integer (nth 0 gu::it))
 406                         :stt (nth 1 gu::it)
 407                         :str (nth 2 gu::it)
 408                         :lrl (ensure-integer (nth 3 gu::it)))
 409          nil)))
 410
 411 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 412   "Return the list of ustr for sui"
 413   (if (stringp sui)
 414       (setq sui (parse-sui sui)))
 415   (let ((ustrs '())
 416         (ls (format nil "select CUI,LUI,STT,STR,LRL from MRCON where SUI=~d" sui)))
 417     (when srl
 418         (string-append ls (format nil " and LRL <= ~d" srl)))
 419     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 420       (let ((cui (ensure-integer (car tuple))))
 421         (push (make-instance 'ustr :sui sui
 422                              :cui cui
 423                              :cuisui (make-cuisui cui sui)
 424                              :lui (ensure-integer (nth 1 tuple))
 425                              :stt (nth 2 tuple)
 426                              :str (nth 3 tuple)
 427                              :lrl (ensure-integer (nth 4 tuple)))
 428         ustrs)))
 429     (nreverse ustrs)))
 430
 431 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 432   "Return the list of ustr for sab"
 433   (let ((ustrs '())
 434         (ls (format nil "select KCUISUI from MRSO where SAB='~a'" sab)))
 435     (when srl
 436         (string-append ls (format nil " and SRL <= ~d" srl)))
 437     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 438       (let ((cuisui (ensure-integer (car tuple))))
 439         (push (apply #'find-ustr-cuisui
 440                      (append
 441                       (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui))
 442                       (list :srl srl)))
 443               ustrs)))
 444     (nreverse ustrs)))
 445
 446 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 447   "Return list of all ustr's"
 448   (let ((ls "select distinct CUI,LUI,SUI,STT,LRL,KPFSTR from MRCON"))
 449     (when srl
 450       (string-append ls (format nil " where LRL <= ~d" srl)))
 451     (string-append ls " order by SUI asc")
 452     (with-sql-connection (db)
 453       (clsql:map-query
 454        'list
 455        #'(lambda (cui lui sui stt lrl pfstr)
 456            (setq cui (ensure-integer cui))
 457            (setq lui (ensure-integer lui))
 458            (setq sui (ensure-integer sui))
 459            (setq lrl (ensure-integer lrl))
 460            (make-instance 'ustr :cui cui
 461                           :lui lui
 462                           :sui sui
 463                           :cuisui (make-cuisui cui sui)
 464                           :stt stt
 465                           :lrl lrl
 466                           :str pfstr))
 467        ls
 468        :database db))))
 469
 470 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 471   "Return the string associated with sui"
 472   (let ((ls (format nil "select STR from MRCON where SUI=~d" sui)))
 473     (when srl
 474       (string-append ls (format nil " and LRL <= ~d" srl)))
 475     (string-append ls " limit 1")
 476     (caar (mutex-sql-query ls))))
 477
 478 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 479   (declare (fixnum cui sui))
 480   (let ((usos '())
 481         (ls (format nil "select SAB,CODE,SRL,TTY from MRSO where KCUISUI=~d"
 482                     (make-cuisui cui sui))))
 483     (when srl
 484         (string-append ls (format nil " and SRL <= ~d" srl)))
 485     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 486       (push (make-instance 'uso :sab (nth 0 tuple) :code (nth 1 tuple)
 487                            :srl (nth 2 tuple) :tty (nth 3 tuple))
 488             usos))
 489     (nreverse usos)))
 490
 491 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 492   (declare (fixnum cui sui))
 493   (let ((ucxts '())
 494         (ls (format nil "select SAB,CODE,CXN,CXL,RNK,CXS,CUI2,HCD,RELA,XC from MRCXT where KCUISUI=~d"
 495                     (make-cuisui cui sui))))
 496     (when srl
 497         (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 498     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 499       (push (make-instance 'ucxt :sab (nth 0 tuple)
 500                            :code (nth 1 tuple)
 501                            :cxn (ensure-integer (nth 2 tuple))
 502                            :cxl (nth 3 tuple)
 503                            :rnk (ensure-integer (nth 4 tuple))
 504                            :cxs (nth 5 tuple)
 505                            :cui2 (ensure-integer (nth 6 tuple))
 506                            :hcd (nth 7 tuple)
 507                            :rela (nth 8 tuple)
 508                            :xc (nth 9 tuple))
 509             ucxts))
 510     (nreverse ucxts)))
 511
 512 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 513   (let ((ls (format nil "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where ")))
 514     (cond
 515      (sui (string-append ls (format nil "KCUISUI=~d" (make-cuisui cui sui))))
 516      (lui (string-append ls (format nil "KCUILUI=~d and sui=0" (make-cuilui cui lui))))
 517      (t (string-append ls (format nil "cui=~d and lui=0 and sui=0" cui))))
 518     (when srl
 519         (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 520     (let ((usats '()))
 521       (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 522         (push (make-instance 'usat :code (nth 0 tuple)
 523                              :atn (nth 1 tuple)
 524                              :sab (nth 2 tuple)
 525                              :atv (nth 3 tuple))
 526               usats))
 527       (nreverse usats))))
 528
 529 (defun find-bsab-sab (sab)
 530     (gu:aif (car (mutex-sql-query
 531                (format nil "select NAME,COUNT from BONUS_SAB where SAB='~a'" sab)))
 532          (make-instance 'bsab :sab sab :name (nth 0 gu::it)
 533                         :hits (ensure-integer (nth 1 gu::it)))
 534          nil))
 535
 536 (defun find-bsab-all ()
 537   (let ((usabs '()))
 538     (dolist (tuple (mutex-sql-query "select SAB,NAME,COUNT from BONUS_SAB"))
 539       (push
 540        (make-instance 'bsab :sab (nth 0 tuple) :name (nth 1 tuple)
 541                       :hits (ensure-integer (nth 2 tuple)))
 542        usabs))
 543     (nreverse usabs)))
 544
 545 (defun find-btty-tty (tty)
 546   (gu:aif (car (mutex-sql-query
 547              (format nil "select NAME from BONUS_TTY where TTY='~a'" tty)))
 548        (make-instance 'btty :tty tty :name (nth 0 gu::it))
 549        nil))
 550
 551 (defun find-btty-all ()
 552   (let ((uttys '()))
 553     (dolist (tuple (mutex-sql-query "select TTY,NAME from BONUS_TTY"))
 554       (push
 555        (make-instance 'btty :tty (nth 0 tuple) :name (nth 1 tuple))
 556        uttys))
 557     (nreverse uttys)))
 558
 559 (defun find-brel-rel (rel)
 560   (let ((brels '()))
 561     (dolist (tuple (mutex-sql-query
 562                     (format nil "select SAB,SL,REL,RELA,COUNT from BONUS_REL where REL='~a'" rel)))
 563       (push
 564        (make-instance 'brel :sab (nth 0 tuple) :sl (nth 1 tuple) :rel (nth 2 tuple)
 565                       :rela (nth 3 tuple)  :hits (ensure-integer (nth 4 tuple)))
 566        brels))
 567     (nreverse brels)))
 568
 569 (defun find-pfstr-cui (cui)
 570   (caar (mutex-sql-query (format nil "select KPFSTR from MRCON where CUI=~d limit 1" cui))))
 571
 572 (defun find-usty-tui (tui)
 573   "Find usty for tui"
 574   (setq tui (parse-tui tui))
 575     (gu:aif (car (mutex-sql-query
 576                (format nil "select STY from MRSTY where TUI=~d limit 1" tui)))
 577          (make-instance 'usty :tui tui :sty (nth 0 gu::it))
 578          nil))
 579
 580 (defun find-usty-sty (sty)
 581   "Find usty for a sty"
 582   (gu:aif (car (mutex-sql-query
 583                 (format nil "select TUI from MRSTY where STY='~a' limit 1" sty)))
 584           (make-instance 'usty :tui (ensure-integer (nth 0 gu::it)) :sty sty)
 585           nil))
 586
 587 (defun find-usty-all ()
 588   "Return list of usty's for all semantic types"
 589   (let ((ustys '()))
 590     (dolist (tuple (mutex-sql-query "select distinct TUI from MRSTY"))
 591       (push (find-usty-tui (nth 0 tuple)) ustys))
 592     (nreverse ustys)))
 593
 594 (defun find-usty_freq-all ()
 595   (let ((usty_freqs '()))
 596     (dolist (tuple (mutex-sql-query "select distinct TUI from MRSTY"))
 597       (let* ((tui (car tuple))
 598              (freq (ensure-integer
 599                      (caar (mutex-sql-query
 600                             (format nil "select count(*) from MRSTY where TUI=~a" tui))))))
 601         (push (make-instance 'usty_freq :usty (find-usty-tui tui) :freq freq) usty_freqs)))
 602     (sort usty_freqs #'> :key #'usty_freq-freq)))
 603
 604
 605 (defun make-user-table ()
 606   (mutex-sql-execute "create table UMLISP_USERS (ID integer UNSIGNED NOT NULL AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY,FIRST_NAME varchar(20),LAST_NAME varchar(20),ORGANIZATION varchar(80),ADDRESS1 varchar(60),ADDRESS2 varchar(60),CITY varchar(30),STATE char(2),ZIP char(10),COUNTRY varchar(40),OCCUPATION varchar(120),EMAIL varchar(80),PASSWD varchar(20),MAILLIST char(1),LICENSED char(1),SRL integer,TIMEOUT integer,DATETIME_CREATED datetime,DATETIME_MODIFIED datetime)"))
 607
 608 (defun find-umlisp-user-email (email)
 609   (let ((tuple (car (mutex-sql-query
 610                      (format nil "select ID,FIRST_NAME,LAST_NAME,ORGANIZATION,ADDRESS1,ADDRESS2,CITY,STATE,ZIP,COUNTRY,OCCUPATION,LICENSED,MAILLIST,PASSWD,SRL,TIMEOUT,DATETIME_CREATED,DATETIME_MODIFIED from UMLISP_USERS where EMAIL='~a'" email)))))
 611     (when tuple
 612       (make-instance 'umlisp-user :email email
 613                      :id (ensure-integer (nth 0 tuple))
 614                      :first-name (nth 1 tuple)
 615                      :last-name (nth 2 tuple)
 616                      :organization (nth 3 tuple)
 617                      :address1 (nth 4 tuple)
 618                      :address2 (nth 5 tuple)
 619                      :city (nth 6 tuple)
 620                      :state (nth 7 tuple)
 621                      :zip (nth 8 tuple)
 622                      :country (nth 9 tuple)
 623                      :occupation (nth 10 tuple)
 624                      :licensed (if (string-equal "Y" (nth 11 tuple)) t nil)
 625                      :maillist (if (string-equal "Y" (nth 12 tuple)) t nil)
 626                      :passwd (nth 13 tuple)
 627                      :srl (ensure-integer (nth 14 tuple))
 628                      :timeout (ensure-integer (nth 15 tuple))
 629                      :datetime-created (nth 16 tuple)
 630                      :datetime-modified (nth 17 tuple)))))
 631
 632 (defun find-umlisp-user-all ()
 633   (let ((users '()))
 634     (dolist (email (find-umlisp-user-all-email))
 635       (push (find-umlisp-user-email email) users))
 636     (nreverse users)))
 637
 638 (defun find-umlisp-user-all-email ()
 639   (let ((emails '()))
 640     (dolist (tuple (mutex-sql-query "select EMAIL from UMLISP_USERS"))
 641       (push (car tuple) emails))
 642     (nreverse emails)))
 643
 644 (defun find-umlisp-user-announce-email ()
 645   (let ((emails '()))
 646     (dolist (tuple (mutex-sql-query
 647                     "select EMAIL from UMLISP_USERS where MAILLIST='Y'"))
 648       (push (car tuple) emails))
 649     (nreverse emails)))
 650
 651 (defun add-umlisp-user (user)
 652   (if (typep user 'umlisp-user)
 653       (progn
 654         (mutex-sql-execute
 655          (format nil "insert into UMLISP_USERS (FIRST_NAME,LAST_NAME,ORGANIZATION,ADDRESS1,ADDRESS2,CITY,STATE,ZIP,COUNTRY,OCCUPATION,LICENSED,MAILLIST,EMAIL,PASSWD,SRL,TIMEOUT,DATETIME_CREATED,DATETIME_MODIFIED) values ('~a','~a','~a','~a','~a','~a','~a','~a','~a','~a','~a','~a','~a','~a',~d,~d,NOW(),NOW())"
 656                  (first-name user) (last-name user)
 657                  (organization user)
 658                  (address1 user) (address2 user)
 659                  (city user) (state user)
 660                  (zip user) (country user) (occupation user)
 661                  (if (licensed user) #\Y #\N)
 662                  (if (maillist user) #\Y #\N)
 663                  (email user)
 664                  (passwd user) (srl user)
 665                  (timeout user)))
 666         (let ((read-user (find-umlisp-user-email (email user))))
 667           (setf (slot-value user 'id) (id read-user)
 668                 (slot-value user 'datetime-created) (datetime-created read-user)
 669                 (slot-value user 'datetime-modified) (datetime-modified read-user)))
 670         t)
 671     nil))
 672
 673 (defun umlisp-user-verify-passwd (user passwd)
 674   (when user
 675     (string-equal passwd (passwd user))))
 676
 677 (defun umlisp-user-set-srl (email srl)
 678   (when (and (integerp srl) (find-umlisp-user-email email))
 679     (mutex-sql-execute
 680      (format nil "update UMLISP_USERS set SRL=~d,DATETIME_MODIFIED=NOW() where EMAIL='~a'" srl email))
 681     srl))
 682
 683 (defun make-ustats ()
 684   (with-sql-connection (conn)
 685     (sql-execute "drop table if exists USTATS" conn)
 686     (sql-execute "create table USTATS (NAME varchar(160), COUNT bigint, SRL integer)" conn)
 687
 688     (dotimes (srl 4)
 689       (insert-ustats-count conn "Concept Count" "MRCON" "distinct CUI" "KCUILRL" srl)
 690       (insert-ustats-count conn "Term Count" "MRCON" "distinct KCUILUI" "KCUILRL" srl)
 691       (insert-ustats-count conn "Distinct Term Count" "MRCON" "distinct LUI" "KLUILRL" srl)
 692       (insert-ustats-count conn "String Count" "MRCON" "*" "LRL" srl)
 693       (insert-ustats-count conn "Distinct String Count" "MRCON" "distinct SUI" "LRL" srl)
 694       (insert-ustats-count conn "Associated Expression Count" "MRATX" "*" "KSRL" srl)
 695       (insert-ustats-count conn "Context Count" "MRCXT" "*" "KSRL" srl)
 696       (insert-ustats-count conn "Co-occuring Concept Count" "MRCOC" "*" "KLRL" srl)
 697       (insert-ustats-count conn "Definition Count" "MRDEF" "*" "KSRL" srl)
 698       (insert-ustats-count conn "Locator Count" "MRLO" "*" "KLRL" srl)
 699       (insert-ustats-count conn "Rank Count" "MRRANK" "*" "KSRL" srl)
 700       (insert-ustats-count conn "Relationship Count" "MRREL" "*" "KSRL" srl)
 701       (insert-ustats-count conn "Semantic Type Count" "MRSTY" "*" "KLRL" srl)
 702       (insert-ustats-count conn "Simple Attribute Count" "MRSAT" "*" "KSRL" srl)
 703       (insert-ustats-count conn "Source Count" "MRSO" "*" "SRL" srl)
 704       (insert-ustats-count conn "Word Index Count" "MRXW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 705       (insert-ustats-count conn "Normalized Word Index Count" "MRXNW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 706       (insert-ustats-count conn "Normalized String Index Count" "MRXNS_ENG" "*" "KLRL" srl)
 707       (insert-ustats-count conn "Bonus Attribute Name Count" "BONUS_ATN" "*" nil srl)
 708       (insert-ustats-count conn "Bonus Relationship Count" "BONUS_REL" "*" nil srl)
 709       (insert-ustats-count conn "Bonus Source Abbreviation Count" "BONUS_SAB" "*" nil srl)
 710       (insert-ustats-count conn "Bonus Term Type Count" "BONUS_TTY" "*" nil srl))
 711     (sql-execute "create index USTATS_SRL on USTATS (SRL)" conn))
 712   (find-ustats-all))
 713
 714 (defun insert-ustats-count (conn name table count-variable srl-control srl)
 715   (insert-ustats conn name (find-count-table conn table srl count-variable srl-control) srl))
 716
 717 (defun find-count-table (conn table srl count-variable srl-control)
 718   (cond
 719    ((stringp srl-control)
 720     (ensure-integer
 721      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a where ~a <= ~d"
 722                               count-variable table srl-control srl)
 723                       conn))))
 724    ((null srl-control)
 725     (ensure-integer
 726      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a"
 727                               count-variable table )
 728                       conn))))
 729    (t
 730     (error "Unknown srl-control")
 731     0)))
 732
 733 (defun insert-ustats (conn name count srl)
 734   (sql-execute (format nil "insert into USTATS (name,count,srl) values ('~a',~d,~d)"
 735                        name count (if srl srl 3))
 736                conn))
 737
 738 (defun find-ustats-all (&key (srl *current-srl*))
 739   (let ((ustats '())
 740         (ls "select NAME,COUNT,SRL from USTATS"))
 741     (when srl
 742       (string-append ls (format nil " where SRL=~d" srl)))
 743     (string-append ls " order by NAME asc")
 744     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 745       (push (make-instance 'ustats :name (nth 0 tuple)
 746                            :hits (ensure-integer (nth 1 tuple))
 747                            :srl (ensure-integer (nth 2 tuple)))
 748             ustats))
 749     (nreverse ustats)))
 750
 751 (defun find-ustats-srl (srl)
 752   (let ((ustats '()))
 753     (dolist (tuple (mutex-sql-query
 754                     (format nil "select NAME,COUNT from USTATS where SRL=~d order by NAME asc" srl)))
 755       (push (make-instance 'ustats :name (nth 0 tuple)
 756                            :hits (ensure-integer (nth 1 tuple))
 757                            :srl srl)
 758             ustats))
 759     (nreverse ustats)))
 760
 761 (defun make-usrl ()
 762   (with-sql-connection (conn)
 763     (sql-execute "drop table if exists USRL" conn)
 764     (sql-execute "create table USRL (sab varchar(80), srl integer)" conn)
 765     (dolist (tuple (mutex-sql-query "select distinct SAB,SRL from MRSO order by SAB asc"))
 766       (sql-execute (format nil "insert into USRL (sab,srl) values ('~a',~d)"
 767                            (car tuple) (ensure-integer (cadr tuple)))
 768                    conn)))
 769   (find-usrl-all))
 770
 771 (defun find-usrl-all ()
 772   (let ((usrls '())
 773         (tuples (mutex-sql-query "select SAB,SRL from USRL order by SAB desc")))
 774     (dolist (tuple tuples)
 775       (push (make-instance 'usrl :sab (nth 0 tuple)
 776                            :srl (ensure-integer (nth 1 tuple))) usrls))
 777     usrls)) ;; already reversed by sql
 778
 779 (defun find-usrl_freq-all ()
 780   (let ((freqs '()))
 781     (dolist (usrl (find-usrl-all))
 782       (let ((freq (ensure-integer
 783                    (caar (mutex-sql-query
 784                           (format nil "select count(*) from MRSO where SAB='~a'"
 785                                   (sab usrl)))))))
 786         (push (make-instance 'usrl_freq :usrl usrl :freq freq) freqs)))
 787     (sort freqs #'> :key #'usrl_freq-freq)))
 788
 789 (defun find-cui-max ()
 790   (let ((cui (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 791     (ensure-integer cui)))
 792
 793 ;;;; Cross table find functions
 794
 795 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 796   "Find list of ucon for tui"
 797   (when (stringp tui)
 798       (setq tui (parse-tui tui)))
 799   (let ((ucons '())
 800         (ls (format nil "select CUI from MRSTY where TUI=~d" tui)))
 801     (when srl
 802         (string-append ls (format nil " and KLRL <= ~d" srl)))
 803     (string-append ls " order by cui desc")
 804     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 805       (push (find-ucon-cui (ensure-integer (car tuple)) :srl srl) ucons))
 806     ucons))
 807
 808 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 809   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 810   (let ((ucons '())
 811         (ls (format nil "select distinct cui from MRXW_ENG where wd~A'~A'"
 812                     (if like " LIKE " "=")
 813                     word)))
 814     (when srl
 815       (string-append ls (format nil " and KLRL <= ~d" srl)))
 816     (string-append ls " order by cui desc")
 817     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 818       (push (find-ucon-cui (car tuple) :srl srl) ucons))
 819     ucons))
 820
 821 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 822   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 823   (let ((ucons '())
 824         (ls (format nil "select distinct cui from MRXNW_ENG where nwd~A'~A'"
 825                     (if like " LIKE " "=")
 826                     word)))
 827     (when srl
 828       (string-append ls (format nil " and KLRL <= ~d" srl)))
 829     (string-append ls " order by cui desc")
 830     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 831       (push (find-ucon-cui (car tuple) :srl srl) ucons))
 832     ucons))
 833
 834 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 835   "Return list of ustrs that match word"
 836   (let ((ustrs '())
 837         (ls (format nil "select cui,sui from MRXW_ENG where wd='~a'" word)))
 838     (when srl
 839         (string-append ls (format nil " and KLRL <= ~d" srl)))
 840     (string-append ls " order by cui desc,sui desc")
 841     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 842       (push (find-ustr-cuisui (ensure-integer (car tuple)) (ensure-integer (cadr tuple)) :srl srl)
 843             ustrs))
 844     ustrs))
 845
 846 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 847   "Return list of ustrs that match word"
 848   (let ((ustrs '())
 849         (ls (format nil "select cui,sui from MRXNW_ENG where nwd='~a'" word)))
 850     (when srl
 851         (string-append ls (format nil " and KLRL <= ~d" srl)))
 852     (string-append ls " order by cui desc,sui desc")
 853     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 854       (push (find-ustr-cuisui (ensure-integer (car tuple)) (ensure-integer (cadr tuple)) :srl srl)
 855             ustrs))
 856     ustrs))
 857
 858
 859 ;;; Multiword lookup and score functions
 860
 861 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 862   "Return sorted list of ucon's that match a multiword string"
 863   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 864          (ucons '()))
 865     (dolist (word words)
 866       (setq ucons (append ucons (find-ucon-word word :srl srl))))
 867     (sort-score-ucon-str str (delete-duplicates ucons :test #'eql :key #'cui))))
 868
 869 (defun find-ucon-normalized-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 870   "Return sorted list of ucon's that match a multiword string"
 871   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 872          (ucons '())
 873          (nwords '()))
 874     (dolist (word words)
 875       (let ((nws (lvg:process-terms word)))
 876         (dolist (nword nws)
 877           (push nword nwords))))
 878     (dolist (word nwords)
 879       (setq ucons (append ucons (find-ucon-word word :srl srl))))
 880     (sort-score-ucon-str str (delete-duplicates ucons :test #'eql :key #'cui))))
 881
 882 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 883   "Return sorted list of ustr's that match a multiword string"
 884   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 885          (ustrs '()))
 886     (dolist (word words)
 887       (setq ustrs (append ustrs (find-ustr-word word :srl srl))))
 888     (sort-score-ustr-str str (delete-duplicates ustrs :test #'eql :key #'cui))))
 889
 890 (defun find-ustr-normalized-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 891   "Return sorted list of ustr's that match a multiword string"
 892   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 893          (ustrs '())
 894          (nwords '()))
 895     (dolist (word words)
 896       (let ((nws (lvg:process-terms word)))
 897         (dolist (nword nws)
 898           (push nword nwords))))
 899     (dolist (word nwords)
 900       (setq ustrs (append ustrs (find-ustr-word word :srl srl))))
 901     (sort-score-ustr-str str (delete-duplicates ustrs :test #'eql :key #'ustr-cui))))
 902
 903 (defun a (str)
 904   (find-normalized-matches-for-str str #'find-ustr-normalized-word #'ustr-sui))
 905
 906 (defun find-normalized-matches-for-str (str lookup-func key-func)
 907   "Return list of objects that normalize match for words in string,
 908 eliminate duplicates."
 909   (let ((objs '())
 910         (nwords '()))
 911     (dolist (word (delimited-string-to-list str #\space))
 912       (dolist (nword (lvg:process-terms word))
 913         (unless (member nword nwords :test #'string-equal)
 914           (push nword nwords))))
 915     (dolist (nw nwords)
 916       (setq objs (append objs (funcall lookup-func nw))))
 917     (delete-duplicates objs :key key-func :test #'eql)))
 918
 919 (defun sort-score-ucon-str (str ucons)
 920   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 921   (sort-score-umlsclass-str ucons str #'pfstr))
 922
 923 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 924   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 925   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 926
 927 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 928   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 929   (let ((scored '()))
 930     (dolist (obj objs)
 931       (push
 932        (list obj
 933              (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 934        scored))
 935     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 936
 937 (defun score-multiword-match (s1 s2)
 938   "Score a match between two strings with s1 being reference string"
 939   (let* ((word-list-1 (delimited-string-to-list s1 #\space))
 940          (word-list-2 (delimited-string-to-list s2 #\space))
 941          (n1 (length word-list-1))
 942          (n2 (length word-list-2))
 943          (unmatched n1)
 944          (score 0)
 945          (nlong 0)
 946          (nshort 0)
 947          short-list long-list)
 948     (declare (fixnum n1 n2 nshort nlong score unmatched))
 949     (if (> n1 n2)
 950         (progn
 951           (setq nlong n1)
 952           (setq nshort n2)
 953           (setq long-list word-list-1)
 954           (setq short-list word-list-2))
 955       (progn
 956         (setq nlong n2)
 957         (setq nshort n1)
 958         (setq long-list word-list-2)
 959         (setq short-list word-list-1)))
 960     (decf score (- nlong nshort)) ;; reduce score for extra words
 961     (dotimes (iword nshort)
 962       (declare (fixnum iword))
 963       (gu:aif (position (nth iword short-list) long-list :test #'string-equal)
 964            (progn
 965              (incf score (- 10 (abs (- gu::it iword))))
 966              (decf unmatched))))
 967     (decf score (* 2 unmatched))
 968     score))
 969
 970
 971 ;;; LEX SQL functions
 972
 973 (defun find-lexterm-eui (eui)
 974   (gu:awhen (car (mutex-sql-query
 975                   (format nil "select WRD from LRWD where EUI=~d" eui)))
 976             (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd (nth 0 gu:it))))
 977
 978 (defun find-lexterm-word (wrd)
 979   (gu:awhen (mutex-sql-query
 980              (format nil "select EUI from LRWD where WRD='~a'" wrd))
 981             (let ((terms '()))
 982               (dolist (tuple gu:it)
 983                 (let ((eui (ensure-integer (nth 0 tuple))))
 984                   (push
 985                    (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd (copy-seq wrd))
 986                    terms)))
 987               (nreverse terms))))
 988
 989 ;; LEXTERM accessors, read on demand
 990
 991 (def-lazy-reader lexterm s#abr find-labr-eui eui)
 992 (def-lazy-reader lexterm s#agr find-lagr-eui eui)
 993 (def-lazy-reader lexterm s#cmp find-lcmp-eui eui)
 994 (def-lazy-reader lexterm s#mod find-lmod-eui eui)
 995 (def-lazy-reader lexterm s#nom find-lnom-eui eui)
 996 (def-lazy-reader lexterm s#prn find-lprn-eui eui)
 997 (def-lazy-reader lexterm s#prp find-lprp-eui eui)
 998 (def-lazy-reader lexterm s#spl find-lspl-eui eui)
 999 (def-lazy-reader lexterm s#trm find-ltrm-eui eui)
1000 (def-lazy-reader lexterm s#typ find-ltyp-eui eui)
1001
1002 ;; LEX SQL Read functions
1003
1004 (defun find-labr-eui (eui)
1005     (gu:awhen (mutex-sql-query
1006                (format nil "select BAS,ABR,EUI2,BAS2 from LRABR where EUI=~d" eui))
1007               (let ((results '()))
1008                 (dolist (tuple gu::it)
1009                   (push
1010                    (make-instance 'labr :eui eui
1011                                   :bas (nth 0 tuple)
1012                                   :abr (nth 1 tuple)
1013                                   :eui2 (ensure-integer (nth 2 tuple))
1014                                   :bas2 (nth 3 tuple))
1015                    results))
1016                 (nreverse results))))
1017
1018 (defun find-labr-bas (bas)
1019   (gu:awhen (mutex-sql-query
1020                (format nil "select EUI,ABR,EUI2,BAS2 from LRABR where BAS='~a'" bas))
1021               (let ((results '()))
1022                 (dolist (tuple gu::it)
1023                   (push
1024                    (make-instance 'labr :eui (ensure-integer (nth 0 tuple))
1025                                   :bas (copy-seq bas)
1026                                   :abr (nth 1 tuple)
1027                                   :eui2 (ensure-integer (nth 2 tuple))
1028                                   :bas2 (nth 3 tuple))
1029                    results))
1030                 (nreverse results))))
1031
1032 (defun find-lagr-eui (eui)
1033   (gu:awhen (mutex-sql-query
1034                (format nil "select STR,SCA,AGR,CIT,BAS from LRAGR where EUI=~d" eui))
1035               (let ((results '()))
1036                 (dolist (tuple gu::it)
1037                   (push
1038                    (make-instance 'lagr
1039                                   :eui eui
1040                                   :str (nth 0 tuple)
1041                                   :sca (nth 1 tuple)
1042                                   :agr (nth 2 tuple)
1043                                   :cit (nth 3 tuple)
1044                                   :bas (nth 4 tuple))
1045                    results))
1046                 (nreverse results))))
1047
1048 (defun find-lcmp-eui (eui)
1049   (gu:awhen (mutex-sql-query
1050                (format nil "select BAS,SCA,COM from LRCMP where EUI=~d" eui))
1051               (let ((results '()))
1052                 (dolist (tuple gu::it)
1053                   (push
1054                    (make-instance 'lcmp
1055                                   :eui eui
1056                                   :bas (nth 0 tuple)
1057                                   :sca (nth 1 tuple)
1058                                   :com (nth 2 tuple))
1059                    results))
1060                 (nreverse results))))
1061
1062 (defun find-lmod-eui (eui)
1063   (gu:awhen (mutex-sql-query
1064                (format nil "select BAS,SCA,PSN_MOD,FEA from LRMOD where EUI=~d" eui))
1065               (let ((results '()))
1066                 (dolist (tuple gu::it)
1067                   (push
1068                    (make-instance 'lmod
1069                                   :eui eui
1070                                   :bas (nth 0 tuple)
1071                                   :sca (nth 1 tuple)
1072                                   :psnmod (nth 2 tuple)
1073                                   :fea (nth 3 tuple))
1074                    results))
1075                 (nreverse results))))
1076
1077 (defun find-lnom-eui (eui)
1078   (gu:awhen (mutex-sql-query
1079                (format nil "select BAS,SCA,EUI2,BAS2,SCA2 from LRNOM where EUI=~d" eui))
1080               (let ((results '()))
1081                 (dolist (tuple gu::it)
1082                   (push
1083                    (make-instance 'lnom
1084                                   :eui eui
1085                                   :bas (nth 0 tuple)
1086                                   :sca (nth 1 tuple)
1087                                   :eui2 (ensure-integer (nth 2 tuple))
1088                                   :bas2 (nth 3 tuple)
1089                                   :sca2 (nth 4 tuple))
1090                    results))
1091                 (nreverse results))))
1092
1093 (defun find-lprn-eui (eui)
1094   (gu:awhen (mutex-sql-query
1095                (format nil "select BAS,NUM,GND,CAS,POS,QNT,FEA from LRPRN where EUI=~d" eui))
1096               (let ((results '()))
1097                 (dolist (tuple gu::it)
1098                   (push
1099                    (make-instance 'lprn
1100                                   :eui eui
1101                                   :bas (nth 0 tuple)
1102                                   :num (nth 1 tuple)
1103                                   :gnd (nth 2 tuple)
1104                                   :cas (nth 3 tuple)
1105                                   :pos (nth 4 tuple)
1106                                   :qnt (nth 5 tuple)
1107                                   :fea (nth 6 tuple))
1108                    results))
1109                 (nreverse results))))
1110
1111 (defun find-lprp-eui (eui)
1112   (gu:awhen (mutex-sql-query
1113                (format nil "select BAS,STR,SCA,FEA from LRPRP where EUI=~d" eui))
1114               (let ((results '()))
1115                 (dolist (tuple gu::it)
1116                   (push
1117                    (make-instance 'lprp
1118                                   :eui eui
1119                                   :bas (nth 0 tuple)
1120                                   :str (nth 1 tuple)
1121                                   :sca (nth 2 tuple)
1122                                   :fea (nth 3 tuple))
1123                    results))
1124                 (nreverse results))))
1125
1126 (defun find-lspl-eui (eui)
1127   (gu:awhen (mutex-sql-query
1128                (format nil "select SPV,BAS from LRSPL where EUI=~d" eui))
1129               (let ((results '()))
1130                 (dolist (tuple gu::it)
1131                   (push
1132                    (make-instance 'lspl
1133                                   :eui eui
1134                                   :spv (nth 0 tuple)
1135                                   :bas (nth 1 tuple))
1136                    results))
1137                 (nreverse results))))
1138
1139
1140 (defun find-ltrm-eui (eui)
1141   (gu:awhen (mutex-sql-query
1142                (format nil "select BAS,GEN from LRTRM where EUI=~d" eui))
1143               (let ((results '()))
1144                 (dolist (tuple gu::it)
1145                   (push
1146                    (make-instance 'ltrm
1147                                   :eui eui
1148                                   :bas (nth 0 tuple)
1149                                   :gen (nth 1 tuple))
1150                    results))
1151                 (nreverse results))))
1152
1153 (defun find-ltyp-eui (eui)
1154   (gu:awhen (mutex-sql-query
1155                (format nil "select BAS,SCA,TYP from LRTYP where EUI=~d" eui))
1156               (let ((results '()))
1157                 (dolist (tuple gu::it)
1158                   (push
1159                    (make-instance 'ltyp
1160                                   :eui eui
1161                                   :bas (nth 0 tuple)
1162                                   :sca (nth 1 tuple)
1163                                   :typ (nth 2 tuple))
1164                    results))
1165                 (nreverse results))))
1166
1167 (defun find-lwd-wrd (wrd)
1168   (gu:awhen (mutex-sql-query
1169              (format nil "select EUI from LRWD where WRD='~a'" wrd))
1170               (let ((results '()))
1171                 (dolist (tuple gu::it)
1172                   (push (ensure-integer (nth 0 tuple)) results))
1173                 (make-instance 'lwd :wrd wrd
1174                                :euilist (nreverse results)))))
1175
1176 ;;; Semantic Network SQL access functions
1177
1178 (defun find-sdef-ui (ui)
1179   (gu:awhen (car (mutex-sql-query
1180                   (format nil "select RT,STY_RL,STN_RTN,DEF,EX,UN,RH,ABR,RIN from SRDEF where UI=~d" ui)))
1181             (make-instance 'sdef :rt (nth 0 gu::it)
1182                            :ui ui
1183                            :styrl (nth 1 gu::it)
1184                            :stnrtn (nth 2 gu::it)
1185                            :def (nth 3 gu::it)
1186                            :ex (nth 4 gu::it)
1187                            :un (nth 5 gu::it)
1188                            :rh (nth 6 gu::it)
1189                            :abr (nth 7 gu::it)
1190                            :rin (nth 8 gu::it))))
1191
1192 (defun find-sstre1-ui (ui)
1193   (gu:awhen (mutex-sql-query
1194                (format nil "select UI2,UI3 from SRSTRE1 where UI=~d" ui))
1195               (let ((results '()))
1196                 (dolist (tuple gu::it)
1197                   (push
1198                    (make-instance 'sstre1 :ui ui
1199                                   :ui2 (ensure-integer (nth 0 tuple))
1200                                   :ui3 (ensure-integer (nth 1 tuple)))
1201                    results))
1202                 (nreverse results))))
1203
1204 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
1205   (gu:awhen (mutex-sql-query
1206                (format nil "select UI,UI3 from SRSTRE1 where UI2=~d" ui2))
1207               (let ((results '()))
1208                 (dolist (tuple gu::it)
1209                   (push
1210                    (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer (nth 0 tuple))
1211                                   :ui2 ui2
1212                                   :ui3 (ensure-integer (nth 1 tuple)))
1213                    results))
1214                 (nreverse results))))
1215
1216 (defun find-sstr-rl (rl)
1217   (gu:awhen (mutex-sql-query
1218                (format nil "select STY_RL,STY_RL2,LS from SRSTRE where RL='~a'" rl))
1219               (let ((results '()))
1220                 (dolist (tuple gu::it)
1221                   (push
1222                    (make-instance 'sstr
1223                                   :rl rl
1224                                   :styrl (nth 0 tuple)
1225                                   :styrl2 (nth 1 tuple)
1226                                   :ls (nth 2 tuple))
1227                    results))
1228                 (nreverse results))))
1229
1230
1231 (defun find-sstre2-sty (sty)
1232   (gu:awhen (mutex-sql-query
1233              (format nil "select RL,STY2 from SRSTRE2 where STY='~a'" sty))
1234             (let ((results '()))
1235               (dolist (tuple gu::it)
1236                 (push
1237                  (make-instance 'sstre2
1238                                 :sty (copy-seq sty)
1239                                 :rl (nth 0 tuple)
1240                                 :sty2 (nth 1 tuple))
1241                                 results))
1242                 (nreverse results))))
1243
1244 (defun find-sstr-styrl (styrl)
1245   (gu:awhen (mutex-sql-query
1246                (format nil "select RL,STY_RL2,LS from SRSTR where RL='~a'" styrl))
1247               (let ((results '()))
1248                 (dolist (tuple gu::it)
1249                   (push
1250                    (make-instance 'sstr :styrl styrl
1251                                   :rl (nth 0 tuple)
1252                                   :styrl2 (nth 1 tuple)
1253                                   :ls (nth 2 tuple))
1254                    results))
1255                 (nreverse results))))
1256
1257