sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:        Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: sql-classes.lisp,v 1.67 2003/05/04 01:42:20 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package :umlisp)
  20 (declaim (optimize (compilation-speed 0) (debug 3)))
  21
  22
  23 (defvar *current-srl* nil)
  24 (defun current-srl ()
  25   *current-srl*)
  26 (defun current-srl! (srl)
  27   (setq *current-srl* srl))
  28
  29 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
  30 (defmacro with-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  31                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
  32                                     order like)
  33                              &body body)
  34   (let ((value (gensym)))
  35     (if single
  36         `(let ((,value ,where-value))
  37           (when ,value
  38             (let ((tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
  39                                             :lrl ,lrl :single ,single
  40                                             :distinct ,distinct :order ,order
  41                                             :like ,like))))
  42               (when tuple
  43                 (destructuring-bind ,fields tuple
  44                   ,@body)))))
  45         `(let ((,value ,where-value))
  46           (when ,value
  47             (loop for tuple in
  48                   (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
  49                                 :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
  50                                 :order ,order :like ,like)
  51                   collect (destructuring-bind ,fields tuple
  52                             ,@body)))))))
  53
  54 (defmacro with-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
  55                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
  56                                          order like)
  57                                   &body body)
  58   (let ((value (gensym))
  59         (eval-fields (cadr fields)))
  60     (if single
  61         `(let ((,value ,where-value))
  62           (when ,value
  63             (let ((tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
  64                                             :lrl ,lrl :single ,single
  65                                             :distinct ,distinct :order ,order
  66                                             :like ,like))))
  67               (when tuple
  68                 (destructuring-bind ,eval-fields tuple
  69                   ,@body)))))
  70         `(let ((,value ,where-value))
  71           (when ,value
  72             (loop for tuple in
  73                   (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
  74                                      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
  75                                      :order ,order :like ,like)
  76                   collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple
  77                             ,@body)))))))
  78
  79
  80 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  81                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  82   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  83 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  84   `(mutex-sql-query
  85     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  86      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  87
  88 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
  89                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  90   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  91 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  92   `(mutex-sql-query
  93     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  94      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  95
  96
  97 (defmacro query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  98                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  99   (let* ((%%fields (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
 100                            (if distinct "distinct " "") fields table))
 101          (%%order (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) ""))
 102          (%%lrl (format nil " and ~:@(~A~)<=" lrl))
 103          (%%where (when where-name
 104                     (format nil " where ~:@(~A~)~A" where-name
 105                           (if like " like " "")))))
 106     `(concatenate
 107       'string
 108       ,%%fields
 109       ,@(when %%where (list %%where))
 110       ,@(when %%where
 111               #+ignore
 112               `((if (numberp ,where-value)
 113                     (write-to-string ,where-value)
 114                     (format nil ,(if like "'%~A%'" "'~A'") ,where-value)))
 115               `((typecase ,where-value
 116                   (number
 117                    (concatenate 'string "=" (write-to-string ,where-value)))
 118                   (null
 119                    " is null")
 120                   (t
 121                    (format nil ,(if like "'%~A%'" "'=~A'") ,where-value)))))
 122       (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
 123       ,@(when %%order (list %%order))
 124       ,@(when single (list " limit 1")))))
 125
 126 (defun query-string-eval (table fields &optional srl where-name where-value
 127                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
 128   (concatenate
 129    'string
 130    (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
 131            (if distinct "distinct " "") fields table)
 132    (if where-name
 133        (format nil
 134                (if (stringp where-value)
 135                    (if like
 136                        " where ~A like '%~A%'"
 137                        " where ~A='~A'")
 138                    " where ~A=~A")
 139                where-name  where-value)
 140        "")
 141    (if srl (format nil " and ~:@(~A~) <= ~D" lrl srl) "")
 142    (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
 143    (if single " limit 1" "")))
 144
 145 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 146   "Find ucon for a cui"
 147   (with-umlisp-query (mrcon (kpfstr kcuilrl) srl cui (parse-cui cui) :single t)
 148     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
 149                    :pfstr kpfstr
 150                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 151
 152 (defun find-ucon-cui-old (cui &key (srl *current-srl*))
 153   "Find ucon for a cui"
 154   (when (stringp cui) (setq cui (parse-cui cui)))
 155   (when cui
 156     (let ((ls (format nil "select KPFSTR,KCUILRL from MRCON where CUI=~d" cui)))
 157       (when srl
 158         (string-append ls (format nil " and KCUILRL <= ~d" srl)))
 159       (string-append ls " limit 1")
 160       (let ((tuple (car (mutex-sql-query ls))))
 161         (destructuring-bind (kpfstr kcuilrl) tuple
 162           (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr kpfstr
 163                          :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))))
 164
 165 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 166   "Find ucon for a cui"
 167   (with-umlisp-query (mrcon (kcuilrl) srl cui (parse-cui cui) :single t)
 168     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
 169                    :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 170                    :pfstr nil)))
 171
 172 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 173   "Find preferred string for a cui"
 174   (with-umlisp-query (mrcon (kpfstr) srl cui (parse-cui cui) :single t)
 175     kpfstr))
 176
 177 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 178   "Find list of ucon for lui"
 179   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl lui (parse-lui lui) :distinct t)
 180     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 181                    :pfstr kpfstr
 182                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 183
 184 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 185   "Find list of ucon for sui"
 186   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl sui (parse-sui sui) :distinct t)
 187     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 188                    :pfstr kpfstr
 189                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 190
 191 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 192   "Find ucon for cui/sui"
 193   (when (and cui sui)
 194     (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl kcuisui
 195                                (make-cuisui (parse-cui cui) (parse-sui sui)))
 196       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 197                      :pfstr kpfstr
 198                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 199
 200 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 201   "Find ucon that are exact match for str"
 202   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl str str :distinct t)
 203     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 204                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 205
 206 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 207   "Return list of all ucon's"
 208   (with-sql-connection (db)
 209     (clsql:map-query
 210      'list
 211      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 212          (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 213                         :pfstr pfstr
 214                         :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 215      (query-string mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil
 216                    :order (cui asc) :distinct t)
 217      :database db)))
 218
 219 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 220   "Map a function over all ucon's"
 221   (with-sql-connection (db)
 222     (clsql:map-query
 223      nil
 224      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 225          (funcall fn
 226                   (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 227                                  :pfstr pfstr
 228                                  :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 229      (query-string mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc) :distinct t)
 230      :database db)))
 231
 232
 233 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 234   "Return a list of udefs for cui"
 235   (with-umlisp-query (mrdef (sab def) srl cui (parse-cui cui) :lrl "KSRL")
 236     (make-instance 'udef :sab sab :def def)))
 237
 238 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 239   "Return a list of usty for cui"
 240   (with-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui (parse-cui cui) :lrl "KLRL")
 241     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 242
 243 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 244   "Return a list of usty that match word"
 245   (with-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t :distinct t)
 246     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 247
 248 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 249   "Return a list of urel for cui"
 250   (with-umlisp-query (mrrel (rel cui2 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui1 (parse-cui cui) :lrl "KSRL")
 251     (make-instance 'urel :cui1 (parse-cui cui) :rel rel :cui2 (ensure-integer cui2) :rela rela
 252                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 253
 254 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 255   "Return a list of urel for cui2"
 256   (with-umlisp-query (mrrel (rel cui1 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui2 (parse-cui cui2) :lrl "KSRL")
 257     (make-instance 'urel :cui2 (parse-cui cui2) :rel rel :cui1 (ensure-integer cui1) :rela rela
 258                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 259
 260 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 261   (mapcar
 262    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 263    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))))
 264
 265 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 266   "Return a list of ucoc for cui"
 267   (with-umlisp-query (mrcoc (cui2 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui1 (parse-cui cui)
 268                              :lrl "KSRL" :order (cof asc))
 269     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 270     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 271     (make-instance 'ucoc :cui1 (parse-cui cui) :cui2 (ensure-integer cui2) :soc soc :cot cot
 272                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 273
 274 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 275   "Return a list of ucoc for cui2"
 276   (with-umlisp-query (mrcoc (cui1 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui2 (parse-cui cui2)
 277                              :lrl "KSRL" :order (cof asc))
 278     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 279     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 280     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 (parse-cui cui2) :soc soc :cot cot
 281                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 282
 283 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 284   "List of ucon with co-occurance cui2"
 285   (mapcar
 286    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 287    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 288
 289 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 290   "Return a list of ulo for cui"
 291   (with-umlisp-query (mrlo (isn fr un sui sna soui) srl cui (parse-cui cui) :lrl "KLRL")
 292     (make-instance 'ulo :isn isn :fr (ensure-integer fr) :un un :sui (ensure-integer sui) :sna sna
 293                    :soui soui)))
 294
 295 (defgeneric suistr (lo))
 296 (defmethod suistr ((lo ulo))
 297   "Return the string for a ulo object"
 298   (find-string-sui (sui lo)))
 299
 300 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 301   "Return a list of uatx for cui"
 302   (with-umlisp-query (mratx (sab rel atx) srl cui (parse-cui cui) :lrl ksrl)
 303     (make-instance 'uatx :sab sab :rel rel :atx atx)))
 304
 305
 306 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 307   "Return a list of uterm for cui"
 308   (with-umlisp-query (mrcon (lui lat ts kluilrl) srl cui (parse-cui cui) :lrl kluilrl
 309                              :distinct t)
 310     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui (parse-cui cui)
 311                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 312
 313 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 314   "Return a list of uterm for lui"
 315   (with-umlisp-query (mrcon (cui lat ts kluilrl) srl lui (parse-lui lui)
 316                              :lrl kluilrl :distinct t)
 317     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui (parse-lui lui)
 318                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 319
 320 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 321   "Return single uterm for cui/lui"
 322   (with-umlisp-query (mrcon (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 323                              (make-cuilui (parse-cui cui) (parse-lui lui))
 324                              :lrl kluilrl :single t)
 325     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 326
 327 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 328   "Return a list of ustr for cui/lui"
 329   (with-umlisp-query (mrcon (sui stt str lrl) srl kcuilui (make-cuilui cui lui) :lrl lrl)
 330     (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 331                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str
 332                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 333
 334 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 335   "Return the single ustr for cuisui"
 336   (with-umlisp-query (mrcon (lui stt str lrl) srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl lrl :single t)
 337     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 338                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :lrl (ensure-integer lrl))))
 339
 340 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 341   "Return the list of ustr for sui"
 342   (with-umlisp-query (mrcon (cui lui stt str lrl) srl sui (parse-sui sui) :lrl lrl)
 343     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 344                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) (parse-sui sui))
 345                    :lui (ensure-integer lui)
 346                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 347
 348 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 349   "Return the list of ustr for sab"
 350   (with-umlisp-query (mrso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 351     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 352       (apply #'find-ustr-cuisui
 353              (append
 354               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui)) (list :srl srl))))))
 355
 356 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 357   "Return list of all ustr's"
 358     (with-sql-connection (db)
 359       (clsql:map-query
 360        'list
 361        #'(lambda (cui lui sui stt lrl pfstr)
 362            (setq cui (ensure-integer cui))
 363            (setq lui (ensure-integer lui))
 364            (setq sui (ensure-integer sui))
 365            (setq lrl (ensure-integer lrl))
 366            (make-instance 'ustr :cui cui
 367                           :lui lui
 368                           :sui sui
 369                           :cuisui (make-cuisui cui sui)
 370                           :stt stt
 371                           :lrl lrl
 372                           :str pfstr))
 373        (query-string mrcon (cui lui sui stt lrl kpfstr) srl nil nil :lrl lrl :distinct t
 374                      :order (sui asc))
 375        :database db)))
 376
 377 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 378   "Return the string associated with sui"
 379   (with-umlisp-query (mrcon (str) srl sui sui :lrl lrl :single t)
 380     str))
 381
 382 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 383   (with-umlisp-query (mrso (sab code srl tty) srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 384       (make-instance 'uso :sab sab :code code :srl srl :tty tty)))
 385
 386 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 387   (with-umlisp-query (mrcxt (sab code cxn cxl rnk cxs cui2 hcd rela xc) srl kcuisui
 388                              (make-cuisui cui sui) :lrl ksrl)
 389     (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 390                    :cxn (ensure-integer cxn)
 391                    :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd :rela rela :xc xc
 392                    :rnk (ensure-integer rnk)
 393                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 394
 395 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 396   (let ((ls (format nil "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where ")))
 397     (cond
 398       (sui (string-append ls (format nil "KCUISUI=~d" (make-cuisui cui sui))))
 399       (lui (string-append ls (format nil "KCUILUI=~d and sui=0" (make-cuilui cui lui))))
 400       (t (string-append ls (format nil "cui=~d and lui=0 and sui=0" cui))))
 401     (when srl
 402       (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 403     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 404           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 405             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 406
 407 (defun find-usty-tui (tui)
 408   "Find usty for tui"
 409   (with-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui (parse-tui tui) :single t)
 410     (make-instance 'usty :tui (parse-tui tui) :sty sty)))
 411
 412 (defun find-usty-sty (sty)
 413   "Find usty for a sty"
 414   (with-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 415     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 416
 417 (defun find-usty-all ()
 418   "Return list of usty's for all semantic types"
 419   (with-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 420     (find-usty-tui tui)))
 421
 422 (defun find-usab-all ()
 423   "Find usab for a key"
 424   (with-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil nil nil)
 425     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 426                    :rcui (ensure-integer rcui)
 427                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 428                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 429                    :srl (ensure-integer srl)
 430                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 431                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 432                    :curver curver :sabin sabin)))
 433
 434 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 435   "Find usab for a key"
 436   (with-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil key-name key :single t)
 437     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 438                    :rcui (ensure-integer rcui)
 439                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 440                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 441                    :srl (ensure-integer srl)
 442                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 443                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 444                    :curver curver :sabin sabin)))
 445
 446 (defun find-usab-rsab (rsab)
 447   "Find usab for rsab"
 448   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 449
 450 (defun find-usab-vsab (vsab)
 451   "Find usab for vsab"
 452   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 453
 454 (defun find-cui-max ()
 455   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 456
 457 ;;;; Cross table find functions
 458
 459 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 460   "Find list of ucon for tui"
 461   (with-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui (parse-tui tui) :lrl klrl
 462                              :order (cui asc))
 463     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 464
 465 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 466   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 467   (with-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 468                                      :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 469     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 470
 471 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 472   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 473   (with-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 474                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 475     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 476
 477 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 478   "Return list of ustrs that match word"
 479   (with-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word
 480                                 :lrl klrl
 481                                 :order (cui asc sui asc))
 482     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 483
 484 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 485   "Return list of ustrs that match word"
 486   (with-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 487                                  :order (cui asc sui asc))
 488     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 489
 490 ;; Special tables
 491
 492 (defun find-usrl-all ()
 493   (with-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 494     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 495
 496 ;;; Multiword lookup and score functions
 497
 498 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 499   "Return sorted list of ucon's that match a multiword string"
 500   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 501          (ucons '()))
 502     (dolist (word words)
 503       (setq ucons (append ucons (find-ucon-word word :srl srl))))
 504     (sort-score-ucon-str str (delete-duplicates ucons :test #'eql :key #'cui))))
 505
 506 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 507   "Return sorted list of ustr's that match a multiword string"
 508   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 509          (ustrs '()))
 510     (dolist (word words)
 511       (setq ustrs (append ustrs (find-ustr-word word :srl srl))))
 512     (sort-score-ustr-str str (delete-duplicates ustrs :test #'eql :key #'cui))))
 513
 514 (defun sort-score-ucon-str (str ucons)
 515   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 516   (sort-score-umlsclass-str ucons str #'pfstr))
 517
 518 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 519   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 520   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 521
 522 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 523   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 524   (let ((scored '()))
 525     (dolist (obj objs)
 526       (push
 527        (list obj
 528              (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 529        scored))
 530     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 531
 532 (defun score-multiword-match (s1 s2)
 533   "Score a match between two strings with s1 being reference string"
 534   (let* ((word-list-1 (delimited-string-to-list s1 #\space))
 535          (word-list-2 (delimited-string-to-list s2 #\space))
 536          (n1 (length word-list-1))
 537          (n2 (length word-list-2))
 538          (unmatched n1)
 539          (score 0)
 540          (nlong 0)
 541          (nshort 0)
 542          short-list long-list)
 543     (declare (fixnum n1 n2 nshort nlong score unmatched))
 544     (if (> n1 n2)
 545         (progn
 546           (setq nlong n1)
 547           (setq nshort n2)
 548           (setq long-list word-list-1)
 549           (setq short-list word-list-2))
 550       (progn
 551         (setq nlong n2)
 552         (setq nshort n1)
 553         (setq long-list word-list-2)
 554         (setq short-list word-list-1)))
 555     (decf score (- nlong nshort)) ;; reduce score for extra words
 556     (dotimes (iword nshort)
 557       (declare (fixnum iword))
 558       (kmrcl:aif (position (nth iword short-list) long-list :test #'string-equal)
 559            (progn
 560              (incf score (- 10 (abs (- kmrcl::it iword))))
 561              (decf unmatched))))
 562     (decf score (* 2 unmatched))
 563     score))
 564
 565
 566 ;;; LEX SQL functions
 567
 568 (defun find-lexterm-eui (eui)
 569   (with-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 570     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 571
 572 (defun find-lexterm-word (wrd)
 573   (with-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 574     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 575                    :wrd (copy-seq wrd))))
 576
 577 ;; LEX SQL Read functions
 578
 579 (defun find-labr-eui (eui)
 580   (with-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 581     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 582                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 583
 584 (defun find-labr-bas (bas)
 585   (with-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 586     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 587                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 588
 589 (defun find-lagr-eui (eui)
 590   (with-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 591     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 592                    :cit cit :bas bas)))
 593
 594 (defun find-lcmp-eui (eui)
 595   (with-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 596     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 597
 598 (defun find-lmod-eui (eui)
 599   (with-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
 600     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 601
 602 (defun find-lnom-eui (eui)
 603   (with-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
 604     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 605                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 606
 607 (defun find-lprn-eui (eui)
 608   (with-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
 609     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 610                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 611
 612 (defun find-lprp-eui (eui)
 613   (with-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
 614     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 615
 616 (defun find-lspl-eui (eui)
 617   (with-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
 618     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 619
 620 (defun find-ltrm-eui (eui)
 621   (with-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
 622     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 623
 624 (defun find-ltyp-eui (eui)
 625   (with-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
 626     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 627
 628 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 629   (make-instance 'lwd :wrd
 630                  :euilist (with-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 631                             (ensure-integer eui))))
 632
 633 ;;; Semantic Network SQL access functions
 634
 635 (defun find-sdef-ui (ui)
 636   (with-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 637                             nil ui ui :single t)
 638     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 639                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 640
 641 (defun find-sstre1-ui (ui)
 642   (with-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
 643     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 644                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 645
 646 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 647   (with-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
 648     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 649                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 650
 651 (defun find-sstr-rl (rl)
 652   (with-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
 653     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 654
 655 (defun find-sstre2-sty (sty)
 656   (with-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
 657     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 658
 659 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 660   (with-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
 661     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))