sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:        Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: sql-classes.lisp,v 1.88 2003/07/21 00:53:27 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2003 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp)
  20
  21
  22 (defvar *current-srl* nil)
  23 (defun current-srl ()
  24   *current-srl*)
  25 (defun current-srl! (srl)
  26   (setq *current-srl* srl))
  27
  28 (defmacro query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  29                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  30   (let* ((%%fields (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  31                            (if distinct "distinct " "") fields table))
  32          (%%order (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  33                                     order)
  34                       ""))
  35          (%%lrl (format nil " and ~:@(~A~)<=" lrl))
  36          (%%where (when where-name
  37                     (format nil " where ~:@(~A~)~A" where-name
  38                           (if like " like " "")))))
  39     `(concatenate
  40       'string
  41       ,%%fields
  42       ,@(when %%where (list %%where))
  43       ,@(when %%where
  44               `((typecase ,where-value
  45                   (fixnum
  46                    (prefixed-fixnum-string ,where-value #\= 10))
  47                   (number
  48                    (concatenate 'string "=" (write-to-string ,where-value)))
  49                   (null
  50                    " is null")
  51                   (t
  52                    (format nil ,(if like "'%~A%'" "='~A'") ,where-value)))))
  53       (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  54       ,@(when %%order (list %%order))
  55       ,@(when single (list " limit 1")))))
  56
  57 (defun query-string-eval (table fields &optional srl where-name where-value
  58                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  59   (concatenate
  60    'string
  61    (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  62            (if distinct "distinct " "") fields table)
  63    (if where-name (format nil " where ~:@(~A~)" where-name) "")
  64    (if where-name
  65        (format nil
  66                (typecase where-value
  67                  (number "=~D")
  68                  (null " is null")
  69                  (t
  70                   (if like " like '%~A%""='~A'")))
  71                where-value)
  72        "")
  73    (if srl (format nil " and ~:@(~A~)<=~D" lrl srl) "")
  74    (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  75    (if single " limit 1" "")))
  76
  77
  78 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  79                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  80   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  81 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  82   `(mutex-sql-query
  83     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  84      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  85
  86 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
  87                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  88   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  89 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  90   `(mutex-sql-query
  91     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  92      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  93
  94 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
  95 (defmacro collect-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  96                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
  97                                     order like)
  98                              &body body)
  99   (let ((value (gensym))
 100         (r (gensym)))
 101     (if single
 102         `(let* ((,value ,where-value)
 103                 (tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 104                                           :lrl ,lrl :single ,single
 105                                           :distinct ,distinct :order ,order
 106                                           :like ,like))))
 107           ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 108           (when tuple
 109                 (destructuring-bind ,fields tuple
 110                   ,@body)))
 111         `(let ((,value ,where-value))
 112            ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 113            (let ((,r '()))
 114              (dolist (tuple (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 115                                           :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 116                                           :order ,order :like ,like))
 117                (push (destructuring-bind ,fields tuple ,@body) ,r))
 118              (nreverse ,r))
 119            #+ignore
 120            (loop for tuple in
 121                  (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 122                                :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 123                                :order ,order :like ,like)
 124                collect (destructuring-bind ,fields tuple ,@body))))))
 125
 126 (defmacro collect-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
 127                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 128                                          order like)
 129                                   &body body)
 130   (let ((value (gensym))
 131         (r (gensym))
 132         (eval-fields (cadr fields)))
 133     (if single
 134         `(let* ((,value ,where-value)
 135                 (tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 136                                                :lrl ,lrl :single ,single
 137                                                :distinct ,distinct :order ,order
 138                                                :like ,like))))
 139           (when tuple
 140             (destructuring-bind ,eval-fields tuple
 141               ,@body)))
 142         `(let ((,value ,where-value)
 143                (,r '()))
 144            (dolist (tuple (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 145                                              :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 146                                              :order ,order :like ,like))
 147              (push (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body) ,r))
 148            (nreverse ,r)
 149            #+ignore
 150            (loop for tuple in
 151                  (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 152                                     :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 153                                     :order ,order :like ,like)
 154                collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body))))))
 155
 156 ;;;
 157 ;;; Read from SQL database
 158
 159 (defmacro ensure-cui-integer (cui)
 160   `(if (stringp ,cui)
 161     (setq ,cui (parse-cui ,cui))
 162     ,cui))
 163
 164 (defmacro ensure-lui-integer (lui)
 165   `(if (stringp ,lui)
 166     (setq ,lui (parse-lui ,lui))
 167     ,lui))
 168
 169 (defmacro ensure-sui-integer (sui)
 170   `(if (stringp ,sui)
 171     (setq ,sui (parse-sui ,sui))
 172     ,sui))
 173
 174 (defmacro ensure-tui-integer (tui)
 175   `(if (stringp ,tui)
 176     (setq ,tui (parse-tui ,tui))
 177     ,tui))
 178
 179 (defmacro ensure-eui-integer (eui)
 180   `(if (stringp ,eui)
 181     (setq ,eui (parse-eui ,eui))
 182     ,eui))
 183
 184 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 185   "Find ucon for a cui"
 186   (ensure-cui-integer cui)
 187   (collect-umlisp-query (mrcon (kpfstr kcuilrl) srl cui cui :single t)
 188     (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr kpfstr
 189                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 190
 191 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 192   "Find ucon for a cui"
 193   (ensure-cui-integer cui)
 194   (collect-umlisp-query (mrcon (kcuilrl) srl cui cui :single t)
 195     (make-instance 'ucon :cui cui :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 196                    :pfstr nil)))
 197
 198 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 199   "Find preferred string for a cui"
 200   (ensure-cui-integer cui)
 201   (collect-umlisp-query (mrcon (kpfstr) srl cui cui :single t)
 202     kpfstr))
 203
 204 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 205   "Find list of ucon for lui"
 206   (ensure-lui-integer lui)
 207   (collect-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl lui lui
 208                             :distinct t)
 209     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 210                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 211
 212 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 213   "Find list of ucon for sui"
 214   (ensure-sui-integer sui)
 215   (collect-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl sui sui :distinct t)
 216     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 217                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 218
 219 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 220   "Find ucon for cui/sui"
 221   (ensure-cui-integer cui)
 222   (ensure-sui-integer sui)
 223   (when (and cui sui)
 224     (collect-umlisp-query (mrcon (kpfstr kcuilrl) srl kcuisui
 225                               (make-cuisui cui sui))
 226       (make-instance 'ucon :cui cui
 227                      :pfstr kpfstr
 228                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 229
 230 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 231   "Find ucon that are exact match for str"
 232   (collect-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl str str :distinct t)
 233     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 234                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 235
 236 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 237   "Return list of all ucon's"
 238   (with-sql-connection (db)
 239     (clsql:map-query
 240      'list
 241      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 242          (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 243                         :pfstr pfstr
 244                         :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 245      (query-string mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil
 246                    :order (cui asc) :distinct t)
 247      :database db)))
 248
 249 (defun find-ucon-all2 (&key (srl *current-srl*))
 250   "Return list of all ucon's"
 251   (collect-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 252                             :distinct t)
 253     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 254                    :pfstr kpfstr
 255                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 256
 257 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 258   "Map a function over all ucon's"
 259   (with-sql-connection (db)
 260     (clsql:map-query
 261      nil
 262      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 263          (funcall fn
 264                   (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 265                                  :pfstr pfstr
 266                                  :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 267      (query-string mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 268                    :distinct t)
 269      :database db)))
 270
 271
 272 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 273   "Return a list of udefs for cui"
 274   (ensure-cui-integer cui)
 275   (collect-umlisp-query (mrdef (sab def) srl cui cui :lrl "KSRL")
 276     (make-instance 'udef :sab sab :def def)))
 277
 278 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 279   "Return a list of usty for cui"
 280   (ensure-cui-integer cui)
 281   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui cui :lrl "KLRL")
 282     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 283
 284 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 285   "Return a list of usty that match word"
 286   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t
 287                             :distinct t)
 288     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 289
 290 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 291   "Return a list of urel for cui"
 292   (ensure-cui-integer cui)
 293   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui2 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui1
 294                             cui :lrl "KSRL")
 295     (make-instance 'urel :cui1 cui :rel rel
 296                    :cui2 (ensure-integer cui2) :rela rela :sab sab :sl sl
 297                    :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 298
 299 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 300   "Return a list of urel for cui2"
 301   (ensure-cui-integer cui2)
 302   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui1 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui2
 303                             cui2 :lrl "KSRL")
 304     (make-instance 'urel :cui2 cui2 :rel rel
 305                    :cui1 (ensure-integer cui1) :rela rela :sab sab :sl sl
 306                    :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 307
 308 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 309   (ensure-cui-integer cui2)
 310   (loop for cui in (remove-duplicates
 311                     (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))
 312         collect (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 313
 314 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 315   "Return a list of ucoc for cui"
 316   (ensure-cui-integer cui)
 317   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui2 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui1
 318                             cui :lrl klrl :order (cof asc))
 319     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 320     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 321     (make-instance 'ucoc :cui1 cui :cui2 (ensure-integer cui2)
 322                    :soc soc :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 323                    :pfstr2 kpfstr2)))
 324
 325 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 326   "Return a list of ucoc for cui2"
 327   (ensure-cui-integer cui2)
 328   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui1 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui2
 329                             cui2 :lrl klrl :order (cof asc))
 330     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 331     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 cui2
 332                    :soc soc :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 333                    :pfstr2 kpfstr2)))
 334
 335 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 336   "List of ucon with co-occurance cui2"
 337   (ensure-cui-integer cui2)
 338   (mapcar
 339    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 340    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 341
 342 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 343   "Return a list of ulo for cui"
 344   (ensure-cui-integer cui)
 345   (collect-umlisp-query (mrlo (isn fr un sui sna soui) srl cui cui
 346                            :lrl "KLRL")
 347     (make-instance 'ulo :isn isn :fr (ensure-integer fr) :un un
 348                    :sui (ensure-integer sui) :sna sna :soui soui)))
 349
 350 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 351   "Return a list of uatx for cui"
 352   (ensure-cui-integer cui)
 353   (collect-umlisp-query (mratx (sab rel atx) srl cui cui :lrl ksrl)
 354     (make-instance 'uatx :sab sab :rel rel :atx atx)))
 355
 356
 357 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 358   "Return a list of uterm for cui"
 359   (ensure-cui-integer cui)
 360   (collect-umlisp-query (mrcon (lui lat ts kluilrl) srl cui cui
 361                             :lrl kluilrl :distinct t)
 362     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui cui
 363                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 364
 365 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 366   "Return a list of uterm for lui"
 367   (ensure-lui-integer lui)
 368   (collect-umlisp-query (mrcon (cui lat ts kluilrl) srl lui lui
 369                              :lrl kluilrl :distinct t)
 370     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui lui
 371                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 372
 373 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 374   "Return single uterm for cui/lui"
 375   (ensure-cui-integer cui)
 376   (ensure-lui-integer lui)
 377   (collect-umlisp-query (mrcon (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 378                              (make-cuilui cui lui)
 379                              :lrl kluilrl :single t)
 380     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts
 381                    :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 382
 383 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 384   "Return a list of ustr for cui/lui"
 385   (ensure-cui-integer cui)
 386   (ensure-lui-integer lui)
 387   (collect-umlisp-query (mrcon (sui stt str lrl) srl kcuilui
 388                             (make-cuilui cui lui) :lrl lrl)
 389     (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 390                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str
 391                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 392
 393 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 394   "Return the single ustr for cuisui"
 395   (ensure-cui-integer cui)
 396   (ensure-sui-integer sui)
 397   (collect-umlisp-query (mrcon (lui stt str lrl) srl kcuisui
 398                             (make-cuisui cui sui) :lrl lrl :single t)
 399     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 400                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str
 401                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 402
 403 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 404   "Return the list of ustr for sui"
 405   (ensure-sui-integer sui)
 406   (collect-umlisp-query (mrcon (cui lui stt str lrl) srl sui sui
 407                             :lrl lrl)
 408     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 409                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) sui)
 410                    :lui (ensure-integer lui) :lrl (ensure-integer lrl))))
 411
 412 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 413   "Return the list of ustr for sab"
 414   (collect-umlisp-query (mrso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 415     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 416       (apply #'find-ustr-cuisui
 417              (append
 418               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui))
 419               (list :srl srl))))))
 420
 421 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 422   "Return list of all ustr's"
 423     (with-sql-connection (db)
 424       (clsql:map-query
 425        'list
 426        #'(lambda (cui lui sui stt lrl pfstr)
 427            (make-instance 'ustr :cui (ensure-integer cui)
 428                           :lui (ensure-integer lui) :sui (ensure-integer sui)
 429                           :stt stt :str pfstr
 430                           :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui)
 431                                                (ensure-integer sui))
 432                           :lrl (ensure-integer lrl)))
 433        (query-string mrcon (cui lui sui stt lrl kpfstr) srl nil nil :lrl lrl
 434                      :distinct t
 435                      :order (sui asc))
 436        :database db)))
 437
 438 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 439   "Return the string associated with sui"
 440   (ensure-sui-integer sui)
 441   (collect-umlisp-query (mrcon (str) srl sui sui :lrl lrl :single t)
 442     str))
 443
 444 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 445   (ensure-sui-integer sui)
 446   (ensure-cui-integer cui)
 447   (collect-umlisp-query (mrso (sab code srl tty) srl kcuisui
 448                            (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 449       (make-instance 'uso :sab sab :code code :srl srl :tty tty)))
 450
 451 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 452   (ensure-cui-integer cui)
 453   (ensure-sui-integer sui)
 454   (collect-umlisp-query (mrcxt (sab code cxn cxl rnk cxs cui2 hcd rela xc)
 455                             srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl ksrl)
 456     (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 457                    :cxn (ensure-integer cxn) :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd
 458                    :rela rela :xc xc :rnk (ensure-integer rnk)
 459                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 460
 461 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 462   (ensure-cui-integer cui)
 463   (ensure-lui-integer lui)
 464   (ensure-sui-integer sui)
 465   (let ((ls "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where "))
 466     (cond
 467       (sui (string-append ls "KCUISUI="
 468                           (integer-string (make-cuisui cui sui) 14)))
 469       (lui (string-append ls "KCUILUI="
 470                           (integer-string (make-cuilui cui lui) 14)
 471                           " and sui=0"))
 472       (t (string-append ls "cui=" (prefixed-fixnum-string cui nil 7)
 473                         " and lui=0 and sui=0")))
 474     (when srl
 475       (string-append ls " and KSRL<=" (prefixed-fixnum-string srl nil 3)))
 476     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 477           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 478             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 479
 480 (defun find-usty-tui (tui)
 481   "Find usty for tui"
 482   (ensure-tui-integer tui)
 483   (collect-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui tui :single t)
 484     (make-instance 'usty :tui tui :sty sty)))
 485
 486 (defun find-usty-sty (sty)
 487   "Find usty for a sty"
 488   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 489     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 490
 491 (defun find-usty-all ()
 492   "Return list of usty's for all semantic types"
 493   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 494     (find-usty-tui tui)))
 495
 496 (defun find-usab-all ()
 497   "Find usab for a key"
 498   (collect-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta
 499                                   rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat
 500                                   cenc curver sabin) nil nil nil)
 501     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 502                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 503                    :sf sf :sver sver :mstart mstart :mend mend :imeta imeta
 504                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc  :srl (ensure-integer srl)
 505                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 506                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 507                    :curver curver :sabin sabin)))
 508
 509 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 510   "Find usab for a key"
 511   (collect-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart
 512                                     mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty
 513                                     ttyl atnl lat cenc curver sabin)
 514                                   nil key-name key :single t)
 515     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 516                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 517                    :sf sf :sver sver :mstart mstart :mend mend :imeta imeta
 518                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc :srl (ensure-integer srl)
 519                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 520                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 521                    :curver curver :sabin sabin)))
 522
 523 (defun find-usab-rsab (rsab)
 524   "Find usab for rsab"
 525   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 526
 527 (defun find-usab-vsab (vsab)
 528   "Find usab for vsab"
 529   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 530
 531 (defun find-cui-max ()
 532   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 533
 534 ;;;; Cross table find functions
 535
 536 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 537   "Find list of ucon for tui"
 538   (ensure-tui-integer tui)
 539   (collect-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui tui :lrl klrl :order (cui asc))
 540     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 541
 542 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 543   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 544   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 545                                      :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 546     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 547
 548 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 549   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 550   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 551                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 552     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 553
 554 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 555   "Return list of ustrs that match word"
 556   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 557                                :order (cui asc sui asc))
 558     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 559
 560 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 561   "Return list of ustrs that match word"
 562   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 563                                  :order (cui asc sui asc))
 564     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 565
 566 (defun find-uterm-word (word &key (srl *current-srl*))
 567   "Return list of uterms that match word"
 568   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui lui) srl wd word :lrl klrl
 569                                :order (cui asc lui asc))
 570     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 571
 572 (defun find-uterm-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 573   "Return list of uterms that match word"
 574   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui lui) srl nwd word :lrl klrl
 575                                  :order (cui asc lui asc))
 576     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 577
 578 (defun find-ucon-noneng-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 579   "Return list of ucons that match non-english word"
 580   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_noneng '(cui) srl 'wd word :like like
 581                                         :distinct t :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 582     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 583
 584 (defun find-ustr-noneng-word (word &key (srl *current-srl*))
 585   "Return list of ustrs that match non-english word"
 586   (collect-umlisp-query (mrxw_noneng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 587                                   :order (cui asc sui asc))
 588     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 589
 590 ;; Special tables
 591
 592 (defun find-usrl-all ()
 593   (collect-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 594     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 595
 596 ;;; Multiword lookup and score functions
 597
 598 (defun find-uobj-multiword (str obj-lookup-fun sort-fun key srl
 599                             only-exact-if-match)
 600   (let ((uobjs '()))
 601     (dolist (word (delimited-string-to-list str #\space))
 602       (setq uobjs (append uobjs (funcall obj-lookup-fun word :srl srl))))
 603     (let ((sorted
 604            (funcall sort-fun str
 605                     (delete-duplicates uobjs :test #'= :key key))))
 606       (if (and (plusp (length sorted))
 607                only-exact-if-match
 608                (multiword-match str (pfstr (first sorted))))
 609           (first sorted)
 610         sorted))))
 611
 612 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 613                                      (only-exact-if-match t))
 614   (find-uobj-multiword str #'find-ucon-word #'sort-score-pfstr-str
 615                        #'cui srl only-exact-if-match))
 616
 617 (defun find-uterm-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 618                                       (only-exact-if-match t))
 619   (find-uobj-multiword str #'find-uterm-word #'sort-score-pfstr-str
 620                        #'lui srl only-exact-if-match))
 621
 622 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 623                                      (only-exact-if-match t))
 624   (find-uobj-multiword str #'find-ustr-word #'sort-score-ustr-str
 625                        #'sui srl only-exact-if-match))
 626
 627 (defun sort-score-pfstr-str (str uobjs)
 628   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 629   (sort-score-umlsclass-str uobjs str #'pfstr))
 630
 631 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 632   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 633   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 634
 635 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 636   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 637   (let ((scored '()))
 638     (dolist (obj objs)
 639       (push (list obj (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 640        scored))
 641     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 642
 643
 644 ;;; LEX SQL functions
 645
 646 (defun find-lexterm-eui (eui)
 647   (ensure-eui-integer eui)
 648   (collect-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 649     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 650
 651 (defun find-lexterm-word (wrd)
 652   (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 653     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 654                    :wrd (copy-seq wrd))))
 655
 656 ;; LEX SQL Read functions
 657
 658 (defun find-labr-eui (eui)
 659   (ensure-eui-integer eui)
 660   (collect-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 661     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 662                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 663
 664 (defun find-labr-bas (bas)
 665   (collect-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 666     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 667                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 668
 669 (defun find-lagr-eui (eui)
 670   (ensure-eui-integer eui)
 671   (collect-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 672     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 673                    :cit cit :bas bas)))
 674
 675 (defun find-lcmp-eui (eui)
 676   (ensure-eui-integer eui)
 677   (collect-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 678     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 679
 680 (defun find-lmod-eui (eui)
 681   (ensure-eui-integer eui)
 682   (collect-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
 683     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 684
 685 (defun find-lnom-eui (eui)
 686   (ensure-eui-integer eui)
 687   (collect-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
 688     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 689                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 690
 691 (defun find-lprn-eui (eui)
 692   (ensure-eui-integer eui)
 693   (collect-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
 694     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 695                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 696
 697 (defun find-lprp-eui (eui)
 698   (ensure-eui-integer eui)
 699   (collect-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
 700     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 701
 702 (defun find-lspl-eui (eui)
 703   (ensure-eui-integer eui)
 704   (collect-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
 705     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 706
 707 (defun find-ltrm-eui (eui)
 708   (ensure-eui-integer eui)
 709   (collect-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
 710     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 711
 712 (defun find-ltyp-eui (eui)
 713   (ensure-eui-integer eui)
 714   (collect-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
 715     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 716
 717 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 718   (make-instance 'lwd :wrd
 719                  :euilist (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 720                             (ensure-integer eui))))
 721
 722 ;;; Semantic Network SQL access functions
 723
 724 (defun find-sdef-ui (ui)
 725   (collect-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 726                             nil ui ui :single t)
 727     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 728                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 729
 730 (defun find-sstre1-ui (ui)
 731   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
 732     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 733                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 734
 735 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 736   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
 737     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 738                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 739
 740 (defun find-sstr-rl (rl)
 741   (collect-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
 742     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 743
 744 (defun find-sstre2-sty (sty)
 745   (collect-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
 746     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 747
 748 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 749   (collect-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
 750     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))