sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:        Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: sql-classes.lisp,v 1.72 2003/05/06 02:41:01 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package :umlisp)
  20 (declaim (optimize (compilation-speed 0) (debug 3)))
  21
  22
  23 (defvar *current-srl* nil)
  24 (defun current-srl ()
  25   *current-srl*)
  26 (defun current-srl! (srl)
  27   (setq *current-srl* srl))
  28
  29 (defmacro query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  30                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  31   (let* ((%%fields (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  32                            (if distinct "distinct " "") fields table))
  33          (%%order (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  34                                     order)
  35                       ""))
  36          (%%lrl (format nil " and ~:@(~A~)<=" lrl))
  37          (%%where (when where-name
  38                     (format nil " where ~:@(~A~)~A" where-name
  39                           (if like " like " "")))))
  40     `(concatenate
  41       'string
  42       ,%%fields
  43       ,@(when %%where (list %%where))
  44       ,@(when %%where
  45               `((typecase ,where-value
  46                   (number
  47                    (concatenate 'string "=" (write-to-string ,where-value)))
  48                   (null
  49                    " is null")
  50                   (t
  51                    (format nil ,(if like "'%~A%'" "='~A'") ,where-value)))))
  52       (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  53       ,@(when %%order (list %%order))
  54       ,@(when single (list " limit 1")))))
  55
  56 (defun query-string-eval (table fields &optional srl where-name where-value
  57                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  58   (concatenate
  59    'string
  60    (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  61            (if distinct "distinct " "") fields table)
  62    (if where-name (format nil " where ~:@(~A~)" where-name) "")
  63    (if where-name
  64        (format nil
  65                (typecase where-value
  66                  (number "=~D")
  67                  (null " is null")
  68                  (t
  69                   (if like " like '%~A%""='~A'")))
  70                where-value)
  71        "")
  72    (if srl (format nil " and ~:@(~A~)<=~D" lrl srl) "")
  73    (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  74    (if single " limit 1" "")))
  75
  76
  77 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  78                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  79   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  80 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  81   `(mutex-sql-query
  82     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  83      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  84
  85 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
  86                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  87   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  88 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  89   `(mutex-sql-query
  90     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  91      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  92
  93 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
  94 (defmacro with-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  95                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
  96                                     order like)
  97                              &body body)
  98   (let ((value (gensym))
  99         (r (gensym)))
 100     (if single
 101         `(let* ((,value ,where-value)
 102                 (tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 103                                           :lrl ,lrl :single ,single
 104                                           :distinct ,distinct :order ,order
 105                                           :like ,like))))
 106           ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 107           (when tuple
 108                 (destructuring-bind ,fields tuple
 109                   ,@body)))
 110         `(let ((,value ,where-value))
 111            ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 112            (let ((,r '()))
 113              (dolist (tuple (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 114                                           :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 115                                           :order ,order :like ,like))
 116                (push (destructuring-bind ,fields tuple ,@body) ,r))
 117              (nreverse ,r))
 118            #+ignore
 119            (loop for tuple in
 120                  (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 121                                :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 122                                :order ,order :like ,like)
 123                collect (destructuring-bind ,fields tuple ,@body))))))
 124
 125 (defmacro with-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
 126                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 127                                          order like)
 128                                   &body body)
 129   (let ((value (gensym))
 130         (r (gensym))
 131         (eval-fields (cadr fields)))
 132     (if single
 133         `(let* ((,value ,where-value)
 134                 (tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 135                                                :lrl ,lrl :single ,single
 136                                                :distinct ,distinct :order ,order
 137                                                :like ,like))))
 138           (when tuple
 139             (destructuring-bind ,eval-fields tuple
 140               ,@body)))
 141         `(let ((,value ,where-value)
 142                (,r '()))
 143            (dolist (tuple (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 144                                              :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 145                                              :order ,order :like ,like))
 146              (push (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body) ,r))
 147            (nreverse ,r)
 148            #+ignore
 149            (loop for tuple in
 150                  (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 151                                     :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 152                                     :order ,order :like ,like)
 153                collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body))))))
 154
 155 ;;;
 156 ;;; Read from SQL database
 157
 158 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 159   "Find ucon for a cui"
 160   (with-umlisp-query (mrcon (kpfstr kcuilrl) srl cui (parse-cui cui) :single t)
 161     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui) :pfstr kpfstr
 162                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 163
 164 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 165   "Find ucon for a cui"
 166   (with-umlisp-query (mrcon (kcuilrl) srl cui (parse-cui cui) :single t)
 167     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui) :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 168                    :pfstr nil)))
 169
 170 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 171   "Find preferred string for a cui"
 172   (with-umlisp-query (mrcon (kpfstr) srl cui (parse-cui cui) :single t)
 173     kpfstr))
 174
 175 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 176   "Find list of ucon for lui"
 177   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl lui (parse-lui lui)
 178                             :distinct t)
 179     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 180                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 181
 182 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 183   "Find list of ucon for sui"
 184   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl sui (parse-sui sui)
 185                             :distinct t)
 186     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 187                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 188
 189 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 190   "Find ucon for cui/sui"
 191   (when (and cui sui)
 192     (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl kcuisui
 193                                (make-cuisui (parse-cui cui) (parse-sui sui)))
 194       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 195                      :pfstr kpfstr
 196                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 197
 198 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 199   "Find ucon that are exact match for str"
 200   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl str str :distinct t)
 201     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 202                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 203
 204 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 205   "Return list of all ucon's"
 206   (with-sql-connection (db)
 207     (clsql:map-query
 208      'list
 209      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 210          (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 211                         :pfstr pfstr
 212                         :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 213      (query-string mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil
 214                    :order (cui asc) :distinct t)
 215      :database db)))
 216
 217 (defun find-ucon-all2 (&key (srl *current-srl*))
 218   "Return list of all ucon's"
 219   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 220                             :distinct t)
 221     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 222                    :pfstr kpfstr
 223                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 224
 225 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 226   "Map a function over all ucon's"
 227   (with-sql-connection (db)
 228     (clsql:map-query
 229      nil
 230      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 231          (funcall fn
 232                   (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 233                                  :pfstr pfstr
 234                                  :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 235      (query-string mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 236                    :distinct t)
 237      :database db)))
 238
 239
 240 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 241   "Return a list of udefs for cui"
 242   (with-umlisp-query (mrdef (sab def) srl cui (parse-cui cui) :lrl "KSRL")
 243     (make-instance 'udef :sab sab :def def)))
 244
 245 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 246   "Return a list of usty for cui"
 247   (with-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui (parse-cui cui) :lrl "KLRL")
 248     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 249
 250 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 251   "Return a list of usty that match word"
 252   (with-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t
 253                             :distinct t)
 254     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 255
 256 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 257   "Return a list of urel for cui"
 258   (with-umlisp-query (mrrel (rel cui2 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui1
 259                             (parse-cui cui) :lrl "KSRL")
 260     (make-instance 'urel :cui1 (parse-cui cui) :rel rel
 261                    :cui2 (ensure-integer cui2) :rela rela :sab sab :sl sl
 262                    :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 263
 264 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 265   "Return a list of urel for cui2"
 266   (with-umlisp-query (mrrel (rel cui1 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui2
 267                             (parse-cui cui2) :lrl "KSRL")
 268     (make-instance 'urel :cui2 (parse-cui cui2) :rel rel
 269                    :cui1 (ensure-integer cui1) :rela rela :sab sab :sl sl
 270                    :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 271
 272 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 273   (mapcar
 274    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 275    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))))
 276
 277 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 278   "Return a list of ucoc for cui"
 279   (with-umlisp-query (mrcoc (cui2 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui1
 280                             (parse-cui cui) :lrl "KSRL" :order (cof asc))
 281     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 282     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 283     (make-instance 'ucoc :cui1 (parse-cui cui) :cui2 (ensure-integer cui2)
 284                    :soc soc :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 285                    :pfstr2 kpfstr2)))
 286
 287 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 288   "Return a list of ucoc for cui2"
 289   (with-umlisp-query (mrcoc (cui1 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui2
 290                             (parse-cui cui2) :lrl "KSRL" :order (cof asc))
 291     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 292     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 293     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 (parse-cui cui2)
 294                    :soc soc :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 295                    :pfstr2 kpfstr2)))
 296
 297 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 298   "List of ucon with co-occurance cui2"
 299   (mapcar
 300    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 301    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 302
 303 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 304   "Return a list of ulo for cui"
 305   (with-umlisp-query (mrlo (isn fr un sui sna soui) srl cui (parse-cui cui)
 306                            :lrl "KLRL")
 307     (make-instance 'ulo :isn isn :fr (ensure-integer fr) :un un
 308                    :sui (ensure-integer sui) :sna sna :soui soui)))
 309
 310 (defgeneric suistr (lo))
 311 (defmethod suistr ((lo ulo))
 312   "Return the string for a ulo object"
 313   (find-string-sui (sui lo)))
 314
 315 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 316   "Return a list of uatx for cui"
 317   (with-umlisp-query (mratx (sab rel atx) srl cui (parse-cui cui) :lrl ksrl)
 318     (make-instance 'uatx :sab sab :rel rel :atx atx)))
 319
 320
 321 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 322   "Return a list of uterm for cui"
 323   (with-umlisp-query (mrcon (lui lat ts kluilrl) srl cui (parse-cui cui)
 324                             :lrl kluilrl :distinct t)
 325     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui (parse-cui cui)
 326                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 327
 328 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 329   "Return a list of uterm for lui"
 330   (with-umlisp-query (mrcon (cui lat ts kluilrl) srl lui (parse-lui lui)
 331                              :lrl kluilrl :distinct t)
 332     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui (parse-lui lui)
 333                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 334
 335 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 336   "Return single uterm for cui/lui"
 337   (with-umlisp-query (mrcon (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 338                              (make-cuilui (parse-cui cui) (parse-lui lui))
 339                              :lrl kluilrl :single t)
 340     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts
 341                    :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 342
 343 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 344   "Return a list of ustr for cui/lui"
 345   (with-umlisp-query (mrcon (sui stt str lrl) srl kcuilui
 346                             (make-cuilui cui lui) :lrl lrl)
 347     (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 348                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str
 349                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 350
 351 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 352   "Return the single ustr for cuisui"
 353   (with-umlisp-query (mrcon (lui stt str lrl) srl kcuisui
 354                             (make-cuisui cui sui) :lrl lrl :single t)
 355     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 356                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str
 357                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 358
 359 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 360   "Return the list of ustr for sui"
 361   (with-umlisp-query (mrcon (cui lui stt str lrl) srl sui (parse-sui sui)
 362                             :lrl lrl)
 363     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 364                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) (parse-sui sui))
 365                    :lui (ensure-integer lui) :lrl (ensure-integer lrl))))
 366
 367 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 368   "Return the list of ustr for sab"
 369   (with-umlisp-query (mrso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 370     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 371       (apply #'find-ustr-cuisui
 372              (append
 373               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui))
 374               (list :srl srl))))))
 375
 376 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 377   "Return list of all ustr's"
 378     (with-sql-connection (db)
 379       (clsql:map-query
 380        'list
 381        #'(lambda (cui lui sui stt lrl pfstr)
 382            (make-instance 'ustr :cui (ensure-integer cui)
 383                           :lui (ensure-integer lui) :sui (ensure-integer sui)
 384                           :stt stt :str pfstr
 385                           :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui)
 386                                                (ensure-integer sui))
 387                           :lrl (ensure-integer lrl)))
 388        (query-string mrcon (cui lui sui stt lrl kpfstr) srl nil nil :lrl lrl
 389                      :distinct t
 390                      :order (sui asc))
 391        :database db)))
 392
 393 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 394   "Return the string associated with sui"
 395   (with-umlisp-query (mrcon (str) srl sui sui :lrl lrl :single t)
 396     str))
 397
 398 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 399   (with-umlisp-query (mrso (sab code srl tty) srl kcuisui
 400                            (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 401       (make-instance 'uso :sab sab :code code :srl srl :tty tty)))
 402
 403 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 404   (with-umlisp-query (mrcxt (sab code cxn cxl rnk cxs cui2 hcd rela xc)
 405                             srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl ksrl)
 406     (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 407                    :cxn (ensure-integer cxn) :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd
 408                    :rela rela :xc xc :rnk (ensure-integer rnk)
 409                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 410
 411 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 412   (let ((ls (format nil "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where ")))
 413     (cond
 414       (sui (string-append ls (format nil "KCUISUI=~D" (make-cuisui cui sui))))
 415       (lui (string-append ls (format nil "KCUILUI=~D and sui=0"
 416                                      (make-cuilui cui lui))))
 417       (t (string-append ls (format nil "cui=~D and lui=0 and sui=0" cui))))
 418     (when srl
 419       (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~D" srl)))
 420     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 421           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 422             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 423
 424 (defun find-usty-tui (tui)
 425   "Find usty for tui"
 426   (with-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui (parse-tui tui) :single t)
 427     (make-instance 'usty :tui (parse-tui tui) :sty sty)))
 428
 429 (defun find-usty-sty (sty)
 430   "Find usty for a sty"
 431   (with-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 432     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 433
 434 (defun find-usty-all ()
 435   "Return list of usty's for all semantic types"
 436   (with-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 437     (find-usty-tui tui)))
 438
 439 (defun find-usab-all ()
 440   "Find usab for a key"
 441   (with-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta
 442                                   rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat
 443                                   cenc curver sabin) nil nil nil)
 444     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 445                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 446                    :sf sf :sver sver :mstart mstart :mend mend :imeta imeta
 447                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc  :srl (ensure-integer srl)
 448                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 449                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 450                    :curver curver :sabin sabin)))
 451
 452 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 453   "Find usab for a key"
 454   (with-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart
 455                                     mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty
 456                                     ttyl atnl lat cenc curver sabin)
 457                                   nil key-name key :single t)
 458     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 459                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 460                    :sf sf :sver sver :mstart mstart :mend mend :imeta imeta
 461                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc :srl (ensure-integer srl)
 462                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 463                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 464                    :curver curver :sabin sabin)))
 465
 466 (defun find-usab-rsab (rsab)
 467   "Find usab for rsab"
 468   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 469
 470 (defun find-usab-vsab (vsab)
 471   "Find usab for vsab"
 472   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 473
 474 (defun find-cui-max ()
 475   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 476
 477 ;;;; Cross table find functions
 478
 479 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 480   "Find list of ucon for tui"
 481   (with-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui (parse-tui tui) :lrl klrl :order (cui asc))
 482     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 483
 484 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 485   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 486   (with-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 487                                      :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 488     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 489
 490 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 491   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 492   (with-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 493                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 494     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 495
 496 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 497   "Return list of ustrs that match word"
 498   (with-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 499                                :order (cui asc sui asc))
 500     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 501
 502 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 503   "Return list of ustrs that match word"
 504   (with-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 505                                  :order (cui asc sui asc))
 506     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 507
 508 ;; Special tables
 509
 510 (defun find-usrl-all ()
 511   (with-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 512     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 513
 514 ;;; Multiword lookup and score functions
 515
 516 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 517   "Return sorted list of ucon's that match a multiword string"
 518   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 519          (ucons '()))
 520     (dolist (word words)
 521       (setq ucons (append ucons (find-ucon-word word :srl srl))))
 522     (sort-score-ucon-str str (delete-duplicates ucons :test #'eql :key #'cui))))
 523
 524 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 525   "Return sorted list of ustr's that match a multiword string"
 526   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 527          (ustrs '()))
 528     (dolist (word words)
 529       (setq ustrs (append ustrs (find-ustr-word word :srl srl))))
 530     (sort-score-ustr-str str (delete-duplicates ustrs :test #'eql :key #'cui))))
 531
 532 (defun sort-score-ucon-str (str ucons)
 533   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 534   (sort-score-umlsclass-str ucons str #'pfstr))
 535
 536 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 537   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 538   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 539
 540 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 541   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 542   (let ((scored '()))
 543     (dolist (obj objs)
 544       (push (list obj (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 545        scored))
 546     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 547
 548 (defun score-multiword-match (s1 s2)
 549   "Score a match between two strings with s1 being reference string"
 550   (let* ((word-list-1 (delimited-string-to-list s1 #\space))
 551          (word-list-2 (delimited-string-to-list s2 #\space))
 552          (n1 (length word-list-1))
 553          (n2 (length word-list-2))
 554          (unmatched n1)
 555          (score 0)
 556          (nlong 0)
 557          (nshort 0)
 558          short-list long-list)
 559     (declare (fixnum n1 n2 nshort nlong score unmatched))
 560     (if (> n1 n2)
 561         (progn
 562           (setq nlong n1)
 563           (setq nshort n2)
 564           (setq long-list word-list-1)
 565           (setq short-list word-list-2))
 566       (progn
 567         (setq nlong n2)
 568         (setq nshort n1)
 569         (setq long-list word-list-2)
 570         (setq short-list word-list-1)))
 571     (decf score (- nlong nshort)) ;; reduce score for extra words
 572     (dotimes (iword nshort)
 573       (declare (fixnum iword))
 574       (kmrcl:aif (position (nth iword short-list) long-list :test #'string-equal)
 575            (progn
 576              (incf score (- 10 (abs (- kmrcl::it iword))))
 577              (decf unmatched))))
 578     (decf score (* 2 unmatched))
 579     score))
 580
 581
 582 ;;; LEX SQL functions
 583
 584 (defun find-lexterm-eui (eui)
 585   (with-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 586     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 587
 588 (defun find-lexterm-word (wrd)
 589   (with-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 590     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 591                    :wrd (copy-seq wrd))))
 592
 593 ;; LEX SQL Read functions
 594
 595 (defun find-labr-eui (eui)
 596   (with-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 597     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 598                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 599
 600 (defun find-labr-bas (bas)
 601   (with-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 602     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 603                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 604
 605 (defun find-lagr-eui (eui)
 606   (with-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 607     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 608                    :cit cit :bas bas)))
 609
 610 (defun find-lcmp-eui (eui)
 611   (with-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 612     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 613
 614 (defun find-lmod-eui (eui)
 615   (with-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
 616     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 617
 618 (defun find-lnom-eui (eui)
 619   (with-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
 620     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 621                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 622
 623 (defun find-lprn-eui (eui)
 624   (with-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
 625     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 626                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 627
 628 (defun find-lprp-eui (eui)
 629   (with-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
 630     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 631
 632 (defun find-lspl-eui (eui)
 633   (with-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
 634     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 635
 636 (defun find-ltrm-eui (eui)
 637   (with-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
 638     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 639
 640 (defun find-ltyp-eui (eui)
 641   (with-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
 642     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 643
 644 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 645   (make-instance 'lwd :wrd
 646                  :euilist (with-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 647                             (ensure-integer eui))))
 648
 649 ;;; Semantic Network SQL access functions
 650
 651 (defun find-sdef-ui (ui)
 652   (with-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 653                             nil ui ui :single t)
 654     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 655                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 656
 657 (defun find-sstre1-ui (ui)
 658   (with-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
 659     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 660                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 661
 662 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 663   (with-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
 664     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 665                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 666
 667 (defun find-sstr-rl (rl)
 668   (with-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
 669     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 670
 671 (defun find-sstre2-sty (sty)
 672   (with-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
 673     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 674
 675 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 676   (with-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
 677     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))