sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id$
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2006 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp)
  20
  21
  22 (defvar *current-srl* nil)
  23 (defun current-srl ()
  24   *current-srl*)
  25 (defun current-srl! (srl)
  26   (setq *current-srl* srl))
  27
  28 (defmacro query-string (table fields srl where-name where-value
  29                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit
  30                         filter)
  31   (let* ((%%fields (format nil "SELECT ~A~{~:@(~A~)~^,~} FROM ~:@(~A~)"
  32                            (if distinct "DISTINCT " "") fields table))
  33          (%%order (if order (format nil " ORDER BY ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  34                                     order)
  35                       ""))
  36          (%%lrl (format nil " AND ~:@(~A~)<=" lrl))
  37          (%%where (when where-name
  38                     (format nil " WHERE ~:@(~A~)~A" where-name
  39                           (if like " like " ""))))
  40          (%filter (gensym "FILTER-"))
  41          (%single (gensym "SINGLE-"))
  42          (%limit (gensym "LIMIT-")))
  43     `(let ((,%limit ,limit)
  44            (,%single ,single)
  45            (,%filter ,filter))
  46        (concatenate
  47         'string
  48         ,%%fields
  49         ,@(when %%where (list %%where))
  50         ,@(when %%where
  51             `((typecase ,where-value
  52                 #+ignore
  53                 (fixnum
  54                  (concatenate 'string "='" (prefixed-fixnum-string ,where-value #\0 10) "'"))
  55                 (number
  56                  (concatenate 'string "='" (write-to-string ,where-value) "'"))
  57                 (null
  58                  " IS NULL")
  59                 (t
  60                  (format nil ,(if like "'%~A%'" "='~A'") ,where-value)))))
  61         (if ,%filter (concatenate 'string
  62                                   ,(if %%where " AND " " WHERE ")
  63                                   ,%filter) "")
  64         (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  65         ,@(when %%order (list %%order))
  66         (cond
  67          ((and ,%single ,%limit)
  68           (error  "Can't set single (~S) and limit (~S)" ,%single ,%limit))
  69          (,%single
  70           " LIMIT 1")
  71          (,%limit
  72           (format nil " LIMIT ~D" ,%limit))
  73          (t
  74           ""))))))
  75
  76 (defun query-string-eval (table fields srl where-name where-value
  77                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit filter)
  78   (when single (setq limit 1))
  79   (concatenate
  80    'string
  81    (format nil "SELECT ~A~{~:@(~A~)~^,~} FROM ~:@(~A~)"
  82            (if distinct "DISTINCT " "") fields table)
  83    (if where-name (format nil " WHERE ~:@(~A~)" where-name) "")
  84    (if where-name
  85        (format nil
  86                (typecase where-value
  87                  (number "='~D'")
  88                  (null " IS NULL")
  89                  (t
  90                   (if like " LINK '%~A%""='~A'")))
  91                where-value)
  92        "")
  93    (if filter (concatenate 'string " AND " filter) nil)
  94    (if srl (format nil " AND ~:@(~A~)<=~D" lrl srl) "")
  95    (if order (format nil " ORDER BY ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  96    (if limit (format nil " LIMIT ~D" limit) "")))
  97
  98
  99 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
 100                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
 101                      limit filter (query-cmd 'mutex-sql-query))
 102   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 103 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 104   `(,query-cmd
 105     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 106      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 107      :filter ,filter :limit ,limit)))
 108
 109 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
 110                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
 111                      filter limit)
 112   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 113 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 114   `(mutex-sql-query
 115     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 116      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 117      :filter ,filter :limit ,limit)))
 118
 119 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
 120 (defmacro collect-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
 121                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 122                                     order like (query-cmd 'mutex-sql-query)
 123                                     filter limit)
 124                                 &body body)
 125   (let ((value (gensym))
 126         (r (gensym)))
 127     (if single
 128         (if (and limit (> limit 1))
 129             (error "Can't set limit along with single.")
 130           `(let* ((,value ,where-value)
 131                   (tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 132                                             :lrl ,lrl :single ,single
 133                                             :distinct ,distinct :order ,order
 134                                             :like ,like :filter ,filter
 135                                             :query-cmd ,query-cmd))))
 136              ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 137              (when tuple
 138                (destructuring-bind ,fields tuple
 139                  ,@body))))
 140         `(let ((,value ,where-value))
 141            ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 142            (let ((,r '()))
 143              (dolist (tuple (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 144                                           :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 145                                           :order ,order :filter ,filter :like ,like
 146                                           :limit ,limit))
 147                (push (destructuring-bind ,fields tuple ,@body) ,r))
 148              (nreverse ,r))
 149            #+ignore
 150            (loop for tuple in
 151                  (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 152                                :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 153                                :order ,order :like ,like :filter ,filter :limit ,limit)
 154                collect (destructuring-bind ,fields tuple ,@body))))))
 155
 156 (defmacro collect-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
 157                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 158                                          order like filter limit)
 159                                   &body body)
 160   (let ((value (gensym))
 161         (r (gensym))
 162         (eval-fields (cadr fields)))
 163     (if single
 164         `(let* ((,value ,where-value)
 165                 (tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 166                                                :lrl ,lrl :single ,single
 167                                                :distinct ,distinct :order ,order
 168                                                :like ,like :filter ,filter
 169                                                :limit ,limit))))
 170           (when tuple
 171             (destructuring-bind ,eval-fields tuple
 172               ,@body)))
 173         `(let ((,value ,where-value)
 174                (,r '()))
 175            (dolist (tuple (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 176                                              :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 177                                              :order ,order :like ,like
 178                                              :filter ,filter :limit ,limit))
 179              (push (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body) ,r))
 180            (nreverse ,r)
 181            #+ignore
 182            (loop for tuple in
 183                  (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 184                                     :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 185                                     :order ,order :like ,like :filter ,filter
 186                                     :limit ,limit)
 187                collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body))))))
 188
 189 ;;;
 190 ;;; Read from SQL database
 191
 192 (defmacro ensure-cui-integer (cui)
 193   `(if (stringp ,cui)
 194     (setq ,cui (parse-cui ,cui))
 195     ,cui))
 196
 197 (defmacro ensure-lui-integer (lui)
 198   `(if (stringp ,lui)
 199     (setq ,lui (parse-lui ,lui))
 200     ,lui))
 201
 202 (defmacro ensure-sui-integer (sui)
 203   `(if (stringp ,sui)
 204     (setq ,sui (parse-sui ,sui))
 205     ,sui))
 206
 207 (defmacro ensure-aui-integer (aui)
 208   `(if (stringp ,aui)
 209     (setq ,aui (parse-aui ,aui))
 210     ,aui))
 211
 212 (defmacro ensure-rui-integer (rui)
 213   `(if (stringp ,rui)
 214     (setq ,rui (parse-rui ,rui))
 215     ,rui))
 216
 217 (defmacro ensure-tui-integer (tui)
 218   `(if (stringp ,tui)
 219     (setq ,tui (parse-tui ,tui))
 220     ,tui))
 221
 222 (defmacro ensure-eui-integer (eui)
 223   `(if (stringp ,eui)
 224     (setq ,eui (parse-eui ,eui))
 225     ,eui))
 226
 227 (defun make-ucon-cui (cui)
 228   (ensure-cui-integer cui)
 229   (when cui
 230     (make-instance 'ucon :cui cui)))
 231
 232 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*) without-pfstr)
 233   "Find ucon for a cui. If set SAB, the without-pfstr is on by default"
 234   (ensure-cui-integer cui)
 235   (unless cui (return-from find-ucon-cui nil))
 236
 237   (if without-pfstr
 238       (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :single t)
 239                             (make-instance 'ucon :cui cui :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 240                                            :pfstr nil)))
 241    (or
 242      (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl str) srl cui cui :single t :filter "KPFENG=1")
 243         (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr str
 244                        :lrl kcuilrl))
 245      (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl str) srl cui cui :single t)
 246         (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr str
 247                        :lrl kcuilrl))))
 248
 249 (defun find-uconso-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 250   "Find uconso for a cui."
 251   (ensure-cui-integer cui)
 252   (unless cui (return-from find-uconso-cui nil))
 253
 254   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts lui stt sui ispref aui saui scui sdui sab tty code str
 255                                       srl suppress cvf kpfeng kcuisui kcuilui kcuilrl
 256                                       kluilrl ksuilrl) srl cui cui)
 257     (make-instance 'uconso :cui cui :lat lat :ts ts :lui lui :stt stt :sui sui :ispref ispref
 258                    :aui aui :saui saui :scui scui :sdui sdui :sab sab :tty tty :code code
 259                    :str str :srl srl :suppress suppress :cvf cvf :kpfeng kpfeng
 260                    :kcuisui kcuisui :kcuilui kcuilui :kcuilrl kcuilrl :kluilrl kluilrl
 261                    :ksuilrl ksuilrl)))
 262
 263 (defun find-uconso-cui-sab (cui sab &key (srl *current-srl*))
 264   "Find uconso for a cui. If set SAB, the without-pfstr is on by default"
 265   (ensure-cui-integer cui)
 266   (unless (and cui (stringp sab))
 267     (return-from find-uconso-cui-sab nil))
 268
 269   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts lui stt sui ispref aui saui scui sdui sab tty code str
 270                                       srl suppress cvf kpfeng kcuisui kcuilui kcuilrl
 271                                       kluilrl ksuilrl) srl cui cui
 272                                       :filter (concatenate 'string "SAB='" sab "'"))
 273     (make-instance 'uconso :cui cui :lat lat :ts ts :lui lui :stt stt :sui sui :ispref ispref
 274                    :aui aui :saui saui :scui scui :sdui sdui :sab sab :tty tty :code code
 275                    :str str :srl srl :suppress suppress :cvf cvf :kpfeng kpfeng
 276                    :kcuisui kcuisui :kcuilui kcuilui :kcuilrl kcuilrl :kluilrl kluilrl
 277                    :ksuilrl ksuilrl)))
 278
 279 (defun find-uconso-sui-sab (sui sab &key (srl *current-srl*))
 280   "Find uconso for a sui. If set SAB, the without-pfstr is on by default"
 281   (ensure-sui-integer sui)
 282   (unless (and sui (stringp sab))
 283     (return-from find-uconso-sui-sab nil))
 284
 285   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts lui stt sui ispref aui saui scui sdui sab tty code str
 286                                       srl suppress cvf kpfeng kcuisui kcuilui kcuilrl
 287                                       kluilrl ksuilrl) srl sui sui
 288                                       :filter (concatenate 'string "SAB='" sab "'"))
 289     (make-instance 'uconso :cui cui :lat lat :ts ts :lui lui :stt stt :sui sui :ispref ispref
 290                    :aui aui :saui saui :scui scui :sdui sdui :sab sab :tty tty :code code
 291                    :str str :srl srl :suppress suppress :cvf cvf :kpfeng kpfeng
 292                    :kcuisui kcuisui :kcuilui kcuilui :kcuilrl kcuilrl :kluilrl kluilrl
 293                    :ksuilrl ksuilrl)))
 294
 295 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 296   "Find preferred string for a cui"
 297   (ensure-cui-integer cui)
 298   (or
 299    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 300                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 301       str)
 302    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 303                                   :single t)
 304                          str)))
 305
 306 (defun find-lrl-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 307   "Find LRL for a cui"
 308   (ensure-cui-integer cui)
 309   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :distinct t :single t)
 310                         (ensure-integer kcuilrl)))
 311
 312 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 313   "Find list of ucon for lui"
 314   (ensure-lui-integer lui)
 315   (unless lui (return-from find-ucon-lui nil))
 316   (or
 317    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 318                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 319       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 320                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))
 321    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 322                                   :single t)
 323       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 324                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 325
 326 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 327   "Find list of ucon for sui"
 328   (ensure-sui-integer sui)
 329   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl sui sui :distinct t)
 330     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 331                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 332
 333 (defun find-ucon-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 334   "Find list of ucon for aui"
 335   (ensure-aui-integer aui)
 336   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl aui aui :distinct t)
 337     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 338                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 339
 340 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 341   "Find ucon for cui/sui"
 342   (ensure-cui-integer cui)
 343   (ensure-sui-integer sui)
 344   (when (and cui sui)
 345     (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl kcuisui
 346                               (make-cuisui cui sui))
 347       (make-instance 'ucon :cui cui
 348                      :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 349                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 350
 351 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 352   "Find ucon that are exact match for str"
 353   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl str str :distinct t)
 354     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 355                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 356
 357 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 358   "Return list of all ucon's"
 359   (with-sql-connection (db)
 360     (clsql:map-query
 361      'list
 362      #'(lambda (tuple)
 363          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 364              (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 365                             :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 366                             :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 367      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil
 368                    :order (cui asc) :distinct t)
 369      :database db)))
 370
 371 (defun find-ucon-all2 (&key (srl *current-srl*))
 372   "Return list of all ucon's"
 373   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 374                             :distinct t)
 375     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 376                    :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 377                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 378
 379 (defun find-cui-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 380   "Return list of CUIs for all ucons"
 381   (collect-umlisp-query (mrconso (cui) srl nil nil :order (cui asc)
 382                                :distinct t)
 383                         cui))
 384
 385 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 386   "Map a function over all ucon's"
 387   (with-sql-connection (db)
 388     (clsql:map-query
 389      nil
 390      #'(lambda (tuple)
 391          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 392            (funcall fn (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 393                                       :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 394                                       :lrl (ensure-integer cuilrl)))))
 395      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 396                    :distinct t)
 397      :database db)))
 398
 399
 400 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 401   "Return a list of udefs for cui"
 402   (ensure-cui-integer cui)
 403   (collect-umlisp-query (mrdef (sab def suppress) srl cui cui :lrl "KSRL")
 404     (make-instance 'udef :sab sab :def def :suppress suppress)))
 405
 406 (defun find-udoc-key (key)
 407   "Return list of abbreviation documentation for a key"
 408   (collect-umlisp-query (mrdoc (value type expl) nil dockey key)
 409     (make-instance 'udoc :dockey key :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 410
 411 (defun find-udoc-value (value)
 412   "Return abbreviation documentation"
 413   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey type expl) nil value value)
 414     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 415
 416 (defun find-udoc-key-value (dockey value)
 417   (collect-umlisp-query (mrdoc (type expl) nil dockey dockey :filter (format nil "VALUE='~A'" value))
 418       (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 419
 420 (defun find-udoc-all ()
 421   "Return all abbreviation documentation"
 422   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey value type expl) nil nil nil)
 423     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 424
 425 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 426   "Return a list of usty for cui"
 427   (ensure-cui-integer cui)
 428   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui cui :lrl "KLRL")
 429     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 430
 431 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 432   "Return a list of usty that match word"
 433   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t
 434                             :distinct t)
 435     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 436
 437 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*) filter without-pfstr2)
 438   "Return a list of urel for cui"
 439   (ensure-cui-integer cui)
 440   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 441                                srl cui1 cui :lrl "KSRL" :filter filter)
 442     (let ((rel
 443       (make-instance 'urel :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 444                      :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 445                      :rui (ensure-integer rui) :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 446                      :suppress suppress :cvf cvf)))
 447       (unless without-pfstr2
 448         (setf (slot-value rel 'pfstr2) (find-pfstr-cui cui2)))
 449       rel)))
 450
 451 (defun find-urel-rui (rui &key (srl *current-srl*))
 452   "Return the urel for a rui"
 453   (ensure-rui-integer rui)
 454   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 455                                srl rui rui :lrl "KSRL" :single t)
 456     (make-instance 'urel :cui1 cui1 :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 457                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 458                    :rui (ensure-integer rui) :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 459                    :suppress suppress :cvf cvf :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 460
 461 (defun find-cui2-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 462   "Return a list of urel for cui"
 463   (ensure-cui-integer cui)
 464   (collect-umlisp-query (mrrel (cui2) srl cui1
 465                                cui :lrl "KSRL")
 466                         cui2))
 467
 468 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 469   "Return a list of urel for cui2"
 470   (ensure-cui-integer cui2)
 471   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui1 aui1 stype1 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 472                                srl cui2 cui2 :lrl "KSRL")
 473     (make-instance 'urel :cui2 cui2 :rel rel :aui2 (ensure-integer aui2)
 474                    :stype2 stype2 :rui (ensure-integer rui) :srui srui
 475                    :stype1 stype1 :cui1 (ensure-integer cui1)
 476                    :aui1 (ensure-integer aui1)
 477                    :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir :suppress suppress :cvf cvf
 478                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 479
 480 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 481   (ensure-cui-integer cui2)
 482   (loop for cui in (remove-duplicates
 483                     (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))
 484         collect (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 485
 486 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 487   "Return a list of ucoc for cui"
 488   (ensure-cui-integer cui)
 489   (collect-umlisp-query (mrcoc (aui1 cui2 aui2 sab cot cof coa) srl cui1
 490                             cui :lrl klrl :order (cof asc))
 491     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 492     (when (eql 0 cui2) (setq cui2 nil))
 493     (make-instance 'ucoc :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1)
 494                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2)
 495                    :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa :sab sab
 496                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 497
 498 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 499   "Return a list of ucoc for cui2"
 500   (ensure-cui-integer cui2)
 501   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui1 aui1 aui2 sab cot cof coa) srl cui2
 502                             cui2 :lrl klrl :order (cof asc))
 503     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 504     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 cui2
 505                    :aui1 (ensure-integer aui1) :aui2 (ensure-integer aui2)
 506                    :sab sab :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 507                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 508
 509 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 510   "List of ucon with co-occurance cui2"
 511   (ensure-cui-integer cui2)
 512   (mapcar
 513    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 514    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 515
 516
 517 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 518   "Return a list of uterm for cui"
 519   (ensure-cui-integer cui)
 520   (collect-umlisp-query (mrconso (lui lat ts kluilrl) srl cui cui
 521                             :lrl kluilrl :distinct t)
 522     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui cui
 523                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 524
 525 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 526   "Return a list of uterm for lui"
 527   (ensure-lui-integer lui)
 528   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts kluilrl) srl lui lui
 529                              :lrl kluilrl :distinct t)
 530     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui lui
 531                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 532
 533 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 534   "Return single uterm for cui/lui"
 535   (ensure-cui-integer cui)
 536   (ensure-lui-integer lui)
 537   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 538                              (make-cuilui cui lui)
 539                              :lrl kluilrl :single t)
 540     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts
 541                    :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 542
 543 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 544   "Return a list of ustr for cui/lui"
 545   (ensure-cui-integer cui)
 546   (ensure-lui-integer lui)
 547   (collect-umlisp-query (mrconso (sui stt str suppress ksuilrl) srl kcuilui
 548                                  (make-cuilui cui lui) :lrl ksuilrl)
 549                 (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 550                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str :suppress suppress
 551                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 552
 553 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 554   "Return the single ustr for cuisui"
 555   (ensure-cui-integer cui)
 556   (ensure-sui-integer sui)
 557   (collect-umlisp-query (mrconso (lui stt str suppress ksuilrl) srl kcuisui
 558                             (make-cuisui cui sui) :lrl lsuilrl :single t)
 559     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 560                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :suppress suppress
 561                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 562
 563 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 564   "Return the list of ustr for sui"
 565   (ensure-sui-integer sui)
 566   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lui stt str suppress ksuilrl) srl sui sui
 567                             :lrl ksuilrl)
 568     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 569                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) sui)
 570                    :suppress suppress
 571                    :lui (ensure-integer lui) :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 572
 573 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 574   "Return the list of ustr for sab"
 575   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 576     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 577       (apply #'find-ustr-cuisui
 578              (append
 579               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui))
 580               (list :srl srl))))))
 581
 582 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 583   "Return list of all ustr's"
 584     (with-sql-connection (db)
 585       (clsql:map-query
 586        'list
 587        #'(lambda (tuple)
 588            (destructuring-bind (cui lui sui stt ksuilrl suppress) tuple
 589              (make-instance 'ustr :cui (ensure-integer cui)
 590                             :lui (ensure-integer lui) :sui (ensure-integer sui)
 591                             :stt stt :str (find-pfstr-cui cui)
 592                             :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui)
 593                                                  (ensure-integer sui))
 594                             :suppress suppress
 595                             :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 596        (query-string mrconso (cui lui sui stt ksuilrl) srl nil nil :lrl ksuilrl
 597                      :distinct t
 598                      :order (sui asc))
 599        :database db)))
 600
 601 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 602   "Return the string associated with sui"
 603   (ensure-sui-integer sui)
 604   (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl sui sui :lrl ksuilrl :single t)
 605     str))
 606
 607 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 608   (ensure-sui-integer sui)
 609   (ensure-cui-integer cui)
 610   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str)
 611                                  srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 612     (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 613                    :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 614                    :lat lat :str str)))
 615
 616 (defun find-uso-cui (cui &key (srl *current-srl*) (english-only nil) limit)
 617   (ensure-cui-integer cui)
 618   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str sui)
 619                                  srl cui cui :lrl srl :limit limit
 620                                  :filter (when english-only "LAT='ENG'"))
 621      (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 622                     :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 623                     :lat lat :str str)))
 624
 625 (defun find-uso-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 626   (ensure-sui-integer aui)
 627   (collect-umlisp-query (mrconso (sab cui sui code srl tty saui sdui scui lat
 628                                       str) srl aui aui :lrl srl :single t)
 629     (make-instance 'uso :aui aui :cui cui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 630                    :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui :lat lat
 631                    :str str)))
 632
 633 (defun find-uhier-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 634   (ensure-cui-integer cui)
 635   (collect-umlisp-query (mrhier (aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 636                             srl cui cui :lrl ksrl)
 637     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 638                    :cxn (ensure-integer cxn)
 639                    :paui (ensure-integer paui)
 640                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 641
 642 (defun find-uhier-all (&key (srl *current-srl*))
 643   (collect-umlisp-query (mrhier (cui aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 644                             srl nil nil :lrl ksrl)
 645     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 646                    :cxn (ensure-integer cxn)
 647                    :paui (ensure-integer paui)
 648                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 649
 650 (defun find-usat-ui (cui &key lui sui (srl *current-srl*))
 651   (ensure-cui-integer cui)
 652   (ensure-lui-integer lui)
 653   (ensure-sui-integer sui)
 654   (let ((ls "SELECT CODE,ATN,SAB,ATV FROM MRSAT WHERE "))
 655     (cond
 656       (sui (string-append ls "KCUISUI='"
 657                           (integer-string (make-cuisui cui sui) 14)
 658                           "'"))
 659       (lui (string-append ls "KCUILUI='"
 660                           (integer-string (make-cuilui cui lui) 14)
 661                           "' and sui='0'"))
 662       (t (string-append ls "cui='" (prefixed-fixnum-string cui nil 7)
 663                         "' and lui='0' and sui='0'")))
 664     (when srl
 665       (string-append ls " and KSRL<=" (prefixed-fixnum-string srl nil 3)))
 666     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 667           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 668             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 669
 670 (defun find-usty-tui (tui)
 671   "Find usty for tui"
 672   (ensure-tui-integer tui)
 673   (collect-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui tui :single t)
 674     (make-instance 'usty :tui tui :sty sty)))
 675
 676 (defun find-usty-sty (sty)
 677   "Find usty for a sty"
 678   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 679     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 680
 681 (defun find-usty-all ()
 682   "Return list of usty's for all semantic types"
 683   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 684     (find-usty-tui tui)))
 685
 686 (defun find-usab-all ()
 687   "Return all usab objects"
 688   (collect-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart vend imeta
 689                                   rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat
 690                                   cenc curver sabin ssn scit) nil nil nil)
 691     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 692                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 693                    :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 694                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc  :srl (ensure-integer srl)
 695                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 696                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 697                    :curver curver :sabin sabin :ssn ssn :scit scit)))
 698
 699 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 700   "Find usab for a key"
 701   (collect-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart
 702                                        vend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty
 703                                        ttyl atnl lat cenc curver sabin
 704                                        ssn scit)
 705                                      nil key-name key :single t)
 706      (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 707                     :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 708                     :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 709                     :rmeta rmeta :slc slc :scc scc :srl (ensure-integer srl)
 710                     :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 711                     :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 712                     :curver curver :sabin sabin
 713                     :ssn ssn :scit scit)))
 714
 715 (defun find-usab-rsab (rsab)
 716   "Find usab for rsab"
 717   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 718
 719 (defun find-usab-vsab (vsab)
 720   "Find usab for vsab"
 721   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 722
 723 (defun find-cui-max ()
 724   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 725
 726 (defun find-umap-cui (cui)
 727   (ensure-cui-integer cui)
 728   (collect-umlisp-query (mrmap (mapsetsab mapsubsetid maprank fromid fromsid fromexpr
 729                                           fromtype fromrule fromres rel rela toid tosid
 730                                           toexpr totype torule tores maprule maptype
 731                                           mapatn mapatv cvf)
 732                                nil mapsetcui cui)
 733     (make-instance 'umap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab :mapsubsetid mapsubsetid
 734                    :maprank (ensure-integer maprank) :fromid fromid :fromsid fromsid
 735                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype :fromrule fromrule :fromres fromres
 736                    :rel rel :rela rela :toid toid :tosid tosid :toexpr toexpr :totype totype
 737                    :torule torule :tores tores :maprule maprule :maptype maptype :mapatn mapatn
 738                    :mapatv mapatv :cvf cvf)))
 739
 740 (defun find-usmap-cui (cui)
 741   (ensure-cui-integer cui)
 742   (collect-umlisp-query (mrsmap (mapsetsab fromexpr fromtype rel rela toexpr totype cvf)
 743                                nil mapsetcui cui)
 744     (make-instance 'usmap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab
 745                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype
 746                    :rel rel :rela rela :toexpr toexpr :totype totype
 747                    :cvf cvf)))
 748
 749 ;;;; Cross table find functions
 750
 751 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 752   "Find list of ucon for tui"
 753   (ensure-tui-integer tui)
 754   (collect-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui tui :lrl klrl :order (cui asc))
 755     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 756
 757 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 758   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 759   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 760                                      :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 761     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 762
 763 (defun find-uconso-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 764   "Return list of uconso objects that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 765   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 766                                      :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 767     (find-uconso-cui cui :srl srl)))
 768
 769 (defun mrconso-query-word-cui (word sab srl like)
 770   (format nil "SELECT DISTINCT c.cui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD  ~A '~A' AND x.cui=c.cui AND ~A ~A"
 771           (if like "LIKE" "=")
 772           (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 773           (etypecase sab
 774             (string
 775              (format nil " c.sab='~A'" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 776             (cons
 777              (format nil " c.sab IN (~{'~A'~^,~})"
 778                      (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 779             (null
 780              (error "SAB missing")))
 781           (if srl (format nil "AND KCUILRL <= ~A" srl) "")))
 782
 783 (defun mrconso-query-word-sui (word sab srl like)
 784   (format nil "SELECT DISTINCT c.sui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD  ~A '~A' AND x.sui=c.sui AND ~A ~A"
 785           (if like "LIKE" "=")
 786           (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 787           (etypecase sab
 788             (string
 789              (format nil " c.sab='~A'" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 790             (cons
 791              (format nil " c.sab IN (~{'~A'~^,~})"
 792                      (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 793             (null
 794              (error "SAB missing")))
 795           (if srl (format nil "AND KCUILRL <= ~A" srl) "")))
 796
 797 (defun find-uconso-word-sab (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 798   "Return list of uconso that match word in matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 799   (let ((sui-query (mrconso-query-word-sui word sab srl like))
 800         (uconsos nil))
 801     (dolist (sui (remove-duplicates (sort (mapcar 'car (mutex-sql-query sui-query)) #'<)))
 802       (setq uconsos (nconc uconsos (find-uconso-sui-sab sui sab))))
 803     (remove-duplicates uconsos :key 'cui)))
 804
 805 (defun find-ucon-word-sab (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 806   "Return list of ucon that match word in matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 807   (let ((query (mrconso-query-word-cui word sab srl like)))
 808     (loop for tuple in (mutex-sql-query query)
 809           collect (make-instance 'ucon :cui (first tuple)))))
 810
 811 (defun find-ustr-word-sab (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 812   "Return list of ustr that match word in matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 813   (let ((query (format nil "SELECT c.sui,c.cui,c.lui,c.str,c.lrl,c.stt,c.suppress,c.cuisui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD ~A '~A' AND x.cui=c.cui AND x.lui=c.lui AND x.sui=c.sui AND ~A ~A"
 814                        (if like "LIKE" "=")
 815                        (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 816                        (typecase sab
 817                          (string
 818                           (format nil " c.sab='~A'" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 819                          (cons
 820                           (format nil " c.sab IN (~('~A'~^,~))"
 821                                   (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 822                          (t
 823                           (error "SAB missing")))
 824                        (if srl (format nil "AND KCUILRL <= ~D" srl) ""))))
 825     (loop for tuple in (mutex-sql-query query)
 826           collect (destructuring-bind (sui cui lui str lrl stt suppress cuisui) tuple
 827                     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :lui lui :str str :lrl lrl
 828                                    :stt stt :suppress suppress :cuisui cuisui)))))
 829
 830
 831 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 832   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 833   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 834                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 835     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 836
 837 (defun find-cui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 838   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 839   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 840                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 841                              cui))
 842
 843 (defun find-lui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 844   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 845   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(lui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 846                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 847                              lui))
 848
 849 (defun find-sui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 850   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 851   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(sui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 852                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 853                              sui))
 854
 855 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 856   "Return list of ustrs that match word"
 857   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 858                                :order (cui asc sui asc))
 859     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 860
 861 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 862   "Return list of ustrs that match word"
 863   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 864                                  :order (cui asc sui asc))
 865     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 866
 867 (defun find-uterm-word (word &key (srl *current-srl*))
 868   "Return list of uterms that match word"
 869   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui lui) srl wd word :lrl klrl
 870                                :order (cui asc lui asc))
 871     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 872
 873 (defun find-uterm-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 874   "Return list of uterms that match word"
 875   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui lui) srl nwd word :lrl klrl
 876                                  :order (cui asc lui asc))
 877     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 878
 879 (defun find-ucon-noneng-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 880   "Return list of ucons that match non-english word"
 881   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_noneng '(cui) srl 'wd word :like like
 882                                         :distinct t :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 883     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 884
 885 (defun find-ustr-noneng-word (word &key (srl *current-srl*))
 886   "Return list of ustrs that match non-english word"
 887   (collect-umlisp-query (mrxw_noneng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 888                                   :order (cui asc sui asc))
 889     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 890
 891 ;; Special tables
 892
 893 (defun find-usrl-all ()
 894   (collect-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 895     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 896
 897 ;;; Multiword lookup and score functions
 898
 899 (defun find-uobj-multiword (str obj-lookup-fun sort-fun key srl
 900                                 only-exact-if-match limit &key extra-lookup-args)
 901   (let ((uobjs '()))
 902     (dolist (word (delimited-string-to-list str #\space))
 903       (setq uobjs (append uobjs (apply obj-lookup-fun word :srl srl extra-lookup-args))))
 904     (let ((sorted
 905            (funcall sort-fun str
 906                     (delete-duplicates uobjs :test #'= :key key))))
 907       (let ((len (length sorted)))
 908         (cond
 909          ((zerop len)
 910           (return-from find-uobj-multiword nil))
 911          ((and only-exact-if-match (multiword-match str (pfstr (first sorted))))
 912           (first sorted))
 913          (limit
 914           (if (and (plusp limit) (> len limit))
 915               (subseq sorted 0 limit)
 916             limit))
 917          (t
 918           sorted))))))
 919
 920 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 921                                      (only-exact-if-match t)
 922                                      limit
 923                                      sab)
 924   (if sab
 925       (find-uobj-multiword str #'find-ucon-word-sab #'sort-score-pfstr-str
 926                            #'cui srl only-exact-if-match limit
 927                            :extra-lookup-args (list :sab sab))
 928     (find-uobj-multiword str #'find-ucon-word #'sort-score-pfstr-str
 929                          #'cui srl only-exact-if-match limit)))
 930
 931 (defun find-uconso-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 932                                      (only-exact-if-match t)
 933                                      limit
 934                                      sab)
 935   (if sab
 936       (find-uobj-multiword str #'find-uconso-word-sab #'sort-score-pfstr-str
 937                            #'cui srl only-exact-if-match limit
 938                            :extra-lookup-args (list :sab sab))
 939     (find-uobj-multiword str #'find-uconso-word #'sort-score-pfstr-str
 940                          #'cui srl only-exact-if-match limit)))
 941
 942 (defun find-uterm-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 943                                       (only-exact-if-match t)
 944                                       limit)
 945   (find-uobj-multiword str #'find-uterm-word #'sort-score-pfstr-str
 946                        #'lui srl only-exact-if-match limit))
 947
 948 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 949                                      (only-exact-if-match t)
 950                                      limit
 951                                      sab)
 952   (if sab
 953       (find-uobj-multiword str #'find-ustr-word-sab #'sort-score-ustr-str
 954                            #'sui srl only-exact-if-match limit
 955                            :extra-lookup-args (list :sab sab))
 956     (find-uobj-multiword str #'find-ustr-word #'sort-score-ustr-str
 957                          #'sui srl only-exact-if-match limit)))
 958
 959 (defun sort-score-pfstr-str (str uobjs)
 960   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 961   (sort-score-umlsclass-str uobjs str #'pfstr))
 962
 963 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 964   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 965   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 966
 967 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 968   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 969   (let ((scored '()))
 970     (dolist (obj objs)
 971       (push (list obj (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 972        scored))
 973     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 974
 975
 976 ;;; LEX SQL functions
 977
 978 (defun find-lexterm-eui (eui)
 979   (ensure-eui-integer eui)
 980   (collect-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 981     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 982
 983 (defun find-lexterm-word (wrd)
 984   (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 985     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 986                    :wrd (copy-seq wrd))))
 987
 988 ;; LEX SQL Read functions
 989
 990 (defun find-labr-eui (eui)
 991   (ensure-eui-integer eui)
 992   (collect-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 993     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 994                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 995
 996 (defun find-labr-bas (bas)
 997   (collect-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 998     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 999                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
1000
1001 (defun find-lagr-eui (eui)
1002   (ensure-eui-integer eui)
1003   (collect-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
1004     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
1005                    :cit cit :bas bas)))
1006
1007 (defun find-lcmp-eui (eui)
1008   (ensure-eui-integer eui)
1009   (collect-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
1010     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
1011
1012 (defun find-lmod-eui (eui)
1013   (ensure-eui-integer eui)
1014   (collect-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
1015     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
1016
1017 (defun find-lnom-eui (eui)
1018   (ensure-eui-integer eui)
1019   (collect-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
1020     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
1021                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
1022
1023 (defun find-lprn-eui (eui)
1024   (ensure-eui-integer eui)
1025   (collect-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
1026     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
1027                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
1028
1029 (defun find-lprp-eui (eui)
1030   (ensure-eui-integer eui)
1031   (collect-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
1032     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
1033
1034 (defun find-lspl-eui (eui)
1035   (ensure-eui-integer eui)
1036   (collect-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
1037     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
1038
1039 (defun find-ltrm-eui (eui)
1040   (ensure-eui-integer eui)
1041   (collect-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
1042     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
1043
1044 (defun find-ltyp-eui (eui)
1045   (ensure-eui-integer eui)
1046   (collect-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
1047     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
1048
1049 (defun find-lwd-wrd (wrd)
1050   (make-instance 'lwd :wrd wrd
1051                  :euilist (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
1052                                                 (ensure-integer eui))))
1053
1054 ;;; Semantic Network SQL access functions
1055
1056 (defun find-sdef-ui (ui)
1057   (collect-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
1058                             nil ui ui :single t)
1059     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
1060                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
1061
1062 (defun find-sstre1-ui (ui)
1063   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
1064     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
1065                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
1066
1067 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
1068   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
1069     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
1070                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
1071
1072 (defun find-sstr-rl (rl)
1073   (collect-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
1074     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
1075
1076 (defun find-sstre2-sty (sty)
1077   (collect-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
1078     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
1079
1080 (defun find-sstr-styrl (styrl)
1081   (collect-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
1082     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
1083
1084
1085 ;;; **************************
1086 ;;; Local Classes
1087 ;;; **************************
1088
1089
1090 (defun make-ustats ()
1091   (with-sql-connection (conn)
1092     (ignore-errors (sql-execute "drop table USTATS" conn))
1093     (sql-execute "create table USTATS (NAME varchar(160), COUNT bigint, SRL integer)" conn)
1094
1095     (dotimes (srl 5)
1096       (insert-ustats-count conn "Concept Count" "MRCONSO" "distinct CUI" "KCUILRL" srl)
1097       (insert-ustats-count conn "Term Count" "MRCONSO" "distinct KCUILUI" "KCUILRL" srl)
1098       (insert-ustats-count conn "Distinct Term Count" "MRCONSO" "distinct LUI" "KLUILRL" srl)
1099       (insert-ustats-count conn "String Count" "MRCONSO" "*" "KSUILRL" srl)
1100       (insert-ustats-count conn "Distinct String Count" "MRCONSO" "distinct SUI" "KSUILRL" srl)
1101       (insert-ustats-count conn "Hierarchcy" "MRHIER" "*" "KSRL" srl)
1102       (insert-ustats-count conn "Mappings" "MRMAP" "*" "KSRL" srl)
1103       (insert-ustats-count conn "Simple Mappings" "MRSMAP" "*" "KSRL" srl)
1104       (insert-ustats-count conn "Co-occuring Concept Count" "MRCOC" "*" "KLRL" srl)
1105       (insert-ustats-count conn "Definition Count" "MRDEF" "*" "KSRL" srl)
1106       (insert-ustats-count conn "Rank Count" "MRRANK" "*" "KSRL" srl)
1107       (insert-ustats-count conn "Relationship Count" "MRREL" "*" "KSRL" srl)
1108       (insert-ustats-count conn "Semantic Type Count" "MRSTY" "*" "KLRL" srl)
1109       (insert-ustats-count conn "Simple Attribute Count" "MRSAT" "*" "KSRL" srl)
1110       (insert-ustats-count conn "Source Abbreviation Count" "MRSAB" "*" "SRL" srl)
1111       (insert-ustats-count conn "Word Index Count" "MRXW_ENG" "*" "KLRL" srl)
1112       (insert-ustats-count conn "Normalized Word Index Count" "MRXNW_ENG" "*" "KLRL" srl)
1113       (insert-ustats-count conn "Normalized String Index Count" "MRXNS_ENG" "*" "KLRL" srl))
1114     (sql-execute "create index USTATS_SRL on USTATS (SRL)" conn))
1115   (find-ustats-all))
1116
1117 (defun insert-ustats-count (conn name table count-variable srl-control srl)
1118   (insert-ustats conn name (find-count-table conn table srl count-variable srl-control) srl))
1119
1120 (defun find-count-table (conn table srl count-variable srl-control)
1121   (cond
1122    ((stringp srl-control)
1123     (ensure-integer
1124      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a where ~a <= ~d"
1125                               count-variable table srl-control srl)
1126                       conn))))
1127    ((null srl-control)
1128     (ensure-integer
1129      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a"
1130                               count-variable table )
1131                       conn))))
1132    (t
1133     (error "Unknown srl-control")
1134     0)))
1135
1136 (defun insert-ustats (conn name count srl)
1137   (sql-execute (format nil "insert into USTATS (name,count,srl) values ('~a',~d,~d)"
1138                        name count (if srl srl 3))
1139                conn))
1140
1141 (defun find-ustats-all (&key (srl *current-srl*))
1142   (if srl
1143       (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil srl srl
1144                                     :order (name asc))
1145                             (make-instance 'ustats :name name
1146                                            :hits (ensure-integer count)
1147                                            :srl (ensure-integer srl)))
1148     (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil nil nil
1149                                   :order (name asc))
1150                           (make-instance 'ustats :name name
1151                                          :hits (ensure-integer count)
1152                                          :srl (ensure-integer srl)))))
1153
1154 (defun find-ustats-srl (srl)
1155   (collect-umlisp-query (ustats (name count) nil srl srl :order (name asc))
1156                            (make-instance 'ustats :name name :hits (ensure-integer count))))
1157