sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:        Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: sql-classes.lisp,v 1.61 2003/05/04 01:18:10 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package :umlisp)
  20 (declaim (optimize (compilation-speed 0) (debug 3)))
  21
  22
  23 (defvar *current-srl* nil)
  24 (defun current-srl ()
  25   *current-srl*)
  26 (defun current-srl! (srl)
  27   (setq *current-srl* srl))
  28
  29 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
  30 (defmacro with-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  31                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
  32                                     order like)
  33                              &body body)
  34   (let ((value (gensym)))
  35     (if single
  36         `(let ((,value ,where-value))
  37           (when ,value
  38             (let ((tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
  39                                             :lrl ,lrl :single ,single
  40                                             :distinct ,distinct :order ,order
  41                                             :like ,like))))
  42               (when tuple
  43                 (destructuring-bind ,fields tuple
  44                   ,@body)))))
  45         `(let ((,value ,where-value))
  46           (when ,value
  47             (loop for tuple in
  48                   (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
  49                                 :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
  50                                 :order ,order :like ,like)
  51                   collect (destructuring-bind ,fields tuple
  52                             ,@body)))))))
  53
  54 (defmacro with-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
  55                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
  56                                          order like)
  57                                   &body body)
  58   (let ((value (gensym))
  59         (eval-fields (cadr fields)))
  60     (if single
  61         `(let ((,value ,where-value))
  62           (when ,value
  63             (let ((tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
  64                                             :lrl ,lrl :single ,single
  65                                             :distinct ,distinct :order ,order
  66                                             :like ,like))))
  67               (when tuple
  68                 (destructuring-bind ,eval-fields tuple
  69                   ,@body)))))
  70         `(let ((,value ,where-value))
  71           (when ,value
  72             (loop for tuple in
  73                   (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
  74                                      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
  75                                      :order ,order :like ,like)
  76                   collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple
  77                             ,@body)))))))
  78
  79
  80
  81 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  82                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  83   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  84 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  85   `(mutex-sql-query
  86     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  87      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  88
  89 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
  90                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  91   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  92 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  93   `(mutex-sql-query
  94     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  95      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  96
  97
  98 (defmacro query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  99                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
 100   (let* ((%%fields (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
 101                            (if distinct "distinct " "") fields table))
 102          (%%order (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) ""))
 103          (%%lrl (format nil " and ~:@(~A~)<=" lrl))
 104          (%%where (when where-name
 105                     (format nil " where ~:@(~A~)~A" where-name
 106                           (if like " like " "=")))))
 107     `(concatenate
 108       'string
 109       ,%%fields
 110       ,@(when %%where (list %%where))
 111       ,@(when %%where
 112               `((if (numberp ,where-value)
 113                     (write-to-string ,where-value)
 114                     (format nil ,(if like "'%~A%'" "'~A'") ,where-value))))
 115       (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
 116       ,@(when %%order (list %%order))
 117       ,@(when single (list " limit 1")))))
 118
 119 (defun query-string-eval (table fields &optional srl where-name where-value
 120                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
 121   (concatenate
 122    'string
 123    (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
 124            (if distinct "distinct " "") fields table)
 125    (if where-name
 126        (format nil
 127                (if (stringp where-value)
 128                    (if like
 129                        " where ~A like '%~A%'"
 130                        " where ~A='~A'")
 131                    " where ~A=~A")
 132                where-name  where-value)
 133        "")
 134    (if srl (format nil " and ~:@(~A~) <= ~D" lrl srl) "")
 135    (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
 136    (if single " limit 1" "")))
 137
 138 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 139   "Find ucon for a cui"
 140   (with-umlisp-query (mrcon (kpfstr kcuilrl) srl cui (parse-cui cui) :single t)
 141     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
 142                    :pfstr kpfstr
 143                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 144
 145 (defun find-ucon-cui-old (cui &key (srl *current-srl*))
 146   "Find ucon for a cui"
 147   (when (stringp cui) (setq cui (parse-cui cui)))
 148   (when cui
 149     (let ((ls (format nil "select KPFSTR,KCUILRL from MRCON where CUI=~d" cui)))
 150       (when srl
 151         (string-append ls (format nil " and KCUILRL <= ~d" srl)))
 152       (string-append ls " limit 1")
 153       (let ((tuple (car (mutex-sql-query ls))))
 154         (destructuring-bind (kpfstr kcuilrl) tuple
 155           (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr kpfstr
 156                          :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))))
 157
 158 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 159   "Find ucon for a cui"
 160   (with-umlisp-query (mrcon (kcuilrl) srl cui (parse-cui cui) :single t)
 161     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
 162                    :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 163                    :pfstr nil)))
 164
 165 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 166   "Find preferred string for a cui"
 167   (with-umlisp-query (mrcon (kpfstr) srl cui (parse-cui cui) :single t)
 168     kpfstr))
 169
 170 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 171   "Find list of ucon for lui"
 172   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl lui (parse-lui lui) :distinct t)
 173     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 174                    :pfstr kpfstr
 175                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 176
 177 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 178   "Find list of ucon for sui"
 179   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl sui (parse-sui sui) :distinct t)
 180     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 181                    :pfstr kpfstr
 182                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 183
 184 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 185   "Find ucon for cui/sui"
 186   (when (and cui sui)
 187     (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl kcuisui
 188                                (make-cuisui (parse-cui cui) (parse-sui sui)))
 189       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 190                      :pfstr kpfstr
 191                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 192
 193 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 194   "Find ucon that are exact match for str"
 195   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl str str :distinct t)
 196     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 197                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 198
 199 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 200   "Return list of all ucon's"
 201   (with-sql-connection (db)
 202     (clsql:map-query
 203      'list
 204      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 205          (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 206                         :pfstr pfstr
 207                         :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 208      (query-string mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil
 209                    :order (cui asc) :distinct t)
 210      :database db)))
 211
 212 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 213   "Map a function over all ucon's"
 214   (with-sql-connection (db)
 215     (clsql:map-query
 216      nil
 217      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 218          (funcall fn
 219                   (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 220                                  :pfstr pfstr
 221                                  :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 222      (query-string mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc) :distinct t)
 223      :database db)))
 224
 225
 226 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 227   "Return a list of udefs for cui"
 228   (with-umlisp-query (mrdef (sab def) srl cui (parse-cui cui) :lrl "KSRL")
 229     (make-instance 'udef :sab sab :def def)))
 230
 231 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 232   "Return a list of usty for cui"
 233   (with-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui (parse-cui cui) :lrl "KLRL")
 234     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 235
 236 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 237   "Return a list of usty that match word"
 238   (with-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t :distinct t)
 239     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 240
 241 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 242   "Return a list of urel for cui"
 243   (with-umlisp-query (mrrel (rel cui2 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui1 (parse-cui cui) :lrl "KSRL")
 244     (make-instance 'urel :cui1 (parse-cui cui) :rel rel :cui2 (ensure-integer cui2) :rela rela
 245                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 246
 247 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 248   "Return a list of urel for cui2"
 249   (with-umlisp-query (mrrel (rel cui1 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui2 (parse-cui cui2) :lrl "KSRL")
 250     (make-instance 'urel :cui2 (parse-cui cui2) :rel rel :cui1 (ensure-integer cui1) :rela rela
 251                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 252
 253 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 254   (mapcar
 255    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 256    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))))
 257
 258 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 259   "Return a list of ucoc for cui"
 260   (with-umlisp-query (mrcoc (cui2 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui1 (parse-cui cui)
 261                              :lrl "KSRL" :order (cof asc))
 262     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 263     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 264     (make-instance 'ucoc :cui1 (parse-cui cui) :cui2 (ensure-integer cui2) :soc soc :cot cot
 265                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 266
 267 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 268   "Return a list of ucoc for cui2"
 269   (with-umlisp-query (mrcoc (cui1 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui2 (parse-cui cui2)
 270                              :lrl "KSRL" :order (cof asc))
 271     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 272     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 273     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 (parse-cui cui2) :soc soc :cot cot
 274                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 275
 276 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 277   "List of ucon with co-occurance cui2"
 278   (mapcar
 279    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 280    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 281
 282 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 283   "Return a list of ulo for cui"
 284   (with-umlisp-query (mrlo (isn fr un sui sna soui) srl cui (parse-cui cui) :lrl "KLRL")
 285     (make-instance 'ulo :isn isn :fr (ensure-integer fr) :un un :sui (ensure-integer sui) :sna sna
 286                    :soui soui)))
 287
 288 (defgeneric suistr (lo))
 289 (defmethod suistr ((lo ulo))
 290   "Return the string for a ulo object"
 291   (find-string-sui (sui lo)))
 292
 293 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 294   "Return a list of uatx for cui"
 295   (with-umlisp-query (mratx (sab rel atx) srl cui (parse-cui cui) :lrl ksrl)
 296     (make-instance 'uatx :sab sab :rel rel :atx atx)))
 297
 298
 299 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 300   "Return a list of uterm for cui"
 301   (with-umlisp-query (mrcon (lui lat ts kluilrl) srl cui (parse-cui cui) :lrl kluilrl
 302                              :distinct t)
 303     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui (parse-cui cui)
 304                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 305
 306 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 307   "Return a list of uterm for lui"
 308   (with-umlisp-query (mrcon (cui lat ts kluilrl) srl lui (parse-lui lui)
 309                              :lrl kluilrl :distinct t)
 310     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui (parse-lui lui)
 311                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 312
 313 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 314   "Return single uterm for cui/lui"
 315   (with-umlisp-query (mrcon (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 316                              (make-cuilui (parse-cui cui) (parse-lui lui))
 317                              :lrl kluilrl :single t)
 318     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 319
 320 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 321   "Return a list of ustr for cui/lui"
 322   (with-umlisp-query (mrcon (sui stt str lrl) srl kcuilui (make-cuilui cui lui) :lrl lrl)
 323     (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 324                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str
 325                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 326
 327 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 328   "Return the single ustr for cuisui"
 329   (with-umlisp-query (mrcon (lui stt str lrl) srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl lrl :single t)
 330     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 331                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :lrl (ensure-integer lrl))))
 332
 333 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 334   "Return the list of ustr for sui"
 335   (with-umlisp-query (mrcon (cui lui stt str lrl) srl sui (parse-sui sui) :lrl lrl)
 336     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 337                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) (parse-sui sui))
 338                    :lui (ensure-integer lui)
 339                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 340
 341 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 342   "Return the list of ustr for sab"
 343   (with-umlisp-query (mrso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 344     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 345       (apply #'find-ustr-cuisui
 346              (append
 347               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui)) (list :srl srl))))))
 348
 349 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 350   "Return list of all ustr's"
 351     (with-sql-connection (db)
 352       (clsql:map-query
 353        'list
 354        #'(lambda (cui lui sui stt lrl pfstr)
 355            (setq cui (ensure-integer cui))
 356            (setq lui (ensure-integer lui))
 357            (setq sui (ensure-integer sui))
 358            (setq lrl (ensure-integer lrl))
 359            (make-instance 'ustr :cui cui
 360                           :lui lui
 361                           :sui sui
 362                           :cuisui (make-cuisui cui sui)
 363                           :stt stt
 364                           :lrl lrl
 365                           :str pfstr))
 366        (query-string mrcon (cui lui sui stt lrl kpfstr) srl nil nil :lrl lrl :distinct t
 367                      :order (sui asc))
 368        :database db)))
 369
 370 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 371   "Return the string associated with sui"
 372   (with-umlisp-query (mrcon (str) srl sui sui :lrl lrl :single t)
 373     str))
 374
 375 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 376   (with-umlisp-query (mrso (sab code srl tty) srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 377       (make-instance 'uso :sab sab :code code :srl srl :tty tty)))
 378
 379 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 380   (with-umlisp-query (mrcxt (sab code cxn cxl rnk cxs cui2 hcd rela xc) srl kcuisui
 381                              (make-cuisui cui sui) :lrl ksrl)
 382     (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 383                    :cxn (ensure-integer cxn)
 384                    :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd :rela rela :xc xc
 385                    :rnk (ensure-integer rnk)
 386                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 387
 388 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 389   (let ((ls (format nil "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where ")))
 390     (cond
 391       (sui (string-append ls (format nil "KCUISUI=~d" (make-cuisui cui sui))))
 392       (lui (string-append ls (format nil "KCUILUI=~d and sui=0" (make-cuilui cui lui))))
 393       (t (string-append ls (format nil "cui=~d and lui=0 and sui=0" cui))))
 394     (when srl
 395       (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 396     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 397           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 398             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 399
 400 (defun find-usty-tui (tui)
 401   "Find usty for tui"
 402   (with-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui (parse-tui tui) :single t)
 403     (make-instance 'usty :tui (parse-tui tui) :sty sty)))
 404
 405 (defun find-usty-sty (sty)
 406   "Find usty for a sty"
 407   (with-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 408     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 409
 410 (defun find-usty-all ()
 411   "Return list of usty's for all semantic types"
 412   (with-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 413     (find-usty-tui tui)))
 414
 415 (defun find-usab-all ()
 416   "Find usab for a key"
 417   (with-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil nil nil)
 418     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 419                    :rcui (ensure-integer rcui)
 420                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 421                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 422                    :srl (ensure-integer srl)
 423                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 424                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 425                    :curver curver :sabin sabin)))
 426
 427 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 428   "Find usab for a key"
 429   (with-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil key-name key :single t)
 430     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 431                    :rcui (ensure-integer rcui)
 432                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 433                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 434                    :srl (ensure-integer srl)
 435                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 436                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 437                    :curver curver :sabin sabin)))
 438
 439 (defun find-usab-rsab (rsab)
 440   "Find usab for rsab"
 441   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 442
 443 (defun find-usab-vsab (vsab)
 444   "Find usab for vsab"
 445   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 446
 447 (defun find-cui-max ()
 448   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 449
 450 ;;;; Cross table find functions
 451
 452 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 453   "Find list of ucon for tui"
 454   (with-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui (parse-tui tui) :lrl klrl
 455                              :order (cui asc))
 456     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 457
 458 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 459   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 460   (with-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 461                                      :lrl klrl :order '(cui asc))
 462     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 463
 464 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 465   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 466   (with-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 467                                       :lrl klrl :order '(cui asc))
 468     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 469
 470 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 471   "Return list of ustrs that match word"
 472   (with-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word
 473                                 :lrl klrl
 474                                 :order (cui asc sui asc))
 475     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 476
 477 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 478   "Return list of ustrs that match word"
 479   (with-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 480                                  :order (cui asc sui asc))
 481     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 482
 483 ;; Special tables
 484
 485 (defun find-usrl-all ()
 486   (with-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 487     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 488
 489 ;;; Multiword lookup and score functions
 490
 491 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 492   "Return sorted list of ucon's that match a multiword string"
 493   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 494          (ucons '()))
 495     (dolist (word words)
 496       (setq ucons (append ucons (find-ucon-word word :srl srl))))
 497     (sort-score-ucon-str str (delete-duplicates ucons :test #'eql :key #'cui))))
 498
 499 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 500   "Return sorted list of ustr's that match a multiword string"
 501   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 502          (ustrs '()))
 503     (dolist (word words)
 504       (setq ustrs (append ustrs (find-ustr-word word :srl srl))))
 505     (sort-score-ustr-str str (delete-duplicates ustrs :test #'eql :key #'cui))))
 506
 507 (defun sort-score-ucon-str (str ucons)
 508   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 509   (sort-score-umlsclass-str ucons str #'pfstr))
 510
 511 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 512   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 513   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 514
 515 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 516   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 517   (let ((scored '()))
 518     (dolist (obj objs)
 519       (push
 520        (list obj
 521              (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 522        scored))
 523     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 524
 525 (defun score-multiword-match (s1 s2)
 526   "Score a match between two strings with s1 being reference string"
 527   (let* ((word-list-1 (delimited-string-to-list s1 #\space))
 528          (word-list-2 (delimited-string-to-list s2 #\space))
 529          (n1 (length word-list-1))
 530          (n2 (length word-list-2))
 531          (unmatched n1)
 532          (score 0)
 533          (nlong 0)
 534          (nshort 0)
 535          short-list long-list)
 536     (declare (fixnum n1 n2 nshort nlong score unmatched))
 537     (if (> n1 n2)
 538         (progn
 539           (setq nlong n1)
 540           (setq nshort n2)
 541           (setq long-list word-list-1)
 542           (setq short-list word-list-2))
 543       (progn
 544         (setq nlong n2)
 545         (setq nshort n1)
 546         (setq long-list word-list-2)
 547         (setq short-list word-list-1)))
 548     (decf score (- nlong nshort)) ;; reduce score for extra words
 549     (dotimes (iword nshort)
 550       (declare (fixnum iword))
 551       (kmrcl:aif (position (nth iword short-list) long-list :test #'string-equal)
 552            (progn
 553              (incf score (- 10 (abs (- kmrcl::it iword))))
 554              (decf unmatched))))
 555     (decf score (* 2 unmatched))
 556     score))
 557
 558
 559 ;;; LEX SQL functions
 560
 561 (defun find-lexterm-eui (eui)
 562   (with-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 563     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 564
 565 (defun find-lexterm-word (wrd)
 566   (with-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 567     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 568                    :wrd (copy-seq wrd))))
 569
 570 ;; LEX SQL Read functions
 571
 572 (defun find-labr-eui (eui)
 573   (with-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 574     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 575                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 576
 577 (defun find-labr-bas (bas)
 578   (with-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 579     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 580                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 581
 582 (defun find-lagr-eui (eui)
 583   (with-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 584     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 585                    :cit cit :bas bas)))
 586
 587 (defun find-lcmp-eui (eui)
 588   (with-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 589     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 590
 591 (defun find-lmod-eui (eui)
 592   (with-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
 593     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 594
 595 (defun find-lnom-eui (eui)
 596   (with-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
 597     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 598                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 599
 600 (defun find-lprn-eui (eui)
 601   (with-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
 602     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 603                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 604
 605 (defun find-lprp-eui (eui)
 606   (with-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
 607     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 608
 609 (defun find-lspl-eui (eui)
 610   (with-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
 611     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 612
 613 (defun find-ltrm-eui (eui)
 614   (with-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
 615     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 616
 617 (defun find-ltyp-eui (eui)
 618   (with-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
 619     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 620
 621 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 622   (make-instance 'lwd :wrd
 623                  :euilist (with-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 624                             (ensure-integer eui))))
 625
 626 ;;; Semantic Network SQL access functions
 627
 628 (defun find-sdef-ui (ui)
 629   (with-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 630                             nil ui ui :single t)
 631     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 632                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 633
 634 (defun find-sstre1-ui (ui)
 635   (with-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
 636     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 637                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 638
 639 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 640   (with-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
 641     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 642                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 643
 644 (defun find-sstr-rl (rl)
 645   (with-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
 646     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 647
 648 (defun find-sstre2-sty (sty)
 649   (with-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
 650     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 651
 652 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 653   (with-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
 654     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))