sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:        Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: sql-classes.lisp,v 1.52 2003/05/03 22:10:15 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package :umlisp)
  20 (declaim (optimize (compilation-speed 0) (debug 3)))
  21
  22
  23 (defvar *current-srl* nil)
  24 (defun current-srl ()
  25   *current-srl*)
  26 (defun current-srl! (srl)
  27   (setq *current-srl* srl))
  28
  29 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
  30 (defmacro with-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  31                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
  32                                     order like)
  33                              &body body)
  34   (if single
  35     `(unless (and ,where-name (not ,where-value))
  36       (let ((tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  37                                       :lrl ,lrl :single ,single
  38                                       :distinct ,distinct :order ,order :like ,like))))
  39         (when tuple
  40           (destructuring-bind ,fields tuple
  41             ,@body))))
  42     `(unless (and ,where-name (not ,where-value))
  43       (loop for tuple in
  44        (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  45         :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)
  46        collect (destructuring-bind ,fields tuple
  47                  ,@body)))))
  48
  49 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  50                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  51   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  52 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  53   `(when (or (not ,where-name) ,where-value)
  54     (mutex-sql-query
  55      (query-string-macro ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  56       :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like))))
  57
  58
  59 (defmacro query-string-macro (table fields &optional srl where-name where-value
  60                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  61   (let* ((%%fields (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  62                            (if distinct "distinct " "") fields table))
  63          (%%order (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) ""))
  64          (%%lrl (format nil " and ~:@(~A~)<=" lrl))
  65          (%%where (format nil " where ~:@(~A~)~A" (quote where-name)
  66                           (if like " like " "="))))
  67     `(concatenate
  68       'string
  69       ,%%fields
  70       ,@(when %%where (list %%where))
  71       ,@(when %%where
  72               `((if (numberp ,where-value)
  73                     (write-to-string ,where-value)
  74                     (format nil ,(if like "'%~A%'" "'~A'") ,where-value))))
  75       (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  76       ,@(when %%order (list %%order))
  77       ,@(when single (list " limit 1")))))
  78
  79 (defun query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  80                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  81   (concatenate
  82    'string
  83    (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  84            (if distinct "distinct " "") fields table)
  85    (if where-name
  86        (format nil
  87                (if (stringp where-value)
  88                    (if like
  89                        " where ~A like '%~A%'"
  90                        " where ~A='~A'")
  91                    " where ~A=~A")
  92                where-name  where-value)
  93        "")
  94    (if srl (format nil " and ~:@(~A~) <= ~D" lrl srl) "")
  95    (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  96    (if single " limit 1" "")))
  97
  98 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
  99   "Find ucon for a cui"
 100   (with-umlisp-query (mrcon (kpfstr kcuilrl) srl cui (parse-cui cui) :single t)
 101     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
 102                    :pfstr kpfstr
 103                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 104
 105 (defun find-ucon-cui-old (cui &key (srl *current-srl*))
 106   "Find ucon for a cui"
 107   (when (stringp cui) (setq cui (parse-cui cui)))
 108   (when cui
 109     (let ((ls (format nil "select KPFSTR,KCUILRL from MRCON where CUI=~d" cui)))
 110       (when srl
 111         (string-append ls (format nil " and KCUILRL <= ~d" srl)))
 112       (string-append ls " limit 1")
 113       (let ((tuple (car (mutex-sql-query ls))))
 114         (destructuring-bind (kpfstr kcuilrl) tuple
 115           (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr kpfstr
 116                          :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))))
 117
 118 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 119   "Find ucon for a cui"
 120   (with-umlisp-query (mrcon (kcuilrl) srl cui (parse-cui cui) :single t)
 121     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
 122                    :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 123                    :pfstr nil)))
 124
 125 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 126   "Find preferred string for a cui"
 127   (with-umlisp-query (mrcon (kpfstr) srl cui (parse-cui cui) :single t)
 128     kpfstr))
 129
 130 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 131   "Find list of ucon for lui"
 132   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl lui (parse-lui lui) :distinct t)
 133     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 134                    :pfstr kpfstr
 135                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 136
 137 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 138   "Find list of ucon for sui"
 139   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl sui (parse-sui sui) :distinct t)
 140     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 141                    :pfstr kpfstr
 142                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 143
 144 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 145   "Find ucon for cui/sui"
 146   (when (and cui sui)
 147     (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl kcuisui
 148                                (make-cuisui (parse-cui cui) (parse-sui sui)))
 149       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 150                      :pfstr kpfstr
 151                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 152
 153 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 154   "Find ucon that are exact match for str"
 155   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl str str :distinct t)
 156     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 157                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 158
 159 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 160   "Return list of all ucon's"
 161   (with-sql-connection (db)
 162     (clsql:map-query
 163      'list
 164      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 165          (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 166                         :pfstr pfstr
 167                         :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 168      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil
 169                    :order (cui asc) :distinct t)
 170      :database db)))
 171
 172 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 173   "Map a function over all ucon's"
 174   (with-sql-connection (db)
 175     (clsql:map-query
 176      nil
 177      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 178          (funcall fn
 179                   (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 180                                  :pfstr pfstr
 181                                  :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 182      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc) :distinct t)
 183      :database db)))
 184
 185
 186 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 187   "Return a list of udefs for cui"
 188   (with-umlisp-query (mrdef (sab def) srl cui (parse-cui cui) :lrl "KSRL")
 189     (make-instance 'udef :sab sab :def def)))
 190
 191 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 192   "Return a list of usty for cui"
 193   (with-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui (parse-cui cui) :lrl "KLRL")
 194     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 195
 196 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 197   "Return a list of usty that match word"
 198   (with-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t :distinct t)
 199     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 200
 201 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 202   "Return a list of urel for cui"
 203   (with-umlisp-query (mrrel (rel cui2 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui1 (parse-cui cui) :lrl "KSRL")
 204     (make-instance 'urel :cui1 (parse-cui cui) :rel rel :cui2 (ensure-integer cui2) :rela rela
 205                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 206
 207 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 208   "Return a list of urel for cui2"
 209   (with-umlisp-query (mrrel (rel cui1 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui2 (parse-cui cui2) :lrl "KSRL")
 210     (make-instance 'urel :cui2 (parse-cui cui2) :rel rel :cui1 (ensure-integer cui1) :rela rela
 211                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 212
 213 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 214   (mapcar
 215    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 216    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))))
 217
 218 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 219   "Return a list of ucoc for cui"
 220   (with-umlisp-query (mrcoc (cui2 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui1 (parse-cui cui)
 221                              :lrl "KSRL" :order (cof asc))
 222     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 223     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 224     (make-instance 'ucoc :cui1 (parse-cui cui) :cui2 (ensure-integer cui2) :soc soc :cot cot
 225                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 226
 227 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 228   "Return a list of ucoc for cui2"
 229   (with-umlisp-query (mrcoc (cui1 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui2 (parse-cui cui2)
 230                              :lrl "KSRL" :order (cof asc))
 231     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 232     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 233     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 (parse-cui cui2) :soc soc :cot cot
 234                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 235
 236 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 237   "List of ucon with co-occurance cui2"
 238   (mapcar
 239    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 240    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 241
 242 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 243   "Return a list of ulo for cui"
 244   (with-umlisp-query (mrlo (isn fr un sui sna soui) srl cui (parse-cui cui) :lrl "KLRL")
 245     (make-instance 'ulo :isn isn :fr (ensure-integer fr) :un un :sui (ensure-integer sui) :sna sna
 246                    :soui soui)))
 247
 248 (defgeneric suistr (lo))
 249 (defmethod suistr ((lo ulo))
 250   "Return the string for a ulo object"
 251   (find-string-sui (sui lo)))
 252
 253 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 254   "Return a list of uatx for cui"
 255   (with-umlisp-query (mratx (sab rel atx) srl cui (parse-cui cui) :lrl ksrl)
 256     (make-instance 'uatx :sab sab :rel rel :atx atx)))
 257
 258
 259 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 260   "Return a list of uterm for cui"
 261   (with-umlisp-query (mrcon (lui lat ts kluilrl) srl cui (parse-cui cui) :lrl kluilrl
 262                              :distinct t)
 263     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui (parse-cui cui)
 264                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 265
 266 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 267   "Return a list of uterm for lui"
 268   (with-umlisp-query (mrcon (cui lat ts kluilrl) srl lui (parse-lui lui)
 269                              :lrl kluilrl :distinct t)
 270     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui (parse-lui lui)
 271                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 272
 273 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 274   "Return single uterm for cui/lui"
 275   (with-umlisp-query (mrcon (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 276                              (make-cuilui (parse-cui cui) (parse-lui lui))
 277                              :lrl kluilrl :single t)
 278     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 279
 280 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 281   "Return a list of ustr for cui/lui"
 282   (with-umlisp-query (mrcon (sui stt str lrl) srl kcuilui (make-cuilui cui lui) :lrl lrl)
 283     (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 284                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str
 285                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 286
 287 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 288   "Return the single ustr for cuisui"
 289   (with-umlisp-query (mrcon (lui stt str lrl) srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl lrl :single t)
 290     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 291                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :lrl (ensure-integer lrl))))
 292
 293 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 294   "Return the list of ustr for sui"
 295   (with-umlisp-query (mrcon (cui lui stt str lrl) srl sui (parse-sui sui) :lrl lrl)
 296     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 297                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) (parse-sui sui))
 298                    :lui (ensure-integer lui)
 299                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 300
 301 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 302   "Return the list of ustr for sab"
 303   (with-umlisp-query (mrso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 304     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 305       (apply #'find-ustr-cuisui
 306              (append
 307               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui)) (list :srl srl))))))
 308
 309 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 310   "Return list of all ustr's"
 311     (with-sql-connection (db)
 312       (clsql:map-query
 313        'list
 314        #'(lambda (cui lui sui stt lrl pfstr)
 315            (setq cui (ensure-integer cui))
 316            (setq lui (ensure-integer lui))
 317            (setq sui (ensure-integer sui))
 318            (setq lrl (ensure-integer lrl))
 319            (make-instance 'ustr :cui cui
 320                           :lui lui
 321                           :sui sui
 322                           :cuisui (make-cuisui cui sui)
 323                           :stt stt
 324                           :lrl lrl
 325                           :str pfstr))
 326        (query-string 'mrcon '(cui lui sui stt lrl kpfstr) srl nil nil :lrl lrl :distinct t
 327                      :order (sui asc))
 328        :database db)))
 329
 330 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 331   "Return the string associated with sui"
 332   (with-umlisp-query (mrcon (str) srl sui sui :lrl lrl :single t)
 333     str))
 334
 335 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 336   (with-umlisp-query (mrso (sab code srl tty) srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 337       (make-instance 'uso :sab sab :code code :srl srl :tty tty)))
 338
 339 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 340   (with-umlisp-query (mrcxt (sab code cxn cxl rnk cxs cui2 hcd rela xc) srl kcuisui
 341                              (make-cuisui cui sui) :lrl ksrl)
 342     (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 343                    :cxn (ensure-integer cxn)
 344                    :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd :rela rela :xc xc
 345                    :rnk (ensure-integer rnk)
 346                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 347
 348 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 349   (let ((ls (format nil "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where ")))
 350     (cond
 351       (sui (string-append ls (format nil "KCUISUI=~d" (make-cuisui cui sui))))
 352       (lui (string-append ls (format nil "KCUILUI=~d and sui=0" (make-cuilui cui lui))))
 353       (t (string-append ls (format nil "cui=~d and lui=0 and sui=0" cui))))
 354     (when srl
 355       (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 356     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 357           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 358             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv) usats))))
 359
 360 (defun find-usty-tui (tui)
 361   "Find usty for tui"
 362   (with-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui (parse-tui tui) :single t)
 363     (make-instance 'usty :tui (parse-tui tui) :sty sty)))
 364
 365 (defun find-usty-sty (sty)
 366   "Find usty for a sty"
 367   (with-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 368     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 369
 370 (defun find-usty-all ()
 371   "Return list of usty's for all semantic types"
 372   (with-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 373     (find-usty-tui tui)))
 374
 375 (defun find-usab-all ()
 376   "Find usab for a key"
 377   (with-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil nil nil)
 378     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 379                    :rcui (ensure-integer rcui)
 380                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 381                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 382                    :srl (ensure-integer srl)
 383                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 384                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 385                    :curver curver :sabin sabin)))
 386
 387 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 388   "Find usab for a key"
 389   (with-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil key-name key :single t)
 390     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 391                    :rcui (ensure-integer rcui)
 392                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 393                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 394                    :srl (ensure-integer srl)
 395                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 396                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 397                    :curver curver :sabin sabin)))
 398
 399 (defun find-usab-rsab (rsab)
 400   "Find usab for rsab"
 401   (find-usab-by-key "RSAB" rsab))
 402
 403 (defun find-usab-vsab (vsab)
 404   "Find usab for vsab"
 405   (find-usab-by-key "VSAB" vsab))
 406
 407 (defun find-cui-max ()
 408   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 409
 410 ;;;; Cross table find functions
 411
 412 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 413   "Find list of ucon for tui"
 414   (with-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui (parse-tui tui) :lrl klrl
 415                              :order (cui asc))
 416     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 417
 418 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 419   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 420   (with-umlisp-query (mrxw_eng (cui) srl wd word :like like :distinct t
 421                                 :lrl klrl :order (cui asc))
 422     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 423
 424 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 425   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 426   (with-umlisp-query (mrxnw_eng (cui) srl nwd word :like like :distinct t
 427                                 :lrl klrl :order (cui asc))
 428     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 429
 430 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 431   "Return list of ustrs that match word"
 432   (with-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word
 433                                 :lrl klrl
 434                                 :order (cui asc sui asc))
 435     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 436
 437 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 438   "Return list of ustrs that match word"
 439   (with-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 440                                  :order (cui asc sui asc))
 441     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 442
 443 ;; Special tables
 444
 445 (defun find-usrl-all ()
 446   (with-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 447     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 448
 449 ;;; Multiword lookup and score functions
 450
 451 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 452   "Return sorted list of ucon's that match a multiword string"
 453   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 454          (ucons '()))
 455     (dolist (word words)
 456       (setq ucons (append ucons (find-ucon-word word :srl srl))))
 457     (sort-score-ucon-str str (delete-duplicates ucons :test #'eql :key #'cui))))
 458
 459 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 460   "Return sorted list of ustr's that match a multiword string"
 461   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 462          (ustrs '()))
 463     (dolist (word words)
 464       (setq ustrs (append ustrs (find-ustr-word word :srl srl))))
 465     (sort-score-ustr-str str (delete-duplicates ustrs :test #'eql :key #'cui))))
 466
 467 (defun sort-score-ucon-str (str ucons)
 468   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 469   (sort-score-umlsclass-str ucons str #'pfstr))
 470
 471 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 472   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 473   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 474
 475 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 476   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 477   (let ((scored '()))
 478     (dolist (obj objs)
 479       (push
 480        (list obj
 481              (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 482        scored))
 483     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 484
 485 (defun score-multiword-match (s1 s2)
 486   "Score a match between two strings with s1 being reference string"
 487   (let* ((word-list-1 (delimited-string-to-list s1 #\space))
 488          (word-list-2 (delimited-string-to-list s2 #\space))
 489          (n1 (length word-list-1))
 490          (n2 (length word-list-2))
 491          (unmatched n1)
 492          (score 0)
 493          (nlong 0)
 494          (nshort 0)
 495          short-list long-list)
 496     (declare (fixnum n1 n2 nshort nlong score unmatched))
 497     (if (> n1 n2)
 498         (progn
 499           (setq nlong n1)
 500           (setq nshort n2)
 501           (setq long-list word-list-1)
 502           (setq short-list word-list-2))
 503       (progn
 504         (setq nlong n2)
 505         (setq nshort n1)
 506         (setq long-list word-list-2)
 507         (setq short-list word-list-1)))
 508     (decf score (- nlong nshort)) ;; reduce score for extra words
 509     (dotimes (iword nshort)
 510       (declare (fixnum iword))
 511       (kmrcl:aif (position (nth iword short-list) long-list :test #'string-equal)
 512            (progn
 513              (incf score (- 10 (abs (- kmrcl::it iword))))
 514              (decf unmatched))))
 515     (decf score (* 2 unmatched))
 516     score))
 517
 518
 519 ;;; LEX SQL functions
 520
 521 (defun find-lexterm-eui (eui)
 522   (with-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 523     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 524
 525 (defun find-lexterm-word (wrd)
 526   (with-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 527     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 528                    :wrd (copy-seq wrd))))
 529
 530 ;; LEX SQL Read functions
 531
 532 (defun find-labr-eui (eui)
 533   (with-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 534     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 535                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 536
 537 (defun find-labr-bas (bas)
 538   (with-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 539     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 540                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 541
 542 (defun find-lagr-eui (eui)
 543   (with-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 544     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 545                    :cit cit :bas bas)))
 546
 547 (defun find-lcmp-eui (eui)
 548   (with-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 549     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 550
 551 (defun find-lmod-eui (eui)
 552   (with-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
 553     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 554
 555 (defun find-lnom-eui (eui)
 556   (with-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
 557     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 558                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 559
 560 (defun find-lprn-eui (eui)
 561   (with-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
 562     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 563                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 564
 565 (defun find-lprp-eui (eui)
 566   (with-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
 567     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 568
 569 (defun find-lspl-eui (eui)
 570   (with-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
 571     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 572
 573 (defun find-ltrm-eui (eui)
 574   (with-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
 575     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 576
 577 (defun find-ltyp-eui (eui)
 578   (with-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
 579     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 580
 581 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 582   (make-instance 'lwd :wrd
 583                  :euilist (with-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 584                             (ensure-integer eui))))
 585
 586 ;;; Semantic Network SQL access functions
 587
 588 (defun find-sdef-ui (ui)
 589   (with-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 590                             nil ui ui :single t)
 591     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 592                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 593
 594 (defun find-sstre1-ui (ui)
 595   (with-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
 596     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 597                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 598
 599 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 600   (with-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
 601     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 602                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 603
 604 (defun find-sstr-rl (rl)
 605   (with-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
 606     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 607
 608 (defun find-sstre2-sty (sty)
 609   (with-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
 610     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 611
 612 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 613   (with-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
 614     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))