sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:        Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: sql-classes.lisp,v 1.20 2003/05/03 00:27:30 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package :umlisp)
  20 (declaim (optimize (compilation-speed 0) (debug 3)))
  21
  22
  23 (defvar *current-srl* nil)
  24 (defun current-srl ()
  25   *current-srl*)
  26 (defun current-srl! (srl)
  27   (setq *current-srl* srl))
  28
  29
  30 (defmacro with-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  31                                     &key (lrlname "KCUILRL") distinct single
  32                                     order like)
  33                              &body body)
  34   (let ((query (gensym)))
  35     `(unless (and ,where-name (not ,where-value))
  36       (let ((,query (umlisp-query ,table (quote ,fields) ,srl ,where-name ,where-value
  37                                   :lrlname ,lrlname :single ,single :distinct ,distinct
  38                                   :order ,order :like ,like)))
  39         (if ,single
  40             (let ((tuple (car ,query)))
  41               (when tuple
  42                 (destructuring-bind ,fields tuple
  43                   ,@body)))
  44             (loop
  45              for tuple in ,query collect
  46              (destructuring-bind ,fields tuple
  47                ,@body)))))))
  48
  49 (defun umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  50                      &key (lrlname "KCUILRL") single distinct order like)
  51   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  52 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  53   (when (or (not where-name) where-value)
  54     (mutex-sql-query
  55      (query-string table fields srl where-name where-value
  56                    :lrlname lrlname :single single :distinct distinct :order order :like like))))
  57
  58
  59 (defun query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  60                      &key (lrlname "KCUILRL") single distinct order like)
  61   (let ((qs (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  62                     (if distinct "distinct " "")
  63                     fields table)))
  64     (when where-name
  65       (setq qs (concatenate 'string qs
  66                             (format nil
  67                                     (if (stringp where-value)
  68                                         (if like
  69                                             " where ~A like '%~A%'"
  70                                           " where ~A='~A'")
  71                                       " where ~A=~A")
  72                                     where-name  where-value))))
  73     (when srl
  74       (setq qs (concatenate 'string qs (format nil " and ~:@(~A~) <= ~D"
  75                                                lrlname srl))))
  76     (when order
  77       (setq qs (concatenate 'string qs
  78                             (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  79                                     (flatten
  80                                      (loop for o in order collect
  81                                            (if (atom o)
  82                                                (list o  'asc)
  83                                                (list (car o) (cdr o)))))))))
  84     (when single
  85       (setq qs (concatenate 'string qs " limit 1")))
  86     qs))
  87
  88 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
  89   "Find ucon for a cui"
  90   (with-umlisp-query ('mrcon (kpfstr kcuilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
  91     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
  92                    :pfstr kpfstr
  93                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
  94
  95
  96 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
  97   "Find ucon for a cui"
  98   (with-umlisp-query ('mrcon (kcuilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
  99     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
 100                    :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 101                    :pfstr nil)))
 102
 103 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 104   "Find preferred string for a cui"
 105   (with-umlisp-query ('mrcon (kpfstr) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
 106     kpfstr))
 107
 108 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 109   "Find list of ucon for lui"
 110   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'lui (parse-lui lui) :distinct t)
 111     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 112                    :pfstr kpfstr
 113                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 114
 115 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 116   "Find list of ucon for sui"
 117   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'sui (parse-sui sui) :distinct t)
 118     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 119                    :pfstr kpfstr
 120                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 121
 122 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 123   "Find ucon for cui/sui"
 124   (when (and cui sui)
 125     (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'kcuisui
 126                                (make-cuisui (parse-cui cui) (parse-sui sui)))
 127       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 128                      :pfstr kpfstr
 129                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 130
 131 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 132   "Find ucon that are exact match for str"
 133   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'str str :distinct t)
 134     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 135                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 136
 137 (defun f2 (&key (srl *current-srl*))
 138   "Return list of all ucon's"
 139   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil)
 140     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 141                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 142
 143 (defun f1 (&key (srl *current-srl*))
 144   "Return list of all ucon's"
 145   (with-sql-connection (db)
 146     (clsql:map-query
 147      'list
 148      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 149          (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 150                         :pfstr pfstr
 151                         :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 152      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil)
 153      :database db)))
 154
 155 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 156   "Return list of all ucon's"
 157   (with-sql-connection (db)
 158     (clsql:map-query
 159      'list
 160      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 161          (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 162                         :pfstr pfstr
 163                         :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 164      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil
 165                    :order '((cui . asc)) :distinct t)
 166      :database db)))
 167
 168 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 169   "Map a function over all ucon's"
 170   (with-sql-connection (db)
 171     (clsql:map-query
 172      nil
 173      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 174          (funcall fn
 175                   (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 176                                  :pfstr pfstr
 177                                  :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 178      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order '((cui . asc)) :distinct t)
 179      :database db)))
 180
 181
 182 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 183   "Return a list of udefs for cui"
 184   (with-umlisp-query ('mrdef (sab def) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KSRL")
 185     (make-instance 'udef :sab sab :def def)))
 186
 187 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 188   "Return a list of usty for cui"
 189   (with-umlisp-query ('mrsty (tui sty) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KLRL")
 190     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 191
 192 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 193   "Return a list of usty that match word"
 194   (with-umlisp-query ('mrsty (tui sty) srl 'sty word :lrlname 'klrl :like t :distinct t)
 195     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 196
 197 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 198   "Return a list of urel for cui"
 199   (with-umlisp-query ('mrrel (rel cui2 rela sab sl mg kpfstr2) srl 'cui1 (parse-cui cui) :lrlname "KSRL")
 200     (make-instance 'urel :cui1 (parse-cui cui) :rel rel :cui2 (ensure-integer cui2) :rela rela
 201                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 202
 203 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 204   "Return a list of urel for cui2"
 205   (with-umlisp-query ('mrrel (rel cui1 rela sab sl mg kpfstr2) srl 'cui2 (parse-cui cui2) :lrlname "KSRL")
 206     (make-instance 'urel :cui2 (parse-cui cui2) :rel rel :cui1 (ensure-integer cui1) :rela rela
 207                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 208
 209 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 210   (mapcar
 211    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 212    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))))
 213
 214 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 215   "Return a list of ucoc for cui"
 216   (with-umlisp-query ('mrcoc (cui2 soc cot cof coa kpfstr2) srl 'cui1 (parse-cui cui)
 217                              :lrlname "KSRL" :order '((cof . asc)))
 218     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 219     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 220     (make-instance 'ucoc :cui1 (parse-cui cui) :cui2 (ensure-integer cui2) :soc soc :cot cot
 221                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 222
 223 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 224   "Return a list of ucoc for cui2"
 225   (with-umlisp-query ('mrcoc (cui1 soc cot cof coa kpfstr2) srl 'cui2 (parse-cui cui2)
 226                              :lrlname "KSRL" :order '((cof . asc)))
 227     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 228     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 229     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 (parse-cui cui2) :soc soc :cot cot
 230                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 231
 232 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 233   "List of ucon with co-occurance cui2"
 234   (mapcar
 235    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 236    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 237
 238 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 239   "Return a list of ulo for cui"
 240   (with-umlisp-query ('mrlo (isn fr un sui sna soui) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KLRL")
 241     (make-instance 'ulo :isn isn :fr (ensure-integer fr) :un un :sui (ensure-integer sui) :sna sna
 242                    :soui soui)))
 243
 244 (defgeneric suistr (lo))
 245 (defmethod suistr ((lo ulo))
 246   "Return the string for a ulo object"
 247   (find-string-sui (sui lo)))
 248
 249 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 250   "Return a list of uatx for cui"
 251   (with-umlisp-query ('mratx (sab rel atx) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname 'ksrl)
 252     (make-instance 'uatx :sab sab :rel rel :atx atx)))
 253
 254
 255 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 256   "Return a list of uterm for cui"
 257   (with-umlisp-query ('mrcon (lui lat ts kluilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname 'kluilrl
 258                              :distinct t)
 259     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui (parse-cui cui)
 260                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 261
 262 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 263   "Return a list of uterm for lui"
 264   (with-umlisp-query ('mrcon (cui lat ts kluilrl) srl 'lui (parse-lui lui)
 265                              :lrlname 'kluilrl :distinct t)
 266     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui (parse-lui lui)
 267                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 268
 269 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 270   "Return single uterm for cui/lui"
 271   (with-umlisp-query ('mrcon (lat ts kluilrl) srl 'kcuilui
 272                              (make-cuilui (parse-cui cui) (parse-lui lui))
 273                              :lrlname 'kluilrl :single t)
 274     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 275
 276 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 277   "Return a list of ustr for cui/lui"
 278   (with-umlisp-query ('mrcon (sui stt str lrl) srl 'kcuilui (make-cuilui cui lui) :lrlname 'lrl)
 279     (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 280                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str
 281                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 282
 283 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 284   "Return the single ustr for cuisui"
 285   (with-umlisp-query ('mrcon (lui stt str lrl) srl 'kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrlname 'lrl :single t)
 286     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 287                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :lrl (ensure-integer lrl))))
 288
 289 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 290   "Return the list of ustr for sui"
 291   (with-umlisp-query ('mrcon (cui lui stt str lrl) srl 'sui (parse-sui sui) :lrlname 'lrl)
 292     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 293                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) (parse-sui sui))
 294                    :lui (ensure-integer lui)
 295                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 296
 297 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 298   "Return the list of ustr for sab"
 299   (with-umlisp-query ('mrso (kcuisui) srl 'sab sab :lrlname 'srl)
 300     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 301       (apply #'find-ustr-cuisui
 302              (append
 303               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui)) (list :srl srl))))))
 304
 305 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 306   "Return list of all ustr's"
 307     (with-sql-connection (db)
 308       (clsql:map-query
 309        'list
 310        #'(lambda (cui lui sui stt lrl pfstr)
 311            (setq cui (ensure-integer cui))
 312            (setq lui (ensure-integer lui))
 313            (setq sui (ensure-integer sui))
 314            (setq lrl (ensure-integer lrl))
 315            (make-instance 'ustr :cui cui
 316                           :lui lui
 317                           :sui sui
 318                           :cuisui (make-cuisui cui sui)
 319                           :stt stt
 320                           :lrl lrl
 321                           :str pfstr))
 322        (query-string 'mrcon '(cui lui sui stt lrl kpfstr) srl nil nil :lrlname 'lrl :distinct t
 323                      :order '((sui . asc)))
 324        :database db)))
 325
 326 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 327   "Return the string associated with sui"
 328   (with-umlisp-query ('mrcon (str) srl 'sui sui :lrlname 'lrl :single t)
 329     str))
 330
 331 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 332   (with-umlisp-query ('mrso (sab code srl tty) srl 'kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrlname 'srl)
 333       (make-instance 'uso :sab sab :code code :srl srl :tty tty)))
 334
 335 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 336   (with-umlisp-query ('mrcxt (sab code cxn cxl rnk cxs cui2 hcd rela xc) srl 'kcuisui
 337                              (make-cuisui cui sui) :lrlname 'ksrl)
 338     (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 339                    :cxn (ensure-integer cxn)
 340                    :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd :rela rela :xc xc
 341                    :rnk (ensure-integer rnk)
 342                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 343
 344 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 345   (let ((ls (format nil "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where ")))
 346     (cond
 347       (sui (string-append ls (format nil "KCUISUI=~d" (make-cuisui cui sui))))
 348       (lui (string-append ls (format nil "KCUILUI=~d and sui=0" (make-cuilui cui lui))))
 349       (t (string-append ls (format nil "cui=~d and lui=0 and sui=0" cui))))
 350     (when srl
 351       (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 352     (let ((usats '()))
 353       (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 354         (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 355           (push (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)
 356                 usats)))
 357       (nreverse usats))))
 358
 359
 360 (defun find-usty-tui (tui)
 361   "Find usty for tui"
 362   (with-umlisp-query ('mrsty (sty) nil 'tui (parse-tui tui) :single t)
 363     (make-instance 'usty :tui (parse-tui tui) :sty sty)))
 364
 365 (defun find-usty-sty (sty)
 366   "Find usty for a sty"
 367   (with-umlisp-query ('mrsty (tui) nil 'sty sty :single t)
 368     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 369
 370 (defun find-usty-all ()
 371   "Return list of usty's for all semantic types"
 372   (with-umlisp-query ('mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 373     (find-usty-tui tui)))
 374
 375 (defun find-usab-all ()
 376   "Find usab for a key"
 377   (with-umlisp-query ('mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil nil nil)
 378     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 379                    :rcui (ensure-integer rcui)
 380                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 381                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 382                    :srl (ensure-integer srl)
 383                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 384                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 385                    :curver curver :sabin sabin)))
 386
 387 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 388   "Find usab for a key"
 389   (with-umlisp-query ('mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil key-name key :single t)
 390     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 391                    :rcui (ensure-integer rcui)
 392                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 393                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 394                    :srl (ensure-integer srl)
 395                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 396                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 397                    :curver curver :sabin sabin)))
 398
 399 (defun find-usab-rsab (rsab)
 400   "Find usab for rsab"
 401   (find-usab-by-key "RSAB" rsab))
 402
 403 (defun find-usab-vsab (vsab)
 404   "Find usab for vsab"
 405   (find-usab-by-key "VSAB" vsab))
 406
 407 (defun find-cui-max ()
 408   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 409
 410 ;;;; Cross table find functions
 411
 412 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 413   "Find list of ucon for tui"
 414   (with-umlisp-query ('mrsty (cui) srl 'tui (parse-tui tui) :lrlname 'klrl :order '((cui . asc)))
 415     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 416
 417 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 418   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 419   (with-umlisp-query ('mrxw_eng (cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 420                                 :lrlname 'klrl :order '((cui . asc)))
 421     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 422
 423 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 424   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 425   (with-umlisp-query ('mrxnw_eng (cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 426                                 :lrlname 'klrl :order '((cui . asc)))
 427     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 428
 429 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 430   "Return list of ustrs that match word"
 431   (with-umlisp-query ('mrxw_eng (cui sui) srl 'wd word
 432                                 :lrlname 'klrl
 433                                 :order '((cui . asc) (sui . asc)))
 434     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 435
 436 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 437   "Return list of ustrs that match word"
 438   (with-umlisp-query ('mrxnw_eng (cui sui) srl 'nwd word :lrlname 'klrl
 439                                  :order '((cui . asc) (sui . asc)))
 440     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 441
 442 ;; Special tables
 443
 444 (defun find-usrl-all ()
 445   (with-umlisp-query ('usrl (sab srl) nil nil nil :order '((sab . asc)))
 446     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 447
 448 ;;; Multiword lookup and score functions
 449
 450 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 451   "Return sorted list of ucon's that match a multiword string"
 452   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 453          (ucons '()))
 454     (dolist (word words)
 455       (setq ucons (append ucons (find-ucon-word word :srl srl))))
 456     (sort-score-ucon-str str (delete-duplicates ucons :test #'eql :key #'cui))))
 457
 458 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 459   "Return sorted list of ustr's that match a multiword string"
 460   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 461          (ustrs '()))
 462     (dolist (word words)
 463       (setq ustrs (append ustrs (find-ustr-word word :srl srl))))
 464     (sort-score-ustr-str str (delete-duplicates ustrs :test #'eql :key #'cui))))
 465
 466 (defun sort-score-ucon-str (str ucons)
 467   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 468   (sort-score-umlsclass-str ucons str #'pfstr))
 469
 470 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 471   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 472   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 473
 474 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 475   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 476   (let ((scored '()))
 477     (dolist (obj objs)
 478       (push
 479        (list obj
 480              (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 481        scored))
 482     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 483
 484 (defun score-multiword-match (s1 s2)
 485   "Score a match between two strings with s1 being reference string"
 486   (let* ((word-list-1 (delimited-string-to-list s1 #\space))
 487          (word-list-2 (delimited-string-to-list s2 #\space))
 488          (n1 (length word-list-1))
 489          (n2 (length word-list-2))
 490          (unmatched n1)
 491          (score 0)
 492          (nlong 0)
 493          (nshort 0)
 494          short-list long-list)
 495     (declare (fixnum n1 n2 nshort nlong score unmatched))
 496     (if (> n1 n2)
 497         (progn
 498           (setq nlong n1)
 499           (setq nshort n2)
 500           (setq long-list word-list-1)
 501           (setq short-list word-list-2))
 502       (progn
 503         (setq nlong n2)
 504         (setq nshort n1)
 505         (setq long-list word-list-2)
 506         (setq short-list word-list-1)))
 507     (decf score (- nlong nshort)) ;; reduce score for extra words
 508     (dotimes (iword nshort)
 509       (declare (fixnum iword))
 510       (kmrcl:aif (position (nth iword short-list) long-list :test #'string-equal)
 511            (progn
 512              (incf score (- 10 (abs (- kmrcl::it iword))))
 513              (decf unmatched))))
 514     (decf score (* 2 unmatched))
 515     score))
 516
 517
 518 ;;; LEX SQL functions
 519
 520 (defun find-lexterm-eui (eui)
 521   (with-umlisp-query ('lrwd (wrd) nil 'eui eui :single t)
 522     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 523
 524 (defun find-lexterm-word (wrd)
 525   (with-umlisp-query ('lrwd (eui) nil 'wrd wrd)
 526     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 527                    :wrd (copy-seq wrd))))
 528
 529 ;; LEX SQL Read functions
 530
 531 (defun find-labr-eui (eui)
 532   (with-umlisp-query ('lrabr (bas abr eui2 bas2) nil 'eui eui)
 533     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 534                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 535
 536 (defun find-labr-bas (bas)
 537   (with-umlisp-query ('labr (eui abr eui2 bas2) nil 'bas bas)
 538     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 539                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 540
 541 (defun find-lagr-eui (eui)
 542   (with-umlisp-query ('lragr (str sca agr cit bas) nil 'eui eui)
 543     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 544                    :cit cit :bas bas)))
 545
 546 (defun find-lcmp-eui (eui)
 547   (with-umlisp-query ('lrcmp (bas sca com) nil 'eui eui)
 548     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 549
 550 (defun find-lmod-eui (eui)
 551   (with-umlisp-query ('lrmod (bas sca psn_mod fea) nil 'eui eui)
 552     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 553
 554 (defun find-lnom-eui (eui)
 555   (with-umlisp-query ('lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil 'eui eui)
 556     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 557                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 558
 559 (defun find-lprn-eui (eui)
 560   (with-umlisp-query ('lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil 'eui eui)
 561     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 562                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 563
 564 (defun find-lprp-eui (eui)
 565   (with-umlisp-query ('lrprp (bas str sca fea) nil 'eui eui)
 566     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 567
 568 (defun find-lspl-eui (eui)
 569   (with-umlisp-query ('lrspl (spv bas) nil 'eui eui)
 570     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 571
 572 (defun find-ltrm-eui (eui)
 573   (with-umlisp-query ('lrtrm (bas gen) nil 'eui eui)
 574     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 575
 576 (defun find-ltyp-eui (eui)
 577   (with-umlisp-query ('lrtyp (bas sca typ) nil 'eui eui)
 578     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 579
 580 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 581   (make-instance 'lwd :wrd
 582                  :euilist (with-umlisp-query ('lrwd (eui) nil 'wrd wrd)
 583                             (ensure-integer eui))))
 584
 585 ;;; Semantic Network SQL access functions
 586
 587 (defun find-sdef-ui (ui)
 588   (with-umlisp-query ('srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 589                              nil 'ui ui :single t)
 590     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 591                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 592
 593 (defun find-sstre1-ui (ui)
 594   (with-umlisp-query ('srstre1 (ui2 ui3) nil 'ui ui)
 595     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 596                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 597
 598 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 599   (with-umlisp-query ('srstre1 (ui ui3) nil 'ui2 ui2)
 600     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 601                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 602
 603 (defun find-sstr-rl (rl)
 604   (with-umlisp-query ('srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil 'rl rl)
 605     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 606
 607 (defun find-sstre2-sty (sty)
 608   (with-umlisp-query ('srstre2 (rl sty2) nil 'sty sty)
 609     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 610
 611 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 612   (with-umlisp-query ('srstr (rl sty_rl2 ls) nil 'styrl styrl)
 613     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))