sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id$
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2006 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp)
  20
  21
  22 (defvar *current-srl* nil)
  23 (defun current-srl ()
  24   *current-srl*)
  25 (defun current-srl! (srl)
  26   (setq *current-srl* srl))
  27
  28 (defmacro query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  29                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit
  30                         filter)
  31   (let* ((%%fields (format nil "SELECT ~A~{~:@(~A~)~^,~} FROM ~:@(~A~)"
  32                            (if distinct "DISTINCT " "") fields table))
  33          (%%order (if order (format nil " ORDER BY ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  34                                     order)
  35                       ""))
  36          (%%lrl (format nil " AND ~:@(~A~)<=" lrl))
  37          (%%where (when where-name
  38                     (format nil " where ~:@(~A~)~A" where-name
  39                           (if like " like " ""))))
  40          (%filter (gensym "FILTER-"))
  41          (%single (gensym "SINGLE-"))
  42          (%limit (gensym "LIMIT-")))
  43     `(let ((,%limit ,limit)
  44            (,%single ,single)
  45            (,%filter ,filter))
  46        (concatenate
  47         'string
  48         ,%%fields
  49         ,@(when %%where (list %%where))
  50         ,@(when %%where
  51             `((typecase ,where-value
  52                 #+ignore
  53                 (fixnum
  54                  (concatenate 'string "='" (prefixed-fixnum-string ,where-value #\0 10) "'"))
  55                 (number
  56                  (concatenate 'string "='" (write-to-string ,where-value) "'"))
  57                 (null
  58                  " is null")
  59                 (t
  60                  (format nil ,(if like "'%~A%'" "='~A'") ,where-value)))))
  61         (if ,%filter (concatenate 'string
  62                                   ,(if %%where " AND " " WHERE ")
  63                                   ,%filter) "")
  64         (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  65         ,@(when %%order (list %%order))
  66         (cond
  67          ((and ,%single ,%limit)
  68           (error "Can't set single and limit"))
  69          (,%single
  70           " LIMIT 1")
  71          (,%limit
  72           (format nil " LIMIT ~D" ,%limit))
  73          (t
  74           ""))))))
  75
  76 (defun query-string-eval (table fields &optional srl where-name where-value
  77                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit filter)
  78   (when single (setq limit 1))
  79   (concatenate
  80    'string
  81    (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  82            (if distinct "distinct " "") fields table)
  83    (if where-name (format nil " where ~:@(~A~)" where-name) "")
  84    (if where-name
  85        (format nil
  86                (typecase where-value
  87                  (number "='~D'")
  88                  (null " is null")
  89                  (t
  90                   (if like " like '%~A%""='~A'")))
  91                where-value)
  92        "")
  93    (if filter (concatenate 'string " AND " filter) nil)
  94    (if srl (format nil " and ~:@(~A~)<=~D" lrl srl) "")
  95    (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  96    (if limit (format nil " limit ~D" limit) "")))
  97
  98
  99 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
 100                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
 101                      limit filter (query-cmd 'mutex-sql-query))
 102   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 103 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 104   `(,query-cmd
 105     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 106      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 107      :filter ,filter :limit ,limit)))
 108
 109 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
 110                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
 111                      filter limit)
 112   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 113 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 114   `(mutex-sql-query
 115     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 116      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 117      :filter ,filter :limit ,limit)))
 118
 119 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
 120 (defmacro collect-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
 121                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 122                                     order like (query-cmd 'mutex-sql-query)
 123                                     filter limit)
 124                                 &body body)
 125   (let ((value (gensym))
 126         (r (gensym)))
 127     (if single
 128         (if (and limit (> limit 1))
 129             (error "Can't set limit along with single.")
 130           `(let* ((,value ,where-value)
 131                   (tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 132                                             :lrl ,lrl :single ,single
 133                                             :distinct ,distinct :order ,order
 134                                             :like ,like :filter ,filter
 135                                             :query-cmd ,query-cmd))))
 136              ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 137              (when tuple
 138                (destructuring-bind ,fields tuple
 139                  ,@body))))
 140         `(let ((,value ,where-value))
 141            ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 142            (let ((,r '()))
 143              (dolist (tuple (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 144                                           :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 145                                           :order ,order :filter ,filter :like ,like
 146                                           :limit ,limit))
 147                (push (destructuring-bind ,fields tuple ,@body) ,r))
 148              (nreverse ,r))
 149            #+ignore
 150            (loop for tuple in
 151                  (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 152                                :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 153                                :order ,order :like ,like :filter ,filter :limit ,limit)
 154                collect (destructuring-bind ,fields tuple ,@body))))))
 155
 156 (defmacro collect-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
 157                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 158                                          order like filter limit)
 159                                   &body body)
 160   (let ((value (gensym))
 161         (r (gensym))
 162         (eval-fields (cadr fields)))
 163     (if single
 164         `(let* ((,value ,where-value)
 165                 (tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 166                                                :lrl ,lrl :single ,single
 167                                                :distinct ,distinct :order ,order
 168                                                :like ,like :filter ,filter
 169                                                :limit ,limit))))
 170           (when tuple
 171             (destructuring-bind ,eval-fields tuple
 172               ,@body)))
 173         `(let ((,value ,where-value)
 174                (,r '()))
 175            (dolist (tuple (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 176                                              :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 177                                              :order ,order :like ,like
 178                                              :filter ,filter :limit ,limit))
 179              (push (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body) ,r))
 180            (nreverse ,r)
 181            #+ignore
 182            (loop for tuple in
 183                  (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 184                                     :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 185                                     :order ,order :like ,like :filter ,filter
 186                                     :limit ,limit)
 187                collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body))))))
 188
 189 ;;;
 190 ;;; Read from SQL database
 191
 192 (defmacro ensure-cui-integer (cui)
 193   `(if (stringp ,cui)
 194     (setq ,cui (parse-cui ,cui))
 195     ,cui))
 196
 197 (defmacro ensure-lui-integer (lui)
 198   `(if (stringp ,lui)
 199     (setq ,lui (parse-lui ,lui))
 200     ,lui))
 201
 202 (defmacro ensure-sui-integer (sui)
 203   `(if (stringp ,sui)
 204     (setq ,sui (parse-sui ,sui))
 205     ,sui))
 206
 207 (defmacro ensure-aui-integer (aui)
 208   `(if (stringp ,aui)
 209     (setq ,aui (parse-aui ,aui))
 210     ,aui))
 211
 212 (defmacro ensure-rui-integer (rui)
 213   `(if (stringp ,rui)
 214     (setq ,rui (parse-rui ,rui))
 215     ,rui))
 216
 217 (defmacro ensure-tui-integer (tui)
 218   `(if (stringp ,tui)
 219     (setq ,tui (parse-tui ,tui))
 220     ,tui))
 221
 222 (defmacro ensure-eui-integer (eui)
 223   `(if (stringp ,eui)
 224     (setq ,eui (parse-eui ,eui))
 225     ,eui))
 226
 227 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 228   "Find ucon for a cui"
 229   (ensure-cui-integer cui)
 230   (unless cui (return-from find-ucon-cui nil))
 231
 232   (let ((tuple (car (mutex-sql-query
 233                      (format nil
 234                              "SELECT kcuilrl,str FROM MRCONSO WHERE CUI=~D AND KPFENG=1~A"
 235                              cui (if srl (format nil " AND SRL<=~D" srl) ""))))))
 236     (unless tuple
 237       (setq tuple (car (mutex-sql-query
 238                         (format nil
 239                                 "SELECT kcuilrl,str FROM MRCONSO WHERE CUI=~D"
 240                                 cui (if srl (format nil " AND SRL<=~D" srl) nil))))))
 241     (unless tuple
 242       (return-from find-ucon-cui nil))
 243     (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr (second tuple)
 244                    :lrl (ensure-integer (first tuple)))))
 245
 246 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 247   "Find ucon for a cui"
 248   (ensure-cui-integer cui)
 249   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :single t)
 250     (make-instance 'ucon :cui cui :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 251                    :pfstr nil)))
 252
 253 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 254   "Find preferred string for a cui"
 255   (ensure-cui-integer cui)
 256   (or
 257    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 258                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 259       str)
 260    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 261                                   :single t)
 262       str)))
 263
 264 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 265   "Find list of ucon for lui"
 266   (ensure-lui-integer lui)
 267   (unless lui (return-from find-ucon-lui nil))
 268   (or
 269    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 270                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 271       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 272                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))
 273    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 274                                   :single t)
 275       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 276                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 277
 278 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 279   "Find list of ucon for sui"
 280   (ensure-sui-integer sui)
 281   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl sui sui :distinct t)
 282     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 283                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 284
 285 (defun find-ucon-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 286   "Find list of ucon for aui"
 287   (ensure-aui-integer aui)
 288   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl aui aui :distinct t)
 289     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 290                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 291
 292 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 293   "Find ucon for cui/sui"
 294   (ensure-cui-integer cui)
 295   (ensure-sui-integer sui)
 296   (when (and cui sui)
 297     (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl kcuisui
 298                               (make-cuisui cui sui))
 299       (make-instance 'ucon :cui cui
 300                      :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 301                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 302
 303 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 304   "Find ucon that are exact match for str"
 305   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl str str :distinct t)
 306     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 307                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 308
 309 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 310   "Return list of all ucon's"
 311   (with-sql-connection (db)
 312     (clsql:map-query
 313      'list
 314      #'(lambda (tuple)
 315          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 316              (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 317                             :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 318                             :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 319      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil
 320                    :order (cui asc) :distinct t)
 321      :database db)))
 322
 323 (defun find-ucon-all2 (&key (srl *current-srl*))
 324   "Return list of all ucon's"
 325   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 326                             :distinct t)
 327     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 328                    :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 329                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 330
 331 (defun find-cui-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 332   "Return list of CUIs for all ucons"
 333   (collect-umlisp-query (mrconso (cui) srl nil nil :order (cui asc)
 334                                :distinct t)
 335                         cui))
 336
 337 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 338   "Map a function over all ucon's"
 339   (with-sql-connection (db)
 340     (clsql:map-query
 341      nil
 342      #'(lambda (tuple)
 343          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 344            (funcall fn (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 345                                       :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 346                                       :lrl (ensure-integer cuilrl)))))
 347      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 348                    :distinct t)
 349      :database db)))
 350
 351
 352 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 353   "Return a list of udefs for cui"
 354   (ensure-cui-integer cui)
 355   (collect-umlisp-query (mrdef (sab def suppress) srl cui cui :lrl "KSRL")
 356     (make-instance 'udef :sab sab :def def :suppress suppress)))
 357
 358 (defun find-udoc-key (key)
 359   "Return list of abbreviation documentation for a key"
 360   (collect-umlisp-query (mrdoc (value type expl) nil dockey key)
 361     (make-instance 'udoc :dockey key :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 362
 363 (defun find-udoc-value (value)
 364   "Return abbreviation documentation"
 365   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey type expl) nil value value)
 366     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 367
 368 (defun find-udoc-key-value (dockey value)
 369   (collect-umlisp-query (mrdoc (type expl) nil dockey dockey :filter (format nil "VALUE='~A'" value))
 370       (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 371
 372 (defun find-udoc-all ()
 373   "Return all abbreviation documentation"
 374   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey value type expl) nil nil nil)
 375     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 376
 377 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 378   "Return a list of usty for cui"
 379   (ensure-cui-integer cui)
 380   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui cui :lrl "KLRL")
 381     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 382
 383 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 384   "Return a list of usty that match word"
 385   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t
 386                             :distinct t)
 387     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 388
 389 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 390   "Return a list of urel for cui"
 391   (ensure-cui-integer cui)
 392   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 393                                srl cui1 cui :lrl "KSRL")
 394     (make-instance 'urel :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 395                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 396                    :rui (ensure-integer rui) :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 397                    :suppress suppress :cvf cvf :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 398
 399 (defun find-urel-rui (rui &key (srl *current-srl*))
 400   "Return the urel for a rui"
 401   (ensure-rui-integer rui)
 402   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 403                                srl rui rui :lrl "KSRL" :single t)
 404     (make-instance 'urel :cui1 cui1 :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 405                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 406                    :rui (ensure-integer rui) :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 407                    :suppress suppress :cvf cvf :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 408
 409 (defun find-cui2-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 410   "Return a list of urel for cui"
 411   (ensure-cui-integer cui)
 412   (collect-umlisp-query (mrrel (cui2) srl cui1
 413                                cui :lrl "KSRL")
 414                         cui2))
 415
 416 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 417   "Return a list of urel for cui2"
 418   (ensure-cui-integer cui2)
 419   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui1 aui1 stype1 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 420                                srl cui2 cui2 :lrl "KSRL")
 421     (make-instance 'urel :cui2 cui2 :rel rel :aui2 (ensure-integer aui2)
 422                    :stype2 stype2 :rui (ensure-integer rui) :srui srui
 423                    :stype1 stype1 :cui1 (ensure-integer cui1)
 424                    :aui1 (ensure-integer aui1)
 425                    :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir :suppress suppress :cvf cvf
 426                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 427
 428 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 429   (ensure-cui-integer cui2)
 430   (loop for cui in (remove-duplicates
 431                     (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))
 432         collect (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 433
 434 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 435   "Return a list of ucoc for cui"
 436   (ensure-cui-integer cui)
 437   (collect-umlisp-query (mrcoc (aui1 cui2 aui2 sab cot cof coa) srl cui1
 438                             cui :lrl klrl :order (cof asc))
 439     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 440     (when (eql 0 cui2) (setq cui2 nil))
 441     (make-instance 'ucoc :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1)
 442                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2)
 443                    :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa :sab sab
 444                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 445
 446 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 447   "Return a list of ucoc for cui2"
 448   (ensure-cui-integer cui2)
 449   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui1 aui1 aui2 sab cot cof coa) srl cui2
 450                             cui2 :lrl klrl :order (cof asc))
 451     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 452     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 cui2
 453                    :aui1 (ensure-integer aui1) :aui2 (ensure-integer aui2)
 454                    :sab sab :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 455                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 456
 457 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 458   "List of ucon with co-occurance cui2"
 459   (ensure-cui-integer cui2)
 460   (mapcar
 461    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 462    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 463
 464
 465 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 466   "Return a list of uterm for cui"
 467   (ensure-cui-integer cui)
 468   (collect-umlisp-query (mrconso (lui lat ts kluilrl) srl cui cui
 469                             :lrl kluilrl :distinct t)
 470     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui cui
 471                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 472
 473 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 474   "Return a list of uterm for lui"
 475   (ensure-lui-integer lui)
 476   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts kluilrl) srl lui lui
 477                              :lrl kluilrl :distinct t)
 478     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui lui
 479                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 480
 481 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 482   "Return single uterm for cui/lui"
 483   (ensure-cui-integer cui)
 484   (ensure-lui-integer lui)
 485   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 486                              (make-cuilui cui lui)
 487                              :lrl kluilrl :single t)
 488     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts
 489                    :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 490
 491 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 492   "Return a list of ustr for cui/lui"
 493   (ensure-cui-integer cui)
 494   (ensure-lui-integer lui)
 495   (collect-umlisp-query (mrconso (sui stt str suppress ksuilrl) srl kcuilui
 496                                  (make-cuilui cui lui) :lrl ksuilrl)
 497                 (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 498                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str :suppress suppress
 499                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 500
 501 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 502   "Return the single ustr for cuisui"
 503   (ensure-cui-integer cui)
 504   (ensure-sui-integer sui)
 505   (collect-umlisp-query (mrconso (lui stt str suppress ksuilrl) srl kcuisui
 506                             (make-cuisui cui sui) :lrl lsuilrl :single t)
 507     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 508                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :suppress suppress
 509                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 510
 511 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 512   "Return the list of ustr for sui"
 513   (ensure-sui-integer sui)
 514   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lui stt str suppress ksuilrl) srl sui sui
 515                             :lrl ksuilrl)
 516     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 517                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) sui)
 518                    :suppress suppress
 519                    :lui (ensure-integer lui) :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 520
 521 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 522   "Return the list of ustr for sab"
 523   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 524     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 525       (apply #'find-ustr-cuisui
 526              (append
 527               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui))
 528               (list :srl srl))))))
 529
 530 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 531   "Return list of all ustr's"
 532     (with-sql-connection (db)
 533       (clsql:map-query
 534        'list
 535        #'(lambda (tuple)
 536            (destructuring-bind (cui lui sui stt ksuilrl suppress) tuple
 537              (make-instance 'ustr :cui (ensure-integer cui)
 538                             :lui (ensure-integer lui) :sui (ensure-integer sui)
 539                             :stt stt :str (find-pfstr-cui cui)
 540                             :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui)
 541                                                  (ensure-integer sui))
 542                             :suppress suppress
 543                             :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 544        (query-string mrconso (cui lui sui stt ksuilrl) srl nil nil :lrl ksuilrl
 545                      :distinct t
 546                      :order (sui asc))
 547        :database db)))
 548
 549 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 550   "Return the string associated with sui"
 551   (ensure-sui-integer sui)
 552   (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl sui sui :lrl ksuilrl :single t)
 553     str))
 554
 555 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 556   (ensure-sui-integer sui)
 557   (ensure-cui-integer cui)
 558   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str)
 559                                  srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 560     (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 561                    :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 562                    :lat lat :str str)))
 563
 564 (defun find-uso-cui (cui &key (srl *current-srl*) (english-only nil) limit)
 565   (ensure-cui-integer cui)
 566   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str sui)
 567                                  srl cui cui :lrl srl :limit limit
 568                                  :filter (when english-only "LAT='ENG'"))
 569      (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 570                     :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 571                     :lat lat :str str)))
 572
 573 (defun find-uso-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 574   (ensure-sui-integer aui)
 575   (collect-umlisp-query (mrconso (sab cui sui code srl tty saui sdui scui lat str) srl aui
 576                                  aui :lrl srl :single t)
 577     (make-instance 'uso :aui aui :cui cui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 578                    :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 579                    :lat lat :str str)))
 580
 581 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 582   (ensure-cui-integer cui)
 583   (ensure-sui-integer sui)
 584   (collect-umlisp-query (mrcxt (sab rank code cxn cxl cxs cui2 hcd rela xc)
 585                             srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl ksrl)
 586                         (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 587                 :rank rank
 588                    :cxn (ensure-integer cxn) :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd
 589                    :rela rela :xc xc
 590                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 591
 592 (defun find-uhier-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 593   (ensure-cui-integer cui)
 594   (collect-umlisp-query (mrhier (aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 595                             srl cui cui :lrl ksrl)
 596     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 597                    :cxn (ensure-integer cxn)
 598                    :paui (ensure-integer paui)
 599                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 600
 601 (defun find-uhier-all (&key (srl *current-srl*))
 602   (collect-umlisp-query (mrhier (cui aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 603                             srl nil nil :lrl ksrl)
 604     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 605                    :cxn (ensure-integer cxn)
 606                    :paui (ensure-integer paui)
 607                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 608
 609 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 610   (ensure-cui-integer cui)
 611   (ensure-lui-integer lui)
 612   (ensure-sui-integer sui)
 613   (let ((ls "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where "))
 614     (cond
 615       (sui (string-append ls "KCUISUI='"
 616                           (integer-string (make-cuisui cui sui) 14)
 617                           "'"))
 618       (lui (string-append ls "KCUILUI='"
 619                           (integer-string (make-cuilui cui lui) 14)
 620                           "' and sui='0'"))
 621       (t (string-append ls "cui='" (prefixed-fixnum-string cui nil 7)
 622                         "' and lui='0' and sui='0'")))
 623     (when srl
 624       (string-append ls " and KSRL<=" (prefixed-fixnum-string srl nil 3)))
 625     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 626           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 627             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 628
 629 (defun find-usty-tui (tui)
 630   "Find usty for tui"
 631   (ensure-tui-integer tui)
 632   (collect-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui tui :single t)
 633     (make-instance 'usty :tui tui :sty sty)))
 634
 635 (defun find-usty-sty (sty)
 636   "Find usty for a sty"
 637   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 638     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 639
 640 (defun find-usty-all ()
 641   "Return list of usty's for all semantic types"
 642   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 643     (find-usty-tui tui)))
 644
 645 (defun find-usab-all ()
 646   "Return all usab objects"
 647   (collect-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart vend imeta
 648                                   rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat
 649                                   cenc curver sabin ssn scit) nil nil nil)
 650     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 651                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 652                    :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 653                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc  :srl (ensure-integer srl)
 654                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 655                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 656                    :curver curver :sabin sabin :ssn ssn :scit scit)))
 657
 658 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 659   "Find usab for a key"
 660   (collect-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart
 661                                        vend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty
 662                                        ttyl atnl lat cenc curver sabin
 663                                        ssn scit)
 664                                      nil key-name key :single t)
 665      (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 666                     :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 667                     :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 668                     :rmeta rmeta :slc slc :scc scc :srl (ensure-integer srl)
 669                     :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 670                     :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 671                     :curver curver :sabin sabin
 672                     :ssn ssn :scit scit)))
 673
 674 (defun find-usab-rsab (rsab)
 675   "Find usab for rsab"
 676   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 677
 678 (defun find-usab-vsab (vsab)
 679   "Find usab for vsab"
 680   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 681
 682 (defun find-cui-max ()
 683   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 684
 685 (defun find-umap-cui (cui)
 686   (ensure-cui-integer cui)
 687   (collect-umlisp-query (mrmap (mapsetsab mapsubsetid maprank fromid fromsid fromexpr
 688                                           fromtype fromrule fromres rel rela toid tosid
 689                                           toexpr totype torule tores maprule maptype
 690                                           mapatn mapatv cvf)
 691                                nil mapsetcui cui)
 692     (make-instance 'umap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab :mapsubsetid mapsubsetid
 693                    :maprank (ensure-integer maprank) :fromid fromid :fromsid fromsid
 694                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype :fromrule fromrule :fromres fromres
 695                    :rel rel :rela rela :toid toid :tosid tosid :toexpr toexpr :totype totype
 696                    :torule torule :tores tores :maprule maprule :maptype maptype :mapatn mapatn
 697                    :mapatv mapatv :cvf cvf)))
 698
 699 ;;;; Cross table find functions
 700
 701 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 702   "Find list of ucon for tui"
 703   (ensure-tui-integer tui)
 704   (collect-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui tui :lrl klrl :order (cui asc))
 705     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 706
 707 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 708   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 709   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 710                                      :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 711     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 712
 713 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 714   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 715   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 716                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 717     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 718
 719 (defun find-cui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 720   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 721   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 722                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 723                              cui))
 724
 725 (defun find-lui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 726   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 727   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(lui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 728                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 729                              lui))
 730
 731 (defun find-sui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 732   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 733   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(sui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 734                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 735                              sui))
 736
 737 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 738   "Return list of ustrs that match word"
 739   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 740                                :order (cui asc sui asc))
 741     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 742
 743 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 744   "Return list of ustrs that match word"
 745   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 746                                  :order (cui asc sui asc))
 747     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 748
 749 (defun find-uterm-word (word &key (srl *current-srl*))
 750   "Return list of uterms that match word"
 751   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui lui) srl wd word :lrl klrl
 752                                :order (cui asc lui asc))
 753     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 754
 755 (defun find-uterm-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 756   "Return list of uterms that match word"
 757   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui lui) srl nwd word :lrl klrl
 758                                  :order (cui asc lui asc))
 759     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 760
 761 (defun find-ucon-noneng-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 762   "Return list of ucons that match non-english word"
 763   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_noneng '(cui) srl 'wd word :like like
 764                                         :distinct t :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 765     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 766
 767 (defun find-ustr-noneng-word (word &key (srl *current-srl*))
 768   "Return list of ustrs that match non-english word"
 769   (collect-umlisp-query (mrxw_noneng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 770                                   :order (cui asc sui asc))
 771     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 772
 773 ;; Special tables
 774
 775 (defun find-usrl-all ()
 776   (collect-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 777     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 778
 779 ;;; Multiword lookup and score functions
 780
 781 (defun find-uobj-multiword (str obj-lookup-fun sort-fun key srl
 782                             only-exact-if-match limit)
 783   (let ((uobjs '()))
 784     (dolist (word (delimited-string-to-list str #\space))
 785       (setq uobjs (append uobjs (funcall obj-lookup-fun word :srl srl))))
 786     (let ((sorted
 787            (funcall sort-fun str
 788                     (delete-duplicates uobjs :test #'= :key key))))
 789       (let ((len (length sorted)))
 790         (cond
 791          ((zerop len)
 792           (return-from find-uobj-multiword nil))
 793          ((and only-exact-if-match (multiword-match str (pfstr (first sorted))))
 794           (first sorted))
 795          (limit
 796           (if (and (plusp limit) (> len limit))
 797               (subseq sorted 0 limit)
 798             limit))
 799          (t
 800           sorted))))))
 801
 802 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 803                                      (only-exact-if-match t)
 804                                      limit)
 805   (find-uobj-multiword str #'find-ucon-word #'sort-score-pfstr-str
 806                        #'cui srl only-exact-if-match limit))
 807
 808 (defun find-uterm-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 809                                       (only-exact-if-match t)
 810                                       limit)
 811   (find-uobj-multiword str #'find-uterm-word #'sort-score-pfstr-str
 812                        #'lui srl only-exact-if-match limit))
 813
 814 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 815                                      (only-exact-if-match t)
 816                                      limit)
 817   (find-uobj-multiword str #'find-ustr-word #'sort-score-ustr-str
 818                        #'sui srl only-exact-if-match limit))
 819
 820 (defun sort-score-pfstr-str (str uobjs)
 821   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 822   (sort-score-umlsclass-str uobjs str #'pfstr))
 823
 824 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 825   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 826   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 827
 828 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 829   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 830   (let ((scored '()))
 831     (dolist (obj objs)
 832       (push (list obj (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 833        scored))
 834     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 835
 836
 837 ;;; LEX SQL functions
 838
 839 (defun find-lexterm-eui (eui)
 840   (ensure-eui-integer eui)
 841   (collect-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 842     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 843
 844 (defun find-lexterm-word (wrd)
 845   (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 846     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 847                    :wrd (copy-seq wrd))))
 848
 849 ;; LEX SQL Read functions
 850
 851 (defun find-labr-eui (eui)
 852   (ensure-eui-integer eui)
 853   (collect-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 854     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 855                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 856
 857 (defun find-labr-bas (bas)
 858   (collect-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 859     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 860                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 861
 862 (defun find-lagr-eui (eui)
 863   (ensure-eui-integer eui)
 864   (collect-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 865     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 866                    :cit cit :bas bas)))
 867
 868 (defun find-lcmp-eui (eui)
 869   (ensure-eui-integer eui)
 870   (collect-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 871     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 872
 873 (defun find-lmod-eui (eui)
 874   (ensure-eui-integer eui)
 875   (collect-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
 876     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 877
 878 (defun find-lnom-eui (eui)
 879   (ensure-eui-integer eui)
 880   (collect-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
 881     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 882                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 883
 884 (defun find-lprn-eui (eui)
 885   (ensure-eui-integer eui)
 886   (collect-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
 887     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 888                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 889
 890 (defun find-lprp-eui (eui)
 891   (ensure-eui-integer eui)
 892   (collect-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
 893     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 894
 895 (defun find-lspl-eui (eui)
 896   (ensure-eui-integer eui)
 897   (collect-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
 898     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 899
 900 (defun find-ltrm-eui (eui)
 901   (ensure-eui-integer eui)
 902   (collect-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
 903     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 904
 905 (defun find-ltyp-eui (eui)
 906   (ensure-eui-integer eui)
 907   (collect-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
 908     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 909
 910 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 911   (make-instance 'lwd :wrd wrd
 912                  :euilist (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 913                                                 (ensure-integer eui))))
 914
 915 ;;; Semantic Network SQL access functions
 916
 917 (defun find-sdef-ui (ui)
 918   (collect-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 919                             nil ui ui :single t)
 920     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 921                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 922
 923 (defun find-sstre1-ui (ui)
 924   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
 925     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 926                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 927
 928 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 929   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
 930     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 931                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 932
 933 (defun find-sstr-rl (rl)
 934   (collect-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
 935     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 936
 937 (defun find-sstre2-sty (sty)
 938   (collect-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
 939     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 940
 941 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 942   (collect-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
 943     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 944
 945
 946 ;;; **************************
 947 ;;; Local Classes
 948 ;;; **************************
 949
 950
 951 (defun make-ustats ()
 952   (with-sql-connection (conn)
 953     (ignore-errors (sql-execute "drop table USTATS" conn))
 954     (sql-execute "create table USTATS (NAME varchar(160), COUNT bigint, SRL integer)" conn)
 955
 956     (dotimes (srl 5)
 957       (insert-ustats-count conn "Concept Count" "MRCONSO" "distinct CUI" "KCUILRL" srl)
 958       (insert-ustats-count conn "Term Count" "MRCONSO" "distinct KCUILUI" "KCUILRL" srl)
 959       (insert-ustats-count conn "Distinct Term Count" "MRCONSO" "distinct LUI" "KLUILRL" srl)
 960       (insert-ustats-count conn "String Count" "MRCONSO" "*" "KSUILRL" srl)
 961       (insert-ustats-count conn "Distinct String Count" "MRCONSO" "distinct SUI" "KSUILRL" srl)
 962       (insert-ustats-count conn "Hierarchcy" "MRHIER" "*" "KSRL" srl)
 963       (insert-ustats-count conn "Mappings" "MRMAP" "*" "KSRL" srl)
 964       (insert-ustats-count conn "Simple Mappings" "MRSMAP" "*" "KSRL" srl)
 965       (insert-ustats-count conn "Co-occuring Concept Count" "MRCOC" "*" "KLRL" srl)
 966       (insert-ustats-count conn "Definition Count" "MRDEF" "*" "KSRL" srl)
 967       (insert-ustats-count conn "Rank Count" "MRRANK" "*" "KSRL" srl)
 968       (insert-ustats-count conn "Relationship Count" "MRREL" "*" "KSRL" srl)
 969       (insert-ustats-count conn "Semantic Type Count" "MRSTY" "*" "KLRL" srl)
 970       (insert-ustats-count conn "Simple Attribute Count" "MRSAT" "*" "KSRL" srl)
 971       (insert-ustats-count conn "Source Abbreviation Count" "MRSAB" "*" "SRL" srl)
 972       (insert-ustats-count conn "Word Index Count" "MRXW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 973       (insert-ustats-count conn "Normalized Word Index Count" "MRXNW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 974       (insert-ustats-count conn "Normalized String Index Count" "MRXNS_ENG" "*" "KLRL" srl))
 975     (sql-execute "create index USTATS_SRL on USTATS (SRL)" conn))
 976   (find-ustats-all))
 977
 978 (defun insert-ustats-count (conn name table count-variable srl-control srl)
 979   (insert-ustats conn name (find-count-table conn table srl count-variable srl-control) srl))
 980
 981 (defun find-count-table (conn table srl count-variable srl-control)
 982   (cond
 983    ((stringp srl-control)
 984     (ensure-integer
 985      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a where ~a <= ~d"
 986                               count-variable table srl-control srl)
 987                       conn))))
 988    ((null srl-control)
 989     (ensure-integer
 990      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a"
 991                               count-variable table )
 992                       conn))))
 993    (t
 994     (error "Unknown srl-control")
 995     0)))
 996
 997 (defun insert-ustats (conn name count srl)
 998   (sql-execute (format nil "insert into USTATS (name,count,srl) values ('~a',~d,~d)"
 999                        name count (if srl srl 3))
1000                conn))
1001
1002 (defun find-ustats-all (&key (srl *current-srl*))
1003   (if srl
1004       (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil srl srl
1005                                     :order (name asc))
1006                             (make-instance 'ustats :name name
1007                                            :hits (ensure-integer count)
1008                                            :srl (ensure-integer srl)))
1009     (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil nil nil
1010                                   :order (name asc))
1011                           (make-instance 'ustats :name name
1012                                          :hits (ensure-integer count)
1013                                          :srl (ensure-integer srl)))))
1014
1015 (defun find-ustats-srl (srl)
1016   (collect-umlisp-query (ustats (name count) nil srl srl :order (name asc))
1017                            (make-instance 'ustats :name name :hits (ensure-integer count))))
1018
1019
1020
1021 (defun find-bsab-sab (sab)
1022  (collect-umlisp-query (bonus_sab (name count) nil sab sab :single t)
1023      (make-instance 'bsab :sab sab :name name :hits (ensure-integer count))))
1024
1025 (defun find-bsab-all ()
1026  (collect-umlisp-query (bonus_sab (sab name count) nil nil nil :order (sab asc))
1027      (make-instance 'bsab :sab sab :name name :hits (ensure-integer count))))
1028
1029 (defun find-btty-tty (tty)
1030  (collect-umlisp-query (bonus_tty (name count) nil tty tty :single t)
1031      (make-instance 'btty :tty tty :name name :hits (ensure-integer count))))
1032
1033 (defun find-btty-all ()
1034  (collect-umlisp-query (bonus_tty (tty name count) nil nil nil :order (tty asc))
1035   (make-instance 'btty :tty tty :name name :hits (ensure-integer count))))
1036
1037 (defun find-brel-rel (rel)
1038   (collect-umlisp-query (bonus_rel (sab sl rel rela count) nil rel rel)
1039     (make-instance 'brel :sab sab :sl sl :rel rel :rela rela
1040                     :hits (ensure-integer count))))