sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:        Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: sql-classes.lisp,v 1.35 2003/05/03 20:18:40 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package :umlisp)
  20 (declaim (optimize (compilation-speed 0) (debug 3)))
  21
  22
  23 (defvar *current-srl* nil)
  24 (defun current-srl ()
  25   *current-srl*)
  26 (defun current-srl! (srl)
  27   (setq *current-srl* srl))
  28
  29
  30 (defmacro with-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  31                                     &key (lrlname "KCUILRL") distinct single
  32                                     order like)
  33                              &body body)
  34   (if single
  35     `(unless (and ,where-name (not ,where-value))
  36       (let ((tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  37                                       :lrlname ,lrlname :single ,single
  38                                       :distinct ,distinct :order ,order :like ,like))))
  39         (when tuple
  40           (destructuring-bind ,fields tuple
  41             ,@body))))
  42     `(unless (and ,where-name (not ,where-value))
  43       (let ((tuple (car )))
  44         (loop for tuple in
  45               (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  46                             :lrlname ,lrlname :single ,single
  47                             :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)
  48               collect
  49               (destructuring-bind ,fields tuple
  50                 ,@body))))))
  51
  52 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  53                      &key (lrlname "KCUILRL") single distinct order like)
  54   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  55 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  56   `(when (or (not ,where-name) ,where-value)
  57     (mutex-sql-query
  58      (query-string-macro ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  59       :lrlname ,lrlname :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like))))
  60
  61
  62 (defmacro query-string-macro (table fields &optional srl where-name where-value
  63                         &key (lrlname "KCUILRL") single distinct order like)
  64   (let* ((%%fields (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  65                            (if distinct "distinct " "") fields table))
  66          (%%order (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")))
  67     `(concatenate
  68       'string
  69       ,%%fields
  70       (if ,where-name
  71           (format nil
  72                   (if (stringp ,where-value)
  73                       (if ,like
  74                           " where ~A like '%~A%'"
  75                           " where ~A='~A'")
  76                       " where ~A=~A")
  77                   ,where-name ,where-value)
  78           "")
  79       (if ,srl (format nil " and ~:@(~A~) <= ~D" ,lrlname ,srl) "")
  80       ,%%order
  81       (if ,single " limit 1" ""))))
  82
  83 (defun query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  84                      &key (lrlname "KCUILRL") single distinct order like)
  85   (concatenate
  86    'string
  87    (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  88            (if distinct "distinct " "") fields table)
  89    (if where-name
  90        (format nil
  91                (if (stringp where-value)
  92                    (if like
  93                        " where ~A like '%~A%'"
  94                        " where ~A='~A'")
  95                    " where ~A=~A")
  96                where-name  where-value)
  97        "")
  98    (if srl (format nil " and ~:@(~A~) <= ~D" lrlname srl) "")
  99    (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
 100    (if single " limit 1" "")))
 101
 102 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 103   "Find ucon for a cui"
 104   (with-umlisp-query (mrcon (kpfstr kcuilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
 105     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
 106                    :pfstr kpfstr
 107                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 108
 109 (defun find-ucon-cui-old (cui &key (srl *current-srl*))
 110   "Find ucon for a cui"
 111   (when (stringp cui) (setq cui (parse-cui cui)))
 112   (when cui
 113     (let ((ls (format nil "select KPFSTR,KCUILRL from MRCON where CUI=~d" cui)))
 114       (when srl
 115         (string-append ls (format nil " and KCUILRL <= ~d" srl)))
 116       (string-append ls " limit 1")
 117       (awhen (car (mutex-sql-query ls))
 118              (destructuring-bind (kpfstr kcuilrl) it
 119                  (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr kpfstr
 120                             :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))))
 121
 122 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 123   "Find ucon for a cui"
 124   (with-umlisp-query ('mrcon (kcuilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
 125     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
 126                    :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 127                    :pfstr nil)))
 128
 129 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 130   "Find preferred string for a cui"
 131   (with-umlisp-query ('mrcon (kpfstr) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
 132     kpfstr))
 133
 134 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 135   "Find list of ucon for lui"
 136   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'lui (parse-lui lui) :distinct t)
 137     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 138                    :pfstr kpfstr
 139                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 140
 141 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 142   "Find list of ucon for sui"
 143   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'sui (parse-sui sui) :distinct t)
 144     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 145                    :pfstr kpfstr
 146                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 147
 148 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 149   "Find ucon for cui/sui"
 150   (when (and cui sui)
 151     (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'kcuisui
 152                                (make-cuisui (parse-cui cui) (parse-sui sui)))
 153       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 154                      :pfstr kpfstr
 155                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 156
 157 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 158   "Find ucon that are exact match for str"
 159   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'str str :distinct t)
 160     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 161                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 162
 163 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 164   "Return list of all ucon's"
 165   (with-sql-connection (db)
 166     (clsql:map-query
 167      'list
 168      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 169          (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 170                         :pfstr pfstr
 171                         :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 172      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil
 173                    :order '(cui asc) :distinct t)
 174      :database db)))
 175
 176 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 177   "Map a function over all ucon's"
 178   (with-sql-connection (db)
 179     (clsql:map-query
 180      nil
 181      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 182          (funcall fn
 183                   (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 184                                  :pfstr pfstr
 185                                  :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 186      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order '(cui asc) :distinct t)
 187      :database db)))
 188
 189
 190 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 191   "Return a list of udefs for cui"
 192   (with-umlisp-query ('mrdef (sab def) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KSRL")
 193     (make-instance 'udef :sab sab :def def)))
 194
 195 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 196   "Return a list of usty for cui"
 197   (with-umlisp-query ('mrsty (tui sty) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KLRL")
 198     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 199
 200 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 201   "Return a list of usty that match word"
 202   (with-umlisp-query ('mrsty (tui sty) srl 'sty word :lrlname 'klrl :like t :distinct t)
 203     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 204
 205 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 206   "Return a list of urel for cui"
 207   (with-umlisp-query ('mrrel (rel cui2 rela sab sl mg kpfstr2) srl 'cui1 (parse-cui cui) :lrlname "KSRL")
 208     (make-instance 'urel :cui1 (parse-cui cui) :rel rel :cui2 (ensure-integer cui2) :rela rela
 209                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 210
 211 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 212   "Return a list of urel for cui2"
 213   (with-umlisp-query ('mrrel (rel cui1 rela sab sl mg kpfstr2) srl 'cui2 (parse-cui cui2) :lrlname "KSRL")
 214     (make-instance 'urel :cui2 (parse-cui cui2) :rel rel :cui1 (ensure-integer cui1) :rela rela
 215                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 216
 217 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 218   (mapcar
 219    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 220    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))))
 221
 222 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 223   "Return a list of ucoc for cui"
 224   (with-umlisp-query ('mrcoc (cui2 soc cot cof coa kpfstr2) srl 'cui1 (parse-cui cui)
 225                              :lrlname "KSRL" :order '(cof asc))
 226     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 227     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 228     (make-instance 'ucoc :cui1 (parse-cui cui) :cui2 (ensure-integer cui2) :soc soc :cot cot
 229                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 230
 231 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 232   "Return a list of ucoc for cui2"
 233   (with-umlisp-query ('mrcoc (cui1 soc cot cof coa kpfstr2) srl 'cui2 (parse-cui cui2)
 234                              :lrlname "KSRL" :order '(cof asc))
 235     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 236     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 237     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 (parse-cui cui2) :soc soc :cot cot
 238                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 239
 240 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 241   "List of ucon with co-occurance cui2"
 242   (mapcar
 243    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 244    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 245
 246 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 247   "Return a list of ulo for cui"
 248   (with-umlisp-query ('mrlo (isn fr un sui sna soui) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KLRL")
 249     (make-instance 'ulo :isn isn :fr (ensure-integer fr) :un un :sui (ensure-integer sui) :sna sna
 250                    :soui soui)))
 251
 252 (defgeneric suistr (lo))
 253 (defmethod suistr ((lo ulo))
 254   "Return the string for a ulo object"
 255   (find-string-sui (sui lo)))
 256
 257 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 258   "Return a list of uatx for cui"
 259   (with-umlisp-query ('mratx (sab rel atx) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname 'ksrl)
 260     (make-instance 'uatx :sab sab :rel rel :atx atx)))
 261
 262
 263 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 264   "Return a list of uterm for cui"
 265   (with-umlisp-query ('mrcon (lui lat ts kluilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname 'kluilrl
 266                              :distinct t)
 267     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui (parse-cui cui)
 268                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 269
 270 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 271   "Return a list of uterm for lui"
 272   (with-umlisp-query ('mrcon (cui lat ts kluilrl) srl 'lui (parse-lui lui)
 273                              :lrlname 'kluilrl :distinct t)
 274     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui (parse-lui lui)
 275                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 276
 277 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 278   "Return single uterm for cui/lui"
 279   (with-umlisp-query ('mrcon (lat ts kluilrl) srl 'kcuilui
 280                              (make-cuilui (parse-cui cui) (parse-lui lui))
 281                              :lrlname 'kluilrl :single t)
 282     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 283
 284 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 285   "Return a list of ustr for cui/lui"
 286   (with-umlisp-query ('mrcon (sui stt str lrl) srl 'kcuilui (make-cuilui cui lui) :lrlname 'lrl)
 287     (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 288                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str
 289                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 290
 291 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 292   "Return the single ustr for cuisui"
 293   (with-umlisp-query ('mrcon (lui stt str lrl) srl 'kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrlname 'lrl :single t)
 294     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 295                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :lrl (ensure-integer lrl))))
 296
 297 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 298   "Return the list of ustr for sui"
 299   (with-umlisp-query ('mrcon (cui lui stt str lrl) srl 'sui (parse-sui sui) :lrlname 'lrl)
 300     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 301                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) (parse-sui sui))
 302                    :lui (ensure-integer lui)
 303                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 304
 305 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 306   "Return the list of ustr for sab"
 307   (with-umlisp-query ('mrso (kcuisui) srl 'sab sab :lrlname 'srl)
 308     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 309       (apply #'find-ustr-cuisui
 310              (append
 311               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui)) (list :srl srl))))))
 312
 313 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 314   "Return list of all ustr's"
 315     (with-sql-connection (db)
 316       (clsql:map-query
 317        'list
 318        #'(lambda (cui lui sui stt lrl pfstr)
 319            (setq cui (ensure-integer cui))
 320            (setq lui (ensure-integer lui))
 321            (setq sui (ensure-integer sui))
 322            (setq lrl (ensure-integer lrl))
 323            (make-instance 'ustr :cui cui
 324                           :lui lui
 325                           :sui sui
 326                           :cuisui (make-cuisui cui sui)
 327                           :stt stt
 328                           :lrl lrl
 329                           :str pfstr))
 330        (query-string 'mrcon '(cui lui sui stt lrl kpfstr) srl nil nil :lrlname 'lrl :distinct t
 331                      :order '(sui asc))
 332        :database db)))
 333
 334 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 335   "Return the string associated with sui"
 336   (with-umlisp-query ('mrcon (str) srl 'sui sui :lrlname 'lrl :single t)
 337     str))
 338
 339 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 340   (with-umlisp-query ('mrso (sab code srl tty) srl 'kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrlname 'srl)
 341       (make-instance 'uso :sab sab :code code :srl srl :tty tty)))
 342
 343 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 344   (with-umlisp-query ('mrcxt (sab code cxn cxl rnk cxs cui2 hcd rela xc) srl 'kcuisui
 345                              (make-cuisui cui sui) :lrlname 'ksrl)
 346     (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 347                    :cxn (ensure-integer cxn)
 348                    :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd :rela rela :xc xc
 349                    :rnk (ensure-integer rnk)
 350                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 351
 352 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 353   (let ((ls (format nil "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where ")))
 354     (cond
 355       (sui (string-append ls (format nil "KCUISUI=~d" (make-cuisui cui sui))))
 356       (lui (string-append ls (format nil "KCUILUI=~d and sui=0" (make-cuilui cui lui))))
 357       (t (string-append ls (format nil "cui=~d and lui=0 and sui=0" cui))))
 358     (when srl
 359       (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 360     (let ((usats '()))
 361       (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 362         (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 363           (push (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)
 364                 usats)))
 365       (nreverse usats))))
 366
 367
 368 (defun find-usty-tui (tui)
 369   "Find usty for tui"
 370   (with-umlisp-query ('mrsty (sty) nil 'tui (parse-tui tui) :single t)
 371     (make-instance 'usty :tui (parse-tui tui) :sty sty)))
 372
 373 (defun find-usty-sty (sty)
 374   "Find usty for a sty"
 375   (with-umlisp-query ('mrsty (tui) nil 'sty sty :single t)
 376     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 377
 378 (defun find-usty-all ()
 379   "Return list of usty's for all semantic types"
 380   (with-umlisp-query ('mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 381     (find-usty-tui tui)))
 382
 383 (defun find-usab-all ()
 384   "Find usab for a key"
 385   (with-umlisp-query ('mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil nil nil)
 386     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 387                    :rcui (ensure-integer rcui)
 388                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 389                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 390                    :srl (ensure-integer srl)
 391                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 392                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 393                    :curver curver :sabin sabin)))
 394
 395 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 396   "Find usab for a key"
 397   (with-umlisp-query ('mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil key-name key :single t)
 398     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 399                    :rcui (ensure-integer rcui)
 400                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 401                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 402                    :srl (ensure-integer srl)
 403                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 404                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 405                    :curver curver :sabin sabin)))
 406
 407 (defun find-usab-rsab (rsab)
 408   "Find usab for rsab"
 409   (find-usab-by-key "RSAB" rsab))
 410
 411 (defun find-usab-vsab (vsab)
 412   "Find usab for vsab"
 413   (find-usab-by-key "VSAB" vsab))
 414
 415 (defun find-cui-max ()
 416   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 417
 418 ;;;; Cross table find functions
 419
 420 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 421   "Find list of ucon for tui"
 422   (with-umlisp-query ('mrsty (cui) srl 'tui (parse-tui tui) :lrlname 'klrl
 423                              :order '(cui asc))
 424     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 425
 426 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 427   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 428   (with-umlisp-query ('mrxw_eng (cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 429                                 :lrlname 'klrl :order '(cui asc))
 430     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 431
 432 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 433   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 434   (with-umlisp-query ('mrxnw_eng (cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 435                                 :lrlname 'klrl :order '(cui asc))
 436     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 437
 438 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 439   "Return list of ustrs that match word"
 440   (with-umlisp-query ('mrxw_eng (cui sui) srl 'wd word
 441                                 :lrlname 'klrl
 442                                 :order '(cui asc sui asc))
 443     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 444
 445 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 446   "Return list of ustrs that match word"
 447   (with-umlisp-query ('mrxnw_eng (cui sui) srl 'nwd word :lrlname 'klrl
 448                                  :order '(cui asc sui asc))
 449     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 450
 451 ;; Special tables
 452
 453 (defun find-usrl-all ()
 454   (with-umlisp-query ('usrl (sab srl) nil nil nil :order '(sab asc))
 455     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 456
 457 ;;; Multiword lookup and score functions
 458
 459 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 460   "Return sorted list of ucon's that match a multiword string"
 461   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 462          (ucons '()))
 463     (dolist (word words)
 464       (setq ucons (append ucons (find-ucon-word word :srl srl))))
 465     (sort-score-ucon-str str (delete-duplicates ucons :test #'eql :key #'cui))))
 466
 467 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 468   "Return sorted list of ustr's that match a multiword string"
 469   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 470          (ustrs '()))
 471     (dolist (word words)
 472       (setq ustrs (append ustrs (find-ustr-word word :srl srl))))
 473     (sort-score-ustr-str str (delete-duplicates ustrs :test #'eql :key #'cui))))
 474
 475 (defun sort-score-ucon-str (str ucons)
 476   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 477   (sort-score-umlsclass-str ucons str #'pfstr))
 478
 479 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 480   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 481   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 482
 483 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 484   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 485   (let ((scored '()))
 486     (dolist (obj objs)
 487       (push
 488        (list obj
 489              (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 490        scored))
 491     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 492
 493 (defun score-multiword-match (s1 s2)
 494   "Score a match between two strings with s1 being reference string"
 495   (let* ((word-list-1 (delimited-string-to-list s1 #\space))
 496          (word-list-2 (delimited-string-to-list s2 #\space))
 497          (n1 (length word-list-1))
 498          (n2 (length word-list-2))
 499          (unmatched n1)
 500          (score 0)
 501          (nlong 0)
 502          (nshort 0)
 503          short-list long-list)
 504     (declare (fixnum n1 n2 nshort nlong score unmatched))
 505     (if (> n1 n2)
 506         (progn
 507           (setq nlong n1)
 508           (setq nshort n2)
 509           (setq long-list word-list-1)
 510           (setq short-list word-list-2))
 511       (progn
 512         (setq nlong n2)
 513         (setq nshort n1)
 514         (setq long-list word-list-2)
 515         (setq short-list word-list-1)))
 516     (decf score (- nlong nshort)) ;; reduce score for extra words
 517     (dotimes (iword nshort)
 518       (declare (fixnum iword))
 519       (kmrcl:aif (position (nth iword short-list) long-list :test #'string-equal)
 520            (progn
 521              (incf score (- 10 (abs (- kmrcl::it iword))))
 522              (decf unmatched))))
 523     (decf score (* 2 unmatched))
 524     score))
 525
 526
 527 ;;; LEX SQL functions
 528
 529 (defun find-lexterm-eui (eui)
 530   (with-umlisp-query ('lrwd (wrd) nil 'eui eui :single t)
 531     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 532
 533 (defun find-lexterm-word (wrd)
 534   (with-umlisp-query ('lrwd (eui) nil 'wrd wrd)
 535     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 536                    :wrd (copy-seq wrd))))
 537
 538 ;; LEX SQL Read functions
 539
 540 (defun find-labr-eui (eui)
 541   (with-umlisp-query ('lrabr (bas abr eui2 bas2) nil 'eui eui)
 542     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 543                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 544
 545 (defun find-labr-bas (bas)
 546   (with-umlisp-query ('labr (eui abr eui2 bas2) nil 'bas bas)
 547     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 548                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 549
 550 (defun find-lagr-eui (eui)
 551   (with-umlisp-query ('lragr (str sca agr cit bas) nil 'eui eui)
 552     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 553                    :cit cit :bas bas)))
 554
 555 (defun find-lcmp-eui (eui)
 556   (with-umlisp-query ('lrcmp (bas sca com) nil 'eui eui)
 557     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 558
 559 (defun find-lmod-eui (eui)
 560   (with-umlisp-query ('lrmod (bas sca psn_mod fea) nil 'eui eui)
 561     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 562
 563 (defun find-lnom-eui (eui)
 564   (with-umlisp-query ('lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil 'eui eui)
 565     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 566                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 567
 568 (defun find-lprn-eui (eui)
 569   (with-umlisp-query ('lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil 'eui eui)
 570     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 571                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 572
 573 (defun find-lprp-eui (eui)
 574   (with-umlisp-query ('lrprp (bas str sca fea) nil 'eui eui)
 575     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 576
 577 (defun find-lspl-eui (eui)
 578   (with-umlisp-query ('lrspl (spv bas) nil 'eui eui)
 579     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 580
 581 (defun find-ltrm-eui (eui)
 582   (with-umlisp-query ('lrtrm (bas gen) nil 'eui eui)
 583     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 584
 585 (defun find-ltyp-eui (eui)
 586   (with-umlisp-query ('lrtyp (bas sca typ) nil 'eui eui)
 587     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 588
 589 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 590   (make-instance 'lwd :wrd
 591                  :euilist (with-umlisp-query ('lrwd (eui) nil 'wrd wrd)
 592                             (ensure-integer eui))))
 593
 594 ;;; Semantic Network SQL access functions
 595
 596 (defun find-sdef-ui (ui)
 597   (with-umlisp-query ('srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 598                              nil 'ui ui :single t)
 599     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 600                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 601
 602 (defun find-sstre1-ui (ui)
 603   (with-umlisp-query ('srstre1 (ui2 ui3) nil 'ui ui)
 604     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 605                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 606
 607 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 608   (with-umlisp-query ('srstre1 (ui ui3) nil 'ui2 ui2)
 609     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 610                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 611
 612 (defun find-sstr-rl (rl)
 613   (with-umlisp-query ('srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil 'rl rl)
 614     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 615
 616 (defun find-sstre2-sty (sty)
 617   (with-umlisp-query ('srstre2 (rl sty2) nil 'sty sty)
 618     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 619
 620 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 621   (with-umlisp-query ('srstr (rl sty_rl2 ls) nil 'styrl styrl)
 622     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))