parse-2002.lisp

   1  ;;; UMLS-Parse
   2 ;;; Lisp Routines for parsing UMLS files
   3 ;;;   and inserting into SQL databases
   4 ;;;
   5 ;;; Copyright (c) 2001 Kevin M. Rosenberg, M.D.
   6 ;;; $Id: parse-2002.lisp,v 1.2 2002/10/09 00:34:47 kevin Exp $
   7
   8 (in-package :umlisp)
   9
  10 ;;; Pre-read data for custom fields into hash tables
  11 (defvar *parse-hash-init?* nil)
  12
  13 (eval-when (:compile-toplevel :load-toplevel :execute)
  14 (let ((pfstr-hash nil)      ;;; Preferred concept strings by CUI
  15       (cui-lrl-hash nil)    ;;; LRL by CUI
  16       (lui-lrl-hash nil)    ;;; LRL by LUI
  17       (cuisui-lrl-hash nil) ;;; LRL by CUISUI
  18       (sab-srl-hash nil))   ;;; SRL by SAB
  19
  20   (defun make-parse-hash-table ()
  21     (if pfstr-hash
  22         (progn
  23           (clrhash pfstr-hash)
  24           (clrhash cui-lrl-hash)
  25           (clrhash lui-lrl-hash)
  26           (clrhash cuisui-lrl-hash)
  27           (clrhash sab-srl-hash))
  28       (setf
  29           pfstr-hash (make-hash-table :size 800000)
  30           cui-lrl-hash (make-hash-table :size 800000)
  31           lui-lrl-hash (make-hash-table :size 1500000)
  32           cuisui-lrl-hash (make-hash-table :size 1800000)
  33           sab-srl-hash (make-hash-table :size 100 :test 'equal))))
  34
  35   (defun binit-hash-table (&optional (force-read nil))
  36     (when (or force-read (not *parse-hash-init?*))
  37       (make-parse-hash-table)
  38       (setq *parse-hash-init?* t))
  39     (with-buffered-umls-file (line "MRCON")
  40       (let ((cui (parse-ui (aref line 0)))
  41             (lui (parse-ui (nth 3 line)))
  42             (sui (parse-ui (nth 5 line)))
  43             (lrl (parse-integer (nth 7 line))))
  44         (unless (gethash cui pfstr-hash)  ;; if haven't stored pfstr for cui
  45           (if (and (string-equal (aref line 1) "ENG") ; LAT
  46                    (string-equal (aref line 2) "P") ; ts
  47                    (string-equal (aref line 4) "PF")) ; stt
  48               (setf (gethash cui pfstr-hash) (aref line 6))))
  49         (set-lrl-hash cui lrl cui-lrl-hash)
  50         (set-lrl-hash lui lrl lui-lrl-hash)
  51         (set-lrl-hash (make-cuisui cui sui) lrl cuisui-lrl-hash)))
  52     (with-buffered-umls-file (line "MRSO")
  53       (let ((sab (aref 3 line)))
  54         (unless (gethash sab sab-srl-hash)  ;; if haven't stored
  55           (setf (gethash sab sab-srl-hash) (aref 6 line))))))
  56
  57   (defun init-hash-table (&optional (force-read nil))
  58     (when (or force-read (not *parse-hash-init?*))
  59       (make-parse-hash-table)
  60       (setq *parse-hash-init?* t))
  61     (with-umls-file (line "MRCON")
  62       (let ((cui (parse-ui (nth 0 line)))
  63             (lui (parse-ui (nth 3 line)))
  64             (sui (parse-ui (nth 5 line)))
  65             (lrl (parse-integer (nth 7 line))))
  66         (unless (gethash cui pfstr-hash)  ;; if haven't stored pfstr for cui
  67           (if (and (string-equal (nth 1 line) "ENG") ; LAT
  68                    (string-equal (nth 2 line) "P") ; ts
  69                    (string-equal (nth 4 line) "PF")) ; stt
  70               (setf (gethash cui pfstr-hash) (nth 6 line))))
  71         (set-lrl-hash cui lrl cui-lrl-hash)
  72         (set-lrl-hash lui lrl lui-lrl-hash)
  73         (set-lrl-hash (make-cuisui cui sui) lrl cuisui-lrl-hash)))
  74     (with-umls-file (line "MRSO")
  75       (let ((sab (nth 3 line)))
  76         (multiple-value-bind (val found) (gethash sab sab-srl-hash)
  77           (declare (ignore val))
  78           (unless found
  79             (setf (gethash sab sab-srl-hash) (parse-integer (nth 6 line))))))))
  80
  81   (defun pfstr-hash (cui)
  82     (gethash cui pfstr-hash))
  83
  84   (defun cui-lrl (cui)
  85     (gethash cui cui-lrl-hash))
  86
  87   (defun lui-lrl (lui)
  88     (gethash lui lui-lrl-hash))
  89
  90   (defun cuisui-lrl (cuisui)
  91     (gethash cuisui cuisui-lrl-hash))
  92
  93   (defun sab-srl (sab)
  94     (kmrcl:aif (gethash sab sab-srl-hash) kmrcl::it 0))
  95 )) ;; closure
  96
  97 (defun set-lrl-hash (key lrl hash)
  98   "Set the least restrictive level in hash table"
  99   (multiple-value-bind (hash-lrl found) (gethash key hash)
 100     (if (or (not found) (< lrl hash-lrl))
 101         (setf (gethash key hash) lrl))))
 102
 103 ;; UMLS file and column structures
 104
 105 (defstruct (umls-file)
 106   "Record for each UMLS File"
 107   fil table des fmt cls rws bts fields colstructs)
 108
 109 (defstruct (umls-col)
 110   "Record for each UMLS Column in each file"
 111   col des ref min av max fil sqltype
 112   dty ;; new in 2002 umls: suggested SQL datatype
 113   parsefunc quotechar datatype custom-value-func)
 114
 115 ;;; SQL datatypes symbols
 116 ;;; sql-u - Unique identifier
 117 ;;; sql-s - Small integer (16-bit)
 118 ;;; sql-i - Integer (32-bit)
 119 ;;; sql-l - Big integer (64-bit)
 120 ;;; sql-f - Floating point
 121
 122 (defconstant +col-datatypes+
 123     '(("AV" sql-f) ("BTS" sql-i) ("CLS" sql-i) ("COF" sql-i) ("CUI1" sql-u)
 124       ("CUI2" sql-u) ("CUI" sql-u) ("CXN" sql-s) ("FR" sql-i) ("LRL" sql-s)
 125       ("LUI" sql-u) ("MAX" sql-s) ("MIN" sql-s) ("RANK" sql-s) ("REF" sql-s)
 126       ("RNK" sql-s) ("RWS" sql-i) ("SRL" sql-s) ("SUI" sql-u) ("TUI" sql-u)
 127       ;;; Custom columns
 128       ("KCUISUI" sql-l) ("KCUILUI" sql-l) ("KCUILRL" sql-i) ("KLUILRL" sql-i)
 129       ("KSRL" sql-i) ("KLRL" sql-i)
 130       ;;; LEX columns
 131       ("EUI" sql-u) ("EUI2" sql-u)
 132       ;;; Semantic net columns
 133       ("UI" sql-u) ("UI2" sql-u) ("UI3" sql-u))
 134     "SQL data types for each non-string column")
 135
 136 (defconstant +custom-tables+
 137     nil
 138   #+ignore
 139   '(("MRCONSO" "SELECT m.CUI, m.LAT, m.TS, m.LUI, m.STT, m.SUI, m.STR, m.LRL, s.SAB, s.TTY, s.SCD, s.SRL FROM MRCON m, MRSO s WHERE m.CUI=s.CUI AND m.LUI=s.LUI AND m.SUI=s.SUI")
 140     ("MRCONFULL" "SELECT m.CUI, m.LAT, m.TS, m.LUI, m.STT, m.SUI, m.STR, m.LRL, s.SAB, s.TTY, s.SCD, s.SRL, t.TUI FROM MRCON m, MRSO s, MRSTY t WHERE m.CUI=s.CUI AND m.LUI=s.LUI AND m.SUI=s.SUI AND m.CUI=t.CUI AND s.CUI=t.CUI"))
 141   "Custom tables to create")
 142
 143 (defconstant +custom-cols+
 144     '(("MRCON" "KPFSTR" "TEXT" 1024
 145                (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 0 x)))))
 146       ("MRCON" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 147        (lambda (x) (format nil "~d" (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 5 x))))))
 148       ("MRCON" "KCUILUI" "BIGINT" 0
 149        (lambda (x) (format nil "~d" (make-cuilui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 3 x))))))
 150       ("MRCON" "KCUILRL" "INTEGER" 0
 151        (lambda (x) (format nil "~d" (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x))))))
 152       ("MRCON" "KLUILRL" "INTEGER" 0
 153        (lambda (x) (format nil "~d" (lui-lrl (parse-ui (nth 3 x))))))
 154       ("MRLO" "KLRL" "INTEGER" 0
 155        (lambda (x) (format nil "~d"
 156                     (if (zerop (length (nth 4 x)))
 157                         (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x)))
 158                       (cuisui-lrl (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))))
 159       ("MRSTY" "KLRL" "INTEGER" 0
 160        (lambda (x) (format nil "~d" (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x))))))
 161       ("MRCOC" "KLRL" "INTEGER" 0
 162        (lambda (x) (format nil "~d"
 163                     (max (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x)))
 164                          (kmrcl:aif (cui-lrl (parse-ui (nth 1 x))) kmrcl::it 0)))))
 165       ("MRSAT" "KSRL" "INTEGER" 0
 166        (lambda (x) (format nil "~d" (sab-srl (nth 5 x)))))
 167       ("MRREL" "KSRL" "INTEGER" 0
 168        (lambda (x) (format nil "~d" (sab-srl (nth 4 x)))))
 169       ("MRRANK" "KSRL" "INTEGER" 0
 170        (lambda (x) (format nil "~d" (sab-srl (nth 1 x)))))
 171       ("MRDEF" "KSRL" "INTEGER" 0
 172        (lambda (x) (format nil "~d" (sab-srl (nth 1 x)))))
 173       ("MRCXT" "KSRL" "INTEGER" 0
 174        (lambda (x) (format nil "~d" (sab-srl (nth 2 x)))))
 175       ("MRATX" "KSRL" "INTEGER" 0
 176        (lambda (x) (format nil "~d" (sab-srl (nth 1 x)))))
 177       ("MRXW.ENG" "KLRL" "INTEGER" 0
 178        (lambda (x) (format nil "~d" (cuisui-lrl (make-cuisui
 179                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 180                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 181       ("MRXW.NONENG" "KLRL" "INTEGER" 0
 182        (lambda (x) (format nil "~d" (cuisui-lrl (make-cuisui
 183                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 184                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 185       ("MRXNW.ENG" "KLRL" "INTEGER" 0
 186        (lambda (x) (format nil "~d" (cuisui-lrl (make-cuisui
 187                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 188                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 189       ("MRXNS.ENG" "KLRL" "INTEGER" 0
 190        (lambda (x) (format nil "~d" (cuisui-lrl (make-cuisui
 191                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 192                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 193       ("MRREL" "KPFSTR2" "TEXT" 1024
 194        (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 2 x)))))
 195       ("MRCOC" "KPFSTR2" "TEXT" 1024
 196        (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 1 x)))))
 197       ("MRCXT" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 198        (lambda (x) (format nil "~d" (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 1 x))))))
 199       ("MRSAT" "KCUILUI" "BIGINT" 0
 200        (lambda (x) (format nil "~d" (make-cuilui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 1 x))))))
 201       ("MRSAT" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 202        (lambda (x) (format nil "~d" (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 2 x))))))
 203       ("MRSO" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 204        (lambda (x) (format nil "~d" (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 2 x))))))
 205       ("MRXW.ENG" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 206        (lambda (x) (format nil "~d" (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))
 207       ("MRXNW.ENG" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 208        (lambda (x) (format nil "~d" (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))
 209       ("MRXNS.ENG" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 210        (lambda (x) (format nil "~d" (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))
 211       ("MRXW.NONENG" "LAT" "CHAR" 3 (lambda (x) (nth 0 x)))
 212       ("MRXW.NONENG" "WD"  "CHAR" 200  (lambda (x) (nth 1 x)))
 213       ("MRXW.NONENG" "CUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (nth 2 x)))
 214       ("MRXW.NONENG" "LUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (nth 3 x)))
 215       ("MRXW.NONENG" "SUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (nth 4 x)))
 216       ("MRXW.NONENG" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 217        (lambda (x) (format nil "~d" (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x)))))))
 218   "Custom columns to create.(filename, col, sqltype, value-func).")
 219
 220 (defconstant +index-cols+
 221     '(("CUI" "MRATX") ("CUI1" "MRCOC") ("CUI" "MRCON") ("LUI" "MRCON")
 222       ("LRL" "MRCON")
 223       ("SUI" "MRCON") ("CUI" "MRCXT") ("CUI" "MRDEF") ("CUI" "MRLO")
 224       ("CUI1" "MRREL") ("CUI" "MRSAT") ("LUI" "MRSAT") ("SUI" "MRSAT")
 225       ("CUI" "MRSO") ("SAB" "MRSO") ("SRL" "MRSO") ("CUI" "MRSTY")
 226       ("TUI" "MRSTY") ("CUI" "MRXNS_ENG") ("NSTR" "MRXNS_ENG" 10)
 227       ("CUI" "MRXNW_ENG") ("NWD" "MRXNW_ENG") ("WD" "MRXW_ENG")
 228       ("KCUISUI" "MRCON") ("KCUILUI" "MRCON") ("KCUILRL" "MRCON")
 229       ("KLUILRL" "MRCON") ("KCUISUI" "MRCXT")
 230       ("KCUISUI" "MRSO") ("KCUISUI" "MRSAT")  ("KCUILUI" "MRSAT")
 231       ("KCUISUI" "MRXW_ENG") ("KCUISUI" "MRXNW_ENG")
 232       ("KCUISUI" "MRXNS_ENG") ("KCUISUI" "MRXW_NONENG")
 233       ("KSRL" "MRATX") ("KSRL" "MRCXT") ("KSRL" "MRDEF") ("KSRL" "MRRANK")
 234       ("KSRL" "MRREL") ("KSRL" "MRSAT") ("KLRL" "MRCOC")
 235       ("KLRL" "MRLO") ("KLRL" "MRSTY") ("KLRL" "MRXW_ENG") ("KLRL" "MRXNW_ENG")
 236       ("KLRL" "MRXNS_ENG") ("KLRL" "MRXW_NONENG")
 237       ;; LEX indices
 238       ("EUI" "LRABR") ("EUI2" "LRABR") ("EUI" "LRAGR") ("EUI" "LRCMP") ("EUI" "LRMOD")
 239       ("EUI" "LRNOM") ("EUI2" "LRNOM") ("EUI" "LRPRN") ("EUI" "LRPRP") ("EUI" "LRSPL")
 240       ("EUI" "LRTRM") ("EUI" "LRTYP") ("EUI" "LRWD") ("WRD" "LRWD")
 241       ("BAS" "LRABR")
 242       ;; Semantic NET indices
 243       ("UI" "SRSTRE1") ("UI2" "SRSTRE1") ("UI3" "SRSTRE1")
 244       ("STY_RL" "SRDEF") ("RT" "SRDEF") ("STY_RL" "SRSTR") ("STY_RL2" "SRSTR")
 245       ("RL" "SRSTR"))
 246   "Columns in files to index")
 247
 248
 249 (defconstant +custom-index-cols+
 250   nil
 251   #+ignore
 252   '(("CUI" "MRCONFULL") ("SAB" "MRCONFULL") ("TUI" "MRCONFULL"))
 253   "Indexes to custom tables")
 254
 255 ;; File & Column functions
 256
 257 (defun init-umls (&optional (alwaysclear nil))
 258 "Initialize all UMLS file and column structures if not already initialized"
 259   (when (or alwaysclear (null *umls-files*))
 260     (init-umls-cols)
 261     (init-umls-files)
 262     (init-field-lengths)))
 263
 264 (defun init-umls-cols ()
 265   (setq *umls-cols* (append
 266                      (init-meta-cols)
 267                      (init-custom-cols)
 268                      (init-generic-cols "LRFLD")
 269                      (init-generic-cols "SRFLD"))))
 270
 271 (defun init-meta-cols ()
 272 "Initialize all umls columns"
 273   (let ((cols '()))
 274     (with-umls-file (line "MRCOLS")
 275       (destructuring-bind (col des ref min av max fil dty) line
 276         (let ((c (make-umls-col
 277                   :col col
 278                   :des des
 279                   :ref ref
 280                   :min (parse-integer min)
 281                   :av (read-from-string av)
 282                   :max (parse-integer max)
 283                   :fil fil
 284                   :dty dty  ;; new in 2002 UMLS
 285                   :sqltype "VARCHAR"    ; default data type
 286                   :parsefunc #'add-sql-quotes
 287                   :custom-value-func nil
 288                   :quotechar "'")))
 289           (add-datatype-to-col c (datatype-for-col col))
 290           (push c cols))))
 291     (nreverse cols)))
 292
 293 (defun init-custom-cols ()
 294 "Initialize umls columns for custom columns"
 295   (let ((cols '()))
 296     (dolist (customcol +custom-cols+)
 297       (let ((c (make-umls-col :col (nth 1 customcol)
 298                               :des ""
 299                               :ref 0
 300                               :min 0
 301                               :max (nth 3 customcol)
 302                               :av 0
 303                               :dty nil
 304                               :fil (nth 0 customcol)
 305                               :sqltype (nth 2 customcol)
 306                               :parsefunc #'add-sql-quotes
 307                               :custom-value-func (nth 4 customcol)
 308                               :quotechar "'")))
 309         (add-datatype-to-col c (datatype-for-col (nth 1 customcol)))
 310         (push c cols)))
 311     (nreverse cols)))
 312
 313 (defun escape-column-name (name)
 314   (substitute #\_ #\/ name))
 315
 316 (defun init-generic-cols (col-filename)
 317 "Initialize for generic (LEX/NET) columns"
 318   (let ((cols '()))
 319     (with-umls-file (line col-filename)
 320       (destructuring-bind (nam des ref fil) line
 321         (setq nam (escape-column-name nam))
 322         (dolist (file (delimited-string-to-list fil #\,))
 323           (let ((c (make-umls-col
 324                   :col nam
 325                   :des des
 326                   :ref ref
 327                   :min nil
 328                   :av nil
 329                   :max nil
 330                   :fil file
 331                   :dty nil
 332                   :sqltype "VARCHAR"    ; default data type
 333                   :parsefunc #'add-sql-quotes
 334                   :custom-value-func nil
 335                   :quotechar "'")))
 336             (add-datatype-to-col c (datatype-for-col nam))
 337             (push c cols)))))
 338     (nreverse cols)))
 339
 340 (defun init-umls-files ()
 341   (setq *umls-files* (append
 342                       (init-generic-files "MRFILES")
 343                       (init-generic-files "LRFIL")
 344                       (init-generic-files "SRFIL")))
 345   ;; need to separate this since init-custom-files depends on *umls-files*
 346   (setq *umls-files* (append *umls-files* (init-custom-files))))
 347
 348
 349 (defun umls-field-string-to-list (fmt)
 350   "Converts a comma delimited list of fields into a list of field names. Will
 351 append a unique number (starting at 2) onto a column name that is repeated in the list"
 352   (let ((field-list (delimited-string-to-list (escape-column-name fmt) #\,))
 353         (col-count (make-hash-table :test 'equal)))
 354     (dotimes (i (length field-list))
 355       (declare (fixnum i))
 356       (let ((col (nth i field-list)))
 357         (multiple-value-bind (key found) (gethash col col-count)
 358           (if found
 359               (let ((next-id (1+ key)))
 360                 (setf (nth i field-list) (concatenate 'string
 361                                                     col
 362                                                     (format nil "~D" next-id)))
 363                 (setf (gethash col col-count) next-id))
 364             (setf (gethash col col-count) 1)))))
 365     field-list))
 366
 367 (defun init-generic-files (files-filename)
 368 "Initialize all LEX file structures"
 369   (let ((files '()))
 370   (with-umls-file (line files-filename)
 371     (destructuring-bind (fil des fmt cls rws bts) line
 372       (let ((f (make-umls-file
 373                 :fil fil
 374                 :table (substitute #\_ #\. fil)
 375                 :des des
 376                 :fmt (escape-column-name fmt)
 377                 :cls (parse-integer cls)
 378                 :rws (parse-integer rws)
 379                 :bts (parse-integer bts)
 380                 :fields (concatenate 'list
 381                           (umls-field-string-to-list fmt)
 382                           (custom-colnames-for-filename fil)))))
 383         (setf (umls-file-colstructs f) (umls-cols-for-umls-file f))
 384         (push f files))))
 385   (nreverse files)))
 386
 387 (defun init-custom-files ()
 388   (let ((ffile (make-umls-file :fil "MRXW.NONENG"
 389                                :des "Custom NonEnglish Index"
 390                                :table "MRXW_NONENG"
 391                                :cls 5
 392                                :rws 0
 393                                :bts 0
 394                                :fields (umls-file-fields (find-umls-file "MRXW.ENG")))))
 395     (setf (umls-file-colstructs ffile)
 396       (umls-cols-for-umls-file ffile))
 397     (list ffile)))
 398
 399 (defun datatype-for-col (colname)
 400 "Return datatype for column name"
 401   (car (cdr (find colname +col-datatypes+ :key #'car :test #'string-equal))))
 402
 403 (defun add-datatype-to-col (col datatype)
 404 "Add data type information to column"
 405   (setf (umls-col-datatype col) datatype)
 406   (case datatype
 407     (sql-u (setf (umls-col-sqltype col) "INTEGER"
 408                  (umls-col-parsefunc col) #'parse-ui
 409                  (umls-col-quotechar col) ""))
 410     (sql-s (setf (umls-col-sqltype col) "SMALLINT"
 411                  (umls-col-parsefunc col) #'parse-integer
 412                  (umls-col-quotechar col) ""))
 413     (sql-l (setf (umls-col-sqltype col) "BIGINT"
 414                  (umls-col-parsefunc col) #'parse-integer
 415                  (umls-col-quotechar col) ""))
 416     (sql-i (setf (umls-col-sqltype col) "INTEGER"
 417                  (umls-col-parsefunc col) #'parse-integer
 418                  (umls-col-quotechar col) ""))
 419     (sql-f (setf (umls-col-sqltype col) "NUMERIC"
 420                  (umls-col-parsefunc col) #'read-from-string
 421                  (umls-col-quotechar col) ""))
 422     (t                       ; Default column type, optimized text storage
 423      (setf (umls-col-parsefunc col) #'add-sql-quotes
 424            (umls-col-quotechar col) "'")
 425      (when (and (umls-col-max col) (umls-col-av col))
 426        (if (> (umls-col-max col) 255)
 427            (setf (umls-col-sqltype col) "TEXT")
 428          (if (< (- (umls-col-max col) (umls-col-av col)) 4)
 429              (setf (umls-col-sqltype col) "CHAR") ; if average bytes wasted < 4
 430            (setf (umls-col-sqltype col) "VARCHAR")))))))
 431
 432
 433