sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  11 ;;;;    Copyright (c) 2000-2010 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  12 ;;;;
  13 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  14 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  15 ;;;; *************************************************************************
  16
  17 (in-package #:umlisp)
  18
  19
  20 (defvar *current-srl* nil)
  21 (defun current-srl ()
  22   *current-srl*)
  23 (defun set-current-srl (srl)
  24   (setq *current-srl* srl))
  25
  26 (defmacro query-string (table fields srl where-name where-value
  27                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit
  28                         filter)
  29   (let* ((%%fields (format nil "SELECT ~A~{~:@(~A~)~^,~} FROM ~:@(~A~)"
  30                            (if distinct "DISTINCT " "") fields table))
  31          (%%order (if order (format nil " ORDER BY ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  32                                     order)
  33                       ""))
  34          (%%lrl (format nil " AND ~:@(~A~)<=" lrl))
  35          (%%where (when where-name
  36                     (format nil " WHERE ~:@(~A~)~A" where-name
  37                           (if like " like " ""))))
  38          (%filter (gensym "FILTER-"))
  39          (%single (gensym "SINGLE-"))
  40          (%limit (gensym "LIMIT-")))
  41     `(let ((,%limit ,limit)
  42            (,%single ,single)
  43            (,%filter ,filter))
  44        (concatenate
  45         'string
  46         ,%%fields
  47         ,@(when %%where (list %%where))
  48         ,@(when %%where
  49             `((typecase ,where-value
  50                 #+ignore
  51                 (fixnum
  52                  (concatenate 'string "='" (prefixed-fixnum-string ,where-value #\0 10) "'"))
  53                 (number
  54                  (concatenate 'string "='" (write-to-string ,where-value) "'"))
  55                 (null
  56                  " IS NULL")
  57                 (t
  58                  (format nil ,(if like "'%~A%'" "='~A'") ,where-value)))))
  59         (if ,%filter (concatenate 'string
  60                                   ,(if %%where " AND " " WHERE ")
  61                                   ,%filter) "")
  62         (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  63         ,@(when %%order (list %%order))
  64         (cond
  65          ((and ,%single ,%limit)
  66           (error  "Can't set single (~S) and limit (~S)" ,%single ,%limit))
  67          (,%single
  68           " LIMIT 1")
  69          (,%limit
  70           (format nil " LIMIT ~D" ,%limit))
  71          (t
  72           ""))))))
  73
  74 (defun query-string-eval (table fields srl where-name where-value
  75                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit filter)
  76   (when single (setq limit 1))
  77   (concatenate
  78    'string
  79    (format nil "SELECT ~A~{~:@(~A~)~^,~} FROM ~:@(~A~)"
  80            (if distinct "DISTINCT " "") fields table)
  81    (if where-name (format nil " WHERE ~:@(~A~)" where-name) "")
  82    (if where-name
  83        (format nil
  84                (typecase where-value
  85                  (number "='~D'")
  86                  (null " IS NULL")
  87                  (t
  88                   (if like " LIKE '%~A%'" "='~A'")))
  89                where-value)
  90        "")
  91    (if filter (concatenate 'string " AND " filter) nil)
  92    (if srl (format nil " AND ~:@(~A~)<=~D" lrl srl) "")
  93    (if order (format nil " ORDER BY ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  94    (if limit (format nil " LIMIT ~D" limit) "")))
  95
  96
  97 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  98                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
  99                      limit filter (query-cmd 'mutex-sql-query))
 100   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 101 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 102   `(,query-cmd
 103     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 104      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 105      :filter ,filter :limit ,limit)))
 106
 107 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
 108                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
 109                      filter limit)
 110   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 111 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 112   `(mutex-sql-query
 113     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 114      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 115      :filter ,filter :limit ,limit)))
 116
 117 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
 118 (defmacro collect-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
 119                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 120                                     order like (query-cmd 'mutex-sql-query)
 121                                     filter limit)
 122                                 &body body)
 123   (let ((value (gensym))
 124         (r (gensym)))
 125     (if single
 126         (if (and limit (> limit 1))
 127             (error "Can't set limit along with single.")
 128           `(let* ((,value ,where-value)
 129                   (tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 130                                             :lrl ,lrl :single ,single
 131                                             :distinct ,distinct :order ,order
 132                                             :like ,like :filter ,filter
 133                                             :query-cmd ,query-cmd))))
 134              ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 135              (when tuple
 136                (destructuring-bind ,fields tuple
 137                  ,@body))))
 138         `(let ((,value ,where-value))
 139            ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 140            (let ((,r '()))
 141              (dolist (tuple (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 142                                           :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 143                                           :order ,order :filter ,filter :like ,like
 144                                           :limit ,limit))
 145                (push (destructuring-bind ,fields tuple ,@body) ,r))
 146              (nreverse ,r))
 147            #+ignore
 148            (loop for tuple in
 149                  (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 150                                :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 151                                :order ,order :like ,like :filter ,filter :limit ,limit)
 152                collect (destructuring-bind ,fields tuple ,@body))))))
 153
 154 (defmacro collect-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
 155                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 156                                          order like filter limit)
 157                                   &body body)
 158   (let ((value (gensym))
 159         (r (gensym))
 160         (eval-fields (cadr fields)))
 161     (if single
 162         `(let* ((,value ,where-value)
 163                 (tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 164                                                :lrl ,lrl :single ,single
 165                                                :distinct ,distinct :order ,order
 166                                                :like ,like :filter ,filter
 167                                                :limit ,limit))))
 168           (when tuple
 169             (destructuring-bind ,eval-fields tuple
 170               ,@body)))
 171         `(let ((,value ,where-value)
 172                (,r '()))
 173            (dolist (tuple (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 174                                              :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 175                                              :order ,order :like ,like
 176                                              :filter ,filter :limit ,limit))
 177              (push (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body) ,r))
 178            (nreverse ,r)
 179            #+ignore
 180            (loop for tuple in
 181                  (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 182                                     :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 183                                     :order ,order :like ,like :filter ,filter
 184                                     :limit ,limit)
 185                collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body))))))
 186
 187 ;;;
 188 ;;; Read from SQL database
 189
 190 (defmacro ensure-cui-integer (cui)
 191   `(if (stringp ,cui)
 192     (setq ,cui (parse-cui ,cui))
 193     ,cui))
 194
 195 (defmacro ensure-lui-integer (lui)
 196   `(if (stringp ,lui)
 197     (setq ,lui (parse-lui ,lui))
 198     ,lui))
 199
 200 (defmacro ensure-sui-integer (sui)
 201   `(if (stringp ,sui)
 202     (setq ,sui (parse-sui ,sui))
 203     ,sui))
 204
 205 (defmacro ensure-aui-integer (aui)
 206   `(if (stringp ,aui)
 207     (setq ,aui (parse-aui ,aui))
 208     ,aui))
 209
 210 (defmacro ensure-rui-integer (rui)
 211   `(if (stringp ,rui)
 212     (setq ,rui (parse-rui ,rui))
 213     ,rui))
 214
 215 (defmacro ensure-tui-integer (tui)
 216   `(if (stringp ,tui)
 217     (setq ,tui (parse-tui ,tui))
 218     ,tui))
 219
 220 (defmacro ensure-eui-integer (eui)
 221   `(if (stringp ,eui)
 222     (setq ,eui (parse-eui ,eui))
 223     ,eui))
 224
 225 (defun make-ucon-cui (cui)
 226   (ensure-cui-integer cui)
 227   (when cui
 228     (make-instance 'ucon :cui cui)))
 229
 230 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*) without-pfstr)
 231   "Find ucon for a cui. If set SAB, the without-pfstr is on by default"
 232   (ensure-cui-integer cui)
 233   (unless cui (return-from find-ucon-cui nil))
 234
 235   (if without-pfstr
 236       (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :single t)
 237                             (make-instance 'ucon :cui cui :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 238                                            :pfstr nil)))
 239    (or
 240      (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl str) srl cui cui :single t :filter "KPFENG=1")
 241         (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr str
 242                        :lrl kcuilrl))
 243      (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl str) srl cui cui :single t)
 244         (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr str
 245                        :lrl kcuilrl))))
 246
 247 (defun find-uconso-cui (cui &key sab (srl *current-srl*))
 248   "Find uconso for a cui."
 249   (ensure-cui-integer cui)
 250   (unless cui (return-from find-uconso-cui nil))
 251
 252   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts lui stt sui ispref aui saui scui sdui sab tty code str
 253                                       srl suppress cvf kpfeng kcuisui kcuilui kcuilrl
 254                                       kluilrl ksuilrl) srl cui cui
 255                                       :filter (if sab (concatenate 'string "SAB='" sab "'") nil))
 256     (make-instance 'uconso :cui cui :lat lat :ts ts :lui lui :stt stt :sui sui :ispref ispref
 257                    :aui aui :saui saui :scui scui :sdui sdui :sab sab :tty tty :code code
 258                    :str str :srl srl :suppress suppress :cvf cvf :kpfeng kpfeng
 259                    :kcuisui kcuisui :kcuilui kcuilui :kcuilrl kcuilrl :kluilrl kluilrl
 260                    :ksuilrl ksuilrl)))
 261
 262 (defun find-uconso-cuisui (cuisui &key sab (srl *current-srl*))
 263   "Find uconso for a cuisui."
 264   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts lui stt sui ispref aui saui scui sdui sab tty code str
 265                                       srl suppress cvf kpfeng kcuisui kcuilui kcuilrl
 266                                       kluilrl ksuilrl) srl kcuisui cuisui
 267                                       :filter (if sab (concatenate 'string "SAB='" sab "'") nil))
 268     (make-instance 'uconso :cui cui :lat lat :ts ts :lui lui :stt stt :sui sui :ispref ispref
 269                    :aui aui :saui saui :scui scui :sdui sdui :sab sab :tty tty :code code
 270                    :str str :srl srl :suppress suppress :cvf cvf :kpfeng kpfeng
 271                    :kcuisui kcuisui :kcuilui kcuilui :kcuilrl kcuilrl :kluilrl kluilrl
 272                    :ksuilrl ksuilrl)))
 273
 274
 275 (defun find-uconso-code (code &key first sab (srl *current-srl*) (like nil))
 276   "Return list of uconso objects that match code. Optional, filter for SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 277   (collect-umlisp-query (mrconso (cui sab) srl code code :like like :distinct t
 278                                  :lrl klrl
 279                                  :filter (if sab (concatenate 'string "SAB='" sab "'") nil))
 280     (let ((uconsos (find-uconso-cui cui :sab sab :srl srl)))
 281       (if first
 282           (first uconsos)
 283           uconsos))))
 284
 285 (defun find-uconso-sui (sui &key sab (srl *current-srl*))
 286   "Find uconso for a sui. If set SAB, the without-pfstr is on by default"
 287   (ensure-sui-integer sui)
 288   (unless (and sui (stringp sab))
 289     (return-from find-uconso-sui nil))
 290
 291   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts lui stt sui ispref aui saui scui sdui sab tty code str
 292                                       srl suppress cvf kpfeng kcuisui kcuilui kcuilrl
 293                                       kluilrl ksuilrl) srl sui sui
 294                                       :distinct t
 295                                       :filter (if sab (concatenate 'string "SAB='" sab "'") nil))
 296     (make-instance 'uconso :cui cui :lat lat :ts ts :lui lui :stt stt :sui sui :ispref ispref
 297                    :aui aui :saui saui :scui scui :sdui sdui :sab sab :tty tty :code code
 298                    :str str :srl srl :suppress suppress :cvf cvf :kpfeng kpfeng
 299                    :kcuisui kcuisui :kcuilui kcuilui :kcuilrl kcuilrl :kluilrl kluilrl
 300                    :ksuilrl ksuilrl)))
 301
 302 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 303   "Find preferred string for a cui"
 304   (ensure-cui-integer cui)
 305   (or
 306    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 307                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 308       str)
 309    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 310                                   :single t)
 311                          str)))
 312
 313 (defun find-lrl-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 314   "Find LRL for a cui"
 315   (ensure-cui-integer cui)
 316   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :distinct t :single t)
 317                         (ensure-integer kcuilrl)))
 318
 319 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 320   "Find list of ucon for lui"
 321   (ensure-lui-integer lui)
 322   (unless lui (return-from find-ucon-lui nil))
 323   (or
 324    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 325                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 326       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 327                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))
 328    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 329                                   :single t)
 330       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 331                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 332
 333 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 334   "Find list of ucon for sui"
 335   (ensure-sui-integer sui)
 336   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl sui sui :distinct t)
 337     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 338                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 339
 340 (defun find-ucon-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 341   "Find list of ucon for aui"
 342   (ensure-aui-integer aui)
 343   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl aui aui :distinct t)
 344     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 345                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 346
 347 (defun find-ucon-cuisui (cuisui &key (srl *current-srl*))
 348   "Find ucon for cui/sui"
 349   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl kcuisui cuisui)
 350     (make-instance 'ucon :cui cui
 351                    :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 352                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 353
 354 (defun find-ucon-cui-sui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 355   "Find ucon for cui/sui"
 356   (ensure-cui-integer cui)
 357   (ensure-sui-integer sui)
 358   (when (and cui sui)
 359     (find-ucon-cui-sui cui sui :srl srl)))
 360
 361 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 362   "Find ucon that are exact match for str"
 363   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl str str :distinct t)
 364     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 365                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 366
 367 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 368   "Return list of all ucon's"
 369   (with-sql-connection (db)
 370     (clsql:map-query
 371      'list
 372      #'(lambda (tuple)
 373          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 374              (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 375                             :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 376                             :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 377      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil
 378                    :order (cui asc) :distinct t)
 379      :database db)))
 380
 381 (defun find-ucon-all2 (&key (srl *current-srl*))
 382   "Return list of all ucon's"
 383   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 384                             :distinct t)
 385     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 386                    :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 387                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 388
 389 (defun find-cui-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 390   "Return list of CUIs for all ucons"
 391   (collect-umlisp-query (mrconso (cui) srl nil nil :order (cui asc)
 392                                :distinct t)
 393                         cui))
 394
 395 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 396   "Map a function over all ucon's"
 397   (with-sql-connection (db)
 398     (clsql:map-query
 399      nil
 400      #'(lambda (tuple)
 401          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 402            (funcall fn (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 403                                       :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 404                                       :lrl (ensure-integer cuilrl)))))
 405      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 406                    :distinct t)
 407      :database db)))
 408
 409
 410 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 411   "Return a list of udefs for cui"
 412   (ensure-cui-integer cui)
 413   (collect-umlisp-query (mrdef (sab def suppress) srl cui cui :lrl "KSRL")
 414     (make-instance 'udef :sab sab :def def :suppress suppress)))
 415
 416 (defun find-udoc-key (key)
 417   "Return list of abbreviation documentation for a key"
 418   (collect-umlisp-query (mrdoc (value type expl) nil dockey key)
 419     (make-instance 'udoc :dockey key :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 420
 421 (defun find-udoc-value (value)
 422   "Return abbreviation documentation"
 423   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey type expl) nil value value)
 424     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 425
 426 (defun find-udoc-key-value (dockey value)
 427   (collect-umlisp-query (mrdoc (type expl) nil dockey dockey :filter (format nil "VALUE='~A'" value))
 428       (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 429
 430 (defun find-udoc-all ()
 431   "Return all abbreviation documentation"
 432   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey value type expl) nil nil nil)
 433     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 434
 435 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 436   "Return a list of usty for cui"
 437   (ensure-cui-integer cui)
 438   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui cui :lrl "KLRL")
 439     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 440
 441 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 442   "Return a list of usty that match word"
 443   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t
 444                             :distinct t)
 445     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 446
 447 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*) filter without-pfstr2)
 448   "Return a list of urel for cui"
 449   (ensure-cui-integer cui)
 450   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 451                                srl cui1 cui :lrl "KSRL" :filter filter)
 452     (let ((rel
 453       (make-instance 'urel :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 454                      :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 455                      :rui (ensure-integer rui) :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 456                      :suppress suppress :cvf cvf)))
 457       (unless without-pfstr2
 458         (setf (slot-value rel 'pfstr2) (find-pfstr-cui cui2)))
 459       rel)))
 460
 461 (defun find-urel-rui (rui &key (srl *current-srl*))
 462   "Return the urel for a rui"
 463   (ensure-rui-integer rui)
 464   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 465                                srl rui rui :lrl "KSRL" :single t)
 466     (make-instance 'urel :cui1 cui1 :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 467                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 468                    :rui (ensure-integer rui) :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 469                    :suppress suppress :cvf cvf :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 470
 471 (defun find-cui2-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 472   "Return a list of urel for cui"
 473   (ensure-cui-integer cui)
 474   (collect-umlisp-query (mrrel (cui2) srl cui1
 475                                cui :lrl "KSRL")
 476                         cui2))
 477
 478 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 479   "Return a list of urel for cui2"
 480   (ensure-cui-integer cui2)
 481   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui1 aui1 stype1 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 482                                srl cui2 cui2 :lrl "KSRL")
 483     (make-instance 'urel :cui2 cui2 :rel rel :aui2 (ensure-integer aui2)
 484                    :stype2 stype2 :rui (ensure-integer rui) :srui srui
 485                    :stype1 stype1 :cui1 (ensure-integer cui1)
 486                    :aui1 (ensure-integer aui1)
 487                    :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir :suppress suppress :cvf cvf
 488                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 489
 490 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 491   (ensure-cui-integer cui2)
 492   (loop for cui in (remove-duplicates
 493                     (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))
 494         collect (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 495
 496 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 497   "Return a list of ucoc for cui"
 498   (ensure-cui-integer cui)
 499   (collect-umlisp-query (mrcoc (aui1 cui2 aui2 sab cot cof coa) srl cui1
 500                             cui :lrl klrl :order (cof asc))
 501     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 502     (when (eql 0 cui2) (setq cui2 nil))
 503     (make-instance 'ucoc :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1)
 504                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2)
 505                    :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa :sab sab
 506                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 507
 508 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 509   "Return a list of ucoc for cui2"
 510   (ensure-cui-integer cui2)
 511   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui1 aui1 aui2 sab cot cof coa) srl cui2
 512                             cui2 :lrl klrl :order (cof asc))
 513     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 514     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 cui2
 515                    :aui1 (ensure-integer aui1) :aui2 (ensure-integer aui2)
 516                    :sab sab :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 517                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 518
 519 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 520   "List of ucon with co-occurance cui2"
 521   (ensure-cui-integer cui2)
 522   (mapcar
 523    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 524    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 525
 526
 527 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 528   "Return a list of uterm for cui"
 529   (ensure-cui-integer cui)
 530   (collect-umlisp-query (mrconso (lui lat ts kluilrl) srl cui cui
 531                             :lrl kluilrl :distinct t)
 532     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui cui
 533                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 534
 535 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 536   "Return a list of uterm for lui"
 537   (ensure-lui-integer lui)
 538   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts kluilrl) srl lui lui
 539                              :lrl kluilrl :distinct t)
 540     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui lui
 541                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 542
 543 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 544   "Return single uterm for cui/lui"
 545   (ensure-cui-integer cui)
 546   (ensure-lui-integer lui)
 547   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 548                              (make-cuilui cui lui)
 549                              :lrl kluilrl :single t)
 550     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts
 551                    :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 552
 553 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 554   "Return a list of ustr for cui/lui"
 555   (ensure-cui-integer cui)
 556   (ensure-lui-integer lui)
 557   (collect-umlisp-query (mrconso (sui stt str suppress ksuilrl) srl kcuilui
 558                                  (make-cuilui cui lui) :lrl ksuilrl)
 559                 (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 560                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str :suppress suppress
 561                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 562
 563 (defun find-ustr-cuisui (cuisui &key (srl *current-srl*))
 564   "Return the single ustr for cuisui"
 565   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lui sui stt str suppress ksuilrl) srl kcuisui
 566                                  cuisui :lrl lsuilrl :single t)
 567     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui cuisui
 568                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :suppress suppress
 569                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 570
 571 (defun find-ustr-cui-sui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 572   "Return the single ustr for cuisui"
 573   (ensure-cui-integer cui)
 574   (ensure-sui-integer sui)
 575   (find-ustr-cuisui (make-cuisui cui sui) :srl srl))
 576
 577 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 578   "Return the list of ustr for sui"
 579   (ensure-sui-integer sui)
 580   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lui stt str suppress ksuilrl) srl sui sui
 581                             :lrl ksuilrl)
 582     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 583                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) sui)
 584                    :suppress suppress
 585                    :lui (ensure-integer lui) :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 586
 587 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 588   "Return the list of ustr for sab"
 589   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 590     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 591       (find-ustr-cuisui cuisui :srl srl))))
 592
 593 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 594   "Return list of all ustr's"
 595     (with-sql-connection (db)
 596       (clsql:map-query
 597        'list
 598        #'(lambda (tuple)
 599            (destructuring-bind (cui lui sui stt ksuilrl suppress) tuple
 600              (make-instance 'ustr :cui (ensure-integer cui)
 601                             :lui (ensure-integer lui) :sui (ensure-integer sui)
 602                             :stt stt :str (find-pfstr-cui cui)
 603                             :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui)
 604                                                  (ensure-integer sui))
 605                             :suppress suppress
 606                             :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 607        (query-string mrconso (cui lui sui stt ksuilrl) srl nil nil :lrl ksuilrl
 608                      :distinct t
 609                      :order (sui asc))
 610        :database db)))
 611
 612 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 613   "Return the string associated with sui"
 614   (ensure-sui-integer sui)
 615   (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl sui sui :lrl ksuilrl :single t)
 616     str))
 617
 618 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 619   (ensure-sui-integer sui)
 620   (ensure-cui-integer cui)
 621   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str ts)
 622                                  srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 623     (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 624                    :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 625                    :lat lat :str str :ts ts)))
 626
 627 (defun find-uso-cui (cui &key (srl *current-srl*) (english-only nil) limit)
 628   (ensure-cui-integer cui)
 629   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str sui ts)
 630                                  srl cui cui :lrl srl :limit limit
 631                                  :filter (when english-only "LAT='ENG'"))
 632      (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 633                     :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 634                     :lat lat :str str :ts ts)))
 635
 636 (defun find-uso-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 637   (ensure-sui-integer aui)
 638   (collect-umlisp-query (mrconso (sab cui sui code srl tty saui sdui scui lat
 639                                       str ts) srl aui aui :lrl srl :single t)
 640     (make-instance 'uso :aui aui :cui cui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 641                    :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui :lat lat
 642                    :str str :ts ts)))
 643
 644 (defun find-uhier-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 645   (ensure-cui-integer cui)
 646   (collect-umlisp-query (mrhier (aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 647                             srl cui cui :lrl ksrl)
 648     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 649                    :cxn (ensure-integer cxn)
 650                    :paui (ensure-integer paui)
 651                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 652
 653 (defun find-uhier-all (&key (srl *current-srl*))
 654   (collect-umlisp-query (mrhier (cui aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 655                             srl nil nil :lrl ksrl)
 656     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 657                    :cxn (ensure-integer cxn)
 658                    :paui (ensure-integer paui)
 659                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 660
 661 (defun find-usat-ui (cui &optional lui sui &key (srl *current-srl*))
 662   (ensure-cui-integer cui)
 663   (ensure-lui-integer lui)
 664   (ensure-sui-integer sui)
 665   (let ((ls "SELECT CODE,ATN,SAB,ATV FROM MRSAT WHERE "))
 666     (cond
 667       (sui (string-append ls "KCUISUI='"
 668                           (integer-string (make-cuisui cui sui) 14)
 669                           "'"))
 670       (lui (string-append ls "KCUILUI='"
 671                           (integer-string (make-cuilui cui lui) 14)
 672                           "' and sui='0'"))
 673       (t (string-append ls "cui='" (prefixed-fixnum-string cui nil 7)
 674                         "' and lui='0' and sui='0'")))
 675     (when srl
 676       (string-append ls " and KSRL<=" (prefixed-fixnum-string srl nil 3)))
 677     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 678           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 679             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 680
 681 (defun find-usty-tui (tui)
 682   "Find usty for tui"
 683   (ensure-tui-integer tui)
 684   (collect-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui tui :single t)
 685     (make-instance 'usty :tui tui :sty sty)))
 686
 687 (defun find-usty-sty (sty)
 688   "Find usty for a sty"
 689   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 690     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 691
 692 (defun find-usty-all ()
 693   "Return list of usty's for all semantic types"
 694   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 695     (find-usty-tui tui)))
 696
 697 (defun find-usab-all ()
 698   "Return all usab objects"
 699   (collect-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart vend imeta
 700                                   rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat
 701                                   cenc curver sabin ssn scit) nil nil nil)
 702     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 703                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 704                    :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 705                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc  :srl (ensure-integer srl)
 706                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 707                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 708                    :curver curver :sabin sabin :ssn ssn :scit scit)))
 709
 710 (defun find-usab-by-key (key-name key &key current)
 711   "Find usab for a key"
 712   (collect-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart
 713                                        vend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty
 714                                        ttyl atnl lat cenc curver sabin
 715                                        ssn scit)
 716                                      nil key-name key :single t
 717                                      :filter (when current "RMETA=''"))
 718      (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 719                     :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 720                     :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 721                     :rmeta rmeta :slc slc :scc scc :srl (ensure-integer srl)
 722                     :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 723                     :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 724                     :curver curver :sabin sabin
 725                     :ssn ssn :scit scit)))
 726
 727 (defun find-usab-rsab (rsab &key (current t))
 728   "Find usab for rsab"
 729   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 730
 731 (defun find-usab-vsab (vsab &key (current t))
 732   "Find usab for vsab"
 733   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 734
 735 (defun find-cui-max ()
 736   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 737
 738 (defun find-umap-cui (cui)
 739   (ensure-cui-integer cui)
 740   (collect-umlisp-query (mrmap (mapsetsab mapsubsetid maprank fromid fromsid fromexpr
 741                                           fromtype fromrule fromres rel rela toid tosid
 742                                           toexpr totype torule tores maprule maptype
 743                                           mapatn mapatv cvf)
 744                                nil mapsetcui cui)
 745     (make-instance 'umap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab :mapsubsetid mapsubsetid
 746                    :maprank (ensure-integer maprank) :fromid fromid :fromsid fromsid
 747                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype :fromrule fromrule :fromres fromres
 748                    :rel rel :rela rela :toid toid :tosid tosid :toexpr toexpr :totype totype
 749                    :torule torule :tores tores :maprule maprule :maptype maptype :mapatn mapatn
 750                    :mapatv mapatv :cvf cvf)))
 751
 752 (defun find-usmap-cui (cui)
 753   (ensure-cui-integer cui)
 754   (collect-umlisp-query (mrsmap (mapsetsab fromexpr fromtype rel rela toexpr totype cvf)
 755                                nil mapsetcui cui)
 756     (make-instance 'usmap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab
 757                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype
 758                    :rel rel :rela rela :toexpr toexpr :totype totype
 759                    :cvf cvf)))
 760
 761 ;;;; Cross table find functions
 762
 763 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 764   "Find list of ucon for tui"
 765   (ensure-tui-integer tui)
 766   (collect-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui tui :lrl klrl :order (cui asc))
 767     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 768
 769 (defun mrconso-query-word-cui (word sab srl like)
 770   (format nil "SELECT DISTINCT c.cui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD~A'~A' AND x.cui=c.cui~A~A"
 771           (if like " LIKE " "=")
 772           (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 773           (etypecase sab
 774             (string
 775              (format nil " AND c.sab='~A'" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 776             (cons
 777              (format nil " AND c.sab IN (~{'~A'~^,~})"
 778                      (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 779             (null
 780              ""))
 781           (if srl (format nil " AND KCUILRL <= ~A" srl) "")))
 782
 783 (defun mrconso-query-word-sui (word sab srl like)
 784   (format nil "SELECT DISTINCT c.sui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD~A'~A' AND x.sui=c.sui~A~A"
 785           (if like " LIKE " "=")
 786           (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 787           (etypecase sab
 788             (string
 789              (format nil " AND c.sab='~A'" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 790             (cons
 791              (format nil " AND c.sab IN (~{'~A'~^,~})"
 792                      (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 793             (null
 794              ""))
 795           (if srl (format nil " AND KCUILRL <= ~A" srl) "")))
 796
 797 (defun find-uconso-word (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 798   "Return list of uconso that match word. Optionally, matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 799   (cond
 800     (sab
 801      (let ((sui-query (mrconso-query-word-sui word sab srl like))
 802            (uconsos nil))
 803        (dolist (sui (remove-duplicates (sort (mapcar 'car (mutex-sql-query sui-query)) #'<)))
 804          (setq uconsos (nconc uconsos (find-uconso-sui sui :sab sab))))
 805        (remove-duplicates uconsos :key 'cui)))
 806     (t
 807      (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(kcuisui) srl 'wd word :like like
 808                                            :lrl 'klrl :order '(kcuisui asc))
 809        (find-uconso-cuisui kcuisui :srl srl)))))
 810
 811 (defun find-ucon-word (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 812   "Return list of ucon that match word in matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 813   (cond
 814     (sab
 815      (let ((query (mrconso-query-word-cui word sab srl like)))
 816        (loop for tuple in (mutex-sql-query query)
 817              collect (make-instance 'ucon :cui (first tuple)))))
 818     (t
 819      (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 820                                            :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 821        (find-ucon-cui cui :srl srl)))))
 822
 823 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 824   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 825   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 826                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 827     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 828
 829 (defun find-cui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 830   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 831   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 832                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 833                              cui))
 834
 835 (defun find-lui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 836   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 837   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(lui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 838                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 839                              lui))
 840
 841 (defun find-sui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 842   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 843   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(sui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 844                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 845     sui))
 846
 847 (defun find-ustr-word (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 848   "Return list of ustr that match word in matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 849   (cond
 850     (sab
 851      (let ((query (format nil "SELECT c.sui,c.cui,c.lui,c.str,c.lrl,c.stt,c.suppress,c.cuisui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD ~A '~A' AND x.cui=c.cui AND x.lui=c.lui AND x.sui=c.sui~A~A"
 852                           (if like "LIKE" "=")
 853                           (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 854                           (typecase sab
 855                             (string
 856                              (format nil " AND c.sab='~A'" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 857                             (cons
 858                              (format nil " AND c.sab IN (~('~A'~^,~))"
 859                                      (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 860                             (null
 861                              ""))
 862                           (if srl (format nil " AND KCUILRL <= ~D" srl) ""))))
 863        (loop for tuple in (mutex-sql-query query)
 864           collect (destructuring-bind (sui cui lui str lrl stt suppress cuisui) tuple
 865                     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :lui lui :str str :lrl lrl
 866                                    :stt stt :suppress suppress :cuisui cuisui)))))
 867     (t
 868      (collect-umlisp-query (mrxw_eng (kcuisui) srl wd word :lrl klrl
 869                                      :order (cui asc sui asc))
 870        (find-ustr-cuisui kcuisui :srl srl)))))
 871
 872 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 873   "Return list of ustrs that match word"
 874   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (kcuisui) srl nwd word :lrl klrl
 875                                  :order (cui asc sui asc))
 876     (find-ustr-cuisui kcuisui :srl srl)))
 877
 878 (defun find-uterm-word (word &key (srl *current-srl*))
 879   "Return list of uterms that match word"
 880   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui lui) srl wd word :lrl klrl
 881                                :order (cui asc lui asc))
 882     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 883
 884 (defun find-uterm-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 885   "Return list of uterms that match word"
 886   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui lui) srl nwd word :lrl klrl
 887                                  :order (cui asc lui asc))
 888     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 889
 890 (defun find-ucon-noneng-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 891   "Return list of ucons that match non-english word"
 892   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_noneng '(cui) srl 'wd word :like like
 893                                         :distinct t :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 894     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 895
 896 (defun find-ustr-noneng-word (word &key (srl *current-srl*))
 897   "Return list of ustrs that match non-english word"
 898   (collect-umlisp-query (mrxw_noneng (kcuisui) srl wd word :lrl klrl
 899                                   :order (cui asc sui asc))
 900     (find-ustr-cuisui kcuisui :srl srl)))
 901
 902 ;; Special tables
 903
 904 (defun find-usrl-all ()
 905   (collect-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 906     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 907
 908 ;;; Multiword lookup and score functions
 909
 910 (defun find-uobj-multiword (str obj-lookup-fun sort-fun key srl
 911                                 only-exact-if-match limit &key extra-lookup-args)
 912   (let ((uobjs '()))
 913     (dolist (word (delimited-string-to-list str #\space))
 914       (setq uobjs (nconc uobjs
 915                          (kmrcl:flatten (apply obj-lookup-fun word :srl srl extra-lookup-args)))))
 916     (let ((sorted
 917            (funcall sort-fun str
 918                     (delete-duplicates uobjs :test #'= :key key))))
 919       (let ((len (length sorted)))
 920         (cond
 921          ((zerop len)
 922           (return-from find-uobj-multiword nil))
 923          ((and only-exact-if-match (multiword-match str (pfstr (first sorted))))
 924           (first sorted))
 925          (limit
 926           (if (and (plusp limit) (> len limit))
 927               (subseq sorted 0 limit)
 928             limit))
 929          (t
 930           sorted))))))
 931
 932 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 933                                      (only-exact-if-match t)
 934                                      limit
 935                                      sab)
 936   (find-uobj-multiword str #'find-ucon-word #'sort-score-pfstr-str
 937                        #'cui srl only-exact-if-match limit
 938                        :extra-lookup-args (list :sab sab)))
 939
 940 (defun find-uconso-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 941                                      (only-exact-if-match t)
 942                                      limit
 943                                      sab)
 944   (find-uobj-multiword str #'find-uconso-word #'sort-score-pfstr-str
 945                        #'cui srl only-exact-if-match limit
 946                        :extra-lookup-args (list :sab sab)))
 947
 948 (defun find-uterm-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 949                                       (only-exact-if-match t)
 950                                       limit)
 951   (find-uobj-multiword str #'find-uterm-word #'sort-score-pfstr-str
 952                        #'lui srl only-exact-if-match limit))
 953
 954 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 955                                      (only-exact-if-match t)
 956                                      limit
 957                                      sab)
 958   (find-uobj-multiword str #'find-ustr-word #'sort-score-ustr-str
 959                        #'sui srl only-exact-if-match limit
 960                        :extra-lookup-args (list :sab sab)))
 961
 962 (defun sort-score-pfstr-str (str uobjs)
 963   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 964   (sort-score-umlsclass-str uobjs str #'pfstr))
 965
 966 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 967   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 968   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 969
 970 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 971   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 972   (let ((scored '()))
 973     (dolist (obj objs)
 974       (push (list obj (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 975        scored))
 976     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 977
 978
 979 ;;; LEX SQL functions
 980
 981 (defun find-lexterm-eui (eui)
 982   (ensure-eui-integer eui)
 983   (collect-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 984     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 985
 986 (defun find-lexterm-word (wrd)
 987   (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 988     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 989                    :wrd (copy-seq wrd))))
 990
 991 ;; LEX SQL Read functions
 992
 993 (defun find-labr-eui (eui)
 994   (ensure-eui-integer eui)
 995   (collect-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 996     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 997                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 998
 999 (defun find-labr-bas (bas)
1000   (collect-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
1001     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
1002                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
1003
1004 (defun find-lagr-eui (eui)
1005   (ensure-eui-integer eui)
1006   (collect-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
1007     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
1008                    :cit cit :bas bas)))
1009
1010 (defun find-lcmp-eui (eui)
1011   (ensure-eui-integer eui)
1012   (collect-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
1013     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
1014
1015 (defun find-lmod-eui (eui)
1016   (ensure-eui-integer eui)
1017   (collect-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
1018     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
1019
1020 (defun find-lnom-eui (eui)
1021   (ensure-eui-integer eui)
1022   (collect-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
1023     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
1024                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
1025
1026 (defun find-lprn-eui (eui)
1027   (ensure-eui-integer eui)
1028   (collect-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
1029     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
1030                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
1031
1032 (defun find-lprp-eui (eui)
1033   (ensure-eui-integer eui)
1034   (collect-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
1035     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
1036
1037 (defun find-lspl-eui (eui)
1038   (ensure-eui-integer eui)
1039   (collect-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
1040     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
1041
1042 (defun find-ltrm-eui (eui)
1043   (ensure-eui-integer eui)
1044   (collect-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
1045     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
1046
1047 (defun find-ltyp-eui (eui)
1048   (ensure-eui-integer eui)
1049   (collect-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
1050     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
1051
1052 (defun find-lwd-wrd (wrd)
1053   (make-instance 'lwd :wrd wrd
1054                  :euilist (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
1055                                                 (ensure-integer eui))))
1056
1057 ;;; Semantic Network SQL access functions
1058
1059 (defun find-sdef-ui (ui)
1060   (collect-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
1061                             nil ui ui :single t)
1062     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
1063                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
1064
1065 (defun find-sstre1-ui (ui)
1066   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
1067     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
1068                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
1069
1070 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
1071   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
1072     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
1073                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
1074
1075 (defun find-sstr-rl (rl)
1076   (collect-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
1077     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
1078
1079 (defun find-sstre2-sty (sty)
1080   (collect-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
1081     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
1082
1083 (defun find-sstr-styrl (styrl)
1084   (collect-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
1085     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
1086
1087
1088 ;;; **************************
1089 ;;; Local Classes
1090 ;;; **************************
1091
1092
1093 (defun make-ustats ()
1094   (with-sql-connection (conn)
1095     (ignore-errors (sql-execute "drop table USTATS" conn))
1096     (sql-execute "create table USTATS (NAME varchar(160), COUNT bigint, SRL integer)" conn)
1097
1098     (dolist (srl '(0 1 2 3 4 9))
1099       (insert-ustats-count conn "Concept Count" "MRCONSO" "distinct CUI" "KCUILRL" srl)
1100       (insert-ustats-count conn "Term Count" "MRCONSO" "distinct KCUILUI" "KCUILRL" srl)
1101       (insert-ustats-count conn "Distinct Term Count" "MRCONSO" "distinct LUI" "KLUILRL" srl)
1102       (insert-ustats-count conn "String Count" "MRCONSO" "*" "KSUILRL" srl)
1103       (insert-ustats-count conn "Distinct String Count" "MRCONSO" "distinct SUI" "KSUILRL" srl)
1104       (insert-ustats-count conn "Hierarchcy" "MRHIER" "*" "KSRL" srl)
1105       (insert-ustats-count conn "Mappings" "MRMAP" "*" "KSRL" srl)
1106       (insert-ustats-count conn "Simple Mappings" "MRSMAP" "*" "KSRL" srl)
1107       (insert-ustats-count conn "Co-occuring Concept Count" "MRCOC" "*" "KLRL" srl)
1108       (insert-ustats-count conn "Definition Count" "MRDEF" "*" "KSRL" srl)
1109       (insert-ustats-count conn "Rank Count" "MRRANK" "*" "KSRL" srl)
1110       (insert-ustats-count conn "Relationship Count" "MRREL" "*" "KSRL" srl)
1111       (insert-ustats-count conn "Semantic Type Count" "MRSTY" "*" "KLRL" srl)
1112       (insert-ustats-count conn "Simple Attribute Count" "MRSAT" "*" "KSRL" srl)
1113       (insert-ustats-count conn "Source Abbreviation Count" "MRSAB" "*" "SRL" srl)
1114       (insert-ustats-count conn "Word Index Count" "MRXW_ENG" "*" "KLRL" srl)
1115       (insert-ustats-count conn "Normalized Word Index Count" "MRXNW_ENG" "*" "KLRL" srl)
1116       (insert-ustats-count conn "Normalized String Index Count" "MRXNS_ENG" "*" "KLRL" srl))
1117     (sql-execute "create index USTATS_SRL on USTATS (SRL)" conn))
1118   (find-ustats-all))
1119
1120 (defun insert-ustats-count (conn name table count-variable srl-control srl)
1121   (insert-ustats conn name (find-count-table conn table srl count-variable srl-control) srl))
1122
1123 (defun find-count-table (conn table srl count-variable srl-control)
1124   (cond
1125    ((stringp srl-control)
1126     (ensure-integer
1127      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a where ~a <= ~d"
1128                               count-variable table srl-control srl)
1129                       conn))))
1130    ((null srl-control)
1131     (ensure-integer
1132      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a"
1133                               count-variable table )
1134                       conn))))
1135    (t
1136     (error "Unknown srl-control")
1137     0)))
1138
1139 (defun insert-ustats (conn name count srl)
1140   (sql-execute (format nil "insert into USTATS (name,count,srl) values ('~a',~d,~d)"
1141                        name count (if srl srl 3))
1142                conn))
1143
1144 (defun find-ustats-all (&key (srl *current-srl*))
1145   (if srl
1146       (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil srl srl
1147                                     :order (name asc))
1148                             (make-instance 'ustats :name name
1149                                            :hits (ensure-integer count)
1150                                            :srl (ensure-integer srl)))
1151     (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil nil nil
1152                                   :order (name asc))
1153                           (make-instance 'ustats :name name
1154                                          :hits (ensure-integer count)
1155                                          :srl (ensure-integer srl)))))
1156
1157 (defun find-ustats-srl (srl)
1158   (collect-umlisp-query (ustats (name count) nil srl srl :order (name asc))
1159                            (make-instance 'ustats :name name :hits (ensure-integer count))))
1160