sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:        Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: sql-classes.lisp,v 1.57 2003/05/03 22:48:55 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package :umlisp)
  20 (declaim (optimize (compilation-speed 0) (debug 3)))
  21
  22
  23 (defvar *current-srl* nil)
  24 (defun current-srl ()
  25   *current-srl*)
  26 (defun current-srl! (srl)
  27   (setq *current-srl* srl))
  28
  29 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
  30 (defmacro with-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  31                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
  32                                     order like)
  33                              &body body)
  34   (let ((value (gensym)))
  35     (if single
  36         `(let ((,value ,where-value))
  37           (when ,value
  38             (let ((tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
  39                                             :lrl ,lrl :single ,single
  40                                             :distinct ,distinct :order ,order
  41                                             :like ,like))))
  42               (when tuple
  43                 (destructuring-bind ,fields tuple
  44                   ,@body)))))
  45         `(let ((,value ,where-value))
  46           (when ,value
  47             (loop for tuple in
  48                   (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
  49                                 :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
  50                                 :order ,order :like ,like)
  51                   collect (destructuring-bind ,fields tuple
  52                             ,@body)))))))
  53
  54 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  55                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  56   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  57 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  58   `(mutex-sql-query
  59     (query-string-macro ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  60      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  61
  62
  63 (defmacro query-string-macro (table fields &optional srl where-name where-value
  64                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  65   (let* ((%%fields (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  66                            (if distinct "distinct " "") fields table))
  67          (%%order (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) ""))
  68          (%%lrl (format nil " and ~:@(~A~)<=" lrl))
  69          (%%where (when where-name
  70                     (format nil " where ~:@(~A~)~A" where-name
  71                           (if like " like " "=")))))
  72     `(concatenate
  73       'string
  74       ,%%fields
  75       ,@(when %%where (list %%where))
  76       ,@(when %%where
  77               `((if (numberp ,where-value)
  78                     (write-to-string ,where-value)
  79                     (format nil ,(if like "'%~A%'" "'~A'") ,where-value))))
  80       (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  81       ,@(when %%order (list %%order))
  82       ,@(when single (list " limit 1")))))
  83
  84 (defun query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  85                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  86   (concatenate
  87    'string
  88    (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  89            (if distinct "distinct " "") fields table)
  90    (if where-name
  91        (format nil
  92                (if (stringp where-value)
  93                    (if like
  94                        " where ~A like '%~A%'"
  95                        " where ~A='~A'")
  96                    " where ~A=~A")
  97                where-name  where-value)
  98        "")
  99    (if srl (format nil " and ~:@(~A~) <= ~D" lrl srl) "")
 100    (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
 101    (if single " limit 1" "")))
 102
 103 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 104   "Find ucon for a cui"
 105   (with-umlisp-query (mrcon (kpfstr kcuilrl) srl cui (parse-cui cui) :single t)
 106     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
 107                    :pfstr kpfstr
 108                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 109
 110 (defun find-ucon-cui-old (cui &key (srl *current-srl*))
 111   "Find ucon for a cui"
 112   (when (stringp cui) (setq cui (parse-cui cui)))
 113   (when cui
 114     (let ((ls (format nil "select KPFSTR,KCUILRL from MRCON where CUI=~d" cui)))
 115       (when srl
 116         (string-append ls (format nil " and KCUILRL <= ~d" srl)))
 117       (string-append ls " limit 1")
 118       (let ((tuple (car (mutex-sql-query ls))))
 119         (destructuring-bind (kpfstr kcuilrl) tuple
 120           (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr kpfstr
 121                          :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))))
 122
 123 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 124   "Find ucon for a cui"
 125   (with-umlisp-query (mrcon (kcuilrl) srl cui (parse-cui cui) :single t)
 126     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
 127                    :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 128                    :pfstr nil)))
 129
 130 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 131   "Find preferred string for a cui"
 132   (with-umlisp-query (mrcon (kpfstr) srl cui (parse-cui cui) :single t)
 133     kpfstr))
 134
 135 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 136   "Find list of ucon for lui"
 137   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl lui (parse-lui lui) :distinct t)
 138     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 139                    :pfstr kpfstr
 140                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 141
 142 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 143   "Find list of ucon for sui"
 144   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl sui (parse-sui sui) :distinct t)
 145     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 146                    :pfstr kpfstr
 147                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 148
 149 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 150   "Find ucon for cui/sui"
 151   (when (and cui sui)
 152     (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl kcuisui
 153                                (make-cuisui (parse-cui cui) (parse-sui sui)))
 154       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 155                      :pfstr kpfstr
 156                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 157
 158 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 159   "Find ucon that are exact match for str"
 160   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl str str :distinct t)
 161     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 162                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 163
 164 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 165   "Return list of all ucon's"
 166   (with-sql-connection (db)
 167     (clsql:map-query
 168      'list
 169      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 170          (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 171                         :pfstr pfstr
 172                         :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 173      (query-string-macro mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil
 174                    :order (cui asc) :distinct t)
 175      :database db)))
 176
 177 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 178   "Map a function over all ucon's"
 179   (with-sql-connection (db)
 180     (clsql:map-query
 181      nil
 182      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 183          (funcall fn
 184                   (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 185                                  :pfstr pfstr
 186                                  :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 187      (query-string-macro mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc) :distinct t)
 188      :database db)))
 189
 190
 191 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 192   "Return a list of udefs for cui"
 193   (with-umlisp-query (mrdef (sab def) srl cui (parse-cui cui) :lrl "KSRL")
 194     (make-instance 'udef :sab sab :def def)))
 195
 196 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 197   "Return a list of usty for cui"
 198   (with-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui (parse-cui cui) :lrl "KLRL")
 199     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 200
 201 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 202   "Return a list of usty that match word"
 203   (with-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t :distinct t)
 204     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 205
 206 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 207   "Return a list of urel for cui"
 208   (with-umlisp-query (mrrel (rel cui2 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui1 (parse-cui cui) :lrl "KSRL")
 209     (make-instance 'urel :cui1 (parse-cui cui) :rel rel :cui2 (ensure-integer cui2) :rela rela
 210                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 211
 212 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 213   "Return a list of urel for cui2"
 214   (with-umlisp-query (mrrel (rel cui1 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui2 (parse-cui cui2) :lrl "KSRL")
 215     (make-instance 'urel :cui2 (parse-cui cui2) :rel rel :cui1 (ensure-integer cui1) :rela rela
 216                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 217
 218 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 219   (mapcar
 220    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 221    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))))
 222
 223 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 224   "Return a list of ucoc for cui"
 225   (with-umlisp-query (mrcoc (cui2 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui1 (parse-cui cui)
 226                              :lrl "KSRL" :order (cof asc))
 227     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 228     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 229     (make-instance 'ucoc :cui1 (parse-cui cui) :cui2 (ensure-integer cui2) :soc soc :cot cot
 230                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 231
 232 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 233   "Return a list of ucoc for cui2"
 234   (with-umlisp-query (mrcoc (cui1 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui2 (parse-cui cui2)
 235                              :lrl "KSRL" :order (cof asc))
 236     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 237     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 238     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 (parse-cui cui2) :soc soc :cot cot
 239                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 240
 241 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 242   "List of ucon with co-occurance cui2"
 243   (mapcar
 244    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 245    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 246
 247 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 248   "Return a list of ulo for cui"
 249   (with-umlisp-query (mrlo (isn fr un sui sna soui) srl cui (parse-cui cui) :lrl "KLRL")
 250     (make-instance 'ulo :isn isn :fr (ensure-integer fr) :un un :sui (ensure-integer sui) :sna sna
 251                    :soui soui)))
 252
 253 (defgeneric suistr (lo))
 254 (defmethod suistr ((lo ulo))
 255   "Return the string for a ulo object"
 256   (find-string-sui (sui lo)))
 257
 258 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 259   "Return a list of uatx for cui"
 260   (with-umlisp-query (mratx (sab rel atx) srl cui (parse-cui cui) :lrl ksrl)
 261     (make-instance 'uatx :sab sab :rel rel :atx atx)))
 262
 263
 264 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 265   "Return a list of uterm for cui"
 266   (with-umlisp-query (mrcon (lui lat ts kluilrl) srl cui (parse-cui cui) :lrl kluilrl
 267                              :distinct t)
 268     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui (parse-cui cui)
 269                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 270
 271 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 272   "Return a list of uterm for lui"
 273   (with-umlisp-query (mrcon (cui lat ts kluilrl) srl lui (parse-lui lui)
 274                              :lrl kluilrl :distinct t)
 275     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui (parse-lui lui)
 276                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 277
 278 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 279   "Return single uterm for cui/lui"
 280   (with-umlisp-query (mrcon (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 281                              (make-cuilui (parse-cui cui) (parse-lui lui))
 282                              :lrl kluilrl :single t)
 283     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 284
 285 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 286   "Return a list of ustr for cui/lui"
 287   (with-umlisp-query (mrcon (sui stt str lrl) srl kcuilui (make-cuilui cui lui) :lrl lrl)
 288     (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 289                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str
 290                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 291
 292 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 293   "Return the single ustr for cuisui"
 294   (with-umlisp-query (mrcon (lui stt str lrl) srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl lrl :single t)
 295     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 296                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :lrl (ensure-integer lrl))))
 297
 298 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 299   "Return the list of ustr for sui"
 300   (with-umlisp-query (mrcon (cui lui stt str lrl) srl sui (parse-sui sui) :lrl lrl)
 301     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 302                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) (parse-sui sui))
 303                    :lui (ensure-integer lui)
 304                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 305
 306 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 307   "Return the list of ustr for sab"
 308   (with-umlisp-query (mrso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 309     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 310       (apply #'find-ustr-cuisui
 311              (append
 312               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui)) (list :srl srl))))))
 313
 314 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 315   "Return list of all ustr's"
 316     (with-sql-connection (db)
 317       (clsql:map-query
 318        'list
 319        #'(lambda (cui lui sui stt lrl pfstr)
 320            (setq cui (ensure-integer cui))
 321            (setq lui (ensure-integer lui))
 322            (setq sui (ensure-integer sui))
 323            (setq lrl (ensure-integer lrl))
 324            (make-instance 'ustr :cui cui
 325                           :lui lui
 326                           :sui sui
 327                           :cuisui (make-cuisui cui sui)
 328                           :stt stt
 329                           :lrl lrl
 330                           :str pfstr))
 331        (query-string-macro mrcon (cui lui sui stt lrl kpfstr) srl nil nil :lrl lrl :distinct t
 332                      :order (sui asc))
 333        :database db)))
 334
 335 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 336   "Return the string associated with sui"
 337   (with-umlisp-query (mrcon (str) srl sui sui :lrl lrl :single t)
 338     str))
 339
 340 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 341   (with-umlisp-query (mrso (sab code srl tty) srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 342       (make-instance 'uso :sab sab :code code :srl srl :tty tty)))
 343
 344 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 345   (with-umlisp-query (mrcxt (sab code cxn cxl rnk cxs cui2 hcd rela xc) srl kcuisui
 346                              (make-cuisui cui sui) :lrl ksrl)
 347     (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 348                    :cxn (ensure-integer cxn)
 349                    :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd :rela rela :xc xc
 350                    :rnk (ensure-integer rnk)
 351                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 352
 353 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 354   (let ((ls (format nil "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where ")))
 355     (cond
 356       (sui (string-append ls (format nil "KCUISUI=~d" (make-cuisui cui sui))))
 357       (lui (string-append ls (format nil "KCUILUI=~d and sui=0" (make-cuilui cui lui))))
 358       (t (string-append ls (format nil "cui=~d and lui=0 and sui=0" cui))))
 359     (when srl
 360       (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 361     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 362           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 363             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 364
 365 (defun find-usty-tui (tui)
 366   "Find usty for tui"
 367   (with-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui (parse-tui tui) :single t)
 368     (make-instance 'usty :tui (parse-tui tui) :sty sty)))
 369
 370 (defun find-usty-sty (sty)
 371   "Find usty for a sty"
 372   (with-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 373     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 374
 375 (defun find-usty-all ()
 376   "Return list of usty's for all semantic types"
 377   (with-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 378     (find-usty-tui tui)))
 379
 380 (defun find-usab-all ()
 381   "Find usab for a key"
 382   (with-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil nil nil)
 383     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 384                    :rcui (ensure-integer rcui)
 385                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 386                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 387                    :srl (ensure-integer srl)
 388                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 389                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 390                    :curver curver :sabin sabin)))
 391
 392 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 393   "Find usab for a key"
 394   (with-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil key-name key :single t)
 395     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 396                    :rcui (ensure-integer rcui)
 397                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 398                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 399                    :srl (ensure-integer srl)
 400                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 401                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 402                    :curver curver :sabin sabin)))
 403
 404 (defun find-usab-rsab (rsab)
 405   "Find usab for rsab"
 406   (find-usab-by-key "RSAB" rsab))
 407
 408 (defun find-usab-vsab (vsab)
 409   "Find usab for vsab"
 410   (find-usab-by-key "VSAB" vsab))
 411
 412 (defun find-cui-max ()
 413   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 414
 415 ;;;; Cross table find functions
 416
 417 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 418   "Find list of ucon for tui"
 419   (with-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui (parse-tui tui) :lrl klrl
 420                              :order (cui asc))
 421     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 422
 423 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 424   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 425   (with-umlisp-query (mrxw_eng (cui) srl wd word :like like :distinct t
 426                                 :lrl klrl :order (cui asc))
 427     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 428
 429 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 430   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 431   (with-umlisp-query (mrxnw_eng (cui) srl nwd word :like like :distinct t
 432                                 :lrl klrl :order (cui asc))
 433     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 434
 435 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 436   "Return list of ustrs that match word"
 437   (with-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word
 438                                 :lrl klrl
 439                                 :order (cui asc sui asc))
 440     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 441
 442 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 443   "Return list of ustrs that match word"
 444   (with-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 445                                  :order (cui asc sui asc))
 446     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 447
 448 ;; Special tables
 449
 450 (defun find-usrl-all ()
 451   (with-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 452     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 453
 454 ;;; Multiword lookup and score functions
 455
 456 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 457   "Return sorted list of ucon's that match a multiword string"
 458   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 459          (ucons '()))
 460     (dolist (word words)
 461       (setq ucons (append ucons (find-ucon-word word :srl srl))))
 462     (sort-score-ucon-str str (delete-duplicates ucons :test #'eql :key #'cui))))
 463
 464 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 465   "Return sorted list of ustr's that match a multiword string"
 466   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 467          (ustrs '()))
 468     (dolist (word words)
 469       (setq ustrs (append ustrs (find-ustr-word word :srl srl))))
 470     (sort-score-ustr-str str (delete-duplicates ustrs :test #'eql :key #'cui))))
 471
 472 (defun sort-score-ucon-str (str ucons)
 473   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 474   (sort-score-umlsclass-str ucons str #'pfstr))
 475
 476 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 477   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 478   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 479
 480 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 481   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 482   (let ((scored '()))
 483     (dolist (obj objs)
 484       (push
 485        (list obj
 486              (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 487        scored))
 488     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 489
 490 (defun score-multiword-match (s1 s2)
 491   "Score a match between two strings with s1 being reference string"
 492   (let* ((word-list-1 (delimited-string-to-list s1 #\space))
 493          (word-list-2 (delimited-string-to-list s2 #\space))
 494          (n1 (length word-list-1))
 495          (n2 (length word-list-2))
 496          (unmatched n1)
 497          (score 0)
 498          (nlong 0)
 499          (nshort 0)
 500          short-list long-list)
 501     (declare (fixnum n1 n2 nshort nlong score unmatched))
 502     (if (> n1 n2)
 503         (progn
 504           (setq nlong n1)
 505           (setq nshort n2)
 506           (setq long-list word-list-1)
 507           (setq short-list word-list-2))
 508       (progn
 509         (setq nlong n2)
 510         (setq nshort n1)
 511         (setq long-list word-list-2)
 512         (setq short-list word-list-1)))
 513     (decf score (- nlong nshort)) ;; reduce score for extra words
 514     (dotimes (iword nshort)
 515       (declare (fixnum iword))
 516       (kmrcl:aif (position (nth iword short-list) long-list :test #'string-equal)
 517            (progn
 518              (incf score (- 10 (abs (- kmrcl::it iword))))
 519              (decf unmatched))))
 520     (decf score (* 2 unmatched))
 521     score))
 522
 523
 524 ;;; LEX SQL functions
 525
 526 (defun find-lexterm-eui (eui)
 527   (with-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 528     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 529
 530 (defun find-lexterm-word (wrd)
 531   (with-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 532     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 533                    :wrd (copy-seq wrd))))
 534
 535 ;; LEX SQL Read functions
 536
 537 (defun find-labr-eui (eui)
 538   (with-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 539     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 540                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 541
 542 (defun find-labr-bas (bas)
 543   (with-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 544     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 545                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 546
 547 (defun find-lagr-eui (eui)
 548   (with-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 549     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 550                    :cit cit :bas bas)))
 551
 552 (defun find-lcmp-eui (eui)
 553   (with-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 554     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 555
 556 (defun find-lmod-eui (eui)
 557   (with-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
 558     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 559
 560 (defun find-lnom-eui (eui)
 561   (with-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
 562     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 563                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 564
 565 (defun find-lprn-eui (eui)
 566   (with-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
 567     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 568                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 569
 570 (defun find-lprp-eui (eui)
 571   (with-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
 572     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 573
 574 (defun find-lspl-eui (eui)
 575   (with-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
 576     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 577
 578 (defun find-ltrm-eui (eui)
 579   (with-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
 580     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 581
 582 (defun find-ltyp-eui (eui)
 583   (with-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
 584     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 585
 586 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 587   (make-instance 'lwd :wrd
 588                  :euilist (with-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 589                             (ensure-integer eui))))
 590
 591 ;;; Semantic Network SQL access functions
 592
 593 (defun find-sdef-ui (ui)
 594   (with-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 595                             nil ui ui :single t)
 596     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 597                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 598
 599 (defun find-sstre1-ui (ui)
 600   (with-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
 601     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 602                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 603
 604 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 605   (with-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
 606     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 607                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 608
 609 (defun find-sstr-rl (rl)
 610   (with-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
 611     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 612
 613 (defun find-sstre2-sty (sty)
 614   (with-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
 615     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 616
 617 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 618   (with-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
 619     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))