sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id$
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2006 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp)
  20
  21
  22 (defvar *current-srl* nil)
  23 (defun current-srl ()
  24   *current-srl*)
  25 (defun current-srl! (srl)
  26   (setq *current-srl* srl))
  27
  28 (defmacro query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  29                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  30   (let* ((%%fields (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  31                            (if distinct "distinct " "") fields table))
  32          (%%order (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  33                                     order)
  34                       ""))
  35          (%%lrl (format nil " and ~:@(~A~)<=" lrl))
  36          (%%where (when where-name
  37                     (format nil " where ~:@(~A~)~A" where-name
  38                           (if like " like " "")))))
  39     `(concatenate
  40       'string
  41       ,%%fields
  42       ,@(when %%where (list %%where))
  43       ,@(when %%where
  44           `((typecase ,where-value
  45               #+ignore
  46               (fixnum
  47                (concatenate 'string "='" (prefixed-fixnum-string ,where-value #\0 10) "'"))
  48               (number
  49                (concatenate 'string "='" (write-to-string ,where-value) "'"))
  50               (null
  51                " is null")
  52               (t
  53                (format nil ,(if like "'%~A%'" "='~A'") ,where-value)))))
  54       (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  55       ,@(when %%order (list %%order))
  56       ,@(when single (list " limit 1")))))
  57
  58 (defun query-string-eval (table fields &optional srl where-name where-value
  59                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  60   (concatenate
  61    'string
  62    (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  63            (if distinct "distinct " "") fields table)
  64    (if where-name (format nil " where ~:@(~A~)" where-name) "")
  65    (if where-name
  66        (format nil
  67                (typecase where-value
  68                  (number "='~D'")
  69                  (null " is null")
  70                  (t
  71                   (if like " like '%~A%""='~A'")))
  72                where-value)
  73        "")
  74    (if srl (format nil " and ~:@(~A~)<=~D" lrl srl) "")
  75    (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  76    (if single " limit 1" "")))
  77
  78
  79 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  80                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
  81                         (query-cmd 'mutex-sql-query))
  82   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  83 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  84   `(,query-cmd
  85     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  86      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  87
  88 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
  89                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  90   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  91 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  92   `(mutex-sql-query
  93     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  94      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  95
  96 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
  97 (defmacro collect-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  98                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
  99                                     order like (query-cmd 'mutex-sql-query))
 100                                 &body body)
 101   (let ((value (gensym))
 102         (r (gensym)))
 103     (if single
 104         `(let* ((,value ,where-value)
 105                 (tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 106                                           :lrl ,lrl :single ,single
 107                                           :distinct ,distinct :order ,order
 108                                           :like ,like
 109                                           :query-cmd ,query-cmd))))
 110           ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 111           (when tuple
 112                 (destructuring-bind ,fields tuple
 113                   ,@body)))
 114         `(let ((,value ,where-value))
 115            ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 116            (let ((,r '()))
 117              (dolist (tuple (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 118                                           :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 119                                           :order ,order :like ,like))
 120                (push (destructuring-bind ,fields tuple ,@body) ,r))
 121              (nreverse ,r))
 122            #+ignore
 123            (loop for tuple in
 124                  (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 125                                :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 126                                :order ,order :like ,like)
 127                collect (destructuring-bind ,fields tuple ,@body))))))
 128
 129 (defmacro collect-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
 130                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 131                                          order like)
 132                                   &body body)
 133   (let ((value (gensym))
 134         (r (gensym))
 135         (eval-fields (cadr fields)))
 136     (if single
 137         `(let* ((,value ,where-value)
 138                 (tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 139                                                :lrl ,lrl :single ,single
 140                                                :distinct ,distinct :order ,order
 141                                                :like ,like))))
 142           (when tuple
 143             (destructuring-bind ,eval-fields tuple
 144               ,@body)))
 145         `(let ((,value ,where-value)
 146                (,r '()))
 147            (dolist (tuple (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 148                                              :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 149                                              :order ,order :like ,like))
 150              (push (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body) ,r))
 151            (nreverse ,r)
 152            #+ignore
 153            (loop for tuple in
 154                  (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 155                                     :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 156                                     :order ,order :like ,like)
 157                collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body))))))
 158
 159 ;;;
 160 ;;; Read from SQL database
 161
 162 (defmacro ensure-cui-integer (cui)
 163   `(if (stringp ,cui)
 164     (setq ,cui (parse-cui ,cui))
 165     ,cui))
 166
 167 (defmacro ensure-lui-integer (lui)
 168   `(if (stringp ,lui)
 169     (setq ,lui (parse-lui ,lui))
 170     ,lui))
 171
 172 (defmacro ensure-sui-integer (sui)
 173   `(if (stringp ,sui)
 174     (setq ,sui (parse-sui ,sui))
 175     ,sui))
 176
 177 (defmacro ensure-tui-integer (tui)
 178   `(if (stringp ,tui)
 179     (setq ,tui (parse-tui ,tui))
 180     ,tui))
 181
 182 (defmacro ensure-eui-integer (eui)
 183   `(if (stringp ,eui)
 184     (setq ,eui (parse-eui ,eui))
 185     ,eui))
 186
 187 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 188   "Find ucon for a cui"
 189   (ensure-cui-integer cui)
 190   (unless cui (return-from find-ucon-cui nil))
 191
 192   (let ((tuple (car (mutex-sql-query "SELECT kcuilrl,str FROM MRCONSO WHERE CUI=~D AND KPFENG=1 AND SRL<=~D"
 193                                      cui srl))))
 194     (unless tuple
 195       (setq tuple (car (mutex-sql-query "SELECT kcuilrl,str FROM MRCONSO WHERE CUI=~D AND SRL<=~D"
 196                                         cui srl))))
 197     (unless tuple
 198       (return-from find-ucon-cui nil))
 199     (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr (second tuple)
 200                    :lrl (ensure-integer (first tuple)))))
 201
 202 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 203   "Find ucon for a cui"
 204   (ensure-cui-integer cui)
 205   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :single t)
 206     (make-instance 'ucon :cui cui :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 207                    :pfstr nil)))
 208
 209 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 210   "Find preferred string for a cui"
 211   (ensure-cui-integer cui)
 212   (or
 213     (caar (mutex-sql-query
 214            (format nil "SELECT str FROM MRCONSO WHERE CUI=~D AND KPFENG=1 AND SLR<=~D"
 215                    cui srl)))
 216     (caar (mutex-sql-query
 217            (format nil "SELECT str FROM MRCONSO WHERE CUI=~D AND SLR<=~D"
 218                    cui srl)))))
 219
 220 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 221   "Find list of ucon for lui"
 222   (ensure-lui-integer lui)
 223   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl lui lui
 224                             :distinct t)
 225      (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 226                    :lrl (ensure-integer kcuilrl)))
 227   (unless lui (return-from find-ucon-lui nil))
 228
 229   (let ((tuple (car (mutex-sql-query "SELECT cui,kcuilrl,str FROM MRCONSO WHERE LUI=~D AND KPFENG=1 AND SRL<=~D"
 230                                      lui srl))))
 231     (unless tuple
 232       (setq tuple (car (mutex-sql-query "SELECT cui,kcuilrl,str FROM MRCONSO WHERE LUI=~D AND SRL<=~D"
 233                                         lui srl))))
 234     (unless tuple
 235       (return-from find-ucon-lui nil))
 236     (make-instance 'ucon :cui (first tuple) :pfstr (third tuple)
 237                    :lrl (ensure-integer (third tuple)))))
 238
 239 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 240   "Find list of ucon for sui"
 241   (ensure-sui-integer sui)
 242   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl sui sui :distinct t)
 243     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 244                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 245
 246 (defun find-ucon-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 247   "Find list of ucon for aui"
 248   (ensure-sui-integer aui)
 249   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl aui aui :distinct t)
 250     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 251                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 252
 253 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 254   "Find ucon for cui/sui"
 255   (ensure-cui-integer cui)
 256   (ensure-sui-integer sui)
 257   (when (and cui sui)
 258     (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl kcuisui
 259                               (make-cuisui cui sui))
 260       (make-instance 'ucon :cui cui
 261                      :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 262                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 263
 264 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 265   "Find ucon that are exact match for str"
 266   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl str str :distinct t)
 267     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 268                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 269
 270 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 271   "Return list of all ucon's"
 272   (with-sql-connection (db)
 273     (clsql:map-query
 274      'list
 275      #'(lambda (tuple)
 276          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 277              (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 278                             :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 279                             :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 280      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil
 281                    :order (cui asc) :distinct t)
 282      :database db)))
 283
 284 (defun find-ucon-all2 (&key (srl *current-srl*))
 285   "Return list of all ucon's"
 286   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 287                             :distinct t)
 288     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 289                    :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 290                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 291
 292 (defun find-cui-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 293   "Return list of CUIs for all ucons"
 294   (collect-umlisp-query (mrconso (cui) srl nil nil :order (cui asc)
 295                                :distinct t)
 296                         cui))
 297
 298 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 299   "Map a function over all ucon's"
 300   (with-sql-connection (db)
 301     (clsql:map-query
 302      nil
 303      #'(lambda (tuple)
 304          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 305            (funcall fn (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 306                                       :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 307                                       :lrl (ensure-integer cuilrl)))))
 308      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 309                    :distinct t)
 310      :database db)))
 311
 312
 313 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 314   "Return a list of udefs for cui"
 315   (ensure-cui-integer cui)
 316   (collect-umlisp-query (mrdef (sab def suppress) srl cui cui :lrl "KSRL")
 317     (make-instance 'udef :sab sab :def def :suppress suppress)))
 318
 319 (defun find-udoc-key (key)
 320   "Return list of abbreviation documentation for a key"
 321   (collect-umlisp-query (mrdoc (value type expl) nil dockey key)
 322     (make-instance 'udoc :key key :value value :type type :expl expl)))
 323
 324 (defun find-udoc-value (value)
 325   "Return abbreviation documentation"
 326   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey type expl) nil value value)
 327     (make-instance 'udoc :key dockey :value value :type type :expl expl)))
 328
 329 (defun find-udoc-key-value (key value)
 330   (let ((tuple (car (mutex-sql-query
 331                      (format nil "SELECT TYPE,EXPL FROM MRDOC WHERE DOCKEY='~A' AND VALUE='~A'"
 332                              key value)))))
 333     (when tuple
 334       (make-instance 'udoc :key key :value value :type (first tuple) :expl (second tuple)))))
 335
 336 (defun find-udoc-all ()
 337   "Return all abbreviation documentation"
 338   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey value type expl) nil nil nil)
 339     (make-instance 'udoc :key dockey :value value :type type :expl expl)))
 340
 341 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 342   "Return a list of usty for cui"
 343   (ensure-cui-integer cui)
 344   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui cui :lrl "KLRL")
 345     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 346
 347 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 348   "Return a list of usty that match word"
 349   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t
 350                             :distinct t)
 351     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 352
 353 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 354   "Return a list of urel for cui"
 355   (ensure-cui-integer cui)
 356   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 357                                srl cui1 cui :lrl "KSRL")
 358     (make-instance 'urel :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 359                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 360                    :rui rui :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 361                    :suppress suppress :cvf cvf :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 362
 363 (defun find-cui2-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 364   "Return a list of urel for cui"
 365   (ensure-cui-integer cui)
 366   (collect-umlisp-query (mrrel (cui2) srl cui1
 367                                cui :lrl "KSRL")
 368                         cui2))
 369
 370 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 371   "Return a list of urel for cui2"
 372   (ensure-cui-integer cui2)
 373   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui1 aui1 stype1 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 374                                srl cui2 cui2 :lrl "KSRL")
 375     (make-instance 'urel :cui2 cui2 :rel rel :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2 :rui rui :srui srui
 376                    :stype1 stype1 :cui1 (ensure-integer cui1) :aui1 (ensure-integer aui1)
 377                    :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir :suppress suppress :cvf cvf
 378                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 379
 380 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 381   (ensure-cui-integer cui2)
 382   (loop for cui in (remove-duplicates
 383                     (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))
 384         collect (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 385
 386 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 387   "Return a list of ucoc for cui"
 388   (ensure-cui-integer cui)
 389   (collect-umlisp-query (mrcoc (aui1 cui2 aui2 sab cot cof coa) srl cui1
 390                             cui :lrl klrl :order (cof asc))
 391     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 392     (when (eql 0 cui2) (setq cui2 nil))
 393     (make-instance 'ucoc :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1)
 394                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2)
 395                    :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa :sab sab
 396                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 397
 398 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 399   "Return a list of ucoc for cui2"
 400   (ensure-cui-integer cui2)
 401   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui1 aui1 aui2 sab cot cof coa) srl cui2
 402                             cui2 :lrl klrl :order (cof asc))
 403     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 404     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 cui2
 405                    :aui1 (ensure-integer aui1) :aui2 (ensure-integer aui2)
 406                    :sab sab :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 407                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 408
 409 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 410   "List of ucon with co-occurance cui2"
 411   (ensure-cui-integer cui2)
 412   (mapcar
 413    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 414    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 415
 416
 417 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 418   "Return a list of uterm for cui"
 419   (ensure-cui-integer cui)
 420   (collect-umlisp-query (mrconso (lui lat ts kluilrl) srl cui cui
 421                             :lrl kluilrl :distinct t)
 422     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui cui
 423                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 424
 425 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 426   "Return a list of uterm for lui"
 427   (ensure-lui-integer lui)
 428   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts kluilrl) srl lui lui
 429                              :lrl kluilrl :distinct t)
 430     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui lui
 431                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 432
 433 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 434   "Return single uterm for cui/lui"
 435   (ensure-cui-integer cui)
 436   (ensure-lui-integer lui)
 437   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 438                              (make-cuilui cui lui)
 439                              :lrl kluilrl :single t)
 440     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts
 441                    :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 442
 443 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 444   "Return a list of ustr for cui/lui"
 445   (ensure-cui-integer cui)
 446   (ensure-lui-integer lui)
 447   (collect-umlisp-query (mrconso (sui stt str suppress ksuilrl) srl kcuilui
 448                                  (make-cuilui cui lui) :lrl ksuilrl)
 449                 (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 450                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str :suppress suppress
 451                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 452
 453 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 454   "Return the single ustr for cuisui"
 455   (ensure-cui-integer cui)
 456   (ensure-sui-integer sui)
 457   (collect-umlisp-query (mrconso (lui stt str suppress ksuilrl) srl kcuisui
 458                             (make-cuisui cui sui) :lrl lsuilrl :single t)
 459     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 460                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :suppress suppress
 461                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 462
 463 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 464   "Return the list of ustr for sui"
 465   (ensure-sui-integer sui)
 466   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lui stt str suppress ksuilrl) srl sui sui
 467                             :lrl ksuilrl)
 468     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 469                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) sui)
 470                    :suppress suppress
 471                    :lui (ensure-integer lui) :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 472
 473 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 474   "Return the list of ustr for sab"
 475   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 476     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 477       (apply #'find-ustr-cuisui
 478              (append
 479               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui))
 480               (list :srl srl))))))
 481
 482 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 483   "Return list of all ustr's"
 484     (with-sql-connection (db)
 485       (clsql:map-query
 486        'list
 487        #'(lambda (tuple)
 488            (destructuring-bind (cui lui sui stt ksuilrl suppress) tuple
 489              (make-instance 'ustr :cui (ensure-integer cui)
 490                             :lui (ensure-integer lui) :sui (ensure-integer sui)
 491                             :stt stt :str (find-pfstr-cui cui)
 492                             :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui)
 493                                                  (ensure-integer sui))
 494                             :suppress suppress
 495                             :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 496        (query-string mrconso (cui lui sui stt ksuilrl) srl nil nil :lrl ksuilrl
 497                      :distinct t
 498                      :order (sui asc))
 499        :database db)))
 500
 501 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 502   "Return the string associated with sui"
 503   (ensure-sui-integer sui)
 504   (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl sui sui :lrl ksuilrl :single t)
 505     str))
 506
 507 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 508   (ensure-sui-integer sui)
 509   (ensure-cui-integer cui)
 510   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui) srl kcuisui
 511                            (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 512     (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 513                    :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui)))
 514
 515 (defun find-uso-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 516   (ensure-sui-integer aui)
 517   (collect-umlisp-query (mrconso (sab cui sui code srl tty saui sdui scui) srl aui
 518                                  aui :lrl srl :single t)
 519     (make-instance 'uso :aui aui :cui cui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 520                    :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui)))
 521
 522 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 523   (ensure-cui-integer cui)
 524   (ensure-sui-integer sui)
 525   (collect-umlisp-query (mrcxt (sab rank code cxn cxl cxs cui2 hcd rela xc)
 526                             srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl ksrl)
 527                         (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 528                 :rank rank
 529                    :cxn (ensure-integer cxn) :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd
 530                    :rela rela :xc xc
 531                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 532
 533 (defun find-uhier-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 534   (ensure-cui-integer cui)
 535   (collect-umlisp-query (mrhier (aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 536                             srl cui cui :lrl ksrl)
 537     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 538                    :cxn (ensure-integer cxn)
 539                    :paui (ensure-integer paui)
 540                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 541
 542 (defun find-uhier-all (&key (srl *current-srl*))
 543   (collect-umlisp-query (mrhier (cui aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 544                             srl nil nil :lrl ksrl)
 545     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 546                    :cxn (ensure-integer cxn)
 547                    :paui (ensure-integer paui)
 548                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 549
 550 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 551   (ensure-cui-integer cui)
 552   (ensure-lui-integer lui)
 553   (ensure-sui-integer sui)
 554   (let ((ls "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where "))
 555     (cond
 556       (sui (string-append ls "KCUISUI='"
 557                           (integer-string (make-cuisui cui sui) 14)
 558                           "'"))
 559       (lui (string-append ls "KCUILUI='"
 560                           (integer-string (make-cuilui cui lui) 14)
 561                           "' and sui='0'"))
 562       (t (string-append ls "cui='" (prefixed-fixnum-string cui nil 7)
 563                         "' and lui='0' and sui='0'")))
 564     (when srl
 565       (string-append ls " and KSRL<=" (prefixed-fixnum-string srl nil 3)))
 566     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 567           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 568             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 569
 570 (defun find-usty-tui (tui)
 571   "Find usty for tui"
 572   (ensure-tui-integer tui)
 573   (collect-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui tui :single t)
 574     (make-instance 'usty :tui tui :sty sty)))
 575
 576 (defun find-usty-sty (sty)
 577   "Find usty for a sty"
 578   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 579     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 580
 581 (defun find-usty-all ()
 582   "Return list of usty's for all semantic types"
 583   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 584     (find-usty-tui tui)))
 585
 586 (defun find-usab-all ()
 587   "Find usab for a key"
 588   (collect-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart vend imeta
 589                                   rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat
 590                                   cenc curver sabin ssn scit) nil nil nil)
 591     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 592                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 593                    :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 594                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc  :srl (ensure-integer srl)
 595                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 596                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 597                    :curver curver :sabin sabin :ssn ssn :scit scit)))
 598
 599 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 600   "Find usab for a key"
 601   (collect-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart
 602                                        vend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty
 603                                        ttyl atnl lat cenc curver sabin
 604                                        ssn scit)
 605                                      nil key-name key :single t)
 606      (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 607                     :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 608                     :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 609                     :rmeta rmeta :slc slc :scc scc :srl (ensure-integer srl)
 610                     :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 611                     :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 612                     :curver curver :sabin sabin
 613                     :ssn ssn :scit scit)))
 614
 615 (defun find-usab-rsab (rsab)
 616   "Find usab for rsab"
 617   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 618
 619 (defun find-usab-vsab (vsab)
 620   "Find usab for vsab"
 621   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 622
 623 (defun find-cui-max ()
 624   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 625
 626 (defun find-umap-cui (cui)
 627   (ensure-cui-integer cui)
 628   (collect-umlisp-query (mrmap (mapsetsab mapsubsetid maprank fromid fromsid fromexpr
 629                                           fromtype fromrule fromres rel rela toid tosid
 630                                           toexpr totype torule tores maprule maptype
 631                                           mapatn mapatv cvf)
 632                                nil mapsetcui cui)
 633     (make-instance 'umap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab :mapsubsetid mapsubsetid
 634                    :maprank (ensure-integer maprank) :fromid fromid :fromsid fromsid
 635                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype :fromrule fromrule :fromres fromres
 636                    :rel rel :rela rela :toid toid :tosid tosid :toexpr toexpr :totype totype
 637                    :torule torule :tores tores :maprule maprule :maptype maptype :mapatn mapatn
 638                    :mapatv mapatv :cvf cvf)))
 639
 640 ;;;; Cross table find functions
 641
 642 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 643   "Find list of ucon for tui"
 644   (ensure-tui-integer tui)
 645   (collect-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui tui :lrl klrl :order (cui asc))
 646     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 647
 648 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 649   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 650   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 651                                      :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 652     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 653
 654 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 655   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 656   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 657                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 658     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 659
 660 (defun find-cui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 661   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 662   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 663                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 664                              cui))
 665
 666 (defun find-lui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 667   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 668   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(lui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 669                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 670                              lui))
 671
 672 (defun find-sui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 673   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 674   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(sui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 675                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 676                              sui))
 677
 678 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 679   "Return list of ustrs that match word"
 680   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 681                                :order (cui asc sui asc))
 682     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 683
 684 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 685   "Return list of ustrs that match word"
 686   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 687                                  :order (cui asc sui asc))
 688     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 689
 690 (defun find-uterm-word (word &key (srl *current-srl*))
 691   "Return list of uterms that match word"
 692   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui lui) srl wd word :lrl klrl
 693                                :order (cui asc lui asc))
 694     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 695
 696 (defun find-uterm-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 697   "Return list of uterms that match word"
 698   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui lui) srl nwd word :lrl klrl
 699                                  :order (cui asc lui asc))
 700     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 701
 702 (defun find-ucon-noneng-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 703   "Return list of ucons that match non-english word"
 704   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_noneng '(cui) srl 'wd word :like like
 705                                         :distinct t :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 706     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 707
 708 (defun find-ustr-noneng-word (word &key (srl *current-srl*))
 709   "Return list of ustrs that match non-english word"
 710   (collect-umlisp-query (mrxw_noneng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 711                                   :order (cui asc sui asc))
 712     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 713
 714 ;; Special tables
 715
 716 (defun find-usrl-all ()
 717   (collect-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 718     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 719
 720 ;;; Multiword lookup and score functions
 721
 722 (defun find-uobj-multiword (str obj-lookup-fun sort-fun key srl
 723                             only-exact-if-match)
 724   (let ((uobjs '()))
 725     (dolist (word (delimited-string-to-list str #\space))
 726       (setq uobjs (append uobjs (funcall obj-lookup-fun word :srl srl))))
 727     (let ((sorted
 728            (funcall sort-fun str
 729                     (delete-duplicates uobjs :test #'= :key key))))
 730       (if (and (plusp (length sorted))
 731                only-exact-if-match
 732                (multiword-match str (pfstr (first sorted))))
 733           (first sorted)
 734         sorted))))
 735
 736 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 737                                      (only-exact-if-match t))
 738   (find-uobj-multiword str #'find-ucon-word #'sort-score-pfstr-str
 739                        #'cui srl only-exact-if-match))
 740
 741 (defun find-uterm-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 742                                       (only-exact-if-match t))
 743   (find-uobj-multiword str #'find-uterm-word #'sort-score-pfstr-str
 744                        #'lui srl only-exact-if-match))
 745
 746 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 747                                      (only-exact-if-match t))
 748   (find-uobj-multiword str #'find-ustr-word #'sort-score-ustr-str
 749                        #'sui srl only-exact-if-match))
 750
 751 (defun sort-score-pfstr-str (str uobjs)
 752   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 753   (sort-score-umlsclass-str uobjs str #'pfstr))
 754
 755 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 756   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 757   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 758
 759 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 760   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 761   (let ((scored '()))
 762     (dolist (obj objs)
 763       (push (list obj (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 764        scored))
 765     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 766
 767
 768 ;;; LEX SQL functions
 769
 770 (defun find-lexterm-eui (eui)
 771   (ensure-eui-integer eui)
 772   (collect-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 773     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 774
 775 (defun find-lexterm-word (wrd)
 776   (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 777     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 778                    :wrd (copy-seq wrd))))
 779
 780 ;; LEX SQL Read functions
 781
 782 (defun find-labr-eui (eui)
 783   (ensure-eui-integer eui)
 784   (collect-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 785     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 786                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 787
 788 (defun find-labr-bas (bas)
 789   (collect-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 790     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 791                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 792
 793 (defun find-lagr-eui (eui)
 794   (ensure-eui-integer eui)
 795   (collect-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 796     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 797                    :cit cit :bas bas)))
 798
 799 (defun find-lcmp-eui (eui)
 800   (ensure-eui-integer eui)
 801   (collect-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 802     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 803
 804 (defun find-lmod-eui (eui)
 805   (ensure-eui-integer eui)
 806   (collect-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
 807     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 808
 809 (defun find-lnom-eui (eui)
 810   (ensure-eui-integer eui)
 811   (collect-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
 812     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 813                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 814
 815 (defun find-lprn-eui (eui)
 816   (ensure-eui-integer eui)
 817   (collect-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
 818     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 819                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 820
 821 (defun find-lprp-eui (eui)
 822   (ensure-eui-integer eui)
 823   (collect-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
 824     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 825
 826 (defun find-lspl-eui (eui)
 827   (ensure-eui-integer eui)
 828   (collect-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
 829     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 830
 831 (defun find-ltrm-eui (eui)
 832   (ensure-eui-integer eui)
 833   (collect-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
 834     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 835
 836 (defun find-ltyp-eui (eui)
 837   (ensure-eui-integer eui)
 838   (collect-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
 839     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 840
 841 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 842   (make-instance 'lwd :wrd wrd
 843                  :euilist (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 844                                                 (ensure-integer eui))))
 845
 846 ;;; Semantic Network SQL access functions
 847
 848 (defun find-sdef-ui (ui)
 849   (collect-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 850                             nil ui ui :single t)
 851     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 852                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 853
 854 (defun find-sstre1-ui (ui)
 855   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
 856     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 857                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 858
 859 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 860   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
 861     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 862                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 863
 864 (defun find-sstr-rl (rl)
 865   (collect-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
 866     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 867
 868 (defun find-sstre2-sty (sty)
 869   (collect-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
 870     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 871
 872 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 873   (collect-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
 874     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 875
 876
 877 ;;; **************************
 878 ;;; Local Classes
 879 ;;; **************************
 880
 881
 882 (defun make-ustats ()
 883   (with-sql-connection (conn)
 884     (ignore-errors (sql-execute "drop table USTATS" conn))
 885     (sql-execute "create table USTATS (NAME varchar(160), COUNT bigint, SRL integer)" conn)
 886
 887     (dotimes (srl 5)
 888       (insert-ustats-count conn "Concept Count" "MRCONSO" "distinct CUI" "KCUILRL" srl)
 889       (insert-ustats-count conn "Term Count" "MRCONSO" "distinct KCUILUI" "KCUILRL" srl)
 890       (insert-ustats-count conn "Distinct Term Count" "MRCONSO" "distinct LUI" "KLUILRL" srl)
 891       (insert-ustats-count conn "String Count" "MRCONSO" "*" "KSUILRL" srl)
 892       (insert-ustats-count conn "Distinct String Count" "MRCONSO" "distinct SUI" "KSUILRL" srl)
 893       (insert-ustats-count conn "Hierarchcy" "MRHIER" "*" "KSRL" srl)
 894       (insert-ustats-count conn "Mappings" "MRMAP" "*" "KSRL" srl)
 895       (insert-ustats-count conn "Simple Mappings" "MRSMAP" "*" "KSRL" srl)
 896       (insert-ustats-count conn "Co-occuring Concept Count" "MRCOC" "*" "KLRL" srl)
 897       (insert-ustats-count conn "Definition Count" "MRDEF" "*" "KSRL" srl)
 898       (insert-ustats-count conn "Rank Count" "MRRANK" "*" "KSRL" srl)
 899       (insert-ustats-count conn "Relationship Count" "MRREL" "*" "KSRL" srl)
 900       (insert-ustats-count conn "Semantic Type Count" "MRSTY" "*" "KLRL" srl)
 901       (insert-ustats-count conn "Simple Attribute Count" "MRSAT" "*" "KSRL" srl)
 902       (insert-ustats-count conn "Source Abbreviation Count" "MRSAB" "*" "SRL" srl)
 903       (insert-ustats-count conn "Word Index Count" "MRXW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 904       (insert-ustats-count conn "Normalized Word Index Count" "MRXNW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 905       (insert-ustats-count conn "Normalized String Index Count" "MRXNS_ENG" "*" "KLRL" srl))
 906     (sql-execute "create index USTATS_SRL on USTATS (SRL)" conn))
 907   (find-ustats-all))
 908
 909 (defun insert-ustats-count (conn name table count-variable srl-control srl)
 910   (insert-ustats conn name (find-count-table conn table srl count-variable srl-control) srl))
 911
 912 (defun find-count-table (conn table srl count-variable srl-control)
 913   (cond
 914    ((stringp srl-control)
 915     (ensure-integer
 916      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a where ~a <= ~d"
 917                               count-variable table srl-control srl)
 918                       conn))))
 919    ((null srl-control)
 920     (ensure-integer
 921      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a"
 922                               count-variable table )
 923                       conn))))
 924    (t
 925     (error "Unknown srl-control")
 926     0)))
 927
 928 (defun insert-ustats (conn name count srl)
 929   (sql-execute (format nil "insert into USTATS (name,count,srl) values ('~a',~d,~d)"
 930                        name count (if srl srl 3))
 931                conn))
 932
 933 (defun find-ustats-all (&key (srl *current-srl*))
 934   (if srl
 935       (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil srl srl
 936                                     :order (name asc))
 937                             (make-instance 'ustats :name name
 938                                            :hits (ensure-integer count)
 939                                            :srl (ensure-integer srl)))
 940     (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil nil nil
 941                                   :order (name asc))
 942                           (make-instance 'ustats :name name
 943                                          :hits (ensure-integer count)
 944                                          :srl (ensure-integer srl)))))
 945
 946 (defun find-ustats-srl (srl)
 947   (collect-umlisp-query (ustats (name count) nil srl srl :order (name asc))
 948                            (make-instance 'ustats :name name :hits (ensure-integer count))))
 949
 950
 951
 952 (defun find-bsab-sab (sab)
 953  (collect-umlisp-query (bonus_sab (name count) nil sab sab :single t)
 954      (make-instance 'bsab :sab sab :name name :hits (ensure-integer count))))
 955
 956 (defun find-bsab-all ()
 957  (collect-umlisp-query (bonus_sab (sab name count) nil nil nil :order (sab asc))
 958      (make-instance 'bsab :sab sab :name name :hits (ensure-integer count))))
 959
 960 (defun find-btty-tty (tty)
 961  (collect-umlisp-query (bonus_tty (name count) nil tty tty :single t)
 962      (make-instance 'btty :tty tty :name name :hits (ensure-integer count))))
 963
 964 (defun find-btty-all ()
 965  (collect-umlisp-query (bonus_tty (tty name count) nil nil nil :order (tty asc))
 966   (make-instance 'btty :tty tty :name name :hits (ensure-integer count))))
 967
 968 (defun find-brel-rel (rel)
 969   (collect-umlisp-query (bonus_rel (sab sl rel rela count) nil rel rel)
 970     (make-instance 'brel :sab sab :sl sl :rel rel :rela rela
 971                     :hits (ensure-integer count))))