sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:        Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: sql-classes.lisp,v 1.21 2003/05/03 17:10:08 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package :umlisp)
  20 (declaim (optimize (compilation-speed 0) (debug 3)))
  21
  22
  23 (defvar *current-srl* nil)
  24 (defun current-srl ()
  25   *current-srl*)
  26 (defun current-srl! (srl)
  27   (setq *current-srl* srl))
  28
  29
  30 (defmacro with-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  31                                     &key (lrlname "KCUILRL") distinct single
  32                                     order like)
  33                              &body body)
  34   (let ((query (gensym)))
  35     `(unless (and ,where-name (not ,where-value))
  36       (let ((,query (umlisp-query ,table (quote ,fields) ,srl ,where-name ,where-value
  37                                   :lrlname ,lrlname :single ,single :distinct ,distinct
  38                                   :order ,order :like ,like)))
  39         (if ,single
  40             (let ((tuple (car ,query)))
  41               (when tuple
  42                 (destructuring-bind ,fields tuple
  43                   ,@body)))
  44             (loop
  45              for tuple in ,query collect
  46              (destructuring-bind ,fields tuple
  47                ,@body)))))))
  48
  49 (defun umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  50                      &key (lrlname "KCUILRL") single distinct order like)
  51   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  52 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  53   (when (or (not where-name) where-value)
  54     (mutex-sql-query
  55      (query-string table fields srl where-name where-value
  56                    :lrlname lrlname :single single :distinct distinct :order order :like like))))
  57
  58
  59 (defun query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  60                      &key (lrlname "KCUILRL") single distinct order like)
  61   (let ((qs (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  62                     (if distinct "distinct " "")
  63                     fields table)))
  64     (when where-name
  65       (setq qs (concatenate 'string qs
  66                             (format nil
  67                                     (if (stringp where-value)
  68                                         (if like
  69                                             " where ~A like '%~A%'"
  70                                           " where ~A='~A'")
  71                                       " where ~A=~A")
  72                                     where-name  where-value))))
  73     (when srl
  74       (setq qs (concatenate 'string qs (format nil " and ~:@(~A~) <= ~D"
  75                                                lrlname srl))))
  76     (when order
  77       (setq qs (concatenate 'string qs
  78                             (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  79                                     (flatten
  80                                      (loop for o in order collect
  81                                            (if (atom o)
  82                                                (list o  'asc)
  83                                                (list (car o) (cdr o)))))))))
  84     (when single
  85       (setq qs (concatenate 'string qs " limit 1")))
  86     qs))
  87
  88 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
  89   "Find ucon for a cui"
  90   (with-umlisp-query ('mrcon (kpfstr kcuilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
  91     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
  92                    :pfstr kpfstr
  93                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
  94
  95
  96 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
  97   "Find ucon for a cui"
  98   (with-umlisp-query ('mrcon (kcuilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
  99     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
 100                    :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 101                    :pfstr nil)))
 102
 103 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 104   "Find preferred string for a cui"
 105   (with-umlisp-query ('mrcon (kpfstr) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
 106     kpfstr))
 107
 108 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 109   "Find list of ucon for lui"
 110   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'lui (parse-lui lui) :distinct t)
 111     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 112                    :pfstr kpfstr
 113                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 114
 115 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 116   "Find list of ucon for sui"
 117   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'sui (parse-sui sui) :distinct t)
 118     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 119                    :pfstr kpfstr
 120                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 121
 122 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 123   "Find ucon for cui/sui"
 124   (when (and cui sui)
 125     (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'kcuisui
 126                                (make-cuisui (parse-cui cui) (parse-sui sui)))
 127       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 128                      :pfstr kpfstr
 129                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 130
 131 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 132   "Find ucon that are exact match for str"
 133   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'str str :distinct t)
 134     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 135                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 136
 137 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 138   "Return list of all ucon's"
 139   (with-sql-connection (db)
 140     (clsql:map-query
 141      'list
 142      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 143          (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 144                         :pfstr pfstr
 145                         :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 146      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil
 147                    :order '((cui . asc)) :distinct t)
 148      :database db)))
 149
 150 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 151   "Map a function over all ucon's"
 152   (with-sql-connection (db)
 153     (clsql:map-query
 154      nil
 155      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 156          (funcall fn
 157                   (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 158                                  :pfstr pfstr
 159                                  :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 160      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order '((cui . asc)) :distinct t)
 161      :database db)))
 162
 163
 164 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 165   "Return a list of udefs for cui"
 166   (with-umlisp-query ('mrdef (sab def) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KSRL")
 167     (make-instance 'udef :sab sab :def def)))
 168
 169 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 170   "Return a list of usty for cui"
 171   (with-umlisp-query ('mrsty (tui sty) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KLRL")
 172     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 173
 174 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 175   "Return a list of usty that match word"
 176   (with-umlisp-query ('mrsty (tui sty) srl 'sty word :lrlname 'klrl :like t :distinct t)
 177     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 178
 179 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 180   "Return a list of urel for cui"
 181   (with-umlisp-query ('mrrel (rel cui2 rela sab sl mg kpfstr2) srl 'cui1 (parse-cui cui) :lrlname "KSRL")
 182     (make-instance 'urel :cui1 (parse-cui cui) :rel rel :cui2 (ensure-integer cui2) :rela rela
 183                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 184
 185 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 186   "Return a list of urel for cui2"
 187   (with-umlisp-query ('mrrel (rel cui1 rela sab sl mg kpfstr2) srl 'cui2 (parse-cui cui2) :lrlname "KSRL")
 188     (make-instance 'urel :cui2 (parse-cui cui2) :rel rel :cui1 (ensure-integer cui1) :rela rela
 189                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 190
 191 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 192   (mapcar
 193    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 194    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))))
 195
 196 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 197   "Return a list of ucoc for cui"
 198   (with-umlisp-query ('mrcoc (cui2 soc cot cof coa kpfstr2) srl 'cui1 (parse-cui cui)
 199                              :lrlname "KSRL" :order '((cof . asc)))
 200     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 201     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 202     (make-instance 'ucoc :cui1 (parse-cui cui) :cui2 (ensure-integer cui2) :soc soc :cot cot
 203                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 204
 205 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 206   "Return a list of ucoc for cui2"
 207   (with-umlisp-query ('mrcoc (cui1 soc cot cof coa kpfstr2) srl 'cui2 (parse-cui cui2)
 208                              :lrlname "KSRL" :order '((cof . asc)))
 209     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 210     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 211     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 (parse-cui cui2) :soc soc :cot cot
 212                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 213
 214 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 215   "List of ucon with co-occurance cui2"
 216   (mapcar
 217    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 218    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 219
 220 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 221   "Return a list of ulo for cui"
 222   (with-umlisp-query ('mrlo (isn fr un sui sna soui) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KLRL")
 223     (make-instance 'ulo :isn isn :fr (ensure-integer fr) :un un :sui (ensure-integer sui) :sna sna
 224                    :soui soui)))
 225
 226 (defgeneric suistr (lo))
 227 (defmethod suistr ((lo ulo))
 228   "Return the string for a ulo object"
 229   (find-string-sui (sui lo)))
 230
 231 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 232   "Return a list of uatx for cui"
 233   (with-umlisp-query ('mratx (sab rel atx) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname 'ksrl)
 234     (make-instance 'uatx :sab sab :rel rel :atx atx)))
 235
 236
 237 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 238   "Return a list of uterm for cui"
 239   (with-umlisp-query ('mrcon (lui lat ts kluilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname 'kluilrl
 240                              :distinct t)
 241     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui (parse-cui cui)
 242                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 243
 244 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 245   "Return a list of uterm for lui"
 246   (with-umlisp-query ('mrcon (cui lat ts kluilrl) srl 'lui (parse-lui lui)
 247                              :lrlname 'kluilrl :distinct t)
 248     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui (parse-lui lui)
 249                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 250
 251 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 252   "Return single uterm for cui/lui"
 253   (with-umlisp-query ('mrcon (lat ts kluilrl) srl 'kcuilui
 254                              (make-cuilui (parse-cui cui) (parse-lui lui))
 255                              :lrlname 'kluilrl :single t)
 256     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 257
 258 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 259   "Return a list of ustr for cui/lui"
 260   (with-umlisp-query ('mrcon (sui stt str lrl) srl 'kcuilui (make-cuilui cui lui) :lrlname 'lrl)
 261     (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 262                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str
 263                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 264
 265 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 266   "Return the single ustr for cuisui"
 267   (with-umlisp-query ('mrcon (lui stt str lrl) srl 'kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrlname 'lrl :single t)
 268     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 269                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :lrl (ensure-integer lrl))))
 270
 271 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 272   "Return the list of ustr for sui"
 273   (with-umlisp-query ('mrcon (cui lui stt str lrl) srl 'sui (parse-sui sui) :lrlname 'lrl)
 274     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 275                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) (parse-sui sui))
 276                    :lui (ensure-integer lui)
 277                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 278
 279 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 280   "Return the list of ustr for sab"
 281   (with-umlisp-query ('mrso (kcuisui) srl 'sab sab :lrlname 'srl)
 282     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 283       (apply #'find-ustr-cuisui
 284              (append
 285               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui)) (list :srl srl))))))
 286
 287 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 288   "Return list of all ustr's"
 289     (with-sql-connection (db)
 290       (clsql:map-query
 291        'list
 292        #'(lambda (cui lui sui stt lrl pfstr)
 293            (setq cui (ensure-integer cui))
 294            (setq lui (ensure-integer lui))
 295            (setq sui (ensure-integer sui))
 296            (setq lrl (ensure-integer lrl))
 297            (make-instance 'ustr :cui cui
 298                           :lui lui
 299                           :sui sui
 300                           :cuisui (make-cuisui cui sui)
 301                           :stt stt
 302                           :lrl lrl
 303                           :str pfstr))
 304        (query-string 'mrcon '(cui lui sui stt lrl kpfstr) srl nil nil :lrlname 'lrl :distinct t
 305                      :order '((sui . asc)))
 306        :database db)))
 307
 308 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 309   "Return the string associated with sui"
 310   (with-umlisp-query ('mrcon (str) srl 'sui sui :lrlname 'lrl :single t)
 311     str))
 312
 313 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 314   (with-umlisp-query ('mrso (sab code srl tty) srl 'kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrlname 'srl)
 315       (make-instance 'uso :sab sab :code code :srl srl :tty tty)))
 316
 317 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 318   (with-umlisp-query ('mrcxt (sab code cxn cxl rnk cxs cui2 hcd rela xc) srl 'kcuisui
 319                              (make-cuisui cui sui) :lrlname 'ksrl)
 320     (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 321                    :cxn (ensure-integer cxn)
 322                    :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd :rela rela :xc xc
 323                    :rnk (ensure-integer rnk)
 324                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 325
 326 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 327   (let ((ls (format nil "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where ")))
 328     (cond
 329       (sui (string-append ls (format nil "KCUISUI=~d" (make-cuisui cui sui))))
 330       (lui (string-append ls (format nil "KCUILUI=~d and sui=0" (make-cuilui cui lui))))
 331       (t (string-append ls (format nil "cui=~d and lui=0 and sui=0" cui))))
 332     (when srl
 333       (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 334     (let ((usats '()))
 335       (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 336         (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 337           (push (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)
 338                 usats)))
 339       (nreverse usats))))
 340
 341
 342 (defun find-usty-tui (tui)
 343   "Find usty for tui"
 344   (with-umlisp-query ('mrsty (sty) nil 'tui (parse-tui tui) :single t)
 345     (make-instance 'usty :tui (parse-tui tui) :sty sty)))
 346
 347 (defun find-usty-sty (sty)
 348   "Find usty for a sty"
 349   (with-umlisp-query ('mrsty (tui) nil 'sty sty :single t)
 350     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 351
 352 (defun find-usty-all ()
 353   "Return list of usty's for all semantic types"
 354   (with-umlisp-query ('mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 355     (find-usty-tui tui)))
 356
 357 (defun find-usab-all ()
 358   "Find usab for a key"
 359   (with-umlisp-query ('mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil nil nil)
 360     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 361                    :rcui (ensure-integer rcui)
 362                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 363                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 364                    :srl (ensure-integer srl)
 365                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 366                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 367                    :curver curver :sabin sabin)))
 368
 369 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 370   "Find usab for a key"
 371   (with-umlisp-query ('mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil key-name key :single t)
 372     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 373                    :rcui (ensure-integer rcui)
 374                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 375                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 376                    :srl (ensure-integer srl)
 377                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 378                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 379                    :curver curver :sabin sabin)))
 380
 381 (defun find-usab-rsab (rsab)
 382   "Find usab for rsab"
 383   (find-usab-by-key "RSAB" rsab))
 384
 385 (defun find-usab-vsab (vsab)
 386   "Find usab for vsab"
 387   (find-usab-by-key "VSAB" vsab))
 388
 389 (defun find-cui-max ()
 390   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 391
 392 ;;;; Cross table find functions
 393
 394 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 395   "Find list of ucon for tui"
 396   (with-umlisp-query ('mrsty (cui) srl 'tui (parse-tui tui) :lrlname 'klrl :order '((cui . asc)))
 397     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 398
 399 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 400   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 401   (with-umlisp-query ('mrxw_eng (cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 402                                 :lrlname 'klrl :order '((cui . asc)))
 403     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 404
 405 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 406   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 407   (with-umlisp-query ('mrxnw_eng (cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 408                                 :lrlname 'klrl :order '((cui . asc)))
 409     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 410
 411 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 412   "Return list of ustrs that match word"
 413   (with-umlisp-query ('mrxw_eng (cui sui) srl 'wd word
 414                                 :lrlname 'klrl
 415                                 :order '((cui . asc) (sui . asc)))
 416     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 417
 418 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 419   "Return list of ustrs that match word"
 420   (with-umlisp-query ('mrxnw_eng (cui sui) srl 'nwd word :lrlname 'klrl
 421                                  :order '((cui . asc) (sui . asc)))
 422     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 423
 424 ;; Special tables
 425
 426 (defun find-usrl-all ()
 427   (with-umlisp-query ('usrl (sab srl) nil nil nil :order '((sab . asc)))
 428     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 429
 430 ;;; Multiword lookup and score functions
 431
 432 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 433   "Return sorted list of ucon's that match a multiword string"
 434   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 435          (ucons '()))
 436     (dolist (word words)
 437       (setq ucons (append ucons (find-ucon-word word :srl srl))))
 438     (sort-score-ucon-str str (delete-duplicates ucons :test #'eql :key #'cui))))
 439
 440 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 441   "Return sorted list of ustr's that match a multiword string"
 442   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 443          (ustrs '()))
 444     (dolist (word words)
 445       (setq ustrs (append ustrs (find-ustr-word word :srl srl))))
 446     (sort-score-ustr-str str (delete-duplicates ustrs :test #'eql :key #'cui))))
 447
 448 (defun sort-score-ucon-str (str ucons)
 449   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 450   (sort-score-umlsclass-str ucons str #'pfstr))
 451
 452 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 453   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 454   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 455
 456 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 457   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 458   (let ((scored '()))
 459     (dolist (obj objs)
 460       (push
 461        (list obj
 462              (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 463        scored))
 464     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 465
 466 (defun score-multiword-match (s1 s2)
 467   "Score a match between two strings with s1 being reference string"
 468   (let* ((word-list-1 (delimited-string-to-list s1 #\space))
 469          (word-list-2 (delimited-string-to-list s2 #\space))
 470          (n1 (length word-list-1))
 471          (n2 (length word-list-2))
 472          (unmatched n1)
 473          (score 0)
 474          (nlong 0)
 475          (nshort 0)
 476          short-list long-list)
 477     (declare (fixnum n1 n2 nshort nlong score unmatched))
 478     (if (> n1 n2)
 479         (progn
 480           (setq nlong n1)
 481           (setq nshort n2)
 482           (setq long-list word-list-1)
 483           (setq short-list word-list-2))
 484       (progn
 485         (setq nlong n2)
 486         (setq nshort n1)
 487         (setq long-list word-list-2)
 488         (setq short-list word-list-1)))
 489     (decf score (- nlong nshort)) ;; reduce score for extra words
 490     (dotimes (iword nshort)
 491       (declare (fixnum iword))
 492       (kmrcl:aif (position (nth iword short-list) long-list :test #'string-equal)
 493            (progn
 494              (incf score (- 10 (abs (- kmrcl::it iword))))
 495              (decf unmatched))))
 496     (decf score (* 2 unmatched))
 497     score))
 498
 499
 500 ;;; LEX SQL functions
 501
 502 (defun find-lexterm-eui (eui)
 503   (with-umlisp-query ('lrwd (wrd) nil 'eui eui :single t)
 504     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 505
 506 (defun find-lexterm-word (wrd)
 507   (with-umlisp-query ('lrwd (eui) nil 'wrd wrd)
 508     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 509                    :wrd (copy-seq wrd))))
 510
 511 ;; LEX SQL Read functions
 512
 513 (defun find-labr-eui (eui)
 514   (with-umlisp-query ('lrabr (bas abr eui2 bas2) nil 'eui eui)
 515     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 516                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 517
 518 (defun find-labr-bas (bas)
 519   (with-umlisp-query ('labr (eui abr eui2 bas2) nil 'bas bas)
 520     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 521                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 522
 523 (defun find-lagr-eui (eui)
 524   (with-umlisp-query ('lragr (str sca agr cit bas) nil 'eui eui)
 525     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 526                    :cit cit :bas bas)))
 527
 528 (defun find-lcmp-eui (eui)
 529   (with-umlisp-query ('lrcmp (bas sca com) nil 'eui eui)
 530     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 531
 532 (defun find-lmod-eui (eui)
 533   (with-umlisp-query ('lrmod (bas sca psn_mod fea) nil 'eui eui)
 534     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 535
 536 (defun find-lnom-eui (eui)
 537   (with-umlisp-query ('lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil 'eui eui)
 538     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 539                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 540
 541 (defun find-lprn-eui (eui)
 542   (with-umlisp-query ('lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil 'eui eui)
 543     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 544                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 545
 546 (defun find-lprp-eui (eui)
 547   (with-umlisp-query ('lrprp (bas str sca fea) nil 'eui eui)
 548     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 549
 550 (defun find-lspl-eui (eui)
 551   (with-umlisp-query ('lrspl (spv bas) nil 'eui eui)
 552     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 553
 554 (defun find-ltrm-eui (eui)
 555   (with-umlisp-query ('lrtrm (bas gen) nil 'eui eui)
 556     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 557
 558 (defun find-ltyp-eui (eui)
 559   (with-umlisp-query ('lrtyp (bas sca typ) nil 'eui eui)
 560     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 561
 562 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 563   (make-instance 'lwd :wrd
 564                  :euilist (with-umlisp-query ('lrwd (eui) nil 'wrd wrd)
 565                             (ensure-integer eui))))
 566
 567 ;;; Semantic Network SQL access functions
 568
 569 (defun find-sdef-ui (ui)
 570   (with-umlisp-query ('srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 571                              nil 'ui ui :single t)
 572     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 573                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 574
 575 (defun find-sstre1-ui (ui)
 576   (with-umlisp-query ('srstre1 (ui2 ui3) nil 'ui ui)
 577     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 578                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 579
 580 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 581   (with-umlisp-query ('srstre1 (ui ui3) nil 'ui2 ui2)
 582     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 583                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 584
 585 (defun find-sstr-rl (rl)
 586   (with-umlisp-query ('srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil 'rl rl)
 587     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 588
 589 (defun find-sstre2-sty (sty)
 590   (with-umlisp-query ('srstre2 (rl sty2) nil 'sty sty)
 591     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 592
 593 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 594   (with-umlisp-query ('srstr (rl sty_rl2 ls) nil 'styrl styrl)
 595     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))