sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id$
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2006 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp)
  20
  21
  22 (defvar *current-srl* nil)
  23 (defun current-srl ()
  24   *current-srl*)
  25 (defun current-srl! (srl)
  26   (setq *current-srl* srl))
  27
  28 (defmacro query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  29                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit
  30                         filter)
  31   (let* ((%%fields (format nil "SELECT ~A~{~:@(~A~)~^,~} FROM ~:@(~A~)"
  32                            (if distinct "DISTINCT " "") fields table))
  33          (%%order (if order (format nil " ORDER BY ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  34                                     order)
  35                       ""))
  36          (%%lrl (format nil " AND ~:@(~A~)<=" lrl))
  37          (%%where (when where-name
  38                     (format nil " where ~:@(~A~)~A" where-name
  39                           (if like " like " ""))))
  40          (%filter (gensym "FILTER-"))
  41          (%single (gensym "SINGLE-"))
  42          (%limit (gensym "LIMIT-")))
  43     `(let ((,%limit ,limit)
  44            (,%single ,single)
  45            (,%filter ,filter))
  46        (concatenate
  47         'string
  48         ,%%fields
  49         ,@(when %%where (list %%where))
  50         ,@(when %%where
  51             `((typecase ,where-value
  52                 #+ignore
  53                 (fixnum
  54                  (concatenate 'string "='" (prefixed-fixnum-string ,where-value #\0 10) "'"))
  55                 (number
  56                  (concatenate 'string "='" (write-to-string ,where-value) "'"))
  57                 (null
  58                  " is null")
  59                 (t
  60                  (format nil ,(if like "'%~A%'" "='~A'") ,where-value)))))
  61         (if ,%filter (concatenate 'string
  62                                   ,(if %%where " AND " " WHERE ")
  63                                   ,%filter) "")
  64         (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  65         ,@(when %%order (list %%order))
  66         (cond
  67          ((and ,%single ,%limit)
  68           (error "Can't set single and limit"))
  69          (,%single
  70           " LIMIT 1")
  71          (,%limit
  72           (format nil " LIMIT ~D" ,%limit))
  73          (t
  74           ""))))))
  75
  76 (defun query-string-eval (table fields &optional srl where-name where-value
  77                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit filter)
  78   (when single (setq limit 1))
  79   (concatenate
  80    'string
  81    (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  82            (if distinct "distinct " "") fields table)
  83    (if where-name (format nil " where ~:@(~A~)" where-name) "")
  84    (if where-name
  85        (format nil
  86                (typecase where-value
  87                  (number "='~D'")
  88                  (null " is null")
  89                  (t
  90                   (if like " like '%~A%""='~A'")))
  91                where-value)
  92        "")
  93    (if filter (concatenate 'string " AND " filter) nil)
  94    (if srl (format nil " and ~:@(~A~)<=~D" lrl srl) "")
  95    (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  96    (if limit (format nil " limit ~D" limit) "")))
  97
  98
  99 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
 100                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
 101                      limit filter (query-cmd 'mutex-sql-query))
 102   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 103 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 104   `(,query-cmd
 105     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 106      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 107      :filter ,filter :limit ,limit)))
 108
 109 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
 110                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
 111                      filter limit)
 112   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 113 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 114   `(mutex-sql-query
 115     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 116      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 117      :filter ,filter :limit ,limit)))
 118
 119 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
 120 (defmacro collect-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
 121                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 122                                     order like (query-cmd 'mutex-sql-query)
 123                                     filter limit)
 124                                 &body body)
 125   (let ((value (gensym))
 126         (r (gensym)))
 127     (if single
 128         (if (and limit (> limit 1))
 129             (error "Can't set limit along with single.")
 130           `(let* ((,value ,where-value)
 131                   (tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 132                                             :lrl ,lrl :single ,single
 133                                             :distinct ,distinct :order ,order
 134                                             :like ,like :filter ,filter
 135                                             :query-cmd ,query-cmd))))
 136              ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 137              (when tuple
 138                (destructuring-bind ,fields tuple
 139                  ,@body))))
 140         `(let ((,value ,where-value))
 141            ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 142            (let ((,r '()))
 143              (dolist (tuple (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 144                                           :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 145                                           :order ,order :filter ,filter :like ,like
 146                                           :limit ,limit))
 147                (push (destructuring-bind ,fields tuple ,@body) ,r))
 148              (nreverse ,r))
 149            #+ignore
 150            (loop for tuple in
 151                  (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 152                                :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 153                                :order ,order :like ,like :filter ,filter :limit ,limit)
 154                collect (destructuring-bind ,fields tuple ,@body))))))
 155
 156 (defmacro collect-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
 157                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 158                                          order like filter limit)
 159                                   &body body)
 160   (let ((value (gensym))
 161         (r (gensym))
 162         (eval-fields (cadr fields)))
 163     (if single
 164         `(let* ((,value ,where-value)
 165                 (tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 166                                                :lrl ,lrl :single ,single
 167                                                :distinct ,distinct :order ,order
 168                                                :like ,like :filter ,filter
 169                                                :limit ,limit))))
 170           (when tuple
 171             (destructuring-bind ,eval-fields tuple
 172               ,@body)))
 173         `(let ((,value ,where-value)
 174                (,r '()))
 175            (dolist (tuple (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 176                                              :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 177                                              :order ,order :like ,like
 178                                              :filter ,filter :limit ,limit))
 179              (push (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body) ,r))
 180            (nreverse ,r)
 181            #+ignore
 182            (loop for tuple in
 183                  (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 184                                     :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 185                                     :order ,order :like ,like :filter ,filter
 186                                     :limit ,limit)
 187                collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body))))))
 188
 189 ;;;
 190 ;;; Read from SQL database
 191
 192 (defmacro ensure-cui-integer (cui)
 193   `(if (stringp ,cui)
 194     (setq ,cui (parse-cui ,cui))
 195     ,cui))
 196
 197 (defmacro ensure-lui-integer (lui)
 198   `(if (stringp ,lui)
 199     (setq ,lui (parse-lui ,lui))
 200     ,lui))
 201
 202 (defmacro ensure-sui-integer (sui)
 203   `(if (stringp ,sui)
 204     (setq ,sui (parse-sui ,sui))
 205     ,sui))
 206
 207 (defmacro ensure-aui-integer (aui)
 208   `(if (stringp ,aui)
 209     (setq ,aui (parse-aui ,aui))
 210     ,aui))
 211
 212 (defmacro ensure-rui-integer (rui)
 213   `(if (stringp ,rui)
 214     (setq ,rui (parse-rui ,rui))
 215     ,rui))
 216
 217 (defmacro ensure-tui-integer (tui)
 218   `(if (stringp ,tui)
 219     (setq ,tui (parse-tui ,tui))
 220     ,tui))
 221
 222 (defmacro ensure-eui-integer (eui)
 223   `(if (stringp ,eui)
 224     (setq ,eui (parse-eui ,eui))
 225     ,eui))
 226
 227 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 228   "Find ucon for a cui"
 229   (ensure-cui-integer cui)
 230   (unless cui (return-from find-ucon-cui nil))
 231
 232   (or
 233    (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl str) srl cui cui :single t :filter "KPFENG=1")
 234     (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr str
 235                    :lrl kcuilrl))
 236    (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl str) srl cui cui :single t)
 237     (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr str
 238                    :lrl kcuilrl))))
 239
 240 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 241   "Find ucon for a cui"
 242   (ensure-cui-integer cui)
 243   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :single t)
 244     (make-instance 'ucon :cui cui :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 245                    :pfstr nil)))
 246
 247 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 248   "Find preferred string for a cui"
 249   (ensure-cui-integer cui)
 250   (or
 251    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 252                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 253       str)
 254    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 255                                   :single t)
 256       str)))
 257
 258 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 259   "Find list of ucon for lui"
 260   (ensure-lui-integer lui)
 261   (unless lui (return-from find-ucon-lui nil))
 262   (or
 263    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 264                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 265       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 266                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))
 267    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 268                                   :single t)
 269       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 270                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 271
 272 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 273   "Find list of ucon for sui"
 274   (ensure-sui-integer sui)
 275   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl sui sui :distinct t)
 276     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 277                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 278
 279 (defun find-ucon-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 280   "Find list of ucon for aui"
 281   (ensure-aui-integer aui)
 282   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl aui aui :distinct t)
 283     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 284                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 285
 286 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 287   "Find ucon for cui/sui"
 288   (ensure-cui-integer cui)
 289   (ensure-sui-integer sui)
 290   (when (and cui sui)
 291     (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl kcuisui
 292                               (make-cuisui cui sui))
 293       (make-instance 'ucon :cui cui
 294                      :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 295                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 296
 297 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 298   "Find ucon that are exact match for str"
 299   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl str str :distinct t)
 300     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 301                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 302
 303 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 304   "Return list of all ucon's"
 305   (with-sql-connection (db)
 306     (clsql:map-query
 307      'list
 308      #'(lambda (tuple)
 309          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 310              (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 311                             :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 312                             :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 313      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil
 314                    :order (cui asc) :distinct t)
 315      :database db)))
 316
 317 (defun find-ucon-all2 (&key (srl *current-srl*))
 318   "Return list of all ucon's"
 319   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 320                             :distinct t)
 321     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 322                    :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 323                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 324
 325 (defun find-cui-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 326   "Return list of CUIs for all ucons"
 327   (collect-umlisp-query (mrconso (cui) srl nil nil :order (cui asc)
 328                                :distinct t)
 329                         cui))
 330
 331 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 332   "Map a function over all ucon's"
 333   (with-sql-connection (db)
 334     (clsql:map-query
 335      nil
 336      #'(lambda (tuple)
 337          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 338            (funcall fn (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 339                                       :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 340                                       :lrl (ensure-integer cuilrl)))))
 341      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 342                    :distinct t)
 343      :database db)))
 344
 345
 346 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 347   "Return a list of udefs for cui"
 348   (ensure-cui-integer cui)
 349   (collect-umlisp-query (mrdef (sab def suppress) srl cui cui :lrl "KSRL")
 350     (make-instance 'udef :sab sab :def def :suppress suppress)))
 351
 352 (defun find-udoc-key (key)
 353   "Return list of abbreviation documentation for a key"
 354   (collect-umlisp-query (mrdoc (value type expl) nil dockey key)
 355     (make-instance 'udoc :dockey key :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 356
 357 (defun find-udoc-value (value)
 358   "Return abbreviation documentation"
 359   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey type expl) nil value value)
 360     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 361
 362 (defun find-udoc-key-value (dockey value)
 363   (collect-umlisp-query (mrdoc (type expl) nil dockey dockey :filter (format nil "VALUE='~A'" value))
 364       (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 365
 366 (defun find-udoc-all ()
 367   "Return all abbreviation documentation"
 368   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey value type expl) nil nil nil)
 369     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 370
 371 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 372   "Return a list of usty for cui"
 373   (ensure-cui-integer cui)
 374   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui cui :lrl "KLRL")
 375     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 376
 377 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 378   "Return a list of usty that match word"
 379   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t
 380                             :distinct t)
 381     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 382
 383 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 384   "Return a list of urel for cui"
 385   (ensure-cui-integer cui)
 386   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 387                                srl cui1 cui :lrl "KSRL")
 388     (make-instance 'urel :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 389                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 390                    :rui (ensure-integer rui) :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 391                    :suppress suppress :cvf cvf :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 392
 393 (defun find-urel-rui (rui &key (srl *current-srl*))
 394   "Return the urel for a rui"
 395   (ensure-rui-integer rui)
 396   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 397                                srl rui rui :lrl "KSRL" :single t)
 398     (make-instance 'urel :cui1 cui1 :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 399                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 400                    :rui (ensure-integer rui) :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 401                    :suppress suppress :cvf cvf :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 402
 403 (defun find-cui2-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 404   "Return a list of urel for cui"
 405   (ensure-cui-integer cui)
 406   (collect-umlisp-query (mrrel (cui2) srl cui1
 407                                cui :lrl "KSRL")
 408                         cui2))
 409
 410 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 411   "Return a list of urel for cui2"
 412   (ensure-cui-integer cui2)
 413   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui1 aui1 stype1 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 414                                srl cui2 cui2 :lrl "KSRL")
 415     (make-instance 'urel :cui2 cui2 :rel rel :aui2 (ensure-integer aui2)
 416                    :stype2 stype2 :rui (ensure-integer rui) :srui srui
 417                    :stype1 stype1 :cui1 (ensure-integer cui1)
 418                    :aui1 (ensure-integer aui1)
 419                    :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir :suppress suppress :cvf cvf
 420                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 421
 422 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 423   (ensure-cui-integer cui2)
 424   (loop for cui in (remove-duplicates
 425                     (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))
 426         collect (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 427
 428 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 429   "Return a list of ucoc for cui"
 430   (ensure-cui-integer cui)
 431   (collect-umlisp-query (mrcoc (aui1 cui2 aui2 sab cot cof coa) srl cui1
 432                             cui :lrl klrl :order (cof asc))
 433     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 434     (when (eql 0 cui2) (setq cui2 nil))
 435     (make-instance 'ucoc :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1)
 436                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2)
 437                    :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa :sab sab
 438                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 439
 440 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 441   "Return a list of ucoc for cui2"
 442   (ensure-cui-integer cui2)
 443   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui1 aui1 aui2 sab cot cof coa) srl cui2
 444                             cui2 :lrl klrl :order (cof asc))
 445     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 446     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 cui2
 447                    :aui1 (ensure-integer aui1) :aui2 (ensure-integer aui2)
 448                    :sab sab :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 449                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 450
 451 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 452   "List of ucon with co-occurance cui2"
 453   (ensure-cui-integer cui2)
 454   (mapcar
 455    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 456    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 457
 458
 459 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 460   "Return a list of uterm for cui"
 461   (ensure-cui-integer cui)
 462   (collect-umlisp-query (mrconso (lui lat ts kluilrl) srl cui cui
 463                             :lrl kluilrl :distinct t)
 464     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui cui
 465                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 466
 467 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 468   "Return a list of uterm for lui"
 469   (ensure-lui-integer lui)
 470   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts kluilrl) srl lui lui
 471                              :lrl kluilrl :distinct t)
 472     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui lui
 473                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 474
 475 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 476   "Return single uterm for cui/lui"
 477   (ensure-cui-integer cui)
 478   (ensure-lui-integer lui)
 479   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 480                              (make-cuilui cui lui)
 481                              :lrl kluilrl :single t)
 482     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts
 483                    :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 484
 485 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 486   "Return a list of ustr for cui/lui"
 487   (ensure-cui-integer cui)
 488   (ensure-lui-integer lui)
 489   (collect-umlisp-query (mrconso (sui stt str suppress ksuilrl) srl kcuilui
 490                                  (make-cuilui cui lui) :lrl ksuilrl)
 491                 (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 492                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str :suppress suppress
 493                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 494
 495 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 496   "Return the single ustr for cuisui"
 497   (ensure-cui-integer cui)
 498   (ensure-sui-integer sui)
 499   (collect-umlisp-query (mrconso (lui stt str suppress ksuilrl) srl kcuisui
 500                             (make-cuisui cui sui) :lrl lsuilrl :single t)
 501     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 502                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :suppress suppress
 503                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 504
 505 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 506   "Return the list of ustr for sui"
 507   (ensure-sui-integer sui)
 508   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lui stt str suppress ksuilrl) srl sui sui
 509                             :lrl ksuilrl)
 510     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 511                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) sui)
 512                    :suppress suppress
 513                    :lui (ensure-integer lui) :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 514
 515 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 516   "Return the list of ustr for sab"
 517   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 518     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 519       (apply #'find-ustr-cuisui
 520              (append
 521               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui))
 522               (list :srl srl))))))
 523
 524 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 525   "Return list of all ustr's"
 526     (with-sql-connection (db)
 527       (clsql:map-query
 528        'list
 529        #'(lambda (tuple)
 530            (destructuring-bind (cui lui sui stt ksuilrl suppress) tuple
 531              (make-instance 'ustr :cui (ensure-integer cui)
 532                             :lui (ensure-integer lui) :sui (ensure-integer sui)
 533                             :stt stt :str (find-pfstr-cui cui)
 534                             :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui)
 535                                                  (ensure-integer sui))
 536                             :suppress suppress
 537                             :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 538        (query-string mrconso (cui lui sui stt ksuilrl) srl nil nil :lrl ksuilrl
 539                      :distinct t
 540                      :order (sui asc))
 541        :database db)))
 542
 543 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 544   "Return the string associated with sui"
 545   (ensure-sui-integer sui)
 546   (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl sui sui :lrl ksuilrl :single t)
 547     str))
 548
 549 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 550   (ensure-sui-integer sui)
 551   (ensure-cui-integer cui)
 552   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str)
 553                                  srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 554     (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 555                    :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 556                    :lat lat :str str)))
 557
 558 (defun find-uso-cui (cui &key (srl *current-srl*) (english-only nil) limit)
 559   (ensure-cui-integer cui)
 560   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str sui)
 561                                  srl cui cui :lrl srl :limit limit
 562                                  :filter (when english-only "LAT='ENG'"))
 563      (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 564                     :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 565                     :lat lat :str str)))
 566
 567 (defun find-uso-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 568   (ensure-sui-integer aui)
 569   (collect-umlisp-query (mrconso (sab cui sui code srl tty saui sdui scui lat
 570                                       str) srl aui aui :lrl srl :single t)
 571     (make-instance 'uso :aui aui :cui cui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 572                    :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui :lat lat
 573                    :str str)))
 574
 575 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 576   (ensure-cui-integer cui)
 577   (ensure-sui-integer sui)
 578   (collect-umlisp-query (mrcxt (sab rank code cxn cxl cxs cui2 hcd rela xc)
 579                             srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl ksrl)
 580                         (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 581                 :rank rank
 582                    :cxn (ensure-integer cxn) :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd
 583                    :rela rela :xc xc
 584                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 585
 586 (defun find-uhier-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 587   (ensure-cui-integer cui)
 588   (collect-umlisp-query (mrhier (aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 589                             srl cui cui :lrl ksrl)
 590     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 591                    :cxn (ensure-integer cxn)
 592                    :paui (ensure-integer paui)
 593                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 594
 595 (defun find-uhier-all (&key (srl *current-srl*))
 596   (collect-umlisp-query (mrhier (cui aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 597                             srl nil nil :lrl ksrl)
 598     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 599                    :cxn (ensure-integer cxn)
 600                    :paui (ensure-integer paui)
 601                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 602
 603 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 604   (ensure-cui-integer cui)
 605   (ensure-lui-integer lui)
 606   (ensure-sui-integer sui)
 607   (let ((ls "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where "))
 608     (cond
 609       (sui (string-append ls "KCUISUI='"
 610                           (integer-string (make-cuisui cui sui) 14)
 611                           "'"))
 612       (lui (string-append ls "KCUILUI='"
 613                           (integer-string (make-cuilui cui lui) 14)
 614                           "' and sui='0'"))
 615       (t (string-append ls "cui='" (prefixed-fixnum-string cui nil 7)
 616                         "' and lui='0' and sui='0'")))
 617     (when srl
 618       (string-append ls " and KSRL<=" (prefixed-fixnum-string srl nil 3)))
 619     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 620           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 621             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 622
 623 (defun find-usty-tui (tui)
 624   "Find usty for tui"
 625   (ensure-tui-integer tui)
 626   (collect-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui tui :single t)
 627     (make-instance 'usty :tui tui :sty sty)))
 628
 629 (defun find-usty-sty (sty)
 630   "Find usty for a sty"
 631   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 632     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 633
 634 (defun find-usty-all ()
 635   "Return list of usty's for all semantic types"
 636   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 637     (find-usty-tui tui)))
 638
 639 (defun find-usab-all ()
 640   "Return all usab objects"
 641   (collect-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart vend imeta
 642                                   rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat
 643                                   cenc curver sabin ssn scit) nil nil nil)
 644     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 645                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 646                    :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 647                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc  :srl (ensure-integer srl)
 648                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 649                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 650                    :curver curver :sabin sabin :ssn ssn :scit scit)))
 651
 652 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 653   "Find usab for a key"
 654   (collect-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart
 655                                        vend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty
 656                                        ttyl atnl lat cenc curver sabin
 657                                        ssn scit)
 658                                      nil key-name key :single t)
 659      (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 660                     :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 661                     :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 662                     :rmeta rmeta :slc slc :scc scc :srl (ensure-integer srl)
 663                     :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 664                     :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 665                     :curver curver :sabin sabin
 666                     :ssn ssn :scit scit)))
 667
 668 (defun find-usab-rsab (rsab)
 669   "Find usab for rsab"
 670   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 671
 672 (defun find-usab-vsab (vsab)
 673   "Find usab for vsab"
 674   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 675
 676 (defun find-cui-max ()
 677   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 678
 679 (defun find-umap-cui (cui)
 680   (ensure-cui-integer cui)
 681   (collect-umlisp-query (mrmap (mapsetsab mapsubsetid maprank fromid fromsid fromexpr
 682                                           fromtype fromrule fromres rel rela toid tosid
 683                                           toexpr totype torule tores maprule maptype
 684                                           mapatn mapatv cvf)
 685                                nil mapsetcui cui)
 686     (make-instance 'umap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab :mapsubsetid mapsubsetid
 687                    :maprank (ensure-integer maprank) :fromid fromid :fromsid fromsid
 688                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype :fromrule fromrule :fromres fromres
 689                    :rel rel :rela rela :toid toid :tosid tosid :toexpr toexpr :totype totype
 690                    :torule torule :tores tores :maprule maprule :maptype maptype :mapatn mapatn
 691                    :mapatv mapatv :cvf cvf)))
 692
 693 (defun find-usmap-cui (cui)
 694   (ensure-cui-integer cui)
 695   (collect-umlisp-query (mrsmap (mapsetsab fromexpr fromtype rel rela toexpr totype cvf)
 696                                nil mapsetcui cui)
 697     (make-instance 'usmap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab
 698                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype
 699                    :rel rel :rela rela :toexpr toexpr :totype totype
 700                    :cvf cvf)))
 701
 702 ;;;; Cross table find functions
 703
 704 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 705   "Find list of ucon for tui"
 706   (ensure-tui-integer tui)
 707   (collect-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui tui :lrl klrl :order (cui asc))
 708     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 709
 710 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 711   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 712   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 713                                      :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 714     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 715
 716 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 717   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 718   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 719                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 720     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 721
 722 (defun find-cui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 723   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 724   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 725                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 726                              cui))
 727
 728 (defun find-lui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 729   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 730   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(lui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 731                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 732                              lui))
 733
 734 (defun find-sui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 735   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 736   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(sui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 737                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 738                              sui))
 739
 740 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 741   "Return list of ustrs that match word"
 742   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 743                                :order (cui asc sui asc))
 744     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 745
 746 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 747   "Return list of ustrs that match word"
 748   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 749                                  :order (cui asc sui asc))
 750     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 751
 752 (defun find-uterm-word (word &key (srl *current-srl*))
 753   "Return list of uterms that match word"
 754   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui lui) srl wd word :lrl klrl
 755                                :order (cui asc lui asc))
 756     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 757
 758 (defun find-uterm-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 759   "Return list of uterms that match word"
 760   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui lui) srl nwd word :lrl klrl
 761                                  :order (cui asc lui asc))
 762     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 763
 764 (defun find-ucon-noneng-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 765   "Return list of ucons that match non-english word"
 766   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_noneng '(cui) srl 'wd word :like like
 767                                         :distinct t :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 768     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 769
 770 (defun find-ustr-noneng-word (word &key (srl *current-srl*))
 771   "Return list of ustrs that match non-english word"
 772   (collect-umlisp-query (mrxw_noneng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 773                                   :order (cui asc sui asc))
 774     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 775
 776 ;; Special tables
 777
 778 (defun find-usrl-all ()
 779   (collect-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 780     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 781
 782 ;;; Multiword lookup and score functions
 783
 784 (defun find-uobj-multiword (str obj-lookup-fun sort-fun key srl
 785                             only-exact-if-match limit)
 786   (let ((uobjs '()))
 787     (dolist (word (delimited-string-to-list str #\space))
 788       (setq uobjs (append uobjs (funcall obj-lookup-fun word :srl srl))))
 789     (let ((sorted
 790            (funcall sort-fun str
 791                     (delete-duplicates uobjs :test #'= :key key))))
 792       (let ((len (length sorted)))
 793         (cond
 794          ((zerop len)
 795           (return-from find-uobj-multiword nil))
 796          ((and only-exact-if-match (multiword-match str (pfstr (first sorted))))
 797           (first sorted))
 798          (limit
 799           (if (and (plusp limit) (> len limit))
 800               (subseq sorted 0 limit)
 801             limit))
 802          (t
 803           sorted))))))
 804
 805 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 806                                      (only-exact-if-match t)
 807                                      limit)
 808   (find-uobj-multiword str #'find-ucon-word #'sort-score-pfstr-str
 809                        #'cui srl only-exact-if-match limit))
 810
 811 (defun find-uterm-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 812                                       (only-exact-if-match t)
 813                                       limit)
 814   (find-uobj-multiword str #'find-uterm-word #'sort-score-pfstr-str
 815                        #'lui srl only-exact-if-match limit))
 816
 817 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 818                                      (only-exact-if-match t)
 819                                      limit)
 820   (find-uobj-multiword str #'find-ustr-word #'sort-score-ustr-str
 821                        #'sui srl only-exact-if-match limit))
 822
 823 (defun sort-score-pfstr-str (str uobjs)
 824   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 825   (sort-score-umlsclass-str uobjs str #'pfstr))
 826
 827 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 828   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 829   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 830
 831 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 832   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 833   (let ((scored '()))
 834     (dolist (obj objs)
 835       (push (list obj (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 836        scored))
 837     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 838
 839
 840 ;;; LEX SQL functions
 841
 842 (defun find-lexterm-eui (eui)
 843   (ensure-eui-integer eui)
 844   (collect-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 845     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 846
 847 (defun find-lexterm-word (wrd)
 848   (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 849     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 850                    :wrd (copy-seq wrd))))
 851
 852 ;; LEX SQL Read functions
 853
 854 (defun find-labr-eui (eui)
 855   (ensure-eui-integer eui)
 856   (collect-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 857     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 858                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 859
 860 (defun find-labr-bas (bas)
 861   (collect-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 862     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 863                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 864
 865 (defun find-lagr-eui (eui)
 866   (ensure-eui-integer eui)
 867   (collect-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 868     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 869                    :cit cit :bas bas)))
 870
 871 (defun find-lcmp-eui (eui)
 872   (ensure-eui-integer eui)
 873   (collect-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 874     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 875
 876 (defun find-lmod-eui (eui)
 877   (ensure-eui-integer eui)
 878   (collect-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
 879     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 880
 881 (defun find-lnom-eui (eui)
 882   (ensure-eui-integer eui)
 883   (collect-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
 884     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 885                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 886
 887 (defun find-lprn-eui (eui)
 888   (ensure-eui-integer eui)
 889   (collect-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
 890     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 891                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 892
 893 (defun find-lprp-eui (eui)
 894   (ensure-eui-integer eui)
 895   (collect-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
 896     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 897
 898 (defun find-lspl-eui (eui)
 899   (ensure-eui-integer eui)
 900   (collect-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
 901     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 902
 903 (defun find-ltrm-eui (eui)
 904   (ensure-eui-integer eui)
 905   (collect-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
 906     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 907
 908 (defun find-ltyp-eui (eui)
 909   (ensure-eui-integer eui)
 910   (collect-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
 911     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 912
 913 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 914   (make-instance 'lwd :wrd wrd
 915                  :euilist (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 916                                                 (ensure-integer eui))))
 917
 918 ;;; Semantic Network SQL access functions
 919
 920 (defun find-sdef-ui (ui)
 921   (collect-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 922                             nil ui ui :single t)
 923     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 924                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 925
 926 (defun find-sstre1-ui (ui)
 927   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
 928     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 929                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 930
 931 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 932   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
 933     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 934                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 935
 936 (defun find-sstr-rl (rl)
 937   (collect-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
 938     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 939
 940 (defun find-sstre2-sty (sty)
 941   (collect-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
 942     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 943
 944 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 945   (collect-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
 946     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 947
 948
 949 ;;; **************************
 950 ;;; Local Classes
 951 ;;; **************************
 952
 953
 954 (defun make-ustats ()
 955   (with-sql-connection (conn)
 956     (ignore-errors (sql-execute "drop table USTATS" conn))
 957     (sql-execute "create table USTATS (NAME varchar(160), COUNT bigint, SRL integer)" conn)
 958
 959     (dotimes (srl 5)
 960       (insert-ustats-count conn "Concept Count" "MRCONSO" "distinct CUI" "KCUILRL" srl)
 961       (insert-ustats-count conn "Term Count" "MRCONSO" "distinct KCUILUI" "KCUILRL" srl)
 962       (insert-ustats-count conn "Distinct Term Count" "MRCONSO" "distinct LUI" "KLUILRL" srl)
 963       (insert-ustats-count conn "String Count" "MRCONSO" "*" "KSUILRL" srl)
 964       (insert-ustats-count conn "Distinct String Count" "MRCONSO" "distinct SUI" "KSUILRL" srl)
 965       (insert-ustats-count conn "Hierarchcy" "MRHIER" "*" "KSRL" srl)
 966       (insert-ustats-count conn "Mappings" "MRMAP" "*" "KSRL" srl)
 967       (insert-ustats-count conn "Simple Mappings" "MRSMAP" "*" "KSRL" srl)
 968       (insert-ustats-count conn "Co-occuring Concept Count" "MRCOC" "*" "KLRL" srl)
 969       (insert-ustats-count conn "Definition Count" "MRDEF" "*" "KSRL" srl)
 970       (insert-ustats-count conn "Rank Count" "MRRANK" "*" "KSRL" srl)
 971       (insert-ustats-count conn "Relationship Count" "MRREL" "*" "KSRL" srl)
 972       (insert-ustats-count conn "Semantic Type Count" "MRSTY" "*" "KLRL" srl)
 973       (insert-ustats-count conn "Simple Attribute Count" "MRSAT" "*" "KSRL" srl)
 974       (insert-ustats-count conn "Source Abbreviation Count" "MRSAB" "*" "SRL" srl)
 975       (insert-ustats-count conn "Word Index Count" "MRXW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 976       (insert-ustats-count conn "Normalized Word Index Count" "MRXNW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 977       (insert-ustats-count conn "Normalized String Index Count" "MRXNS_ENG" "*" "KLRL" srl))
 978     (sql-execute "create index USTATS_SRL on USTATS (SRL)" conn))
 979   (find-ustats-all))
 980
 981 (defun insert-ustats-count (conn name table count-variable srl-control srl)
 982   (insert-ustats conn name (find-count-table conn table srl count-variable srl-control) srl))
 983
 984 (defun find-count-table (conn table srl count-variable srl-control)
 985   (cond
 986    ((stringp srl-control)
 987     (ensure-integer
 988      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a where ~a <= ~d"
 989                               count-variable table srl-control srl)
 990                       conn))))
 991    ((null srl-control)
 992     (ensure-integer
 993      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a"
 994                               count-variable table )
 995                       conn))))
 996    (t
 997     (error "Unknown srl-control")
 998     0)))
 999
1000 (defun insert-ustats (conn name count srl)
1001   (sql-execute (format nil "insert into USTATS (name,count,srl) values ('~a',~d,~d)"
1002                        name count (if srl srl 3))
1003                conn))
1004
1005 (defun find-ustats-all (&key (srl *current-srl*))
1006   (if srl
1007       (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil srl srl
1008                                     :order (name asc))
1009                             (make-instance 'ustats :name name
1010                                            :hits (ensure-integer count)
1011                                            :srl (ensure-integer srl)))
1012     (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil nil nil
1013                                   :order (name asc))
1014                           (make-instance 'ustats :name name
1015                                          :hits (ensure-integer count)
1016                                          :srl (ensure-integer srl)))))
1017
1018 (defun find-ustats-srl (srl)
1019   (collect-umlisp-query (ustats (name count) nil srl srl :order (name asc))
1020                            (make-instance 'ustats :name name :hits (ensure-integer count))))
1021
1022
1023
1024 (defun find-bsab-sab (sab)
1025  (collect-umlisp-query (bonus_sab (name count) nil sab sab :single t)
1026      (make-instance 'bsab :sab sab :name name :hits (ensure-integer count))))
1027
1028 (defun find-bsab-all ()
1029  (collect-umlisp-query (bonus_sab (sab name count) nil nil nil :order (sab asc))
1030      (make-instance 'bsab :sab sab :name name :hits (ensure-integer count))))
1031
1032 (defun find-btty-tty (tty)
1033  (collect-umlisp-query (bonus_tty (name count) nil tty tty :single t)
1034      (make-instance 'btty :tty tty :name name :hits (ensure-integer count))))
1035
1036 (defun find-btty-all ()
1037  (collect-umlisp-query (bonus_tty (tty name count) nil nil nil :order (tty asc))
1038   (make-instance 'btty :tty tty :name name :hits (ensure-integer count))))
1039
1040 (defun find-brel-rel (rel)
1041   (collect-umlisp-query (bonus_rel (sab sl rel rela count) nil rel rel)
1042     (make-instance 'brel :sab sab :sl sl :rel rel :rela rela
1043                     :hits (ensure-integer count))))