sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:        Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: sql-classes.lisp,v 1.19 2003/05/02 22:30:34 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package :umlisp)
  20 (declaim (optimize (compilation-speed 0) (debug 3)))
  21
  22
  23 (defvar *current-srl* nil)
  24 (defun current-srl ()
  25   *current-srl*)
  26 (defun current-srl! (srl)
  27   (setq *current-srl* srl))
  28
  29
  30 (defmacro with-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  31                                     &key (lrlname "KCUILRL") distinct single
  32                                     order like)
  33                              &body body)
  34   (let ((query (gensym)))
  35     `(unless (and ,where-name (not ,where-value))
  36       (let ((,query (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  37                                   :lrlname ,lrlname :single ,single :distinct ,distinct
  38                                   :order ,order :like ,like)))
  39         (if ,single
  40             (let ((tuple (car ,query)))
  41               (when tuple
  42                 (destructuring-bind ,fields tuple
  43                   ,@body)))
  44             (loop
  45              for tuple in ,query collect
  46              (destructuring-bind ,fields tuple
  47                ,@body)))))))
  48
  49 (defun umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  50                      &key (lrlname "KCUILRL") single distinct order like)
  51   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  52 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  53   (when (or (not where-name) where-value)
  54     (mutex-sql-query
  55      (query-string table fields srl where-name where-value
  56                    :lrlname lrlname :single single :distinct distinct :order order :like like))))
  57
  58
  59 (defun query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  60                      &key (lrlname "KCUILRL") single distinct order like)
  61   (let ((qs (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  62                     (if distinct "distinct " "")
  63                     fields table)))
  64     (when where-name
  65       (setq qs (concatenate 'string qs
  66                             (format nil
  67                                     (if (stringp where-value)
  68                                         (if like
  69                                             " where ~A like '%~A%'"
  70                                           " where ~A='~A'")
  71                                       " where ~A=~A")
  72                                     where-name  where-value))))
  73     (when srl
  74       (setq qs (concatenate 'string qs (format nil " and ~:@(~A~) <= ~D"
  75                                                lrlname srl))))
  76     (when order
  77       (setq qs (concatenate 'string qs
  78                             (format nil " order by ~{~:@(~A) ~A~^,~}"
  79                                     (flatten
  80                                      (loop for o in order
  81                                            collect
  82                                            (if (atom o)
  83                                                (list o  'asc)
  84                                                o)))))))
  85     (when single
  86       (setq qs (concatenate 'string qs " limit 1")))
  87     qs))
  88
  89 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
  90   "Find ucon for a cui"
  91   (with-umlisp-query ('mrcon (kpfstr kcuilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
  92     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
  93                    :pfstr kpfstr2
  94                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
  95
  96
  97 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
  98   "Find ucon for a cui"
  99   (with-umlisp-query ('mrcon (kcuilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
 100     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
 101                    :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 102                    :pfstr nil)))
 103
 104 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 105   "Find preferred string for a cui"
 106   (with-umlisp-query ('mrcon (kpfstr) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
 107     kpfstr))
 108
 109 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 110   "Find list of ucon for lui"
 111   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'lui (parse-lui lui) :distinct t)
 112     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 113                    :pfstr kpfstr
 114                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 115
 116 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 117   "Find list of ucon for sui"
 118   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'sui (parse-sui sui) :distinct t)
 119     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 120                    :pfstr kpfstr
 121                    :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 122
 123 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 124   "Find ucon for cui/sui"
 125   (when (and cui sui)
 126     (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'kcuisui
 127                                (make-cuisui (parse-cui cui) (parse-sui sui)))
 128       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 129                      :pfstr kpfstr
 130                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 131
 132 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 133   "Find ucon that are exact match for str"
 134   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'str str :distinct t)
 135     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 136                    :pfstr kpfstr
 137                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 138
 139 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 140   "Return list of all ucon's"
 141   (with-sql-connection (db)
 142     (clsql:map-query
 143      'list
 144      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 145          (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 146                         :pfstr pfstr
 147                         :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 148      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order '((cui asc)) :distinct t)
 149      :database db)))
 150
 151 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 152   "Map a function over all ucon's"
 153   (with-sql-connection (db)
 154     (clsql:map-query
 155      nil
 156      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 157          (funcall fn
 158                   (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 159                                  :pfstr pfstr
 160                                  :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 161      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order '((cui asc)) :distinct t)
 162      :database db)))
 163
 164
 165 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 166   "Return a list of udefs for cui"
 167   (with-umlisp-query ('mrdef (sab def) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KSRL")
 168     (make-instance 'udef :sab sab :def def)))
 169
 170 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 171   "Return a list of usty for cui"
 172   (with-umlisp-query ('mrsty (tui sty) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KLRL")
 173     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 174
 175 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 176   "Return a list of usty that match word"
 177   (with-umlisp-query ('mrsty (tui sty) srl 'sty word :lrlname 'klrl :like t :distinct t)
 178     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 179
 180 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 181   "Return a list of urel for cui"
 182   (with-umlisp-query ('mrrel (rel cui2 rela sab sl mg kpfstr2) srl 'cui1 (parse-cui cui) :lrlname "KSRL")
 183     (make-instance 'urel :cui1 (parse-cui cui) :rel rel :cui2 (ensure-integer cui2) :rela rela
 184                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 185
 186 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 187   "Return a list of urel for cui2"
 188   (with-umlisp-query ('mrrel (rel cui1 rela sab sl mg kpfstr2) srl 'cui2 (parse-cui cui2) :lrlname "KSRL")
 189     (make-instance 'urel :cui2 (parse-cui cui2) :rel rel :cui1 (ensure-integer cui1) :rela rela
 190                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2))))
 191
 192 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 193   (mapcar
 194    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 195    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))))
 196
 197 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 198   "Return a list of ucoc for cui"
 199   (with-umlisp-query ('mrcoc (cui2 soc cot cof coa kpfstr2) srl 'cui1 (parse-cui cui)
 200                              :lrlname "KSRL" :order '((cof asc)))
 201     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 202     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 203     (make-instance 'ucoc :cui1 (parse-cui cui) :cui2 (ensure-integer cui2) :soc soc :cot cot
 204                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 205
 206 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 207   "Return a list of ucoc for cui2"
 208   (with-umlisp-query ('mrcoc (cui1 soc cot cof coa kpfstr2) srl 'cui2 (parse-cui cui2)
 209                              :lrlname "KSRL" :order '((cof asc)))
 210     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 211     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 212     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 (parse-cui cui2) :soc soc :cot cot
 213                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 214
 215 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 216   "List of ucon with co-occurance cui2"
 217   (mapcar
 218    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 219    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 220
 221 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 222   "Return a list of ulo for cui"
 223   (with-umlisp-query ('mrlo (isn fr un sui sna soui) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KLRL")
 224     (make-instance 'ulo :isn isn :fr (ensure-integer fr) :un un :sui (ensure-integer sui) :sna sna
 225                    :soui soui)))
 226
 227 (defgeneric suistr (lo))
 228 (defmethod suistr ((lo ulo))
 229   "Return the string for a ulo object"
 230   (find-string-sui (sui lo)))
 231
 232 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 233   "Return a list of uatx for cui"
 234   (with-umlisp-query ('mratx (sab rel atx) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname 'ksrl)
 235     (make-instance 'uatx :sab sab :rel rel :atx atx)))
 236
 237
 238 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 239   "Return a list of uterm for cui"
 240   (with-umlisp-query ('mrcon (lui lat ts kluilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname 'kluilrl
 241                              :distinct t)
 242     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui (parse-cui cui)
 243                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer lrl))))
 244
 245 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 246   "Return a list of uterm for lui"
 247   (with-umlisp-query ('mrcon (cui lat ts kluilrl) srl 'lui (parse-lui lui)
 248                              :lrlname 'kluilrl :distinct t)
 249     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui (parse-lui lui)
 250                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 251
 252
 253 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 254   "Return single uterm for cui/lui"
 255   (with-umlisp-query ('mrcon (lat ts kluilrl) srl 'kcuilui
 256                              (make-cuilui (parse-cui cui) (parse-lui lui))
 257                              :lrlname 'kluilrl :single t)
 258     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl)))))
 259
 260 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 261   "Return a list of ustr for cui/lui"
 262   (with-umlisp-query ('mrcon (sui stt str lrl) srl 'kcuilui (make-cuilui cui lui) :lrlname 'lrl)
 263     (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 264                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str
 265                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 266
 267 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 268   "Return the single ustr for cuisui"
 269   (with-umlisp-query ('mrcon (lui stt str lrl) srl 'kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrlname 'lrl :single t)
 270     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 271                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :lrl (ensure-integer lrl))))
 272
 273 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 274   "Return the list of ustr for sui"
 275   (with-umlisp-query ('mrcon (cui lui stt str lrl) srl 'sui (parse-sui sui) :lrlname 'lrl)
 276     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 277                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) (parse-sui sui))
 278                    :lui (ensure-integer lui)
 279                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 280
 281 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 282   "Return the list of ustr for sab"
 283   (with-umlisp-query ('mrso '(kcuisui) srl 'sab sab :lrlname 'srl)
 284     (let ((cuisui (ensure-integer (car tuple))))
 285       (apply #'find-ustr-cuisui
 286              (append
 287               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui)) (list :srl srl))))))
 288
 289 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 290   "Return list of all ustr's"
 291     (with-sql-connection (db)
 292       (clsql:map-query
 293        'list
 294        #'(lambda (cui lui sui stt lrl pfstr)
 295            (setq cui (ensure-integer cui))
 296            (setq lui (ensure-integer lui))
 297            (setq sui (ensure-integer sui))
 298            (setq lrl (ensure-integer lrl))
 299            (make-instance 'ustr :cui cui
 300                           :lui lui
 301                           :sui sui
 302                           :cuisui (make-cuisui cui sui)
 303                           :stt stt
 304                           :lrl lrl
 305                           :str pfstr))
 306        (query-string 'mrcon '(cui lui sui stt lrl kpfstr) srl nil nil :lrlname 'lrl :distinct t
 307                      :order '((sui asc)))
 308        :database db)))
 309
 310 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 311   "Return the string associated with sui"
 312   (with-umlisp-query ('mrcon '(str) srl 'sui sui :lrlname 'lrl :single t)
 313     (car tuple)))
 314
 315 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 316   (with-umlisp-query ('mrso (sab code srl tty) srl 'kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrlname 'srl)
 317       (make-instance 'uso :sab sab :code code :srl srl :tty tty)))
 318
 319 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 320   (with-umlisp-query ('mrcxt (sab code cxn cxl rnk cxs cui2 hcd rela cx) srl 'kcuisui
 321                              (make-cuisui cui sui) :lrlname 'ksrl)
 322     (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 323                    :cxn (ensure-integer cxn)
 324                    :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd :rela rela :xc xc
 325                    :rnk (ensure-integer rnk)
 326                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 327
 328 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 329   (let ((ls (format nil "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where ")))
 330     (cond
 331       (sui (string-append ls (format nil "KCUISUI=~d" (make-cuisui cui sui))))
 332       (lui (string-append ls (format nil "KCUILUI=~d and sui=0" (make-cuilui cui lui))))
 333       (t (string-append ls (format nil "cui=~d and lui=0 and sui=0" cui))))
 334     (when srl
 335       (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 336     (let ((usats '()))
 337       (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 338         (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 339           (push (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)
 340                 usats)))
 341       (nreverse usats))))
 342
 343
 344 (defun find-usty-tui (tui)
 345   "Find usty for tui"
 346   (with-umlisp-query ('mrsty (sty) nil 'tui (parse-tui tui) :single t)
 347     (make-instance 'usty :tui (parse-tui tui) :sty sty)))
 348
 349 (defun find-usty-sty (sty)
 350   "Find usty for a sty"
 351   (with-umlisp-query ('mrsty (tui) nil 'sty sty :single t)
 352     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 353
 354 (defun find-usty-all ()
 355   "Return list of usty's for all semantic types"
 356   (with-umlisp-query ('mrsty '(tui) nil nil nil :distinct t)
 357     (find-usty-tui tui)))
 358
 359 (defun find-usab-all ()
 360   "Find usab for a key"
 361   (with-umlisp-query ('mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil nil nil)
 362     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 363                    :rcui (ensure-integer rcui)
 364                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 365                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 366                    :srl (ensure-integer srl)
 367                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 368                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 369                    :curver curver :sabin sabin)))
 370
 371 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 372   "Find usab for a key"
 373   (with-umlisp-query ('mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil key-name key :single t)
 374     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 375                    :rcui (ensure-integer rcui)
 376                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 377                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 378                    :srl (ensure-integer srl)
 379                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 380                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 381                    :curver curver :sabin sabin)))
 382
 383 (defun find-usab-rsab (rsab)
 384   "Find usab for rsab"
 385   (find-usab-by-key "RSAB" rsab))
 386
 387 (defun find-usab-vsab (vsab)
 388   "Find usab for vsab"
 389   (find-usab-by-key "VSAB" vsab))
 390
 391 (defun find-cui-max ()
 392   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 393
 394 ;;;; Cross table find functions
 395
 396 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 397   "Find list of ucon for tui"
 398   (with-umlisp-query ('mrsty (cui) srl 'tui (parse-tui tui) :lrlname 'klrl :order '((cui asc)))
 399     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 400
 401 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 402   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 403   (with-umlisp-query ('mrxw_eng (cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 404                                 :lrlname 'klrl :order '((cui asc)))
 405     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 406
 407 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 408   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 409   (with-umlisp-query ('mrxnw_eng (cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 410                                 :lrlname 'klrl :order '((cui asc)))
 411     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 412
 413 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 414   "Return list of ustrs that match word"
 415   (with-umlisp-query ('mrxw_eng (cui sui) srl 'wd word
 416                                 :lrlname 'klrl
 417                                 :order '((cui asc) (sui asc)))
 418     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 419
 420 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 421   "Return list of ustrs that match word"
 422   (with-umlisp-query ('mrxnw_eng (cui sui) srl 'nwd word :lrlname 'klrl
 423                                  :order '((cui asc) (sui asc)))
 424     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 425
 426 ;; Special tables
 427
 428 (defun find-usrl-all ()
 429   (with-umlisp-query ('usrl (sab srl) nil nil nil :order '((sab asc))
 430     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl)) usrls))
 431
 432 ;;; Multiword lookup and score functions
 433
 434 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 435   "Return sorted list of ucon's that match a multiword string"
 436   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 437          (ucons '()))
 438     (dolist (word words)
 439       (setq ucons (append ucons (find-ucon-word word :srl srl))))
 440     (sort-score-ucon-str str (delete-duplicates ucons :test #'eql :key #'cui))))
 441
 442 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 443   "Return sorted list of ustr's that match a multiword string"
 444   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 445          (ustrs '()))
 446     (dolist (word words)
 447       (setq ustrs (append ustrs (find-ustr-word word :srl srl))))
 448     (sort-score-ustr-str str (delete-duplicates ustrs :test #'eql :key #'cui))))
 449
 450 (defun sort-score-ucon-str (str ucons)
 451   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 452   (sort-score-umlsclass-str ucons str #'pfstr))
 453
 454 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 455   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 456   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 457
 458 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 459   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 460   (let ((scored '()))
 461     (dolist (obj objs)
 462       (push
 463        (list obj
 464              (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 465        scored))
 466     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 467
 468 (defun score-multiword-match (s1 s2)
 469   "Score a match between two strings with s1 being reference string"
 470   (let* ((word-list-1 (delimited-string-to-list s1 #\space))
 471          (word-list-2 (delimited-string-to-list s2 #\space))
 472          (n1 (length word-list-1))
 473          (n2 (length word-list-2))
 474          (unmatched n1)
 475          (score 0)
 476          (nlong 0)
 477          (nshort 0)
 478          short-list long-list)
 479     (declare (fixnum n1 n2 nshort nlong score unmatched))
 480     (if (> n1 n2)
 481         (progn
 482           (setq nlong n1)
 483           (setq nshort n2)
 484           (setq long-list word-list-1)
 485           (setq short-list word-list-2))
 486       (progn
 487         (setq nlong n2)
 488         (setq nshort n1)
 489         (setq long-list word-list-2)
 490         (setq short-list word-list-1)))
 491     (decf score (- nlong nshort)) ;; reduce score for extra words
 492     (dotimes (iword nshort)
 493       (declare (fixnum iword))
 494       (kmrcl:aif (position (nth iword short-list) long-list :test #'string-equal)
 495            (progn
 496              (incf score (- 10 (abs (- kmrcl::it iword))))
 497              (decf unmatched))))
 498     (decf score (* 2 unmatched))
 499     score))
 500
 501
 502 ;;; LEX SQL functions
 503
 504 (defun find-lexterm-eui (eui)
 505   (with-umlisp-query ('lrwd (wrd) nil 'eui eui :single t)
 506     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 507
 508 (defun find-lexterm-word (wrd)
 509   (with-umlisp-query ('lrwd (eui) nil 'wrd wrd)
 510     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 511                    :wrd (copy-seq wrd))))
 512
 513 ;; LEX SQL Read functions
 514
 515 (defun find-labr-eui (eui)
 516   (with-umlisp-query ('lrabr (bas abr eui2 bas2) nil 'eui eui)
 517     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 518                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 519
 520 (defun find-labr-bas (bas)
 521   (with-umlisp-query ('labr (eui abr eui2 bas2) nil 'bas bas)
 522     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 523                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 524
 525 (defun find-lagr-eui (eui)
 526   (with-umlisp-query ('lragr (str sca agr cit bas) nil 'eui eui)
 527     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 528                    :cit cit :bas bas)))
 529
 530 (defun find-lcmp-eui (eui)
 531   (with-umlisp-query ('lrcmp (bas sca com) nil 'eui eui)
 532     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 533
 534 (defun find-lmod-eui (eui)
 535   (with-umlisp-query ('lrmod (bas sca psn_mod fea) nil 'eui eui)
 536     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psnmod :fea fea)))
 537
 538 (defun find-lnom-eui (eui)
 539   (with-umlisp-query ('lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil 'eui eui)
 540     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 541                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 542
 543 (defun find-lprn-eui (eui)
 544   (with-umlisp-query ('lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil 'eui eui)
 545     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 546                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 547
 548 (defun find-lprp-eui (eui)
 549   (with-umlisp-query ('lrprp (bas str sca fea) nil 'eui eui)
 550     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 551
 552 (defun find-lspl-eui (eui)
 553   (with-umlisp-query ('lrspl (spv bas) nil 'eui eui)
 554     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 555
 556 (defun find-ltrm-eui (eui)
 557   (with-umlisp-query ('lrtrm (bas gen) nil 'eui eui)
 558     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 559
 560 (defun find-ltyp-eui (eui)
 561   (with-umlisp-query ('lrtyp (bas sca typ) nil 'eui eui)
 562     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 563
 564 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 565   (make-instance 'lwd :wrd
 566                  :euilist (with-umlisp-query ('lrwd (eui) nil 'wrd wrd)
 567                             (ensure-integer eui))))
 568
 569 ;;; Semantic Network SQL access functions
 570
 571 (defun find-sdef-ui (ui)
 572   (with-umlisp-query ('srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 573                              nil 'ui ui :single t)
 574     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl styrl :stnrtn stnrtn
 575                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 576
 577 (defun find-sstre1-ui (ui)
 578   (with-umlisp-query ('srstre1 (ui2 ui3) nil 'ui ui)
 579     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 580                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 581
 582 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 583   (with-umlisp-query ('srstre1 (ui ui3) nil 'ui2 ui2)
 584     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 585                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 586
 587 (defun find-sstr-rl (rl)
 588   (with-umlisp-query ('srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil 'rl rl)
 589     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl styrl :styrl2 styrl2 :ls ls)))
 590
 591 (defun find-sstre2-sty (sty)
 592   (with-umlisp-query ('srstre2 (rl sty2) nil 'sty sty)
 593     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 594
 595 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 596   (with-umlisp-query ('srstr (rl sty_rl2 ls) nil 'styrl styrl)
 597     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 styrl2 :ls ls)))