sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id$
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2006 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp)
  20
  21
  22 (defvar *current-srl* nil)
  23 (defun current-srl ()
  24   *current-srl*)
  25 (defun current-srl! (srl)
  26   (setq *current-srl* srl))
  27
  28 (defmacro query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  29                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit
  30                         filter)
  31   (let* ((%%fields (format nil "SELECT ~A~{~:@(~A~)~^,~} FROM ~:@(~A~)"
  32                            (if distinct "DISTINCT " "") fields table))
  33          (%%order (if order (format nil " ORDER BY ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  34                                     order)
  35                       ""))
  36          (%%lrl (format nil " AND ~:@(~A~)<=" lrl))
  37          (%%where (when where-name
  38                     (format nil " WHERE ~:@(~A~)~A" where-name
  39                           (if like " like " ""))))
  40          (%filter (gensym "FILTER-"))
  41          (%single (gensym "SINGLE-"))
  42          (%limit (gensym "LIMIT-")))
  43     `(let ((,%limit ,limit)
  44            (,%single ,single)
  45            (,%filter ,filter))
  46        (concatenate
  47         'string
  48         ,%%fields
  49         ,@(when %%where (list %%where))
  50         ,@(when %%where
  51             `((typecase ,where-value
  52                 #+ignore
  53                 (fixnum
  54                  (concatenate 'string "='" (prefixed-fixnum-string ,where-value #\0 10) "'"))
  55                 (number
  56                  (concatenate 'string "='" (write-to-string ,where-value) "'"))
  57                 (null
  58                  " IS NULL")
  59                 (t
  60                  (format nil ,(if like "'%~A%'" "='~A'") ,where-value)))))
  61         (if ,%filter (concatenate 'string
  62                                   ,(if %%where " AND " " WHERE ")
  63                                   ,%filter) "")
  64         (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  65         ,@(when %%order (list %%order))
  66         (cond
  67          ((and ,%single ,%limit)
  68           (error "Can't set single and limit"))
  69          (,%single
  70           " LIMIT 1")
  71          (,%limit
  72           (format nil " LIMIT ~D" ,%limit))
  73          (t
  74           ""))))))
  75
  76 (defun query-string-eval (table fields &optional srl where-name where-value
  77                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit filter)
  78   (when single (setq limit 1))
  79   (concatenate
  80    'string
  81    (format nil "SELECT ~A~{~:@(~A~)~^,~} FROM ~:@(~A~)"
  82            (if distinct "DISTINCT " "") fields table)
  83    (if where-name (format nil " WHERE ~:@(~A~)" where-name) "")
  84    (if where-name
  85        (format nil
  86                (typecase where-value
  87                  (number "='~D'")
  88                  (null " IS NULL")
  89                  (t
  90                   (if like " LINK '%~A%""='~A'")))
  91                where-value)
  92        "")
  93    (if filter (concatenate 'string " AND " filter) nil)
  94    (if srl (format nil " AND ~:@(~A~)<=~D" lrl srl) "")
  95    (if order (format nil " ORDER BY ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  96    (if limit (format nil " LIMIT ~D" limit) "")))
  97
  98
  99 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
 100                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
 101                      limit filter (query-cmd 'mutex-sql-query))
 102   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 103 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 104   `(,query-cmd
 105     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 106      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 107      :filter ,filter :limit ,limit)))
 108
 109 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
 110                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
 111                      filter limit)
 112   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 113 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 114   `(mutex-sql-query
 115     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 116      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 117      :filter ,filter :limit ,limit)))
 118
 119 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
 120 (defmacro collect-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
 121                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 122                                     order like (query-cmd 'mutex-sql-query)
 123                                     filter limit)
 124                                 &body body)
 125   (let ((value (gensym))
 126         (r (gensym)))
 127     (if single
 128         (if (and limit (> limit 1))
 129             (error "Can't set limit along with single.")
 130           `(let* ((,value ,where-value)
 131                   (tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 132                                             :lrl ,lrl :single ,single
 133                                             :distinct ,distinct :order ,order
 134                                             :like ,like :filter ,filter
 135                                             :query-cmd ,query-cmd))))
 136              ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 137              (when tuple
 138                (destructuring-bind ,fields tuple
 139                  ,@body))))
 140         `(let ((,value ,where-value))
 141            ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 142            (let ((,r '()))
 143              (dolist (tuple (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 144                                           :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 145                                           :order ,order :filter ,filter :like ,like
 146                                           :limit ,limit))
 147                (push (destructuring-bind ,fields tuple ,@body) ,r))
 148              (nreverse ,r))
 149            #+ignore
 150            (loop for tuple in
 151                  (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 152                                :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 153                                :order ,order :like ,like :filter ,filter :limit ,limit)
 154                collect (destructuring-bind ,fields tuple ,@body))))))
 155
 156 (defmacro collect-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
 157                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 158                                          order like filter limit)
 159                                   &body body)
 160   (let ((value (gensym))
 161         (r (gensym))
 162         (eval-fields (cadr fields)))
 163     (if single
 164         `(let* ((,value ,where-value)
 165                 (tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 166                                                :lrl ,lrl :single ,single
 167                                                :distinct ,distinct :order ,order
 168                                                :like ,like :filter ,filter
 169                                                :limit ,limit))))
 170           (when tuple
 171             (destructuring-bind ,eval-fields tuple
 172               ,@body)))
 173         `(let ((,value ,where-value)
 174                (,r '()))
 175            (dolist (tuple (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 176                                              :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 177                                              :order ,order :like ,like
 178                                              :filter ,filter :limit ,limit))
 179              (push (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body) ,r))
 180            (nreverse ,r)
 181            #+ignore
 182            (loop for tuple in
 183                  (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 184                                     :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 185                                     :order ,order :like ,like :filter ,filter
 186                                     :limit ,limit)
 187                collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body))))))
 188
 189 ;;;
 190 ;;; Read from SQL database
 191
 192 (defmacro ensure-cui-integer (cui)
 193   `(if (stringp ,cui)
 194     (setq ,cui (parse-cui ,cui))
 195     ,cui))
 196
 197 (defmacro ensure-lui-integer (lui)
 198   `(if (stringp ,lui)
 199     (setq ,lui (parse-lui ,lui))
 200     ,lui))
 201
 202 (defmacro ensure-sui-integer (sui)
 203   `(if (stringp ,sui)
 204     (setq ,sui (parse-sui ,sui))
 205     ,sui))
 206
 207 (defmacro ensure-aui-integer (aui)
 208   `(if (stringp ,aui)
 209     (setq ,aui (parse-aui ,aui))
 210     ,aui))
 211
 212 (defmacro ensure-rui-integer (rui)
 213   `(if (stringp ,rui)
 214     (setq ,rui (parse-rui ,rui))
 215     ,rui))
 216
 217 (defmacro ensure-tui-integer (tui)
 218   `(if (stringp ,tui)
 219     (setq ,tui (parse-tui ,tui))
 220     ,tui))
 221
 222 (defmacro ensure-eui-integer (eui)
 223   `(if (stringp ,eui)
 224     (setq ,eui (parse-eui ,eui))
 225     ,eui))
 226
 227 (defun make-ucon-cui (cui)
 228   (ensure-cui-integer cui)
 229   (when cui
 230     (make-instance 'ucon :cui cui)))
 231
 232 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*) without-pfstr)
 233   "Find ucon for a cui"
 234   (ensure-cui-integer cui)
 235   (unless cui (return-from find-ucon-cui nil))
 236
 237   (if without-pfstr
 238       (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :single t)
 239                             (make-instance 'ucon :cui cui :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 240                                            :pfstr nil)))
 241    (or
 242      (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl str) srl cui cui :single t :filter "KPFENG=1")
 243         (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr str
 244                        :lrl kcuilrl))
 245      (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl str) srl cui cui :single t)
 246         (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr str
 247                        :lrl kcuilrl))))
 248
 249 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 250   "Find preferred string for a cui"
 251   (ensure-cui-integer cui)
 252   (or
 253    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 254                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 255       str)
 256    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 257                                   :single t)
 258                          str)))
 259
 260 (defun find-lrl-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 261   "Find LRL for a cui"
 262   (ensure-cui-integer cui)
 263   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :distinct t :single t)
 264                         (ensure-integer kcuilrl)))
 265
 266 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 267   "Find list of ucon for lui"
 268   (ensure-lui-integer lui)
 269   (unless lui (return-from find-ucon-lui nil))
 270   (or
 271    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 272                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 273       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 274                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))
 275    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 276                                   :single t)
 277       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 278                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 279
 280 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 281   "Find list of ucon for sui"
 282   (ensure-sui-integer sui)
 283   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl sui sui :distinct t)
 284     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 285                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 286
 287 (defun find-ucon-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 288   "Find list of ucon for aui"
 289   (ensure-aui-integer aui)
 290   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl aui aui :distinct t)
 291     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 292                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 293
 294 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 295   "Find ucon for cui/sui"
 296   (ensure-cui-integer cui)
 297   (ensure-sui-integer sui)
 298   (when (and cui sui)
 299     (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl kcuisui
 300                               (make-cuisui cui sui))
 301       (make-instance 'ucon :cui cui
 302                      :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 303                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 304
 305 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 306   "Find ucon that are exact match for str"
 307   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl str str :distinct t)
 308     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 309                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 310
 311 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 312   "Return list of all ucon's"
 313   (with-sql-connection (db)
 314     (clsql:map-query
 315      'list
 316      #'(lambda (tuple)
 317          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 318              (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 319                             :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 320                             :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 321      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil
 322                    :order (cui asc) :distinct t)
 323      :database db)))
 324
 325 (defun find-ucon-all2 (&key (srl *current-srl*))
 326   "Return list of all ucon's"
 327   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 328                             :distinct t)
 329     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 330                    :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 331                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 332
 333 (defun find-cui-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 334   "Return list of CUIs for all ucons"
 335   (collect-umlisp-query (mrconso (cui) srl nil nil :order (cui asc)
 336                                :distinct t)
 337                         cui))
 338
 339 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 340   "Map a function over all ucon's"
 341   (with-sql-connection (db)
 342     (clsql:map-query
 343      nil
 344      #'(lambda (tuple)
 345          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 346            (funcall fn (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 347                                       :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 348                                       :lrl (ensure-integer cuilrl)))))
 349      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 350                    :distinct t)
 351      :database db)))
 352
 353
 354 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 355   "Return a list of udefs for cui"
 356   (ensure-cui-integer cui)
 357   (collect-umlisp-query (mrdef (sab def suppress) srl cui cui :lrl "KSRL")
 358     (make-instance 'udef :sab sab :def def :suppress suppress)))
 359
 360 (defun find-udoc-key (key)
 361   "Return list of abbreviation documentation for a key"
 362   (collect-umlisp-query (mrdoc (value type expl) nil dockey key)
 363     (make-instance 'udoc :dockey key :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 364
 365 (defun find-udoc-value (value)
 366   "Return abbreviation documentation"
 367   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey type expl) nil value value)
 368     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 369
 370 (defun find-udoc-key-value (dockey value)
 371   (collect-umlisp-query (mrdoc (type expl) nil dockey dockey :filter (format nil "VALUE='~A'" value))
 372       (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 373
 374 (defun find-udoc-all ()
 375   "Return all abbreviation documentation"
 376   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey value type expl) nil nil nil)
 377     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 378
 379 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 380   "Return a list of usty for cui"
 381   (ensure-cui-integer cui)
 382   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui cui :lrl "KLRL")
 383     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 384
 385 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 386   "Return a list of usty that match word"
 387   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t
 388                             :distinct t)
 389     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 390
 391 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*) filter without-pfstr2)
 392   "Return a list of urel for cui"
 393   (ensure-cui-integer cui)
 394   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 395                                srl cui1 cui :lrl "KSRL" :filter filter)
 396     (let ((rel
 397       (make-instance 'urel :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 398                      :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 399                      :rui (ensure-integer rui) :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 400                      :suppress suppress :cvf cvf)))
 401       (unless without-pfstr2
 402         (setf (slot-value rel 'pfstr2) (find-pfstr-cui cui2)))
 403       rel)))
 404
 405 (defun find-urel-rui (rui &key (srl *current-srl*))
 406   "Return the urel for a rui"
 407   (ensure-rui-integer rui)
 408   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 409                                srl rui rui :lrl "KSRL" :single t)
 410     (make-instance 'urel :cui1 cui1 :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 411                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 412                    :rui (ensure-integer rui) :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 413                    :suppress suppress :cvf cvf :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 414
 415 (defun find-cui2-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 416   "Return a list of urel for cui"
 417   (ensure-cui-integer cui)
 418   (collect-umlisp-query (mrrel (cui2) srl cui1
 419                                cui :lrl "KSRL")
 420                         cui2))
 421
 422 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 423   "Return a list of urel for cui2"
 424   (ensure-cui-integer cui2)
 425   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui1 aui1 stype1 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 426                                srl cui2 cui2 :lrl "KSRL")
 427     (make-instance 'urel :cui2 cui2 :rel rel :aui2 (ensure-integer aui2)
 428                    :stype2 stype2 :rui (ensure-integer rui) :srui srui
 429                    :stype1 stype1 :cui1 (ensure-integer cui1)
 430                    :aui1 (ensure-integer aui1)
 431                    :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir :suppress suppress :cvf cvf
 432                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 433
 434 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 435   (ensure-cui-integer cui2)
 436   (loop for cui in (remove-duplicates
 437                     (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))
 438         collect (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 439
 440 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 441   "Return a list of ucoc for cui"
 442   (ensure-cui-integer cui)
 443   (collect-umlisp-query (mrcoc (aui1 cui2 aui2 sab cot cof coa) srl cui1
 444                             cui :lrl klrl :order (cof asc))
 445     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 446     (when (eql 0 cui2) (setq cui2 nil))
 447     (make-instance 'ucoc :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1)
 448                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2)
 449                    :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa :sab sab
 450                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 451
 452 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 453   "Return a list of ucoc for cui2"
 454   (ensure-cui-integer cui2)
 455   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui1 aui1 aui2 sab cot cof coa) srl cui2
 456                             cui2 :lrl klrl :order (cof asc))
 457     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 458     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 cui2
 459                    :aui1 (ensure-integer aui1) :aui2 (ensure-integer aui2)
 460                    :sab sab :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 461                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 462
 463 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 464   "List of ucon with co-occurance cui2"
 465   (ensure-cui-integer cui2)
 466   (mapcar
 467    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 468    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 469
 470
 471 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 472   "Return a list of uterm for cui"
 473   (ensure-cui-integer cui)
 474   (collect-umlisp-query (mrconso (lui lat ts kluilrl) srl cui cui
 475                             :lrl kluilrl :distinct t)
 476     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui cui
 477                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 478
 479 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 480   "Return a list of uterm for lui"
 481   (ensure-lui-integer lui)
 482   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts kluilrl) srl lui lui
 483                              :lrl kluilrl :distinct t)
 484     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui lui
 485                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 486
 487 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 488   "Return single uterm for cui/lui"
 489   (ensure-cui-integer cui)
 490   (ensure-lui-integer lui)
 491   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 492                              (make-cuilui cui lui)
 493                              :lrl kluilrl :single t)
 494     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts
 495                    :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 496
 497 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 498   "Return a list of ustr for cui/lui"
 499   (ensure-cui-integer cui)
 500   (ensure-lui-integer lui)
 501   (collect-umlisp-query (mrconso (sui stt str suppress ksuilrl) srl kcuilui
 502                                  (make-cuilui cui lui) :lrl ksuilrl)
 503                 (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 504                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str :suppress suppress
 505                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 506
 507 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 508   "Return the single ustr for cuisui"
 509   (ensure-cui-integer cui)
 510   (ensure-sui-integer sui)
 511   (collect-umlisp-query (mrconso (lui stt str suppress ksuilrl) srl kcuisui
 512                             (make-cuisui cui sui) :lrl lsuilrl :single t)
 513     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 514                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :suppress suppress
 515                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 516
 517 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 518   "Return the list of ustr for sui"
 519   (ensure-sui-integer sui)
 520   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lui stt str suppress ksuilrl) srl sui sui
 521                             :lrl ksuilrl)
 522     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 523                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) sui)
 524                    :suppress suppress
 525                    :lui (ensure-integer lui) :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 526
 527 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 528   "Return the list of ustr for sab"
 529   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 530     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 531       (apply #'find-ustr-cuisui
 532              (append
 533               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui))
 534               (list :srl srl))))))
 535
 536 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 537   "Return list of all ustr's"
 538     (with-sql-connection (db)
 539       (clsql:map-query
 540        'list
 541        #'(lambda (tuple)
 542            (destructuring-bind (cui lui sui stt ksuilrl suppress) tuple
 543              (make-instance 'ustr :cui (ensure-integer cui)
 544                             :lui (ensure-integer lui) :sui (ensure-integer sui)
 545                             :stt stt :str (find-pfstr-cui cui)
 546                             :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui)
 547                                                  (ensure-integer sui))
 548                             :suppress suppress
 549                             :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 550        (query-string mrconso (cui lui sui stt ksuilrl) srl nil nil :lrl ksuilrl
 551                      :distinct t
 552                      :order (sui asc))
 553        :database db)))
 554
 555 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 556   "Return the string associated with sui"
 557   (ensure-sui-integer sui)
 558   (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl sui sui :lrl ksuilrl :single t)
 559     str))
 560
 561 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 562   (ensure-sui-integer sui)
 563   (ensure-cui-integer cui)
 564   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str)
 565                                  srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 566     (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 567                    :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 568                    :lat lat :str str)))
 569
 570 (defun find-uso-cui (cui &key (srl *current-srl*) (english-only nil) limit)
 571   (ensure-cui-integer cui)
 572   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str sui)
 573                                  srl cui cui :lrl srl :limit limit
 574                                  :filter (when english-only "LAT='ENG'"))
 575      (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 576                     :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 577                     :lat lat :str str)))
 578
 579 (defun find-uso-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 580   (ensure-sui-integer aui)
 581   (collect-umlisp-query (mrconso (sab cui sui code srl tty saui sdui scui lat
 582                                       str) srl aui aui :lrl srl :single t)
 583     (make-instance 'uso :aui aui :cui cui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 584                    :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui :lat lat
 585                    :str str)))
 586
 587 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 588   (ensure-cui-integer cui)
 589   (ensure-sui-integer sui)
 590   (collect-umlisp-query (mrcxt (sab rank code cxn cxl cxs cui2 hcd rela xc)
 591                             srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl ksrl)
 592                         (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 593                 :rank rank
 594                    :cxn (ensure-integer cxn) :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd
 595                    :rela rela :xc xc
 596                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 597
 598 (defun find-uhier-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 599   (ensure-cui-integer cui)
 600   (collect-umlisp-query (mrhier (aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 601                             srl cui cui :lrl ksrl)
 602     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 603                    :cxn (ensure-integer cxn)
 604                    :paui (ensure-integer paui)
 605                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 606
 607 (defun find-uhier-all (&key (srl *current-srl*))
 608   (collect-umlisp-query (mrhier (cui aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 609                             srl nil nil :lrl ksrl)
 610     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 611                    :cxn (ensure-integer cxn)
 612                    :paui (ensure-integer paui)
 613                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 614
 615 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 616   (ensure-cui-integer cui)
 617   (ensure-lui-integer lui)
 618   (ensure-sui-integer sui)
 619   (let ((ls "SELECT CODE,ATN,SAB,ATV FROM MRSAT WHERE "))
 620     (cond
 621       (sui (string-append ls "KCUISUI='"
 622                           (integer-string (make-cuisui cui sui) 14)
 623                           "'"))
 624       (lui (string-append ls "KCUILUI='"
 625                           (integer-string (make-cuilui cui lui) 14)
 626                           "' and sui='0'"))
 627       (t (string-append ls "cui='" (prefixed-fixnum-string cui nil 7)
 628                         "' and lui='0' and sui='0'")))
 629     (when srl
 630       (string-append ls " and KSRL<=" (prefixed-fixnum-string srl nil 3)))
 631     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 632           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 633             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 634
 635 (defun find-usty-tui (tui)
 636   "Find usty for tui"
 637   (ensure-tui-integer tui)
 638   (collect-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui tui :single t)
 639     (make-instance 'usty :tui tui :sty sty)))
 640
 641 (defun find-usty-sty (sty)
 642   "Find usty for a sty"
 643   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 644     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 645
 646 (defun find-usty-all ()
 647   "Return list of usty's for all semantic types"
 648   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 649     (find-usty-tui tui)))
 650
 651 (defun find-usab-all ()
 652   "Return all usab objects"
 653   (collect-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart vend imeta
 654                                   rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat
 655                                   cenc curver sabin ssn scit) nil nil nil)
 656     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 657                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 658                    :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 659                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc  :srl (ensure-integer srl)
 660                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 661                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 662                    :curver curver :sabin sabin :ssn ssn :scit scit)))
 663
 664 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 665   "Find usab for a key"
 666   (collect-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart
 667                                        vend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty
 668                                        ttyl atnl lat cenc curver sabin
 669                                        ssn scit)
 670                                      nil key-name key :single t)
 671      (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 672                     :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 673                     :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 674                     :rmeta rmeta :slc slc :scc scc :srl (ensure-integer srl)
 675                     :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 676                     :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 677                     :curver curver :sabin sabin
 678                     :ssn ssn :scit scit)))
 679
 680 (defun find-usab-rsab (rsab)
 681   "Find usab for rsab"
 682   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 683
 684 (defun find-usab-vsab (vsab)
 685   "Find usab for vsab"
 686   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 687
 688 (defun find-cui-max ()
 689   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 690
 691 (defun find-umap-cui (cui)
 692   (ensure-cui-integer cui)
 693   (collect-umlisp-query (mrmap (mapsetsab mapsubsetid maprank fromid fromsid fromexpr
 694                                           fromtype fromrule fromres rel rela toid tosid
 695                                           toexpr totype torule tores maprule maptype
 696                                           mapatn mapatv cvf)
 697                                nil mapsetcui cui)
 698     (make-instance 'umap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab :mapsubsetid mapsubsetid
 699                    :maprank (ensure-integer maprank) :fromid fromid :fromsid fromsid
 700                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype :fromrule fromrule :fromres fromres
 701                    :rel rel :rela rela :toid toid :tosid tosid :toexpr toexpr :totype totype
 702                    :torule torule :tores tores :maprule maprule :maptype maptype :mapatn mapatn
 703                    :mapatv mapatv :cvf cvf)))
 704
 705 (defun find-usmap-cui (cui)
 706   (ensure-cui-integer cui)
 707   (collect-umlisp-query (mrsmap (mapsetsab fromexpr fromtype rel rela toexpr totype cvf)
 708                                nil mapsetcui cui)
 709     (make-instance 'usmap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab
 710                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype
 711                    :rel rel :rela rela :toexpr toexpr :totype totype
 712                    :cvf cvf)))
 713
 714 ;;;; Cross table find functions
 715
 716 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 717   "Find list of ucon for tui"
 718   (ensure-tui-integer tui)
 719   (collect-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui tui :lrl klrl :order (cui asc))
 720     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 721
 722 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 723   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 724   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 725                                      :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 726     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 727
 728 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 729   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 730   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 731                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 732     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 733
 734 (defun find-cui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 735   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 736   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 737                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 738                              cui))
 739
 740 (defun find-lui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 741   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 742   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(lui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 743                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 744                              lui))
 745
 746 (defun find-sui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 747   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 748   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(sui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 749                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 750                              sui))
 751
 752 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 753   "Return list of ustrs that match word"
 754   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 755                                :order (cui asc sui asc))
 756     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 757
 758 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 759   "Return list of ustrs that match word"
 760   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 761                                  :order (cui asc sui asc))
 762     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 763
 764 (defun find-uterm-word (word &key (srl *current-srl*))
 765   "Return list of uterms that match word"
 766   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui lui) srl wd word :lrl klrl
 767                                :order (cui asc lui asc))
 768     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 769
 770 (defun find-uterm-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 771   "Return list of uterms that match word"
 772   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui lui) srl nwd word :lrl klrl
 773                                  :order (cui asc lui asc))
 774     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 775
 776 (defun find-ucon-noneng-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 777   "Return list of ucons that match non-english word"
 778   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_noneng '(cui) srl 'wd word :like like
 779                                         :distinct t :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 780     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 781
 782 (defun find-ustr-noneng-word (word &key (srl *current-srl*))
 783   "Return list of ustrs that match non-english word"
 784   (collect-umlisp-query (mrxw_noneng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 785                                   :order (cui asc sui asc))
 786     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 787
 788 ;; Special tables
 789
 790 (defun find-usrl-all ()
 791   (collect-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 792     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 793
 794 ;;; Multiword lookup and score functions
 795
 796 (defun find-uobj-multiword (str obj-lookup-fun sort-fun key srl
 797                             only-exact-if-match limit)
 798   (let ((uobjs '()))
 799     (dolist (word (delimited-string-to-list str #\space))
 800       (setq uobjs (append uobjs (funcall obj-lookup-fun word :srl srl))))
 801     (let ((sorted
 802            (funcall sort-fun str
 803                     (delete-duplicates uobjs :test #'= :key key))))
 804       (let ((len (length sorted)))
 805         (cond
 806          ((zerop len)
 807           (return-from find-uobj-multiword nil))
 808          ((and only-exact-if-match (multiword-match str (pfstr (first sorted))))
 809           (first sorted))
 810          (limit
 811           (if (and (plusp limit) (> len limit))
 812               (subseq sorted 0 limit)
 813             limit))
 814          (t
 815           sorted))))))
 816
 817 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 818                                      (only-exact-if-match t)
 819                                      limit)
 820   (find-uobj-multiword str #'find-ucon-word #'sort-score-pfstr-str
 821                        #'cui srl only-exact-if-match limit))
 822
 823 (defun find-uterm-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 824                                       (only-exact-if-match t)
 825                                       limit)
 826   (find-uobj-multiword str #'find-uterm-word #'sort-score-pfstr-str
 827                        #'lui srl only-exact-if-match limit))
 828
 829 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 830                                      (only-exact-if-match t)
 831                                      limit)
 832   (find-uobj-multiword str #'find-ustr-word #'sort-score-ustr-str
 833                        #'sui srl only-exact-if-match limit))
 834
 835 (defun sort-score-pfstr-str (str uobjs)
 836   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 837   (sort-score-umlsclass-str uobjs str #'pfstr))
 838
 839 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 840   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 841   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 842
 843 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 844   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 845   (let ((scored '()))
 846     (dolist (obj objs)
 847       (push (list obj (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 848        scored))
 849     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 850
 851
 852 ;;; LEX SQL functions
 853
 854 (defun find-lexterm-eui (eui)
 855   (ensure-eui-integer eui)
 856   (collect-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 857     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 858
 859 (defun find-lexterm-word (wrd)
 860   (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 861     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 862                    :wrd (copy-seq wrd))))
 863
 864 ;; LEX SQL Read functions
 865
 866 (defun find-labr-eui (eui)
 867   (ensure-eui-integer eui)
 868   (collect-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 869     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 870                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 871
 872 (defun find-labr-bas (bas)
 873   (collect-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 874     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 875                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 876
 877 (defun find-lagr-eui (eui)
 878   (ensure-eui-integer eui)
 879   (collect-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 880     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 881                    :cit cit :bas bas)))
 882
 883 (defun find-lcmp-eui (eui)
 884   (ensure-eui-integer eui)
 885   (collect-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 886     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 887
 888 (defun find-lmod-eui (eui)
 889   (ensure-eui-integer eui)
 890   (collect-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
 891     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 892
 893 (defun find-lnom-eui (eui)
 894   (ensure-eui-integer eui)
 895   (collect-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
 896     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 897                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 898
 899 (defun find-lprn-eui (eui)
 900   (ensure-eui-integer eui)
 901   (collect-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
 902     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 903                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 904
 905 (defun find-lprp-eui (eui)
 906   (ensure-eui-integer eui)
 907   (collect-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
 908     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 909
 910 (defun find-lspl-eui (eui)
 911   (ensure-eui-integer eui)
 912   (collect-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
 913     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 914
 915 (defun find-ltrm-eui (eui)
 916   (ensure-eui-integer eui)
 917   (collect-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
 918     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 919
 920 (defun find-ltyp-eui (eui)
 921   (ensure-eui-integer eui)
 922   (collect-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
 923     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 924
 925 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 926   (make-instance 'lwd :wrd wrd
 927                  :euilist (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 928                                                 (ensure-integer eui))))
 929
 930 ;;; Semantic Network SQL access functions
 931
 932 (defun find-sdef-ui (ui)
 933   (collect-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 934                             nil ui ui :single t)
 935     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 936                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 937
 938 (defun find-sstre1-ui (ui)
 939   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
 940     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 941                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 942
 943 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 944   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
 945     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 946                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 947
 948 (defun find-sstr-rl (rl)
 949   (collect-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
 950     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 951
 952 (defun find-sstre2-sty (sty)
 953   (collect-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
 954     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 955
 956 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 957   (collect-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
 958     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 959
 960
 961 ;;; **************************
 962 ;;; Local Classes
 963 ;;; **************************
 964
 965
 966 (defun make-ustats ()
 967   (with-sql-connection (conn)
 968     (ignore-errors (sql-execute "drop table USTATS" conn))
 969     (sql-execute "create table USTATS (NAME varchar(160), COUNT bigint, SRL integer)" conn)
 970
 971     (dotimes (srl 5)
 972       (insert-ustats-count conn "Concept Count" "MRCONSO" "distinct CUI" "KCUILRL" srl)
 973       (insert-ustats-count conn "Term Count" "MRCONSO" "distinct KCUILUI" "KCUILRL" srl)
 974       (insert-ustats-count conn "Distinct Term Count" "MRCONSO" "distinct LUI" "KLUILRL" srl)
 975       (insert-ustats-count conn "String Count" "MRCONSO" "*" "KSUILRL" srl)
 976       (insert-ustats-count conn "Distinct String Count" "MRCONSO" "distinct SUI" "KSUILRL" srl)
 977       (insert-ustats-count conn "Hierarchcy" "MRHIER" "*" "KSRL" srl)
 978       (insert-ustats-count conn "Mappings" "MRMAP" "*" "KSRL" srl)
 979       (insert-ustats-count conn "Simple Mappings" "MRSMAP" "*" "KSRL" srl)
 980       (insert-ustats-count conn "Co-occuring Concept Count" "MRCOC" "*" "KLRL" srl)
 981       (insert-ustats-count conn "Definition Count" "MRDEF" "*" "KSRL" srl)
 982       (insert-ustats-count conn "Rank Count" "MRRANK" "*" "KSRL" srl)
 983       (insert-ustats-count conn "Relationship Count" "MRREL" "*" "KSRL" srl)
 984       (insert-ustats-count conn "Semantic Type Count" "MRSTY" "*" "KLRL" srl)
 985       (insert-ustats-count conn "Simple Attribute Count" "MRSAT" "*" "KSRL" srl)
 986       (insert-ustats-count conn "Source Abbreviation Count" "MRSAB" "*" "SRL" srl)
 987       (insert-ustats-count conn "Word Index Count" "MRXW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 988       (insert-ustats-count conn "Normalized Word Index Count" "MRXNW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 989       (insert-ustats-count conn "Normalized String Index Count" "MRXNS_ENG" "*" "KLRL" srl))
 990     (sql-execute "create index USTATS_SRL on USTATS (SRL)" conn))
 991   (find-ustats-all))
 992
 993 (defun insert-ustats-count (conn name table count-variable srl-control srl)
 994   (insert-ustats conn name (find-count-table conn table srl count-variable srl-control) srl))
 995
 996 (defun find-count-table (conn table srl count-variable srl-control)
 997   (cond
 998    ((stringp srl-control)
 999     (ensure-integer
1000      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a where ~a <= ~d"
1001                               count-variable table srl-control srl)
1002                       conn))))
1003    ((null srl-control)
1004     (ensure-integer
1005      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a"
1006                               count-variable table )
1007                       conn))))
1008    (t
1009     (error "Unknown srl-control")
1010     0)))
1011
1012 (defun insert-ustats (conn name count srl)
1013   (sql-execute (format nil "insert into USTATS (name,count,srl) values ('~a',~d,~d)"
1014                        name count (if srl srl 3))
1015                conn))
1016
1017 (defun find-ustats-all (&key (srl *current-srl*))
1018   (if srl
1019       (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil srl srl
1020                                     :order (name asc))
1021                             (make-instance 'ustats :name name
1022                                            :hits (ensure-integer count)
1023                                            :srl (ensure-integer srl)))
1024     (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil nil nil
1025                                   :order (name asc))
1026                           (make-instance 'ustats :name name
1027                                          :hits (ensure-integer count)
1028                                          :srl (ensure-integer srl)))))
1029
1030 (defun find-ustats-srl (srl)
1031   (collect-umlisp-query (ustats (name count) nil srl srl :order (name asc))
1032                            (make-instance 'ustats :name name :hits (ensure-integer count))))
1033
1034
1035
1036 (defun find-bsab-sab (sab)
1037  (collect-umlisp-query (bonus_sab (name count) nil sab sab :single t)
1038      (make-instance 'bsab :sab sab :name name :hits (ensure-integer count))))
1039
1040 (defun find-bsab-all ()
1041  (collect-umlisp-query (bonus_sab (sab name count) nil nil nil :order (sab asc))
1042      (make-instance 'bsab :sab sab :name name :hits (ensure-integer count))))
1043
1044 (defun find-btty-tty (tty)
1045  (collect-umlisp-query (bonus_tty (name count) nil tty tty :single t)
1046      (make-instance 'btty :tty tty :name name :hits (ensure-integer count))))
1047
1048 (defun find-btty-all ()
1049  (collect-umlisp-query (bonus_tty (tty name count) nil nil nil :order (tty asc))
1050   (make-instance 'btty :tty tty :name name :hits (ensure-integer count))))
1051
1052 (defun find-brel-rel (rel)
1053   (collect-umlisp-query (bonus_rel (sab sl rel rela count) nil rel rel)
1054     (make-instance 'brel :sab sab :sl sl :rel rel :rela rela
1055                     :hits (ensure-integer count))))