sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id$
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2006 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp)
  20
  21
  22 (defvar *current-srl* nil)
  23 (defun current-srl ()
  24   *current-srl*)
  25 (defun current-srl! (srl)
  26   (setq *current-srl* srl))
  27
  28 (defmacro query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  29                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit
  30                         filter)
  31   (let* ((%%fields (format nil "SELECT ~A~{~:@(~A~)~^,~} FROM ~:@(~A~)"
  32                            (if distinct "DISTINCT " "") fields table))
  33          (%%order (if order (format nil " ORDER BY ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  34                                     order)
  35                       ""))
  36          (%%lrl (format nil " AND ~:@(~A~)<=" lrl))
  37          (%%where (when where-name
  38                     (format nil " WHERE ~:@(~A~)~A" where-name
  39                           (if like " like " ""))))
  40          (%filter (gensym "FILTER-"))
  41          (%single (gensym "SINGLE-"))
  42          (%limit (gensym "LIMIT-")))
  43     `(let ((,%limit ,limit)
  44            (,%single ,single)
  45            (,%filter ,filter))
  46        (concatenate
  47         'string
  48         ,%%fields
  49         ,@(when %%where (list %%where))
  50         ,@(when %%where
  51             `((typecase ,where-value
  52                 #+ignore
  53                 (fixnum
  54                  (concatenate 'string "='" (prefixed-fixnum-string ,where-value #\0 10) "'"))
  55                 (number
  56                  (concatenate 'string "='" (write-to-string ,where-value) "'"))
  57                 (null
  58                  " IS NULL")
  59                 (t
  60                  (format nil ,(if like "'%~A%'" "='~A'") ,where-value)))))
  61         (if ,%filter (concatenate 'string
  62                                   ,(if %%where " AND " " WHERE ")
  63                                   ,%filter) "")
  64         (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  65         ,@(when %%order (list %%order))
  66         (cond
  67          ((and ,%single ,%limit)
  68           (error  "Can't set single (~S) and limit (~S)" ,%single ,%limit))
  69          (,%single
  70           " LIMIT 1")
  71          (,%limit
  72           (format nil " LIMIT ~D" ,%limit))
  73          (t
  74           ""))))))
  75
  76 (defun query-string-eval (table fields &optional srl where-name where-value
  77                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit filter)
  78   (when single (setq limit 1))
  79   (concatenate
  80    'string
  81    (format nil "SELECT ~A~{~:@(~A~)~^,~} FROM ~:@(~A~)"
  82            (if distinct "DISTINCT " "") fields table)
  83    (if where-name (format nil " WHERE ~:@(~A~)" where-name) "")
  84    (if where-name
  85        (format nil
  86                (typecase where-value
  87                  (number "='~D'")
  88                  (null " IS NULL")
  89                  (t
  90                   (if like " LINK '%~A%""='~A'")))
  91                where-value)
  92        "")
  93    (if filter (concatenate 'string " AND " filter) nil)
  94    (if srl (format nil " AND ~:@(~A~)<=~D" lrl srl) "")
  95    (if order (format nil " ORDER BY ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  96    (if limit (format nil " LIMIT ~D" limit) "")))
  97
  98
  99 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
 100                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
 101                      limit filter (query-cmd 'mutex-sql-query))
 102   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 103 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 104   `(,query-cmd
 105     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 106      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 107      :filter ,filter :limit ,limit)))
 108
 109 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
 110                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
 111                      filter limit)
 112   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 113 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 114   `(mutex-sql-query
 115     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 116      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 117      :filter ,filter :limit ,limit)))
 118
 119 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
 120 (defmacro collect-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
 121                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 122                                     order like (query-cmd 'mutex-sql-query)
 123                                     filter limit)
 124                                 &body body)
 125   (let ((value (gensym))
 126         (r (gensym)))
 127     (if single
 128         (if (and limit (> limit 1))
 129             (error "Can't set limit along with single.")
 130           `(let* ((,value ,where-value)
 131                   (tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 132                                             :lrl ,lrl :single ,single
 133                                             :distinct ,distinct :order ,order
 134                                             :like ,like :filter ,filter
 135                                             :query-cmd ,query-cmd))))
 136              ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 137              (when tuple
 138                (destructuring-bind ,fields tuple
 139                  ,@body))))
 140         `(let ((,value ,where-value))
 141            ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 142            (let ((,r '()))
 143              (dolist (tuple (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 144                                           :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 145                                           :order ,order :filter ,filter :like ,like
 146                                           :limit ,limit))
 147                (push (destructuring-bind ,fields tuple ,@body) ,r))
 148              (nreverse ,r))
 149            #+ignore
 150            (loop for tuple in
 151                  (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 152                                :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 153                                :order ,order :like ,like :filter ,filter :limit ,limit)
 154                collect (destructuring-bind ,fields tuple ,@body))))))
 155
 156 (defmacro collect-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
 157                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 158                                          order like filter limit)
 159                                   &body body)
 160   (let ((value (gensym))
 161         (r (gensym))
 162         (eval-fields (cadr fields)))
 163     (if single
 164         `(let* ((,value ,where-value)
 165                 (tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 166                                                :lrl ,lrl :single ,single
 167                                                :distinct ,distinct :order ,order
 168                                                :like ,like :filter ,filter
 169                                                :limit ,limit))))
 170           (when tuple
 171             (destructuring-bind ,eval-fields tuple
 172               ,@body)))
 173         `(let ((,value ,where-value)
 174                (,r '()))
 175            (dolist (tuple (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 176                                              :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 177                                              :order ,order :like ,like
 178                                              :filter ,filter :limit ,limit))
 179              (push (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body) ,r))
 180            (nreverse ,r)
 181            #+ignore
 182            (loop for tuple in
 183                  (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 184                                     :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 185                                     :order ,order :like ,like :filter ,filter
 186                                     :limit ,limit)
 187                collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body))))))
 188
 189 ;;;
 190 ;;; Read from SQL database
 191
 192 (defmacro ensure-cui-integer (cui)
 193   `(if (stringp ,cui)
 194     (setq ,cui (parse-cui ,cui))
 195     ,cui))
 196
 197 (defmacro ensure-lui-integer (lui)
 198   `(if (stringp ,lui)
 199     (setq ,lui (parse-lui ,lui))
 200     ,lui))
 201
 202 (defmacro ensure-sui-integer (sui)
 203   `(if (stringp ,sui)
 204     (setq ,sui (parse-sui ,sui))
 205     ,sui))
 206
 207 (defmacro ensure-aui-integer (aui)
 208   `(if (stringp ,aui)
 209     (setq ,aui (parse-aui ,aui))
 210     ,aui))
 211
 212 (defmacro ensure-rui-integer (rui)
 213   `(if (stringp ,rui)
 214     (setq ,rui (parse-rui ,rui))
 215     ,rui))
 216
 217 (defmacro ensure-tui-integer (tui)
 218   `(if (stringp ,tui)
 219     (setq ,tui (parse-tui ,tui))
 220     ,tui))
 221
 222 (defmacro ensure-eui-integer (eui)
 223   `(if (stringp ,eui)
 224     (setq ,eui (parse-eui ,eui))
 225     ,eui))
 226
 227 (defun make-ucon-cui (cui)
 228   (ensure-cui-integer cui)
 229   (when cui
 230     (make-instance 'ucon :cui cui)))
 231
 232 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*) without-pfstr)
 233   "Find ucon for a cui. If set SAB, the without-pfstr is on by default"
 234   (ensure-cui-integer cui)
 235   (unless cui (return-from find-ucon-cui nil))
 236
 237   (if without-pfstr
 238       (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :single t)
 239                             (make-instance 'ucon :cui cui :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 240                                            :pfstr nil)))
 241    (or
 242      (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl str) srl cui cui :single t :filter "KPFENG=1")
 243         (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr str
 244                        :lrl kcuilrl))
 245      (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl str) srl cui cui :single t)
 246         (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr str
 247                        :lrl kcuilrl))))
 248
 249 (defun find-uconso-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 250   "Find ucon for a cui. If set SAB, the without-pfstr is on by default"
 251   (ensure-cui-integer cui)
 252   (unless cui (return-from find-uconso-cui nil))
 253
 254   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts lui stt sui ispref aui saui scui sdui sab tty code str
 255                                       srl suppress cvf kpfeng kcuisui kcuilui kcuilrl
 256                                       kluilrl ksuilrl) srl cui cui)
 257     (make-instance 'uconso :cui cui :lat lat :ts ts :lui lui :stt stt :sui sui :ispref ispref
 258                    :aui aui :saui saui :scui scui :sdui sdui :sab sab :tty tty :code code
 259                    :str str :srl srl :suppress suppress :cvf cvf :kpfeng kpfeng
 260                    :kcuisui kcuisui :kcuilui kcuilui :kcuilrl kcuilrl :kluilrl kluilrl
 261                    :ksuilrl ksuilrl)))
 262
 263 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 264   "Find preferred string for a cui"
 265   (ensure-cui-integer cui)
 266   (or
 267    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 268                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 269       str)
 270    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 271                                   :single t)
 272                          str)))
 273
 274 (defun find-lrl-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 275   "Find LRL for a cui"
 276   (ensure-cui-integer cui)
 277   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :distinct t :single t)
 278                         (ensure-integer kcuilrl)))
 279
 280 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 281   "Find list of ucon for lui"
 282   (ensure-lui-integer lui)
 283   (unless lui (return-from find-ucon-lui nil))
 284   (or
 285    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 286                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 287       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 288                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))
 289    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 290                                   :single t)
 291       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 292                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 293
 294 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 295   "Find list of ucon for sui"
 296   (ensure-sui-integer sui)
 297   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl sui sui :distinct t)
 298     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 299                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 300
 301 (defun find-ucon-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 302   "Find list of ucon for aui"
 303   (ensure-aui-integer aui)
 304   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl aui aui :distinct t)
 305     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 306                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 307
 308 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 309   "Find ucon for cui/sui"
 310   (ensure-cui-integer cui)
 311   (ensure-sui-integer sui)
 312   (when (and cui sui)
 313     (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl kcuisui
 314                               (make-cuisui cui sui))
 315       (make-instance 'ucon :cui cui
 316                      :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 317                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 318
 319 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 320   "Find ucon that are exact match for str"
 321   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl str str :distinct t)
 322     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 323                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 324
 325 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 326   "Return list of all ucon's"
 327   (with-sql-connection (db)
 328     (clsql:map-query
 329      'list
 330      #'(lambda (tuple)
 331          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 332              (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 333                             :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 334                             :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 335      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil
 336                    :order (cui asc) :distinct t)
 337      :database db)))
 338
 339 (defun find-ucon-all2 (&key (srl *current-srl*))
 340   "Return list of all ucon's"
 341   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 342                             :distinct t)
 343     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 344                    :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 345                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 346
 347 (defun find-cui-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 348   "Return list of CUIs for all ucons"
 349   (collect-umlisp-query (mrconso (cui) srl nil nil :order (cui asc)
 350                                :distinct t)
 351                         cui))
 352
 353 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 354   "Map a function over all ucon's"
 355   (with-sql-connection (db)
 356     (clsql:map-query
 357      nil
 358      #'(lambda (tuple)
 359          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 360            (funcall fn (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 361                                       :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 362                                       :lrl (ensure-integer cuilrl)))))
 363      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 364                    :distinct t)
 365      :database db)))
 366
 367
 368 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 369   "Return a list of udefs for cui"
 370   (ensure-cui-integer cui)
 371   (collect-umlisp-query (mrdef (sab def suppress) srl cui cui :lrl "KSRL")
 372     (make-instance 'udef :sab sab :def def :suppress suppress)))
 373
 374 (defun find-udoc-key (key)
 375   "Return list of abbreviation documentation for a key"
 376   (collect-umlisp-query (mrdoc (value type expl) nil dockey key)
 377     (make-instance 'udoc :dockey key :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 378
 379 (defun find-udoc-value (value)
 380   "Return abbreviation documentation"
 381   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey type expl) nil value value)
 382     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 383
 384 (defun find-udoc-key-value (dockey value)
 385   (collect-umlisp-query (mrdoc (type expl) nil dockey dockey :filter (format nil "VALUE='~A'" value))
 386       (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 387
 388 (defun find-udoc-all ()
 389   "Return all abbreviation documentation"
 390   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey value type expl) nil nil nil)
 391     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 392
 393 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 394   "Return a list of usty for cui"
 395   (ensure-cui-integer cui)
 396   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui cui :lrl "KLRL")
 397     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 398
 399 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 400   "Return a list of usty that match word"
 401   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t
 402                             :distinct t)
 403     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 404
 405 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*) filter without-pfstr2)
 406   "Return a list of urel for cui"
 407   (ensure-cui-integer cui)
 408   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 409                                srl cui1 cui :lrl "KSRL" :filter filter)
 410     (let ((rel
 411       (make-instance 'urel :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 412                      :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 413                      :rui (ensure-integer rui) :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 414                      :suppress suppress :cvf cvf)))
 415       (unless without-pfstr2
 416         (setf (slot-value rel 'pfstr2) (find-pfstr-cui cui2)))
 417       rel)))
 418
 419 (defun find-urel-rui (rui &key (srl *current-srl*))
 420   "Return the urel for a rui"
 421   (ensure-rui-integer rui)
 422   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 423                                srl rui rui :lrl "KSRL" :single t)
 424     (make-instance 'urel :cui1 cui1 :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 425                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 426                    :rui (ensure-integer rui) :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 427                    :suppress suppress :cvf cvf :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 428
 429 (defun find-cui2-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 430   "Return a list of urel for cui"
 431   (ensure-cui-integer cui)
 432   (collect-umlisp-query (mrrel (cui2) srl cui1
 433                                cui :lrl "KSRL")
 434                         cui2))
 435
 436 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 437   "Return a list of urel for cui2"
 438   (ensure-cui-integer cui2)
 439   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui1 aui1 stype1 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 440                                srl cui2 cui2 :lrl "KSRL")
 441     (make-instance 'urel :cui2 cui2 :rel rel :aui2 (ensure-integer aui2)
 442                    :stype2 stype2 :rui (ensure-integer rui) :srui srui
 443                    :stype1 stype1 :cui1 (ensure-integer cui1)
 444                    :aui1 (ensure-integer aui1)
 445                    :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir :suppress suppress :cvf cvf
 446                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 447
 448 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 449   (ensure-cui-integer cui2)
 450   (loop for cui in (remove-duplicates
 451                     (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))
 452         collect (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 453
 454 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 455   "Return a list of ucoc for cui"
 456   (ensure-cui-integer cui)
 457   (collect-umlisp-query (mrcoc (aui1 cui2 aui2 sab cot cof coa) srl cui1
 458                             cui :lrl klrl :order (cof asc))
 459     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 460     (when (eql 0 cui2) (setq cui2 nil))
 461     (make-instance 'ucoc :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1)
 462                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2)
 463                    :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa :sab sab
 464                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 465
 466 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 467   "Return a list of ucoc for cui2"
 468   (ensure-cui-integer cui2)
 469   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui1 aui1 aui2 sab cot cof coa) srl cui2
 470                             cui2 :lrl klrl :order (cof asc))
 471     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 472     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 cui2
 473                    :aui1 (ensure-integer aui1) :aui2 (ensure-integer aui2)
 474                    :sab sab :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 475                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 476
 477 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 478   "List of ucon with co-occurance cui2"
 479   (ensure-cui-integer cui2)
 480   (mapcar
 481    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 482    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 483
 484
 485 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 486   "Return a list of uterm for cui"
 487   (ensure-cui-integer cui)
 488   (collect-umlisp-query (mrconso (lui lat ts kluilrl) srl cui cui
 489                             :lrl kluilrl :distinct t)
 490     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui cui
 491                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 492
 493 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 494   "Return a list of uterm for lui"
 495   (ensure-lui-integer lui)
 496   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts kluilrl) srl lui lui
 497                              :lrl kluilrl :distinct t)
 498     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui lui
 499                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 500
 501 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 502   "Return single uterm for cui/lui"
 503   (ensure-cui-integer cui)
 504   (ensure-lui-integer lui)
 505   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 506                              (make-cuilui cui lui)
 507                              :lrl kluilrl :single t)
 508     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts
 509                    :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 510
 511 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 512   "Return a list of ustr for cui/lui"
 513   (ensure-cui-integer cui)
 514   (ensure-lui-integer lui)
 515   (collect-umlisp-query (mrconso (sui stt str suppress ksuilrl) srl kcuilui
 516                                  (make-cuilui cui lui) :lrl ksuilrl)
 517                 (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 518                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str :suppress suppress
 519                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 520
 521 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 522   "Return the single ustr for cuisui"
 523   (ensure-cui-integer cui)
 524   (ensure-sui-integer sui)
 525   (collect-umlisp-query (mrconso (lui stt str suppress ksuilrl) srl kcuisui
 526                             (make-cuisui cui sui) :lrl lsuilrl :single t)
 527     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 528                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :suppress suppress
 529                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 530
 531 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 532   "Return the list of ustr for sui"
 533   (ensure-sui-integer sui)
 534   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lui stt str suppress ksuilrl) srl sui sui
 535                             :lrl ksuilrl)
 536     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 537                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) sui)
 538                    :suppress suppress
 539                    :lui (ensure-integer lui) :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 540
 541 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 542   "Return the list of ustr for sab"
 543   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 544     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 545       (apply #'find-ustr-cuisui
 546              (append
 547               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui))
 548               (list :srl srl))))))
 549
 550 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 551   "Return list of all ustr's"
 552     (with-sql-connection (db)
 553       (clsql:map-query
 554        'list
 555        #'(lambda (tuple)
 556            (destructuring-bind (cui lui sui stt ksuilrl suppress) tuple
 557              (make-instance 'ustr :cui (ensure-integer cui)
 558                             :lui (ensure-integer lui) :sui (ensure-integer sui)
 559                             :stt stt :str (find-pfstr-cui cui)
 560                             :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui)
 561                                                  (ensure-integer sui))
 562                             :suppress suppress
 563                             :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 564        (query-string mrconso (cui lui sui stt ksuilrl) srl nil nil :lrl ksuilrl
 565                      :distinct t
 566                      :order (sui asc))
 567        :database db)))
 568
 569 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 570   "Return the string associated with sui"
 571   (ensure-sui-integer sui)
 572   (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl sui sui :lrl ksuilrl :single t)
 573     str))
 574
 575 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 576   (ensure-sui-integer sui)
 577   (ensure-cui-integer cui)
 578   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str)
 579                                  srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 580     (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 581                    :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 582                    :lat lat :str str)))
 583
 584 (defun find-uso-cui (cui &key (srl *current-srl*) (english-only nil) limit)
 585   (ensure-cui-integer cui)
 586   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str sui)
 587                                  srl cui cui :lrl srl :limit limit
 588                                  :filter (when english-only "LAT='ENG'"))
 589      (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 590                     :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 591                     :lat lat :str str)))
 592
 593 (defun find-uso-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 594   (ensure-sui-integer aui)
 595   (collect-umlisp-query (mrconso (sab cui sui code srl tty saui sdui scui lat
 596                                       str) srl aui aui :lrl srl :single t)
 597     (make-instance 'uso :aui aui :cui cui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 598                    :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui :lat lat
 599                    :str str)))
 600
 601 (defun find-uhier-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 602   (ensure-cui-integer cui)
 603   (collect-umlisp-query (mrhier (aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 604                             srl cui cui :lrl ksrl)
 605     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 606                    :cxn (ensure-integer cxn)
 607                    :paui (ensure-integer paui)
 608                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 609
 610 (defun find-uhier-all (&key (srl *current-srl*))
 611   (collect-umlisp-query (mrhier (cui aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 612                             srl nil nil :lrl ksrl)
 613     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 614                    :cxn (ensure-integer cxn)
 615                    :paui (ensure-integer paui)
 616                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 617
 618 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 619   (ensure-cui-integer cui)
 620   (ensure-lui-integer lui)
 621   (ensure-sui-integer sui)
 622   (let ((ls "SELECT CODE,ATN,SAB,ATV FROM MRSAT WHERE "))
 623     (cond
 624       (sui (string-append ls "KCUISUI='"
 625                           (integer-string (make-cuisui cui sui) 14)
 626                           "'"))
 627       (lui (string-append ls "KCUILUI='"
 628                           (integer-string (make-cuilui cui lui) 14)
 629                           "' and sui='0'"))
 630       (t (string-append ls "cui='" (prefixed-fixnum-string cui nil 7)
 631                         "' and lui='0' and sui='0'")))
 632     (when srl
 633       (string-append ls " and KSRL<=" (prefixed-fixnum-string srl nil 3)))
 634     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 635           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 636             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 637
 638 (defun find-usty-tui (tui)
 639   "Find usty for tui"
 640   (ensure-tui-integer tui)
 641   (collect-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui tui :single t)
 642     (make-instance 'usty :tui tui :sty sty)))
 643
 644 (defun find-usty-sty (sty)
 645   "Find usty for a sty"
 646   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 647     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 648
 649 (defun find-usty-all ()
 650   "Return list of usty's for all semantic types"
 651   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 652     (find-usty-tui tui)))
 653
 654 (defun find-usab-all ()
 655   "Return all usab objects"
 656   (collect-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart vend imeta
 657                                   rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat
 658                                   cenc curver sabin ssn scit) nil nil nil)
 659     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 660                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 661                    :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 662                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc  :srl (ensure-integer srl)
 663                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 664                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 665                    :curver curver :sabin sabin :ssn ssn :scit scit)))
 666
 667 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 668   "Find usab for a key"
 669   (collect-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart
 670                                        vend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty
 671                                        ttyl atnl lat cenc curver sabin
 672                                        ssn scit)
 673                                      nil key-name key :single t)
 674      (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 675                     :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 676                     :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 677                     :rmeta rmeta :slc slc :scc scc :srl (ensure-integer srl)
 678                     :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 679                     :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 680                     :curver curver :sabin sabin
 681                     :ssn ssn :scit scit)))
 682
 683 (defun find-usab-rsab (rsab)
 684   "Find usab for rsab"
 685   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 686
 687 (defun find-usab-vsab (vsab)
 688   "Find usab for vsab"
 689   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 690
 691 (defun find-cui-max ()
 692   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 693
 694 (defun find-umap-cui (cui)
 695   (ensure-cui-integer cui)
 696   (collect-umlisp-query (mrmap (mapsetsab mapsubsetid maprank fromid fromsid fromexpr
 697                                           fromtype fromrule fromres rel rela toid tosid
 698                                           toexpr totype torule tores maprule maptype
 699                                           mapatn mapatv cvf)
 700                                nil mapsetcui cui)
 701     (make-instance 'umap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab :mapsubsetid mapsubsetid
 702                    :maprank (ensure-integer maprank) :fromid fromid :fromsid fromsid
 703                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype :fromrule fromrule :fromres fromres
 704                    :rel rel :rela rela :toid toid :tosid tosid :toexpr toexpr :totype totype
 705                    :torule torule :tores tores :maprule maprule :maptype maptype :mapatn mapatn
 706                    :mapatv mapatv :cvf cvf)))
 707
 708 (defun find-usmap-cui (cui)
 709   (ensure-cui-integer cui)
 710   (collect-umlisp-query (mrsmap (mapsetsab fromexpr fromtype rel rela toexpr totype cvf)
 711                                nil mapsetcui cui)
 712     (make-instance 'usmap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab
 713                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype
 714                    :rel rel :rela rela :toexpr toexpr :totype totype
 715                    :cvf cvf)))
 716
 717 ;;;; Cross table find functions
 718
 719 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 720   "Find list of ucon for tui"
 721   (ensure-tui-integer tui)
 722   (collect-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui tui :lrl klrl :order (cui asc))
 723     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 724
 725 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 726   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 727   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 728                                      :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 729     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 730
 731 (defun find-ucon-word-sab (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 732   "Return list of ustr that match word in matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 733   (let ((query (format nil "SELECT c.cui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD  ~A '~A' AND x.cui=c.cui AND ~A ~A"
 734                        (if like "LIKE" "=")
 735                        (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 736                        (etypecase sab
 737                          (string
 738                           (format nil " c.sab='~A'" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 739                          (cons
 740                           (format nil " c.sab IN (~{'~A'~^,~})"
 741                                   (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 742                          (null
 743                           (error "SAB missing")))
 744                        (if srl (format nil "AND KCUILRL <= ~A" srl) ""))))
 745     (loop for tuple in (mutex-sql-query query)
 746           collect (make-instance 'ucon :cui (first tuple)))))
 747
 748 (defun find-ustr-word-sab (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 749   "Return list of ustr that match word in matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 750   (let ((query (format nil "SELECT c.sui,c.cui,c.lui,c.str,c.lrl,c.stt,c.suppress,c.cuisui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD ~A '~A' AND x.cui=c.cui AND x.lui=c.lui AND x.sui=c.sui AND ~A ~A"
 751                        (if like "LIKE" "=")
 752                        (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 753                        (typecase sab
 754                          (string
 755                           (format nil " c.sab='" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 756                          (cons
 757                           (format nil " c.sab IN (~('~A'~^,~))"
 758                                   (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 759                          (t
 760                           (error "SAB missing")))
 761                        (if srl (format nil "AND KCUILRL <= ~D" srl) ""))))
 762     (loop for tuple in (mutex-sql-query query)
 763           collect (destructuring-bind (sui cui lui str lrl stt suppress cuisui) tuple
 764                     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :lui lui :str str :lrl lrl
 765                                    :stt stt :suppress suppress :cuisui cuisui)))))
 766
 767
 768 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 769   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 770   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 771                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 772     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 773
 774 (defun find-cui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 775   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 776   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 777                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 778                              cui))
 779
 780 (defun find-lui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 781   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 782   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(lui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 783                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 784                              lui))
 785
 786 (defun find-sui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 787   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 788   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(sui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 789                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 790                              sui))
 791
 792 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 793   "Return list of ustrs that match word"
 794   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 795                                :order (cui asc sui asc))
 796     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 797
 798 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 799   "Return list of ustrs that match word"
 800   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 801                                  :order (cui asc sui asc))
 802     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 803
 804 (defun find-uterm-word (word &key (srl *current-srl*))
 805   "Return list of uterms that match word"
 806   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui lui) srl wd word :lrl klrl
 807                                :order (cui asc lui asc))
 808     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 809
 810 (defun find-uterm-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 811   "Return list of uterms that match word"
 812   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui lui) srl nwd word :lrl klrl
 813                                  :order (cui asc lui asc))
 814     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 815
 816 (defun find-ucon-noneng-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 817   "Return list of ucons that match non-english word"
 818   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_noneng '(cui) srl 'wd word :like like
 819                                         :distinct t :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 820     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 821
 822 (defun find-ustr-noneng-word (word &key (srl *current-srl*))
 823   "Return list of ustrs that match non-english word"
 824   (collect-umlisp-query (mrxw_noneng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 825                                   :order (cui asc sui asc))
 826     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 827
 828 ;; Special tables
 829
 830 (defun find-usrl-all ()
 831   (collect-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 832     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 833
 834 ;;; Multiword lookup and score functions
 835
 836 (defun find-uobj-multiword (str obj-lookup-fun sort-fun key srl
 837                                 only-exact-if-match limit &key extra-lookup-args)
 838   (let ((uobjs '()))
 839     (dolist (word (delimited-string-to-list str #\space))
 840       (setq uobjs (append uobjs (apply obj-lookup-fun word :srl srl extra-lookup-args))))
 841     (let ((sorted
 842            (funcall sort-fun str
 843                     (delete-duplicates uobjs :test #'= :key key))))
 844       (let ((len (length sorted)))
 845         (cond
 846          ((zerop len)
 847           (return-from find-uobj-multiword nil))
 848          ((and only-exact-if-match (multiword-match str (pfstr (first sorted))))
 849           (first sorted))
 850          (limit
 851           (if (and (plusp limit) (> len limit))
 852               (subseq sorted 0 limit)
 853             limit))
 854          (t
 855           sorted))))))
 856
 857 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 858                                      (only-exact-if-match t)
 859                                      limit
 860                                      sab)
 861   (if sab
 862       (find-uobj-multiword str #'find-ucon-word-sab #'sort-score-pfstr-str
 863                            #'cui srl only-exact-if-match limit
 864                            :extra-lookup-args (list :sab sab))
 865     (find-uobj-multiword str #'find-ucon-word #'sort-score-pfstr-str
 866                          #'cui srl only-exact-if-match limit)))
 867
 868 (defun find-uterm-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 869                                       (only-exact-if-match t)
 870                                       limit)
 871   (find-uobj-multiword str #'find-uterm-word #'sort-score-pfstr-str
 872                        #'lui srl only-exact-if-match limit))
 873
 874 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 875                                      (only-exact-if-match t)
 876                                      limit
 877                                      sab)
 878   (if sab
 879       (find-uobj-multiword str #'find-ustr-word-sab #'sort-score-ustr-str
 880                            #'sui srl only-exact-if-match limit
 881                            :extra-lookup-args (list :sab sab))
 882     (find-uobj-multiword str #'find-ustr-word #'sort-score-ustr-str
 883                          #'sui srl only-exact-if-match limit)))
 884
 885 (defun sort-score-pfstr-str (str uobjs)
 886   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 887   (sort-score-umlsclass-str uobjs str #'pfstr))
 888
 889 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 890   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 891   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 892
 893 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 894   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 895   (let ((scored '()))
 896     (dolist (obj objs)
 897       (push (list obj (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 898        scored))
 899     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 900
 901
 902 ;;; LEX SQL functions
 903
 904 (defun find-lexterm-eui (eui)
 905   (ensure-eui-integer eui)
 906   (collect-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 907     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 908
 909 (defun find-lexterm-word (wrd)
 910   (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 911     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 912                    :wrd (copy-seq wrd))))
 913
 914 ;; LEX SQL Read functions
 915
 916 (defun find-labr-eui (eui)
 917   (ensure-eui-integer eui)
 918   (collect-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 919     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 920                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 921
 922 (defun find-labr-bas (bas)
 923   (collect-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 924     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 925                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 926
 927 (defun find-lagr-eui (eui)
 928   (ensure-eui-integer eui)
 929   (collect-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 930     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 931                    :cit cit :bas bas)))
 932
 933 (defun find-lcmp-eui (eui)
 934   (ensure-eui-integer eui)
 935   (collect-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 936     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 937
 938 (defun find-lmod-eui (eui)
 939   (ensure-eui-integer eui)
 940   (collect-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
 941     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 942
 943 (defun find-lnom-eui (eui)
 944   (ensure-eui-integer eui)
 945   (collect-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
 946     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 947                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 948
 949 (defun find-lprn-eui (eui)
 950   (ensure-eui-integer eui)
 951   (collect-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
 952     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 953                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 954
 955 (defun find-lprp-eui (eui)
 956   (ensure-eui-integer eui)
 957   (collect-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
 958     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 959
 960 (defun find-lspl-eui (eui)
 961   (ensure-eui-integer eui)
 962   (collect-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
 963     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 964
 965 (defun find-ltrm-eui (eui)
 966   (ensure-eui-integer eui)
 967   (collect-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
 968     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 969
 970 (defun find-ltyp-eui (eui)
 971   (ensure-eui-integer eui)
 972   (collect-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
 973     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 974
 975 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 976   (make-instance 'lwd :wrd wrd
 977                  :euilist (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 978                                                 (ensure-integer eui))))
 979
 980 ;;; Semantic Network SQL access functions
 981
 982 (defun find-sdef-ui (ui)
 983   (collect-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 984                             nil ui ui :single t)
 985     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 986                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 987
 988 (defun find-sstre1-ui (ui)
 989   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
 990     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 991                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 992
 993 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 994   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
 995     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 996                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 997
 998 (defun find-sstr-rl (rl)
 999   (collect-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
1000     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
1001
1002 (defun find-sstre2-sty (sty)
1003   (collect-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
1004     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
1005
1006 (defun find-sstr-styrl (styrl)
1007   (collect-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
1008     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
1009
1010
1011 ;;; **************************
1012 ;;; Local Classes
1013 ;;; **************************
1014
1015
1016 (defun make-ustats ()
1017   (with-sql-connection (conn)
1018     (ignore-errors (sql-execute "drop table USTATS" conn))
1019     (sql-execute "create table USTATS (NAME varchar(160), COUNT bigint, SRL integer)" conn)
1020
1021     (dotimes (srl 5)
1022       (insert-ustats-count conn "Concept Count" "MRCONSO" "distinct CUI" "KCUILRL" srl)
1023       (insert-ustats-count conn "Term Count" "MRCONSO" "distinct KCUILUI" "KCUILRL" srl)
1024       (insert-ustats-count conn "Distinct Term Count" "MRCONSO" "distinct LUI" "KLUILRL" srl)
1025       (insert-ustats-count conn "String Count" "MRCONSO" "*" "KSUILRL" srl)
1026       (insert-ustats-count conn "Distinct String Count" "MRCONSO" "distinct SUI" "KSUILRL" srl)
1027       (insert-ustats-count conn "Hierarchcy" "MRHIER" "*" "KSRL" srl)
1028       (insert-ustats-count conn "Mappings" "MRMAP" "*" "KSRL" srl)
1029       (insert-ustats-count conn "Simple Mappings" "MRSMAP" "*" "KSRL" srl)
1030       (insert-ustats-count conn "Co-occuring Concept Count" "MRCOC" "*" "KLRL" srl)
1031       (insert-ustats-count conn "Definition Count" "MRDEF" "*" "KSRL" srl)
1032       (insert-ustats-count conn "Rank Count" "MRRANK" "*" "KSRL" srl)
1033       (insert-ustats-count conn "Relationship Count" "MRREL" "*" "KSRL" srl)
1034       (insert-ustats-count conn "Semantic Type Count" "MRSTY" "*" "KLRL" srl)
1035       (insert-ustats-count conn "Simple Attribute Count" "MRSAT" "*" "KSRL" srl)
1036       (insert-ustats-count conn "Source Abbreviation Count" "MRSAB" "*" "SRL" srl)
1037       (insert-ustats-count conn "Word Index Count" "MRXW_ENG" "*" "KLRL" srl)
1038       (insert-ustats-count conn "Normalized Word Index Count" "MRXNW_ENG" "*" "KLRL" srl)
1039       (insert-ustats-count conn "Normalized String Index Count" "MRXNS_ENG" "*" "KLRL" srl))
1040     (sql-execute "create index USTATS_SRL on USTATS (SRL)" conn))
1041   (find-ustats-all))
1042
1043 (defun insert-ustats-count (conn name table count-variable srl-control srl)
1044   (insert-ustats conn name (find-count-table conn table srl count-variable srl-control) srl))
1045
1046 (defun find-count-table (conn table srl count-variable srl-control)
1047   (cond
1048    ((stringp srl-control)
1049     (ensure-integer
1050      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a where ~a <= ~d"
1051                               count-variable table srl-control srl)
1052                       conn))))
1053    ((null srl-control)
1054     (ensure-integer
1055      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a"
1056                               count-variable table )
1057                       conn))))
1058    (t
1059     (error "Unknown srl-control")
1060     0)))
1061
1062 (defun insert-ustats (conn name count srl)
1063   (sql-execute (format nil "insert into USTATS (name,count,srl) values ('~a',~d,~d)"
1064                        name count (if srl srl 3))
1065                conn))
1066
1067 (defun find-ustats-all (&key (srl *current-srl*))
1068   (if srl
1069       (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil srl srl
1070                                     :order (name asc))
1071                             (make-instance 'ustats :name name
1072                                            :hits (ensure-integer count)
1073                                            :srl (ensure-integer srl)))
1074     (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil nil nil
1075                                   :order (name asc))
1076                           (make-instance 'ustats :name name
1077                                          :hits (ensure-integer count)
1078                                          :srl (ensure-integer srl)))))
1079
1080 (defun find-ustats-srl (srl)
1081   (collect-umlisp-query (ustats (name count) nil srl srl :order (name asc))
1082                            (make-instance 'ustats :name name :hits (ensure-integer count))))
1083