sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id$
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2006 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp)
  20
  21
  22 (defvar *current-srl* nil)
  23 (defun current-srl ()
  24   *current-srl*)
  25 (defun current-srl! (srl)
  26   (setq *current-srl* srl))
  27
  28 (defmacro query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  29                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit
  30                         filter)
  31   (let* ((%%fields (format nil "SELECT ~A~{~:@(~A~)~^,~} FROM ~:@(~A~)"
  32                            (if distinct "DISTINCT " "") fields table))
  33          (%%order (if order (format nil " ORDER BY ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  34                                     order)
  35                       ""))
  36          (%%lrl (format nil " AND ~:@(~A~)<=" lrl))
  37          (%%where (when where-name
  38                     (format nil " where ~:@(~A~)~A" where-name
  39                           (if like " like " ""))))
  40          (%filter (gensym "FILTER-"))
  41          (%single (gensym "SINGLE-"))
  42          (%limit (gensym "LIMIT-")))
  43     `(let ((,%limit ,limit)
  44            (,%single ,single)
  45            (,%filter ,filter))
  46        (concatenate
  47         'string
  48         ,%%fields
  49         ,@(when %%where (list %%where))
  50         ,@(when %%where
  51             `((typecase ,where-value
  52                 #+ignore
  53                 (fixnum
  54                  (concatenate 'string "='" (prefixed-fixnum-string ,where-value #\0 10) "'"))
  55                 (number
  56                  (concatenate 'string "='" (write-to-string ,where-value) "'"))
  57                 (null
  58                  " is null")
  59                 (t
  60                  (format nil ,(if like "'%~A%'" "='~A'") ,where-value)))))
  61         (if ,%filter (concatenate 'string
  62                                   ,(if %%where " AND " " WHERE ")
  63                                   ,%filter) "")
  64         (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  65         ,@(when %%order (list %%order))
  66         (cond
  67          ((and ,%single ,%limit)
  68           (error "Can't set single and limit"))
  69          (,%single
  70           " LIMIT 1")
  71          (,%limit
  72           (format nil " LIMIT ~D" ,%limit))
  73          (t
  74           ""))))))
  75
  76 (defun query-string-eval (table fields &optional srl where-name where-value
  77                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit filter)
  78   (when single (setq limit 1))
  79   (concatenate
  80    'string
  81    (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  82            (if distinct "distinct " "") fields table)
  83    (if where-name (format nil " where ~:@(~A~)" where-name) "")
  84    (if where-name
  85        (format nil
  86                (typecase where-value
  87                  (number "='~D'")
  88                  (null " is null")
  89                  (t
  90                   (if like " like '%~A%""='~A'")))
  91                where-value)
  92        "")
  93    (if filter (concatenate 'string " AND " filter) nil)
  94    (if srl (format nil " and ~:@(~A~)<=~D" lrl srl) "")
  95    (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  96    (if limit (format nil " limit ~D" limit) "")))
  97
  98
  99 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
 100                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
 101                      limit filter (query-cmd 'mutex-sql-query))
 102   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 103 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 104   `(,query-cmd
 105     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 106      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 107      :filter ,filter :limit ,limit)))
 108
 109 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
 110                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
 111                      filter limit)
 112   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 113 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 114   `(mutex-sql-query
 115     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 116      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 117      :filter ,filter :limit ,limit)))
 118
 119 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
 120 (defmacro collect-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
 121                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 122                                     order like (query-cmd 'mutex-sql-query)
 123                                     filter limit)
 124                                 &body body)
 125   (let ((value (gensym))
 126         (r (gensym)))
 127     (if single
 128         (if (and limit (> limit 1))
 129             (error "Can't set limit along with single.")
 130           `(let* ((,value ,where-value)
 131                   (tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 132                                             :lrl ,lrl :single ,single
 133                                             :distinct ,distinct :order ,order
 134                                             :like ,like :filter ,filter
 135                                             :query-cmd ,query-cmd))))
 136              ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 137              (when tuple
 138                (destructuring-bind ,fields tuple
 139                  ,@body))))
 140         `(let ((,value ,where-value))
 141            ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 142            (let ((,r '()))
 143              (dolist (tuple (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 144                                           :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 145                                           :order ,order :filter ,filter :like ,like
 146                                           :limit ,limit))
 147                (push (destructuring-bind ,fields tuple ,@body) ,r))
 148              (nreverse ,r))
 149            #+ignore
 150            (loop for tuple in
 151                  (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 152                                :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 153                                :order ,order :like ,like :filter ,filter :limit ,limit)
 154                collect (destructuring-bind ,fields tuple ,@body))))))
 155
 156 (defmacro collect-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
 157                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 158                                          order like filter limit)
 159                                   &body body)
 160   (let ((value (gensym))
 161         (r (gensym))
 162         (eval-fields (cadr fields)))
 163     (if single
 164         `(let* ((,value ,where-value)
 165                 (tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 166                                                :lrl ,lrl :single ,single
 167                                                :distinct ,distinct :order ,order
 168                                                :like ,like :filter ,filter
 169                                                :limit ,limit))))
 170           (when tuple
 171             (destructuring-bind ,eval-fields tuple
 172               ,@body)))
 173         `(let ((,value ,where-value)
 174                (,r '()))
 175            (dolist (tuple (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 176                                              :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 177                                              :order ,order :like ,like
 178                                              :filter ,filter :limit ,limit))
 179              (push (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body) ,r))
 180            (nreverse ,r)
 181            #+ignore
 182            (loop for tuple in
 183                  (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 184                                     :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 185                                     :order ,order :like ,like :filter ,filter
 186                                     :limit ,limit)
 187                collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body))))))
 188
 189 ;;;
 190 ;;; Read from SQL database
 191
 192 (defmacro ensure-cui-integer (cui)
 193   `(if (stringp ,cui)
 194     (setq ,cui (parse-cui ,cui))
 195     ,cui))
 196
 197 (defmacro ensure-lui-integer (lui)
 198   `(if (stringp ,lui)
 199     (setq ,lui (parse-lui ,lui))
 200     ,lui))
 201
 202 (defmacro ensure-sui-integer (sui)
 203   `(if (stringp ,sui)
 204     (setq ,sui (parse-sui ,sui))
 205     ,sui))
 206
 207 (defmacro ensure-tui-integer (tui)
 208   `(if (stringp ,tui)
 209     (setq ,tui (parse-tui ,tui))
 210     ,tui))
 211
 212 (defmacro ensure-eui-integer (eui)
 213   `(if (stringp ,eui)
 214     (setq ,eui (parse-eui ,eui))
 215     ,eui))
 216
 217 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 218   "Find ucon for a cui"
 219   (ensure-cui-integer cui)
 220   (unless cui (return-from find-ucon-cui nil))
 221
 222   (let ((tuple (car (mutex-sql-query
 223                      (format nil
 224                              "SELECT kcuilrl,str FROM MRCONSO WHERE CUI=~D AND KPFENG=1~A"
 225                              cui (if srl (format nil " AND SRL<=~D" srl) ""))))))
 226     (unless tuple
 227       (setq tuple (car (mutex-sql-query
 228                         (format nil
 229                                 "SELECT kcuilrl,str FROM MRCONSO WHERE CUI=~D"
 230                                 cui (if srl (format nil " AND SRL<=~D" srl) nil))))))
 231     (unless tuple
 232       (return-from find-ucon-cui nil))
 233     (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr (second tuple)
 234                    :lrl (ensure-integer (first tuple)))))
 235
 236 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 237   "Find ucon for a cui"
 238   (ensure-cui-integer cui)
 239   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :single t)
 240     (make-instance 'ucon :cui cui :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 241                    :pfstr nil)))
 242
 243 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 244   "Find preferred string for a cui"
 245   (ensure-cui-integer cui)
 246   (or
 247    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 248                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 249       str)
 250    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 251                                   :single t)
 252       str)))
 253
 254 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 255   "Find list of ucon for lui"
 256   (ensure-lui-integer lui)
 257   (unless lui (return-from find-ucon-lui nil))
 258   (or
 259    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 260                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 261       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 262                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))
 263    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 264                                   :single t)
 265       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 266                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 267
 268 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 269   "Find list of ucon for sui"
 270   (ensure-sui-integer sui)
 271   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl sui sui :distinct t)
 272     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 273                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 274
 275 (defun find-ucon-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 276   "Find list of ucon for aui"
 277   (ensure-sui-integer aui)
 278   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl aui aui :distinct t)
 279     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 280                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 281
 282 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 283   "Find ucon for cui/sui"
 284   (ensure-cui-integer cui)
 285   (ensure-sui-integer sui)
 286   (when (and cui sui)
 287     (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl kcuisui
 288                               (make-cuisui cui sui))
 289       (make-instance 'ucon :cui cui
 290                      :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 291                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 292
 293 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 294   "Find ucon that are exact match for str"
 295   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl str str :distinct t)
 296     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 297                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 298
 299 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 300   "Return list of all ucon's"
 301   (with-sql-connection (db)
 302     (clsql:map-query
 303      'list
 304      #'(lambda (tuple)
 305          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 306              (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 307                             :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 308                             :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 309      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil
 310                    :order (cui asc) :distinct t)
 311      :database db)))
 312
 313 (defun find-ucon-all2 (&key (srl *current-srl*))
 314   "Return list of all ucon's"
 315   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 316                             :distinct t)
 317     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 318                    :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 319                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 320
 321 (defun find-cui-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 322   "Return list of CUIs for all ucons"
 323   (collect-umlisp-query (mrconso (cui) srl nil nil :order (cui asc)
 324                                :distinct t)
 325                         cui))
 326
 327 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 328   "Map a function over all ucon's"
 329   (with-sql-connection (db)
 330     (clsql:map-query
 331      nil
 332      #'(lambda (tuple)
 333          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 334            (funcall fn (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 335                                       :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 336                                       :lrl (ensure-integer cuilrl)))))
 337      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 338                    :distinct t)
 339      :database db)))
 340
 341
 342 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 343   "Return a list of udefs for cui"
 344   (ensure-cui-integer cui)
 345   (collect-umlisp-query (mrdef (sab def suppress) srl cui cui :lrl "KSRL")
 346     (make-instance 'udef :sab sab :def def :suppress suppress)))
 347
 348 (defun find-udoc-key (key)
 349   "Return list of abbreviation documentation for a key"
 350   (collect-umlisp-query (mrdoc (value type expl) nil dockey key)
 351     (make-instance 'udoc :dockey key :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 352
 353 (defun find-udoc-value (value)
 354   "Return abbreviation documentation"
 355   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey type expl) nil value value)
 356     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 357
 358 (defun find-udoc-key-value (dockey value)
 359   (collect-umlisp-query (mrdoc (type expl) nil dockey dockey :filter (format nil "VALUE='~A'" value))
 360       (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 361
 362 (defun find-udoc-all ()
 363   "Return all abbreviation documentation"
 364   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey value type expl) nil nil nil)
 365     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 366
 367 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 368   "Return a list of usty for cui"
 369   (ensure-cui-integer cui)
 370   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui cui :lrl "KLRL")
 371     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 372
 373 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 374   "Return a list of usty that match word"
 375   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t
 376                             :distinct t)
 377     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 378
 379 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 380   "Return a list of urel for cui"
 381   (ensure-cui-integer cui)
 382   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 383                                srl cui1 cui :lrl "KSRL")
 384     (make-instance 'urel :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 385                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 386                    :rui rui :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 387                    :suppress suppress :cvf cvf :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 388
 389 (defun find-cui2-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 390   "Return a list of urel for cui"
 391   (ensure-cui-integer cui)
 392   (collect-umlisp-query (mrrel (cui2) srl cui1
 393                                cui :lrl "KSRL")
 394                         cui2))
 395
 396 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 397   "Return a list of urel for cui2"
 398   (ensure-cui-integer cui2)
 399   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui1 aui1 stype1 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 400                                srl cui2 cui2 :lrl "KSRL")
 401     (make-instance 'urel :cui2 cui2 :rel rel :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2 :rui rui :srui srui
 402                    :stype1 stype1 :cui1 (ensure-integer cui1) :aui1 (ensure-integer aui1)
 403                    :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir :suppress suppress :cvf cvf
 404                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 405
 406 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 407   (ensure-cui-integer cui2)
 408   (loop for cui in (remove-duplicates
 409                     (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))
 410         collect (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 411
 412 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 413   "Return a list of ucoc for cui"
 414   (ensure-cui-integer cui)
 415   (collect-umlisp-query (mrcoc (aui1 cui2 aui2 sab cot cof coa) srl cui1
 416                             cui :lrl klrl :order (cof asc))
 417     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 418     (when (eql 0 cui2) (setq cui2 nil))
 419     (make-instance 'ucoc :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1)
 420                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2)
 421                    :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa :sab sab
 422                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 423
 424 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 425   "Return a list of ucoc for cui2"
 426   (ensure-cui-integer cui2)
 427   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui1 aui1 aui2 sab cot cof coa) srl cui2
 428                             cui2 :lrl klrl :order (cof asc))
 429     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 430     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 cui2
 431                    :aui1 (ensure-integer aui1) :aui2 (ensure-integer aui2)
 432                    :sab sab :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 433                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 434
 435 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 436   "List of ucon with co-occurance cui2"
 437   (ensure-cui-integer cui2)
 438   (mapcar
 439    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 440    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 441
 442
 443 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 444   "Return a list of uterm for cui"
 445   (ensure-cui-integer cui)
 446   (collect-umlisp-query (mrconso (lui lat ts kluilrl) srl cui cui
 447                             :lrl kluilrl :distinct t)
 448     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui cui
 449                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 450
 451 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 452   "Return a list of uterm for lui"
 453   (ensure-lui-integer lui)
 454   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts kluilrl) srl lui lui
 455                              :lrl kluilrl :distinct t)
 456     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui lui
 457                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 458
 459 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 460   "Return single uterm for cui/lui"
 461   (ensure-cui-integer cui)
 462   (ensure-lui-integer lui)
 463   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 464                              (make-cuilui cui lui)
 465                              :lrl kluilrl :single t)
 466     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts
 467                    :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 468
 469 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 470   "Return a list of ustr for cui/lui"
 471   (ensure-cui-integer cui)
 472   (ensure-lui-integer lui)
 473   (collect-umlisp-query (mrconso (sui stt str suppress ksuilrl) srl kcuilui
 474                                  (make-cuilui cui lui) :lrl ksuilrl)
 475                 (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 476                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str :suppress suppress
 477                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 478
 479 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 480   "Return the single ustr for cuisui"
 481   (ensure-cui-integer cui)
 482   (ensure-sui-integer sui)
 483   (collect-umlisp-query (mrconso (lui stt str suppress ksuilrl) srl kcuisui
 484                             (make-cuisui cui sui) :lrl lsuilrl :single t)
 485     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 486                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :suppress suppress
 487                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 488
 489 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 490   "Return the list of ustr for sui"
 491   (ensure-sui-integer sui)
 492   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lui stt str suppress ksuilrl) srl sui sui
 493                             :lrl ksuilrl)
 494     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 495                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) sui)
 496                    :suppress suppress
 497                    :lui (ensure-integer lui) :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 498
 499 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 500   "Return the list of ustr for sab"
 501   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 502     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 503       (apply #'find-ustr-cuisui
 504              (append
 505               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui))
 506               (list :srl srl))))))
 507
 508 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 509   "Return list of all ustr's"
 510     (with-sql-connection (db)
 511       (clsql:map-query
 512        'list
 513        #'(lambda (tuple)
 514            (destructuring-bind (cui lui sui stt ksuilrl suppress) tuple
 515              (make-instance 'ustr :cui (ensure-integer cui)
 516                             :lui (ensure-integer lui) :sui (ensure-integer sui)
 517                             :stt stt :str (find-pfstr-cui cui)
 518                             :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui)
 519                                                  (ensure-integer sui))
 520                             :suppress suppress
 521                             :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 522        (query-string mrconso (cui lui sui stt ksuilrl) srl nil nil :lrl ksuilrl
 523                      :distinct t
 524                      :order (sui asc))
 525        :database db)))
 526
 527 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 528   "Return the string associated with sui"
 529   (ensure-sui-integer sui)
 530   (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl sui sui :lrl ksuilrl :single t)
 531     str))
 532
 533 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 534   (ensure-sui-integer sui)
 535   (ensure-cui-integer cui)
 536   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str) srl kcuisui
 537                            (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 538     (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 539                    :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 540                    :lat lat :str str)))
 541
 542 (defun find-uso-cui (cui &key (srl *current-srl*) (english-only nil) limit)
 543   (ensure-cui-integer cui)
 544   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str sui)
 545                                  srl cui cui :lrl srl :limit limit
 546                                  :filter (when english-only "LAT='ENG'"))
 547      (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 548                     :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 549                     :lat lat :str str)))
 550
 551 (defun find-uso-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 552   (ensure-sui-integer aui)
 553   (collect-umlisp-query (mrconso (sab cui sui code srl tty saui sdui scui lat str) srl aui
 554                                  aui :lrl srl :single t)
 555     (make-instance 'uso :aui aui :cui cui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 556                    :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 557                    :lat lat :str str)))
 558
 559 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 560   (ensure-cui-integer cui)
 561   (ensure-sui-integer sui)
 562   (collect-umlisp-query (mrcxt (sab rank code cxn cxl cxs cui2 hcd rela xc)
 563                             srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl ksrl)
 564                         (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 565                 :rank rank
 566                    :cxn (ensure-integer cxn) :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd
 567                    :rela rela :xc xc
 568                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 569
 570 (defun find-uhier-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 571   (ensure-cui-integer cui)
 572   (collect-umlisp-query (mrhier (aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 573                             srl cui cui :lrl ksrl)
 574     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 575                    :cxn (ensure-integer cxn)
 576                    :paui (ensure-integer paui)
 577                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 578
 579 (defun find-uhier-all (&key (srl *current-srl*))
 580   (collect-umlisp-query (mrhier (cui aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 581                             srl nil nil :lrl ksrl)
 582     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 583                    :cxn (ensure-integer cxn)
 584                    :paui (ensure-integer paui)
 585                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 586
 587 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 588   (ensure-cui-integer cui)
 589   (ensure-lui-integer lui)
 590   (ensure-sui-integer sui)
 591   (let ((ls "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where "))
 592     (cond
 593       (sui (string-append ls "KCUISUI='"
 594                           (integer-string (make-cuisui cui sui) 14)
 595                           "'"))
 596       (lui (string-append ls "KCUILUI='"
 597                           (integer-string (make-cuilui cui lui) 14)
 598                           "' and sui='0'"))
 599       (t (string-append ls "cui='" (prefixed-fixnum-string cui nil 7)
 600                         "' and lui='0' and sui='0'")))
 601     (when srl
 602       (string-append ls " and KSRL<=" (prefixed-fixnum-string srl nil 3)))
 603     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 604           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 605             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 606
 607 (defun find-usty-tui (tui)
 608   "Find usty for tui"
 609   (ensure-tui-integer tui)
 610   (collect-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui tui :single t)
 611     (make-instance 'usty :tui tui :sty sty)))
 612
 613 (defun find-usty-sty (sty)
 614   "Find usty for a sty"
 615   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 616     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 617
 618 (defun find-usty-all ()
 619   "Return list of usty's for all semantic types"
 620   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 621     (find-usty-tui tui)))
 622
 623 (defun find-usab-all ()
 624   "Return all usab objects"
 625   (collect-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart vend imeta
 626                                   rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat
 627                                   cenc curver sabin ssn scit) nil nil nil)
 628     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 629                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 630                    :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 631                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc  :srl (ensure-integer srl)
 632                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 633                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 634                    :curver curver :sabin sabin :ssn ssn :scit scit)))
 635
 636 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 637   "Find usab for a key"
 638   (collect-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart
 639                                        vend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty
 640                                        ttyl atnl lat cenc curver sabin
 641                                        ssn scit)
 642                                      nil key-name key :single t)
 643      (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 644                     :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 645                     :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 646                     :rmeta rmeta :slc slc :scc scc :srl (ensure-integer srl)
 647                     :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 648                     :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 649                     :curver curver :sabin sabin
 650                     :ssn ssn :scit scit)))
 651
 652 (defun find-usab-rsab (rsab)
 653   "Find usab for rsab"
 654   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 655
 656 (defun find-usab-vsab (vsab)
 657   "Find usab for vsab"
 658   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 659
 660 (defun find-cui-max ()
 661   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 662
 663 (defun find-umap-cui (cui)
 664   (ensure-cui-integer cui)
 665   (collect-umlisp-query (mrmap (mapsetsab mapsubsetid maprank fromid fromsid fromexpr
 666                                           fromtype fromrule fromres rel rela toid tosid
 667                                           toexpr totype torule tores maprule maptype
 668                                           mapatn mapatv cvf)
 669                                nil mapsetcui cui)
 670     (make-instance 'umap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab :mapsubsetid mapsubsetid
 671                    :maprank (ensure-integer maprank) :fromid fromid :fromsid fromsid
 672                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype :fromrule fromrule :fromres fromres
 673                    :rel rel :rela rela :toid toid :tosid tosid :toexpr toexpr :totype totype
 674                    :torule torule :tores tores :maprule maprule :maptype maptype :mapatn mapatn
 675                    :mapatv mapatv :cvf cvf)))
 676
 677 ;;;; Cross table find functions
 678
 679 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 680   "Find list of ucon for tui"
 681   (ensure-tui-integer tui)
 682   (collect-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui tui :lrl klrl :order (cui asc))
 683     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 684
 685 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 686   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 687   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 688                                      :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 689     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 690
 691 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 692   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 693   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 694                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 695     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 696
 697 (defun find-cui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 698   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 699   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 700                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 701                              cui))
 702
 703 (defun find-lui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 704   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 705   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(lui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 706                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 707                              lui))
 708
 709 (defun find-sui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 710   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 711   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(sui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 712                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 713                              sui))
 714
 715 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 716   "Return list of ustrs that match word"
 717   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 718                                :order (cui asc sui asc))
 719     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 720
 721 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 722   "Return list of ustrs that match word"
 723   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 724                                  :order (cui asc sui asc))
 725     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 726
 727 (defun find-uterm-word (word &key (srl *current-srl*))
 728   "Return list of uterms that match word"
 729   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui lui) srl wd word :lrl klrl
 730                                :order (cui asc lui asc))
 731     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 732
 733 (defun find-uterm-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 734   "Return list of uterms that match word"
 735   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui lui) srl nwd word :lrl klrl
 736                                  :order (cui asc lui asc))
 737     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 738
 739 (defun find-ucon-noneng-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 740   "Return list of ucons that match non-english word"
 741   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_noneng '(cui) srl 'wd word :like like
 742                                         :distinct t :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 743     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 744
 745 (defun find-ustr-noneng-word (word &key (srl *current-srl*))
 746   "Return list of ustrs that match non-english word"
 747   (collect-umlisp-query (mrxw_noneng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 748                                   :order (cui asc sui asc))
 749     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 750
 751 ;; Special tables
 752
 753 (defun find-usrl-all ()
 754   (collect-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 755     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 756
 757 ;;; Multiword lookup and score functions
 758
 759 (defun find-uobj-multiword (str obj-lookup-fun sort-fun key srl
 760                             only-exact-if-match limit)
 761   (let ((uobjs '()))
 762     (dolist (word (delimited-string-to-list str #\space))
 763       (setq uobjs (append uobjs (funcall obj-lookup-fun word :srl srl))))
 764     (let ((sorted
 765            (funcall sort-fun str
 766                     (delete-duplicates uobjs :test #'= :key key))))
 767       (let ((len (length sorted)))
 768         (cond
 769          ((zerop len)
 770           (return-from find-uobj-multiword nil))
 771          ((and only-exact-if-match (multiword-match str (pfstr (first sorted))))
 772           (first sorted))
 773          (limit
 774           (if (and (plusp limit) (> len limit))
 775               (subseq sorted 0 limit)
 776             limit))
 777          (t
 778           sorted))))))
 779
 780 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 781                                      (only-exact-if-match t)
 782                                      limit)
 783   (find-uobj-multiword str #'find-ucon-word #'sort-score-pfstr-str
 784                        #'cui srl only-exact-if-match limit))
 785
 786 (defun find-uterm-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 787                                       (only-exact-if-match t)
 788                                       limit)
 789   (find-uobj-multiword str #'find-uterm-word #'sort-score-pfstr-str
 790                        #'lui srl only-exact-if-match limit))
 791
 792 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 793                                      (only-exact-if-match t)
 794                                      limit)
 795   (find-uobj-multiword str #'find-ustr-word #'sort-score-ustr-str
 796                        #'sui srl only-exact-if-match limit))
 797
 798 (defun sort-score-pfstr-str (str uobjs)
 799   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 800   (sort-score-umlsclass-str uobjs str #'pfstr))
 801
 802 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 803   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 804   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 805
 806 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 807   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 808   (let ((scored '()))
 809     (dolist (obj objs)
 810       (push (list obj (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 811        scored))
 812     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 813
 814
 815 ;;; LEX SQL functions
 816
 817 (defun find-lexterm-eui (eui)
 818   (ensure-eui-integer eui)
 819   (collect-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 820     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 821
 822 (defun find-lexterm-word (wrd)
 823   (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 824     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 825                    :wrd (copy-seq wrd))))
 826
 827 ;; LEX SQL Read functions
 828
 829 (defun find-labr-eui (eui)
 830   (ensure-eui-integer eui)
 831   (collect-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 832     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 833                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 834
 835 (defun find-labr-bas (bas)
 836   (collect-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 837     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 838                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 839
 840 (defun find-lagr-eui (eui)
 841   (ensure-eui-integer eui)
 842   (collect-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 843     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 844                    :cit cit :bas bas)))
 845
 846 (defun find-lcmp-eui (eui)
 847   (ensure-eui-integer eui)
 848   (collect-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 849     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 850
 851 (defun find-lmod-eui (eui)
 852   (ensure-eui-integer eui)
 853   (collect-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
 854     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 855
 856 (defun find-lnom-eui (eui)
 857   (ensure-eui-integer eui)
 858   (collect-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
 859     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 860                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 861
 862 (defun find-lprn-eui (eui)
 863   (ensure-eui-integer eui)
 864   (collect-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
 865     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 866                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 867
 868 (defun find-lprp-eui (eui)
 869   (ensure-eui-integer eui)
 870   (collect-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
 871     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 872
 873 (defun find-lspl-eui (eui)
 874   (ensure-eui-integer eui)
 875   (collect-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
 876     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 877
 878 (defun find-ltrm-eui (eui)
 879   (ensure-eui-integer eui)
 880   (collect-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
 881     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 882
 883 (defun find-ltyp-eui (eui)
 884   (ensure-eui-integer eui)
 885   (collect-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
 886     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 887
 888 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 889   (make-instance 'lwd :wrd wrd
 890                  :euilist (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 891                                                 (ensure-integer eui))))
 892
 893 ;;; Semantic Network SQL access functions
 894
 895 (defun find-sdef-ui (ui)
 896   (collect-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 897                             nil ui ui :single t)
 898     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 899                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 900
 901 (defun find-sstre1-ui (ui)
 902   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
 903     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 904                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 905
 906 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 907   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
 908     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 909                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 910
 911 (defun find-sstr-rl (rl)
 912   (collect-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
 913     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 914
 915 (defun find-sstre2-sty (sty)
 916   (collect-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
 917     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 918
 919 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 920   (collect-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
 921     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 922
 923
 924 ;;; **************************
 925 ;;; Local Classes
 926 ;;; **************************
 927
 928
 929 (defun make-ustats ()
 930   (with-sql-connection (conn)
 931     (ignore-errors (sql-execute "drop table USTATS" conn))
 932     (sql-execute "create table USTATS (NAME varchar(160), COUNT bigint, SRL integer)" conn)
 933
 934     (dotimes (srl 5)
 935       (insert-ustats-count conn "Concept Count" "MRCONSO" "distinct CUI" "KCUILRL" srl)
 936       (insert-ustats-count conn "Term Count" "MRCONSO" "distinct KCUILUI" "KCUILRL" srl)
 937       (insert-ustats-count conn "Distinct Term Count" "MRCONSO" "distinct LUI" "KLUILRL" srl)
 938       (insert-ustats-count conn "String Count" "MRCONSO" "*" "KSUILRL" srl)
 939       (insert-ustats-count conn "Distinct String Count" "MRCONSO" "distinct SUI" "KSUILRL" srl)
 940       (insert-ustats-count conn "Hierarchcy" "MRHIER" "*" "KSRL" srl)
 941       (insert-ustats-count conn "Mappings" "MRMAP" "*" "KSRL" srl)
 942       (insert-ustats-count conn "Simple Mappings" "MRSMAP" "*" "KSRL" srl)
 943       (insert-ustats-count conn "Co-occuring Concept Count" "MRCOC" "*" "KLRL" srl)
 944       (insert-ustats-count conn "Definition Count" "MRDEF" "*" "KSRL" srl)
 945       (insert-ustats-count conn "Rank Count" "MRRANK" "*" "KSRL" srl)
 946       (insert-ustats-count conn "Relationship Count" "MRREL" "*" "KSRL" srl)
 947       (insert-ustats-count conn "Semantic Type Count" "MRSTY" "*" "KLRL" srl)
 948       (insert-ustats-count conn "Simple Attribute Count" "MRSAT" "*" "KSRL" srl)
 949       (insert-ustats-count conn "Source Abbreviation Count" "MRSAB" "*" "SRL" srl)
 950       (insert-ustats-count conn "Word Index Count" "MRXW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 951       (insert-ustats-count conn "Normalized Word Index Count" "MRXNW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 952       (insert-ustats-count conn "Normalized String Index Count" "MRXNS_ENG" "*" "KLRL" srl))
 953     (sql-execute "create index USTATS_SRL on USTATS (SRL)" conn))
 954   (find-ustats-all))
 955
 956 (defun insert-ustats-count (conn name table count-variable srl-control srl)
 957   (insert-ustats conn name (find-count-table conn table srl count-variable srl-control) srl))
 958
 959 (defun find-count-table (conn table srl count-variable srl-control)
 960   (cond
 961    ((stringp srl-control)
 962     (ensure-integer
 963      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a where ~a <= ~d"
 964                               count-variable table srl-control srl)
 965                       conn))))
 966    ((null srl-control)
 967     (ensure-integer
 968      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a"
 969                               count-variable table )
 970                       conn))))
 971    (t
 972     (error "Unknown srl-control")
 973     0)))
 974
 975 (defun insert-ustats (conn name count srl)
 976   (sql-execute (format nil "insert into USTATS (name,count,srl) values ('~a',~d,~d)"
 977                        name count (if srl srl 3))
 978                conn))
 979
 980 (defun find-ustats-all (&key (srl *current-srl*))
 981   (if srl
 982       (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil srl srl
 983                                     :order (name asc))
 984                             (make-instance 'ustats :name name
 985                                            :hits (ensure-integer count)
 986                                            :srl (ensure-integer srl)))
 987     (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil nil nil
 988                                   :order (name asc))
 989                           (make-instance 'ustats :name name
 990                                          :hits (ensure-integer count)
 991                                          :srl (ensure-integer srl)))))
 992
 993 (defun find-ustats-srl (srl)
 994   (collect-umlisp-query (ustats (name count) nil srl srl :order (name asc))
 995                            (make-instance 'ustats :name name :hits (ensure-integer count))))
 996
 997
 998
 999 (defun find-bsab-sab (sab)
1000  (collect-umlisp-query (bonus_sab (name count) nil sab sab :single t)
1001      (make-instance 'bsab :sab sab :name name :hits (ensure-integer count))))
1002
1003 (defun find-bsab-all ()
1004  (collect-umlisp-query (bonus_sab (sab name count) nil nil nil :order (sab asc))
1005      (make-instance 'bsab :sab sab :name name :hits (ensure-integer count))))
1006
1007 (defun find-btty-tty (tty)
1008  (collect-umlisp-query (bonus_tty (name count) nil tty tty :single t)
1009      (make-instance 'btty :tty tty :name name :hits (ensure-integer count))))
1010
1011 (defun find-btty-all ()
1012  (collect-umlisp-query (bonus_tty (tty name count) nil nil nil :order (tty asc))
1013   (make-instance 'btty :tty tty :name name :hits (ensure-integer count))))
1014
1015 (defun find-brel-rel (rel)
1016   (collect-umlisp-query (bonus_rel (sab sl rel rela count) nil rel rel)
1017     (make-instance 'brel :sab sab :sl sl :rel rel :rela rela
1018                     :hits (ensure-integer count))))