sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Programmer:    Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: sql-classes.lisp,v 1.6 2002/10/18 03:57:39 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package :umlisp)
  20 (declaim (optimize (speed 3) (safety 1) (compilation-speed 0) (debug 3)))
  21
  22
  23 (defvar *current-srl* nil)
  24 (defun current-srl ()
  25   *current-srl*)
  26 (defun current-srl! (srl)
  27   (setq *current-srl* srl))
  28
  29
  30 ;;; Accessors (read on demand)
  31
  32 ;; defines a slot-unbound method for class and slot-name, fills
  33 ;; the slot by calling reader function with the slot values of
  34 ;; the instance's reader-keys
  35 (defmacro def-lazy-reader (class slot-name reader &rest reader-keys)
  36   (let* ((the-slot-name (gensym))
  37          (the-class (gensym))
  38          (the-instance (gensym))
  39          (keys '()))
  40     (dolist (key reader-keys)
  41       (push (list 'slot-value the-instance (list 'quote key)) keys))
  42     (setq keys (nreverse keys))
  43     `(defmethod slot-unbound (,the-class (,the-instance ,class)
  44                                          (,the-slot-name (eql ',slot-name)))
  45        (declare (ignore ,the-class))
  46        (setf (slot-value ,the-instance ,the-slot-name)
  47            (,reader ,@keys)))))
  48
  49 (def-lazy-reader ucon s#term find-uterm-cui cui)
  50 (def-lazy-reader ucon s#def find-udef-cui cui)
  51 (def-lazy-reader ucon s#sty find-usty-cui cui)
  52 (def-lazy-reader ucon s#rel find-urel-cui cui)
  53 (def-lazy-reader ucon s#coc find-ucoc-cui cui)
  54 (def-lazy-reader ucon s#lo find-ulo-cui cui)
  55 (def-lazy-reader ucon s#atx find-uatx-cui cui)
  56 (def-lazy-reader ucon s#sat find-usat-ui cui)
  57
  58 ;; For uterms
  59 (def-lazy-reader uterm s#str find-ustr-cuilui cui lui)
  60 (def-lazy-reader uterm s#sat find-usat-ui cui lui)
  61
  62 ;; For ustrs
  63 (def-lazy-reader ustr s#sat find-usat-ui cui lui sui)
  64 (def-lazy-reader ustr s#cxt find-ucxt-cuisui cui sui)
  65 (def-lazy-reader ustr s#so find-uso-cuisui cui sui)
  66
  67 ;;; Object lookups
  68
  69 ;;; Lookup functions for uterms,ustr in ucons
  70
  71 (defun find-uterm-in-ucon (ucon lui)
  72   (find lui (s#term ucon) :key #'lui :test 'equal))
  73
  74 (defun find-ustr-in-uterm (uterm sui)
  75   (find sui (s#str uterm) :key #'sui :test 'equal))
  76
  77 (defun find-ustr-in-ucon (ucon sui)
  78   (let ((found-ustr nil))
  79     (dolist (uterm (s#term ucon))
  80       (unless found-ustr
  81         (dolist (ustr (s#str uterm))
  82           (unless found-ustr
  83             (when (string-equal sui (sui ustr))
  84               (setq found-ustr ustr))))))
  85     found-ustr))
  86
  87
  88 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
  89   "Find ucon for a cui"
  90   (if (stringp cui)
  91       (setq cui (parse-cui cui)))
  92   (if cui
  93       (let ((ls (format nil "select KPFSTR,KCUILRL from MRCON where CUI=~d"
  94                         cui)))
  95         (if srl
  96             (string-append ls (format nil " and KCUILRL <= ~d limit 1" srl))
  97           (string-append ls " limit 1"))
  98         (kmrcl:awhen (car (mutex-sql-query ls))
  99                   (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr (car kmrcl::it)
 100                                  :lrl (ensure-integer (cadr kmrcl::it)))))
 101     nil))
 102
 103 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 104   "Find list of ucon for lui"
 105   (if (stringp lui)
 106       (setq lui (parse-lui lui)))
 107   (if lui
 108       (let ((ucons '())
 109             (ls (format nil "select distinct CUI,KPFSTR,KCUILRL from MRCON where LUI=~d" lui)))
 110         (if srl
 111             (string-append ls (format nil " and KCUILRL <= ~d" srl)))
 112         (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 113           (push (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer (nth 0 tuple))
 114                                :pfstr (nth 1 tuple)
 115                                :lrl (ensure-integer (nth 2 tuple)))
 116                 ucons))
 117         (nreverse ucons))
 118     nil))
 119
 120 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 121   "Find list of ucon for sui"
 122   (if (stringp sui)
 123       (setq sui (parse-sui sui)))
 124   (if sui
 125       (let ((ucons '())
 126             (ls (format nil "select distinct CUI,KPFSTR,KCUILRL from MRCON where SUI=~d" sui)))
 127         (when srl
 128             (string-append ls (format nil " and KCUILRL <= ~d" srl)))
 129         (let ((tuples (mutex-sql-query ls)))
 130           (dolist (tuple tuples)
 131             (push (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer (nth 0 tuple))
 132                                  :pfstr (nth 1 tuple)
 133                                  :lrl (ensure-integer (nth 2 tuple)))
 134                   ucons)))
 135     (nreverse ucons))
 136   nil))
 137
 138 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 139   "Find ucon for cui/sui"
 140   (if (stringp cui)
 141       (setq cui (parse-cui cui)))
 142   (if (stringp sui)
 143       (setq sui (parse-sui sui)))
 144   (if (and cui sui)
 145       (let ((ls (format nil "select distinct CUI,KPFSTR,KCUILRL from MRCON where KCUISUI=~d"
 146                         (make-cuisui cui sui))))
 147         (when srl
 148             (string-append ls (format nil " and KCUILRL <= ~d" srl)))
 149         (kmrcl:aif (car (mutex-sql-query ls))
 150              (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer (nth 0 kmrcl::it))
 151                             :pfstr (nth 1 kmrcl::it)
 152                             :lrl (ensure-integer (nth 2 kmrcl::it)))
 153              nil))
 154     nil))
 155
 156 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 157   "Find ucon that are exact match for str"
 158   (if str
 159       (let ((ucons '())
 160             (ls (format nil "select distinct CUI,KPFSTR,KCUILRL from MRCON where STR='~a'" str)))
 161         (when srl
 162             (string-append ls " and KCUILRL <= ~d" srl))
 163         (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 164           (push (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer (nth 0 tuple))
 165                                :pfstr (nth 1 tuple)
 166                                :lrl (ensure-integer (nth 2 tuple))) ucons))
 167         (nreverse ucons))
 168     nil))
 169
 170 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 171   "Return list of all ucon's"
 172   (let ((ls "select distinct CUI,KPFSTR,KCUILRL from MRCON"))
 173     (when srl
 174       (string-append ls (format nil " where KCUILRL <= ~d" srl)))
 175     (string-append ls " order by CUI asc")
 176     (with-sql-connection (db)
 177       (clsql:map-query
 178        'list
 179        #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 180            (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 181                           :pfstr pfstr
 182                           :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 183        ls
 184        :database db))))
 185
 186
 187
 188 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 189   "Return a list of udefs for cui"
 190   (let ((udefs '())
 191         (ls (format nil "select SAB,DEF from MRDEF where CUI=~d" cui)))
 192     (when srl
 193         (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 194     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 195       (push (make-instance 'udef :sab (car tuple) :def (cadr tuple)) udefs))
 196     (nreverse udefs)))
 197
 198 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 199   "Return a list of usty for cui"
 200   (let ((ustys '())
 201         (ls (format nil "select TUI,STY from MRSTY where CUI=~d" cui)))
 202     (when srl
 203         (string-append ls (format nil " and KLRL <= ~d" srl)))
 204     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 205       (push (make-instance 'usty :tui (ensure-integer (car tuple)) :sty (cadr tuple)) ustys))
 206     ustys))
 207
 208 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 209   "Return a list of usty that match word"
 210   (let ((ustys '())
 211         (ls (format nil "select distinct TUI,STY from MRSTY where STY like '%~a%'" word)))
 212     (when srl
 213         (string-append ls (format nil " and KLRL <= ~d" srl)))
 214     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 215       (push (make-instance 'usty :tui (ensure-integer (car tuple)) :sty (cadr tuple)) ustys))
 216     ustys))
 217
 218 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 219   "Return a list of urel for cui"
 220   (let ((urels '())
 221         (ls (format nil "select REL,CUI2,RELA,SAB,SL,MG,KPFSTR2 from MRREL where CUI1=~d" cui)))
 222     (when srl
 223         (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 224     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 225       (push (make-instance 'urel
 226               :cui1 cui
 227               :rel (nth 0 tuple)
 228               :cui2 (ensure-integer (nth 1 tuple))
 229               :rela (nth 2 tuple)
 230               :sab (nth 3 tuple)
 231               :sl (nth 4 tuple)
 232               :mg (nth 5 tuple)
 233               :pfstr2 (nth 6 tuple))
 234             urels))
 235     (nreverse urels)))
 236
 237 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 238   "Return a list of urel for cui2"
 239   (let ((urels '())
 240         (ls (format nil "select REL,CUI1,RELA,SAB,SL,MG,KPFSTR2 from MRREL where CUI2=~d" cui2)))
 241     (when srl
 242         (string-append ls (format nil " and SRL <= ~d" srl)))
 243     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 244       (push (make-instance 'urel
 245               :cui2 cui2
 246               :rel (nth 0 tuple)
 247               :cui1 (ensure-integer (nth 1 tuple))
 248               :rela (nth 2 tuple)
 249               :sab (nth 3 tuple)
 250               :sl (nth 4 tuple)
 251               :mg (nth 5 tuple)
 252               :pfstr2 (nth 6 tuple))
 253             urels))
 254     (nreverse urels)))
 255
 256 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 257   (mapcar
 258    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 259    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))))
 260
 261 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 262   "Return a list of ucoc for cui"
 263   (let ((ucocs '())
 264         (ls (format nil "select CUI2,SOC,COT,COF,COA,KPFSTR2 from MRCOC where CUI1=~d" cui)))
 265     (when srl
 266         (string-append ls (format nil " and KLRL <= ~d" srl)))
 267     (string-append ls " order by COF asc")
 268     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 269       (let ((cui2 (ensure-integer (nth 0 tuple))))
 270         (when (zerop cui2)
 271           (setq cui2 nil))
 272         (push (make-instance 'ucoc :cui1 cui
 273                              :cui2 cui2
 274                              :soc (nth 1 tuple)
 275                              :cot (nth 2 tuple)
 276                              :cof (ensure-integer (nth 3 tuple))
 277                              :coa (nth 4 tuple)
 278                              :pfstr2 (nth 5 tuple))
 279               ucocs)))
 280     ucocs)) ;; akready ordered by SQL select
 281
 282 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 283   "Return a list of ucoc for cui2"
 284   (let ((ucocs '())
 285         (ls (format nil "select CUI1,SOC,COT,COF,COA,KPFSTR2 from MRCOC where CUI2=~d" cui2)))
 286     (when srl
 287         (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 288     (string-append ls " order by COF asc")
 289     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 290       (push (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer (nth 0 tuple))
 291                            :cui2 cui2
 292                            :soc (nth 1 tuple)
 293                            :cot (nth 2 tuple)
 294                            :cof (ensure-integer (nth 3 tuple))
 295                            :coa (nth 4 tuple)
 296                            :pfstr2 (nth 5 tuple))
 297             ucocs))
 298     ucocs)) ;; already ordered by SQL select
 299
 300 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 301   "List of ucon with co-occurance cui2"
 302   (mapcar
 303    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 304    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 305
 306 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 307   "Return a list of ulo for cui"
 308   (let ((ulos '())
 309         (ls (format nil "select ISN,FR,UN,SUI,SNA,SOUI from MRLO where CUI=~d" cui)))
 310     (when srl
 311         (string-append ls (format nil " and KLRL <= ~d" srl)))
 312     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 313       (push (make-instance 'ulo :isn (nth 0 tuple)
 314                            :fr (ensure-integer (nth 1 tuple))
 315                            :un (nth 2 tuple)
 316                            :sui (ensure-integer (nth 3 tuple))
 317                            :sna (nth 4 tuple)
 318                            :soui (nth 5 tuple))
 319             ulos))
 320     (nreverse ulos)))
 321
 322 (defgeneric suistr (lo))
 323 (defmethod suistr ((lo ulo))
 324   "Return the string for a ulo object"
 325   (find-string-sui (sui lo)))
 326
 327 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 328   "Return a list of uatx for cui"
 329   (let ((uatxs '())
 330         (ls (format nil "select SAB,REL,ATX from MRATX where CUI=~d" cui)))
 331     (when srl
 332         (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 333     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 334       (push (make-instance 'uatx :sab (nth 0 tuple)
 335                            :rel (nth 1 tuple)
 336                            :atx (nth 2 tuple))
 337             uatxs))
 338     (nreverse uatxs)))
 339
 340
 341 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 342   "Return a list of uterm for cui"
 343   (let ((uterms '())
 344         (ls (format nil "select distinct LUI,LAT,TS,KLUILRL from MRCON where CUI=~d" cui)))
 345     (when srl
 346         (string-append ls (format nil " and KLUILRL <= ~d" srl)))
 347     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 348       (push (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer (nth 0 tuple))
 349                            :cui cui
 350                            :lat (nth 1 tuple)
 351                            :ts (nth 2 tuple)
 352                            :lrl (ensure-integer (nth 3 tuple)))
 353         uterms))
 354     (nreverse uterms)))
 355
 356 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 357   "Return a list of uterm for lui"
 358   (if (stringp lui)
 359       (setq lui (parse-lui lui)))
 360   (let ((uterms '())
 361         (ls (format nil "select distinct CUI,LAT,TS,KLUILRL from MRCON where LUI=~d" lui)))
 362     (when srl
 363         (string-append ls (format nil " and KLUILRL <= ~d" srl)))
 364     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 365       (push (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer (nth 0 tuple))
 366                            :lui lui
 367                            :lat (nth 1 tuple)
 368                            :ts (nth 2 tuple)
 369                            :lrl (ensure-integer (nth 3 tuple)))
 370             uterms))
 371     (nreverse uterms)))
 372
 373 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 374   "Return single uterm for cui/lui"
 375   (let ((ls (format nil "select LAT,TS,KLUILRL from MRCON where KCUILUI=~d limit 1" (make-cuilui cui lui))))
 376     (when srl
 377         (string-append ls (format nil " and KLUILRL <= ~d" srl)))
 378     (kmrcl:aif (car (mutex-sql-query ls))
 379          (make-instance 'uterm :cui cui
 380                         :lui lui
 381                         :lat (nth 0 kmrcl::it)
 382                        :ts (nth 1 kmrcl::it)
 383                        :lrl (ensure-integer (nth 2 kmrcl::it)))
 384          nil)))
 385
 386 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 387   "Return a list of ustr for cui/lui"
 388   (declare (fixnum cui lui))
 389   (let ((ustrs '())
 390         (ls (format nil "select SUI,STT,STR,LRL from MRCON where KCUILUI=~d" (make-cuilui cui lui))))
 391     (when srl
 392         (string-append ls (format nil " and LRL <= ~d" srl)))
 393     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 394       (let* ((sui (ensure-integer (car tuple)))
 395              (ustr (make-instance 'ustr :sui sui
 396                                   :cui cui
 397                                   :cuisui (make-cuisui cui sui)
 398                                   :lui lui
 399                                   :stt (nth 1 tuple)
 400                                   :str (nth 2 tuple)
 401                                   :lrl (ensure-integer (nth 3 tuple)))))
 402         (push ustr ustrs)))
 403     (nreverse ustrs)))
 404
 405 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 406   "Return the single ustr for cuisui"
 407   (let ((ls (format nil "select LUI,STT,STR,LRL from MRCON where KCUISUI=~d"
 408                     (make-cuisui cui sui))))
 409     (when srl
 410         (string-append ls (format nil " and LRL <= ~d" srl)))
 411     (kmrcl:aif (car (mutex-sql-query ls))
 412          (make-instance 'ustr :sui sui
 413                         :cui cui
 414                         :cuisui (make-cuisui cui sui)
 415                         :lui (ensure-integer (nth 0 kmrcl::it))
 416                         :stt (nth 1 kmrcl::it)
 417                         :str (nth 2 kmrcl::it)
 418                         :lrl (ensure-integer (nth 3 kmrcl::it)))
 419          nil)))
 420
 421 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 422   "Return the list of ustr for sui"
 423   (if (stringp sui)
 424       (setq sui (parse-sui sui)))
 425   (let ((ustrs '())
 426         (ls (format nil "select CUI,LUI,STT,STR,LRL from MRCON where SUI=~d" sui)))
 427     (when srl
 428         (string-append ls (format nil " and LRL <= ~d" srl)))
 429     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 430       (let ((cui (ensure-integer (car tuple))))
 431         (push (make-instance 'ustr :sui sui
 432                              :cui cui
 433                              :cuisui (make-cuisui cui sui)
 434                              :lui (ensure-integer (nth 1 tuple))
 435                              :stt (nth 2 tuple)
 436                              :str (nth 3 tuple)
 437                              :lrl (ensure-integer (nth 4 tuple)))
 438         ustrs)))
 439     (nreverse ustrs)))
 440
 441 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 442   "Return the list of ustr for sab"
 443   (let ((ustrs '())
 444         (ls (format nil "select KCUISUI from MRSO where SAB='~a'" sab)))
 445     (when srl
 446         (string-append ls (format nil " and SRL <= ~d" srl)))
 447     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 448       (let ((cuisui (ensure-integer (car tuple))))
 449         (push (apply #'find-ustr-cuisui
 450                      (append
 451                       (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui))
 452                       (list :srl srl)))
 453               ustrs)))
 454     (nreverse ustrs)))
 455
 456 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 457   "Return list of all ustr's"
 458   (let ((ls "select distinct CUI,LUI,SUI,STT,LRL,KPFSTR from MRCON"))
 459     (when srl
 460       (string-append ls (format nil " where LRL <= ~d" srl)))
 461     (string-append ls " order by SUI asc")
 462     (with-sql-connection (db)
 463       (clsql:map-query
 464        'list
 465        #'(lambda (cui lui sui stt lrl pfstr)
 466            (setq cui (ensure-integer cui))
 467            (setq lui (ensure-integer lui))
 468            (setq sui (ensure-integer sui))
 469            (setq lrl (ensure-integer lrl))
 470            (make-instance 'ustr :cui cui
 471                           :lui lui
 472                           :sui sui
 473                           :cuisui (make-cuisui cui sui)
 474                           :stt stt
 475                           :lrl lrl
 476                           :str pfstr))
 477        ls
 478        :database db))))
 479
 480 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 481   "Return the string associated with sui"
 482   (let ((ls (format nil "select STR from MRCON where SUI=~d" sui)))
 483     (when srl
 484       (string-append ls (format nil " and LRL <= ~d" srl)))
 485     (string-append ls " limit 1")
 486     (caar (mutex-sql-query ls))))
 487
 488 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 489   (declare (fixnum cui sui))
 490   (let ((usos '())
 491         (ls (format nil "select SAB,CODE,SRL,TTY from MRSO where KCUISUI=~d"
 492                     (make-cuisui cui sui))))
 493     (when srl
 494         (string-append ls (format nil " and SRL <= ~d" srl)))
 495     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 496       (push (make-instance 'uso :sab (nth 0 tuple) :code (nth 1 tuple)
 497                            :srl (nth 2 tuple) :tty (nth 3 tuple))
 498             usos))
 499     (nreverse usos)))
 500
 501 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 502   (declare (fixnum cui sui))
 503   (let ((ucxts '())
 504         (ls (format nil "select SAB,CODE,CXN,CXL,RNK,CXS,CUI2,HCD,RELA,XC from MRCXT where KCUISUI=~d"
 505                     (make-cuisui cui sui))))
 506     (when srl
 507         (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 508     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 509       (push (make-instance 'ucxt :sab (nth 0 tuple)
 510                            :code (nth 1 tuple)
 511                            :cxn (ensure-integer (nth 2 tuple))
 512                            :cxl (nth 3 tuple)
 513                            :rnk (ensure-integer (nth 4 tuple))
 514                            :cxs (nth 5 tuple)
 515                            :cui2 (ensure-integer (nth 6 tuple))
 516                            :hcd (nth 7 tuple)
 517                            :rela (nth 8 tuple)
 518                            :xc (nth 9 tuple))
 519             ucxts))
 520     (nreverse ucxts)))
 521
 522 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 523   (let ((ls (format nil "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where ")))
 524     (cond
 525      (sui (string-append ls (format nil "KCUISUI=~d" (make-cuisui cui sui))))
 526      (lui (string-append ls (format nil "KCUILUI=~d and sui=0" (make-cuilui cui lui))))
 527      (t (string-append ls (format nil "cui=~d and lui=0 and sui=0" cui))))
 528     (when srl
 529         (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 530     (let ((usats '()))
 531       (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 532         (push (make-instance 'usat :code (nth 0 tuple)
 533                              :atn (nth 1 tuple)
 534                              :sab (nth 2 tuple)
 535                              :atv (nth 3 tuple))
 536               usats))
 537       (nreverse usats))))
 538
 539
 540 (defun find-pfstr-cui (cui)
 541   (caar (mutex-sql-query (format nil "select KPFSTR from MRCON where CUI=~d limit 1" cui))))
 542
 543 (defun find-usty-tui (tui)
 544   "Find usty for tui"
 545   (setq tui (parse-tui tui))
 546     (kmrcl:aif (car (mutex-sql-query
 547                (format nil "select STY from MRSTY where TUI=~d limit 1" tui)))
 548          (make-instance 'usty :tui tui :sty (nth 0 kmrcl::it))
 549          nil))
 550
 551 (defun find-usty-sty (sty)
 552   "Find usty for a sty"
 553   (kmrcl:aif (car (mutex-sql-query
 554                 (format nil "select TUI from MRSTY where STY='~a' limit 1" sty)))
 555           (make-instance 'usty :tui (ensure-integer (nth 0 kmrcl::it)) :sty sty)
 556           nil))
 557
 558 (defun find-usty-all ()
 559   "Return list of usty's for all semantic types"
 560   (let ((ustys '()))
 561     (dolist (tuple (mutex-sql-query "select distinct TUI from MRSTY"))
 562       (push (find-usty-tui (nth 0 tuple)) ustys))
 563     (nreverse ustys)))
 564
 565
 566 (defun find-cui-max ()
 567   (let ((cui (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 568     (ensure-integer cui)))
 569
 570 ;;;; Cross table find functions
 571
 572 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 573   "Find list of ucon for tui"
 574   (when (stringp tui)
 575       (setq tui (parse-tui tui)))
 576   (let ((ucons '())
 577         (ls (format nil "select CUI from MRSTY where TUI=~d" tui)))
 578     (when srl
 579         (string-append ls (format nil " and KLRL <= ~d" srl)))
 580     (string-append ls " order by cui desc")
 581     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 582       (push (find-ucon-cui (ensure-integer (car tuple)) :srl srl) ucons))
 583     ucons))
 584
 585 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 586   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 587   (let ((ucons '())
 588         (ls (format nil "select distinct cui from MRXW_ENG where wd~A'~A'"
 589                     (if like " LIKE " "=")
 590                     word)))
 591     (when srl
 592       (string-append ls (format nil " and KLRL <= ~d" srl)))
 593     (string-append ls " order by cui desc")
 594     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 595       (push (find-ucon-cui (car tuple) :srl srl) ucons))
 596     ucons))
 597
 598 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 599   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 600   (let ((ucons '())
 601         (ls (format nil "select distinct cui from MRXNW_ENG where nwd~A'~A'"
 602                     (if like " LIKE " "=")
 603                     word)))
 604     (when srl
 605       (string-append ls (format nil " and KLRL <= ~d" srl)))
 606     (string-append ls " order by cui desc")
 607     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 608       (push (find-ucon-cui (car tuple) :srl srl) ucons))
 609     ucons))
 610
 611 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 612   "Return list of ustrs that match word"
 613   (let ((ustrs '())
 614         (ls (format nil "select cui,sui from MRXW_ENG where wd='~a'" word)))
 615     (when srl
 616         (string-append ls (format nil " and KLRL <= ~d" srl)))
 617     (string-append ls " order by cui desc,sui desc")
 618     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 619       (push (find-ustr-cuisui (ensure-integer (car tuple)) (ensure-integer (cadr tuple)) :srl srl)
 620             ustrs))
 621     ustrs))
 622
 623 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 624   "Return list of ustrs that match word"
 625   (let ((ustrs '())
 626         (ls (format nil "select cui,sui from MRXNW_ENG where nwd='~a'" word)))
 627     (when srl
 628         (string-append ls (format nil " and KLRL <= ~d" srl)))
 629     (string-append ls " order by cui desc,sui desc")
 630     (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 631       (push (find-ustr-cuisui (ensure-integer (car tuple)) (ensure-integer (cadr tuple)) :srl srl)
 632             ustrs))
 633     ustrs))
 634
 635 ;; Special tables
 636
 637 (defun find-usrl-all ()
 638   (let ((usrls '())
 639         (tuples (mutex-sql-query "select SAB,SRL from USRL order by SAB desc")))
 640     (dolist (tuple tuples)
 641       (push (make-instance 'usrl :sab (nth 0 tuple)
 642                            :srl (ensure-integer (nth 1 tuple))) usrls))
 643     usrls))
 644
 645 ;;; Multiword lookup and score functions
 646
 647 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 648   "Return sorted list of ucon's that match a multiword string"
 649   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 650          (ucons '()))
 651     (dolist (word words)
 652       (setq ucons (append ucons (find-ucon-word word :srl srl))))
 653     (sort-score-ucon-str str (delete-duplicates ucons :test #'eql :key #'cui))))
 654
 655 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 656   "Return sorted list of ustr's that match a multiword string"
 657   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 658          (ustrs '()))
 659     (dolist (word words)
 660       (setq ustrs (append ustrs (find-ustr-word word :srl srl))))
 661     (sort-score-ustr-str str (delete-duplicates ustrs :test #'eql :key #'cui))))
 662
 663 (defun sort-score-ucon-str (str ucons)
 664   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 665   (sort-score-umlsclass-str ucons str #'pfstr))
 666
 667 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 668   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 669   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 670
 671 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 672   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 673   (let ((scored '()))
 674     (dolist (obj objs)
 675       (push
 676        (list obj
 677              (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 678        scored))
 679     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 680
 681 (defun score-multiword-match (s1 s2)
 682   "Score a match between two strings with s1 being reference string"
 683   (let* ((word-list-1 (delimited-string-to-list s1 #\space))
 684          (word-list-2 (delimited-string-to-list s2 #\space))
 685          (n1 (length word-list-1))
 686          (n2 (length word-list-2))
 687          (unmatched n1)
 688          (score 0)
 689          (nlong 0)
 690          (nshort 0)
 691          short-list long-list)
 692     (declare (fixnum n1 n2 nshort nlong score unmatched))
 693     (if (> n1 n2)
 694         (progn
 695           (setq nlong n1)
 696           (setq nshort n2)
 697           (setq long-list word-list-1)
 698           (setq short-list word-list-2))
 699       (progn
 700         (setq nlong n2)
 701         (setq nshort n1)
 702         (setq long-list word-list-2)
 703         (setq short-list word-list-1)))
 704     (decf score (- nlong nshort)) ;; reduce score for extra words
 705     (dotimes (iword nshort)
 706       (declare (fixnum iword))
 707       (kmrcl:aif (position (nth iword short-list) long-list :test #'string-equal)
 708            (progn
 709              (incf score (- 10 (abs (- kmrcl::it iword))))
 710              (decf unmatched))))
 711     (decf score (* 2 unmatched))
 712     score))
 713
 714
 715 ;;; LEX SQL functions
 716
 717 (defun find-lexterm-eui (eui)
 718   (kmrcl:awhen (car (mutex-sql-query
 719                   (format nil "select WRD from LRWD where EUI=~d" eui)))
 720             (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd (nth 0 kmrcl:it))))
 721
 722 (defun find-lexterm-word (wrd)
 723   (kmrcl:awhen (mutex-sql-query
 724              (format nil "select EUI from LRWD where WRD='~a'" wrd))
 725             (let ((terms '()))
 726               (dolist (tuple kmrcl:it)
 727                 (let ((eui (ensure-integer (nth 0 tuple))))
 728                   (push
 729                    (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd (copy-seq wrd))
 730                    terms)))
 731               (nreverse terms))))
 732
 733 ;; LEXTERM accessors, read on demand
 734
 735 (def-lazy-reader lexterm s#abr find-labr-eui eui)
 736 (def-lazy-reader lexterm s#agr find-lagr-eui eui)
 737 (def-lazy-reader lexterm s#cmp find-lcmp-eui eui)
 738 (def-lazy-reader lexterm s#mod find-lmod-eui eui)
 739 (def-lazy-reader lexterm s#nom find-lnom-eui eui)
 740 (def-lazy-reader lexterm s#prn find-lprn-eui eui)
 741 (def-lazy-reader lexterm s#prp find-lprp-eui eui)
 742 (def-lazy-reader lexterm s#spl find-lspl-eui eui)
 743 (def-lazy-reader lexterm s#trm find-ltrm-eui eui)
 744 (def-lazy-reader lexterm s#typ find-ltyp-eui eui)
 745
 746 ;; LEX SQL Read functions
 747
 748 (defun find-labr-eui (eui)
 749     (kmrcl:awhen (mutex-sql-query
 750                (format nil "select BAS,ABR,EUI2,BAS2 from LRABR where EUI=~d" eui))
 751               (let ((results '()))
 752                 (dolist (tuple kmrcl::it)
 753                   (push
 754                    (make-instance 'labr :eui eui
 755                                   :bas (nth 0 tuple)
 756                                   :abr (nth 1 tuple)
 757                                   :eui2 (ensure-integer (nth 2 tuple))
 758                                   :bas2 (nth 3 tuple))
 759                    results))
 760                 (nreverse results))))
 761
 762 (defun find-labr-bas (bas)
 763   (kmrcl:awhen (mutex-sql-query
 764                (format nil "select EUI,ABR,EUI2,BAS2 from LRABR where BAS='~a'" bas))
 765               (let ((results '()))
 766                 (dolist (tuple kmrcl::it)
 767                   (push
 768                    (make-instance 'labr :eui (ensure-integer (nth 0 tuple))
 769                                   :bas (copy-seq bas)
 770                                   :abr (nth 1 tuple)
 771                                   :eui2 (ensure-integer (nth 2 tuple))
 772                                   :bas2 (nth 3 tuple))
 773                    results))
 774                 (nreverse results))))
 775
 776 (defun find-lagr-eui (eui)
 777   (kmrcl:awhen (mutex-sql-query
 778                (format nil "select STR,SCA,AGR,CIT,BAS from LRAGR where EUI=~d" eui))
 779               (let ((results '()))
 780                 (dolist (tuple kmrcl::it)
 781                   (push
 782                    (make-instance 'lagr
 783                                   :eui eui
 784                                   :str (nth 0 tuple)
 785                                   :sca (nth 1 tuple)
 786                                   :agr (nth 2 tuple)
 787                                   :cit (nth 3 tuple)
 788                                   :bas (nth 4 tuple))
 789                    results))
 790                 (nreverse results))))
 791
 792 (defun find-lcmp-eui (eui)
 793   (kmrcl:awhen (mutex-sql-query
 794                (format nil "select BAS,SCA,COM from LRCMP where EUI=~d" eui))
 795               (let ((results '()))
 796                 (dolist (tuple kmrcl::it)
 797                   (push
 798                    (make-instance 'lcmp
 799                                   :eui eui
 800                                   :bas (nth 0 tuple)
 801                                   :sca (nth 1 tuple)
 802                                   :com (nth 2 tuple))
 803                    results))
 804                 (nreverse results))))
 805
 806 (defun find-lmod-eui (eui)
 807   (kmrcl:awhen (mutex-sql-query
 808                (format nil "select BAS,SCA,PSN_MOD,FEA from LRMOD where EUI=~d" eui))
 809               (let ((results '()))
 810                 (dolist (tuple kmrcl::it)
 811                   (push
 812                    (make-instance 'lmod
 813                                   :eui eui
 814                                   :bas (nth 0 tuple)
 815                                   :sca (nth 1 tuple)
 816                                   :psnmod (nth 2 tuple)
 817                                   :fea (nth 3 tuple))
 818                    results))
 819                 (nreverse results))))
 820
 821 (defun find-lnom-eui (eui)
 822   (kmrcl:awhen (mutex-sql-query
 823                (format nil "select BAS,SCA,EUI2,BAS2,SCA2 from LRNOM where EUI=~d" eui))
 824               (let ((results '()))
 825                 (dolist (tuple kmrcl::it)
 826                   (push
 827                    (make-instance 'lnom
 828                                   :eui eui
 829                                   :bas (nth 0 tuple)
 830                                   :sca (nth 1 tuple)
 831                                   :eui2 (ensure-integer (nth 2 tuple))
 832                                   :bas2 (nth 3 tuple)
 833                                   :sca2 (nth 4 tuple))
 834                    results))
 835                 (nreverse results))))
 836
 837 (defun find-lprn-eui (eui)
 838   (kmrcl:awhen (mutex-sql-query
 839                (format nil "select BAS,NUM,GND,CAS,POS,QNT,FEA from LRPRN where EUI=~d" eui))
 840               (let ((results '()))
 841                 (dolist (tuple kmrcl::it)
 842                   (push
 843                    (make-instance 'lprn
 844                                   :eui eui
 845                                   :bas (nth 0 tuple)
 846                                   :num (nth 1 tuple)
 847                                   :gnd (nth 2 tuple)
 848                                   :cas (nth 3 tuple)
 849                                   :pos (nth 4 tuple)
 850                                   :qnt (nth 5 tuple)
 851                                   :fea (nth 6 tuple))
 852                    results))
 853                 (nreverse results))))
 854
 855 (defun find-lprp-eui (eui)
 856   (kmrcl:awhen (mutex-sql-query
 857                (format nil "select BAS,STR,SCA,FEA from LRPRP where EUI=~d" eui))
 858               (let ((results '()))
 859                 (dolist (tuple kmrcl::it)
 860                   (push
 861                    (make-instance 'lprp
 862                                   :eui eui
 863                                   :bas (nth 0 tuple)
 864                                   :str (nth 1 tuple)
 865                                   :sca (nth 2 tuple)
 866                                   :fea (nth 3 tuple))
 867                    results))
 868                 (nreverse results))))
 869
 870 (defun find-lspl-eui (eui)
 871   (kmrcl:awhen (mutex-sql-query
 872                (format nil "select SPV,BAS from LRSPL where EUI=~d" eui))
 873               (let ((results '()))
 874                 (dolist (tuple kmrcl::it)
 875                   (push
 876                    (make-instance 'lspl
 877                                   :eui eui
 878                                   :spv (nth 0 tuple)
 879                                   :bas (nth 1 tuple))
 880                    results))
 881                 (nreverse results))))
 882
 883
 884 (defun find-ltrm-eui (eui)
 885   (kmrcl:awhen (mutex-sql-query
 886                (format nil "select BAS,GEN from LRTRM where EUI=~d" eui))
 887               (let ((results '()))
 888                 (dolist (tuple kmrcl::it)
 889                   (push
 890                    (make-instance 'ltrm
 891                                   :eui eui
 892                                   :bas (nth 0 tuple)
 893                                   :gen (nth 1 tuple))
 894                    results))
 895                 (nreverse results))))
 896
 897 (defun find-ltyp-eui (eui)
 898   (kmrcl:awhen (mutex-sql-query
 899                (format nil "select BAS,SCA,TYP from LRTYP where EUI=~d" eui))
 900               (let ((results '()))
 901                 (dolist (tuple kmrcl::it)
 902                   (push
 903                    (make-instance 'ltyp
 904                                   :eui eui
 905                                   :bas (nth 0 tuple)
 906                                   :sca (nth 1 tuple)
 907                                   :typ (nth 2 tuple))
 908                    results))
 909                 (nreverse results))))
 910
 911 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 912   (kmrcl:awhen (mutex-sql-query
 913              (format nil "select EUI from LRWD where WRD='~a'" wrd))
 914               (let ((results '()))
 915                 (dolist (tuple kmrcl::it)
 916                   (push (ensure-integer (nth 0 tuple)) results))
 917                 (make-instance 'lwd :wrd wrd
 918                                :euilist (nreverse results)))))
 919
 920 ;;; Semantic Network SQL access functions
 921
 922 (defun find-sdef-ui (ui)
 923   (kmrcl:awhen (car (mutex-sql-query
 924                   (format nil "select RT,STY_RL,STN_RTN,DEF,EX,UN,RH,ABR,RIN from SRDEF where UI=~d" ui)))
 925             (make-instance 'sdef :rt (nth 0 kmrcl::it)
 926                            :ui ui
 927                            :styrl (nth 1 kmrcl::it)
 928                            :stnrtn (nth 2 kmrcl::it)
 929                            :def (nth 3 kmrcl::it)
 930                            :ex (nth 4 kmrcl::it)
 931                            :un (nth 5 kmrcl::it)
 932                            :rh (nth 6 kmrcl::it)
 933                            :abr (nth 7 kmrcl::it)
 934                            :rin (nth 8 kmrcl::it))))
 935
 936 (defun find-sstre1-ui (ui)
 937   (kmrcl:awhen (mutex-sql-query
 938                (format nil "select UI2,UI3 from SRSTRE1 where UI=~d" ui))
 939               (let ((results '()))
 940                 (dolist (tuple kmrcl::it)
 941                   (push
 942                    (make-instance 'sstre1 :ui ui
 943                                   :ui2 (ensure-integer (nth 0 tuple))
 944                                   :ui3 (ensure-integer (nth 1 tuple)))
 945                    results))
 946                 (nreverse results))))
 947
 948 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 949   (kmrcl:awhen (mutex-sql-query
 950                (format nil "select UI,UI3 from SRSTRE1 where UI2=~d" ui2))
 951               (let ((results '()))
 952                 (dolist (tuple kmrcl::it)
 953                   (push
 954                    (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer (nth 0 tuple))
 955                                   :ui2 ui2
 956                                   :ui3 (ensure-integer (nth 1 tuple)))
 957                    results))
 958                 (nreverse results))))
 959
 960 (defun find-sstr-rl (rl)
 961   (kmrcl:awhen (mutex-sql-query
 962                (format nil "select STY_RL,STY_RL2,LS from SRSTRE where RL='~a'" rl))
 963               (let ((results '()))
 964                 (dolist (tuple kmrcl::it)
 965                   (push
 966                    (make-instance 'sstr
 967                                   :rl rl
 968                                   :styrl (nth 0 tuple)
 969                                   :styrl2 (nth 1 tuple)
 970                                   :ls (nth 2 tuple))
 971                    results))
 972                 (nreverse results))))
 973
 974
 975 (defun find-sstre2-sty (sty)
 976   (kmrcl:awhen (mutex-sql-query
 977              (format nil "select RL,STY2 from SRSTRE2 where STY='~a'" sty))
 978             (let ((results '()))
 979               (dolist (tuple kmrcl::it)
 980                 (push
 981                  (make-instance 'sstre2
 982                                 :sty (copy-seq sty)
 983                                 :rl (nth 0 tuple)
 984                                 :sty2 (nth 1 tuple))
 985                                 results))
 986                 (nreverse results))))
 987
 988 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 989   (kmrcl:awhen (mutex-sql-query
 990                (format nil "select RL,STY_RL2,LS from SRSTR where RL='~a'" styrl))
 991               (let ((results '()))
 992                 (dolist (tuple kmrcl::it)
 993                   (push
 994                    (make-instance 'sstr :styrl styrl
 995                                   :rl (nth 0 tuple)
 996                                   :styrl2 (nth 1 tuple)
 997                                   :ls (nth 2 tuple))
 998                    results))
 999                 (nreverse results))))
1000
1001