parse-rrf.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     parse-2002.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Parsing and SQL insertion routines for UMLisp which may
   7 ;;;;           change from year to year
   8 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   9 ;;;; Created:  Apr 2000
  10 ;;;;
  11 ;;;; $Id$
  12 ;;;;
  13 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  14 ;;;;    Copyright (c) 2000-2006 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  15 ;;;;
  16 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  17 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  18 ;;;; *************************************************************************
  19
  20 (in-package #:umlisp)
  21
  22 ;;; Pre-read data for custom fields into hash tables
  23 (defvar *preparse-hash-init?* nil)
  24
  25 (eval-when (:compile-toplevel :load-toplevel :execute)
  26 (let ((pfstr-hash nil)      ;; Preferred concept strings by CUI
  27       (cui-lrl-hash nil)    ;; LRL by CUI
  28       (lui-lrl-hash nil)    ;; LRL by LUI
  29       (sui-lrl-hash nil)    ;; LRL by SUI
  30       (cuisui-lrl-hash nil) ;; LRL by CUISUI
  31       (sab-srl-hash nil))   ;; SRL by SAB
  32
  33   (defun make-preparse-hash-table ()
  34     (if sui-lrl-hash
  35         (progn
  36           (clrhash pfstr-hash)
  37           (clrhash cui-lrl-hash)
  38           (clrhash lui-lrl-hash)
  39           (clrhash sui-lrl-hash)
  40           (clrhash cuisui-lrl-hash)
  41           (clrhash sab-srl-hash))
  42       (setf
  43           pfstr-hash (make-hash-table :size 800000)
  44           cui-lrl-hash (make-hash-table :size 800000)
  45           lui-lrl-hash (make-hash-table :size 1500000)
  46           sui-lrl-hash (make-hash-table :size 1500000)
  47           cuisui-lrl-hash (make-hash-table :size 1800000)
  48           sab-srl-hash (make-hash-table :size 100 :test 'equal))))
  49
  50   (defun ensure-preparse (&optional (force-read nil))
  51     (when (and *preparse-hash-init?* (not force-read))
  52       (return-from ensure-preparse 'already-done))
  53     (make-preparse-hash-table)
  54     (with-umls-file (line "MRCONSO.RRF")
  55       (let ((cui (parse-ui (nth 0 line)))
  56             (lui (parse-ui (nth 3 line)))
  57             (sui (parse-ui (nth 5 line)))
  58             (sab (nth 11 line))
  59             (srl (parse-integer (nth 15 line))))
  60         (unless (gethash cui pfstr-hash)  ;; if haven't stored pfstr for cui
  61             (if (and (string-equal (nth 1 line) "ENG") ; LAT
  62                      (string-equal (nth 2 line) "P") ; ts
  63                      (string-equal (nth 4 line) "PF")) ; stt
  64               (setf (gethash cui pfstr-hash) (nth 14 line))))
  65         (set-lrl-hash cui srl cui-lrl-hash)
  66         (set-lrl-hash lui srl lui-lrl-hash)
  67         (set-lrl-hash sui srl sui-lrl-hash)
  68         (set-lrl-hash (make-cuisui cui sui) srl cuisui-lrl-hash)
  69         (multiple-value-bind (val found) (gethash sab sab-srl-hash)
  70           (declare (ignore val))
  71           (unless found
  72             (setf (gethash sab sab-srl-hash) srl)))))
  73     (setq *preparse-hash-init?* t)
  74     t)
  75
  76   (defun pfstr-hash (cui) (gethash cui pfstr-hash))
  77   (defun cui-lrl (cui)    (gethash cui cui-lrl-hash))
  78   (defun lui-lrl (lui)    (gethash lui lui-lrl-hash))
  79   (defun sui-lrl (sui)    (gethash sui sui-lrl-hash))
  80   (defun sab-srl (sab)    (aif (gethash sab sab-srl-hash) it 0))
  81   (defun cuisui-lrl (cuisui) (gethash cuisui cuisui-lrl-hash))
  82
  83 )) ;; closure
  84
  85 (defun set-lrl-hash (key lrl hash)
  86   "Set the least restrictive level in hash table"
  87   (multiple-value-bind (hash-lrl found) (gethash key hash)
  88     (if (or (not found) (< lrl hash-lrl))
  89         (setf (gethash key hash) lrl))))
  90
  91 ;; UMLS file and column structures
  92 ;;; SQL datatypes symbols
  93 ;;; sql-u - Unique identifier
  94 ;;; sql-s - Small integer (16-bit)
  95 ;;; sql-i - Integer (32-bit)
  96 ;;; sql-l - Big integer (64-bit)
  97 ;;; sql-f - Floating point
  98 ;;; sql-c - Character data
  99
 100 (defparameter +col-datatypes+
 101     '(("AV" sql-f) ("BTS" sql-i) ("CLS" sql-i) ("COF" sql-i) ("CUI1" sql-u)
 102       ("AUI" sql-u) ("AUI1" sql-u) ("AUI2" sql-u) ("PCUI" sql-u)
 103       ("PLUI" sql-u) ("PAUI" sql-u)
 104       ("CUI2" sql-u) ("CUI" sql-u) ("CXN" sql-s) ("FR" sql-i) ("LRL" sql-s)
 105       ("LUI" sql-u) ("MAX" sql-s) ("MIN" sql-s) ("RANK" sql-s) ("REF" sql-c)
 106       ("RNK" sql-s) ("RWS" sql-i) ("SRL" sql-s) ("SUI" sql-u) ("TUI" sql-u)
 107       ("MAPRANK" sql-s)
 108       ;;; Custom columns
 109       ("KCUISUI" sql-l) ("KCUILUI" sql-l) ("KCUILRL" sql-i) ("KLUILRL" sql-i)
 110       ("KSUILRL" sql-i)
 111       ("KSRL" sql-i) ("KLRL" sql-i)
 112       ;;; LEX columns
 113       ("EUI" sql-u) ("EUI2" sql-u)
 114       ;;; Semantic net columns
 115       ("UI" sql-u) ("UI2" sql-u) ("UI3" sql-u)
 116       ;; New fields for 2002AD
 117       ("RCUI" sql-u) ("VCUI" sql-u) ("CFR" sql-i) ("TFR" sql-i)
 118       ;; New fields for 2004AA
 119       ("MAPSETCUI" sql-u)
 120       )
 121     "SQL data types for each non-string column")
 122
 123 (defparameter +custom-tables+
 124     nil
 125   #+ignore
 126   '(("KCON" "SELECT CUI,STR FROM MRCONSO WHERE STT='PF' AND TS='P' AND ISPREF='Y' AND LAT='ENG'"))
 127   "Custom tables to create")
 128
 129 (defparameter +custom-cols+
 130     '(#+nil ("MRCONSO.RRF" "KPFSTR" "TEXT"
 131              (slot-value (find-ucol "STR" "MRCONSO.RRF") 'max)
 132              (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 0 x)))))
 133       ;; Set to 1 if term is prefered term for english
 134       ("MRCONSO.RRF" "KPFENG" "TINYINT" 0
 135        (lambda (x)  (if (and (string-equal (nth 1 x) "ENG") ; LAT
 136                              (string-equal (nth 2 x) "P") ; ts
 137                              (string-equal (nth 4 x) "PF")) ; stt
 138                       "1"
 139                       "0")))
 140       ("MRCONSO.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 141        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 5 x))))))
 142       ("MRCONSO.RRF" "KCUILUI" "BIGINT" 0
 143        (lambda (x) (write-to-string (make-cuilui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 3 x))))))
 144       ("MRCONSO.RRF" "KCUILRL" "SMALLINT" 0
 145        (lambda (x) (write-to-string (lui-lrl (parse-ui (nth 0 x))))))
 146       ("MRCONSO.RRF" "KLUILRL" "SMALLINT" 0
 147        (lambda (x) (write-to-string (lui-lrl (parse-ui (nth 3 x))))))
 148       ("MRCONSO.RRF" "KSUILRL" "SMALLINT" 0
 149        (lambda (x) (write-to-string (sui-lrl (parse-ui (nth 5 x))))))
 150       ("MRSTY.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 151        (lambda (x) (write-to-string (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x))))))
 152       ("MRCOC.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 153        (lambda (x) (write-to-string
 154                     (max (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x)))
 155                          (kmrcl:aif (cui-lrl (parse-ui (nth 1 x))) kmrcl::it 0)))))
 156       ("MRSAT.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
 157        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 9 x)))))
 158       ("MRREL.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
 159        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 10 x)))))
 160       ("MRRANK.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
 161        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 1 x)))))
 162       ("MRDEF.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
 163        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 4 x)))))
 164       #+nil  ("MRCXT.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0 (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 2 x)))))
 165       ("MRXW_ENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 166        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
 167                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 168                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 169       ("MRXW_NONENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 170        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
 171                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 172                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 173       ("MRXNW_ENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 174        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
 175                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 176                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 177       ("MRXNS_ENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 178        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
 179                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 180                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 181
 182       ;; FIXME: For MRREF and MRCOC, add lookups to KPFSTR2 using new MRCONSO index KPFENG
 183
 184       #+nil  ("MRREL.RRF" "KPFSTR2" "TEXT" 1024 (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 4 x)))))
 185       #+nil  ("MRCOC.RRF" "KPFSTR2" "TEXT" 1024 (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 2 x)))))
 186       #+use-mrctx  ("MRCXT.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0 (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 1 x))))))
 187       ("MRSAT.RRF" "KCUILUI" "BIGINT" 0
 188        (lambda (x) (write-to-string (make-cuilui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 1 x))))))
 189       ("MRSAT.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 190        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 2 x))))))
 191       ("MRXW_ENG.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 192        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))
 193       ("MRXNW_ENG.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 194        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))
 195       ("MRXNS_ENG.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 196        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))
 197       ("MRXW_NONENG.RRF" "LAT" "VARCHAR" 3 (lambda (x) (nth 0 x)))
 198       ("MRXW_NONENG.RRF" "WD"  "VARCHAR" 200  (lambda (x) (nth 1 x)))
 199       ("MRXW_NONENG.RRF" "CUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (write-to-string (parse-ui (nth 2 x)))))
 200       ("MRXW_NONENG.RRF" "LUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (write-to-string (parse-ui (nth 3 x)))))
 201       ("MRXW_NONENG.RRF" "SUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (write-to-string (parse-ui (nth 4 x)))))
 202       ("MRXW_NONENG.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 203        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x)))))))
 204   "Custom columns to create.(filename, col, sqltype, value-func).")
 205
 206 (defparameter +index-cols+
 207     '(("CUI1" "MRCOC") ("CUI" "MRCONSO") ("LUI" "MRCONSO")
 208       ("SRL" "MRCONSO") ("AUI" "MRCONSO") ("KPFENG" "MRCONSO")
 209       ("SUI" "MRCONSO") ("CUI" "MRDEF")
 210       ("CUI1" "MRREL") ("CUI" "MRSAT") ("LUI" "MRSAT") ("SUI" "MRSAT")
 211       ("CUI" "MRSTY")
 212       ("TUI" "MRSTY") ("CUI" "MRXNS_ENG")
 213       ;; ("CUI" "MRCXT") ("KCUISUI" "MRCXT") ("KSRL" "MRCXT")
 214       ("AUI" "MRHIER") ("PTR" "MRHIER") ("CUI" "MRHIER") ("CXN" "MRHIER") ("RELA" "MRHIER") ("PAUI" "MRHIER")
 215       ("SAB" "MRHIER")
 216       #+ignore ("NSTR" "MRXNS_ENG" 10)
 217       ("CUI" "MRXNW_ENG") ("NWD" "MRXNW_ENG") ("WD" "MRXW_ENG")
 218       ("KCUISUI" "MRCONSO") ("KCUILUI" "MRCONSO") ("KCUILRL" "MRCONSO")
 219       ("KLUILRL" "MRCONSO")
 220       ("KCUISUI" "MRSAT")  ("KCUILUI" "MRSAT")
 221       ("KCUISUI" "MRXW_ENG") ("KCUISUI" "MRXNW_ENG")
 222       ("KCUISUI" "MRXNS_ENG") ("KCUISUI" "MRXW_NONENG")
 223       ("KSRL" "MRDEF") ("KSRL" "MRRANK")
 224       ("KSRL" "MRREL") ("KSRL" "MRSAT") ("KLRL" "MRCOC")
 225       ("KLRL" "MRSTY") ("KLRL" "MRXW_ENG") ("KLRL" "MRXNW_ENG")
 226       ("KLRL" "MRXNS_ENG") ("KLRL" "MRXW_NONENG")
 227       ;; LEX indices
 228       ("EUI" "LRABR") ("EUI2" "LRABR") ("EUI" "LRAGR") ("EUI" "LRCMP") ("EUI" "LRMOD")
 229       ("EUI" "LRNOM") ("EUI2" "LRNOM") ("EUI" "LRPRN") ("EUI" "LRPRP") ("EUI" "LRSPL")
 230       ("EUI" "LRTRM") ("EUI" "LRTYP") ("EUI" "LRWD") ("WRD" "LRWD")
 231       ("BAS" "LRABR")
 232       ;; Semantic NET indices
 233       ("UI" "SRSTRE1") ("UI2" "SRSTRE1") ("UI3" "SRSTRE1")
 234       ("STY_RL" "SRDEF") ("RT" "SRDEF") ("STY_RL" "SRSTR") ("STY_RL2" "SRSTR")
 235       ("RL" "SRSTR")
 236
 237       ("SRL" "MRSAB") ("RSAB" "MRSAB") ("VSAB" "MRSAB") ("RCUI" "MRSAB")
 238       ("VCUI" "MRSAB") ("LAT" "MRSAB") ("MAPSETCUI" "MRMAP")  ("MAPSETCUI" "MRSMAP")
 239       ("CUI" "MRHIER"))
 240   "Columns in files to index")
 241
 242
 243 (defparameter +custom-index-cols+
 244   nil
 245   #+ignore
 246   '(("CUI" "KCON") ("LRL" "KCON"))
 247   "Indexes to custom tables")
 248
 249 ;; File & Column functions
 250
 251 (defun gen-ucols ()
 252   (add-ucols (gen-ucols-meta))
 253   (add-ucols (gen-ucols-custom))
 254   (add-ucols (gen-ucols-generic "LRFLD"))
 255   (add-ucols (gen-ucols-generic "SRFLD")))
 256
 257 (defun gen-ucols-meta ()
 258 "Initialize all umls columns"
 259   (let ((cols '()))
 260     (with-umls-file (line "MRCOLS.RRF")
 261       (destructuring-bind (col des ref min av max fil dty) line
 262         (push (make-ucol col des ref (parse-integer min) (read-from-string av)
 263                          (parse-integer max) fil dty)
 264               cols)))
 265     (nreverse cols)))
 266
 267 (defun gen-ucols-custom ()
 268 "Initialize umls columns for custom columns"
 269   (loop for customcol in +custom-cols+
 270         collect
 271         (make-ucol (nth 1 customcol) "" 0 0 0 (eval (nth 3 customcol))
 272                    (nth 0 customcol) nil :sqltype (canonicalize-column-type (nth 2 customcol))
 273                    :custom-value-fun (nth 4 customcol))))
 274
 275 (defun gen-ucols-generic (col-filename)
 276 "Initialize for generic (LEX/NET) columns"
 277   (let ((cols '()))
 278     (with-umls-file (line col-filename)
 279       (destructuring-bind (nam des ref fil) line
 280         (setq nam (escape-column-name nam))
 281         (dolist (file (delimited-string-to-list fil #\,))
 282           (push
 283            (make-ucol nam des ref nil nil nil file nil)
 284            cols))))
 285     (nreverse cols)))
 286
 287
 288 (defun gen-ufiles ()
 289   (add-ufiles (gen-ufiles-generic "MRFILES.RRF" "META"))
 290   (add-ufiles (gen-ufiles-generic "LRFIL" "LEX"))
 291   (add-ufiles (gen-ufiles-generic "SRFIL" "NET"))
 292   ;; needs to come last
 293   (add-ufiles (gen-ufiles-custom)))
 294
 295
 296 (defun gen-ufiles-generic (files-filename dir)
 297 "Initialize all LEX file structures"
 298   (let ((files '()))
 299     (with-umls-file (line files-filename)
 300       (destructuring-bind (fil des fmt cls rws bts) line
 301         (push (make-ufile
 302                dir fil des
 303                (parse-integer cls)
 304                (parse-integer rws) (parse-integer bts)
 305                (concatenate 'list (umls-field-string-to-list fmt)
 306                             (custom-colnames-for-filename fil)))
 307               files)))
 308     (nreverse files)))
 309
 310 (defun gen-ufiles-custom ()
 311   (make-ufile "META" "MRXW_NONENG.RRF" "Custom NonEnglish Index"
 312               5 0 0 (fields (find-ufile "MRXW_ENG.RRF"))))
 313
 314
 315