sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:        Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: sql-classes.lisp,v 1.37 2003/05/03 20:24:22 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package :umlisp)
  20 (declaim (optimize (compilation-speed 0) (debug 3)))
  21
  22
  23 (defvar *current-srl* nil)
  24 (defun current-srl ()
  25   *current-srl*)
  26 (defun current-srl! (srl)
  27   (setq *current-srl* srl))
  28
  29 (defmacro with-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  30                                     &key (lrlname "KCUILRL") distinct single
  31                                     order like)
  32                              &body body)
  33   (if single
  34     `(unless (and ,where-name (not ,where-value))
  35       (let ((tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  36                                       :lrlname ,lrlname :single ,single
  37                                       :distinct ,distinct :order ,order :like ,like))))
  38         (when tuple
  39           (destructuring-bind ,fields tuple
  40             ,@body))))
  41     `(unless (and ,where-name (not ,where-value))
  42       (loop for tuple in
  43        (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  44         :lrlname ,lrlname :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)
  45        collect (destructuring-bind ,fields tuple
  46                  ,@body)))))
  47
  48 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  49                      &key (lrlname "KCUILRL") single distinct order like)
  50   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  51 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  52   `(when (or (not ,where-name) ,where-value)
  53     (mutex-sql-query
  54      (query-string-macro ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  55       :lrlname ,lrlname :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like))))
  56
  57
  58 (defmacro query-string-macro (table fields &optional srl where-name where-value
  59                         &key (lrlname "KCUILRL") single distinct order like)
  60   (let* ((%%fields (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  61                            (if distinct "distinct " "") fields table))
  62          (%%order (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")))
  63     `(concatenate
  64       'string
  65       ,%%fields
  66       (if ,where-name
  67           (format nil
  68                   (if (stringp ,where-value)
  69                       (if ,like " where ~A like '%~A%'" " where ~A='~A'")
  70                       " where ~A=~A")
  71                   ,where-name ,where-value)
  72           "")
  73       (if ,srl (format nil " and ~:@(~A~) <= ~D" ,lrlname ,srl) "")
  74       ,%%order
  75       (if ,single " limit 1" ""))))
  76
  77 (defun query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  78                      &key (lrlname "KCUILRL") single distinct order like)
  79   (concatenate
  80    'string
  81    (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  82            (if distinct "distinct " "") fields table)
  83    (if where-name
  84        (format nil
  85                (if (stringp where-value)
  86                    (if like
  87                        " where ~A like '%~A%'"
  88                        " where ~A='~A'")
  89                    " where ~A=~A")
  90                where-name  where-value)
  91        "")
  92    (if srl (format nil " and ~:@(~A~) <= ~D" lrlname srl) "")
  93    (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  94    (if single " limit 1" "")))
  95
  96 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
  97   "Find ucon for a cui"
  98   (with-umlisp-query (mrcon (kpfstr kcuilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
  99     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
 100                    :pfstr kpfstr
 101                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 102
 103 (defun find-ucon-cui-old (cui &key (srl *current-srl*))
 104   "Find ucon for a cui"
 105   (when (stringp cui) (setq cui (parse-cui cui)))
 106   (when cui
 107     (let ((ls (format nil "select KPFSTR,KCUILRL from MRCON where CUI=~d" cui)))
 108       (when srl
 109         (string-append ls (format nil " and KCUILRL <= ~d" srl)))
 110       (string-append ls " limit 1")
 111       (let ((tuple (car (mutex-sql-query ls))))
 112         (destructuring-bind (kpfstr kcuilrl) tuple
 113           (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr kpfstr
 114                          :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))))
 115
 116 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 117   "Find ucon for a cui"
 118   (with-umlisp-query ('mrcon (kcuilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
 119     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
 120                    :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 121                    :pfstr nil)))
 122
 123 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 124   "Find preferred string for a cui"
 125   (with-umlisp-query ('mrcon (kpfstr) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
 126     kpfstr))
 127
 128 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 129   "Find list of ucon for lui"
 130   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'lui (parse-lui lui) :distinct t)
 131     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 132                    :pfstr kpfstr
 133                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 134
 135 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 136   "Find list of ucon for sui"
 137   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'sui (parse-sui sui) :distinct t)
 138     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 139                    :pfstr kpfstr
 140                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 141
 142 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 143   "Find ucon for cui/sui"
 144   (when (and cui sui)
 145     (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'kcuisui
 146                                (make-cuisui (parse-cui cui) (parse-sui sui)))
 147       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 148                      :pfstr kpfstr
 149                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 150
 151 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 152   "Find ucon that are exact match for str"
 153   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'str str :distinct t)
 154     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 155                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 156
 157 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 158   "Return list of all ucon's"
 159   (with-sql-connection (db)
 160     (clsql:map-query
 161      'list
 162      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 163          (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 164                         :pfstr pfstr
 165                         :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 166      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil
 167                    :order '(cui asc) :distinct t)
 168      :database db)))
 169
 170 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 171   "Map a function over all ucon's"
 172   (with-sql-connection (db)
 173     (clsql:map-query
 174      nil
 175      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 176          (funcall fn
 177                   (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 178                                  :pfstr pfstr
 179                                  :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 180      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order '(cui asc) :distinct t)
 181      :database db)))
 182
 183
 184 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 185   "Return a list of udefs for cui"
 186   (with-umlisp-query ('mrdef (sab def) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KSRL")
 187     (make-instance 'udef :sab sab :def def)))
 188
 189 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 190   "Return a list of usty for cui"
 191   (with-umlisp-query ('mrsty (tui sty) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KLRL")
 192     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 193
 194 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 195   "Return a list of usty that match word"
 196   (with-umlisp-query ('mrsty (tui sty) srl 'sty word :lrlname 'klrl :like t :distinct t)
 197     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 198
 199 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 200   "Return a list of urel for cui"
 201   (with-umlisp-query ('mrrel (rel cui2 rela sab sl mg kpfstr2) srl 'cui1 (parse-cui cui) :lrlname "KSRL")
 202     (make-instance 'urel :cui1 (parse-cui cui) :rel rel :cui2 (ensure-integer cui2) :rela rela
 203                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 204
 205 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 206   "Return a list of urel for cui2"
 207   (with-umlisp-query ('mrrel (rel cui1 rela sab sl mg kpfstr2) srl 'cui2 (parse-cui cui2) :lrlname "KSRL")
 208     (make-instance 'urel :cui2 (parse-cui cui2) :rel rel :cui1 (ensure-integer cui1) :rela rela
 209                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 210
 211 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 212   (mapcar
 213    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 214    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))))
 215
 216 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 217   "Return a list of ucoc for cui"
 218   (with-umlisp-query ('mrcoc (cui2 soc cot cof coa kpfstr2) srl 'cui1 (parse-cui cui)
 219                              :lrlname "KSRL" :order '(cof asc))
 220     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 221     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 222     (make-instance 'ucoc :cui1 (parse-cui cui) :cui2 (ensure-integer cui2) :soc soc :cot cot
 223                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 224
 225 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 226   "Return a list of ucoc for cui2"
 227   (with-umlisp-query ('mrcoc (cui1 soc cot cof coa kpfstr2) srl 'cui2 (parse-cui cui2)
 228                              :lrlname "KSRL" :order '(cof asc))
 229     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 230     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 231     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 (parse-cui cui2) :soc soc :cot cot
 232                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 233
 234 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 235   "List of ucon with co-occurance cui2"
 236   (mapcar
 237    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 238    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 239
 240 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 241   "Return a list of ulo for cui"
 242   (with-umlisp-query ('mrlo (isn fr un sui sna soui) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KLRL")
 243     (make-instance 'ulo :isn isn :fr (ensure-integer fr) :un un :sui (ensure-integer sui) :sna sna
 244                    :soui soui)))
 245
 246 (defgeneric suistr (lo))
 247 (defmethod suistr ((lo ulo))
 248   "Return the string for a ulo object"
 249   (find-string-sui (sui lo)))
 250
 251 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 252   "Return a list of uatx for cui"
 253   (with-umlisp-query ('mratx (sab rel atx) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname 'ksrl)
 254     (make-instance 'uatx :sab sab :rel rel :atx atx)))
 255
 256
 257 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 258   "Return a list of uterm for cui"
 259   (with-umlisp-query ('mrcon (lui lat ts kluilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname 'kluilrl
 260                              :distinct t)
 261     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui (parse-cui cui)
 262                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 263
 264 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 265   "Return a list of uterm for lui"
 266   (with-umlisp-query ('mrcon (cui lat ts kluilrl) srl 'lui (parse-lui lui)
 267                              :lrlname 'kluilrl :distinct t)
 268     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui (parse-lui lui)
 269                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 270
 271 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 272   "Return single uterm for cui/lui"
 273   (with-umlisp-query ('mrcon (lat ts kluilrl) srl 'kcuilui
 274                              (make-cuilui (parse-cui cui) (parse-lui lui))
 275                              :lrlname 'kluilrl :single t)
 276     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 277
 278 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 279   "Return a list of ustr for cui/lui"
 280   (with-umlisp-query ('mrcon (sui stt str lrl) srl 'kcuilui (make-cuilui cui lui) :lrlname 'lrl)
 281     (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 282                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str
 283                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 284
 285 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 286   "Return the single ustr for cuisui"
 287   (with-umlisp-query ('mrcon (lui stt str lrl) srl 'kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrlname 'lrl :single t)
 288     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 289                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :lrl (ensure-integer lrl))))
 290
 291 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 292   "Return the list of ustr for sui"
 293   (with-umlisp-query ('mrcon (cui lui stt str lrl) srl 'sui (parse-sui sui) :lrlname 'lrl)
 294     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 295                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) (parse-sui sui))
 296                    :lui (ensure-integer lui)
 297                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 298
 299 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 300   "Return the list of ustr for sab"
 301   (with-umlisp-query ('mrso (kcuisui) srl 'sab sab :lrlname 'srl)
 302     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 303       (apply #'find-ustr-cuisui
 304              (append
 305               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui)) (list :srl srl))))))
 306
 307 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 308   "Return list of all ustr's"
 309     (with-sql-connection (db)
 310       (clsql:map-query
 311        'list
 312        #'(lambda (cui lui sui stt lrl pfstr)
 313            (setq cui (ensure-integer cui))
 314            (setq lui (ensure-integer lui))
 315            (setq sui (ensure-integer sui))
 316            (setq lrl (ensure-integer lrl))
 317            (make-instance 'ustr :cui cui
 318                           :lui lui
 319                           :sui sui
 320                           :cuisui (make-cuisui cui sui)
 321                           :stt stt
 322                           :lrl lrl
 323                           :str pfstr))
 324        (query-string 'mrcon '(cui lui sui stt lrl kpfstr) srl nil nil :lrlname 'lrl :distinct t
 325                      :order '(sui asc))
 326        :database db)))
 327
 328 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 329   "Return the string associated with sui"
 330   (with-umlisp-query ('mrcon (str) srl 'sui sui :lrlname 'lrl :single t)
 331     str))
 332
 333 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 334   (with-umlisp-query ('mrso (sab code srl tty) srl 'kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrlname 'srl)
 335       (make-instance 'uso :sab sab :code code :srl srl :tty tty)))
 336
 337 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 338   (with-umlisp-query ('mrcxt (sab code cxn cxl rnk cxs cui2 hcd rela xc) srl 'kcuisui
 339                              (make-cuisui cui sui) :lrlname 'ksrl)
 340     (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 341                    :cxn (ensure-integer cxn)
 342                    :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd :rela rela :xc xc
 343                    :rnk (ensure-integer rnk)
 344                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 345
 346 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 347   (let ((ls (format nil "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where ")))
 348     (cond
 349       (sui (string-append ls (format nil "KCUISUI=~d" (make-cuisui cui sui))))
 350       (lui (string-append ls (format nil "KCUILUI=~d and sui=0" (make-cuilui cui lui))))
 351       (t (string-append ls (format nil "cui=~d and lui=0 and sui=0" cui))))
 352     (when srl
 353       (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 354     (let ((usats '()))
 355       (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 356         (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 357           (push (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)
 358                 usats)))
 359       (nreverse usats))))
 360
 361
 362 (defun find-usty-tui (tui)
 363   "Find usty for tui"
 364   (with-umlisp-query ('mrsty (sty) nil 'tui (parse-tui tui) :single t)
 365     (make-instance 'usty :tui (parse-tui tui) :sty sty)))
 366
 367 (defun find-usty-sty (sty)
 368   "Find usty for a sty"
 369   (with-umlisp-query ('mrsty (tui) nil 'sty sty :single t)
 370     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 371
 372 (defun find-usty-all ()
 373   "Return list of usty's for all semantic types"
 374   (with-umlisp-query ('mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 375     (find-usty-tui tui)))
 376
 377 (defun find-usab-all ()
 378   "Find usab for a key"
 379   (with-umlisp-query ('mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil nil nil)
 380     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 381                    :rcui (ensure-integer rcui)
 382                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 383                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 384                    :srl (ensure-integer srl)
 385                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 386                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 387                    :curver curver :sabin sabin)))
 388
 389 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 390   "Find usab for a key"
 391   (with-umlisp-query ('mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil key-name key :single t)
 392     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 393                    :rcui (ensure-integer rcui)
 394                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 395                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 396                    :srl (ensure-integer srl)
 397                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 398                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 399                    :curver curver :sabin sabin)))
 400
 401 (defun find-usab-rsab (rsab)
 402   "Find usab for rsab"
 403   (find-usab-by-key "RSAB" rsab))
 404
 405 (defun find-usab-vsab (vsab)
 406   "Find usab for vsab"
 407   (find-usab-by-key "VSAB" vsab))
 408
 409 (defun find-cui-max ()
 410   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 411
 412 ;;;; Cross table find functions
 413
 414 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 415   "Find list of ucon for tui"
 416   (with-umlisp-query ('mrsty (cui) srl 'tui (parse-tui tui) :lrlname 'klrl
 417                              :order '(cui asc))
 418     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 419
 420 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 421   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 422   (with-umlisp-query ('mrxw_eng (cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 423                                 :lrlname 'klrl :order '(cui asc))
 424     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 425
 426 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 427   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 428   (with-umlisp-query ('mrxnw_eng (cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 429                                 :lrlname 'klrl :order '(cui asc))
 430     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 431
 432 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 433   "Return list of ustrs that match word"
 434   (with-umlisp-query ('mrxw_eng (cui sui) srl 'wd word
 435                                 :lrlname 'klrl
 436                                 :order '(cui asc sui asc))
 437     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 438
 439 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 440   "Return list of ustrs that match word"
 441   (with-umlisp-query ('mrxnw_eng (cui sui) srl 'nwd word :lrlname 'klrl
 442                                  :order '(cui asc sui asc))
 443     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 444
 445 ;; Special tables
 446
 447 (defun find-usrl-all ()
 448   (with-umlisp-query ('usrl (sab srl) nil nil nil :order '(sab asc))
 449     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 450
 451 ;;; Multiword lookup and score functions
 452
 453 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 454   "Return sorted list of ucon's that match a multiword string"
 455   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 456          (ucons '()))
 457     (dolist (word words)
 458       (setq ucons (append ucons (find-ucon-word word :srl srl))))
 459     (sort-score-ucon-str str (delete-duplicates ucons :test #'eql :key #'cui))))
 460
 461 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 462   "Return sorted list of ustr's that match a multiword string"
 463   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 464          (ustrs '()))
 465     (dolist (word words)
 466       (setq ustrs (append ustrs (find-ustr-word word :srl srl))))
 467     (sort-score-ustr-str str (delete-duplicates ustrs :test #'eql :key #'cui))))
 468
 469 (defun sort-score-ucon-str (str ucons)
 470   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 471   (sort-score-umlsclass-str ucons str #'pfstr))
 472
 473 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 474   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 475   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 476
 477 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 478   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 479   (let ((scored '()))
 480     (dolist (obj objs)
 481       (push
 482        (list obj
 483              (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 484        scored))
 485     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 486
 487 (defun score-multiword-match (s1 s2)
 488   "Score a match between two strings with s1 being reference string"
 489   (let* ((word-list-1 (delimited-string-to-list s1 #\space))
 490          (word-list-2 (delimited-string-to-list s2 #\space))
 491          (n1 (length word-list-1))
 492          (n2 (length word-list-2))
 493          (unmatched n1)
 494          (score 0)
 495          (nlong 0)
 496          (nshort 0)
 497          short-list long-list)
 498     (declare (fixnum n1 n2 nshort nlong score unmatched))
 499     (if (> n1 n2)
 500         (progn
 501           (setq nlong n1)
 502           (setq nshort n2)
 503           (setq long-list word-list-1)
 504           (setq short-list word-list-2))
 505       (progn
 506         (setq nlong n2)
 507         (setq nshort n1)
 508         (setq long-list word-list-2)
 509         (setq short-list word-list-1)))
 510     (decf score (- nlong nshort)) ;; reduce score for extra words
 511     (dotimes (iword nshort)
 512       (declare (fixnum iword))
 513       (kmrcl:aif (position (nth iword short-list) long-list :test #'string-equal)
 514            (progn
 515              (incf score (- 10 (abs (- kmrcl::it iword))))
 516              (decf unmatched))))
 517     (decf score (* 2 unmatched))
 518     score))
 519
 520
 521 ;;; LEX SQL functions
 522
 523 (defun find-lexterm-eui (eui)
 524   (with-umlisp-query ('lrwd (wrd) nil 'eui eui :single t)
 525     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 526
 527 (defun find-lexterm-word (wrd)
 528   (with-umlisp-query ('lrwd (eui) nil 'wrd wrd)
 529     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 530                    :wrd (copy-seq wrd))))
 531
 532 ;; LEX SQL Read functions
 533
 534 (defun find-labr-eui (eui)
 535   (with-umlisp-query ('lrabr (bas abr eui2 bas2) nil 'eui eui)
 536     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 537                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 538
 539 (defun find-labr-bas (bas)
 540   (with-umlisp-query ('labr (eui abr eui2 bas2) nil 'bas bas)
 541     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 542                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 543
 544 (defun find-lagr-eui (eui)
 545   (with-umlisp-query ('lragr (str sca agr cit bas) nil 'eui eui)
 546     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 547                    :cit cit :bas bas)))
 548
 549 (defun find-lcmp-eui (eui)
 550   (with-umlisp-query ('lrcmp (bas sca com) nil 'eui eui)
 551     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 552
 553 (defun find-lmod-eui (eui)
 554   (with-umlisp-query ('lrmod (bas sca psn_mod fea) nil 'eui eui)
 555     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 556
 557 (defun find-lnom-eui (eui)
 558   (with-umlisp-query ('lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil 'eui eui)
 559     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 560                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 561
 562 (defun find-lprn-eui (eui)
 563   (with-umlisp-query ('lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil 'eui eui)
 564     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 565                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 566
 567 (defun find-lprp-eui (eui)
 568   (with-umlisp-query ('lrprp (bas str sca fea) nil 'eui eui)
 569     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 570
 571 (defun find-lspl-eui (eui)
 572   (with-umlisp-query ('lrspl (spv bas) nil 'eui eui)
 573     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 574
 575 (defun find-ltrm-eui (eui)
 576   (with-umlisp-query ('lrtrm (bas gen) nil 'eui eui)
 577     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 578
 579 (defun find-ltyp-eui (eui)
 580   (with-umlisp-query ('lrtyp (bas sca typ) nil 'eui eui)
 581     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 582
 583 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 584   (make-instance 'lwd :wrd
 585                  :euilist (with-umlisp-query ('lrwd (eui) nil 'wrd wrd)
 586                             (ensure-integer eui))))
 587
 588 ;;; Semantic Network SQL access functions
 589
 590 (defun find-sdef-ui (ui)
 591   (with-umlisp-query ('srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 592                              nil 'ui ui :single t)
 593     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 594                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 595
 596 (defun find-sstre1-ui (ui)
 597   (with-umlisp-query ('srstre1 (ui2 ui3) nil 'ui ui)
 598     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 599                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 600
 601 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 602   (with-umlisp-query ('srstre1 (ui ui3) nil 'ui2 ui2)
 603     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 604                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 605
 606 (defun find-sstr-rl (rl)
 607   (with-umlisp-query ('srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil 'rl rl)
 608     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 609
 610 (defun find-sstre2-sty (sty)
 611   (with-umlisp-query ('srstre2 (rl sty2) nil 'sty sty)
 612     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 613
 614 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 615   (with-umlisp-query ('srstr (rl sty_rl2 ls) nil 'styrl styrl)
 616     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))