parse-rrf.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     parse-2002.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Parsing and SQL insertion routines for UMLisp which may
   7 ;;;;           change from year to year
   8 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   9 ;;;; Created:  Apr 2000
  10 ;;;;
  11 ;;;; $Id$
  12 ;;;;
  13 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  14 ;;;;    Copyright (c) 2000-2004 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  15 ;;;;
  16 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  17 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  18 ;;;; *************************************************************************
  19
  20 (in-package #:umlisp)
  21
  22 ;;; Pre-read data for custom fields into hash tables
  23 (defvar *preparse-hash-init?* nil)
  24
  25 (eval-when (:compile-toplevel :load-toplevel :execute)
  26 (let ((pfstr-hash nil)      ;; Preferred concept strings by CUI
  27       (cui-lrl-hash nil)    ;; LRL by CUI
  28       (lui-lrl-hash nil)    ;; LRL by LUI
  29       (sui-lrl-hash nil)    ;; LRL by SUI
  30       (cuisui-lrl-hash nil) ;; LRL by CUISUI
  31       (sab-srl-hash nil))   ;; SRL by SAB
  32
  33   (defun make-preparse-hash-table ()
  34     (if sui-lrl-hash
  35         (progn
  36           (clrhash pfstr-hash)
  37           (clrhash cui-lrl-hash)
  38           (clrhash lui-lrl-hash)
  39           (clrhash sui-lrl-hash)
  40           (clrhash cuisui-lrl-hash)
  41           (clrhash sab-srl-hash))
  42       (setf
  43           pfstr-hash (make-hash-table :size 800000)
  44           cui-lrl-hash (make-hash-table :size 800000)
  45           lui-lrl-hash (make-hash-table :size 1500000)
  46           sui-lrl-hash (make-hash-table :size 1500000)
  47           cuisui-lrl-hash (make-hash-table :size 1800000)
  48           sab-srl-hash (make-hash-table :size 100 :test 'equal))))
  49
  50   (defun ensure-preparse (&optional (force-read nil))
  51     (when (or force-read (not *preparse-hash-init?*))
  52       (make-preparse-hash-table)
  53       (setq *preparse-hash-init?* t))
  54     (with-umls-file (line "MRCONSO.RRF")
  55       (let ((cui (parse-ui (nth 0 line)))
  56             (lui (parse-ui (nth 3 line)))
  57             (sui (parse-ui (nth 5 line)))
  58             (sab (nth 11 line))
  59             (srl (parse-integer (nth 15 line))))
  60         (unless (gethash cui pfstr-hash)  ;; if haven't stored pfstr for cui
  61           (if (and (string-equal (nth 1 line) "ENG") ; LAT
  62                    (string-equal (nth 2 line) "P") ; ts
  63                    (string-equal (nth 4 line) "PF")) ; stt
  64               (setf (gethash cui pfstr-hash) (nth 14 line))))
  65         (set-lrl-hash cui srl cui-lrl-hash)
  66         (set-lrl-hash lui srl lui-lrl-hash)
  67         (set-lrl-hash sui srl sui-lrl-hash)
  68         (set-lrl-hash (make-cuisui cui sui) srl cuisui-lrl-hash)
  69         (multiple-value-bind (val found) (gethash sab sab-srl-hash)
  70           (declare (ignore val))
  71           (unless found
  72             (setf (gethash sab sab-srl-hash) srl))))))
  73
  74   (defun pfstr-hash (cui) (gethash cui pfstr-hash))
  75   (defun cui-lrl (cui)    (gethash cui cui-lrl-hash))
  76   (defun lui-lrl (lui)    (gethash lui lui-lrl-hash))
  77   (defun sui-lrl (sui)    (gethash sui sui-lrl-hash))
  78   (defun sab-srl (sab)    (aif (gethash sab sab-srl-hash) it 0))
  79   (defun cuisui-lrl (cuisui) (gethash cuisui cuisui-lrl-hash))
  80
  81 )) ;; closure
  82
  83 (defun set-lrl-hash (key lrl hash)
  84   "Set the least restrictive level in hash table"
  85   (multiple-value-bind (hash-lrl found) (gethash key hash)
  86     (if (or (not found) (< lrl hash-lrl))
  87         (setf (gethash key hash) lrl))))
  88
  89 ;; UMLS file and column structures
  90 ;;; SQL datatypes symbols
  91 ;;; sql-u - Unique identifier
  92 ;;; sql-s - Small integer (16-bit)
  93 ;;; sql-i - Integer (32-bit)
  94 ;;; sql-l - Big integer (64-bit)
  95 ;;; sql-f - Floating point
  96 ;;; sql-c - Character data
  97
  98 (defparameter +col-datatypes+
  99     '(("AV" sql-f) ("BTS" sql-i) ("CLS" sql-i) ("COF" sql-i) ("CUI1" sql-u)
 100       ("AUI" sql-u) ("AUI1" sql-u) ("AUI2" sql-u) ("PCUI" sql-u)
 101       ("PLUI" sql-u)
 102       ("CUI2" sql-u) ("CUI" sql-u) ("CXN" sql-s) ("FR" sql-i) ("LRL" sql-s)
 103       ("LUI" sql-u) ("MAX" sql-s) ("MIN" sql-s) ("RANK" sql-s) ("REF" sql-c)
 104       ("RNK" sql-s) ("RWS" sql-i) ("SRL" sql-s) ("SUI" sql-u) ("TUI" sql-u)
 105       ;;; Custom columns
 106       ("KCUISUI" sql-l) ("KCUILUI" sql-l) ("KCUILRL" sql-i) ("KLUILRL" sql-i)
 107       ("KSUILRL" sql-i)
 108       ("KSRL" sql-i) ("KLRL" sql-i)
 109       ;;; LEX columns
 110       ("EUI" sql-u) ("EUI2" sql-u)
 111       ;;; Semantic net columns
 112       ("UI" sql-u) ("UI2" sql-u) ("UI3" sql-u)
 113       ;; New fields for 2002AD
 114       ("RCUI" sql-u) ("VCUI" sql-u) ("CFR" sql-i) ("TFR" sql-i)
 115       ("MAPSETCUI" sql-u)
 116       )
 117     "SQL data types for each non-string column")
 118
 119 (defparameter +custom-tables+
 120     nil
 121   #+ignore
 122   '(("KCON" "SELECT CUI,STR FROM MRCONSO WHERE STT='PF' AND TS='P' AND ISPREF='Y' AND LAT='ENG'"))
 123   "Custom tables to create")
 124
 125 (defparameter +custom-cols+
 126     '(("MRCONSO.RRF" "KPFSTR" "TEXT"
 127                      (slot-value (find-ucol "STR" "MRCONSO.RRF") 'max)
 128                      (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 0 x)))))
 129       ("MRCONSO.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 130        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 5 x))))))
 131       ("MRCONSO.RRF" "KCUILUI" "BIGINT" 0
 132        (lambda (x) (write-to-string (make-cuilui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 3 x))))))
 133       ("MRCONSO.RRF" "KCUILRL" "SMALLINT" 0
 134        (lambda (x) (write-to-string (lui-lrl (parse-ui (nth 0 x))))))
 135       ("MRCONSO.RRF" "KLUILRL" "SMALLINT" 0
 136        (lambda (x) (write-to-string (lui-lrl (parse-ui (nth 3 x))))))
 137       ("MRCONSO.RRF" "KSUILRL" "SMALLINT" 0
 138        (lambda (x) (write-to-string (sui-lrl (parse-ui (nth 5 x))))))
 139       ;; Deprecated, last in 2004AA -- skip index
 140       #+ignore
 141       ("MRLO.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 142        (lambda (x) (write-to-string
 143                     (if (zerop (length (nth 4 x)))
 144                         (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x)))
 145                       (cuisui-lrl (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))))
 146       ("MRSTY.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 147        (lambda (x) (write-to-string (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x))))))
 148       ("MRCOC.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 149        (lambda (x) (write-to-string
 150                     (max (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x)))
 151                          (kmrcl:aif (cui-lrl (parse-ui (nth 1 x))) kmrcl::it 0)))))
 152       ("MRSAT.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
 153        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 9 x)))))
 154       ("MRREL.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
 155        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 10 x)))))
 156       ("MRRANK.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
 157        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 1 x)))))
 158       ("MRDEF.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
 159        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 4 x)))))
 160       ("MRCXT.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
 161        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 2 x)))))
 162       ("MRXW_ENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 163        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
 164                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 165                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 166       ("MRXW_NONENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 167        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
 168                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 169                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 170       ("MRXNW_ENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 171        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
 172                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 173                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 174       ("MRXNS_ENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 175        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
 176                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 177                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 178       ("MRREL.RRF" "KPFSTR2" "TEXT" 1024
 179        (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 4 x)))))
 180       ("MRCOC.RRF" "KPFSTR2" "TEXT" 1024
 181        (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 2 x)))))
 182       ("MRCXT.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 183        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 1 x))))))
 184       ("MRSAT.RRF" "KCUILUI" "BIGINT" 0
 185        (lambda (x) (write-to-string (make-cuilui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 1 x))))))
 186       ("MRSAT.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 187        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 2 x))))))
 188       ("MRXW_ENG.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 189        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))
 190       ("MRXNW_ENG.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 191        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))
 192       ("MRXNS_ENG.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 193        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))
 194       ("MRXW_NONENG.RRF" "LAT" "VARCHAR" 3 (lambda (x) (nth 0 x)))
 195       ("MRXW_NONENG.RRF" "WD"  "VARCHAR" 200  (lambda (x) (nth 1 x)))
 196       ("MRXW_NONENG.RRF" "CUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (write-to-string (parse-ui (nth 2 x)))))
 197       ("MRXW_NONENG.RRF" "LUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (write-to-string (parse-ui (nth 3 x)))))
 198       ("MRXW_NONENG.RRF" "SUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (write-to-string (parse-ui (nth 4 x)))))
 199       ("MRXW_NONENG.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 200        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x)))))))
 201   "Custom columns to create.(filename, col, sqltype, value-func).")
 202
 203 (defparameter +index-cols+
 204     '(("CUI1" "MRCOC") ("CUI" "MRCONSO") ("LUI" "MRCONSO")
 205       ("SRL" "MRCONSO") ("AUI" "MRCONSO")
 206       ("SUI" "MRCONSO") ("CUI" "MRCXT") ("CUI" "MRDEF") ("CUI" "MRLO")
 207       ("CUI1" "MRREL") ("CUI" "MRSAT") ("LUI" "MRSAT") ("SUI" "MRSAT")
 208       ("CUI" "MRSTY")
 209       ("TUI" "MRSTY") ("CUI" "MRXNS_ENG")
 210       #+ignore ("NSTR" "MRXNS_ENG" 10)
 211       ("CUI" "MRXNW_ENG") ("NWD" "MRXNW_ENG") ("WD" "MRXW_ENG")
 212       ("KCUISUI" "MRCONSO") ("KCUILUI" "MRCONSO") ("KCUILRL" "MRCONSO")
 213       ("KLUILRL" "MRCONSO") ("KCUISUI" "MRCXT")
 214       ("KCUISUI" "MRSAT")  ("KCUILUI" "MRSAT")
 215       ("KCUISUI" "MRXW_ENG") ("KCUISUI" "MRXNW_ENG")
 216       ("KCUISUI" "MRXNS_ENG") ("KCUISUI" "MRXW_NONENG")
 217       ("KSRL" "MRCXT") ("KSRL" "MRDEF") ("KSRL" "MRRANK")
 218       ("KSRL" "MRREL") ("KSRL" "MRSAT") ("KLRL" "MRCOC")
 219       #+ignore ("KLRL" "MRLO")  ;; deprecated
 220       ("KLRL" "MRSTY") ("KLRL" "MRXW_ENG") ("KLRL" "MRXNW_ENG")
 221       ("KLRL" "MRXNS_ENG") ("KLRL" "MRXW_NONENG")
 222       ;; LEX indices
 223       ("EUI" "LRABR") ("EUI2" "LRABR") ("EUI" "LRAGR") ("EUI" "LRCMP") ("EUI" "LRMOD")
 224       ("EUI" "LRNOM") ("EUI2" "LRNOM") ("EUI" "LRPRN") ("EUI" "LRPRP") ("EUI" "LRSPL")
 225       ("EUI" "LRTRM") ("EUI" "LRTYP") ("EUI" "LRWD") ("WRD" "LRWD")
 226       ("BAS" "LRABR")
 227       ;; Semantic NET indices
 228       ("UI" "SRSTRE1") ("UI2" "SRSTRE1") ("UI3" "SRSTRE1")
 229       ("STY_RL" "SRDEF") ("RT" "SRDEF") ("STY_RL" "SRSTR") ("STY_RL2" "SRSTR")
 230       ("RL" "SRSTR")
 231       ("SRL" "MRSAB") ("RSAB" "MRSAB") ("VSAB" "MRSAB") ("RCUI" "MRSAB")
 232       ("VCUI" "MRSAB") ("LAT" "MRSAB"))
 233   "Columns in files to index")
 234
 235
 236 (defparameter +custom-index-cols+
 237   nil
 238   #+ignore
 239   '(("CUI" "KCON") ("LRL" "KCON"))
 240   "Indexes to custom tables")
 241
 242 ;; File & Column functions
 243
 244 (defun gen-ucols ()
 245   (add-ucols (gen-ucols-meta))
 246   (add-ucols (gen-ucols-custom))
 247   (add-ucols (gen-ucols-generic "LRFLD"))
 248   (add-ucols (gen-ucols-generic "SRFLD")))
 249
 250 (defun gen-ucols-meta ()
 251 "Initialize all umls columns"
 252   (let ((cols '()))
 253     (with-umls-file (line "MRCOLS.RRF")
 254       (destructuring-bind (col des ref min av max fil dty) line
 255         (push (make-ucol col des ref (parse-integer min) (read-from-string av)
 256                          (parse-integer max) fil dty)
 257               cols)))
 258     (nreverse cols)))
 259
 260 (defun gen-ucols-custom ()
 261 "Initialize umls columns for custom columns"
 262   (loop for customcol in +custom-cols+
 263         collect
 264         (make-ucol (nth 1 customcol) "" 0 0 0 (eval (nth 3 customcol))
 265                    (nth 0 customcol) nil :sqltype (canonicalize-column-type (nth 2 customcol))
 266                    :custom-value-fun (nth 4 customcol))))
 267
 268 (defun gen-ucols-generic (col-filename)
 269 "Initialize for generic (LEX/NET) columns"
 270   (let ((cols '()))
 271     (with-umls-file (line col-filename)
 272       (destructuring-bind (nam des ref fil) line
 273         (setq nam (escape-column-name nam))
 274         (dolist (file (delimited-string-to-list fil #\,))
 275           (push
 276            (make-ucol nam des ref nil nil nil file nil)
 277            cols))))
 278     (nreverse cols)))
 279
 280
 281 (defun gen-ufiles ()
 282   (add-ufiles (gen-ufiles-generic "MRFILES.RRF" "META"))
 283   (add-ufiles (gen-ufiles-generic "LRFIL" "LEX"))
 284   (add-ufiles (gen-ufiles-generic "SRFIL" "NET"))
 285   ;; needs to come last
 286   (add-ufiles (gen-ufiles-custom)))
 287
 288
 289 (defun gen-ufiles-generic (files-filename dir)
 290 "Initialize all LEX file structures"
 291   (let ((files '()))
 292     (with-umls-file (line files-filename)
 293       (destructuring-bind (fil des fmt cls rws bts) line
 294         (push (make-ufile
 295                dir fil des
 296                (parse-integer cls)
 297                (parse-integer rws) (parse-integer bts)
 298                (concatenate 'list (umls-field-string-to-list fmt)
 299                             (custom-colnames-for-filename fil)))
 300               files)))
 301     (nreverse files)))
 302
 303 (defun gen-ufiles-custom ()
 304   (make-ufile "META" "MRXW_NONENG.RRF" "Custom NonEnglish Index"
 305               5 0 0 (fields (find-ufile "MRXW_ENG.RRF"))))
 306
 307
 308