sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:        Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: sql-classes.lisp,v 1.47 2003/05/03 21:26:35 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package :umlisp)
  20 (declaim (optimize (compilation-speed 0) (debug 3)))
  21
  22
  23 (defvar *current-srl* nil)
  24 (defun current-srl ()
  25   *current-srl*)
  26 (defun current-srl! (srl)
  27   (setq *current-srl* srl))
  28
  29 (defmacro with-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  30                                     &key (lrlname "KCUILRL") distinct single
  31                                     order like)
  32                              &body body)
  33   (if single
  34     `(unless (and ,where-name (not ,where-value))
  35       (let ((tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  36                                       :lrlname ,lrlname :single ,single
  37                                       :distinct ,distinct :order ,order :like ,like))))
  38         (when tuple
  39           (destructuring-bind ,fields tuple
  40             ,@body))))
  41     `(unless (and ,where-name (not ,where-value))
  42       (loop for tuple in
  43        (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  44         :lrlname ,lrlname :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)
  45        collect (destructuring-bind ,fields tuple
  46                  ,@body)))))
  47
  48 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  49                      &key (lrlname "KCUILRL") single distinct order like)
  50   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  51 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  52   `(when (or (not ,where-name) ,where-value)
  53     (mutex-sql-query
  54      (query-string-macro ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  55       :lrlname ,lrlname :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like))))
  56
  57
  58 (defmacro query-string-macro (table fields &optional srl where-name where-value
  59                         &key (lrlname "KCUILRL") single distinct order like)
  60   (let* ((%%fields (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  61                            (if distinct "distinct " "") fields table))
  62          (%%order (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) ""))
  63          (%%lrl (format nil " and ~:@(~A~) <= ~~D" lrlname))
  64          (%%where (format nil " where ~:@(~A~)~A" where-name
  65                           (if like " like " "="))))
  66     `(concatenate
  67       'string
  68       ,%%fields
  69       ,@(when %%where (list %%where))
  70       (if (quote ,where-name)
  71           (if (numberp ,where-value)
  72               (write-to-string ,where-value)
  73               (format nil ,(if like "'%~A%'" "'~A'") ,where-value))
  74           "")
  75       (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  76       ,@(when %%order (list %%order))
  77       ,@(when single (list " limit 1")))))
  78
  79 (defun query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  80                      &key (lrlname "KCUILRL") single distinct order like)
  81   (concatenate
  82    'string
  83    (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  84            (if distinct "distinct " "") fields table)
  85    (if where-name
  86        (format nil
  87                (if (stringp where-value)
  88                    (if like
  89                        " where ~A like '%~A%'"
  90                        " where ~A='~A'")
  91                    " where ~A=~A")
  92                where-name  where-value)
  93        "")
  94    (if srl (format nil " and ~:@(~A~) <= ~D" lrlname srl) "")
  95    (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  96    (if single " limit 1" "")))
  97
  98 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
  99   "Find ucon for a cui"
 100   (with-umlisp-query (mrcon (kpfstr kcuilrl) srl cui (parse-cui cui) :single t)
 101     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
 102                    :pfstr kpfstr
 103                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 104
 105 (defun find-ucon-cui-old (cui &key (srl *current-srl*))
 106   "Find ucon for a cui"
 107   (when (stringp cui) (setq cui (parse-cui cui)))
 108   (when cui
 109     (let ((ls (format nil "select KPFSTR,KCUILRL from MRCON where CUI=~d" cui)))
 110       (when srl
 111         (string-append ls (format nil " and KCUILRL <= ~d" srl)))
 112       (string-append ls " limit 1")
 113       (let ((tuple (car (mutex-sql-query ls))))
 114         (destructuring-bind (kpfstr kcuilrl) tuple
 115           (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr kpfstr
 116                          :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))))
 117
 118 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 119   "Find ucon for a cui"
 120   (with-umlisp-query ('mrcon (kcuilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
 121     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
 122                    :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 123                    :pfstr nil)))
 124
 125 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 126   "Find preferred string for a cui"
 127   (with-umlisp-query ('mrcon (kpfstr) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
 128     kpfstr))
 129
 130 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 131   "Find list of ucon for lui"
 132   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'lui (parse-lui lui) :distinct t)
 133     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 134                    :pfstr kpfstr
 135                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 136
 137 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 138   "Find list of ucon for sui"
 139   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'sui (parse-sui sui) :distinct t)
 140     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 141                    :pfstr kpfstr
 142                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 143
 144 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 145   "Find ucon for cui/sui"
 146   (when (and cui sui)
 147     (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'kcuisui
 148                                (make-cuisui (parse-cui cui) (parse-sui sui)))
 149       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 150                      :pfstr kpfstr
 151                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 152
 153 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 154   "Find ucon that are exact match for str"
 155   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'str str :distinct t)
 156     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 157                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 158
 159 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 160   "Return list of all ucon's"
 161   (with-sql-connection (db)
 162     (clsql:map-query
 163      'list
 164      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 165          (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 166                         :pfstr pfstr
 167                         :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 168      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil
 169                    :order '(cui asc) :distinct t)
 170      :database db)))
 171
 172 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 173   "Map a function over all ucon's"
 174   (with-sql-connection (db)
 175     (clsql:map-query
 176      nil
 177      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 178          (funcall fn
 179                   (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 180                                  :pfstr pfstr
 181                                  :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 182      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order '(cui asc) :distinct t)
 183      :database db)))
 184
 185
 186 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 187   "Return a list of udefs for cui"
 188   (with-umlisp-query ('mrdef (sab def) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KSRL")
 189     (make-instance 'udef :sab sab :def def)))
 190
 191 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 192   "Return a list of usty for cui"
 193   (with-umlisp-query ('mrsty (tui sty) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KLRL")
 194     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 195
 196 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 197   "Return a list of usty that match word"
 198   (with-umlisp-query ('mrsty (tui sty) srl 'sty word :lrlname 'klrl :like t :distinct t)
 199     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 200
 201 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 202   "Return a list of urel for cui"
 203   (with-umlisp-query ('mrrel (rel cui2 rela sab sl mg kpfstr2) srl 'cui1 (parse-cui cui) :lrlname "KSRL")
 204     (make-instance 'urel :cui1 (parse-cui cui) :rel rel :cui2 (ensure-integer cui2) :rela rela
 205                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 206
 207 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 208   "Return a list of urel for cui2"
 209   (with-umlisp-query ('mrrel (rel cui1 rela sab sl mg kpfstr2) srl 'cui2 (parse-cui cui2) :lrlname "KSRL")
 210     (make-instance 'urel :cui2 (parse-cui cui2) :rel rel :cui1 (ensure-integer cui1) :rela rela
 211                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 212
 213 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 214   (mapcar
 215    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 216    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))))
 217
 218 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 219   "Return a list of ucoc for cui"
 220   (with-umlisp-query ('mrcoc (cui2 soc cot cof coa kpfstr2) srl 'cui1 (parse-cui cui)
 221                              :lrlname "KSRL" :order '(cof asc))
 222     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 223     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 224     (make-instance 'ucoc :cui1 (parse-cui cui) :cui2 (ensure-integer cui2) :soc soc :cot cot
 225                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 226
 227 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 228   "Return a list of ucoc for cui2"
 229   (with-umlisp-query ('mrcoc (cui1 soc cot cof coa kpfstr2) srl 'cui2 (parse-cui cui2)
 230                              :lrlname "KSRL" :order '(cof asc))
 231     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 232     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 233     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 (parse-cui cui2) :soc soc :cot cot
 234                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 235
 236 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 237   "List of ucon with co-occurance cui2"
 238   (mapcar
 239    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 240    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 241
 242 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 243   "Return a list of ulo for cui"
 244   (with-umlisp-query ('mrlo (isn fr un sui sna soui) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KLRL")
 245     (make-instance 'ulo :isn isn :fr (ensure-integer fr) :un un :sui (ensure-integer sui) :sna sna
 246                    :soui soui)))
 247
 248 (defgeneric suistr (lo))
 249 (defmethod suistr ((lo ulo))
 250   "Return the string for a ulo object"
 251   (find-string-sui (sui lo)))
 252
 253 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 254   "Return a list of uatx for cui"
 255   (with-umlisp-query ('mratx (sab rel atx) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname 'ksrl)
 256     (make-instance 'uatx :sab sab :rel rel :atx atx)))
 257
 258
 259 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 260   "Return a list of uterm for cui"
 261   (with-umlisp-query ('mrcon (lui lat ts kluilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname 'kluilrl
 262                              :distinct t)
 263     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui (parse-cui cui)
 264                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 265
 266 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 267   "Return a list of uterm for lui"
 268   (with-umlisp-query ('mrcon (cui lat ts kluilrl) srl 'lui (parse-lui lui)
 269                              :lrlname 'kluilrl :distinct t)
 270     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui (parse-lui lui)
 271                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 272
 273 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 274   "Return single uterm for cui/lui"
 275   (with-umlisp-query ('mrcon (lat ts kluilrl) srl 'kcuilui
 276                              (make-cuilui (parse-cui cui) (parse-lui lui))
 277                              :lrlname 'kluilrl :single t)
 278     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 279
 280 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 281   "Return a list of ustr for cui/lui"
 282   (with-umlisp-query ('mrcon (sui stt str lrl) srl 'kcuilui (make-cuilui cui lui) :lrlname 'lrl)
 283     (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 284                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str
 285                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 286
 287 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 288   "Return the single ustr for cuisui"
 289   (with-umlisp-query ('mrcon (lui stt str lrl) srl 'kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrlname 'lrl :single t)
 290     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 291                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :lrl (ensure-integer lrl))))
 292
 293 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 294   "Return the list of ustr for sui"
 295   (with-umlisp-query ('mrcon (cui lui stt str lrl) srl 'sui (parse-sui sui) :lrlname 'lrl)
 296     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 297                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) (parse-sui sui))
 298                    :lui (ensure-integer lui)
 299                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 300
 301 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 302   "Return the list of ustr for sab"
 303   (with-umlisp-query ('mrso (kcuisui) srl 'sab sab :lrlname 'srl)
 304     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 305       (apply #'find-ustr-cuisui
 306              (append
 307               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui)) (list :srl srl))))))
 308
 309 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 310   "Return list of all ustr's"
 311     (with-sql-connection (db)
 312       (clsql:map-query
 313        'list
 314        #'(lambda (cui lui sui stt lrl pfstr)
 315            (setq cui (ensure-integer cui))
 316            (setq lui (ensure-integer lui))
 317            (setq sui (ensure-integer sui))
 318            (setq lrl (ensure-integer lrl))
 319            (make-instance 'ustr :cui cui
 320                           :lui lui
 321                           :sui sui
 322                           :cuisui (make-cuisui cui sui)
 323                           :stt stt
 324                           :lrl lrl
 325                           :str pfstr))
 326        (query-string 'mrcon '(cui lui sui stt lrl kpfstr) srl nil nil :lrlname 'lrl :distinct t
 327                      :order '(sui asc))
 328        :database db)))
 329
 330 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 331   "Return the string associated with sui"
 332   (with-umlisp-query ('mrcon (str) srl 'sui sui :lrlname 'lrl :single t)
 333     str))
 334
 335 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 336   (with-umlisp-query ('mrso (sab code srl tty) srl 'kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrlname 'srl)
 337       (make-instance 'uso :sab sab :code code :srl srl :tty tty)))
 338
 339 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 340   (with-umlisp-query ('mrcxt (sab code cxn cxl rnk cxs cui2 hcd rela xc) srl 'kcuisui
 341                              (make-cuisui cui sui) :lrlname 'ksrl)
 342     (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 343                    :cxn (ensure-integer cxn)
 344                    :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd :rela rela :xc xc
 345                    :rnk (ensure-integer rnk)
 346                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 347
 348 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 349   (let ((ls (format nil "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where ")))
 350     (cond
 351       (sui (string-append ls (format nil "KCUISUI=~d" (make-cuisui cui sui))))
 352       (lui (string-append ls (format nil "KCUILUI=~d and sui=0" (make-cuilui cui lui))))
 353       (t (string-append ls (format nil "cui=~d and lui=0 and sui=0" cui))))
 354     (when srl
 355       (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 356     (let ((usats '()))
 357       (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 358         (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 359           (push (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)
 360                 usats)))
 361       (nreverse usats))))
 362
 363
 364 (defun find-usty-tui (tui)
 365   "Find usty for tui"
 366   (with-umlisp-query ('mrsty (sty) nil 'tui (parse-tui tui) :single t)
 367     (make-instance 'usty :tui (parse-tui tui) :sty sty)))
 368
 369 (defun find-usty-sty (sty)
 370   "Find usty for a sty"
 371   (with-umlisp-query ('mrsty (tui) nil 'sty sty :single t)
 372     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 373
 374 (defun find-usty-all ()
 375   "Return list of usty's for all semantic types"
 376   (with-umlisp-query ('mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 377     (find-usty-tui tui)))
 378
 379 (defun find-usab-all ()
 380   "Find usab for a key"
 381   (with-umlisp-query ('mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil nil nil)
 382     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 383                    :rcui (ensure-integer rcui)
 384                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 385                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 386                    :srl (ensure-integer srl)
 387                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 388                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 389                    :curver curver :sabin sabin)))
 390
 391 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 392   "Find usab for a key"
 393   (with-umlisp-query ('mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil key-name key :single t)
 394     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 395                    :rcui (ensure-integer rcui)
 396                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 397                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 398                    :srl (ensure-integer srl)
 399                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 400                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 401                    :curver curver :sabin sabin)))
 402
 403 (defun find-usab-rsab (rsab)
 404   "Find usab for rsab"
 405   (find-usab-by-key "RSAB" rsab))
 406
 407 (defun find-usab-vsab (vsab)
 408   "Find usab for vsab"
 409   (find-usab-by-key "VSAB" vsab))
 410
 411 (defun find-cui-max ()
 412   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 413
 414 ;;;; Cross table find functions
 415
 416 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 417   "Find list of ucon for tui"
 418   (with-umlisp-query ('mrsty (cui) srl 'tui (parse-tui tui) :lrlname 'klrl
 419                              :order '(cui asc))
 420     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 421
 422 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 423   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 424   (with-umlisp-query ('mrxw_eng (cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 425                                 :lrlname 'klrl :order '(cui asc))
 426     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 427
 428 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 429   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 430   (with-umlisp-query ('mrxnw_eng (cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 431                                 :lrlname 'klrl :order '(cui asc))
 432     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 433
 434 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 435   "Return list of ustrs that match word"
 436   (with-umlisp-query ('mrxw_eng (cui sui) srl 'wd word
 437                                 :lrlname 'klrl
 438                                 :order '(cui asc sui asc))
 439     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 440
 441 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 442   "Return list of ustrs that match word"
 443   (with-umlisp-query ('mrxnw_eng (cui sui) srl 'nwd word :lrlname 'klrl
 444                                  :order '(cui asc sui asc))
 445     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 446
 447 ;; Special tables
 448
 449 (defun find-usrl-all ()
 450   (with-umlisp-query ('usrl (sab srl) nil nil nil :order '(sab asc))
 451     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 452
 453 ;;; Multiword lookup and score functions
 454
 455 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 456   "Return sorted list of ucon's that match a multiword string"
 457   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 458          (ucons '()))
 459     (dolist (word words)
 460       (setq ucons (append ucons (find-ucon-word word :srl srl))))
 461     (sort-score-ucon-str str (delete-duplicates ucons :test #'eql :key #'cui))))
 462
 463 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 464   "Return sorted list of ustr's that match a multiword string"
 465   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 466          (ustrs '()))
 467     (dolist (word words)
 468       (setq ustrs (append ustrs (find-ustr-word word :srl srl))))
 469     (sort-score-ustr-str str (delete-duplicates ustrs :test #'eql :key #'cui))))
 470
 471 (defun sort-score-ucon-str (str ucons)
 472   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 473   (sort-score-umlsclass-str ucons str #'pfstr))
 474
 475 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 476   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 477   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 478
 479 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 480   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 481   (let ((scored '()))
 482     (dolist (obj objs)
 483       (push
 484        (list obj
 485              (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 486        scored))
 487     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 488
 489 (defun score-multiword-match (s1 s2)
 490   "Score a match between two strings with s1 being reference string"
 491   (let* ((word-list-1 (delimited-string-to-list s1 #\space))
 492          (word-list-2 (delimited-string-to-list s2 #\space))
 493          (n1 (length word-list-1))
 494          (n2 (length word-list-2))
 495          (unmatched n1)
 496          (score 0)
 497          (nlong 0)
 498          (nshort 0)
 499          short-list long-list)
 500     (declare (fixnum n1 n2 nshort nlong score unmatched))
 501     (if (> n1 n2)
 502         (progn
 503           (setq nlong n1)
 504           (setq nshort n2)
 505           (setq long-list word-list-1)
 506           (setq short-list word-list-2))
 507       (progn
 508         (setq nlong n2)
 509         (setq nshort n1)
 510         (setq long-list word-list-2)
 511         (setq short-list word-list-1)))
 512     (decf score (- nlong nshort)) ;; reduce score for extra words
 513     (dotimes (iword nshort)
 514       (declare (fixnum iword))
 515       (kmrcl:aif (position (nth iword short-list) long-list :test #'string-equal)
 516            (progn
 517              (incf score (- 10 (abs (- kmrcl::it iword))))
 518              (decf unmatched))))
 519     (decf score (* 2 unmatched))
 520     score))
 521
 522
 523 ;;; LEX SQL functions
 524
 525 (defun find-lexterm-eui (eui)
 526   (with-umlisp-query ('lrwd (wrd) nil 'eui eui :single t)
 527     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 528
 529 (defun find-lexterm-word (wrd)
 530   (with-umlisp-query ('lrwd (eui) nil 'wrd wrd)
 531     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 532                    :wrd (copy-seq wrd))))
 533
 534 ;; LEX SQL Read functions
 535
 536 (defun find-labr-eui (eui)
 537   (with-umlisp-query ('lrabr (bas abr eui2 bas2) nil 'eui eui)
 538     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 539                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 540
 541 (defun find-labr-bas (bas)
 542   (with-umlisp-query ('labr (eui abr eui2 bas2) nil 'bas bas)
 543     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 544                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 545
 546 (defun find-lagr-eui (eui)
 547   (with-umlisp-query ('lragr (str sca agr cit bas) nil 'eui eui)
 548     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 549                    :cit cit :bas bas)))
 550
 551 (defun find-lcmp-eui (eui)
 552   (with-umlisp-query ('lrcmp (bas sca com) nil 'eui eui)
 553     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 554
 555 (defun find-lmod-eui (eui)
 556   (with-umlisp-query ('lrmod (bas sca psn_mod fea) nil 'eui eui)
 557     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 558
 559 (defun find-lnom-eui (eui)
 560   (with-umlisp-query ('lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil 'eui eui)
 561     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 562                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 563
 564 (defun find-lprn-eui (eui)
 565   (with-umlisp-query ('lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil 'eui eui)
 566     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 567                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 568
 569 (defun find-lprp-eui (eui)
 570   (with-umlisp-query ('lrprp (bas str sca fea) nil 'eui eui)
 571     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 572
 573 (defun find-lspl-eui (eui)
 574   (with-umlisp-query ('lrspl (spv bas) nil 'eui eui)
 575     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 576
 577 (defun find-ltrm-eui (eui)
 578   (with-umlisp-query ('lrtrm (bas gen) nil 'eui eui)
 579     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 580
 581 (defun find-ltyp-eui (eui)
 582   (with-umlisp-query ('lrtyp (bas sca typ) nil 'eui eui)
 583     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 584
 585 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 586   (make-instance 'lwd :wrd
 587                  :euilist (with-umlisp-query ('lrwd (eui) nil 'wrd wrd)
 588                             (ensure-integer eui))))
 589
 590 ;;; Semantic Network SQL access functions
 591
 592 (defun find-sdef-ui (ui)
 593   (with-umlisp-query ('srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 594                              nil 'ui ui :single t)
 595     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 596                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 597
 598 (defun find-sstre1-ui (ui)
 599   (with-umlisp-query ('srstre1 (ui2 ui3) nil 'ui ui)
 600     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 601                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 602
 603 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 604   (with-umlisp-query ('srstre1 (ui ui3) nil 'ui2 ui2)
 605     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 606                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 607
 608 (defun find-sstr-rl (rl)
 609   (with-umlisp-query ('srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil 'rl rl)
 610     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 611
 612 (defun find-sstre2-sty (sty)
 613   (with-umlisp-query ('srstre2 (rl sty2) nil 'sty sty)
 614     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 615
 616 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 617   (with-umlisp-query ('srstr (rl sty_rl2 ls) nil 'styrl styrl)
 618     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))