sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:        Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: sql-classes.lisp,v 1.22 2003/05/03 18:09:50 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package :umlisp)
  20 (declaim (optimize (compilation-speed 0) (debug 3)))
  21
  22
  23 (defvar *current-srl* nil)
  24 (defun current-srl ()
  25   *current-srl*)
  26 (defun current-srl! (srl)
  27   (setq *current-srl* srl))
  28
  29
  30 (defmacro with-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  31                                     &key (lrlname "KCUILRL") distinct single
  32                                     order like)
  33                              &body body)
  34   (let ((query (gensym)))
  35     `(unless (and ,where-name (not ,where-value))
  36       (let ((,query (umlisp-query ,table (quote ,fields) ,srl ,where-name ,where-value
  37                                   :lrlname ,lrlname :single ,single :distinct ,distinct
  38                                   :order ,order :like ,like)))
  39         (if ,single
  40             (let ((tuple (car ,query)))
  41               (when tuple
  42                 (destructuring-bind ,fields tuple
  43                   ,@body)))
  44             (loop
  45              for tuple in ,query collect
  46              (destructuring-bind ,fields tuple
  47                ,@body)))))))
  48
  49 (defun umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  50                      &key (lrlname "KCUILRL") single distinct order like)
  51   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  52 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  53   (when (or (not where-name) where-value)
  54     (mutex-sql-query
  55      (query-string table fields srl where-name where-value
  56                    :lrlname lrlname :single single :distinct distinct :order order :like like))))
  57
  58
  59 (defun query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  60                      &key (lrlname "KCUILRL") single distinct order like)
  61   (let ((qs (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  62                     (if distinct "distinct " "")
  63                     fields table)))
  64     (when where-name
  65       (setq qs (concatenate 'string qs
  66                             (format nil
  67                                     (if (stringp where-value)
  68                                         (if like
  69                                             " where ~A like '%~A%'"
  70                                           " where ~A='~A'")
  71                                       " where ~A=~A")
  72                                     where-name  where-value))))
  73     (when srl
  74       (setq qs (concatenate 'string qs (format nil " and ~:@(~A~) <= ~D"
  75                                                lrlname srl))))
  76     (when order
  77       (setq qs (concatenate 'string qs
  78                             (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  79                                     (flatten
  80                                      (loop for o in order collect
  81                                            (if (atom o)
  82                                                (list o  'asc)
  83                                                (list (car o) (cdr o)))))))))
  84     (when single
  85       (setq qs (concatenate 'string qs " limit 1")))
  86     qs))
  87
  88 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
  89   "Find ucon for a cui"
  90   (with-umlisp-query ('mrcon (kpfstr kcuilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
  91     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
  92                    :pfstr kpfstr
  93                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
  94
  95 (defun find-ucon-cui-old (cui &key (srl *current-srl*))
  96   "Find ucon for a cui"
  97   (when (stringp cui) (setq cui (parse-cui cui)))
  98   (when cui
  99     (let ((ls (format nil "select KPFSTR,KCUILRL from MRCON where CUI=~d" cui)))
 100       (when srl
 101         (string-append ls (format nil " and KCUILRL <= ~d" srl)))
 102       (string-append ls " limit 1")
 103       (awhen (car (mutex-sql-query ls))
 104              (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr (car it)
 105                             :lrl (ensure-integer (cadr it)))))))
 106
 107 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 108   "Find ucon for a cui"
 109   (with-umlisp-query ('mrcon (kcuilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
 110     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
 111                    :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 112                    :pfstr nil)))
 113
 114 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 115   "Find preferred string for a cui"
 116   (with-umlisp-query ('mrcon (kpfstr) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
 117     kpfstr))
 118
 119 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 120   "Find list of ucon for lui"
 121   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'lui (parse-lui lui) :distinct t)
 122     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 123                    :pfstr kpfstr
 124                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 125
 126 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 127   "Find list of ucon for sui"
 128   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'sui (parse-sui sui) :distinct t)
 129     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 130                    :pfstr kpfstr
 131                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 132
 133 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 134   "Find ucon for cui/sui"
 135   (when (and cui sui)
 136     (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'kcuisui
 137                                (make-cuisui (parse-cui cui) (parse-sui sui)))
 138       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 139                      :pfstr kpfstr
 140                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 141
 142 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 143   "Find ucon that are exact match for str"
 144   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'str str :distinct t)
 145     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 146                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 147
 148 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 149   "Return list of all ucon's"
 150   (with-sql-connection (db)
 151     (clsql:map-query
 152      'list
 153      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 154          (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 155                         :pfstr pfstr
 156                         :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 157      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil
 158                    :order '((cui . asc)) :distinct t)
 159      :database db)))
 160
 161 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 162   "Map a function over all ucon's"
 163   (with-sql-connection (db)
 164     (clsql:map-query
 165      nil
 166      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 167          (funcall fn
 168                   (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 169                                  :pfstr pfstr
 170                                  :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 171      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order '((cui . asc)) :distinct t)
 172      :database db)))
 173
 174
 175 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 176   "Return a list of udefs for cui"
 177   (with-umlisp-query ('mrdef (sab def) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KSRL")
 178     (make-instance 'udef :sab sab :def def)))
 179
 180 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 181   "Return a list of usty for cui"
 182   (with-umlisp-query ('mrsty (tui sty) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KLRL")
 183     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 184
 185 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 186   "Return a list of usty that match word"
 187   (with-umlisp-query ('mrsty (tui sty) srl 'sty word :lrlname 'klrl :like t :distinct t)
 188     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 189
 190 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 191   "Return a list of urel for cui"
 192   (with-umlisp-query ('mrrel (rel cui2 rela sab sl mg kpfstr2) srl 'cui1 (parse-cui cui) :lrlname "KSRL")
 193     (make-instance 'urel :cui1 (parse-cui cui) :rel rel :cui2 (ensure-integer cui2) :rela rela
 194                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 195
 196 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 197   "Return a list of urel for cui2"
 198   (with-umlisp-query ('mrrel (rel cui1 rela sab sl mg kpfstr2) srl 'cui2 (parse-cui cui2) :lrlname "KSRL")
 199     (make-instance 'urel :cui2 (parse-cui cui2) :rel rel :cui1 (ensure-integer cui1) :rela rela
 200                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 201
 202 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 203   (mapcar
 204    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 205    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))))
 206
 207 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 208   "Return a list of ucoc for cui"
 209   (with-umlisp-query ('mrcoc (cui2 soc cot cof coa kpfstr2) srl 'cui1 (parse-cui cui)
 210                              :lrlname "KSRL" :order '((cof . asc)))
 211     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 212     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 213     (make-instance 'ucoc :cui1 (parse-cui cui) :cui2 (ensure-integer cui2) :soc soc :cot cot
 214                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 215
 216 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 217   "Return a list of ucoc for cui2"
 218   (with-umlisp-query ('mrcoc (cui1 soc cot cof coa kpfstr2) srl 'cui2 (parse-cui cui2)
 219                              :lrlname "KSRL" :order '((cof . asc)))
 220     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 221     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 222     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 (parse-cui cui2) :soc soc :cot cot
 223                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 224
 225 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 226   "List of ucon with co-occurance cui2"
 227   (mapcar
 228    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 229    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 230
 231 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 232   "Return a list of ulo for cui"
 233   (with-umlisp-query ('mrlo (isn fr un sui sna soui) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KLRL")
 234     (make-instance 'ulo :isn isn :fr (ensure-integer fr) :un un :sui (ensure-integer sui) :sna sna
 235                    :soui soui)))
 236
 237 (defgeneric suistr (lo))
 238 (defmethod suistr ((lo ulo))
 239   "Return the string for a ulo object"
 240   (find-string-sui (sui lo)))
 241
 242 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 243   "Return a list of uatx for cui"
 244   (with-umlisp-query ('mratx (sab rel atx) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname 'ksrl)
 245     (make-instance 'uatx :sab sab :rel rel :atx atx)))
 246
 247
 248 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 249   "Return a list of uterm for cui"
 250   (with-umlisp-query ('mrcon (lui lat ts kluilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname 'kluilrl
 251                              :distinct t)
 252     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui (parse-cui cui)
 253                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 254
 255 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 256   "Return a list of uterm for lui"
 257   (with-umlisp-query ('mrcon (cui lat ts kluilrl) srl 'lui (parse-lui lui)
 258                              :lrlname 'kluilrl :distinct t)
 259     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui (parse-lui lui)
 260                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 261
 262 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 263   "Return single uterm for cui/lui"
 264   (with-umlisp-query ('mrcon (lat ts kluilrl) srl 'kcuilui
 265                              (make-cuilui (parse-cui cui) (parse-lui lui))
 266                              :lrlname 'kluilrl :single t)
 267     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 268
 269 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 270   "Return a list of ustr for cui/lui"
 271   (with-umlisp-query ('mrcon (sui stt str lrl) srl 'kcuilui (make-cuilui cui lui) :lrlname 'lrl)
 272     (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 273                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str
 274                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 275
 276 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 277   "Return the single ustr for cuisui"
 278   (with-umlisp-query ('mrcon (lui stt str lrl) srl 'kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrlname 'lrl :single t)
 279     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 280                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :lrl (ensure-integer lrl))))
 281
 282 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 283   "Return the list of ustr for sui"
 284   (with-umlisp-query ('mrcon (cui lui stt str lrl) srl 'sui (parse-sui sui) :lrlname 'lrl)
 285     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 286                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) (parse-sui sui))
 287                    :lui (ensure-integer lui)
 288                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 289
 290 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 291   "Return the list of ustr for sab"
 292   (with-umlisp-query ('mrso (kcuisui) srl 'sab sab :lrlname 'srl)
 293     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 294       (apply #'find-ustr-cuisui
 295              (append
 296               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui)) (list :srl srl))))))
 297
 298 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 299   "Return list of all ustr's"
 300     (with-sql-connection (db)
 301       (clsql:map-query
 302        'list
 303        #'(lambda (cui lui sui stt lrl pfstr)
 304            (setq cui (ensure-integer cui))
 305            (setq lui (ensure-integer lui))
 306            (setq sui (ensure-integer sui))
 307            (setq lrl (ensure-integer lrl))
 308            (make-instance 'ustr :cui cui
 309                           :lui lui
 310                           :sui sui
 311                           :cuisui (make-cuisui cui sui)
 312                           :stt stt
 313                           :lrl lrl
 314                           :str pfstr))
 315        (query-string 'mrcon '(cui lui sui stt lrl kpfstr) srl nil nil :lrlname 'lrl :distinct t
 316                      :order '((sui . asc)))
 317        :database db)))
 318
 319 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 320   "Return the string associated with sui"
 321   (with-umlisp-query ('mrcon (str) srl 'sui sui :lrlname 'lrl :single t)
 322     str))
 323
 324 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 325   (with-umlisp-query ('mrso (sab code srl tty) srl 'kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrlname 'srl)
 326       (make-instance 'uso :sab sab :code code :srl srl :tty tty)))
 327
 328 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 329   (with-umlisp-query ('mrcxt (sab code cxn cxl rnk cxs cui2 hcd rela xc) srl 'kcuisui
 330                              (make-cuisui cui sui) :lrlname 'ksrl)
 331     (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 332                    :cxn (ensure-integer cxn)
 333                    :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd :rela rela :xc xc
 334                    :rnk (ensure-integer rnk)
 335                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 336
 337 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 338   (let ((ls (format nil "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where ")))
 339     (cond
 340       (sui (string-append ls (format nil "KCUISUI=~d" (make-cuisui cui sui))))
 341       (lui (string-append ls (format nil "KCUILUI=~d and sui=0" (make-cuilui cui lui))))
 342       (t (string-append ls (format nil "cui=~d and lui=0 and sui=0" cui))))
 343     (when srl
 344       (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 345     (let ((usats '()))
 346       (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 347         (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 348           (push (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)
 349                 usats)))
 350       (nreverse usats))))
 351
 352
 353 (defun find-usty-tui (tui)
 354   "Find usty for tui"
 355   (with-umlisp-query ('mrsty (sty) nil 'tui (parse-tui tui) :single t)
 356     (make-instance 'usty :tui (parse-tui tui) :sty sty)))
 357
 358 (defun find-usty-sty (sty)
 359   "Find usty for a sty"
 360   (with-umlisp-query ('mrsty (tui) nil 'sty sty :single t)
 361     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 362
 363 (defun find-usty-all ()
 364   "Return list of usty's for all semantic types"
 365   (with-umlisp-query ('mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 366     (find-usty-tui tui)))
 367
 368 (defun find-usab-all ()
 369   "Find usab for a key"
 370   (with-umlisp-query ('mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil nil nil)
 371     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 372                    :rcui (ensure-integer rcui)
 373                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 374                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 375                    :srl (ensure-integer srl)
 376                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 377                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 378                    :curver curver :sabin sabin)))
 379
 380 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 381   "Find usab for a key"
 382   (with-umlisp-query ('mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil key-name key :single t)
 383     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 384                    :rcui (ensure-integer rcui)
 385                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 386                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 387                    :srl (ensure-integer srl)
 388                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 389                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 390                    :curver curver :sabin sabin)))
 391
 392 (defun find-usab-rsab (rsab)
 393   "Find usab for rsab"
 394   (find-usab-by-key "RSAB" rsab))
 395
 396 (defun find-usab-vsab (vsab)
 397   "Find usab for vsab"
 398   (find-usab-by-key "VSAB" vsab))
 399
 400 (defun find-cui-max ()
 401   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 402
 403 ;;;; Cross table find functions
 404
 405 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 406   "Find list of ucon for tui"
 407   (with-umlisp-query ('mrsty (cui) srl 'tui (parse-tui tui) :lrlname 'klrl :order '((cui . asc)))
 408     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 409
 410 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 411   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 412   (with-umlisp-query ('mrxw_eng (cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 413                                 :lrlname 'klrl :order '((cui . asc)))
 414     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 415
 416 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 417   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 418   (with-umlisp-query ('mrxnw_eng (cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 419                                 :lrlname 'klrl :order '((cui . asc)))
 420     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 421
 422 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 423   "Return list of ustrs that match word"
 424   (with-umlisp-query ('mrxw_eng (cui sui) srl 'wd word
 425                                 :lrlname 'klrl
 426                                 :order '((cui . asc) (sui . asc)))
 427     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 428
 429 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 430   "Return list of ustrs that match word"
 431   (with-umlisp-query ('mrxnw_eng (cui sui) srl 'nwd word :lrlname 'klrl
 432                                  :order '((cui . asc) (sui . asc)))
 433     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 434
 435 ;; Special tables
 436
 437 (defun find-usrl-all ()
 438   (with-umlisp-query ('usrl (sab srl) nil nil nil :order '((sab . asc)))
 439     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 440
 441 ;;; Multiword lookup and score functions
 442
 443 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 444   "Return sorted list of ucon's that match a multiword string"
 445   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 446          (ucons '()))
 447     (dolist (word words)
 448       (setq ucons (append ucons (find-ucon-word word :srl srl))))
 449     (sort-score-ucon-str str (delete-duplicates ucons :test #'eql :key #'cui))))
 450
 451 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 452   "Return sorted list of ustr's that match a multiword string"
 453   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 454          (ustrs '()))
 455     (dolist (word words)
 456       (setq ustrs (append ustrs (find-ustr-word word :srl srl))))
 457     (sort-score-ustr-str str (delete-duplicates ustrs :test #'eql :key #'cui))))
 458
 459 (defun sort-score-ucon-str (str ucons)
 460   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 461   (sort-score-umlsclass-str ucons str #'pfstr))
 462
 463 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 464   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 465   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 466
 467 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 468   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 469   (let ((scored '()))
 470     (dolist (obj objs)
 471       (push
 472        (list obj
 473              (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 474        scored))
 475     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 476
 477 (defun score-multiword-match (s1 s2)
 478   "Score a match between two strings with s1 being reference string"
 479   (let* ((word-list-1 (delimited-string-to-list s1 #\space))
 480          (word-list-2 (delimited-string-to-list s2 #\space))
 481          (n1 (length word-list-1))
 482          (n2 (length word-list-2))
 483          (unmatched n1)
 484          (score 0)
 485          (nlong 0)
 486          (nshort 0)
 487          short-list long-list)
 488     (declare (fixnum n1 n2 nshort nlong score unmatched))
 489     (if (> n1 n2)
 490         (progn
 491           (setq nlong n1)
 492           (setq nshort n2)
 493           (setq long-list word-list-1)
 494           (setq short-list word-list-2))
 495       (progn
 496         (setq nlong n2)
 497         (setq nshort n1)
 498         (setq long-list word-list-2)
 499         (setq short-list word-list-1)))
 500     (decf score (- nlong nshort)) ;; reduce score for extra words
 501     (dotimes (iword nshort)
 502       (declare (fixnum iword))
 503       (kmrcl:aif (position (nth iword short-list) long-list :test #'string-equal)
 504            (progn
 505              (incf score (- 10 (abs (- kmrcl::it iword))))
 506              (decf unmatched))))
 507     (decf score (* 2 unmatched))
 508     score))
 509
 510
 511 ;;; LEX SQL functions
 512
 513 (defun find-lexterm-eui (eui)
 514   (with-umlisp-query ('lrwd (wrd) nil 'eui eui :single t)
 515     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 516
 517 (defun find-lexterm-word (wrd)
 518   (with-umlisp-query ('lrwd (eui) nil 'wrd wrd)
 519     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 520                    :wrd (copy-seq wrd))))
 521
 522 ;; LEX SQL Read functions
 523
 524 (defun find-labr-eui (eui)
 525   (with-umlisp-query ('lrabr (bas abr eui2 bas2) nil 'eui eui)
 526     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 527                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 528
 529 (defun find-labr-bas (bas)
 530   (with-umlisp-query ('labr (eui abr eui2 bas2) nil 'bas bas)
 531     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 532                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 533
 534 (defun find-lagr-eui (eui)
 535   (with-umlisp-query ('lragr (str sca agr cit bas) nil 'eui eui)
 536     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 537                    :cit cit :bas bas)))
 538
 539 (defun find-lcmp-eui (eui)
 540   (with-umlisp-query ('lrcmp (bas sca com) nil 'eui eui)
 541     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 542
 543 (defun find-lmod-eui (eui)
 544   (with-umlisp-query ('lrmod (bas sca psn_mod fea) nil 'eui eui)
 545     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 546
 547 (defun find-lnom-eui (eui)
 548   (with-umlisp-query ('lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil 'eui eui)
 549     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 550                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 551
 552 (defun find-lprn-eui (eui)
 553   (with-umlisp-query ('lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil 'eui eui)
 554     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 555                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 556
 557 (defun find-lprp-eui (eui)
 558   (with-umlisp-query ('lrprp (bas str sca fea) nil 'eui eui)
 559     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 560
 561 (defun find-lspl-eui (eui)
 562   (with-umlisp-query ('lrspl (spv bas) nil 'eui eui)
 563     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 564
 565 (defun find-ltrm-eui (eui)
 566   (with-umlisp-query ('lrtrm (bas gen) nil 'eui eui)
 567     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 568
 569 (defun find-ltyp-eui (eui)
 570   (with-umlisp-query ('lrtyp (bas sca typ) nil 'eui eui)
 571     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 572
 573 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 574   (make-instance 'lwd :wrd
 575                  :euilist (with-umlisp-query ('lrwd (eui) nil 'wrd wrd)
 576                             (ensure-integer eui))))
 577
 578 ;;; Semantic Network SQL access functions
 579
 580 (defun find-sdef-ui (ui)
 581   (with-umlisp-query ('srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 582                              nil 'ui ui :single t)
 583     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 584                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 585
 586 (defun find-sstre1-ui (ui)
 587   (with-umlisp-query ('srstre1 (ui2 ui3) nil 'ui ui)
 588     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 589                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 590
 591 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 592   (with-umlisp-query ('srstre1 (ui ui3) nil 'ui2 ui2)
 593     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 594                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 595
 596 (defun find-sstr-rl (rl)
 597   (with-umlisp-query ('srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil 'rl rl)
 598     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 599
 600 (defun find-sstre2-sty (sty)
 601   (with-umlisp-query ('srstre2 (rl sty2) nil 'sty sty)
 602     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 603
 604 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 605   (with-umlisp-query ('srstr (rl sty_rl2 ls) nil 'styrl styrl)
 606     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))