sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:        Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: sql-classes.lisp,v 1.24 2003/05/03 19:32:00 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package :umlisp)
  20 (declaim (optimize (compilation-speed 0) (debug 3)))
  21
  22
  23 (defvar *current-srl* nil)
  24 (defun current-srl ()
  25   *current-srl*)
  26 (defun current-srl! (srl)
  27   (setq *current-srl* srl))
  28
  29
  30 (defmacro with-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  31                                     &key (lrlname "KCUILRL") distinct single
  32                                     order like)
  33                              &body body)
  34   (let ((query (gensym)))
  35     `(unless (and ,where-name (not ,where-value))
  36       (let ((,query (umlisp-query ,table (quote ,fields) ,srl ,where-name ,where-value
  37                                   :lrlname ,lrlname :single ,single :distinct ,distinct
  38                                   :order ,order :like ,like)))
  39         (if ,single
  40             (let ((tuple (car ,query)))
  41               (when tuple
  42                 (destructuring-bind ,fields tuple
  43                   ,@body)))
  44             (loop
  45              for tuple in ,query collect
  46              (destructuring-bind ,fields tuple
  47                ,@body)))))))
  48
  49 (defun umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  50                      &key (lrlname "KCUILRL") single distinct order like)
  51   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  52 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  53   (when (or (not where-name) where-value)
  54     (mutex-sql-query
  55      (query-string table fields srl where-name where-value
  56                    :lrlname lrlname :single single :distinct distinct :order order :like like))))
  57
  58
  59 (defun query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  60                      &key (lrlname "KCUILRL") single distinct order like)
  61   (concatenate
  62    'string
  63    (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  64            (if distinct "distinct " "") fields table)
  65    (if where-name
  66        (format nil
  67                (if (stringp where-value)
  68                    (if like
  69                        " where ~A like '%~A%'"
  70                        " where ~A='~A'")
  71                    " where ~A=~A")
  72                where-name  where-value)
  73        "")
  74    (if srl (format nil " and ~:@(~A~) <= ~D" lrlname srl) "")
  75    (if order
  76        (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  77                (flatten (loop for o in order collect
  78                               (if (atom o)
  79                                   (list o  'asc)
  80                                   (list (car o) (cdr o))))))
  81        "")
  82    (if single " limit 1" "")))
  83
  84 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
  85   "Find ucon for a cui"
  86   (with-umlisp-query ('mrcon (kpfstr kcuilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
  87     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
  88                    :pfstr kpfstr
  89                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
  90
  91 (defun find-ucon-cui-old (cui &key (srl *current-srl*))
  92   "Find ucon for a cui"
  93   (when (stringp cui) (setq cui (parse-cui cui)))
  94   (when cui
  95     (let ((ls (format nil "select KPFSTR,KCUILRL from MRCON where CUI=~d" cui)))
  96       (when srl
  97         (string-append ls (format nil " and KCUILRL <= ~d" srl)))
  98       (string-append ls " limit 1")
  99       (awhen (car (mutex-sql-query ls))
 100              (destructuring-bind (kpfstr kcuilrl)
 101                  (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr kpfstr
 102                             :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))))
 103
 104 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 105   "Find ucon for a cui"
 106   (with-umlisp-query ('mrcon (kcuilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
 107     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
 108                    :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 109                    :pfstr nil)))
 110
 111 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 112   "Find preferred string for a cui"
 113   (with-umlisp-query ('mrcon (kpfstr) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
 114     kpfstr))
 115
 116 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 117   "Find list of ucon for lui"
 118   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'lui (parse-lui lui) :distinct t)
 119     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 120                    :pfstr kpfstr
 121                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 122
 123 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 124   "Find list of ucon for sui"
 125   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'sui (parse-sui sui) :distinct t)
 126     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 127                    :pfstr kpfstr
 128                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 129
 130 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 131   "Find ucon for cui/sui"
 132   (when (and cui sui)
 133     (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'kcuisui
 134                                (make-cuisui (parse-cui cui) (parse-sui sui)))
 135       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 136                      :pfstr kpfstr
 137                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 138
 139 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 140   "Find ucon that are exact match for str"
 141   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'str str :distinct t)
 142     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 143                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 144
 145 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 146   "Return list of all ucon's"
 147   (with-sql-connection (db)
 148     (clsql:map-query
 149      'list
 150      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 151          (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 152                         :pfstr pfstr
 153                         :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 154      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil
 155                    :order '((cui . asc)) :distinct t)
 156      :database db)))
 157
 158 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 159   "Map a function over all ucon's"
 160   (with-sql-connection (db)
 161     (clsql:map-query
 162      nil
 163      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 164          (funcall fn
 165                   (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 166                                  :pfstr pfstr
 167                                  :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 168      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order '((cui . asc)) :distinct t)
 169      :database db)))
 170
 171
 172 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 173   "Return a list of udefs for cui"
 174   (with-umlisp-query ('mrdef (sab def) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KSRL")
 175     (make-instance 'udef :sab sab :def def)))
 176
 177 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 178   "Return a list of usty for cui"
 179   (with-umlisp-query ('mrsty (tui sty) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KLRL")
 180     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 181
 182 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 183   "Return a list of usty that match word"
 184   (with-umlisp-query ('mrsty (tui sty) srl 'sty word :lrlname 'klrl :like t :distinct t)
 185     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 186
 187 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 188   "Return a list of urel for cui"
 189   (with-umlisp-query ('mrrel (rel cui2 rela sab sl mg kpfstr2) srl 'cui1 (parse-cui cui) :lrlname "KSRL")
 190     (make-instance 'urel :cui1 (parse-cui cui) :rel rel :cui2 (ensure-integer cui2) :rela rela
 191                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 192
 193 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 194   "Return a list of urel for cui2"
 195   (with-umlisp-query ('mrrel (rel cui1 rela sab sl mg kpfstr2) srl 'cui2 (parse-cui cui2) :lrlname "KSRL")
 196     (make-instance 'urel :cui2 (parse-cui cui2) :rel rel :cui1 (ensure-integer cui1) :rela rela
 197                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 198
 199 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 200   (mapcar
 201    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 202    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))))
 203
 204 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 205   "Return a list of ucoc for cui"
 206   (with-umlisp-query ('mrcoc (cui2 soc cot cof coa kpfstr2) srl 'cui1 (parse-cui cui)
 207                              :lrlname "KSRL" :order '((cof . asc)))
 208     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 209     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 210     (make-instance 'ucoc :cui1 (parse-cui cui) :cui2 (ensure-integer cui2) :soc soc :cot cot
 211                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 212
 213 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 214   "Return a list of ucoc for cui2"
 215   (with-umlisp-query ('mrcoc (cui1 soc cot cof coa kpfstr2) srl 'cui2 (parse-cui cui2)
 216                              :lrlname "KSRL" :order '((cof . asc)))
 217     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 218     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 219     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 (parse-cui cui2) :soc soc :cot cot
 220                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 221
 222 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 223   "List of ucon with co-occurance cui2"
 224   (mapcar
 225    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 226    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 227
 228 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 229   "Return a list of ulo for cui"
 230   (with-umlisp-query ('mrlo (isn fr un sui sna soui) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KLRL")
 231     (make-instance 'ulo :isn isn :fr (ensure-integer fr) :un un :sui (ensure-integer sui) :sna sna
 232                    :soui soui)))
 233
 234 (defgeneric suistr (lo))
 235 (defmethod suistr ((lo ulo))
 236   "Return the string for a ulo object"
 237   (find-string-sui (sui lo)))
 238
 239 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 240   "Return a list of uatx for cui"
 241   (with-umlisp-query ('mratx (sab rel atx) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname 'ksrl)
 242     (make-instance 'uatx :sab sab :rel rel :atx atx)))
 243
 244
 245 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 246   "Return a list of uterm for cui"
 247   (with-umlisp-query ('mrcon (lui lat ts kluilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname 'kluilrl
 248                              :distinct t)
 249     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui (parse-cui cui)
 250                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 251
 252 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 253   "Return a list of uterm for lui"
 254   (with-umlisp-query ('mrcon (cui lat ts kluilrl) srl 'lui (parse-lui lui)
 255                              :lrlname 'kluilrl :distinct t)
 256     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui (parse-lui lui)
 257                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 258
 259 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 260   "Return single uterm for cui/lui"
 261   (with-umlisp-query ('mrcon (lat ts kluilrl) srl 'kcuilui
 262                              (make-cuilui (parse-cui cui) (parse-lui lui))
 263                              :lrlname 'kluilrl :single t)
 264     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 265
 266 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 267   "Return a list of ustr for cui/lui"
 268   (with-umlisp-query ('mrcon (sui stt str lrl) srl 'kcuilui (make-cuilui cui lui) :lrlname 'lrl)
 269     (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 270                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str
 271                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 272
 273 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 274   "Return the single ustr for cuisui"
 275   (with-umlisp-query ('mrcon (lui stt str lrl) srl 'kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrlname 'lrl :single t)
 276     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 277                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :lrl (ensure-integer lrl))))
 278
 279 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 280   "Return the list of ustr for sui"
 281   (with-umlisp-query ('mrcon (cui lui stt str lrl) srl 'sui (parse-sui sui) :lrlname 'lrl)
 282     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 283                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) (parse-sui sui))
 284                    :lui (ensure-integer lui)
 285                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 286
 287 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 288   "Return the list of ustr for sab"
 289   (with-umlisp-query ('mrso (kcuisui) srl 'sab sab :lrlname 'srl)
 290     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 291       (apply #'find-ustr-cuisui
 292              (append
 293               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui)) (list :srl srl))))))
 294
 295 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 296   "Return list of all ustr's"
 297     (with-sql-connection (db)
 298       (clsql:map-query
 299        'list
 300        #'(lambda (cui lui sui stt lrl pfstr)
 301            (setq cui (ensure-integer cui))
 302            (setq lui (ensure-integer lui))
 303            (setq sui (ensure-integer sui))
 304            (setq lrl (ensure-integer lrl))
 305            (make-instance 'ustr :cui cui
 306                           :lui lui
 307                           :sui sui
 308                           :cuisui (make-cuisui cui sui)
 309                           :stt stt
 310                           :lrl lrl
 311                           :str pfstr))
 312        (query-string 'mrcon '(cui lui sui stt lrl kpfstr) srl nil nil :lrlname 'lrl :distinct t
 313                      :order '((sui . asc)))
 314        :database db)))
 315
 316 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 317   "Return the string associated with sui"
 318   (with-umlisp-query ('mrcon (str) srl 'sui sui :lrlname 'lrl :single t)
 319     str))
 320
 321 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 322   (with-umlisp-query ('mrso (sab code srl tty) srl 'kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrlname 'srl)
 323       (make-instance 'uso :sab sab :code code :srl srl :tty tty)))
 324
 325 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 326   (with-umlisp-query ('mrcxt (sab code cxn cxl rnk cxs cui2 hcd rela xc) srl 'kcuisui
 327                              (make-cuisui cui sui) :lrlname 'ksrl)
 328     (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 329                    :cxn (ensure-integer cxn)
 330                    :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd :rela rela :xc xc
 331                    :rnk (ensure-integer rnk)
 332                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 333
 334 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 335   (let ((ls (format nil "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where ")))
 336     (cond
 337       (sui (string-append ls (format nil "KCUISUI=~d" (make-cuisui cui sui))))
 338       (lui (string-append ls (format nil "KCUILUI=~d and sui=0" (make-cuilui cui lui))))
 339       (t (string-append ls (format nil "cui=~d and lui=0 and sui=0" cui))))
 340     (when srl
 341       (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 342     (let ((usats '()))
 343       (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 344         (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 345           (push (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)
 346                 usats)))
 347       (nreverse usats))))
 348
 349
 350 (defun find-usty-tui (tui)
 351   "Find usty for tui"
 352   (with-umlisp-query ('mrsty (sty) nil 'tui (parse-tui tui) :single t)
 353     (make-instance 'usty :tui (parse-tui tui) :sty sty)))
 354
 355 (defun find-usty-sty (sty)
 356   "Find usty for a sty"
 357   (with-umlisp-query ('mrsty (tui) nil 'sty sty :single t)
 358     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 359
 360 (defun find-usty-all ()
 361   "Return list of usty's for all semantic types"
 362   (with-umlisp-query ('mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 363     (find-usty-tui tui)))
 364
 365 (defun find-usab-all ()
 366   "Find usab for a key"
 367   (with-umlisp-query ('mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil nil nil)
 368     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 369                    :rcui (ensure-integer rcui)
 370                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 371                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 372                    :srl (ensure-integer srl)
 373                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 374                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 375                    :curver curver :sabin sabin)))
 376
 377 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 378   "Find usab for a key"
 379   (with-umlisp-query ('mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil key-name key :single t)
 380     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 381                    :rcui (ensure-integer rcui)
 382                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 383                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 384                    :srl (ensure-integer srl)
 385                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 386                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 387                    :curver curver :sabin sabin)))
 388
 389 (defun find-usab-rsab (rsab)
 390   "Find usab for rsab"
 391   (find-usab-by-key "RSAB" rsab))
 392
 393 (defun find-usab-vsab (vsab)
 394   "Find usab for vsab"
 395   (find-usab-by-key "VSAB" vsab))
 396
 397 (defun find-cui-max ()
 398   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 399
 400 ;;;; Cross table find functions
 401
 402 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 403   "Find list of ucon for tui"
 404   (with-umlisp-query ('mrsty (cui) srl 'tui (parse-tui tui) :lrlname 'klrl :order '((cui . asc)))
 405     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 406
 407 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 408   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 409   (with-umlisp-query ('mrxw_eng (cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 410                                 :lrlname 'klrl :order '((cui . asc)))
 411     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 412
 413 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 414   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 415   (with-umlisp-query ('mrxnw_eng (cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 416                                 :lrlname 'klrl :order '((cui . asc)))
 417     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 418
 419 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 420   "Return list of ustrs that match word"
 421   (with-umlisp-query ('mrxw_eng (cui sui) srl 'wd word
 422                                 :lrlname 'klrl
 423                                 :order '((cui . asc) (sui . asc)))
 424     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 425
 426 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 427   "Return list of ustrs that match word"
 428   (with-umlisp-query ('mrxnw_eng (cui sui) srl 'nwd word :lrlname 'klrl
 429                                  :order '((cui . asc) (sui . asc)))
 430     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 431
 432 ;; Special tables
 433
 434 (defun find-usrl-all ()
 435   (with-umlisp-query ('usrl (sab srl) nil nil nil :order '((sab . asc)))
 436     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 437
 438 ;;; Multiword lookup and score functions
 439
 440 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 441   "Return sorted list of ucon's that match a multiword string"
 442   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 443          (ucons '()))
 444     (dolist (word words)
 445       (setq ucons (append ucons (find-ucon-word word :srl srl))))
 446     (sort-score-ucon-str str (delete-duplicates ucons :test #'eql :key #'cui))))
 447
 448 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 449   "Return sorted list of ustr's that match a multiword string"
 450   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 451          (ustrs '()))
 452     (dolist (word words)
 453       (setq ustrs (append ustrs (find-ustr-word word :srl srl))))
 454     (sort-score-ustr-str str (delete-duplicates ustrs :test #'eql :key #'cui))))
 455
 456 (defun sort-score-ucon-str (str ucons)
 457   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 458   (sort-score-umlsclass-str ucons str #'pfstr))
 459
 460 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 461   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 462   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 463
 464 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 465   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 466   (let ((scored '()))
 467     (dolist (obj objs)
 468       (push
 469        (list obj
 470              (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 471        scored))
 472     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 473
 474 (defun score-multiword-match (s1 s2)
 475   "Score a match between two strings with s1 being reference string"
 476   (let* ((word-list-1 (delimited-string-to-list s1 #\space))
 477          (word-list-2 (delimited-string-to-list s2 #\space))
 478          (n1 (length word-list-1))
 479          (n2 (length word-list-2))
 480          (unmatched n1)
 481          (score 0)
 482          (nlong 0)
 483          (nshort 0)
 484          short-list long-list)
 485     (declare (fixnum n1 n2 nshort nlong score unmatched))
 486     (if (> n1 n2)
 487         (progn
 488           (setq nlong n1)
 489           (setq nshort n2)
 490           (setq long-list word-list-1)
 491           (setq short-list word-list-2))
 492       (progn
 493         (setq nlong n2)
 494         (setq nshort n1)
 495         (setq long-list word-list-2)
 496         (setq short-list word-list-1)))
 497     (decf score (- nlong nshort)) ;; reduce score for extra words
 498     (dotimes (iword nshort)
 499       (declare (fixnum iword))
 500       (kmrcl:aif (position (nth iword short-list) long-list :test #'string-equal)
 501            (progn
 502              (incf score (- 10 (abs (- kmrcl::it iword))))
 503              (decf unmatched))))
 504     (decf score (* 2 unmatched))
 505     score))
 506
 507
 508 ;;; LEX SQL functions
 509
 510 (defun find-lexterm-eui (eui)
 511   (with-umlisp-query ('lrwd (wrd) nil 'eui eui :single t)
 512     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 513
 514 (defun find-lexterm-word (wrd)
 515   (with-umlisp-query ('lrwd (eui) nil 'wrd wrd)
 516     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 517                    :wrd (copy-seq wrd))))
 518
 519 ;; LEX SQL Read functions
 520
 521 (defun find-labr-eui (eui)
 522   (with-umlisp-query ('lrabr (bas abr eui2 bas2) nil 'eui eui)
 523     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 524                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 525
 526 (defun find-labr-bas (bas)
 527   (with-umlisp-query ('labr (eui abr eui2 bas2) nil 'bas bas)
 528     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 529                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 530
 531 (defun find-lagr-eui (eui)
 532   (with-umlisp-query ('lragr (str sca agr cit bas) nil 'eui eui)
 533     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 534                    :cit cit :bas bas)))
 535
 536 (defun find-lcmp-eui (eui)
 537   (with-umlisp-query ('lrcmp (bas sca com) nil 'eui eui)
 538     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 539
 540 (defun find-lmod-eui (eui)
 541   (with-umlisp-query ('lrmod (bas sca psn_mod fea) nil 'eui eui)
 542     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 543
 544 (defun find-lnom-eui (eui)
 545   (with-umlisp-query ('lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil 'eui eui)
 546     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 547                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 548
 549 (defun find-lprn-eui (eui)
 550   (with-umlisp-query ('lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil 'eui eui)
 551     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 552                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 553
 554 (defun find-lprp-eui (eui)
 555   (with-umlisp-query ('lrprp (bas str sca fea) nil 'eui eui)
 556     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 557
 558 (defun find-lspl-eui (eui)
 559   (with-umlisp-query ('lrspl (spv bas) nil 'eui eui)
 560     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 561
 562 (defun find-ltrm-eui (eui)
 563   (with-umlisp-query ('lrtrm (bas gen) nil 'eui eui)
 564     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 565
 566 (defun find-ltyp-eui (eui)
 567   (with-umlisp-query ('lrtyp (bas sca typ) nil 'eui eui)
 568     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 569
 570 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 571   (make-instance 'lwd :wrd
 572                  :euilist (with-umlisp-query ('lrwd (eui) nil 'wrd wrd)
 573                             (ensure-integer eui))))
 574
 575 ;;; Semantic Network SQL access functions
 576
 577 (defun find-sdef-ui (ui)
 578   (with-umlisp-query ('srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 579                              nil 'ui ui :single t)
 580     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 581                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 582
 583 (defun find-sstre1-ui (ui)
 584   (with-umlisp-query ('srstre1 (ui2 ui3) nil 'ui ui)
 585     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 586                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 587
 588 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 589   (with-umlisp-query ('srstre1 (ui ui3) nil 'ui2 ui2)
 590     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 591                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 592
 593 (defun find-sstr-rl (rl)
 594   (with-umlisp-query ('srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil 'rl rl)
 595     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 596
 597 (defun find-sstre2-sty (sty)
 598   (with-umlisp-query ('srstre2 (rl sty2) nil 'sty sty)
 599     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 600
 601 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 602   (with-umlisp-query ('srstr (rl sty_rl2 ls) nil 'styrl styrl)
 603     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))