sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id$
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2006 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp)
  20
  21
  22 (defvar *current-srl* nil)
  23 (defun current-srl ()
  24   *current-srl*)
  25 (defun current-srl! (srl)
  26   (setq *current-srl* srl))
  27
  28 (defmacro query-string (table fields srl where-name where-value
  29                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit
  30                         filter)
  31   (let* ((%%fields (format nil "SELECT ~A~{~:@(~A~)~^,~} FROM ~:@(~A~)"
  32                            (if distinct "DISTINCT " "") fields table))
  33          (%%order (if order (format nil " ORDER BY ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  34                                     order)
  35                       ""))
  36          (%%lrl (format nil " AND ~:@(~A~)<=" lrl))
  37          (%%where (when where-name
  38                     (format nil " WHERE ~:@(~A~)~A" where-name
  39                           (if like " like " ""))))
  40          (%filter (gensym "FILTER-"))
  41          (%single (gensym "SINGLE-"))
  42          (%limit (gensym "LIMIT-")))
  43     `(let ((,%limit ,limit)
  44            (,%single ,single)
  45            (,%filter ,filter))
  46        (concatenate
  47         'string
  48         ,%%fields
  49         ,@(when %%where (list %%where))
  50         ,@(when %%where
  51             `((typecase ,where-value
  52                 #+ignore
  53                 (fixnum
  54                  (concatenate 'string "='" (prefixed-fixnum-string ,where-value #\0 10) "'"))
  55                 (number
  56                  (concatenate 'string "='" (write-to-string ,where-value) "'"))
  57                 (null
  58                  " IS NULL")
  59                 (t
  60                  (format nil ,(if like "'%~A%'" "='~A'") ,where-value)))))
  61         (if ,%filter (concatenate 'string
  62                                   ,(if %%where " AND " " WHERE ")
  63                                   ,%filter) "")
  64         (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  65         ,@(when %%order (list %%order))
  66         (cond
  67          ((and ,%single ,%limit)
  68           (error  "Can't set single (~S) and limit (~S)" ,%single ,%limit))
  69          (,%single
  70           " LIMIT 1")
  71          (,%limit
  72           (format nil " LIMIT ~D" ,%limit))
  73          (t
  74           ""))))))
  75
  76 (defun query-string-eval (table fields srl where-name where-value
  77                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit filter)
  78   (when single (setq limit 1))
  79   (concatenate
  80    'string
  81    (format nil "SELECT ~A~{~:@(~A~)~^,~} FROM ~:@(~A~)"
  82            (if distinct "DISTINCT " "") fields table)
  83    (if where-name (format nil " WHERE ~:@(~A~)" where-name) "")
  84    (if where-name
  85        (format nil
  86                (typecase where-value
  87                  (number "='~D'")
  88                  (null " IS NULL")
  89                  (t
  90                   (if like " LINK '%~A%""='~A'")))
  91                where-value)
  92        "")
  93    (if filter (concatenate 'string " AND " filter) nil)
  94    (if srl (format nil " AND ~:@(~A~)<=~D" lrl srl) "")
  95    (if order (format nil " ORDER BY ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  96    (if limit (format nil " LIMIT ~D" limit) "")))
  97
  98
  99 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
 100                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
 101                      limit filter (query-cmd 'mutex-sql-query))
 102   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 103 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 104   `(,query-cmd
 105     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 106      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 107      :filter ,filter :limit ,limit)))
 108
 109 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
 110                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
 111                      filter limit)
 112   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 113 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 114   `(mutex-sql-query
 115     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 116      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 117      :filter ,filter :limit ,limit)))
 118
 119 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
 120 (defmacro collect-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
 121                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 122                                     order like (query-cmd 'mutex-sql-query)
 123                                     filter limit)
 124                                 &body body)
 125   (let ((value (gensym))
 126         (r (gensym)))
 127     (if single
 128         (if (and limit (> limit 1))
 129             (error "Can't set limit along with single.")
 130           `(let* ((,value ,where-value)
 131                   (tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 132                                             :lrl ,lrl :single ,single
 133                                             :distinct ,distinct :order ,order
 134                                             :like ,like :filter ,filter
 135                                             :query-cmd ,query-cmd))))
 136              ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 137              (when tuple
 138                (destructuring-bind ,fields tuple
 139                  ,@body))))
 140         `(let ((,value ,where-value))
 141            ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 142            (let ((,r '()))
 143              (dolist (tuple (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 144                                           :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 145                                           :order ,order :filter ,filter :like ,like
 146                                           :limit ,limit))
 147                (push (destructuring-bind ,fields tuple ,@body) ,r))
 148              (nreverse ,r))
 149            #+ignore
 150            (loop for tuple in
 151                  (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 152                                :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 153                                :order ,order :like ,like :filter ,filter :limit ,limit)
 154                collect (destructuring-bind ,fields tuple ,@body))))))
 155
 156 (defmacro collect-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
 157                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 158                                          order like filter limit)
 159                                   &body body)
 160   (let ((value (gensym))
 161         (r (gensym))
 162         (eval-fields (cadr fields)))
 163     (if single
 164         `(let* ((,value ,where-value)
 165                 (tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 166                                                :lrl ,lrl :single ,single
 167                                                :distinct ,distinct :order ,order
 168                                                :like ,like :filter ,filter
 169                                                :limit ,limit))))
 170           (when tuple
 171             (destructuring-bind ,eval-fields tuple
 172               ,@body)))
 173         `(let ((,value ,where-value)
 174                (,r '()))
 175            (dolist (tuple (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 176                                              :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 177                                              :order ,order :like ,like
 178                                              :filter ,filter :limit ,limit))
 179              (push (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body) ,r))
 180            (nreverse ,r)
 181            #+ignore
 182            (loop for tuple in
 183                  (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 184                                     :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 185                                     :order ,order :like ,like :filter ,filter
 186                                     :limit ,limit)
 187                collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body))))))
 188
 189 ;;;
 190 ;;; Read from SQL database
 191
 192 (defmacro ensure-cui-integer (cui)
 193   `(if (stringp ,cui)
 194     (setq ,cui (parse-cui ,cui))
 195     ,cui))
 196
 197 (defmacro ensure-lui-integer (lui)
 198   `(if (stringp ,lui)
 199     (setq ,lui (parse-lui ,lui))
 200     ,lui))
 201
 202 (defmacro ensure-sui-integer (sui)
 203   `(if (stringp ,sui)
 204     (setq ,sui (parse-sui ,sui))
 205     ,sui))
 206
 207 (defmacro ensure-aui-integer (aui)
 208   `(if (stringp ,aui)
 209     (setq ,aui (parse-aui ,aui))
 210     ,aui))
 211
 212 (defmacro ensure-rui-integer (rui)
 213   `(if (stringp ,rui)
 214     (setq ,rui (parse-rui ,rui))
 215     ,rui))
 216
 217 (defmacro ensure-tui-integer (tui)
 218   `(if (stringp ,tui)
 219     (setq ,tui (parse-tui ,tui))
 220     ,tui))
 221
 222 (defmacro ensure-eui-integer (eui)
 223   `(if (stringp ,eui)
 224     (setq ,eui (parse-eui ,eui))
 225     ,eui))
 226
 227 (defun make-ucon-cui (cui)
 228   (ensure-cui-integer cui)
 229   (when cui
 230     (make-instance 'ucon :cui cui)))
 231
 232 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*) without-pfstr)
 233   "Find ucon for a cui. If set SAB, the without-pfstr is on by default"
 234   (ensure-cui-integer cui)
 235   (unless cui (return-from find-ucon-cui nil))
 236
 237   (if without-pfstr
 238       (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :single t)
 239                             (make-instance 'ucon :cui cui :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 240                                            :pfstr nil)))
 241    (or
 242      (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl str) srl cui cui :single t :filter "KPFENG=1")
 243         (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr str
 244                        :lrl kcuilrl))
 245      (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl str) srl cui cui :single t)
 246         (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr str
 247                        :lrl kcuilrl))))
 248
 249 (defun find-uconso-cui (cui &key sab (srl *current-srl*))
 250   "Find uconso for a cui."
 251   (ensure-cui-integer cui)
 252   (unless cui (return-from find-uconso-cui nil))
 253
 254   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts lui stt sui ispref aui saui scui sdui sab tty code str
 255                                       srl suppress cvf kpfeng kcuisui kcuilui kcuilrl
 256                                       kluilrl ksuilrl) srl cui cui
 257                                       :filter (if sab (concatenate 'string "SAB='" sab "'") nil))
 258     (make-instance 'uconso :cui cui :lat lat :ts ts :lui lui :stt stt :sui sui :ispref ispref
 259                    :aui aui :saui saui :scui scui :sdui sdui :sab sab :tty tty :code code
 260                    :str str :srl srl :suppress suppress :cvf cvf :kpfeng kpfeng
 261                    :kcuisui kcuisui :kcuilui kcuilui :kcuilrl kcuilrl :kluilrl kluilrl
 262                    :ksuilrl ksuilrl)))
 263
 264
 265 (defun find-uconso-code (code &key first sab (srl *current-srl*) (like nil))
 266   "Return list of uconso objects that match code. Optional, filter for SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 267   (collect-umlisp-query (mrconso (cui sab) srl code code :like like :distinct t
 268                                  :lrl klrl
 269                                  :filter (if sab (concatenate 'string "SAB='" sab "'") nil))
 270     (let ((uconsos (find-uconso-cui cui :sab sab :srl srl)))
 271       (if first
 272           (first uconsos)
 273           uconsos))))
 274
 275 (defun find-uconso-sui (sui &key sab (srl *current-srl*))
 276   "Find uconso for a sui. If set SAB, the without-pfstr is on by default"
 277   (ensure-sui-integer sui)
 278   (unless (and sui (stringp sab))
 279     (return-from find-uconso-sui nil))
 280
 281   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts lui stt sui ispref aui saui scui sdui sab tty code str
 282                                       srl suppress cvf kpfeng kcuisui kcuilui kcuilrl
 283                                       kluilrl ksuilrl) srl sui sui
 284                                       :distinct t
 285                                       :filter (if sab (concatenate 'string "SAB='" sab "'") nil))
 286     (make-instance 'uconso :cui cui :lat lat :ts ts :lui lui :stt stt :sui sui :ispref ispref
 287                    :aui aui :saui saui :scui scui :sdui sdui :sab sab :tty tty :code code
 288                    :str str :srl srl :suppress suppress :cvf cvf :kpfeng kpfeng
 289                    :kcuisui kcuisui :kcuilui kcuilui :kcuilrl kcuilrl :kluilrl kluilrl
 290                    :ksuilrl ksuilrl)))
 291
 292 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 293   "Find preferred string for a cui"
 294   (ensure-cui-integer cui)
 295   (or
 296    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 297                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 298       str)
 299    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 300                                   :single t)
 301                          str)))
 302
 303 (defun find-lrl-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 304   "Find LRL for a cui"
 305   (ensure-cui-integer cui)
 306   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :distinct t :single t)
 307                         (ensure-integer kcuilrl)))
 308
 309 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 310   "Find list of ucon for lui"
 311   (ensure-lui-integer lui)
 312   (unless lui (return-from find-ucon-lui nil))
 313   (or
 314    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 315                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 316       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 317                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))
 318    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 319                                   :single t)
 320       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 321                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 322
 323 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 324   "Find list of ucon for sui"
 325   (ensure-sui-integer sui)
 326   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl sui sui :distinct t)
 327     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 328                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 329
 330 (defun find-ucon-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 331   "Find list of ucon for aui"
 332   (ensure-aui-integer aui)
 333   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl aui aui :distinct t)
 334     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 335                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 336
 337 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 338   "Find ucon for cui/sui"
 339   (ensure-cui-integer cui)
 340   (ensure-sui-integer sui)
 341   (when (and cui sui)
 342     (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl kcuisui
 343                               (make-cuisui cui sui))
 344       (make-instance 'ucon :cui cui
 345                      :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 346                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 347
 348 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 349   "Find ucon that are exact match for str"
 350   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl str str :distinct t)
 351     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 352                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 353
 354 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 355   "Return list of all ucon's"
 356   (with-sql-connection (db)
 357     (clsql:map-query
 358      'list
 359      #'(lambda (tuple)
 360          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 361              (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 362                             :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 363                             :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 364      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil
 365                    :order (cui asc) :distinct t)
 366      :database db)))
 367
 368 (defun find-ucon-all2 (&key (srl *current-srl*))
 369   "Return list of all ucon's"
 370   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 371                             :distinct t)
 372     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 373                    :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 374                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 375
 376 (defun find-cui-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 377   "Return list of CUIs for all ucons"
 378   (collect-umlisp-query (mrconso (cui) srl nil nil :order (cui asc)
 379                                :distinct t)
 380                         cui))
 381
 382 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 383   "Map a function over all ucon's"
 384   (with-sql-connection (db)
 385     (clsql:map-query
 386      nil
 387      #'(lambda (tuple)
 388          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 389            (funcall fn (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 390                                       :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 391                                       :lrl (ensure-integer cuilrl)))))
 392      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 393                    :distinct t)
 394      :database db)))
 395
 396
 397 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 398   "Return a list of udefs for cui"
 399   (ensure-cui-integer cui)
 400   (collect-umlisp-query (mrdef (sab def suppress) srl cui cui :lrl "KSRL")
 401     (make-instance 'udef :sab sab :def def :suppress suppress)))
 402
 403 (defun find-udoc-key (key)
 404   "Return list of abbreviation documentation for a key"
 405   (collect-umlisp-query (mrdoc (value type expl) nil dockey key)
 406     (make-instance 'udoc :dockey key :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 407
 408 (defun find-udoc-value (value)
 409   "Return abbreviation documentation"
 410   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey type expl) nil value value)
 411     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 412
 413 (defun find-udoc-key-value (dockey value)
 414   (collect-umlisp-query (mrdoc (type expl) nil dockey dockey :filter (format nil "VALUE='~A'" value))
 415       (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 416
 417 (defun find-udoc-all ()
 418   "Return all abbreviation documentation"
 419   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey value type expl) nil nil nil)
 420     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 421
 422 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 423   "Return a list of usty for cui"
 424   (ensure-cui-integer cui)
 425   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui cui :lrl "KLRL")
 426     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 427
 428 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 429   "Return a list of usty that match word"
 430   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t
 431                             :distinct t)
 432     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 433
 434 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*) filter without-pfstr2)
 435   "Return a list of urel for cui"
 436   (ensure-cui-integer cui)
 437   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 438                                srl cui1 cui :lrl "KSRL" :filter filter)
 439     (let ((rel
 440       (make-instance 'urel :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 441                      :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 442                      :rui (ensure-integer rui) :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 443                      :suppress suppress :cvf cvf)))
 444       (unless without-pfstr2
 445         (setf (slot-value rel 'pfstr2) (find-pfstr-cui cui2)))
 446       rel)))
 447
 448 (defun find-urel-rui (rui &key (srl *current-srl*))
 449   "Return the urel for a rui"
 450   (ensure-rui-integer rui)
 451   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 452                                srl rui rui :lrl "KSRL" :single t)
 453     (make-instance 'urel :cui1 cui1 :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 454                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 455                    :rui (ensure-integer rui) :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 456                    :suppress suppress :cvf cvf :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 457
 458 (defun find-cui2-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 459   "Return a list of urel for cui"
 460   (ensure-cui-integer cui)
 461   (collect-umlisp-query (mrrel (cui2) srl cui1
 462                                cui :lrl "KSRL")
 463                         cui2))
 464
 465 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 466   "Return a list of urel for cui2"
 467   (ensure-cui-integer cui2)
 468   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui1 aui1 stype1 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 469                                srl cui2 cui2 :lrl "KSRL")
 470     (make-instance 'urel :cui2 cui2 :rel rel :aui2 (ensure-integer aui2)
 471                    :stype2 stype2 :rui (ensure-integer rui) :srui srui
 472                    :stype1 stype1 :cui1 (ensure-integer cui1)
 473                    :aui1 (ensure-integer aui1)
 474                    :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir :suppress suppress :cvf cvf
 475                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 476
 477 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 478   (ensure-cui-integer cui2)
 479   (loop for cui in (remove-duplicates
 480                     (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))
 481         collect (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 482
 483 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 484   "Return a list of ucoc for cui"
 485   (ensure-cui-integer cui)
 486   (collect-umlisp-query (mrcoc (aui1 cui2 aui2 sab cot cof coa) srl cui1
 487                             cui :lrl klrl :order (cof asc))
 488     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 489     (when (eql 0 cui2) (setq cui2 nil))
 490     (make-instance 'ucoc :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1)
 491                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2)
 492                    :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa :sab sab
 493                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 494
 495 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 496   "Return a list of ucoc for cui2"
 497   (ensure-cui-integer cui2)
 498   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui1 aui1 aui2 sab cot cof coa) srl cui2
 499                             cui2 :lrl klrl :order (cof asc))
 500     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 501     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 cui2
 502                    :aui1 (ensure-integer aui1) :aui2 (ensure-integer aui2)
 503                    :sab sab :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 504                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 505
 506 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 507   "List of ucon with co-occurance cui2"
 508   (ensure-cui-integer cui2)
 509   (mapcar
 510    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 511    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 512
 513
 514 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 515   "Return a list of uterm for cui"
 516   (ensure-cui-integer cui)
 517   (collect-umlisp-query (mrconso (lui lat ts kluilrl) srl cui cui
 518                             :lrl kluilrl :distinct t)
 519     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui cui
 520                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 521
 522 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 523   "Return a list of uterm for lui"
 524   (ensure-lui-integer lui)
 525   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts kluilrl) srl lui lui
 526                              :lrl kluilrl :distinct t)
 527     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui lui
 528                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 529
 530 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 531   "Return single uterm for cui/lui"
 532   (ensure-cui-integer cui)
 533   (ensure-lui-integer lui)
 534   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 535                              (make-cuilui cui lui)
 536                              :lrl kluilrl :single t)
 537     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts
 538                    :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 539
 540 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 541   "Return a list of ustr for cui/lui"
 542   (ensure-cui-integer cui)
 543   (ensure-lui-integer lui)
 544   (collect-umlisp-query (mrconso (sui stt str suppress ksuilrl) srl kcuilui
 545                                  (make-cuilui cui lui) :lrl ksuilrl)
 546                 (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 547                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str :suppress suppress
 548                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 549
 550 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 551   "Return the single ustr for cuisui"
 552   (ensure-cui-integer cui)
 553   (ensure-sui-integer sui)
 554   (collect-umlisp-query (mrconso (lui stt str suppress ksuilrl) srl kcuisui
 555                             (make-cuisui cui sui) :lrl lsuilrl :single t)
 556     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 557                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :suppress suppress
 558                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 559
 560 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 561   "Return the list of ustr for sui"
 562   (ensure-sui-integer sui)
 563   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lui stt str suppress ksuilrl) srl sui sui
 564                             :lrl ksuilrl)
 565     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 566                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) sui)
 567                    :suppress suppress
 568                    :lui (ensure-integer lui) :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 569
 570 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 571   "Return the list of ustr for sab"
 572   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 573     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 574       (apply #'find-ustr-cuisui
 575              (append
 576               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui))
 577               (list :srl srl))))))
 578
 579 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 580   "Return list of all ustr's"
 581     (with-sql-connection (db)
 582       (clsql:map-query
 583        'list
 584        #'(lambda (tuple)
 585            (destructuring-bind (cui lui sui stt ksuilrl suppress) tuple
 586              (make-instance 'ustr :cui (ensure-integer cui)
 587                             :lui (ensure-integer lui) :sui (ensure-integer sui)
 588                             :stt stt :str (find-pfstr-cui cui)
 589                             :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui)
 590                                                  (ensure-integer sui))
 591                             :suppress suppress
 592                             :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 593        (query-string mrconso (cui lui sui stt ksuilrl) srl nil nil :lrl ksuilrl
 594                      :distinct t
 595                      :order (sui asc))
 596        :database db)))
 597
 598 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 599   "Return the string associated with sui"
 600   (ensure-sui-integer sui)
 601   (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl sui sui :lrl ksuilrl :single t)
 602     str))
 603
 604 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 605   (ensure-sui-integer sui)
 606   (ensure-cui-integer cui)
 607   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str)
 608                                  srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 609     (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 610                    :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 611                    :lat lat :str str)))
 612
 613 (defun find-uso-cui (cui &key (srl *current-srl*) (english-only nil) limit)
 614   (ensure-cui-integer cui)
 615   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str sui)
 616                                  srl cui cui :lrl srl :limit limit
 617                                  :filter (when english-only "LAT='ENG'"))
 618      (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 619                     :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 620                     :lat lat :str str)))
 621
 622 (defun find-uso-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 623   (ensure-sui-integer aui)
 624   (collect-umlisp-query (mrconso (sab cui sui code srl tty saui sdui scui lat
 625                                       str) srl aui aui :lrl srl :single t)
 626     (make-instance 'uso :aui aui :cui cui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 627                    :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui :lat lat
 628                    :str str)))
 629
 630 (defun find-uhier-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 631   (ensure-cui-integer cui)
 632   (collect-umlisp-query (mrhier (aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 633                             srl cui cui :lrl ksrl)
 634     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 635                    :cxn (ensure-integer cxn)
 636                    :paui (ensure-integer paui)
 637                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 638
 639 (defun find-uhier-all (&key (srl *current-srl*))
 640   (collect-umlisp-query (mrhier (cui aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 641                             srl nil nil :lrl ksrl)
 642     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 643                    :cxn (ensure-integer cxn)
 644                    :paui (ensure-integer paui)
 645                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 646
 647 (defun find-usat-ui (cui &optional lui sui &key (srl *current-srl*))
 648   (ensure-cui-integer cui)
 649   (ensure-lui-integer lui)
 650   (ensure-sui-integer sui)
 651   (let ((ls "SELECT CODE,ATN,SAB,ATV FROM MRSAT WHERE "))
 652     (cond
 653       (sui (string-append ls "KCUISUI='"
 654                           (integer-string (make-cuisui cui sui) 14)
 655                           "'"))
 656       (lui (string-append ls "KCUILUI='"
 657                           (integer-string (make-cuilui cui lui) 14)
 658                           "' and sui='0'"))
 659       (t (string-append ls "cui='" (prefixed-fixnum-string cui nil 7)
 660                         "' and lui='0' and sui='0'")))
 661     (when srl
 662       (string-append ls " and KSRL<=" (prefixed-fixnum-string srl nil 3)))
 663     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 664           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 665             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 666
 667 (defun find-usty-tui (tui)
 668   "Find usty for tui"
 669   (ensure-tui-integer tui)
 670   (collect-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui tui :single t)
 671     (make-instance 'usty :tui tui :sty sty)))
 672
 673 (defun find-usty-sty (sty)
 674   "Find usty for a sty"
 675   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 676     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 677
 678 (defun find-usty-all ()
 679   "Return list of usty's for all semantic types"
 680   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 681     (find-usty-tui tui)))
 682
 683 (defun find-usab-all ()
 684   "Return all usab objects"
 685   (collect-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart vend imeta
 686                                   rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat
 687                                   cenc curver sabin ssn scit) nil nil nil)
 688     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 689                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 690                    :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 691                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc  :srl (ensure-integer srl)
 692                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 693                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 694                    :curver curver :sabin sabin :ssn ssn :scit scit)))
 695
 696 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 697   "Find usab for a key"
 698   (collect-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart
 699                                        vend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty
 700                                        ttyl atnl lat cenc curver sabin
 701                                        ssn scit)
 702                                      nil key-name key :single t)
 703      (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 704                     :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 705                     :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 706                     :rmeta rmeta :slc slc :scc scc :srl (ensure-integer srl)
 707                     :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 708                     :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 709                     :curver curver :sabin sabin
 710                     :ssn ssn :scit scit)))
 711
 712 (defun find-usab-rsab (rsab)
 713   "Find usab for rsab"
 714   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 715
 716 (defun find-usab-vsab (vsab)
 717   "Find usab for vsab"
 718   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 719
 720 (defun find-cui-max ()
 721   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 722
 723 (defun find-umap-cui (cui)
 724   (ensure-cui-integer cui)
 725   (collect-umlisp-query (mrmap (mapsetsab mapsubsetid maprank fromid fromsid fromexpr
 726                                           fromtype fromrule fromres rel rela toid tosid
 727                                           toexpr totype torule tores maprule maptype
 728                                           mapatn mapatv cvf)
 729                                nil mapsetcui cui)
 730     (make-instance 'umap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab :mapsubsetid mapsubsetid
 731                    :maprank (ensure-integer maprank) :fromid fromid :fromsid fromsid
 732                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype :fromrule fromrule :fromres fromres
 733                    :rel rel :rela rela :toid toid :tosid tosid :toexpr toexpr :totype totype
 734                    :torule torule :tores tores :maprule maprule :maptype maptype :mapatn mapatn
 735                    :mapatv mapatv :cvf cvf)))
 736
 737 (defun find-usmap-cui (cui)
 738   (ensure-cui-integer cui)
 739   (collect-umlisp-query (mrsmap (mapsetsab fromexpr fromtype rel rela toexpr totype cvf)
 740                                nil mapsetcui cui)
 741     (make-instance 'usmap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab
 742                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype
 743                    :rel rel :rela rela :toexpr toexpr :totype totype
 744                    :cvf cvf)))
 745
 746 ;;;; Cross table find functions
 747
 748 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 749   "Find list of ucon for tui"
 750   (ensure-tui-integer tui)
 751   (collect-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui tui :lrl klrl :order (cui asc))
 752     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 753
 754 (defun mrconso-query-word-cui (word sab srl like)
 755   (format nil "SELECT DISTINCT c.cui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD~A'~A' AND x.cui=c.cui~A~A"
 756           (if like " LIKE " "=")
 757           (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 758           (etypecase sab
 759             (string
 760              (format nil " AND c.sab='~A'" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 761             (cons
 762              (format nil " AND c.sab IN (~{'~A'~^,~})"
 763                      (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 764             (null
 765              ""))
 766           (if srl (format nil " AND KCUILRL <= ~A" srl) "")))
 767
 768 (defun mrconso-query-word-sui (word sab srl like)
 769   (format nil "SELECT DISTINCT c.sui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD~A'~A' AND x.sui=c.sui~A~A"
 770           (if like " LIKE " "=")
 771           (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 772           (etypecase sab
 773             (string
 774              (format nil " AND c.sab='~A'" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 775             (cons
 776              (format nil " AND c.sab IN (~{'~A'~^,~})"
 777                      (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 778             (null
 779              ""))
 780           (if srl (format nil " AND KCUILRL <= ~A" srl) "")))
 781
 782 (defun find-uconso-word (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 783   "Return list of uconso that match word. Optionally, matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 784   (cond
 785     (sab
 786      (let ((sui-query (mrconso-query-word-sui word sab srl like))
 787            (uconsos nil))
 788        (dolist (sui (remove-duplicates (sort (mapcar 'car (mutex-sql-query sui-query)) #'<)))
 789          (setq uconsos (nconc uconsos (find-uconso-sui sui :sab sab))))
 790        (remove-duplicates uconsos :key 'cui)))
 791     (t
 792      (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 793                                            :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 794        (find-uconso-cui cui :srl srl)))))
 795
 796 (defun find-ucon-word (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 797   "Return list of ucon that match word in matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 798   (cond
 799     (sab
 800      (let ((query (mrconso-query-word-cui word sab srl like)))
 801        (loop for tuple in (mutex-sql-query query)
 802              collect (make-instance 'ucon :cui (first tuple)))))
 803     (t
 804      (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 805                                            :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 806        (find-ucon-cui cui :srl srl)))))
 807
 808 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 809   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 810   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 811                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 812     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 813
 814 (defun find-cui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 815   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 816   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 817                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 818                              cui))
 819
 820 (defun find-lui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 821   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 822   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(lui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 823                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 824                              lui))
 825
 826 (defun find-sui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 827   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 828   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(sui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 829                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 830                              sui))
 831
 832 (defun find-ustr-word (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 833   "Return list of ustr that match word in matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 834   (cond
 835     (sab
 836      (let ((query (format nil "SELECT c.sui,c.cui,c.lui,c.str,c.lrl,c.stt,c.suppress,c.cuisui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD ~A '~A' AND x.cui=c.cui AND x.lui=c.lui AND x.sui=c.sui~A~A"
 837                           (if like "LIKE" "=")
 838                           (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 839                           (typecase sab
 840                             (string
 841                              (format nil " AND c.sab='~A'" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 842                             (cons
 843                              (format nil " AND c.sab IN (~('~A'~^,~))"
 844                                      (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 845                             (null
 846                              ""))
 847                           (if srl (format nil " AND KCUILRL <= ~D" srl) ""))))
 848        (loop for tuple in (mutex-sql-query query)
 849              collect (destructuring-bind (sui cui lui str lrl stt suppress cuisui) tuple
 850                        (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :lui lui :str str :lrl lrl
 851                                       :stt stt :suppress suppress :cuisui cuisui)))))
 852     (t
 853      (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 854                                      :order (cui asc sui asc))
 855        (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))))
 856
 857 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 858   "Return list of ustrs that match word"
 859   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 860                                  :order (cui asc sui asc))
 861     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 862
 863 (defun find-uterm-word (word &key (srl *current-srl*))
 864   "Return list of uterms that match word"
 865   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui lui) srl wd word :lrl klrl
 866                                :order (cui asc lui asc))
 867     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 868
 869 (defun find-uterm-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 870   "Return list of uterms that match word"
 871   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui lui) srl nwd word :lrl klrl
 872                                  :order (cui asc lui asc))
 873     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 874
 875 (defun find-ucon-noneng-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 876   "Return list of ucons that match non-english word"
 877   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_noneng '(cui) srl 'wd word :like like
 878                                         :distinct t :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 879     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 880
 881 (defun find-ustr-noneng-word (word &key (srl *current-srl*))
 882   "Return list of ustrs that match non-english word"
 883   (collect-umlisp-query (mrxw_noneng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 884                                   :order (cui asc sui asc))
 885     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 886
 887 ;; Special tables
 888
 889 (defun find-usrl-all ()
 890   (collect-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 891     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 892
 893 ;;; Multiword lookup and score functions
 894
 895 (defun find-uobj-multiword (str obj-lookup-fun sort-fun key srl
 896                                 only-exact-if-match limit &key extra-lookup-args)
 897   (let ((uobjs '()))
 898     (dolist (word (delimited-string-to-list str #\space))
 899       (setq uobjs (append uobjs (apply obj-lookup-fun word :srl srl extra-lookup-args))))
 900     (let ((sorted
 901            (funcall sort-fun str
 902                     (delete-duplicates uobjs :test #'= :key key))))
 903       (let ((len (length sorted)))
 904         (cond
 905          ((zerop len)
 906           (return-from find-uobj-multiword nil))
 907          ((and only-exact-if-match (multiword-match str (pfstr (first sorted))))
 908           (first sorted))
 909          (limit
 910           (if (and (plusp limit) (> len limit))
 911               (subseq sorted 0 limit)
 912             limit))
 913          (t
 914           sorted))))))
 915
 916 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 917                                      (only-exact-if-match t)
 918                                      limit
 919                                      sab)
 920   (find-uobj-multiword str #'find-ucon-word #'sort-score-pfstr-str
 921                        #'cui srl only-exact-if-match limit
 922                        :extra-lookup-args (list :sab sab)))
 923
 924 (defun find-uconso-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 925                                      (only-exact-if-match t)
 926                                      limit
 927                                      sab)
 928   (find-uobj-multiword str #'find-uconso-word #'sort-score-pfstr-str
 929                        #'cui srl only-exact-if-match limit
 930                        :extra-lookup-args (list :sab sab)))
 931
 932 (defun find-uterm-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 933                                       (only-exact-if-match t)
 934                                       limit)
 935   (find-uobj-multiword str #'find-uterm-word #'sort-score-pfstr-str
 936                        #'lui srl only-exact-if-match limit))
 937
 938 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 939                                      (only-exact-if-match t)
 940                                      limit
 941                                      sab)
 942   (find-uobj-multiword str #'find-ustr-word #'sort-score-ustr-str
 943                        #'sui srl only-exact-if-match limit
 944                        :extra-lookup-args (list :sab sab)))
 945
 946 (defun sort-score-pfstr-str (str uobjs)
 947   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 948   (sort-score-umlsclass-str uobjs str #'pfstr))
 949
 950 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 951   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 952   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 953
 954 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 955   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 956   (let ((scored '()))
 957     (dolist (obj objs)
 958       (push (list obj (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 959        scored))
 960     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 961
 962
 963 ;;; LEX SQL functions
 964
 965 (defun find-lexterm-eui (eui)
 966   (ensure-eui-integer eui)
 967   (collect-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 968     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 969
 970 (defun find-lexterm-word (wrd)
 971   (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 972     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 973                    :wrd (copy-seq wrd))))
 974
 975 ;; LEX SQL Read functions
 976
 977 (defun find-labr-eui (eui)
 978   (ensure-eui-integer eui)
 979   (collect-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 980     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 981                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 982
 983 (defun find-labr-bas (bas)
 984   (collect-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 985     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 986                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 987
 988 (defun find-lagr-eui (eui)
 989   (ensure-eui-integer eui)
 990   (collect-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 991     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 992                    :cit cit :bas bas)))
 993
 994 (defun find-lcmp-eui (eui)
 995   (ensure-eui-integer eui)
 996   (collect-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 997     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 998
 999 (defun find-lmod-eui (eui)
1000   (ensure-eui-integer eui)
1001   (collect-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
1002     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
1003
1004 (defun find-lnom-eui (eui)
1005   (ensure-eui-integer eui)
1006   (collect-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
1007     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
1008                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
1009
1010 (defun find-lprn-eui (eui)
1011   (ensure-eui-integer eui)
1012   (collect-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
1013     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
1014                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
1015
1016 (defun find-lprp-eui (eui)
1017   (ensure-eui-integer eui)
1018   (collect-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
1019     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
1020
1021 (defun find-lspl-eui (eui)
1022   (ensure-eui-integer eui)
1023   (collect-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
1024     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
1025
1026 (defun find-ltrm-eui (eui)
1027   (ensure-eui-integer eui)
1028   (collect-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
1029     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
1030
1031 (defun find-ltyp-eui (eui)
1032   (ensure-eui-integer eui)
1033   (collect-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
1034     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
1035
1036 (defun find-lwd-wrd (wrd)
1037   (make-instance 'lwd :wrd wrd
1038                  :euilist (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
1039                                                 (ensure-integer eui))))
1040
1041 ;;; Semantic Network SQL access functions
1042
1043 (defun find-sdef-ui (ui)
1044   (collect-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
1045                             nil ui ui :single t)
1046     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
1047                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
1048
1049 (defun find-sstre1-ui (ui)
1050   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
1051     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
1052                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
1053
1054 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
1055   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
1056     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
1057                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
1058
1059 (defun find-sstr-rl (rl)
1060   (collect-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
1061     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
1062
1063 (defun find-sstre2-sty (sty)
1064   (collect-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
1065     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
1066
1067 (defun find-sstr-styrl (styrl)
1068   (collect-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
1069     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
1070
1071
1072 ;;; **************************
1073 ;;; Local Classes
1074 ;;; **************************
1075
1076
1077 (defun make-ustats ()
1078   (with-sql-connection (conn)
1079     (ignore-errors (sql-execute "drop table USTATS" conn))
1080     (sql-execute "create table USTATS (NAME varchar(160), COUNT bigint, SRL integer)" conn)
1081
1082     (dotimes (srl 5)
1083       (insert-ustats-count conn "Concept Count" "MRCONSO" "distinct CUI" "KCUILRL" srl)
1084       (insert-ustats-count conn "Term Count" "MRCONSO" "distinct KCUILUI" "KCUILRL" srl)
1085       (insert-ustats-count conn "Distinct Term Count" "MRCONSO" "distinct LUI" "KLUILRL" srl)
1086       (insert-ustats-count conn "String Count" "MRCONSO" "*" "KSUILRL" srl)
1087       (insert-ustats-count conn "Distinct String Count" "MRCONSO" "distinct SUI" "KSUILRL" srl)
1088       (insert-ustats-count conn "Hierarchcy" "MRHIER" "*" "KSRL" srl)
1089       (insert-ustats-count conn "Mappings" "MRMAP" "*" "KSRL" srl)
1090       (insert-ustats-count conn "Simple Mappings" "MRSMAP" "*" "KSRL" srl)
1091       (insert-ustats-count conn "Co-occuring Concept Count" "MRCOC" "*" "KLRL" srl)
1092       (insert-ustats-count conn "Definition Count" "MRDEF" "*" "KSRL" srl)
1093       (insert-ustats-count conn "Rank Count" "MRRANK" "*" "KSRL" srl)
1094       (insert-ustats-count conn "Relationship Count" "MRREL" "*" "KSRL" srl)
1095       (insert-ustats-count conn "Semantic Type Count" "MRSTY" "*" "KLRL" srl)
1096       (insert-ustats-count conn "Simple Attribute Count" "MRSAT" "*" "KSRL" srl)
1097       (insert-ustats-count conn "Source Abbreviation Count" "MRSAB" "*" "SRL" srl)
1098       (insert-ustats-count conn "Word Index Count" "MRXW_ENG" "*" "KLRL" srl)
1099       (insert-ustats-count conn "Normalized Word Index Count" "MRXNW_ENG" "*" "KLRL" srl)
1100       (insert-ustats-count conn "Normalized String Index Count" "MRXNS_ENG" "*" "KLRL" srl))
1101     (sql-execute "create index USTATS_SRL on USTATS (SRL)" conn))
1102   (find-ustats-all))
1103
1104 (defun insert-ustats-count (conn name table count-variable srl-control srl)
1105   (insert-ustats conn name (find-count-table conn table srl count-variable srl-control) srl))
1106
1107 (defun find-count-table (conn table srl count-variable srl-control)
1108   (cond
1109    ((stringp srl-control)
1110     (ensure-integer
1111      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a where ~a <= ~d"
1112                               count-variable table srl-control srl)
1113                       conn))))
1114    ((null srl-control)
1115     (ensure-integer
1116      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a"
1117                               count-variable table )
1118                       conn))))
1119    (t
1120     (error "Unknown srl-control")
1121     0)))
1122
1123 (defun insert-ustats (conn name count srl)
1124   (sql-execute (format nil "insert into USTATS (name,count,srl) values ('~a',~d,~d)"
1125                        name count (if srl srl 3))
1126                conn))
1127
1128 (defun find-ustats-all (&key (srl *current-srl*))
1129   (if srl
1130       (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil srl srl
1131                                     :order (name asc))
1132                             (make-instance 'ustats :name name
1133                                            :hits (ensure-integer count)
1134                                            :srl (ensure-integer srl)))
1135     (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil nil nil
1136                                   :order (name asc))
1137                           (make-instance 'ustats :name name
1138                                          :hits (ensure-integer count)
1139                                          :srl (ensure-integer srl)))))
1140
1141 (defun find-ustats-srl (srl)
1142   (collect-umlisp-query (ustats (name count) nil srl srl :order (name asc))
1143                            (make-instance 'ustats :name name :hits (ensure-integer count))))
1144