parse-rrf.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     parse-2002.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Parsing and SQL insertion routines for UMLisp which may
   7 ;;;;           change from year to year
   8 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   9 ;;;; Created:  Apr 2000
  10 ;;;;
  11 ;;;; $Id$
  12 ;;;;
  13 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  14 ;;;;    Copyright (c) 2000-2004 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  15 ;;;;
  16 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  17 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  18 ;;;; *************************************************************************
  19
  20 (in-package #:umlisp)
  21
  22 ;;; Pre-read data for custom fields into hash tables
  23 (defvar *preparse-hash-init?* nil)
  24
  25 (eval-when (:compile-toplevel :load-toplevel :execute)
  26 (let ((pfstr-hash nil)      ;; Preferred concept strings by CUI
  27       (cui-lrl-hash nil)    ;; LRL by CUI
  28       (lui-lrl-hash nil)    ;; LRL by LUI
  29       (sui-lrl-hash nil)    ;; LRL by SUI
  30       (cuisui-lrl-hash nil) ;; LRL by CUISUI
  31       (sab-srl-hash nil))   ;; SRL by SAB
  32
  33   (defun make-preparse-hash-table ()
  34     (if sui-lrl-hash
  35         (progn
  36           (clrhash pfstr-hash)
  37           (clrhash cui-lrl-hash)
  38           (clrhash lui-lrl-hash)
  39           (clrhash sui-lrl-hash)
  40           (clrhash cuisui-lrl-hash)
  41           (clrhash sab-srl-hash))
  42       (setf
  43           pfstr-hash (make-hash-table :size 800000)
  44           cui-lrl-hash (make-hash-table :size 800000)
  45           lui-lrl-hash (make-hash-table :size 1500000)
  46           sui-lrl-hash (make-hash-table :size 1500000)
  47           cuisui-lrl-hash (make-hash-table :size 1800000)
  48           sab-srl-hash (make-hash-table :size 100 :test 'equal))))
  49
  50   (defun ensure-preparse (&optional (force-read nil))
  51     (when (or force-read (not *preparse-hash-init?*))
  52       (make-preparse-hash-table)
  53       (setq *preparse-hash-init?* t))
  54     (with-umls-file (line "MRCONSO.RRF")
  55       (let ((cui (parse-ui (nth 0 line)))
  56             (lui (parse-ui (nth 3 line)))
  57             (sui (parse-ui (nth 5 line)))
  58             (sab (nth 11 line))
  59             (srl (parse-integer (nth 15 line))))
  60         (unless (gethash cui pfstr-hash)  ;; if haven't stored pfstr for cui
  61           (if (and (string-equal (nth 1 line) "ENG") ; LAT
  62                    (string-equal (nth 2 line) "P") ; ts
  63                    (string-equal (nth 4 line) "PF")) ; stt
  64               (setf (gethash cui pfstr-hash) (nth 14 line))))
  65         (set-lrl-hash cui srl cui-lrl-hash)
  66         (set-lrl-hash lui srl lui-lrl-hash)
  67         (set-lrl-hash sui srl sui-lrl-hash)
  68         (set-lrl-hash (make-cuisui cui sui) srl cuisui-lrl-hash)
  69         (multiple-value-bind (val found) (gethash sab sab-srl-hash)
  70           (declare (ignore val))
  71           (unless found
  72             (setf (gethash sab sab-srl-hash) srl))))))
  73
  74   (defun pfstr-hash (cui) (gethash cui pfstr-hash))
  75   (defun cui-lrl (cui)    (gethash cui cui-lrl-hash))
  76   (defun lui-lrl (lui)    (gethash lui lui-lrl-hash))
  77   (defun sui-lrl (sui)    (gethash sui sui-lrl-hash))
  78   (defun sab-srl (sab)    (aif (gethash sab sab-srl-hash) it 0))
  79   (defun cuisui-lrl (cuisui) (gethash cuisui cuisui-lrl-hash))
  80
  81 )) ;; closure
  82
  83 (defun set-lrl-hash (key lrl hash)
  84   "Set the least restrictive level in hash table"
  85   (multiple-value-bind (hash-lrl found) (gethash key hash)
  86     (if (or (not found) (< lrl hash-lrl))
  87         (setf (gethash key hash) lrl))))
  88
  89 ;; UMLS file and column structures
  90 ;;; SQL datatypes symbols
  91 ;;; sql-u - Unique identifier
  92 ;;; sql-s - Small integer (16-bit)
  93 ;;; sql-i - Integer (32-bit)
  94 ;;; sql-l - Big integer (64-bit)
  95 ;;; sql-f - Floating point
  96 ;;; sql-c - Character data
  97
  98 (defparameter +col-datatypes+
  99     '(("AV" sql-f) ("BTS" sql-i) ("CLS" sql-i) ("COF" sql-i) ("CUI1" sql-u)
 100       ("AUI" sql-u) ("AUI1" sql-u) ("AUI2" sql-u) ("PCUI" sql-u)
 101       ("PLUI" sql-u) ("PAUI" sql-u)
 102       ("CUI2" sql-u) ("CUI" sql-u) ("CXN" sql-s) ("FR" sql-i) ("LRL" sql-s)
 103       ("LUI" sql-u) ("MAX" sql-s) ("MIN" sql-s) ("RANK" sql-s) ("REF" sql-c)
 104       ("RNK" sql-s) ("RWS" sql-i) ("SRL" sql-s) ("SUI" sql-u) ("TUI" sql-u)
 105       ("MAPRANK" sql-s)
 106       ;;; Custom columns
 107       ("KCUISUI" sql-l) ("KCUILUI" sql-l) ("KCUILRL" sql-i) ("KLUILRL" sql-i)
 108       ("KSUILRL" sql-i)
 109       ("KSRL" sql-i) ("KLRL" sql-i)
 110       ;;; LEX columns
 111       ("EUI" sql-u) ("EUI2" sql-u)
 112       ;;; Semantic net columns
 113       ("UI" sql-u) ("UI2" sql-u) ("UI3" sql-u)
 114       ;; New fields for 2002AD
 115       ("RCUI" sql-u) ("VCUI" sql-u) ("CFR" sql-i) ("TFR" sql-i)
 116       ;; New fields for 2004AA
 117       ("MAPSETCUI" sql-u)
 118       )
 119     "SQL data types for each non-string column")
 120
 121 (defparameter +custom-tables+
 122     nil
 123   #+ignore
 124   '(("KCON" "SELECT CUI,STR FROM MRCONSO WHERE STT='PF' AND TS='P' AND ISPREF='Y' AND LAT='ENG'"))
 125   "Custom tables to create")
 126
 127 (defparameter +custom-cols+
 128     '(("MRCONSO.RRF" "KPFSTR" "TEXT"
 129                      (slot-value (find-ucol "STR" "MRCONSO.RRF") 'max)
 130                      (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 0 x)))))
 131       ("MRCONSO.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 132        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 5 x))))))
 133       ("MRCONSO.RRF" "KCUILUI" "BIGINT" 0
 134        (lambda (x) (write-to-string (make-cuilui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 3 x))))))
 135       ("MRCONSO.RRF" "KCUILRL" "SMALLINT" 0
 136        (lambda (x) (write-to-string (lui-lrl (parse-ui (nth 0 x))))))
 137       ("MRCONSO.RRF" "KLUILRL" "SMALLINT" 0
 138        (lambda (x) (write-to-string (lui-lrl (parse-ui (nth 3 x))))))
 139       ("MRCONSO.RRF" "KSUILRL" "SMALLINT" 0
 140        (lambda (x) (write-to-string (sui-lrl (parse-ui (nth 5 x))))))
 141       ;; Deprecated, last in 2004AA -- skip index
 142       #+ignore
 143       ("MRLO.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 144        (lambda (x) (write-to-string
 145                     (if (zerop (length (nth 4 x)))
 146                         (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x)))
 147                       (cuisui-lrl (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))))
 148       ("MRSTY.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 149        (lambda (x) (write-to-string (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x))))))
 150       ("MRCOC.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 151        (lambda (x) (write-to-string
 152                     (max (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x)))
 153                          (kmrcl:aif (cui-lrl (parse-ui (nth 1 x))) kmrcl::it 0)))))
 154       ("MRSAT.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
 155        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 9 x)))))
 156       ("MRREL.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
 157        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 10 x)))))
 158       ("MRRANK.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
 159        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 1 x)))))
 160       ("MRDEF.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
 161        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 4 x)))))
 162       ("MRCXT.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
 163        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 2 x)))))
 164       ("MRXW_ENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 165        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
 166                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 167                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 168       ("MRXW_NONENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 169        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
 170                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 171                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 172       ("MRXNW_ENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 173        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
 174                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 175                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 176       ("MRXNS_ENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
 177        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
 178                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 179                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 180       ("MRREL.RRF" "KPFSTR2" "TEXT" 1024
 181        (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 4 x)))))
 182       ("MRCOC.RRF" "KPFSTR2" "TEXT" 1024
 183        (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 2 x)))))
 184       ("MRCXT.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 185        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 1 x))))))
 186       ("MRSAT.RRF" "KCUILUI" "BIGINT" 0
 187        (lambda (x) (write-to-string (make-cuilui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 1 x))))))
 188       ("MRSAT.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 189        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 2 x))))))
 190       ("MRXW_ENG.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 191        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))
 192       ("MRXNW_ENG.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 193        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))
 194       ("MRXNS_ENG.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 195        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))
 196       ("MRXW_NONENG.RRF" "LAT" "VARCHAR" 3 (lambda (x) (nth 0 x)))
 197       ("MRXW_NONENG.RRF" "WD"  "VARCHAR" 200  (lambda (x) (nth 1 x)))
 198       ("MRXW_NONENG.RRF" "CUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (write-to-string (parse-ui (nth 2 x)))))
 199       ("MRXW_NONENG.RRF" "LUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (write-to-string (parse-ui (nth 3 x)))))
 200       ("MRXW_NONENG.RRF" "SUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (write-to-string (parse-ui (nth 4 x)))))
 201       ("MRXW_NONENG.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 202        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x)))))))
 203   "Custom columns to create.(filename, col, sqltype, value-func).")
 204
 205 (defparameter +index-cols+
 206     '(("CUI1" "MRCOC") ("CUI" "MRCONSO") ("LUI" "MRCONSO")
 207       ("SRL" "MRCONSO") ("AUI" "MRCONSO")
 208       ("SUI" "MRCONSO") ("CUI" "MRCXT") ("CUI" "MRDEF") ("CUI" "MRLO")
 209       ("CUI1" "MRREL") ("CUI" "MRSAT") ("LUI" "MRSAT") ("SUI" "MRSAT")
 210       ("CUI" "MRSTY")
 211       ("TUI" "MRSTY") ("CUI" "MRXNS_ENG")
 212       #+ignore ("NSTR" "MRXNS_ENG" 10)
 213       ("CUI" "MRXNW_ENG") ("NWD" "MRXNW_ENG") ("WD" "MRXW_ENG")
 214       ("KCUISUI" "MRCONSO") ("KCUILUI" "MRCONSO") ("KCUILRL" "MRCONSO")
 215       ("KLUILRL" "MRCONSO") ("KCUISUI" "MRCXT")
 216       ("KCUISUI" "MRSAT")  ("KCUILUI" "MRSAT")
 217       ("KCUISUI" "MRXW_ENG") ("KCUISUI" "MRXNW_ENG")
 218       ("KCUISUI" "MRXNS_ENG") ("KCUISUI" "MRXW_NONENG")
 219       ("KSRL" "MRCXT") ("KSRL" "MRDEF") ("KSRL" "MRRANK")
 220       ("KSRL" "MRREL") ("KSRL" "MRSAT") ("KLRL" "MRCOC")
 221       #+ignore ("KLRL" "MRLO")  ;; deprecated
 222       ("KLRL" "MRSTY") ("KLRL" "MRXW_ENG") ("KLRL" "MRXNW_ENG")
 223       ("KLRL" "MRXNS_ENG") ("KLRL" "MRXW_NONENG")
 224       ;; LEX indices
 225       ("EUI" "LRABR") ("EUI2" "LRABR") ("EUI" "LRAGR") ("EUI" "LRCMP") ("EUI" "LRMOD")
 226       ("EUI" "LRNOM") ("EUI2" "LRNOM") ("EUI" "LRPRN") ("EUI" "LRPRP") ("EUI" "LRSPL")
 227       ("EUI" "LRTRM") ("EUI" "LRTYP") ("EUI" "LRWD") ("WRD" "LRWD")
 228       ("BAS" "LRABR")
 229       ;; Semantic NET indices
 230       ("UI" "SRSTRE1") ("UI2" "SRSTRE1") ("UI3" "SRSTRE1")
 231       ("STY_RL" "SRDEF") ("RT" "SRDEF") ("STY_RL" "SRSTR") ("STY_RL2" "SRSTR")
 232       ("RL" "SRSTR")
 233
 234       ("SRL" "MRSAB") ("RSAB" "MRSAB") ("VSAB" "MRSAB") ("RCUI" "MRSAB")
 235       ("VCUI" "MRSAB") ("LAT" "MRSAB") ("MAPSETCUI" "MRMAP")  ("MAPSETCUI" "MRSMAP")
 236       ("CUI" "MRHIER") ("AUI" "MRHIER") ("PAUI" "MRHIER"))
 237   "Columns in files to index")
 238
 239
 240 (defparameter +custom-index-cols+
 241   nil
 242   #+ignore
 243   '(("CUI" "KCON") ("LRL" "KCON"))
 244   "Indexes to custom tables")
 245
 246 ;; File & Column functions
 247
 248 (defun gen-ucols ()
 249   (add-ucols (gen-ucols-meta))
 250   (add-ucols (gen-ucols-custom))
 251   (add-ucols (gen-ucols-generic "LRFLD"))
 252   (add-ucols (gen-ucols-generic "SRFLD")))
 253
 254 (defun gen-ucols-meta ()
 255 "Initialize all umls columns"
 256   (let ((cols '()))
 257     (with-umls-file (line "MRCOLS.RRF")
 258       (destructuring-bind (col des ref min av max fil dty) line
 259         (push (make-ucol col des ref (parse-integer min) (read-from-string av)
 260                          (parse-integer max) fil dty)
 261               cols)))
 262     (nreverse cols)))
 263
 264 (defun gen-ucols-custom ()
 265 "Initialize umls columns for custom columns"
 266   (loop for customcol in +custom-cols+
 267         collect
 268         (make-ucol (nth 1 customcol) "" 0 0 0 (eval (nth 3 customcol))
 269                    (nth 0 customcol) nil :sqltype (canonicalize-column-type (nth 2 customcol))
 270                    :custom-value-fun (nth 4 customcol))))
 271
 272 (defun gen-ucols-generic (col-filename)
 273 "Initialize for generic (LEX/NET) columns"
 274   (let ((cols '()))
 275     (with-umls-file (line col-filename)
 276       (destructuring-bind (nam des ref fil) line
 277         (setq nam (escape-column-name nam))
 278         (dolist (file (delimited-string-to-list fil #\,))
 279           (push
 280            (make-ucol nam des ref nil nil nil file nil)
 281            cols))))
 282     (nreverse cols)))
 283
 284
 285 (defun gen-ufiles ()
 286   (add-ufiles (gen-ufiles-generic "MRFILES.RRF" "META"))
 287   (add-ufiles (gen-ufiles-generic "LRFIL" "LEX"))
 288   (add-ufiles (gen-ufiles-generic "SRFIL" "NET"))
 289   ;; needs to come last
 290   (add-ufiles (gen-ufiles-custom)))
 291
 292
 293 (defun gen-ufiles-generic (files-filename dir)
 294 "Initialize all LEX file structures"
 295   (let ((files '()))
 296     (with-umls-file (line files-filename)
 297       (destructuring-bind (fil des fmt cls rws bts) line
 298         (push (make-ufile
 299                dir fil des
 300                (parse-integer cls)
 301                (parse-integer rws) (parse-integer bts)
 302                (concatenate 'list (umls-field-string-to-list fmt)
 303                             (custom-colnames-for-filename fil)))
 304               files)))
 305     (nreverse files)))
 306
 307 (defun gen-ufiles-custom ()
 308   (make-ufile "META" "MRXW_NONENG.RRF" "Custom NonEnglish Index"
 309               5 0 0 (fields (find-ufile "MRXW_ENG.RRF"))))
 310
 311
 312