sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id$
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2003 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp)
  20
  21
  22 (defvar *current-srl* nil)
  23 (defun current-srl ()
  24   *current-srl*)
  25 (defun current-srl! (srl)
  26   (setq *current-srl* srl))
  27
  28 (defmacro query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  29                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  30   (let* ((%%fields (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  31                            (if distinct "distinct " "") fields table))
  32          (%%order (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  33                                     order)
  34                       ""))
  35          (%%lrl (format nil " and ~:@(~A~)<=" lrl))
  36          (%%where (when where-name
  37                     (format nil " where ~:@(~A~)~A" where-name
  38                           (if like " like " "")))))
  39     `(concatenate
  40       'string
  41       ,%%fields
  42       ,@(when %%where (list %%where))
  43       ,@(when %%where
  44           `((typecase ,where-value
  45               #+ignore
  46               (fixnum
  47                (concatenate 'string "='" (prefixed-fixnum-string ,where-value #\0 10) "'"))
  48               (number
  49                (concatenate 'string "='" (write-to-string ,where-value) "'"))
  50               (null
  51                " is null")
  52               (t
  53                (format nil ,(if like "'%~A%'" "='~A'") ,where-value)))))
  54       (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  55       ,@(when %%order (list %%order))
  56       ,@(when single (list " limit 1")))))
  57
  58 (defun query-string-eval (table fields &optional srl where-name where-value
  59                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  60   (concatenate
  61    'string
  62    (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  63            (if distinct "distinct " "") fields table)
  64    (if where-name (format nil " where ~:@(~A~)" where-name) "")
  65    (if where-name
  66        (format nil
  67                (typecase where-value
  68                  (number "='~D'")
  69                  (null " is null")
  70                  (t
  71                   (if like " like '%~A%""='~A'")))
  72                where-value)
  73        "")
  74    (if srl (format nil " and ~:@(~A~)<=~D" lrl srl) "")
  75    (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  76    (if single " limit 1" "")))
  77
  78
  79 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  80                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
  81                         (query-cmd 'mutex-sql-query))
  82   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  83 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  84   `(,query-cmd
  85     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  86      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  87
  88 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
  89                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  90   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  91 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  92   `(mutex-sql-query
  93     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  94      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  95
  96 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
  97 (defmacro collect-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  98                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
  99                                     order like (query-cmd 'mutex-sql-query))
 100                                 &body body)
 101   (let ((value (gensym))
 102         (r (gensym)))
 103     (if single
 104         `(let* ((,value ,where-value)
 105                 (tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 106                                           :lrl ,lrl :single ,single
 107                                           :distinct ,distinct :order ,order
 108                                           :like ,like
 109                                           :query-cmd ,query-cmd))))
 110           ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 111           (when tuple
 112                 (destructuring-bind ,fields tuple
 113                   ,@body)))
 114         `(let ((,value ,where-value))
 115            ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 116            (let ((,r '()))
 117              (dolist (tuple (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 118                                           :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 119                                           :order ,order :like ,like))
 120                (push (destructuring-bind ,fields tuple ,@body) ,r))
 121              (nreverse ,r))
 122            #+ignore
 123            (loop for tuple in
 124                  (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 125                                :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 126                                :order ,order :like ,like)
 127                collect (destructuring-bind ,fields tuple ,@body))))))
 128
 129 (defmacro collect-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
 130                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 131                                          order like)
 132                                   &body body)
 133   (let ((value (gensym))
 134         (r (gensym))
 135         (eval-fields (cadr fields)))
 136     (if single
 137         `(let* ((,value ,where-value)
 138                 (tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 139                                                :lrl ,lrl :single ,single
 140                                                :distinct ,distinct :order ,order
 141                                                :like ,like))))
 142           (when tuple
 143             (destructuring-bind ,eval-fields tuple
 144               ,@body)))
 145         `(let ((,value ,where-value)
 146                (,r '()))
 147            (dolist (tuple (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 148                                              :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 149                                              :order ,order :like ,like))
 150              (push (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body) ,r))
 151            (nreverse ,r)
 152            #+ignore
 153            (loop for tuple in
 154                  (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 155                                     :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 156                                     :order ,order :like ,like)
 157                collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body))))))
 158
 159 ;;;
 160 ;;; Read from SQL database
 161
 162 (defmacro ensure-cui-integer (cui)
 163   `(if (stringp ,cui)
 164     (setq ,cui (parse-cui ,cui))
 165     ,cui))
 166
 167 (defmacro ensure-lui-integer (lui)
 168   `(if (stringp ,lui)
 169     (setq ,lui (parse-lui ,lui))
 170     ,lui))
 171
 172 (defmacro ensure-sui-integer (sui)
 173   `(if (stringp ,sui)
 174     (setq ,sui (parse-sui ,sui))
 175     ,sui))
 176
 177 (defmacro ensure-tui-integer (tui)
 178   `(if (stringp ,tui)
 179     (setq ,tui (parse-tui ,tui))
 180     ,tui))
 181
 182 (defmacro ensure-eui-integer (eui)
 183   `(if (stringp ,eui)
 184     (setq ,eui (parse-eui ,eui))
 185     ,eui))
 186
 187 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 188   "Find ucon for a cui"
 189   (ensure-cui-integer cui)
 190   (collect-umlisp-query (mrcon (kpfstr kcuilrl) srl cui cui :single t)
 191     (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr kpfstr
 192                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 193
 194 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 195   "Find ucon for a cui"
 196   (ensure-cui-integer cui)
 197   (collect-umlisp-query (mrcon (kcuilrl) srl cui cui :single t)
 198     (make-instance 'ucon :cui cui :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 199                    :pfstr nil)))
 200
 201 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 202   "Find preferred string for a cui"
 203   (ensure-cui-integer cui)
 204   (collect-umlisp-query (mrcon (kpfstr) srl cui cui :single t)
 205     kpfstr))
 206
 207 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 208   "Find list of ucon for lui"
 209   (ensure-lui-integer lui)
 210   (collect-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl lui lui
 211                             :distinct t)
 212     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 213                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 214
 215 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 216   "Find list of ucon for sui"
 217   (ensure-sui-integer sui)
 218   (collect-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl sui sui :distinct t)
 219     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 220                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 221
 222 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 223   "Find ucon for cui/sui"
 224   (ensure-cui-integer cui)
 225   (ensure-sui-integer sui)
 226   (when (and cui sui)
 227     (collect-umlisp-query (mrcon (kpfstr kcuilrl) srl kcuisui
 228                               (make-cuisui cui sui))
 229       (make-instance 'ucon :cui cui
 230                      :pfstr kpfstr
 231                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 232
 233 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 234   "Find ucon that are exact match for str"
 235   (collect-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl str str :distinct t)
 236     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 237                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 238
 239 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 240   "Return list of all ucon's"
 241   (with-sql-connection (db)
 242     (clsql:map-query
 243      'list
 244      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 245          (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 246                         :pfstr pfstr
 247                         :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 248      (query-string mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil
 249                    :order (cui asc) :distinct t)
 250      :database db)))
 251
 252 (defun find-ucon-all2 (&key (srl *current-srl*))
 253   "Return list of all ucon's"
 254   (collect-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 255                             :distinct t)
 256     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 257                    :pfstr kpfstr
 258                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 259
 260 (defun find-cui-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 261   "Return list of CUIs for all ucons"
 262   (collect-umlisp-query (mrcon (cui) srl nil nil :order (cui asc)
 263                                :distinct t)
 264                         cui))
 265
 266 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 267   "Map a function over all ucon's"
 268   (with-sql-connection (db)
 269     (clsql:map-query
 270      nil
 271      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 272          (funcall fn
 273                   (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 274                                  :pfstr pfstr
 275                                  :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 276      (query-string mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 277                    :distinct t)
 278      :database db)))
 279
 280
 281 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 282   "Return a list of udefs for cui"
 283   (ensure-cui-integer cui)
 284   (collect-umlisp-query (mrdef (sab def) srl cui cui :lrl "KSRL")
 285     (make-instance 'udef :sab sab :def def)))
 286
 287 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 288   "Return a list of usty for cui"
 289   (ensure-cui-integer cui)
 290   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui cui :lrl "KLRL")
 291     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 292
 293 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 294   "Return a list of usty that match word"
 295   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t
 296                             :distinct t)
 297     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 298
 299 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 300   "Return a list of urel for cui"
 301   (ensure-cui-integer cui)
 302   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui2 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui1
 303                             cui :lrl "KSRL")
 304     (make-instance 'urel :cui1 cui :rel rel
 305                    :cui2 (ensure-integer cui2) :rela rela :sab sab :sl sl
 306                    :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 307
 308 (defun find-cui2-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 309   "Return a list of urel for cui"
 310   (ensure-cui-integer cui)
 311   (collect-umlisp-query (mrrel (cui2) srl cui1
 312                                cui :lrl "KSRL")
 313                         cui2))
 314
 315 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 316   "Return a list of urel for cui2"
 317   (ensure-cui-integer cui2)
 318   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui1 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui2
 319                             cui2 :lrl "KSRL")
 320     (make-instance 'urel :cui2 cui2 :rel rel
 321                    :cui1 (ensure-integer cui1) :rela rela :sab sab :sl sl
 322                    :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 323
 324 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 325   (ensure-cui-integer cui2)
 326   (loop for cui in (remove-duplicates
 327                     (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))
 328         collect (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 329
 330 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 331   "Return a list of ucoc for cui"
 332   (ensure-cui-integer cui)
 333   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui2 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui1
 334                             cui :lrl klrl :order (cof asc))
 335     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 336     (when (eql 0 cui2) (setq cui2 nil))
 337     (make-instance 'ucoc :cui1 cui :cui2 (ensure-integer cui2)
 338                    :soc soc :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 339                    :pfstr2 kpfstr2)))
 340
 341 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 342   "Return a list of ucoc for cui2"
 343   (ensure-cui-integer cui2)
 344   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui1 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui2
 345                             cui2 :lrl klrl :order (cof asc))
 346     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 347     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 cui2
 348                    :soc soc :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 349                    :pfstr2 kpfstr2)))
 350
 351 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 352   "List of ucon with co-occurance cui2"
 353   (ensure-cui-integer cui2)
 354   (mapcar
 355    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 356    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 357
 358 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 359   "Return a list of ulo for cui"
 360   (ensure-cui-integer cui)
 361   (collect-umlisp-query (mrlo (isn fr un sui sna soui) srl cui cui
 362                            :lrl "KLRL")
 363     (make-instance 'ulo :isn isn :fr (ensure-integer fr) :un un
 364                    :sui (ensure-integer sui) :sna sna :soui soui)))
 365
 366 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 367   "Return a list of uatx for cui"
 368   (ensure-cui-integer cui)
 369   (collect-umlisp-query (mratx (sab rel atx) srl cui cui :lrl ksrl)
 370     (make-instance 'uatx :sab sab :rel rel :atx atx)))
 371
 372
 373 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 374   "Return a list of uterm for cui"
 375   (ensure-cui-integer cui)
 376   (collect-umlisp-query (mrcon (lui lat ts kluilrl) srl cui cui
 377                             :lrl kluilrl :distinct t)
 378     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui cui
 379                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 380
 381 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 382   "Return a list of uterm for lui"
 383   (ensure-lui-integer lui)
 384   (collect-umlisp-query (mrcon (cui lat ts kluilrl) srl lui lui
 385                              :lrl kluilrl :distinct t)
 386     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui lui
 387                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 388
 389 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 390   "Return single uterm for cui/lui"
 391   (ensure-cui-integer cui)
 392   (ensure-lui-integer lui)
 393   (collect-umlisp-query (mrcon (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 394                              (make-cuilui cui lui)
 395                              :lrl kluilrl :single t)
 396     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts
 397                    :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 398
 399 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 400   "Return a list of ustr for cui/lui"
 401   (ensure-cui-integer cui)
 402   (ensure-lui-integer lui)
 403   (collect-umlisp-query (mrcon (sui stt str lrl) srl kcuilui
 404                             (make-cuilui cui lui) :lrl lrl)
 405     (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 406                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str
 407                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 408
 409 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 410   "Return the single ustr for cuisui"
 411   (ensure-cui-integer cui)
 412   (ensure-sui-integer sui)
 413   (collect-umlisp-query (mrcon (lui stt str lrl) srl kcuisui
 414                             (make-cuisui cui sui) :lrl lrl :single t)
 415     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 416                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str
 417                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 418
 419 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 420   "Return the list of ustr for sui"
 421   (ensure-sui-integer sui)
 422   (collect-umlisp-query (mrcon (cui lui stt str lrl) srl sui sui
 423                             :lrl lrl)
 424     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 425                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) sui)
 426                    :lui (ensure-integer lui) :lrl (ensure-integer lrl))))
 427
 428 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 429   "Return the list of ustr for sab"
 430   (collect-umlisp-query (mrso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 431     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 432       (apply #'find-ustr-cuisui
 433              (append
 434               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui))
 435               (list :srl srl))))))
 436
 437 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 438   "Return list of all ustr's"
 439     (with-sql-connection (db)
 440       (clsql:map-query
 441        'list
 442        #'(lambda (cui lui sui stt lrl pfstr)
 443            (make-instance 'ustr :cui (ensure-integer cui)
 444                           :lui (ensure-integer lui) :sui (ensure-integer sui)
 445                           :stt stt :str pfstr
 446                           :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui)
 447                                                (ensure-integer sui))
 448                           :lrl (ensure-integer lrl)))
 449        (query-string mrcon (cui lui sui stt lrl kpfstr) srl nil nil :lrl lrl
 450                      :distinct t
 451                      :order (sui asc))
 452        :database db)))
 453
 454 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 455   "Return the string associated with sui"
 456   (ensure-sui-integer sui)
 457   (collect-umlisp-query (mrcon (str) srl sui sui :lrl lrl :single t)
 458     str))
 459
 460 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 461   (ensure-sui-integer sui)
 462   (ensure-cui-integer cui)
 463   (collect-umlisp-query (mrso (sab code srl tty) srl kcuisui
 464                            (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 465       (make-instance 'uso :sab sab :code code :srl srl :tty tty)))
 466
 467 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 468   (ensure-cui-integer cui)
 469   (ensure-sui-integer sui)
 470   (collect-umlisp-query (mrcxt (sab code cxn cxl rnk cxs cui2 hcd rela xc)
 471                             srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl ksrl)
 472     (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 473                    :cxn (ensure-integer cxn) :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd
 474                    :rela rela :xc xc :rnk (ensure-integer rnk)
 475                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 476
 477 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 478   (ensure-cui-integer cui)
 479   (ensure-lui-integer lui)
 480   (ensure-sui-integer sui)
 481   (let ((ls "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where "))
 482     (cond
 483       (sui (string-append ls "KCUISUI='"
 484                           (integer-string (make-cuisui cui sui) 14)
 485                           "'"))
 486       (lui (string-append ls "KCUILUI='"
 487                           (integer-string (make-cuilui cui lui) 14)
 488                           "' and sui='0'"))
 489       (t (string-append ls "cui='" (prefixed-fixnum-string cui nil 7)
 490                         "' and lui='0' and sui='0'")))
 491     (when srl
 492       (string-append ls " and KSRL<=" (prefixed-fixnum-string srl nil 3)))
 493     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 494           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 495             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 496
 497 (defun find-usty-tui (tui)
 498   "Find usty for tui"
 499   (ensure-tui-integer tui)
 500   (collect-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui tui :single t)
 501     (make-instance 'usty :tui tui :sty sty)))
 502
 503 (defun find-usty-sty (sty)
 504   "Find usty for a sty"
 505   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 506     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 507
 508 (defun find-usty-all ()
 509   "Return list of usty's for all semantic types"
 510   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 511     (find-usty-tui tui)))
 512
 513 (defun find-usab-all ()
 514   "Find usab for a key"
 515   (collect-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart vend imeta
 516                                   rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat
 517                                   cenc curver sabin) nil nil nil)
 518     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 519                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 520                    :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 521                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc  :srl (ensure-integer srl)
 522                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 523                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 524                    :curver curver :sabin sabin)))
 525
 526 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 527   "Find usab for a key"
 528   (collect-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart
 529                                     vend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty
 530                                     ttyl atnl lat cenc curver sabin)
 531                                   nil key-name key :single t)
 532     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 533                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 534                    :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 535                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc :srl (ensure-integer srl)
 536                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 537                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 538                    :curver curver :sabin sabin)))
 539
 540 (defun find-usab-rsab (rsab)
 541   "Find usab for rsab"
 542   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 543
 544 (defun find-usab-vsab (vsab)
 545   "Find usab for vsab"
 546   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 547
 548 (defun find-cui-max ()
 549   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 550
 551 ;;;; Cross table find functions
 552
 553 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 554   "Find list of ucon for tui"
 555   (ensure-tui-integer tui)
 556   (collect-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui tui :lrl klrl :order (cui asc))
 557     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 558
 559 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 560   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 561   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 562                                      :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 563     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 564
 565 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 566   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 567   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 568                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 569     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 570
 571 (defun find-cui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 572   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 573   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 574                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 575                              cui))
 576
 577 (defun find-lui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 578   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 579   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(lui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 580                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 581                              lui))
 582
 583 (defun find-sui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 584   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 585   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(sui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 586                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 587                              sui))
 588
 589 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 590   "Return list of ustrs that match word"
 591   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 592                                :order (cui asc sui asc))
 593     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 594
 595 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 596   "Return list of ustrs that match word"
 597   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 598                                  :order (cui asc sui asc))
 599     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 600
 601 (defun find-uterm-word (word &key (srl *current-srl*))
 602   "Return list of uterms that match word"
 603   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui lui) srl wd word :lrl klrl
 604                                :order (cui asc lui asc))
 605     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 606
 607 (defun find-uterm-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 608   "Return list of uterms that match word"
 609   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui lui) srl nwd word :lrl klrl
 610                                  :order (cui asc lui asc))
 611     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 612
 613 (defun find-ucon-noneng-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 614   "Return list of ucons that match non-english word"
 615   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_noneng '(cui) srl 'wd word :like like
 616                                         :distinct t :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 617     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 618
 619 (defun find-ustr-noneng-word (word &key (srl *current-srl*))
 620   "Return list of ustrs that match non-english word"
 621   (collect-umlisp-query (mrxw_noneng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 622                                   :order (cui asc sui asc))
 623     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 624
 625 ;; Special tables
 626
 627 (defun find-usrl-all ()
 628   (collect-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 629     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 630
 631 ;;; Multiword lookup and score functions
 632
 633 (defun find-uobj-multiword (str obj-lookup-fun sort-fun key srl
 634                             only-exact-if-match)
 635   (let ((uobjs '()))
 636     (dolist (word (delimited-string-to-list str #\space))
 637       (setq uobjs (append uobjs (funcall obj-lookup-fun word :srl srl))))
 638     (let ((sorted
 639            (funcall sort-fun str
 640                     (delete-duplicates uobjs :test #'= :key key))))
 641       (if (and (plusp (length sorted))
 642                only-exact-if-match
 643                (multiword-match str (pfstr (first sorted))))
 644           (first sorted)
 645         sorted))))
 646
 647 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 648                                      (only-exact-if-match t))
 649   (find-uobj-multiword str #'find-ucon-word #'sort-score-pfstr-str
 650                        #'cui srl only-exact-if-match))
 651
 652 (defun find-uterm-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 653                                       (only-exact-if-match t))
 654   (find-uobj-multiword str #'find-uterm-word #'sort-score-pfstr-str
 655                        #'lui srl only-exact-if-match))
 656
 657 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 658                                      (only-exact-if-match t))
 659   (find-uobj-multiword str #'find-ustr-word #'sort-score-ustr-str
 660                        #'sui srl only-exact-if-match))
 661
 662 (defun sort-score-pfstr-str (str uobjs)
 663   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 664   (sort-score-umlsclass-str uobjs str #'pfstr))
 665
 666 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 667   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 668   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 669
 670 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 671   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 672   (let ((scored '()))
 673     (dolist (obj objs)
 674       (push (list obj (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 675        scored))
 676     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 677
 678
 679 ;;; LEX SQL functions
 680
 681 (defun find-lexterm-eui (eui)
 682   (ensure-eui-integer eui)
 683   (collect-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 684     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 685
 686 (defun find-lexterm-word (wrd)
 687   (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 688     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 689                    :wrd (copy-seq wrd))))
 690
 691 ;; LEX SQL Read functions
 692
 693 (defun find-labr-eui (eui)
 694   (ensure-eui-integer eui)
 695   (collect-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 696     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 697                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 698
 699 (defun find-labr-bas (bas)
 700   (collect-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 701     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 702                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 703
 704 (defun find-lagr-eui (eui)
 705   (ensure-eui-integer eui)
 706   (collect-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 707     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 708                    :cit cit :bas bas)))
 709
 710 (defun find-lcmp-eui (eui)
 711   (ensure-eui-integer eui)
 712   (collect-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 713     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 714
 715 (defun find-lmod-eui (eui)
 716   (ensure-eui-integer eui)
 717   (collect-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
 718     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 719
 720 (defun find-lnom-eui (eui)
 721   (ensure-eui-integer eui)
 722   (collect-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
 723     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 724                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 725
 726 (defun find-lprn-eui (eui)
 727   (ensure-eui-integer eui)
 728   (collect-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
 729     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 730                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 731
 732 (defun find-lprp-eui (eui)
 733   (ensure-eui-integer eui)
 734   (collect-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
 735     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 736
 737 (defun find-lspl-eui (eui)
 738   (ensure-eui-integer eui)
 739   (collect-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
 740     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 741
 742 (defun find-ltrm-eui (eui)
 743   (ensure-eui-integer eui)
 744   (collect-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
 745     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 746
 747 (defun find-ltyp-eui (eui)
 748   (ensure-eui-integer eui)
 749   (collect-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
 750     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 751
 752 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 753   (make-instance 'lwd :wrd wrd
 754                  :euilist (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 755                                                 (ensure-integer eui))))
 756
 757 ;;; Semantic Network SQL access functions
 758
 759 (defun find-sdef-ui (ui)
 760   (collect-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 761                             nil ui ui :single t)
 762     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 763                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 764
 765 (defun find-sstre1-ui (ui)
 766   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
 767     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 768                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 769
 770 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 771   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
 772     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 773                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 774
 775 (defun find-sstr-rl (rl)
 776   (collect-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
 777     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 778
 779 (defun find-sstre2-sty (sty)
 780   (collect-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
 781     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 782
 783 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 784   (collect-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
 785     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 786
 787
 788 ;;; **************************
 789 ;;; Local Classes
 790 ;;; **************************
 791
 792
 793 (defun make-ustats ()
 794   (with-sql-connection (conn)
 795     (ignore-errors (sql-execute "drop table USTATS" conn))
 796     (sql-execute "create table USTATS (NAME varchar(160), COUNT bigint, SRL integer)" conn)
 797
 798     (dotimes (srl 4)
 799       (insert-ustats-count conn "Concept Count" "MRCON" "distinct CUI" "KCUILRL" srl)
 800       (insert-ustats-count conn "Term Count" "MRCON" "distinct KCUILUI" "KCUILRL" srl)
 801       (insert-ustats-count conn "Distinct Term Count" "MRCON" "distinct LUI" "KLUILRL" srl)
 802       (insert-ustats-count conn "String Count" "MRCON" "*" "LRL" srl)
 803       (insert-ustats-count conn "Distinct String Count" "MRCON" "distinct SUI" "LRL" srl)
 804       (insert-ustats-count conn "Associated Expression Count" "MRATX" "*" "KSRL" srl)
 805       (insert-ustats-count conn "Context Count" "MRCXT" "*" "KSRL" srl)
 806       (insert-ustats-count conn "Co-occuring Concept Count" "MRCOC" "*" "KLRL" srl)
 807       (insert-ustats-count conn "Definition Count" "MRDEF" "*" "KSRL" srl)
 808       (insert-ustats-count conn "Locator Count" "MRLO" "*" "KLRL" srl)
 809       (insert-ustats-count conn "Rank Count" "MRRANK" "*" "KSRL" srl)
 810       (insert-ustats-count conn "Relationship Count" "MRREL" "*" "KSRL" srl)
 811       (insert-ustats-count conn "Semantic Type Count" "MRSTY" "*" "KLRL" srl)
 812       (insert-ustats-count conn "Simple Attribute Count" "MRSAT" "*" "KSRL" srl)
 813       (insert-ustats-count conn "Source Count" "MRSO" "*" "SRL" srl)
 814       (insert-ustats-count conn "Word Index Count" "MRXW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 815       (insert-ustats-count conn "Normalized Word Index Count" "MRXNW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 816       (insert-ustats-count conn "Normalized String Index Count" "MRXNS_ENG" "*" "KLRL" srl)
 817       (insert-ustats-count conn "Bonus Attribute Name Count" "BONUS_ATN" "*" nil srl)
 818       (insert-ustats-count conn "Bonus Relationship Count" "BONUS_REL" "*" nil srl)
 819       (insert-ustats-count conn "Bonus Source Abbreviation Count" "BONUS_SAB" "*" nil srl)
 820       (insert-ustats-count conn "Bonus Term Type Count" "BONUS_TTY" "*" nil srl))
 821     (sql-execute "create index USTATS_SRL on USTATS (SRL)" conn))
 822   (find-ustats-all))
 823
 824 (defun insert-ustats-count (conn name table count-variable srl-control srl)
 825   (insert-ustats conn name (find-count-table conn table srl count-variable srl-control) srl))
 826
 827 (defun find-count-table (conn table srl count-variable srl-control)
 828   (cond
 829    ((stringp srl-control)
 830     (ensure-integer
 831      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a where ~a <= ~d"
 832                               count-variable table srl-control srl)
 833                       conn))))
 834    ((null srl-control)
 835     (ensure-integer
 836      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a"
 837                               count-variable table )
 838                       conn))))
 839    (t
 840     (error "Unknown srl-control")
 841     0)))
 842
 843 (defun insert-ustats (conn name count srl)
 844   (sql-execute (format nil "insert into USTATS (name,count,srl) values ('~a',~d,~d)"
 845                        name count (if srl srl 3))
 846                conn))
 847
 848 (defun find-ustats-all (&key (srl *current-srl*))
 849   (if srl
 850       (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil srl srl
 851                                     :order (name asc))
 852                             (make-instance 'ustats :name name
 853                                            :hits (ensure-integer count)
 854                                            :srl (ensure-integer srl)))
 855     (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil nil nil
 856                                   :order (name asc))
 857                           (make-instance 'ustats :name name
 858                                          :hits (ensure-integer count)
 859                                          :srl (ensure-integer srl)))))
 860
 861 (defun find-ustats-srl (srl)
 862   (collect-umlisp-query (ustats (name count) nil srl srl :order (name asc))
 863                            (make-instance 'ustats :name name :hits (ensure-integer count))))
 864
 865
 866
 867 (defun find-bsab-sab (sab)
 868  (collect-umlisp-query (bonus_sab (name count) nil sab sab :single t)
 869      (make-instance 'bsab :sab sab :name name :hits (ensure-integer count))))
 870
 871 (defun find-bsab-all ()
 872  (collect-umlisp-query (bonus_sab (sab name count) nil nil nil :order (sab asc))
 873      (make-instance 'bsab :sab sab :name name :hits (ensure-integer count))))
 874
 875 (defun find-btty-tty (tty)
 876  (collect-umlisp-query (bonus_tty (name count) nil tty tty :single t)
 877      (make-instance 'btty :tty tty :name name :hits (ensure-integer count))))
 878
 879 (defun find-btty-all ()
 880  (collect-umlisp-query (bonus_tty (tty name count) nil nil nil :order (tty asc))
 881   (make-instance 'btty :tty tty :name name :hits (ensure-integer count))))
 882
 883 (defun find-brel-rel (rel)
 884   (collect-umlisp-query (bonus_rel (sab sl rel rela count) nil rel rel)
 885     (make-instance 'brel :sab sab :sl sl :rel rel :rela rela
 886                     :hits (ensure-integer count))))