sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  11 ;;;;    Copyright (c) 2000-2010 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  12 ;;;;
  13 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  14 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  15 ;;;; *************************************************************************
  16
  17 (in-package #:umlisp)
  18
  19
  20 (defvar *current-srl* nil)
  21 (defun current-srl ()
  22   *current-srl*)
  23 (defun set-current-srl (srl)
  24   (setq *current-srl* srl))
  25
  26 (defmacro query-string (table fields srl where-name where-value
  27                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit
  28                         filter)
  29   (let* ((%%fields (format nil "SELECT ~A~{~:@(~A~)~^,~} FROM ~:@(~A~)"
  30                            (if distinct "DISTINCT " "") fields table))
  31          (%%order (if order (format nil " ORDER BY ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  32                                     order)
  33                       ""))
  34          (%%lrl (format nil " AND ~:@(~A~)<=" lrl))
  35          (%%where (when where-name
  36                     (format nil " WHERE ~:@(~A~)~A" where-name
  37                           (if like " like " ""))))
  38          (%filter (gensym "FILTER-"))
  39          (%single (gensym "SINGLE-"))
  40          (%limit (gensym "LIMIT-")))
  41     `(let ((,%limit ,limit)
  42            (,%single ,single)
  43            (,%filter ,filter))
  44        (concatenate
  45         'string
  46         ,%%fields
  47         ,@(when %%where (list %%where))
  48         ,@(when %%where
  49             `((typecase ,where-value
  50                 #+ignore
  51                 (fixnum
  52                  (concatenate 'string "='" (prefixed-fixnum-string ,where-value #\0 10) "'"))
  53                 (number
  54                  (concatenate 'string "='" (write-to-string ,where-value) "'"))
  55                 (null
  56                  " IS NULL")
  57                 (t
  58                  (format nil ,(if like "'%~A%'" "='~A'") ,where-value)))))
  59         (if ,%filter (concatenate 'string
  60                                   ,(if %%where " AND " " WHERE ")
  61                                   ,%filter) "")
  62         (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  63         ,@(when %%order (list %%order))
  64         (cond
  65          ((and ,%single ,%limit)
  66           (error  "Can't set single (~S) and limit (~S)" ,%single ,%limit))
  67          (,%single
  68           " LIMIT 1")
  69          (,%limit
  70           (format nil " LIMIT ~D" ,%limit))
  71          (t
  72           ""))))))
  73
  74 (defun query-string-eval (table fields srl where-name where-value
  75                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit filter)
  76   (when single (setq limit 1))
  77   (concatenate
  78    'string
  79    (format nil "SELECT ~A~{~:@(~A~)~^,~} FROM ~:@(~A~)"
  80            (if distinct "DISTINCT " "") fields table)
  81    (if where-name (format nil " WHERE ~:@(~A~)" where-name) "")
  82    (if where-name
  83        (format nil
  84                (typecase where-value
  85                  (number "='~D'")
  86                  (null " IS NULL")
  87                  (t
  88                   (if like " LIKE '%~A%'" "='~A'")))
  89                where-value)
  90        "")
  91    (if filter (concatenate 'string " AND " filter) nil)
  92    (if srl (format nil " AND ~:@(~A~)<=~D" lrl srl) "")
  93    (if order (format nil " ORDER BY ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  94    (if limit (format nil " LIMIT ~D" limit) "")))
  95
  96
  97 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  98                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
  99                      limit filter (query-cmd 'mutex-sql-query))
 100   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 101 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 102   `(,query-cmd
 103     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 104      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 105      :filter ,filter :limit ,limit)))
 106
 107 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
 108                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
 109                      filter limit)
 110   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 111 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 112   `(mutex-sql-query
 113     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 114      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 115      :filter ,filter :limit ,limit)))
 116
 117 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
 118 (defmacro collect-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
 119                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 120                                     order like (query-cmd 'mutex-sql-query)
 121                                     filter limit)
 122                                 &body body)
 123   (let ((value (gensym))
 124         (r (gensym)))
 125     (if single
 126         (if (and limit (> limit 1))
 127             (error "Can't set limit along with single.")
 128           `(let* ((,value ,where-value)
 129                   (tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 130                                             :lrl ,lrl :single ,single
 131                                             :distinct ,distinct :order ,order
 132                                             :like ,like :filter ,filter
 133                                             :query-cmd ,query-cmd))))
 134              ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 135              (when tuple
 136                (destructuring-bind ,fields tuple
 137                  ,@body))))
 138         `(let ((,value ,where-value))
 139            ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 140            (let ((,r '()))
 141              (dolist (tuple (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 142                                           :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 143                                           :order ,order :filter ,filter :like ,like
 144                                           :limit ,limit))
 145                (push (destructuring-bind ,fields tuple ,@body) ,r))
 146              (nreverse ,r))
 147            #+ignore
 148            (loop for tuple in
 149                  (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 150                                :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 151                                :order ,order :like ,like :filter ,filter :limit ,limit)
 152                collect (destructuring-bind ,fields tuple ,@body))))))
 153
 154 (defmacro collect-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
 155                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 156                                          order like filter limit)
 157                                   &body body)
 158   (let ((value (gensym))
 159         (r (gensym))
 160         (eval-fields (cadr fields)))
 161     (if single
 162         `(let* ((,value ,where-value)
 163                 (tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 164                                                :lrl ,lrl :single ,single
 165                                                :distinct ,distinct :order ,order
 166                                                :like ,like :filter ,filter
 167                                                :limit ,limit))))
 168           (when tuple
 169             (destructuring-bind ,eval-fields tuple
 170               ,@body)))
 171         `(let ((,value ,where-value)
 172                (,r '()))
 173            (dolist (tuple (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 174                                              :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 175                                              :order ,order :like ,like
 176                                              :filter ,filter :limit ,limit))
 177              (push (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body) ,r))
 178            (nreverse ,r)
 179            #+ignore
 180            (loop for tuple in
 181                  (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 182                                     :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 183                                     :order ,order :like ,like :filter ,filter
 184                                     :limit ,limit)
 185                collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body))))))
 186
 187 ;;;
 188 ;;; Read from SQL database
 189
 190 (defmacro ensure-cui-integer (cui)
 191   `(if (stringp ,cui)
 192     (setq ,cui (parse-cui ,cui))
 193     ,cui))
 194
 195 (defmacro ensure-lui-integer (lui)
 196   `(if (stringp ,lui)
 197     (setq ,lui (parse-lui ,lui))
 198     ,lui))
 199
 200 (defmacro ensure-sui-integer (sui)
 201   `(if (stringp ,sui)
 202     (setq ,sui (parse-sui ,sui))
 203     ,sui))
 204
 205 (defmacro ensure-aui-integer (aui)
 206   `(if (stringp ,aui)
 207     (setq ,aui (parse-aui ,aui))
 208     ,aui))
 209
 210 (defmacro ensure-rui-integer (rui)
 211   `(if (stringp ,rui)
 212     (setq ,rui (parse-rui ,rui))
 213     ,rui))
 214
 215 (defmacro ensure-tui-integer (tui)
 216   `(if (stringp ,tui)
 217     (setq ,tui (parse-tui ,tui))
 218     ,tui))
 219
 220 (defmacro ensure-eui-integer (eui)
 221   `(if (stringp ,eui)
 222     (setq ,eui (parse-eui ,eui))
 223     ,eui))
 224
 225 (defun make-ucon-cui (cui)
 226   (ensure-cui-integer cui)
 227   (when cui
 228     (make-instance 'ucon :cui cui)))
 229
 230 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*) without-pfstr)
 231   "Find ucon for a cui. If set SAB, the without-pfstr is on by default"
 232   (ensure-cui-integer cui)
 233   (unless cui (return-from find-ucon-cui nil))
 234
 235   (if without-pfstr
 236       (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :single t)
 237                             (make-instance 'ucon :cui cui :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 238                                            :pfstr nil)))
 239    (or
 240      (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl str) srl cui cui :single t :filter "KPFENG=1")
 241         (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr str
 242                        :lrl kcuilrl))
 243      (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl str) srl cui cui :single t)
 244         (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr str
 245                        :lrl kcuilrl))))
 246
 247 (defun find-uconso-cui (cui &key sab (srl *current-srl*))
 248   "Find uconso for a cui."
 249   (ensure-cui-integer cui)
 250   (unless cui (return-from find-uconso-cui nil))
 251
 252   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts lui stt sui ispref aui saui scui sdui sab tty code str
 253                                       srl suppress cvf kpfeng kcuisui kcuilui kcuilrl
 254                                       kluilrl ksuilrl) srl cui cui
 255                                       :filter (if sab (concatenate 'string "SAB='" sab "'") nil))
 256     (make-instance 'uconso :cui cui :lat lat :ts ts :lui lui :stt stt :sui sui :ispref ispref
 257                    :aui aui :saui saui :scui scui :sdui sdui :sab sab :tty tty :code code
 258                    :str str :srl srl :suppress suppress :cvf cvf :kpfeng kpfeng
 259                    :kcuisui kcuisui :kcuilui kcuilui :kcuilrl kcuilrl :kluilrl kluilrl
 260                    :ksuilrl ksuilrl)))
 261
 262 (defun find-uconso-cuisui (cuisui &key sab (srl *current-srl*))
 263   "Find uconso for a cuisui."
 264   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts lui stt sui ispref aui saui scui sdui sab tty code str
 265                                       srl suppress cvf kpfeng kcuisui kcuilui kcuilrl
 266                                       kluilrl ksuilrl) srl kcuisui cuisui
 267                                       :filter (if sab (concatenate 'string "SAB='" sab "'") nil))
 268     (make-instance 'uconso :cui cui :lat lat :ts ts :lui lui :stt stt :sui sui :ispref ispref
 269                    :aui aui :saui saui :scui scui :sdui sdui :sab sab :tty tty :code code
 270                    :str str :srl srl :suppress suppress :cvf cvf :kpfeng kpfeng
 271                    :kcuisui kcuisui :kcuilui kcuilui :kcuilrl kcuilrl :kluilrl kluilrl
 272                    :ksuilrl ksuilrl)))
 273
 274
 275 (defun find-uconso-code (code &key first sab (srl *current-srl*) (like nil))
 276   "Return list of uconso objects that match code. Optional, filter for SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 277   (collect-umlisp-query (mrconso (cui sab) srl code code :like like :distinct t
 278                                  :lrl klrl
 279                                  :filter (if sab (concatenate 'string "SAB='" sab "'") nil))
 280     (let ((uconsos (find-uconso-cui cui :sab sab :srl srl)))
 281       (if first
 282           (first uconsos)
 283           uconsos))))
 284
 285 (defun find-uconso-sui (sui &key sab (srl *current-srl*))
 286   "Find uconso for a sui. If set SAB, the without-pfstr is on by default"
 287   (ensure-sui-integer sui)
 288 ;;  (unless (and sui (stringp sab))
 289   (unless sui
 290     (return-from find-uconso-sui nil))
 291
 292   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts lui stt sui ispref aui saui scui sdui sab tty code str
 293                                       srl suppress cvf kpfeng kcuisui kcuilui kcuilrl
 294                                       kluilrl ksuilrl) srl sui sui
 295                                       :distinct t
 296                                       :filter (if sab (concatenate 'string "SAB='" sab "'") nil))
 297     (make-instance 'uconso :cui cui :lat lat :ts ts :lui lui :stt stt :sui sui :ispref ispref
 298                    :aui aui :saui saui :scui scui :sdui sdui :sab sab :tty tty :code code
 299                    :str str :srl srl :suppress suppress :cvf cvf :kpfeng kpfeng
 300                    :kcuisui kcuisui :kcuilui kcuilui :kcuilrl kcuilrl :kluilrl kluilrl
 301                    :ksuilrl ksuilrl)))
 302
 303 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 304   "Find preferred string for a cui"
 305   (ensure-cui-integer cui)
 306   (or
 307    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 308                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 309       str)
 310    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 311                                   :single t)
 312                          str)))
 313
 314 (defun find-lrl-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 315   "Find LRL for a cui"
 316   (ensure-cui-integer cui)
 317   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :distinct t :single t)
 318                         (ensure-integer kcuilrl)))
 319
 320 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 321   "Find list of ucon for lui"
 322   (ensure-lui-integer lui)
 323   (unless lui (return-from find-ucon-lui nil))
 324   (or
 325    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 326                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 327       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 328                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))
 329    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 330                                   :single t)
 331       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 332                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 333
 334 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 335   "Find list of ucon for sui"
 336   (ensure-sui-integer sui)
 337   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl sui sui :distinct t)
 338     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 339                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 340
 341 (defun find-ucon-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 342   "Find list of ucon for aui"
 343   (ensure-aui-integer aui)
 344   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl aui aui :distinct t)
 345     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 346                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 347
 348 (defun find-ucon-cuisui (cuisui &key (srl *current-srl*))
 349   "Find ucon for cui/sui"
 350   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl kcuisui cuisui)
 351     (make-instance 'ucon :cui cui
 352                    :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 353                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 354
 355 (defun find-ucon-cui-sui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 356   "Find ucon for cui/sui"
 357   (ensure-cui-integer cui)
 358   (ensure-sui-integer sui)
 359   (when (and cui sui)
 360     (find-ucon-cui-sui cui sui :srl srl)))
 361
 362 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 363   "Find ucon that are exact match for str"
 364   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl str str :distinct t)
 365     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 366                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 367
 368 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 369   "Return list of all ucon's"
 370   (with-sql-connection (db)
 371     (clsql:map-query
 372      'list
 373      #'(lambda (tuple)
 374          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 375              (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 376                             :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 377                             :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 378      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil
 379                    :order (cui asc) :distinct t)
 380      :database db)))
 381
 382 (defun find-ucon-all2 (&key (srl *current-srl*))
 383   "Return list of all ucon's"
 384   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 385                             :distinct t)
 386     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 387                    :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 388                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 389
 390 (defun find-cui-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 391   "Return list of CUIs for all ucons"
 392   (collect-umlisp-query (mrconso (cui) srl nil nil :order (cui asc)
 393                                :distinct t)
 394                         cui))
 395
 396 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 397   "Map a function over all ucon's"
 398   (with-sql-connection (db)
 399     (clsql:map-query
 400      nil
 401      #'(lambda (tuple)
 402          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 403            (funcall fn (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 404                                       :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 405                                       :lrl (ensure-integer cuilrl)))))
 406      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 407                    :distinct t)
 408      :database db)))
 409
 410
 411 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 412   "Return a list of udefs for cui"
 413   (ensure-cui-integer cui)
 414   (collect-umlisp-query (mrdef (sab def suppress) srl cui cui :lrl "KSRL")
 415     (make-instance 'udef :sab sab :def def :suppress suppress)))
 416
 417 (defun find-udoc-key (key)
 418   "Return list of abbreviation documentation for a key"
 419   (collect-umlisp-query (mrdoc (value type expl) nil dockey key)
 420     (make-instance 'udoc :dockey key :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 421
 422 (defun find-udoc-value (value)
 423   "Return abbreviation documentation"
 424   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey type expl) nil value value)
 425     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 426
 427 (defun find-udoc-key-value (dockey value)
 428   (collect-umlisp-query (mrdoc (type expl) nil dockey dockey :filter (format nil "VALUE='~A'" value))
 429       (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 430
 431 (defun find-udoc-all ()
 432   "Return all abbreviation documentation"
 433   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey value type expl) nil nil nil)
 434     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 435
 436 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 437   "Return a list of usty for cui"
 438   (ensure-cui-integer cui)
 439   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui cui :lrl "KLRL")
 440     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 441
 442 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 443   "Return a list of usty that match word"
 444   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t
 445                             :distinct t)
 446     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 447
 448 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*) filter without-pfstr2)
 449   "Return a list of urel for cui"
 450   (ensure-cui-integer cui)
 451   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 452                                srl cui1 cui :lrl "KSRL" :filter filter)
 453     (let ((rel
 454       (make-instance 'urel :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 455                      :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 456                      :rui (ensure-integer rui) :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 457                      :suppress suppress :cvf cvf)))
 458       (unless without-pfstr2
 459         (setf (slot-value rel 'pfstr2) (find-pfstr-cui cui2)))
 460       rel)))
 461
 462 (defun find-urel-rui (rui &key (srl *current-srl*))
 463   "Return the urel for a rui"
 464   (ensure-rui-integer rui)
 465   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 466                                srl rui rui :lrl "KSRL" :single t)
 467     (make-instance 'urel :cui1 cui1 :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 468                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 469                    :rui (ensure-integer rui) :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 470                    :suppress suppress :cvf cvf :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 471
 472 (defun find-cui2-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 473   "Return a list of urel for cui"
 474   (ensure-cui-integer cui)
 475   (collect-umlisp-query (mrrel (cui2) srl cui1
 476                                cui :lrl "KSRL")
 477                         cui2))
 478
 479 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 480   "Return a list of urel for cui2"
 481   (ensure-cui-integer cui2)
 482   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui1 aui1 stype1 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 483                                srl cui2 cui2 :lrl "KSRL")
 484     (make-instance 'urel :cui2 cui2 :rel rel :aui2 (ensure-integer aui2)
 485                    :stype2 stype2 :rui (ensure-integer rui) :srui srui
 486                    :stype1 stype1 :cui1 (ensure-integer cui1)
 487                    :aui1 (ensure-integer aui1)
 488                    :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir :suppress suppress :cvf cvf
 489                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 490
 491 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 492   (ensure-cui-integer cui2)
 493   (loop for cui in (remove-duplicates
 494                     (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))
 495         collect (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 496
 497 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 498   "Return a list of ucoc for cui"
 499   (ensure-cui-integer cui)
 500   (collect-umlisp-query (mrcoc (aui1 cui2 aui2 sab cot cof coa) srl cui1
 501                             cui :lrl klrl :order (cof asc))
 502     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 503     (when (eql 0 cui2) (setq cui2 nil))
 504     (make-instance 'ucoc :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1)
 505                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2)
 506                    :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa :sab sab
 507                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 508
 509 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 510   "Return a list of ucoc for cui2"
 511   (ensure-cui-integer cui2)
 512   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui1 aui1 aui2 sab cot cof coa) srl cui2
 513                             cui2 :lrl klrl :order (cof asc))
 514     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 515     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 cui2
 516                    :aui1 (ensure-integer aui1) :aui2 (ensure-integer aui2)
 517                    :sab sab :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 518                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 519
 520 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 521   "List of ucon with co-occurance cui2"
 522   (ensure-cui-integer cui2)
 523   (mapcar
 524    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 525    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 526
 527
 528 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 529   "Return a list of uterm for cui"
 530   (ensure-cui-integer cui)
 531   (collect-umlisp-query (mrconso (lui lat ts kluilrl) srl cui cui
 532                             :lrl kluilrl :distinct t)
 533     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui cui
 534                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 535
 536 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 537   "Return a list of uterm for lui"
 538   (ensure-lui-integer lui)
 539   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts kluilrl) srl lui lui
 540                              :lrl kluilrl :distinct t)
 541     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui lui
 542                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 543
 544 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 545   "Return single uterm for cui/lui"
 546   (ensure-cui-integer cui)
 547   (ensure-lui-integer lui)
 548   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 549                              (make-cuilui cui lui)
 550                              :lrl kluilrl :single t)
 551     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts
 552                    :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 553
 554 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 555   "Return a list of ustr for cui/lui"
 556   (ensure-cui-integer cui)
 557   (ensure-lui-integer lui)
 558   (collect-umlisp-query (mrconso (sui stt str suppress ksuilrl) srl kcuilui
 559                                  (make-cuilui cui lui) :lrl ksuilrl :distinct t)
 560                 (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 561                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str :suppress suppress
 562                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 563
 564 (defun find-ustr-cuisui (cuisui &key (srl *current-srl*))
 565   "Return the single ustr for cuisui"
 566   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lui sui stt str suppress ksuilrl) srl kcuisui
 567                                  cuisui :lrl ksuilrl :single t)
 568     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui cuisui
 569                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :suppress suppress
 570                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 571
 572 (defun find-ustr-cui-sui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 573   "Return the single ustr for cuisui"
 574   (ensure-cui-integer cui)
 575   (ensure-sui-integer sui)
 576   (find-ustr-cuisui (make-cuisui cui sui) :srl srl))
 577
 578 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 579   "Return the list of ustr for sui"
 580   (ensure-sui-integer sui)
 581   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lui stt str suppress ksuilrl) srl sui sui
 582                             :lrl ksuilrl :distinct t)
 583     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 584                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) sui)
 585                    :suppress suppress
 586                    :lui (ensure-integer lui) :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 587
 588 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 589   "Return the list of ustr for sab"
 590   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 591     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 592       (find-ustr-cuisui cuisui :srl srl))))
 593
 594 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 595   "Return list of all ustr's"
 596     (with-sql-connection (db)
 597       (clsql:map-query
 598        'list
 599        #'(lambda (tuple)
 600            (destructuring-bind (cui lui sui stt ksuilrl suppress) tuple
 601              (make-instance 'ustr :cui (ensure-integer cui)
 602                             :lui (ensure-integer lui) :sui (ensure-integer sui)
 603                             :stt stt :str (find-pfstr-cui cui)
 604                             :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui)
 605                                                  (ensure-integer sui))
 606                             :suppress suppress
 607                             :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 608        (query-string mrconso (cui lui sui stt ksuilrl) srl nil nil :lrl ksuilrl
 609                      :distinct t
 610                      :order (sui asc))
 611        :database db)))
 612
 613 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 614   "Return the string associated with sui"
 615   (ensure-sui-integer sui)
 616   (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl sui sui :lrl ksuilrl :single t)
 617     str))
 618
 619 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 620   (ensure-sui-integer sui)
 621   (ensure-cui-integer cui)
 622   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str ts)
 623                                  srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 624     (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 625                    :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 626                    :lat lat :str str :ts ts)))
 627
 628 (defun find-uso-cui (cui &key (srl *current-srl*) (english-only nil) limit)
 629   (ensure-cui-integer cui)
 630   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str sui ts)
 631                                  srl cui cui :lrl srl :limit limit
 632                                  :filter (when english-only "LAT='ENG'"))
 633      (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 634                     :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 635                     :lat lat :str str :ts ts)))
 636
 637 (defun find-uso-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 638   (ensure-sui-integer aui)
 639   (collect-umlisp-query (mrconso (sab cui sui code srl tty saui sdui scui lat
 640                                       str ts) srl aui aui :lrl srl :single t)
 641     (make-instance 'uso :aui aui :cui cui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 642                    :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui :lat lat
 643                    :str str :ts ts)))
 644
 645 (defun find-uhier-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 646   (ensure-cui-integer cui)
 647   (collect-umlisp-query (mrhier (aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 648                             srl cui cui :lrl ksrl)
 649     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 650                    :cxn (ensure-integer cxn)
 651                    :paui (ensure-integer paui)
 652                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 653
 654 (defun find-uhier-all (&key (srl *current-srl*))
 655   (collect-umlisp-query (mrhier (cui aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 656                             srl nil nil :lrl ksrl)
 657     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 658                    :cxn (ensure-integer cxn)
 659                    :paui (ensure-integer paui)
 660                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 661
 662 (defun find-usat-ui (cui &optional lui sui &key (srl *current-srl*))
 663   (ensure-cui-integer cui)
 664   (ensure-lui-integer lui)
 665   (ensure-sui-integer sui)
 666   (let ((ls "SELECT CODE,ATN,SAB,ATV FROM MRSAT WHERE "))
 667     (cond
 668       (sui (string-append ls "KCUISUI='"
 669                           (integer-string (make-cuisui cui sui) 14)
 670                           "'"))
 671       (lui (string-append ls "KCUILUI='"
 672                           (integer-string (make-cuilui cui lui) 14)
 673                           "' and sui='0'"))
 674       (t (string-append ls "cui='" (prefixed-fixnum-string cui nil 7)
 675                         "' and lui='0' and sui='0'")))
 676     (when srl
 677       (string-append ls " and KSRL<=" (prefixed-fixnum-string srl nil 3)))
 678     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 679           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 680             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 681
 682 (defun find-usty-tui (tui)
 683   "Find usty for tui"
 684   (ensure-tui-integer tui)
 685   (collect-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui tui :single t)
 686     (make-instance 'usty :tui tui :sty sty)))
 687
 688 (defun find-usty-sty (sty)
 689   "Find usty for a sty"
 690   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 691     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 692
 693 (defun find-usty-all ()
 694   "Return list of usty's for all semantic types"
 695   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 696     (find-usty-tui tui)))
 697
 698 (defun find-usab-all ()
 699   "Return all usab objects"
 700   (collect-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart vend imeta
 701                                   rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat
 702                                   cenc curver sabin ssn scit) nil nil nil)
 703     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 704                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 705                    :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 706                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc  :srl (ensure-integer srl)
 707                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 708                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 709                    :curver curver :sabin sabin :ssn ssn :scit scit)))
 710
 711 (defun find-usab-by-key (key-name key &key current)
 712   "Find usab for a key"
 713   (collect-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart
 714                                        vend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty
 715                                        ttyl atnl lat cenc curver sabin
 716                                        ssn scit)
 717                                      nil key-name key :single t
 718                                      :filter (when current "RMETA=''"))
 719      (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 720                     :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 721                     :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 722                     :rmeta rmeta :slc slc :scc scc :srl (ensure-integer srl)
 723                     :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 724                     :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 725                     :curver curver :sabin sabin
 726                     :ssn ssn :scit scit)))
 727
 728 (defun find-usab-rsab (rsab &key (current t))
 729   "Find usab for rsab"
 730   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 731
 732 (defun find-usab-vsab (vsab &key (current t))
 733   "Find usab for vsab"
 734   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 735
 736 (defun find-cui-max ()
 737   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 738
 739 (defun find-umap-cui (cui)
 740   (ensure-cui-integer cui)
 741   (collect-umlisp-query (mrmap (mapsetsab mapsubsetid maprank fromid fromsid fromexpr
 742                                           fromtype fromrule fromres rel rela toid tosid
 743                                           toexpr totype torule tores maprule maptype
 744                                           mapatn mapatv cvf)
 745                                nil mapsetcui cui)
 746     (make-instance 'umap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab :mapsubsetid mapsubsetid
 747                    :maprank (ensure-integer maprank) :fromid fromid :fromsid fromsid
 748                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype :fromrule fromrule :fromres fromres
 749                    :rel rel :rela rela :toid toid :tosid tosid :toexpr toexpr :totype totype
 750                    :torule torule :tores tores :maprule maprule :maptype maptype :mapatn mapatn
 751                    :mapatv mapatv :cvf cvf)))
 752
 753 (defun find-usmap-cui (cui)
 754   (ensure-cui-integer cui)
 755   (collect-umlisp-query (mrsmap (mapsetsab fromexpr fromtype rel rela toexpr totype cvf)
 756                                nil mapsetcui cui)
 757     (make-instance 'usmap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab
 758                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype
 759                    :rel rel :rela rela :toexpr toexpr :totype totype
 760                    :cvf cvf)))
 761
 762 ;;;; Cross table find functions
 763
 764 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 765   "Find list of ucon for tui"
 766   (ensure-tui-integer tui)
 767   (collect-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui tui :lrl klrl :order (cui asc))
 768     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 769
 770 (defun mrconso-query-word-cui (word sab srl like)
 771   (format nil "SELECT DISTINCT c.cui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD~A'~A' AND x.cui=c.cui~A~A"
 772           (if like " LIKE " "=")
 773           (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 774           (etypecase sab
 775             (string
 776              (format nil " AND c.sab='~A'" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 777             (cons
 778              (format nil " AND c.sab IN (~{'~A'~^,~})"
 779                      (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 780             (null
 781              ""))
 782           (if srl (format nil " AND KCUILRL <= ~A" srl) "")))
 783
 784 (defun mrconso-query-word-sui (word sab srl like)
 785   (format nil "SELECT DISTINCT c.sui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD~A'~A' AND x.sui=c.sui~A~A"
 786           (if like " LIKE " "=")
 787           (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 788           (etypecase sab
 789             (string
 790              (format nil " AND c.sab='~A'" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 791             (cons
 792              (format nil " AND c.sab IN (~{'~A'~^,~})"
 793                      (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 794             (null
 795              ""))
 796           (if srl (format nil " AND KCUILRL <= ~A" srl) "")))
 797
 798 (defun find-uconso-word (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 799   "Return list of uconso that match word. Optionally, matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 800   (cond
 801     (sab
 802      (let ((sui-query (mrconso-query-word-sui word sab srl like))
 803            (uconsos nil))
 804        (dolist (sui (remove-duplicates (sort (mapcar 'car (mutex-sql-query sui-query)) #'<)))
 805          (setq uconsos (nconc uconsos (find-uconso-sui sui :sab sab))))
 806        (remove-duplicates uconsos :key 'cui)))
 807     (t
 808      (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(kcuisui) srl 'wd word :like like
 809                                            :lrl 'klrl :order '(kcuisui asc))
 810        (find-uconso-cuisui kcuisui :srl srl)))))
 811
 812 (defun find-ucon-word (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 813   "Return list of ucon that match word in matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 814   (cond
 815     (sab
 816      (let ((query (mrconso-query-word-cui word sab srl like)))
 817        (loop for tuple in (mutex-sql-query query)
 818              collect (make-instance 'ucon :cui (first tuple)))))
 819     (t
 820      (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 821                                            :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 822        (find-ucon-cui cui :srl srl)))))
 823
 824 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 825   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 826   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 827                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 828     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 829
 830 (defun find-cui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 831   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 832   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 833                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 834                              cui))
 835
 836 (defun find-lui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 837   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 838   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(lui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 839                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 840                              lui))
 841
 842 (defun find-sui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 843   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 844   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(sui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 845                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 846     sui))
 847
 848 (defun find-ustr-word (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 849   "Return list of ustr that match word in matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 850   (cond
 851     (sab
 852      (let ((query (format nil "SELECT c.sui,c.cui,c.lui,c.str,c.lrl,c.stt,c.suppress,c.cuisui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD ~A '~A' AND x.cui=c.cui AND x.lui=c.lui AND x.sui=c.sui~A~A"
 853                           (if like "LIKE" "=")
 854                           (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 855                           (typecase sab
 856                             (string
 857                              (format nil " AND c.sab='~A'" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 858                             (cons
 859                              (format nil " AND c.sab IN (~('~A'~^,~))"
 860                                      (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 861                             (null
 862                              ""))
 863                           (if srl (format nil " AND KCUILRL <= ~D" srl) ""))))
 864        (loop for tuple in (mutex-sql-query query)
 865           collect (destructuring-bind (sui cui lui str lrl stt suppress cuisui) tuple
 866                     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :lui lui :str str :lrl lrl
 867                                    :stt stt :suppress suppress :cuisui cuisui)))))
 868     (t
 869      (collect-umlisp-query (mrxw_eng (kcuisui) srl wd word :lrl klrl
 870                                      :order (cui asc sui asc))
 871        (find-ustr-cuisui kcuisui :srl srl)))))
 872
 873 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 874   "Return list of ustrs that match word"
 875   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (kcuisui) srl nwd word :lrl klrl
 876                                  :order (cui asc sui asc))
 877     (find-ustr-cuisui kcuisui :srl srl)))
 878
 879 (defun find-uterm-word (word &key (srl *current-srl*))
 880   "Return list of uterms that match word"
 881   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui lui) srl wd word :lrl klrl
 882                                :order (cui asc lui asc))
 883     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 884
 885 (defun find-uterm-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 886   "Return list of uterms that match word"
 887   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui lui) srl nwd word :lrl klrl
 888                                  :order (cui asc lui asc))
 889     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 890
 891 (defun find-ucon-noneng-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 892   "Return list of ucons that match non-english word"
 893   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_noneng '(cui) srl 'wd word :like like
 894                                         :distinct t :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 895     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 896
 897 (defun find-ustr-noneng-word (word &key (srl *current-srl*))
 898   "Return list of ustrs that match non-english word"
 899   (collect-umlisp-query (mrxw_noneng (kcuisui) srl wd word :lrl klrl
 900                                   :order (cui asc sui asc))
 901     (find-ustr-cuisui kcuisui :srl srl)))
 902
 903 ;; Special tables
 904
 905 (defun find-usrl-all ()
 906   (collect-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 907     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 908
 909 ;;; Multiword lookup and score functions
 910
 911 (defun find-uobj-multiword (str obj-lookup-fun sort-fun key srl
 912                                 only-exact-if-match limit &key extra-lookup-args)
 913   (let ((uobjs '()))
 914     (dolist (word (delimited-string-to-list str #\space))
 915       (setq uobjs (nconc uobjs
 916                          (kmrcl:flatten (apply obj-lookup-fun word :srl srl extra-lookup-args)))))
 917     (let ((sorted
 918            (funcall sort-fun str
 919                     (delete-duplicates uobjs :test #'= :key key))))
 920       (let ((len (length sorted)))
 921         (cond
 922          ((zerop len)
 923           (return-from find-uobj-multiword nil))
 924          ((and only-exact-if-match (multiword-match str (pfstr (first sorted))))
 925           (first sorted))
 926          (limit
 927           (if (and (plusp limit) (> len limit))
 928               (subseq sorted 0 limit)
 929             limit))
 930          (t
 931           sorted))))))
 932
 933 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 934                                      (only-exact-if-match t)
 935                                      limit
 936                                      sab)
 937   (find-uobj-multiword str #'find-ucon-word #'sort-score-pfstr-str
 938                        #'cui srl only-exact-if-match limit
 939                        :extra-lookup-args (list :sab sab)))
 940
 941 (defun find-uconso-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 942                                      (only-exact-if-match t)
 943                                      limit
 944                                      sab)
 945   (find-uobj-multiword str #'find-uconso-word #'sort-score-pfstr-str
 946                        #'cui srl only-exact-if-match limit
 947                        :extra-lookup-args (list :sab sab)))
 948
 949 (defun find-uterm-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 950                                       (only-exact-if-match t)
 951                                       limit)
 952   (find-uobj-multiword str #'find-uterm-word #'sort-score-pfstr-str
 953                        #'lui srl only-exact-if-match limit))
 954
 955 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 956                                      (only-exact-if-match t)
 957                                      limit
 958                                      sab)
 959   (find-uobj-multiword str #'find-ustr-word #'sort-score-ustr-str
 960                        #'sui srl only-exact-if-match limit
 961                        :extra-lookup-args (list :sab sab)))
 962
 963 (defun sort-score-pfstr-str (str uobjs)
 964   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 965   (sort-score-umlsclass-str uobjs str #'pfstr))
 966
 967 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 968   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 969   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 970
 971 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 972   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 973   (let ((scored '()))
 974     (dolist (obj objs)
 975       (push (list obj (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 976        scored))
 977     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 978
 979
 980 ;;; LEX SQL functions
 981
 982 (defun find-lexterm-eui (eui)
 983   (ensure-eui-integer eui)
 984   (collect-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 985     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 986
 987 (defun find-lexterm-word (wrd)
 988   (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 989     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 990                    :wrd (copy-seq wrd))))
 991
 992 ;; LEX SQL Read functions
 993
 994 (defun find-labr-eui (eui)
 995   (ensure-eui-integer eui)
 996   (collect-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 997     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 998                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 999
1000 (defun find-labr-bas (bas)
1001   (collect-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
1002     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
1003                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
1004
1005 (defun find-lagr-eui (eui)
1006   (ensure-eui-integer eui)
1007   (collect-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
1008     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
1009                    :cit cit :bas bas)))
1010
1011 (defun find-lcmp-eui (eui)
1012   (ensure-eui-integer eui)
1013   (collect-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
1014     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
1015
1016 (defun find-lmod-eui (eui)
1017   (ensure-eui-integer eui)
1018   (collect-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
1019     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
1020
1021 (defun find-lnom-eui (eui)
1022   (ensure-eui-integer eui)
1023   (collect-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
1024     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
1025                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
1026
1027 (defun find-lprn-eui (eui)
1028   (ensure-eui-integer eui)
1029   (collect-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
1030     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
1031                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
1032
1033 (defun find-lprp-eui (eui)
1034   (ensure-eui-integer eui)
1035   (collect-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
1036     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
1037
1038 (defun find-lspl-eui (eui)
1039   (ensure-eui-integer eui)
1040   (collect-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
1041     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
1042
1043 (defun find-ltrm-eui (eui)
1044   (ensure-eui-integer eui)
1045   (collect-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
1046     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
1047
1048 (defun find-ltyp-eui (eui)
1049   (ensure-eui-integer eui)
1050   (collect-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
1051     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
1052
1053 (defun find-lwd-wrd (wrd)
1054   (make-instance 'lwd :wrd wrd
1055                  :euilist (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
1056                                                 (ensure-integer eui))))
1057
1058 ;;; Semantic Network SQL access functions
1059
1060 (defun find-sdef-ui (ui)
1061   (collect-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
1062                             nil ui ui :single t)
1063     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
1064                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
1065
1066 (defun find-sstre1-ui (ui)
1067   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
1068     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
1069                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
1070
1071 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
1072   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
1073     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
1074                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
1075
1076 (defun find-sstr-rl (rl)
1077   (collect-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
1078     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
1079
1080 (defun find-sstre2-sty (sty)
1081   (collect-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
1082     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
1083
1084 (defun find-sstr-styrl (styrl)
1085   (collect-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
1086     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
1087
1088
1089 ;;; **************************
1090 ;;; Local Classes
1091 ;;; **************************
1092
1093
1094 (defun make-ustats ()
1095   (with-sql-connection (conn)
1096     (ignore-errors (sql-execute "drop table USTATS" conn))
1097     (sql-execute "create table USTATS (NAME varchar(160), COUNT bigint, SRL integer)" conn)
1098
1099     (dolist (srl '(0 1 2 3 4 9))
1100       (insert-ustats-count conn "Concept Count" "MRCONSO" "distinct CUI" "KCUILRL" srl)
1101       (insert-ustats-count conn "Term Count" "MRCONSO" "distinct KCUILUI" "KCUILRL" srl)
1102       (insert-ustats-count conn "Distinct Term Count" "MRCONSO" "distinct LUI" "KLUILRL" srl)
1103       (insert-ustats-count conn "String Count" "MRCONSO" "*" "KSUILRL" srl)
1104       (insert-ustats-count conn "Distinct String Count" "MRCONSO" "distinct SUI" "KSUILRL" srl)
1105       (insert-ustats-count conn "Hierarchcy" "MRHIER" "*" "KSRL" srl)
1106       (insert-ustats-count conn "Mappings" "MRMAP" "*" "KSRL" srl)
1107       (insert-ustats-count conn "Simple Mappings" "MRSMAP" "*" "KSRL" srl)
1108       (insert-ustats-count conn "Co-occuring Concept Count" "MRCOC" "*" "KLRL" srl)
1109       (insert-ustats-count conn "Definition Count" "MRDEF" "*" "KSRL" srl)
1110       (insert-ustats-count conn "Rank Count" "MRRANK" "*" "KSRL" srl)
1111       (insert-ustats-count conn "Relationship Count" "MRREL" "*" "KSRL" srl)
1112       (insert-ustats-count conn "Semantic Type Count" "MRSTY" "*" "KLRL" srl)
1113       (insert-ustats-count conn "Simple Attribute Count" "MRSAT" "*" "KSRL" srl)
1114       (insert-ustats-count conn "Source Abbreviation Count" "MRSAB" "*" "SRL" srl)
1115       (insert-ustats-count conn "Word Index Count" "MRXW_ENG" "*" "KLRL" srl)
1116       (insert-ustats-count conn "Normalized Word Index Count" "MRXNW_ENG" "*" "KLRL" srl)
1117       (insert-ustats-count conn "Normalized String Index Count" "MRXNS_ENG" "*" "KLRL" srl))
1118     (sql-execute "create index USTATS_SRL on USTATS (SRL)" conn))
1119   (find-ustats-all))
1120
1121 (defun insert-ustats-count (conn name table count-variable srl-control srl)
1122   (insert-ustats conn name (find-count-table conn table srl count-variable srl-control) srl))
1123
1124 (defun find-count-table (conn table srl count-variable srl-control)
1125   (cond
1126    ((stringp srl-control)
1127     (ensure-integer
1128      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a where ~a <= ~d"
1129                               count-variable table srl-control srl)
1130                       conn))))
1131    ((null srl-control)
1132     (ensure-integer
1133      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a"
1134                               count-variable table )
1135                       conn))))
1136    (t
1137     (error "Unknown srl-control")
1138     0)))
1139
1140 (defun insert-ustats (conn name count srl)
1141   (sql-execute (format nil "insert into USTATS (name,count,srl) values ('~a',~d,~d)"
1142                        name count (if srl srl 3))
1143                conn))
1144
1145 (defun find-ustats-all (&key (srl *current-srl*))
1146   (if srl
1147       (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil srl srl
1148                                     :order (name asc))
1149                             (make-instance 'ustats :name name
1150                                            :hits (ensure-integer count)
1151                                            :srl (ensure-integer srl)))
1152     (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil nil nil
1153                                   :order (name asc))
1154                           (make-instance 'ustats :name name
1155                                          :hits (ensure-integer count)
1156                                          :srl (ensure-integer srl)))))
1157
1158 (defun find-ustats-srl (srl)
1159   (collect-umlisp-query (ustats (name count) nil srl srl :order (name asc))
1160                            (make-instance 'ustats :name name :hits (ensure-integer count))))