sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id$
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2006 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp)
  20
  21
  22 (defvar *current-srl* nil)
  23 (defun current-srl ()
  24   *current-srl*)
  25 (defun current-srl! (srl)
  26   (setq *current-srl* srl))
  27
  28 (defmacro query-string (table fields srl where-name where-value
  29                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit
  30                         filter)
  31   (let* ((%%fields (format nil "SELECT ~A~{~:@(~A~)~^,~} FROM ~:@(~A~)"
  32                            (if distinct "DISTINCT " "") fields table))
  33          (%%order (if order (format nil " ORDER BY ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  34                                     order)
  35                       ""))
  36          (%%lrl (format nil " AND ~:@(~A~)<=" lrl))
  37          (%%where (when where-name
  38                     (format nil " WHERE ~:@(~A~)~A" where-name
  39                           (if like " like " ""))))
  40          (%filter (gensym "FILTER-"))
  41          (%single (gensym "SINGLE-"))
  42          (%limit (gensym "LIMIT-")))
  43     `(let ((,%limit ,limit)
  44            (,%single ,single)
  45            (,%filter ,filter))
  46        (concatenate
  47         'string
  48         ,%%fields
  49         ,@(when %%where (list %%where))
  50         ,@(when %%where
  51             `((typecase ,where-value
  52                 #+ignore
  53                 (fixnum
  54                  (concatenate 'string "='" (prefixed-fixnum-string ,where-value #\0 10) "'"))
  55                 (number
  56                  (concatenate 'string "='" (write-to-string ,where-value) "'"))
  57                 (null
  58                  " IS NULL")
  59                 (t
  60                  (format nil ,(if like "'%~A%'" "='~A'") ,where-value)))))
  61         (if ,%filter (concatenate 'string
  62                                   ,(if %%where " AND " " WHERE ")
  63                                   ,%filter) "")
  64         (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  65         ,@(when %%order (list %%order))
  66         (cond
  67          ((and ,%single ,%limit)
  68           (error  "Can't set single (~S) and limit (~S)" ,%single ,%limit))
  69          (,%single
  70           " LIMIT 1")
  71          (,%limit
  72           (format nil " LIMIT ~D" ,%limit))
  73          (t
  74           ""))))))
  75
  76 (defun query-string-eval (table fields srl where-name where-value
  77                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit filter)
  78   (when single (setq limit 1))
  79   (concatenate
  80    'string
  81    (format nil "SELECT ~A~{~:@(~A~)~^,~} FROM ~:@(~A~)"
  82            (if distinct "DISTINCT " "") fields table)
  83    (if where-name (format nil " WHERE ~:@(~A~)" where-name) "")
  84    (if where-name
  85        (format nil
  86                (typecase where-value
  87                  (number "='~D'")
  88                  (null " IS NULL")
  89                  (t
  90                   (if like " LINK '%~A%""='~A'")))
  91                where-value)
  92        "")
  93    (if filter (concatenate 'string " AND " filter) nil)
  94    (if srl (format nil " AND ~:@(~A~)<=~D" lrl srl) "")
  95    (if order (format nil " ORDER BY ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  96    (if limit (format nil " LIMIT ~D" limit) "")))
  97
  98
  99 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
 100                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
 101                      limit filter (query-cmd 'mutex-sql-query))
 102   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 103 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 104   `(,query-cmd
 105     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 106      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 107      :filter ,filter :limit ,limit)))
 108
 109 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
 110                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
 111                      filter limit)
 112   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 113 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 114   `(mutex-sql-query
 115     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 116      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 117      :filter ,filter :limit ,limit)))
 118
 119 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
 120 (defmacro collect-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
 121                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 122                                     order like (query-cmd 'mutex-sql-query)
 123                                     filter limit)
 124                                 &body body)
 125   (let ((value (gensym))
 126         (r (gensym)))
 127     (if single
 128         (if (and limit (> limit 1))
 129             (error "Can't set limit along with single.")
 130           `(let* ((,value ,where-value)
 131                   (tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 132                                             :lrl ,lrl :single ,single
 133                                             :distinct ,distinct :order ,order
 134                                             :like ,like :filter ,filter
 135                                             :query-cmd ,query-cmd))))
 136              ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 137              (when tuple
 138                (destructuring-bind ,fields tuple
 139                  ,@body))))
 140         `(let ((,value ,where-value))
 141            ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 142            (let ((,r '()))
 143              (dolist (tuple (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 144                                           :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 145                                           :order ,order :filter ,filter :like ,like
 146                                           :limit ,limit))
 147                (push (destructuring-bind ,fields tuple ,@body) ,r))
 148              (nreverse ,r))
 149            #+ignore
 150            (loop for tuple in
 151                  (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 152                                :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 153                                :order ,order :like ,like :filter ,filter :limit ,limit)
 154                collect (destructuring-bind ,fields tuple ,@body))))))
 155
 156 (defmacro collect-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
 157                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 158                                          order like filter limit)
 159                                   &body body)
 160   (let ((value (gensym))
 161         (r (gensym))
 162         (eval-fields (cadr fields)))
 163     (if single
 164         `(let* ((,value ,where-value)
 165                 (tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 166                                                :lrl ,lrl :single ,single
 167                                                :distinct ,distinct :order ,order
 168                                                :like ,like :filter ,filter
 169                                                :limit ,limit))))
 170           (when tuple
 171             (destructuring-bind ,eval-fields tuple
 172               ,@body)))
 173         `(let ((,value ,where-value)
 174                (,r '()))
 175            (dolist (tuple (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 176                                              :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 177                                              :order ,order :like ,like
 178                                              :filter ,filter :limit ,limit))
 179              (push (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body) ,r))
 180            (nreverse ,r)
 181            #+ignore
 182            (loop for tuple in
 183                  (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 184                                     :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 185                                     :order ,order :like ,like :filter ,filter
 186                                     :limit ,limit)
 187                collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body))))))
 188
 189 ;;;
 190 ;;; Read from SQL database
 191
 192 (defmacro ensure-cui-integer (cui)
 193   `(if (stringp ,cui)
 194     (setq ,cui (parse-cui ,cui))
 195     ,cui))
 196
 197 (defmacro ensure-lui-integer (lui)
 198   `(if (stringp ,lui)
 199     (setq ,lui (parse-lui ,lui))
 200     ,lui))
 201
 202 (defmacro ensure-sui-integer (sui)
 203   `(if (stringp ,sui)
 204     (setq ,sui (parse-sui ,sui))
 205     ,sui))
 206
 207 (defmacro ensure-aui-integer (aui)
 208   `(if (stringp ,aui)
 209     (setq ,aui (parse-aui ,aui))
 210     ,aui))
 211
 212 (defmacro ensure-rui-integer (rui)
 213   `(if (stringp ,rui)
 214     (setq ,rui (parse-rui ,rui))
 215     ,rui))
 216
 217 (defmacro ensure-tui-integer (tui)
 218   `(if (stringp ,tui)
 219     (setq ,tui (parse-tui ,tui))
 220     ,tui))
 221
 222 (defmacro ensure-eui-integer (eui)
 223   `(if (stringp ,eui)
 224     (setq ,eui (parse-eui ,eui))
 225     ,eui))
 226
 227 (defun make-ucon-cui (cui)
 228   (ensure-cui-integer cui)
 229   (when cui
 230     (make-instance 'ucon :cui cui)))
 231
 232 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*) without-pfstr)
 233   "Find ucon for a cui. If set SAB, the without-pfstr is on by default"
 234   (ensure-cui-integer cui)
 235   (unless cui (return-from find-ucon-cui nil))
 236
 237   (if without-pfstr
 238       (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :single t)
 239                             (make-instance 'ucon :cui cui :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 240                                            :pfstr nil)))
 241    (or
 242      (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl str) srl cui cui :single t :filter "KPFENG=1")
 243         (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr str
 244                        :lrl kcuilrl))
 245      (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl str) srl cui cui :single t)
 246         (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr str
 247                        :lrl kcuilrl))))
 248
 249 (defun find-uconso-cui (cui &key sab (srl *current-srl*))
 250   "Find uconso for a cui."
 251   (ensure-cui-integer cui)
 252   (unless cui (return-from find-uconso-cui nil))
 253
 254   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts lui stt sui ispref aui saui scui sdui sab tty code str
 255                                       srl suppress cvf kpfeng kcuisui kcuilui kcuilrl
 256                                       kluilrl ksuilrl) srl cui cui
 257                                       :filter (if sab (concatenate 'string "SAB='" sab "'") nil))
 258     (make-instance 'uconso :cui cui :lat lat :ts ts :lui lui :stt stt :sui sui :ispref ispref
 259                    :aui aui :saui saui :scui scui :sdui sdui :sab sab :tty tty :code code
 260                    :str str :srl srl :suppress suppress :cvf cvf :kpfeng kpfeng
 261                    :kcuisui kcuisui :kcuilui kcuilui :kcuilrl kcuilrl :kluilrl kluilrl
 262                    :ksuilrl ksuilrl)))
 263
 264 (defun find-uconso-sui (sui &key sab (srl *current-srl*))
 265   "Find uconso for a sui. If set SAB, the without-pfstr is on by default"
 266   (ensure-sui-integer sui)
 267   (unless (and sui (stringp sab))
 268     (return-from find-uconso-sui nil))
 269
 270   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts lui stt sui ispref aui saui scui sdui sab tty code str
 271                                       srl suppress cvf kpfeng kcuisui kcuilui kcuilrl
 272                                       kluilrl ksuilrl) srl sui sui
 273                                       :distinct t
 274                                       :filter (if sab (concatenate 'string "SAB='" sab "'") nil))
 275     (make-instance 'uconso :cui cui :lat lat :ts ts :lui lui :stt stt :sui sui :ispref ispref
 276                    :aui aui :saui saui :scui scui :sdui sdui :sab sab :tty tty :code code
 277                    :str str :srl srl :suppress suppress :cvf cvf :kpfeng kpfeng
 278                    :kcuisui kcuisui :kcuilui kcuilui :kcuilrl kcuilrl :kluilrl kluilrl
 279                    :ksuilrl ksuilrl)))
 280
 281 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 282   "Find preferred string for a cui"
 283   (ensure-cui-integer cui)
 284   (or
 285    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 286                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 287       str)
 288    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 289                                   :single t)
 290                          str)))
 291
 292 (defun find-lrl-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 293   "Find LRL for a cui"
 294   (ensure-cui-integer cui)
 295   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :distinct t :single t)
 296                         (ensure-integer kcuilrl)))
 297
 298 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 299   "Find list of ucon for lui"
 300   (ensure-lui-integer lui)
 301   (unless lui (return-from find-ucon-lui nil))
 302   (or
 303    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 304                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 305       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 306                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))
 307    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 308                                   :single t)
 309       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 310                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 311
 312 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 313   "Find list of ucon for sui"
 314   (ensure-sui-integer sui)
 315   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl sui sui :distinct t)
 316     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 317                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 318
 319 (defun find-ucon-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 320   "Find list of ucon for aui"
 321   (ensure-aui-integer aui)
 322   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl aui aui :distinct t)
 323     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 324                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 325
 326 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 327   "Find ucon for cui/sui"
 328   (ensure-cui-integer cui)
 329   (ensure-sui-integer sui)
 330   (when (and cui sui)
 331     (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl kcuisui
 332                               (make-cuisui cui sui))
 333       (make-instance 'ucon :cui cui
 334                      :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 335                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 336
 337 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 338   "Find ucon that are exact match for str"
 339   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl str str :distinct t)
 340     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 341                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 342
 343 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 344   "Return list of all ucon's"
 345   (with-sql-connection (db)
 346     (clsql:map-query
 347      'list
 348      #'(lambda (tuple)
 349          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 350              (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 351                             :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 352                             :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 353      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil
 354                    :order (cui asc) :distinct t)
 355      :database db)))
 356
 357 (defun find-ucon-all2 (&key (srl *current-srl*))
 358   "Return list of all ucon's"
 359   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 360                             :distinct t)
 361     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 362                    :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 363                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 364
 365 (defun find-cui-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 366   "Return list of CUIs for all ucons"
 367   (collect-umlisp-query (mrconso (cui) srl nil nil :order (cui asc)
 368                                :distinct t)
 369                         cui))
 370
 371 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 372   "Map a function over all ucon's"
 373   (with-sql-connection (db)
 374     (clsql:map-query
 375      nil
 376      #'(lambda (tuple)
 377          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 378            (funcall fn (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 379                                       :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 380                                       :lrl (ensure-integer cuilrl)))))
 381      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 382                    :distinct t)
 383      :database db)))
 384
 385
 386 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 387   "Return a list of udefs for cui"
 388   (ensure-cui-integer cui)
 389   (collect-umlisp-query (mrdef (sab def suppress) srl cui cui :lrl "KSRL")
 390     (make-instance 'udef :sab sab :def def :suppress suppress)))
 391
 392 (defun find-udoc-key (key)
 393   "Return list of abbreviation documentation for a key"
 394   (collect-umlisp-query (mrdoc (value type expl) nil dockey key)
 395     (make-instance 'udoc :dockey key :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 396
 397 (defun find-udoc-value (value)
 398   "Return abbreviation documentation"
 399   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey type expl) nil value value)
 400     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 401
 402 (defun find-udoc-key-value (dockey value)
 403   (collect-umlisp-query (mrdoc (type expl) nil dockey dockey :filter (format nil "VALUE='~A'" value))
 404       (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 405
 406 (defun find-udoc-all ()
 407   "Return all abbreviation documentation"
 408   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey value type expl) nil nil nil)
 409     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 410
 411 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 412   "Return a list of usty for cui"
 413   (ensure-cui-integer cui)
 414   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui cui :lrl "KLRL")
 415     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 416
 417 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 418   "Return a list of usty that match word"
 419   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t
 420                             :distinct t)
 421     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 422
 423 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*) filter without-pfstr2)
 424   "Return a list of urel for cui"
 425   (ensure-cui-integer cui)
 426   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 427                                srl cui1 cui :lrl "KSRL" :filter filter)
 428     (let ((rel
 429       (make-instance 'urel :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 430                      :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 431                      :rui (ensure-integer rui) :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 432                      :suppress suppress :cvf cvf)))
 433       (unless without-pfstr2
 434         (setf (slot-value rel 'pfstr2) (find-pfstr-cui cui2)))
 435       rel)))
 436
 437 (defun find-urel-rui (rui &key (srl *current-srl*))
 438   "Return the urel for a rui"
 439   (ensure-rui-integer rui)
 440   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 441                                srl rui rui :lrl "KSRL" :single t)
 442     (make-instance 'urel :cui1 cui1 :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 443                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 444                    :rui (ensure-integer rui) :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 445                    :suppress suppress :cvf cvf :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 446
 447 (defun find-cui2-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 448   "Return a list of urel for cui"
 449   (ensure-cui-integer cui)
 450   (collect-umlisp-query (mrrel (cui2) srl cui1
 451                                cui :lrl "KSRL")
 452                         cui2))
 453
 454 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 455   "Return a list of urel for cui2"
 456   (ensure-cui-integer cui2)
 457   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui1 aui1 stype1 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 458                                srl cui2 cui2 :lrl "KSRL")
 459     (make-instance 'urel :cui2 cui2 :rel rel :aui2 (ensure-integer aui2)
 460                    :stype2 stype2 :rui (ensure-integer rui) :srui srui
 461                    :stype1 stype1 :cui1 (ensure-integer cui1)
 462                    :aui1 (ensure-integer aui1)
 463                    :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir :suppress suppress :cvf cvf
 464                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 465
 466 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 467   (ensure-cui-integer cui2)
 468   (loop for cui in (remove-duplicates
 469                     (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))
 470         collect (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 471
 472 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 473   "Return a list of ucoc for cui"
 474   (ensure-cui-integer cui)
 475   (collect-umlisp-query (mrcoc (aui1 cui2 aui2 sab cot cof coa) srl cui1
 476                             cui :lrl klrl :order (cof asc))
 477     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 478     (when (eql 0 cui2) (setq cui2 nil))
 479     (make-instance 'ucoc :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1)
 480                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2)
 481                    :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa :sab sab
 482                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 483
 484 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 485   "Return a list of ucoc for cui2"
 486   (ensure-cui-integer cui2)
 487   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui1 aui1 aui2 sab cot cof coa) srl cui2
 488                             cui2 :lrl klrl :order (cof asc))
 489     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 490     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 cui2
 491                    :aui1 (ensure-integer aui1) :aui2 (ensure-integer aui2)
 492                    :sab sab :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 493                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 494
 495 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 496   "List of ucon with co-occurance cui2"
 497   (ensure-cui-integer cui2)
 498   (mapcar
 499    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 500    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 501
 502
 503 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 504   "Return a list of uterm for cui"
 505   (ensure-cui-integer cui)
 506   (collect-umlisp-query (mrconso (lui lat ts kluilrl) srl cui cui
 507                             :lrl kluilrl :distinct t)
 508     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui cui
 509                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 510
 511 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 512   "Return a list of uterm for lui"
 513   (ensure-lui-integer lui)
 514   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts kluilrl) srl lui lui
 515                              :lrl kluilrl :distinct t)
 516     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui lui
 517                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 518
 519 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 520   "Return single uterm for cui/lui"
 521   (ensure-cui-integer cui)
 522   (ensure-lui-integer lui)
 523   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 524                              (make-cuilui cui lui)
 525                              :lrl kluilrl :single t)
 526     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts
 527                    :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 528
 529 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 530   "Return a list of ustr for cui/lui"
 531   (ensure-cui-integer cui)
 532   (ensure-lui-integer lui)
 533   (collect-umlisp-query (mrconso (sui stt str suppress ksuilrl) srl kcuilui
 534                                  (make-cuilui cui lui) :lrl ksuilrl)
 535                 (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 536                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str :suppress suppress
 537                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 538
 539 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 540   "Return the single ustr for cuisui"
 541   (ensure-cui-integer cui)
 542   (ensure-sui-integer sui)
 543   (collect-umlisp-query (mrconso (lui stt str suppress ksuilrl) srl kcuisui
 544                             (make-cuisui cui sui) :lrl lsuilrl :single t)
 545     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 546                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :suppress suppress
 547                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 548
 549 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 550   "Return the list of ustr for sui"
 551   (ensure-sui-integer sui)
 552   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lui stt str suppress ksuilrl) srl sui sui
 553                             :lrl ksuilrl)
 554     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 555                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) sui)
 556                    :suppress suppress
 557                    :lui (ensure-integer lui) :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 558
 559 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 560   "Return the list of ustr for sab"
 561   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 562     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 563       (apply #'find-ustr-cuisui
 564              (append
 565               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui))
 566               (list :srl srl))))))
 567
 568 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 569   "Return list of all ustr's"
 570     (with-sql-connection (db)
 571       (clsql:map-query
 572        'list
 573        #'(lambda (tuple)
 574            (destructuring-bind (cui lui sui stt ksuilrl suppress) tuple
 575              (make-instance 'ustr :cui (ensure-integer cui)
 576                             :lui (ensure-integer lui) :sui (ensure-integer sui)
 577                             :stt stt :str (find-pfstr-cui cui)
 578                             :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui)
 579                                                  (ensure-integer sui))
 580                             :suppress suppress
 581                             :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 582        (query-string mrconso (cui lui sui stt ksuilrl) srl nil nil :lrl ksuilrl
 583                      :distinct t
 584                      :order (sui asc))
 585        :database db)))
 586
 587 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 588   "Return the string associated with sui"
 589   (ensure-sui-integer sui)
 590   (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl sui sui :lrl ksuilrl :single t)
 591     str))
 592
 593 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 594   (ensure-sui-integer sui)
 595   (ensure-cui-integer cui)
 596   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str)
 597                                  srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 598     (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 599                    :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 600                    :lat lat :str str)))
 601
 602 (defun find-uso-cui (cui &key (srl *current-srl*) (english-only nil) limit)
 603   (ensure-cui-integer cui)
 604   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str sui)
 605                                  srl cui cui :lrl srl :limit limit
 606                                  :filter (when english-only "LAT='ENG'"))
 607      (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 608                     :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 609                     :lat lat :str str)))
 610
 611 (defun find-uso-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 612   (ensure-sui-integer aui)
 613   (collect-umlisp-query (mrconso (sab cui sui code srl tty saui sdui scui lat
 614                                       str) srl aui aui :lrl srl :single t)
 615     (make-instance 'uso :aui aui :cui cui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 616                    :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui :lat lat
 617                    :str str)))
 618
 619 (defun find-uhier-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 620   (ensure-cui-integer cui)
 621   (collect-umlisp-query (mrhier (aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 622                             srl cui cui :lrl ksrl)
 623     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 624                    :cxn (ensure-integer cxn)
 625                    :paui (ensure-integer paui)
 626                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 627
 628 (defun find-uhier-all (&key (srl *current-srl*))
 629   (collect-umlisp-query (mrhier (cui aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 630                             srl nil nil :lrl ksrl)
 631     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 632                    :cxn (ensure-integer cxn)
 633                    :paui (ensure-integer paui)
 634                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 635
 636 (defun find-usat-ui (cui &key lui sui (srl *current-srl*))
 637   (ensure-cui-integer cui)
 638   (ensure-lui-integer lui)
 639   (ensure-sui-integer sui)
 640   (let ((ls "SELECT CODE,ATN,SAB,ATV FROM MRSAT WHERE "))
 641     (cond
 642       (sui (string-append ls "KCUISUI='"
 643                           (integer-string (make-cuisui cui sui) 14)
 644                           "'"))
 645       (lui (string-append ls "KCUILUI='"
 646                           (integer-string (make-cuilui cui lui) 14)
 647                           "' and sui='0'"))
 648       (t (string-append ls "cui='" (prefixed-fixnum-string cui nil 7)
 649                         "' and lui='0' and sui='0'")))
 650     (when srl
 651       (string-append ls " and KSRL<=" (prefixed-fixnum-string srl nil 3)))
 652     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 653           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 654             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 655
 656 (defun find-usty-tui (tui)
 657   "Find usty for tui"
 658   (ensure-tui-integer tui)
 659   (collect-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui tui :single t)
 660     (make-instance 'usty :tui tui :sty sty)))
 661
 662 (defun find-usty-sty (sty)
 663   "Find usty for a sty"
 664   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 665     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 666
 667 (defun find-usty-all ()
 668   "Return list of usty's for all semantic types"
 669   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 670     (find-usty-tui tui)))
 671
 672 (defun find-usab-all ()
 673   "Return all usab objects"
 674   (collect-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart vend imeta
 675                                   rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat
 676                                   cenc curver sabin ssn scit) nil nil nil)
 677     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 678                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 679                    :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 680                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc  :srl (ensure-integer srl)
 681                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 682                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 683                    :curver curver :sabin sabin :ssn ssn :scit scit)))
 684
 685 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 686   "Find usab for a key"
 687   (collect-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart
 688                                        vend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty
 689                                        ttyl atnl lat cenc curver sabin
 690                                        ssn scit)
 691                                      nil key-name key :single t)
 692      (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 693                     :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 694                     :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 695                     :rmeta rmeta :slc slc :scc scc :srl (ensure-integer srl)
 696                     :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 697                     :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 698                     :curver curver :sabin sabin
 699                     :ssn ssn :scit scit)))
 700
 701 (defun find-usab-rsab (rsab)
 702   "Find usab for rsab"
 703   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 704
 705 (defun find-usab-vsab (vsab)
 706   "Find usab for vsab"
 707   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 708
 709 (defun find-cui-max ()
 710   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 711
 712 (defun find-umap-cui (cui)
 713   (ensure-cui-integer cui)
 714   (collect-umlisp-query (mrmap (mapsetsab mapsubsetid maprank fromid fromsid fromexpr
 715                                           fromtype fromrule fromres rel rela toid tosid
 716                                           toexpr totype torule tores maprule maptype
 717                                           mapatn mapatv cvf)
 718                                nil mapsetcui cui)
 719     (make-instance 'umap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab :mapsubsetid mapsubsetid
 720                    :maprank (ensure-integer maprank) :fromid fromid :fromsid fromsid
 721                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype :fromrule fromrule :fromres fromres
 722                    :rel rel :rela rela :toid toid :tosid tosid :toexpr toexpr :totype totype
 723                    :torule torule :tores tores :maprule maprule :maptype maptype :mapatn mapatn
 724                    :mapatv mapatv :cvf cvf)))
 725
 726 (defun find-usmap-cui (cui)
 727   (ensure-cui-integer cui)
 728   (collect-umlisp-query (mrsmap (mapsetsab fromexpr fromtype rel rela toexpr totype cvf)
 729                                nil mapsetcui cui)
 730     (make-instance 'usmap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab
 731                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype
 732                    :rel rel :rela rela :toexpr toexpr :totype totype
 733                    :cvf cvf)))
 734
 735 ;;;; Cross table find functions
 736
 737 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 738   "Find list of ucon for tui"
 739   (ensure-tui-integer tui)
 740   (collect-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui tui :lrl klrl :order (cui asc))
 741     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 742
 743 (defun find-uconso-code (code &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 744   "Return list of uconso objects that match code. Optional, filter for SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 745   (collect-umlisp-query (mrconso (sui sab) srl code code :like like :distinct t
 746                                  :lrl klrl
 747                                  :filter (if sab (concatenate 'string "SAB='" sab "'") nil))
 748     (find-uconso-sui sui :sab sab :srl srl)))
 749
 750 (defun mrconso-query-word-cui (word sab srl like)
 751   (format nil "SELECT DISTINCT c.cui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD~A'~A' AND x.cui=c.cui~A~A"
 752           (if like " LIKE " "=")
 753           (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 754           (etypecase sab
 755             (string
 756              (format nil " AND c.sab='~A'" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 757             (cons
 758              (format nil " AND c.sab IN (~{'~A'~^,~})"
 759                      (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 760             (null
 761              ""))
 762           (if srl (format nil " AND KCUILRL <= ~A" srl) "")))
 763
 764 (defun mrconso-query-word-sui (word sab srl like)
 765   (format nil "SELECT DISTINCT c.sui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD~A'~A' AND x.sui=c.sui~A~A"
 766           (if like " LIKE " "=")
 767           (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 768           (etypecase sab
 769             (string
 770              (format nil " AND c.sab='~A'" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 771             (cons
 772              (format nil " AND c.sab IN (~{'~A'~^,~})"
 773                      (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 774             (null
 775              ""))
 776           (if srl (format nil " AND KCUILRL <= ~A" srl) "")))
 777
 778 (defun find-uconso-word (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 779   "Return list of uconso that match word. Optionally, matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 780   (cond
 781     (sab
 782      (let ((sui-query (mrconso-query-word-sui word sab srl like))
 783            (uconsos nil))
 784        (dolist (sui (remove-duplicates (sort (mapcar 'car (mutex-sql-query sui-query)) #'<)))
 785          (setq uconsos (nconc uconsos (find-uconso-sui sui :sab sab))))
 786        (remove-duplicates uconsos :key 'cui)))
 787     (t
 788      (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 789                                            :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 790        (find-uconso-cui cui :srl srl)))))
 791
 792 (defun find-ucon-word (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 793   "Return list of ucon that match word in matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 794   (cond
 795     (sab
 796      (let ((query (mrconso-query-word-cui word sab srl like)))
 797        (loop for tuple in (mutex-sql-query query)
 798              collect (make-instance 'ucon :cui (first tuple)))))
 799     (t
 800      (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 801                                            :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 802        (find-ucon-cui cui :srl srl)))))
 803
 804 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 805   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 806   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 807                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 808     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 809
 810 (defun find-cui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 811   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 812   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 813                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 814                              cui))
 815
 816 (defun find-lui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 817   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 818   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(lui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 819                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 820                              lui))
 821
 822 (defun find-sui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 823   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 824   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(sui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 825                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 826                              sui))
 827
 828 (defun find-ustr-word (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 829   "Return list of ustr that match word in matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 830   (cond
 831     (sab
 832      (let ((query (format nil "SELECT c.sui,c.cui,c.lui,c.str,c.lrl,c.stt,c.suppress,c.cuisui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD ~A '~A' AND x.cui=c.cui AND x.lui=c.lui AND x.sui=c.sui~A~A"
 833                           (if like "LIKE" "=")
 834                           (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 835                           (typecase sab
 836                             (string
 837                              (format nil " AND c.sab='~A'" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 838                             (cons
 839                              (format nil " AND c.sab IN (~('~A'~^,~))"
 840                                      (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 841                             (null
 842                              ""))
 843                           (if srl (format nil " AND KCUILRL <= ~D" srl) ""))))
 844        (loop for tuple in (mutex-sql-query query)
 845              collect (destructuring-bind (sui cui lui str lrl stt suppress cuisui) tuple
 846                        (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :lui lui :str str :lrl lrl
 847                                       :stt stt :suppress suppress :cuisui cuisui)))))
 848     (t
 849      (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 850                                      :order (cui asc sui asc))
 851        (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))))
 852
 853 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 854   "Return list of ustrs that match word"
 855   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 856                                  :order (cui asc sui asc))
 857     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 858
 859 (defun find-uterm-word (word &key (srl *current-srl*))
 860   "Return list of uterms that match word"
 861   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui lui) srl wd word :lrl klrl
 862                                :order (cui asc lui asc))
 863     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 864
 865 (defun find-uterm-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 866   "Return list of uterms that match word"
 867   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui lui) srl nwd word :lrl klrl
 868                                  :order (cui asc lui asc))
 869     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 870
 871 (defun find-ucon-noneng-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 872   "Return list of ucons that match non-english word"
 873   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_noneng '(cui) srl 'wd word :like like
 874                                         :distinct t :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 875     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 876
 877 (defun find-ustr-noneng-word (word &key (srl *current-srl*))
 878   "Return list of ustrs that match non-english word"
 879   (collect-umlisp-query (mrxw_noneng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 880                                   :order (cui asc sui asc))
 881     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 882
 883 ;; Special tables
 884
 885 (defun find-usrl-all ()
 886   (collect-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 887     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 888
 889 ;;; Multiword lookup and score functions
 890
 891 (defun find-uobj-multiword (str obj-lookup-fun sort-fun key srl
 892                                 only-exact-if-match limit &key extra-lookup-args)
 893   (let ((uobjs '()))
 894     (dolist (word (delimited-string-to-list str #\space))
 895       (setq uobjs (append uobjs (apply obj-lookup-fun word :srl srl extra-lookup-args))))
 896     (let ((sorted
 897            (funcall sort-fun str
 898                     (delete-duplicates uobjs :test #'= :key key))))
 899       (let ((len (length sorted)))
 900         (cond
 901          ((zerop len)
 902           (return-from find-uobj-multiword nil))
 903          ((and only-exact-if-match (multiword-match str (pfstr (first sorted))))
 904           (first sorted))
 905          (limit
 906           (if (and (plusp limit) (> len limit))
 907               (subseq sorted 0 limit)
 908             limit))
 909          (t
 910           sorted))))))
 911
 912 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 913                                      (only-exact-if-match t)
 914                                      limit
 915                                      sab)
 916   (find-uobj-multiword str #'find-ucon-word #'sort-score-pfstr-str
 917                        #'cui srl only-exact-if-match limit
 918                        :extra-lookup-args (list :sab sab)))
 919
 920 (defun find-uconso-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 921                                      (only-exact-if-match t)
 922                                      limit
 923                                      sab)
 924   (find-uobj-multiword str #'find-uconso-word #'sort-score-pfstr-str
 925                        #'cui srl only-exact-if-match limit
 926                        :extra-lookup-args (list :sab sab)))
 927
 928 (defun find-uterm-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 929                                       (only-exact-if-match t)
 930                                       limit)
 931   (find-uobj-multiword str #'find-uterm-word #'sort-score-pfstr-str
 932                        #'lui srl only-exact-if-match limit))
 933
 934 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 935                                      (only-exact-if-match t)
 936                                      limit
 937                                      sab)
 938   (find-uobj-multiword str #'find-ustr-word #'sort-score-ustr-str
 939                        #'sui srl only-exact-if-match limit
 940                        :extra-lookup-args (list :sab sab)))
 941
 942 (defun sort-score-pfstr-str (str uobjs)
 943   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 944   (sort-score-umlsclass-str uobjs str #'pfstr))
 945
 946 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 947   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 948   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 949
 950 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 951   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 952   (let ((scored '()))
 953     (dolist (obj objs)
 954       (push (list obj (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 955        scored))
 956     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 957
 958
 959 ;;; LEX SQL functions
 960
 961 (defun find-lexterm-eui (eui)
 962   (ensure-eui-integer eui)
 963   (collect-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 964     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 965
 966 (defun find-lexterm-word (wrd)
 967   (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 968     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 969                    :wrd (copy-seq wrd))))
 970
 971 ;; LEX SQL Read functions
 972
 973 (defun find-labr-eui (eui)
 974   (ensure-eui-integer eui)
 975   (collect-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 976     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 977                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 978
 979 (defun find-labr-bas (bas)
 980   (collect-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 981     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 982                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 983
 984 (defun find-lagr-eui (eui)
 985   (ensure-eui-integer eui)
 986   (collect-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 987     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 988                    :cit cit :bas bas)))
 989
 990 (defun find-lcmp-eui (eui)
 991   (ensure-eui-integer eui)
 992   (collect-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 993     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 994
 995 (defun find-lmod-eui (eui)
 996   (ensure-eui-integer eui)
 997   (collect-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
 998     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 999
1000 (defun find-lnom-eui (eui)
1001   (ensure-eui-integer eui)
1002   (collect-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
1003     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
1004                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
1005
1006 (defun find-lprn-eui (eui)
1007   (ensure-eui-integer eui)
1008   (collect-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
1009     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
1010                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
1011
1012 (defun find-lprp-eui (eui)
1013   (ensure-eui-integer eui)
1014   (collect-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
1015     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
1016
1017 (defun find-lspl-eui (eui)
1018   (ensure-eui-integer eui)
1019   (collect-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
1020     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
1021
1022 (defun find-ltrm-eui (eui)
1023   (ensure-eui-integer eui)
1024   (collect-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
1025     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
1026
1027 (defun find-ltyp-eui (eui)
1028   (ensure-eui-integer eui)
1029   (collect-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
1030     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
1031
1032 (defun find-lwd-wrd (wrd)
1033   (make-instance 'lwd :wrd wrd
1034                  :euilist (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
1035                                                 (ensure-integer eui))))
1036
1037 ;;; Semantic Network SQL access functions
1038
1039 (defun find-sdef-ui (ui)
1040   (collect-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
1041                             nil ui ui :single t)
1042     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
1043                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
1044
1045 (defun find-sstre1-ui (ui)
1046   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
1047     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
1048                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
1049
1050 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
1051   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
1052     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
1053                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
1054
1055 (defun find-sstr-rl (rl)
1056   (collect-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
1057     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
1058
1059 (defun find-sstre2-sty (sty)
1060   (collect-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
1061     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
1062
1063 (defun find-sstr-styrl (styrl)
1064   (collect-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
1065     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
1066
1067
1068 ;;; **************************
1069 ;;; Local Classes
1070 ;;; **************************
1071
1072
1073 (defun make-ustats ()
1074   (with-sql-connection (conn)
1075     (ignore-errors (sql-execute "drop table USTATS" conn))
1076     (sql-execute "create table USTATS (NAME varchar(160), COUNT bigint, SRL integer)" conn)
1077
1078     (dotimes (srl 5)
1079       (insert-ustats-count conn "Concept Count" "MRCONSO" "distinct CUI" "KCUILRL" srl)
1080       (insert-ustats-count conn "Term Count" "MRCONSO" "distinct KCUILUI" "KCUILRL" srl)
1081       (insert-ustats-count conn "Distinct Term Count" "MRCONSO" "distinct LUI" "KLUILRL" srl)
1082       (insert-ustats-count conn "String Count" "MRCONSO" "*" "KSUILRL" srl)
1083       (insert-ustats-count conn "Distinct String Count" "MRCONSO" "distinct SUI" "KSUILRL" srl)
1084       (insert-ustats-count conn "Hierarchcy" "MRHIER" "*" "KSRL" srl)
1085       (insert-ustats-count conn "Mappings" "MRMAP" "*" "KSRL" srl)
1086       (insert-ustats-count conn "Simple Mappings" "MRSMAP" "*" "KSRL" srl)
1087       (insert-ustats-count conn "Co-occuring Concept Count" "MRCOC" "*" "KLRL" srl)
1088       (insert-ustats-count conn "Definition Count" "MRDEF" "*" "KSRL" srl)
1089       (insert-ustats-count conn "Rank Count" "MRRANK" "*" "KSRL" srl)
1090       (insert-ustats-count conn "Relationship Count" "MRREL" "*" "KSRL" srl)
1091       (insert-ustats-count conn "Semantic Type Count" "MRSTY" "*" "KLRL" srl)
1092       (insert-ustats-count conn "Simple Attribute Count" "MRSAT" "*" "KSRL" srl)
1093       (insert-ustats-count conn "Source Abbreviation Count" "MRSAB" "*" "SRL" srl)
1094       (insert-ustats-count conn "Word Index Count" "MRXW_ENG" "*" "KLRL" srl)
1095       (insert-ustats-count conn "Normalized Word Index Count" "MRXNW_ENG" "*" "KLRL" srl)
1096       (insert-ustats-count conn "Normalized String Index Count" "MRXNS_ENG" "*" "KLRL" srl))
1097     (sql-execute "create index USTATS_SRL on USTATS (SRL)" conn))
1098   (find-ustats-all))
1099
1100 (defun insert-ustats-count (conn name table count-variable srl-control srl)
1101   (insert-ustats conn name (find-count-table conn table srl count-variable srl-control) srl))
1102
1103 (defun find-count-table (conn table srl count-variable srl-control)
1104   (cond
1105    ((stringp srl-control)
1106     (ensure-integer
1107      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a where ~a <= ~d"
1108                               count-variable table srl-control srl)
1109                       conn))))
1110    ((null srl-control)
1111     (ensure-integer
1112      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a"
1113                               count-variable table )
1114                       conn))))
1115    (t
1116     (error "Unknown srl-control")
1117     0)))
1118
1119 (defun insert-ustats (conn name count srl)
1120   (sql-execute (format nil "insert into USTATS (name,count,srl) values ('~a',~d,~d)"
1121                        name count (if srl srl 3))
1122                conn))
1123
1124 (defun find-ustats-all (&key (srl *current-srl*))
1125   (if srl
1126       (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil srl srl
1127                                     :order (name asc))
1128                             (make-instance 'ustats :name name
1129                                            :hits (ensure-integer count)
1130                                            :srl (ensure-integer srl)))
1131     (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil nil nil
1132                                   :order (name asc))
1133                           (make-instance 'ustats :name name
1134                                          :hits (ensure-integer count)
1135                                          :srl (ensure-integer srl)))))
1136
1137 (defun find-ustats-srl (srl)
1138   (collect-umlisp-query (ustats (name count) nil srl srl :order (name asc))
1139                            (make-instance 'ustats :name name :hits (ensure-integer count))))
1140