parse-rrf.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     parse-2002.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Parsing and SQL insertion routines for UMLisp which may
   7 ;;;;           change from year to year
   8 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   9 ;;;; Created:  Apr 2000
  10 ;;;;
  11 ;;;; $Id$
  12 ;;;;
  13 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  14 ;;;;    Copyright (c) 2000-2004 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  15 ;;;;
  16 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  17 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  18 ;;;; *************************************************************************
  19
  20 (in-package #:umlisp)
  21
  22 ;;; Pre-read data for custom fields into hash tables
  23 (defvar *preparse-hash-init?* nil)
  24
  25 (eval-when (:compile-toplevel :load-toplevel :execute)
  26 (let ((pfstr-hash nil)      ;; Preferred concept strings by CUI
  27       (cui-lrl-hash nil)    ;; LRL by CUI
  28       (lui-lrl-hash nil)    ;; LRL by LUI
  29       (sui-lrl-hash nil)    ;; LRL by SUI
  30       (cuisui-lrl-hash nil) ;; LRL by CUISUI
  31       (sab-srl-hash nil))   ;; SRL by SAB
  32
  33   (defun make-preparse-hash-table ()
  34     (if sui-lrl-hash
  35         (progn
  36           (clrhash pfstr-hash)
  37           (clrhash cui-lrl-hash)
  38           (clrhash lui-lrl-hash)
  39           (clrhash sui-lrl-hash)
  40           (clrhash cuisui-lrl-hash)
  41           (clrhash sab-srl-hash))
  42       (setf
  43           pfstr-hash (make-hash-table :size 800000)
  44           cui-lrl-hash (make-hash-table :size 800000)
  45           lui-lrl-hash (make-hash-table :size 1500000)
  46           sui-lrl-hash (make-hash-table :size 1500000)
  47           cuisui-lrl-hash (make-hash-table :size 1800000)
  48           sab-srl-hash (make-hash-table :size 100 :test 'equal))))
  49
  50   (defun ensure-preparse (&optional (force-read nil))
  51     (when (or force-read (not *preparse-hash-init?*))
  52       (make-preparse-hash-table)
  53       (setq *preparse-hash-init?* t))
  54     (with-umls-file (line "MRCONSO.RRF")
  55       (let ((cui (parse-ui (nth 0 line)))
  56             (lui (parse-ui (nth 3 line)))
  57             (sui (parse-ui (nth 5 line)))
  58             (sab (nth 11 line))
  59             (srl (parse-integer (nth 15 line))))
  60         (unless (gethash cui pfstr-hash)  ;; if haven't stored pfstr for cui
  61           (if (and (string-equal (nth 1 line) "ENG") ; LAT
  62                    (string-equal (nth 2 line) "P") ; ts
  63                    (string-equal (nth 4 line) "PF")) ; stt
  64               (setf (gethash cui pfstr-hash) (nth 14 line))))
  65         (set-lrl-hash cui srl cui-lrl-hash)
  66         (set-lrl-hash lui srl lui-lrl-hash)
  67         (set-lrl-hash sui srl sui-lrl-hash)
  68         (set-lrl-hash (make-cuisui cui sui) srl cuisui-lrl-hash)
  69         (multiple-value-bind (val found) (gethash sab sab-srl-hash)
  70           (declare (ignore val))
  71           (unless found
  72             (setf (gethash sab sab-srl-hash) srl))))))
  73
  74   (defun pfstr-hash (cui) (gethash cui pfstr-hash))
  75   (defun cui-lrl (cui)    (gethash cui cui-lrl-hash))
  76   (defun lui-lrl (lui)    (gethash lui lui-lrl-hash))
  77   (defun sui-lrl (sui)    (gethash sui sui-lrl-hash))
  78   (defun sab-srl (sab)    (aif (gethash sab sab-srl-hash) it 0))
  79   (defun cuisui-lrl (cuisui) (gethash cuisui cuisui-lrl-hash))
  80
  81 )) ;; closure
  82
  83 (defun set-lrl-hash (key lrl hash)
  84   "Set the least restrictive level in hash table"
  85   (multiple-value-bind (hash-lrl found) (gethash key hash)
  86     (if (or (not found) (< lrl hash-lrl))
  87         (setf (gethash key hash) lrl))))
  88
  89 ;; UMLS file and column structures
  90 ;;; SQL datatypes symbols
  91 ;;; sql-u - Unique identifier
  92 ;;; sql-s - Small integer (16-bit)
  93 ;;; sql-i - Integer (32-bit)
  94 ;;; sql-l - Big integer (64-bit)
  95 ;;; sql-f - Floating point
  96 ;;; sql-c - Character data
  97
  98 (defparameter +col-datatypes+
  99     '(("AV" sql-f) ("BTS" sql-i) ("CLS" sql-i) ("COF" sql-i) ("CUI1" sql-u)
 100       ("AUI" sql-u) ("AUI1" sql-u) ("AUI2" sql-u) ("PCUI" sql-u)
 101       ("PLUI" sql-u)
 102       ("CUI2" sql-u) ("CUI" sql-u) ("CXN" sql-s) ("FR" sql-i) ("LRL" sql-s)
 103       ("LUI" sql-u) ("MAX" sql-s) ("MIN" sql-s) ("RANK" sql-s) ("REF" sql-c)
 104       ("RNK" sql-s) ("RWS" sql-i) ("SRL" sql-s) ("SUI" sql-u) ("TUI" sql-u)
 105       ;;; Custom columns
 106       ("KCUISUI" sql-l) ("KCUILUI" sql-l) ("KCUILRL" sql-i) ("KLUILRL" sql-i)
 107       ("KSRL" sql-i) ("KLRL" sql-i)
 108       ;;; LEX columns
 109       ("EUI" sql-u) ("EUI2" sql-u)
 110       ;;; Semantic net columns
 111       ("UI" sql-u) ("UI2" sql-u) ("UI3" sql-u)
 112       ;; New fields for 2002AD
 113       ("RCUI" sql-u) ("VCUI" sql-u) ("CFR" sql-i) ("TFR" sql-i)
 114       ("MAPSETCUI" sql-u)
 115       )
 116     "SQL data types for each non-string column")
 117
 118 (defparameter +custom-tables+
 119     nil
 120   #+ignore
 121   '(("KCON" "SELECT CUI,STR FROM MRCONSO WHERE STT='PF' AND TS='P' AND ISPREF='Y' AND LAT='ENG'"))
 122   "Custom tables to create")
 123
 124 (defparameter +custom-cols+
 125     '(("MRCONSO.RRF" "KPFSTR" "TEXT"
 126                      (slot-value (find-ucol "STR" "MRCONSO.RRF") 'max)
 127                      (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 0 x)))))
 128       ("MRCONSO.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 129        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 5 x))))))
 130       ("MRCONSO.RRF" "KCUILUI" "BIGINT" 0
 131        (lambda (x) (write-to-string (make-cuilui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 3 x))))))
 132       ("MRCONSO.RRF" "KCUILRL" "SMALLINT" 0
 133        (lambda (x) (write-to-string (lui-lrl (parse-ui (nth 0 x))))))
 134       ("MRCONSO.RRF" "KLUILRL" "SMALLINT" 0
 135        (lambda (x) (write-to-string (lui-lrl (parse-ui (nth 3 x))))))
 136       ("MRCONSO.RRF" "KSUILRL" "SMALLINT" 0
 137        (lambda (x) (write-to-string (sui-lrl (parse-ui (nth 5 x))))))
 138       ;; Deprecated, last in 2004AA -- skip index
 139       #+ignore
 140       ("MRLO.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 141        (lambda (x) (write-to-string
 142                     (if (zerop (length (nth 4 x)))
 143                         (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x)))
 144                       (cuisui-lrl (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))))
 145       ("MRSTY.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 146        (lambda (x) (write-to-string (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x))))))
 147       ("MRCOC.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 148        (lambda (x) (write-to-string
 149                     (max (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x)))
 150                          (kmrcl:aif (cui-lrl (parse-ui (nth 1 x))) kmrcl::it 0)))))
 151       ("MRSAT.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
 152        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 9 x)))))
 153       ("MRREL.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
 154        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 10 x)))))
 155       ("MRRANK.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
 156        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 1 x)))))
 157       ("MRDEF.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
 158        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 4 x)))))
 159       ("MRCXT.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
 160        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 2 x)))))
 161       ("MRXW_ENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 162        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
 163                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 164                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 165       ("MRXW_NONENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 166        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
 167                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 168                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 169       ("MRXNW_ENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 170        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
 171                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 172                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 173       ("MRXNS_ENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 174        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
 175                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 176                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 177       ("MRREL.RRF" "KPFSTR2" "TEXT" 1024
 178        (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 4 x)))))
 179       ("MRCOC.RRF" "KPFSTR2" "TEXT" 1024
 180        (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 2 x)))))
 181       ("MRCXT.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 182        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 1 x))))))
 183       ("MRSAT.RRF" "KCUILUI" "BIGINT" 0
 184        (lambda (x) (write-to-string (make-cuilui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 1 x))))))
 185       ("MRSAT.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 186        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 2 x))))))
 187       ("MRXW_ENG.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 188        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))
 189       ("MRXNW_ENG.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 190        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))
 191       ("MRXNS_ENG.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 192        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))
 193       ("MRXW_NONENG.RRF" "LAT" "VARCHAR" 3 (lambda (x) (nth 0 x)))
 194       ("MRXW_NONENG.RRF" "WD"  "VARCHAR" 200  (lambda (x) (nth 1 x)))
 195       ("MRXW_NONENG.RRF" "CUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (write-to-string (parse-ui (nth 2 x)))))
 196       ("MRXW_NONENG.RRF" "LUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (write-to-string (parse-ui (nth 3 x)))))
 197       ("MRXW_NONENG.RRF" "SUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (write-to-string (parse-ui (nth 4 x)))))
 198       ("MRXW_NONENG.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 199        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x)))))))
 200   "Custom columns to create.(filename, col, sqltype, value-func).")
 201
 202 (defparameter +index-cols+
 203     '(("CUI1" "MRCOC") ("CUI" "MRCONSO") ("LUI" "MRCONSO")
 204       ("SRL" "MRCONSO") ("AUI" "MRCONSO")
 205       ("SUI" "MRCONSO") ("CUI" "MRCXT") ("CUI" "MRDEF") ("CUI" "MRLO")
 206       ("CUI1" "MRREL") ("CUI" "MRSAT") ("LUI" "MRSAT") ("SUI" "MRSAT")
 207       ("CUI" "MRSTY")
 208       ("TUI" "MRSTY") ("CUI" "MRXNS_ENG")
 209       #+ignore ("NSTR" "MRXNS_ENG" 10)
 210       ("CUI" "MRXNW_ENG") ("NWD" "MRXNW_ENG") ("WD" "MRXW_ENG")
 211       ("KCUISUI" "MRCONSO") ("KCUILUI" "MRCONSO") ("KCUILRL" "MRCONSO")
 212       ("KLUILRL" "MRCONSO") ("KCUISUI" "MRCXT")
 213       ("KCUISUI" "MRSAT")  ("KCUILUI" "MRSAT")
 214       ("KCUISUI" "MRXW_ENG") ("KCUISUI" "MRXNW_ENG")
 215       ("KCUISUI" "MRXNS_ENG") ("KCUISUI" "MRXW_NONENG")
 216       ("KSRL" "MRCXT") ("KSRL" "MRDEF") ("KSRL" "MRRANK")
 217       ("KSRL" "MRREL") ("KSRL" "MRSAT") ("KLRL" "MRCOC")
 218       #+ignore ("KLRL" "MRLO")  ;; deprecated
 219       ("KLRL" "MRSTY") ("KLRL" "MRXW_ENG") ("KLRL" "MRXNW_ENG")
 220       ("KLRL" "MRXNS_ENG") ("KLRL" "MRXW_NONENG")
 221       ;; LEX indices
 222       ("EUI" "LRABR") ("EUI2" "LRABR") ("EUI" "LRAGR") ("EUI" "LRCMP") ("EUI" "LRMOD")
 223       ("EUI" "LRNOM") ("EUI2" "LRNOM") ("EUI" "LRPRN") ("EUI" "LRPRP") ("EUI" "LRSPL")
 224       ("EUI" "LRTRM") ("EUI" "LRTYP") ("EUI" "LRWD") ("WRD" "LRWD")
 225       ("BAS" "LRABR")
 226       ;; Semantic NET indices
 227       ("UI" "SRSTRE1") ("UI2" "SRSTRE1") ("UI3" "SRSTRE1")
 228       ("STY_RL" "SRDEF") ("RT" "SRDEF") ("STY_RL" "SRSTR") ("STY_RL2" "SRSTR")
 229       ("RL" "SRSTR")
 230       ("SRL" "MRSAB") ("RSAB" "MRSAB") ("VSAB" "MRSAB") ("RCUI" "MRSAB")
 231       ("VCUI" "MRSAB") ("LAT" "MRSAB"))
 232   "Columns in files to index")
 233
 234
 235 (defparameter +custom-index-cols+
 236   nil
 237   #+ignore
 238   '(("CUI" "KCON") ("LRL" "KCON"))
 239   "Indexes to custom tables")
 240
 241 ;; File & Column functions
 242
 243 (defun gen-ucols ()
 244   (add-ucols (gen-ucols-meta))
 245   (add-ucols (gen-ucols-custom))
 246   (add-ucols (gen-ucols-generic "LRFLD"))
 247   (add-ucols (gen-ucols-generic "SRFLD")))
 248
 249 (defun gen-ucols-meta ()
 250 "Initialize all umls columns"
 251   (let ((cols '()))
 252     (with-umls-file (line "MRCOLS.RRF")
 253       (destructuring-bind (col des ref min av max fil dty) line
 254         (push (make-ucol col des ref (parse-integer min) (read-from-string av)
 255                          (parse-integer max) fil dty)
 256               cols)))
 257     (nreverse cols)))
 258
 259 (defun gen-ucols-custom ()
 260 "Initialize umls columns for custom columns"
 261   (loop for customcol in +custom-cols+
 262         collect
 263         (make-ucol (nth 1 customcol) "" 0 0 0 (eval (nth 3 customcol))
 264                    (nth 0 customcol) nil :sqltype (canonicalize-column-type (nth 2 customcol))
 265                    :custom-value-fun (nth 4 customcol))))
 266
 267 (defun gen-ucols-generic (col-filename)
 268 "Initialize for generic (LEX/NET) columns"
 269   (let ((cols '()))
 270     (with-umls-file (line col-filename)
 271       (destructuring-bind (nam des ref fil) line
 272         (setq nam (escape-column-name nam))
 273         (dolist (file (delimited-string-to-list fil #\,))
 274           (push
 275            (make-ucol nam des ref nil nil nil file nil)
 276            cols))))
 277     (nreverse cols)))
 278
 279
 280 (defun gen-ufiles ()
 281   (add-ufiles (gen-ufiles-generic "MRFILES.RRF" "META"))
 282   (add-ufiles (gen-ufiles-generic "LRFIL" "LEX"))
 283   (add-ufiles (gen-ufiles-generic "SRFIL" "NET"))
 284   ;; needs to come last
 285   (add-ufiles (gen-ufiles-custom)))
 286
 287
 288 (defun gen-ufiles-generic (files-filename dir)
 289 "Initialize all LEX file structures"
 290   (let ((files '()))
 291     (with-umls-file (line files-filename)
 292       (destructuring-bind (fil des fmt cls rws bts) line
 293         (push (make-ufile
 294                dir fil des
 295                (parse-integer cls)
 296                (parse-integer rws) (parse-integer bts)
 297                (concatenate 'list (umls-field-string-to-list fmt)
 298                             (custom-colnames-for-filename fil)))
 299               files)))
 300     (nreverse files)))
 301
 302 (defun gen-ufiles-custom ()
 303   (make-ufile "META" "MRXW_NONENG.RRF" "Custom NonEnglish Index"
 304               5 0 0 (fields (find-ufile "MRXW_ENG.RRF"))))
 305
 306
 307