sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:        Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: sql-classes.lisp,v 1.54 2003/05/03 22:38:22 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package :umlisp)
  20 (declaim (optimize (compilation-speed 0) (debug 3)))
  21
  22
  23 (defvar *current-srl* nil)
  24 (defun current-srl ()
  25   *current-srl*)
  26 (defun current-srl! (srl)
  27   (setq *current-srl* srl))
  28
  29 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
  30 (defmacro with-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  31                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
  32                                     order like)
  33                              &body body)
  34   (if single
  35     `(unless (and ,where-name (not ,where-value))
  36       (let ((tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  37                                       :lrl ,lrl :single ,single
  38                                       :distinct ,distinct :order ,order :like ,like))))
  39         (when tuple
  40           (destructuring-bind ,fields tuple
  41             ,@body))))
  42     `(unless (and ,where-name (not ,where-value))
  43       (loop for tuple in
  44        (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  45         :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)
  46        collect (destructuring-bind ,fields tuple
  47                  ,@body)))))
  48
  49 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  50                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  51   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  52 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  53   `(when (or (not ,where-name) ,where-value)
  54     (mutex-sql-query
  55      (query-string-macro ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  56       :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like))))
  57
  58
  59 (defmacro query-string-macro (table fields &optional srl where-name where-value
  60                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  61   (let* ((%%fields (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  62                            (if distinct "distinct " "") fields table))
  63          (%%order (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) ""))
  64          (%%lrl (format nil " and ~:@(~A~)<=" lrl))
  65          (%%where (when where-name
  66                     (format nil " where ~:@(~A~)~A" where-name
  67                           (if like " like " "=")))))
  68     `(concatenate
  69       'string
  70       ,%%fields
  71       ,@(when %%where (list %%where))
  72       ,@(when %%where
  73               `((if (numberp ,where-value)
  74                     (write-to-string ,where-value)
  75                     (format nil ,(if like "'%~A%'" "'~A'") ,where-value))))
  76       (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  77       ,@(when %%order (list %%order))
  78       ,@(when single (list " limit 1")))))
  79
  80 (defun query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  81                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  82   (concatenate
  83    'string
  84    (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  85            (if distinct "distinct " "") fields table)
  86    (if where-name
  87        (format nil
  88                (if (stringp where-value)
  89                    (if like
  90                        " where ~A like '%~A%'"
  91                        " where ~A='~A'")
  92                    " where ~A=~A")
  93                where-name  where-value)
  94        "")
  95    (if srl (format nil " and ~:@(~A~) <= ~D" lrl srl) "")
  96    (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  97    (if single " limit 1" "")))
  98
  99 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 100   "Find ucon for a cui"
 101   (with-umlisp-query (mrcon (kpfstr kcuilrl) srl cui (parse-cui cui) :single t)
 102     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
 103                    :pfstr kpfstr
 104                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 105
 106 (defun find-ucon-cui-old (cui &key (srl *current-srl*))
 107   "Find ucon for a cui"
 108   (when (stringp cui) (setq cui (parse-cui cui)))
 109   (when cui
 110     (let ((ls (format nil "select KPFSTR,KCUILRL from MRCON where CUI=~d" cui)))
 111       (when srl
 112         (string-append ls (format nil " and KCUILRL <= ~d" srl)))
 113       (string-append ls " limit 1")
 114       (let ((tuple (car (mutex-sql-query ls))))
 115         (destructuring-bind (kpfstr kcuilrl) tuple
 116           (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr kpfstr
 117                          :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))))
 118
 119 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 120   "Find ucon for a cui"
 121   (with-umlisp-query (mrcon (kcuilrl) srl cui (parse-cui cui) :single t)
 122     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
 123                    :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 124                    :pfstr nil)))
 125
 126 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 127   "Find preferred string for a cui"
 128   (with-umlisp-query (mrcon (kpfstr) srl cui (parse-cui cui) :single t)
 129     kpfstr))
 130
 131 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 132   "Find list of ucon for lui"
 133   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl lui (parse-lui lui) :distinct t)
 134     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 135                    :pfstr kpfstr
 136                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 137
 138 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 139   "Find list of ucon for sui"
 140   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl sui (parse-sui sui) :distinct t)
 141     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 142                    :pfstr kpfstr
 143                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 144
 145 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 146   "Find ucon for cui/sui"
 147   (when (and cui sui)
 148     (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl kcuisui
 149                                (make-cuisui (parse-cui cui) (parse-sui sui)))
 150       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 151                      :pfstr kpfstr
 152                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 153
 154 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 155   "Find ucon that are exact match for str"
 156   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl str str :distinct t)
 157     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 158                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 159
 160 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 161   "Return list of all ucon's"
 162   (with-sql-connection (db)
 163     (clsql:map-query
 164      'list
 165      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 166          (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 167                         :pfstr pfstr
 168                         :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 169      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil
 170                    :order (cui asc) :distinct t)
 171      :database db)))
 172
 173 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 174   "Map a function over all ucon's"
 175   (with-sql-connection (db)
 176     (clsql:map-query
 177      nil
 178      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 179          (funcall fn
 180                   (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 181                                  :pfstr pfstr
 182                                  :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 183      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc) :distinct t)
 184      :database db)))
 185
 186
 187 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 188   "Return a list of udefs for cui"
 189   (with-umlisp-query (mrdef (sab def) srl cui (parse-cui cui) :lrl "KSRL")
 190     (make-instance 'udef :sab sab :def def)))
 191
 192 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 193   "Return a list of usty for cui"
 194   (with-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui (parse-cui cui) :lrl "KLRL")
 195     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 196
 197 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 198   "Return a list of usty that match word"
 199   (with-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t :distinct t)
 200     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 201
 202 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 203   "Return a list of urel for cui"
 204   (with-umlisp-query (mrrel (rel cui2 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui1 (parse-cui cui) :lrl "KSRL")
 205     (make-instance 'urel :cui1 (parse-cui cui) :rel rel :cui2 (ensure-integer cui2) :rela rela
 206                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 207
 208 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 209   "Return a list of urel for cui2"
 210   (with-umlisp-query (mrrel (rel cui1 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui2 (parse-cui cui2) :lrl "KSRL")
 211     (make-instance 'urel :cui2 (parse-cui cui2) :rel rel :cui1 (ensure-integer cui1) :rela rela
 212                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 213
 214 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 215   (mapcar
 216    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 217    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))))
 218
 219 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 220   "Return a list of ucoc for cui"
 221   (with-umlisp-query (mrcoc (cui2 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui1 (parse-cui cui)
 222                              :lrl "KSRL" :order (cof asc))
 223     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 224     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 225     (make-instance 'ucoc :cui1 (parse-cui cui) :cui2 (ensure-integer cui2) :soc soc :cot cot
 226                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 227
 228 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 229   "Return a list of ucoc for cui2"
 230   (with-umlisp-query (mrcoc (cui1 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui2 (parse-cui cui2)
 231                              :lrl "KSRL" :order (cof asc))
 232     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 233     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 234     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 (parse-cui cui2) :soc soc :cot cot
 235                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 236
 237 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 238   "List of ucon with co-occurance cui2"
 239   (mapcar
 240    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 241    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 242
 243 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 244   "Return a list of ulo for cui"
 245   (with-umlisp-query (mrlo (isn fr un sui sna soui) srl cui (parse-cui cui) :lrl "KLRL")
 246     (make-instance 'ulo :isn isn :fr (ensure-integer fr) :un un :sui (ensure-integer sui) :sna sna
 247                    :soui soui)))
 248
 249 (defgeneric suistr (lo))
 250 (defmethod suistr ((lo ulo))
 251   "Return the string for a ulo object"
 252   (find-string-sui (sui lo)))
 253
 254 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 255   "Return a list of uatx for cui"
 256   (with-umlisp-query (mratx (sab rel atx) srl cui (parse-cui cui) :lrl ksrl)
 257     (make-instance 'uatx :sab sab :rel rel :atx atx)))
 258
 259
 260 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 261   "Return a list of uterm for cui"
 262   (with-umlisp-query (mrcon (lui lat ts kluilrl) srl cui (parse-cui cui) :lrl kluilrl
 263                              :distinct t)
 264     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui (parse-cui cui)
 265                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 266
 267 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 268   "Return a list of uterm for lui"
 269   (with-umlisp-query (mrcon (cui lat ts kluilrl) srl lui (parse-lui lui)
 270                              :lrl kluilrl :distinct t)
 271     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui (parse-lui lui)
 272                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 273
 274 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 275   "Return single uterm for cui/lui"
 276   (with-umlisp-query (mrcon (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 277                              (make-cuilui (parse-cui cui) (parse-lui lui))
 278                              :lrl kluilrl :single t)
 279     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 280
 281 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 282   "Return a list of ustr for cui/lui"
 283   (with-umlisp-query (mrcon (sui stt str lrl) srl kcuilui (make-cuilui cui lui) :lrl lrl)
 284     (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 285                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str
 286                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 287
 288 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 289   "Return the single ustr for cuisui"
 290   (with-umlisp-query (mrcon (lui stt str lrl) srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl lrl :single t)
 291     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 292                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :lrl (ensure-integer lrl))))
 293
 294 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 295   "Return the list of ustr for sui"
 296   (with-umlisp-query (mrcon (cui lui stt str lrl) srl sui (parse-sui sui) :lrl lrl)
 297     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 298                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) (parse-sui sui))
 299                    :lui (ensure-integer lui)
 300                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 301
 302 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 303   "Return the list of ustr for sab"
 304   (with-umlisp-query (mrso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 305     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 306       (apply #'find-ustr-cuisui
 307              (append
 308               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui)) (list :srl srl))))))
 309
 310 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 311   "Return list of all ustr's"
 312     (with-sql-connection (db)
 313       (clsql:map-query
 314        'list
 315        #'(lambda (cui lui sui stt lrl pfstr)
 316            (setq cui (ensure-integer cui))
 317            (setq lui (ensure-integer lui))
 318            (setq sui (ensure-integer sui))
 319            (setq lrl (ensure-integer lrl))
 320            (make-instance 'ustr :cui cui
 321                           :lui lui
 322                           :sui sui
 323                           :cuisui (make-cuisui cui sui)
 324                           :stt stt
 325                           :lrl lrl
 326                           :str pfstr))
 327        (query-string 'mrcon '(cui lui sui stt lrl kpfstr) srl nil nil :lrl lrl :distinct t
 328                      :order (sui asc))
 329        :database db)))
 330
 331 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 332   "Return the string associated with sui"
 333   (with-umlisp-query (mrcon (str) srl sui sui :lrl lrl :single t)
 334     str))
 335
 336 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 337   (with-umlisp-query (mrso (sab code srl tty) srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 338       (make-instance 'uso :sab sab :code code :srl srl :tty tty)))
 339
 340 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 341   (with-umlisp-query (mrcxt (sab code cxn cxl rnk cxs cui2 hcd rela xc) srl kcuisui
 342                              (make-cuisui cui sui) :lrl ksrl)
 343     (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 344                    :cxn (ensure-integer cxn)
 345                    :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd :rela rela :xc xc
 346                    :rnk (ensure-integer rnk)
 347                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 348
 349 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 350   (let ((ls (format nil "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where ")))
 351     (cond
 352       (sui (string-append ls (format nil "KCUISUI=~d" (make-cuisui cui sui))))
 353       (lui (string-append ls (format nil "KCUILUI=~d and sui=0" (make-cuilui cui lui))))
 354       (t (string-append ls (format nil "cui=~d and lui=0 and sui=0" cui))))
 355     (when srl
 356       (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 357     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 358           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 359             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 360
 361 (defun find-usty-tui (tui)
 362   "Find usty for tui"
 363   (with-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui (parse-tui tui) :single t)
 364     (make-instance 'usty :tui (parse-tui tui) :sty sty)))
 365
 366 (defun find-usty-sty (sty)
 367   "Find usty for a sty"
 368   (with-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 369     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 370
 371 (defun find-usty-all ()
 372   "Return list of usty's for all semantic types"
 373   (with-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 374     (find-usty-tui tui)))
 375
 376 (defun find-usab-all ()
 377   "Find usab for a key"
 378   (with-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil nil nil)
 379     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 380                    :rcui (ensure-integer rcui)
 381                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 382                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 383                    :srl (ensure-integer srl)
 384                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 385                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 386                    :curver curver :sabin sabin)))
 387
 388 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 389   "Find usab for a key"
 390   (with-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil key-name key :single t)
 391     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 392                    :rcui (ensure-integer rcui)
 393                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 394                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 395                    :srl (ensure-integer srl)
 396                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 397                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 398                    :curver curver :sabin sabin)))
 399
 400 (defun find-usab-rsab (rsab)
 401   "Find usab for rsab"
 402   (find-usab-by-key "RSAB" rsab))
 403
 404 (defun find-usab-vsab (vsab)
 405   "Find usab for vsab"
 406   (find-usab-by-key "VSAB" vsab))
 407
 408 (defun find-cui-max ()
 409   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 410
 411 ;;;; Cross table find functions
 412
 413 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 414   "Find list of ucon for tui"
 415   (with-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui (parse-tui tui) :lrl klrl
 416                              :order (cui asc))
 417     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 418
 419 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 420   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 421   (with-umlisp-query (mrxw_eng (cui) srl wd word :like like :distinct t
 422                                 :lrl klrl :order (cui asc))
 423     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 424
 425 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 426   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 427   (with-umlisp-query (mrxnw_eng (cui) srl nwd word :like like :distinct t
 428                                 :lrl klrl :order (cui asc))
 429     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 430
 431 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 432   "Return list of ustrs that match word"
 433   (with-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word
 434                                 :lrl klrl
 435                                 :order (cui asc sui asc))
 436     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 437
 438 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 439   "Return list of ustrs that match word"
 440   (with-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 441                                  :order (cui asc sui asc))
 442     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 443
 444 ;; Special tables
 445
 446 (defun find-usrl-all ()
 447   (with-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 448     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 449
 450 ;;; Multiword lookup and score functions
 451
 452 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 453   "Return sorted list of ucon's that match a multiword string"
 454   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 455          (ucons '()))
 456     (dolist (word words)
 457       (setq ucons (append ucons (find-ucon-word word :srl srl))))
 458     (sort-score-ucon-str str (delete-duplicates ucons :test #'eql :key #'cui))))
 459
 460 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 461   "Return sorted list of ustr's that match a multiword string"
 462   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 463          (ustrs '()))
 464     (dolist (word words)
 465       (setq ustrs (append ustrs (find-ustr-word word :srl srl))))
 466     (sort-score-ustr-str str (delete-duplicates ustrs :test #'eql :key #'cui))))
 467
 468 (defun sort-score-ucon-str (str ucons)
 469   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 470   (sort-score-umlsclass-str ucons str #'pfstr))
 471
 472 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 473   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 474   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 475
 476 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 477   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 478   (let ((scored '()))
 479     (dolist (obj objs)
 480       (push
 481        (list obj
 482              (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 483        scored))
 484     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 485
 486 (defun score-multiword-match (s1 s2)
 487   "Score a match between two strings with s1 being reference string"
 488   (let* ((word-list-1 (delimited-string-to-list s1 #\space))
 489          (word-list-2 (delimited-string-to-list s2 #\space))
 490          (n1 (length word-list-1))
 491          (n2 (length word-list-2))
 492          (unmatched n1)
 493          (score 0)
 494          (nlong 0)
 495          (nshort 0)
 496          short-list long-list)
 497     (declare (fixnum n1 n2 nshort nlong score unmatched))
 498     (if (> n1 n2)
 499         (progn
 500           (setq nlong n1)
 501           (setq nshort n2)
 502           (setq long-list word-list-1)
 503           (setq short-list word-list-2))
 504       (progn
 505         (setq nlong n2)
 506         (setq nshort n1)
 507         (setq long-list word-list-2)
 508         (setq short-list word-list-1)))
 509     (decf score (- nlong nshort)) ;; reduce score for extra words
 510     (dotimes (iword nshort)
 511       (declare (fixnum iword))
 512       (kmrcl:aif (position (nth iword short-list) long-list :test #'string-equal)
 513            (progn
 514              (incf score (- 10 (abs (- kmrcl::it iword))))
 515              (decf unmatched))))
 516     (decf score (* 2 unmatched))
 517     score))
 518
 519
 520 ;;; LEX SQL functions
 521
 522 (defun find-lexterm-eui (eui)
 523   (with-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 524     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 525
 526 (defun find-lexterm-word (wrd)
 527   (with-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 528     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 529                    :wrd (copy-seq wrd))))
 530
 531 ;; LEX SQL Read functions
 532
 533 (defun find-labr-eui (eui)
 534   (with-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 535     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 536                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 537
 538 (defun find-labr-bas (bas)
 539   (with-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 540     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 541                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 542
 543 (defun find-lagr-eui (eui)
 544   (with-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 545     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 546                    :cit cit :bas bas)))
 547
 548 (defun find-lcmp-eui (eui)
 549   (with-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 550     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 551
 552 (defun find-lmod-eui (eui)
 553   (with-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
 554     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 555
 556 (defun find-lnom-eui (eui)
 557   (with-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
 558     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 559                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 560
 561 (defun find-lprn-eui (eui)
 562   (with-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
 563     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 564                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 565
 566 (defun find-lprp-eui (eui)
 567   (with-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
 568     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 569
 570 (defun find-lspl-eui (eui)
 571   (with-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
 572     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 573
 574 (defun find-ltrm-eui (eui)
 575   (with-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
 576     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 577
 578 (defun find-ltyp-eui (eui)
 579   (with-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
 580     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 581
 582 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 583   (make-instance 'lwd :wrd
 584                  :euilist (with-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 585                             (ensure-integer eui))))
 586
 587 ;;; Semantic Network SQL access functions
 588
 589 (defun find-sdef-ui (ui)
 590   (with-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 591                             nil ui ui :single t)
 592     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 593                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 594
 595 (defun find-sstre1-ui (ui)
 596   (with-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
 597     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 598                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 599
 600 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 601   (with-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
 602     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 603                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 604
 605 (defun find-sstr-rl (rl)
 606   (with-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
 607     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 608
 609 (defun find-sstre2-sty (sty)
 610   (with-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
 611     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 612
 613 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 614   (with-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
 615     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))