sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:        Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: sql-classes.lisp,v 1.90 2003/07/21 11:22:51 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2003 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp)
  20
  21
  22 (defvar *current-srl* nil)
  23 (defun current-srl ()
  24   *current-srl*)
  25 (defun current-srl! (srl)
  26   (setq *current-srl* srl))
  27
  28 (defmacro query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  29                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  30   (let* ((%%fields (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  31                            (if distinct "distinct " "") fields table))
  32          (%%order (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  33                                     order)
  34                       ""))
  35          (%%lrl (format nil " and ~:@(~A~)<=" lrl))
  36          (%%where (when where-name
  37                     (format nil " where ~:@(~A~)~A" where-name
  38                           (if like " like " "")))))
  39     `(concatenate
  40       'string
  41       ,%%fields
  42       ,@(when %%where (list %%where))
  43       ,@(when %%where
  44               `((typecase ,where-value
  45                   (fixnum
  46                    (prefixed-fixnum-string ,where-value #\= 10))
  47                   (number
  48                    (concatenate 'string "=" (write-to-string ,where-value)))
  49                   (null
  50                    " is null")
  51                   (t
  52                    (format nil ,(if like "'%~A%'" "='~A'") ,where-value)))))
  53       (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  54       ,@(when %%order (list %%order))
  55       ,@(when single (list " limit 1")))))
  56
  57 (defun query-string-eval (table fields &optional srl where-name where-value
  58                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  59   (concatenate
  60    'string
  61    (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  62            (if distinct "distinct " "") fields table)
  63    (if where-name (format nil " where ~:@(~A~)" where-name) "")
  64    (if where-name
  65        (format nil
  66                (typecase where-value
  67                  (number "=~D")
  68                  (null " is null")
  69                  (t
  70                   (if like " like '%~A%""='~A'")))
  71                where-value)
  72        "")
  73    (if srl (format nil " and ~:@(~A~)<=~D" lrl srl) "")
  74    (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  75    (if single " limit 1" "")))
  76
  77
  78 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  79                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
  80                         (query-cmd 'mutex-sql-query))
  81   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  82 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  83   `(,query-cmd
  84     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  85      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  86
  87 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
  88                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  89   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  90 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  91   `(mutex-sql-query
  92     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  93      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  94
  95 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
  96 (defmacro collect-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  97                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
  98                                     order like (query-cmd 'mutex-sql-query))
  99                                 &body body)
 100   (let ((value (gensym))
 101         (r (gensym)))
 102     (if single
 103         `(let* ((,value ,where-value)
 104                 (tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 105                                           :lrl ,lrl :single ,single
 106                                           :distinct ,distinct :order ,order
 107                                           :like ,like
 108                                           :query-cmd ,query-cmd))))
 109           ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 110           (when tuple
 111                 (destructuring-bind ,fields tuple
 112                   ,@body)))
 113         `(let ((,value ,where-value))
 114            ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 115            (let ((,r '()))
 116              (dolist (tuple (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 117                                           :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 118                                           :order ,order :like ,like))
 119                (push (destructuring-bind ,fields tuple ,@body) ,r))
 120              (nreverse ,r))
 121            #+ignore
 122            (loop for tuple in
 123                  (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 124                                :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 125                                :order ,order :like ,like)
 126                collect (destructuring-bind ,fields tuple ,@body))))))
 127
 128 (defmacro collect-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
 129                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 130                                          order like)
 131                                   &body body)
 132   (let ((value (gensym))
 133         (r (gensym))
 134         (eval-fields (cadr fields)))
 135     (if single
 136         `(let* ((,value ,where-value)
 137                 (tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 138                                                :lrl ,lrl :single ,single
 139                                                :distinct ,distinct :order ,order
 140                                                :like ,like))))
 141           (when tuple
 142             (destructuring-bind ,eval-fields tuple
 143               ,@body)))
 144         `(let ((,value ,where-value)
 145                (,r '()))
 146            (dolist (tuple (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 147                                              :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 148                                              :order ,order :like ,like))
 149              (push (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body) ,r))
 150            (nreverse ,r)
 151            #+ignore
 152            (loop for tuple in
 153                  (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 154                                     :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 155                                     :order ,order :like ,like)
 156                collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body))))))
 157
 158 ;;;
 159 ;;; Read from SQL database
 160
 161 (defmacro ensure-cui-integer (cui)
 162   `(if (stringp ,cui)
 163     (setq ,cui (parse-cui ,cui))
 164     ,cui))
 165
 166 (defmacro ensure-lui-integer (lui)
 167   `(if (stringp ,lui)
 168     (setq ,lui (parse-lui ,lui))
 169     ,lui))
 170
 171 (defmacro ensure-sui-integer (sui)
 172   `(if (stringp ,sui)
 173     (setq ,sui (parse-sui ,sui))
 174     ,sui))
 175
 176 (defmacro ensure-tui-integer (tui)
 177   `(if (stringp ,tui)
 178     (setq ,tui (parse-tui ,tui))
 179     ,tui))
 180
 181 (defmacro ensure-eui-integer (eui)
 182   `(if (stringp ,eui)
 183     (setq ,eui (parse-eui ,eui))
 184     ,eui))
 185
 186 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 187   "Find ucon for a cui"
 188   (ensure-cui-integer cui)
 189   (collect-umlisp-query (mrcon (kpfstr kcuilrl) srl cui cui :single t)
 190     (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr kpfstr
 191                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 192
 193 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 194   "Find ucon for a cui"
 195   (ensure-cui-integer cui)
 196   (collect-umlisp-query (mrcon (kcuilrl) srl cui cui :single t)
 197     (make-instance 'ucon :cui cui :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 198                    :pfstr nil)))
 199
 200 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 201   "Find preferred string for a cui"
 202   (ensure-cui-integer cui)
 203   (collect-umlisp-query (mrcon (kpfstr) srl cui cui :single t)
 204     kpfstr))
 205
 206 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 207   "Find list of ucon for lui"
 208   (ensure-lui-integer lui)
 209   (collect-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl lui lui
 210                             :distinct t)
 211     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 212                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 213
 214 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 215   "Find list of ucon for sui"
 216   (ensure-sui-integer sui)
 217   (collect-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl sui sui :distinct t)
 218     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 219                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 220
 221 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 222   "Find ucon for cui/sui"
 223   (ensure-cui-integer cui)
 224   (ensure-sui-integer sui)
 225   (when (and cui sui)
 226     (collect-umlisp-query (mrcon (kpfstr kcuilrl) srl kcuisui
 227                               (make-cuisui cui sui))
 228       (make-instance 'ucon :cui cui
 229                      :pfstr kpfstr
 230                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 231
 232 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 233   "Find ucon that are exact match for str"
 234   (collect-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl str str :distinct t)
 235     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 236                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 237
 238 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 239   "Return list of all ucon's"
 240   (with-sql-connection (db)
 241     (clsql:map-query
 242      'list
 243      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 244          (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 245                         :pfstr pfstr
 246                         :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 247      (query-string mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil
 248                    :order (cui asc) :distinct t)
 249      :database db)))
 250
 251 (defun find-ucon-all2 (&key (srl *current-srl*))
 252   "Return list of all ucon's"
 253   (collect-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 254                             :distinct t)
 255     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 256                    :pfstr kpfstr
 257                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 258
 259 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 260   "Map a function over all ucon's"
 261   (with-sql-connection (db)
 262     (clsql:map-query
 263      nil
 264      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 265          (funcall fn
 266                   (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 267                                  :pfstr pfstr
 268                                  :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 269      (query-string mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 270                    :distinct t)
 271      :database db)))
 272
 273
 274 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 275   "Return a list of udefs for cui"
 276   (ensure-cui-integer cui)
 277   (collect-umlisp-query (mrdef (sab def) srl cui cui :lrl "KSRL")
 278     (make-instance 'udef :sab sab :def def)))
 279
 280 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 281   "Return a list of usty for cui"
 282   (ensure-cui-integer cui)
 283   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui cui :lrl "KLRL")
 284     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 285
 286 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 287   "Return a list of usty that match word"
 288   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t
 289                             :distinct t)
 290     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 291
 292 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 293   "Return a list of urel for cui"
 294   (ensure-cui-integer cui)
 295   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui2 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui1
 296                             cui :lrl "KSRL")
 297     (make-instance 'urel :cui1 cui :rel rel
 298                    :cui2 (ensure-integer cui2) :rela rela :sab sab :sl sl
 299                    :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 300
 301 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 302   "Return a list of urel for cui2"
 303   (ensure-cui-integer cui2)
 304   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui1 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui2
 305                             cui2 :lrl "KSRL")
 306     (make-instance 'urel :cui2 cui2 :rel rel
 307                    :cui1 (ensure-integer cui1) :rela rela :sab sab :sl sl
 308                    :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 309
 310 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 311   (ensure-cui-integer cui2)
 312   (loop for cui in (remove-duplicates
 313                     (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))
 314         collect (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 315
 316 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 317   "Return a list of ucoc for cui"
 318   (ensure-cui-integer cui)
 319   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui2 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui1
 320                             cui :lrl klrl :order (cof asc))
 321     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 322     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 323     (make-instance 'ucoc :cui1 cui :cui2 (ensure-integer cui2)
 324                    :soc soc :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 325                    :pfstr2 kpfstr2)))
 326
 327 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 328   "Return a list of ucoc for cui2"
 329   (ensure-cui-integer cui2)
 330   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui1 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui2
 331                             cui2 :lrl klrl :order (cof asc))
 332     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 333     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 cui2
 334                    :soc soc :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 335                    :pfstr2 kpfstr2)))
 336
 337 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 338   "List of ucon with co-occurance cui2"
 339   (ensure-cui-integer cui2)
 340   (mapcar
 341    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 342    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 343
 344 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 345   "Return a list of ulo for cui"
 346   (ensure-cui-integer cui)
 347   (collect-umlisp-query (mrlo (isn fr un sui sna soui) srl cui cui
 348                            :lrl "KLRL")
 349     (make-instance 'ulo :isn isn :fr (ensure-integer fr) :un un
 350                    :sui (ensure-integer sui) :sna sna :soui soui)))
 351
 352 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 353   "Return a list of uatx for cui"
 354   (ensure-cui-integer cui)
 355   (collect-umlisp-query (mratx (sab rel atx) srl cui cui :lrl ksrl)
 356     (make-instance 'uatx :sab sab :rel rel :atx atx)))
 357
 358
 359 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 360   "Return a list of uterm for cui"
 361   (ensure-cui-integer cui)
 362   (collect-umlisp-query (mrcon (lui lat ts kluilrl) srl cui cui
 363                             :lrl kluilrl :distinct t)
 364     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui cui
 365                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 366
 367 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 368   "Return a list of uterm for lui"
 369   (ensure-lui-integer lui)
 370   (collect-umlisp-query (mrcon (cui lat ts kluilrl) srl lui lui
 371                              :lrl kluilrl :distinct t)
 372     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui lui
 373                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 374
 375 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 376   "Return single uterm for cui/lui"
 377   (ensure-cui-integer cui)
 378   (ensure-lui-integer lui)
 379   (collect-umlisp-query (mrcon (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 380                              (make-cuilui cui lui)
 381                              :lrl kluilrl :single t)
 382     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts
 383                    :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 384
 385 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 386   "Return a list of ustr for cui/lui"
 387   (ensure-cui-integer cui)
 388   (ensure-lui-integer lui)
 389   (collect-umlisp-query (mrcon (sui stt str lrl) srl kcuilui
 390                             (make-cuilui cui lui) :lrl lrl)
 391     (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 392                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str
 393                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 394
 395 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 396   "Return the single ustr for cuisui"
 397   (ensure-cui-integer cui)
 398   (ensure-sui-integer sui)
 399   (collect-umlisp-query (mrcon (lui stt str lrl) srl kcuisui
 400                             (make-cuisui cui sui) :lrl lrl :single t)
 401     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 402                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str
 403                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 404
 405 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 406   "Return the list of ustr for sui"
 407   (ensure-sui-integer sui)
 408   (collect-umlisp-query (mrcon (cui lui stt str lrl) srl sui sui
 409                             :lrl lrl)
 410     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 411                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) sui)
 412                    :lui (ensure-integer lui) :lrl (ensure-integer lrl))))
 413
 414 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 415   "Return the list of ustr for sab"
 416   (collect-umlisp-query (mrso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 417     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 418       (apply #'find-ustr-cuisui
 419              (append
 420               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui))
 421               (list :srl srl))))))
 422
 423 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 424   "Return list of all ustr's"
 425     (with-sql-connection (db)
 426       (clsql:map-query
 427        'list
 428        #'(lambda (cui lui sui stt lrl pfstr)
 429            (make-instance 'ustr :cui (ensure-integer cui)
 430                           :lui (ensure-integer lui) :sui (ensure-integer sui)
 431                           :stt stt :str pfstr
 432                           :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui)
 433                                                (ensure-integer sui))
 434                           :lrl (ensure-integer lrl)))
 435        (query-string mrcon (cui lui sui stt lrl kpfstr) srl nil nil :lrl lrl
 436                      :distinct t
 437                      :order (sui asc))
 438        :database db)))
 439
 440 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 441   "Return the string associated with sui"
 442   (ensure-sui-integer sui)
 443   (collect-umlisp-query (mrcon (str) srl sui sui :lrl lrl :single t)
 444     str))
 445
 446 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 447   (ensure-sui-integer sui)
 448   (ensure-cui-integer cui)
 449   (collect-umlisp-query (mrso (sab code srl tty) srl kcuisui
 450                            (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 451       (make-instance 'uso :sab sab :code code :srl srl :tty tty)))
 452
 453 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 454   (ensure-cui-integer cui)
 455   (ensure-sui-integer sui)
 456   (collect-umlisp-query (mrcxt (sab code cxn cxl rnk cxs cui2 hcd rela xc)
 457                             srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl ksrl)
 458     (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 459                    :cxn (ensure-integer cxn) :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd
 460                    :rela rela :xc xc :rnk (ensure-integer rnk)
 461                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 462
 463 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 464   (ensure-cui-integer cui)
 465   (ensure-lui-integer lui)
 466   (ensure-sui-integer sui)
 467   (let ((ls "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where "))
 468     (cond
 469       (sui (string-append ls "KCUISUI="
 470                           (integer-string (make-cuisui cui sui) 14)))
 471       (lui (string-append ls "KCUILUI="
 472                           (integer-string (make-cuilui cui lui) 14)
 473                           " and sui=0"))
 474       (t (string-append ls "cui=" (prefixed-fixnum-string cui nil 7)
 475                         " and lui=0 and sui=0")))
 476     (when srl
 477       (string-append ls " and KSRL<=" (prefixed-fixnum-string srl nil 3)))
 478     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 479           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 480             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 481
 482 (defun find-usty-tui (tui)
 483   "Find usty for tui"
 484   (ensure-tui-integer tui)
 485   (collect-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui tui :single t)
 486     (make-instance 'usty :tui tui :sty sty)))
 487
 488 (defun find-usty-sty (sty)
 489   "Find usty for a sty"
 490   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 491     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 492
 493 (defun find-usty-all ()
 494   "Return list of usty's for all semantic types"
 495   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 496     (find-usty-tui tui)))
 497
 498 (defun find-usab-all ()
 499   "Find usab for a key"
 500   (collect-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta
 501                                   rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat
 502                                   cenc curver sabin) nil nil nil)
 503     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 504                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 505                    :sf sf :sver sver :mstart mstart :mend mend :imeta imeta
 506                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc  :srl (ensure-integer srl)
 507                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 508                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 509                    :curver curver :sabin sabin)))
 510
 511 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 512   "Find usab for a key"
 513   (collect-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart
 514                                     mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty
 515                                     ttyl atnl lat cenc curver sabin)
 516                                   nil key-name key :single t)
 517     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 518                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 519                    :sf sf :sver sver :mstart mstart :mend mend :imeta imeta
 520                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc :srl (ensure-integer srl)
 521                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 522                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 523                    :curver curver :sabin sabin)))
 524
 525 (defun find-usab-rsab (rsab)
 526   "Find usab for rsab"
 527   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 528
 529 (defun find-usab-vsab (vsab)
 530   "Find usab for vsab"
 531   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 532
 533 (defun find-cui-max ()
 534   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 535
 536 ;;;; Cross table find functions
 537
 538 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 539   "Find list of ucon for tui"
 540   (ensure-tui-integer tui)
 541   (collect-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui tui :lrl klrl :order (cui asc))
 542     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 543
 544 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 545   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 546   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 547                                      :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 548     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 549
 550 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 551   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 552   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 553                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 554     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 555
 556 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 557   "Return list of ustrs that match word"
 558   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 559                                :order (cui asc sui asc))
 560     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 561
 562 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 563   "Return list of ustrs that match word"
 564   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 565                                  :order (cui asc sui asc))
 566     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 567
 568 (defun find-uterm-word (word &key (srl *current-srl*))
 569   "Return list of uterms that match word"
 570   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui lui) srl wd word :lrl klrl
 571                                :order (cui asc lui asc))
 572     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 573
 574 (defun find-uterm-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 575   "Return list of uterms that match word"
 576   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui lui) srl nwd word :lrl klrl
 577                                  :order (cui asc lui asc))
 578     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 579
 580 (defun find-ucon-noneng-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 581   "Return list of ucons that match non-english word"
 582   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_noneng '(cui) srl 'wd word :like like
 583                                         :distinct t :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 584     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 585
 586 (defun find-ustr-noneng-word (word &key (srl *current-srl*))
 587   "Return list of ustrs that match non-english word"
 588   (collect-umlisp-query (mrxw_noneng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 589                                   :order (cui asc sui asc))
 590     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 591
 592 ;; Special tables
 593
 594 (defun find-usrl-all ()
 595   (collect-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 596     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 597
 598 ;;; Multiword lookup and score functions
 599
 600 (defun find-uobj-multiword (str obj-lookup-fun sort-fun key srl
 601                             only-exact-if-match)
 602   (let ((uobjs '()))
 603     (dolist (word (delimited-string-to-list str #\space))
 604       (setq uobjs (append uobjs (funcall obj-lookup-fun word :srl srl))))
 605     (let ((sorted
 606            (funcall sort-fun str
 607                     (delete-duplicates uobjs :test #'= :key key))))
 608       (if (and (plusp (length sorted))
 609                only-exact-if-match
 610                (multiword-match str (pfstr (first sorted))))
 611           (first sorted)
 612         sorted))))
 613
 614 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 615                                      (only-exact-if-match t))
 616   (find-uobj-multiword str #'find-ucon-word #'sort-score-pfstr-str
 617                        #'cui srl only-exact-if-match))
 618
 619 (defun find-uterm-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 620                                       (only-exact-if-match t))
 621   (find-uobj-multiword str #'find-uterm-word #'sort-score-pfstr-str
 622                        #'lui srl only-exact-if-match))
 623
 624 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 625                                      (only-exact-if-match t))
 626   (find-uobj-multiword str #'find-ustr-word #'sort-score-ustr-str
 627                        #'sui srl only-exact-if-match))
 628
 629 (defun sort-score-pfstr-str (str uobjs)
 630   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 631   (sort-score-umlsclass-str uobjs str #'pfstr))
 632
 633 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 634   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 635   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 636
 637 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 638   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 639   (let ((scored '()))
 640     (dolist (obj objs)
 641       (push (list obj (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 642        scored))
 643     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 644
 645
 646 ;;; LEX SQL functions
 647
 648 (defun find-lexterm-eui (eui)
 649   (ensure-eui-integer eui)
 650   (collect-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 651     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 652
 653 (defun find-lexterm-word (wrd)
 654   (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 655     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 656                    :wrd (copy-seq wrd))))
 657
 658 ;; LEX SQL Read functions
 659
 660 (defun find-labr-eui (eui)
 661   (ensure-eui-integer eui)
 662   (collect-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 663     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 664                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 665
 666 (defun find-labr-bas (bas)
 667   (collect-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 668     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 669                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 670
 671 (defun find-lagr-eui (eui)
 672   (ensure-eui-integer eui)
 673   (collect-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 674     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 675                    :cit cit :bas bas)))
 676
 677 (defun find-lcmp-eui (eui)
 678   (ensure-eui-integer eui)
 679   (collect-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 680     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 681
 682 (defun find-lmod-eui (eui)
 683   (ensure-eui-integer eui)
 684   (collect-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
 685     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 686
 687 (defun find-lnom-eui (eui)
 688   (ensure-eui-integer eui)
 689   (collect-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
 690     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 691                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 692
 693 (defun find-lprn-eui (eui)
 694   (ensure-eui-integer eui)
 695   (collect-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
 696     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 697                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 698
 699 (defun find-lprp-eui (eui)
 700   (ensure-eui-integer eui)
 701   (collect-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
 702     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 703
 704 (defun find-lspl-eui (eui)
 705   (ensure-eui-integer eui)
 706   (collect-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
 707     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 708
 709 (defun find-ltrm-eui (eui)
 710   (ensure-eui-integer eui)
 711   (collect-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
 712     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 713
 714 (defun find-ltyp-eui (eui)
 715   (ensure-eui-integer eui)
 716   (collect-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
 717     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 718
 719 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 720   (make-instance 'lwd :wrd
 721                  :euilist (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 722                             (ensure-integer eui))))
 723
 724 ;;; Semantic Network SQL access functions
 725
 726 (defun find-sdef-ui (ui)
 727   (collect-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 728                             nil ui ui :single t)
 729     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 730                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 731
 732 (defun find-sstre1-ui (ui)
 733   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
 734     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 735                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 736
 737 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 738   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
 739     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 740                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 741
 742 (defun find-sstr-rl (rl)
 743   (collect-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
 744     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 745
 746 (defun find-sstre2-sty (sty)
 747   (collect-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
 748     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 749
 750 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 751   (collect-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
 752     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 753
 754
 755 ;;; **************************
 756 ;;; Local Classes
 757 ;;; **************************
 758
 759
 760 (defun make-ustats ()
 761   (with-sql-connection (conn)
 762     (sql-execute "drop table if exists USTATS" conn)
 763     (sql-execute "create table USTATS (NAME varchar(160), COUNT bigint, SRL integer)" conn)
 764
 765     (dotimes (srl 4)
 766       (insert-ustats-count conn "Concept Count" "MRCON" "distinct CUI" "KCUILRL" srl)
 767       (insert-ustats-count conn "Term Count" "MRCON" "distinct KCUILUI" "KCUILRL" srl)
 768       (insert-ustats-count conn "Distinct Term Count" "MRCON" "distinct LUI" "KLUILRL" srl)
 769       (insert-ustats-count conn "String Count" "MRCON" "*" "LRL" srl)
 770       (insert-ustats-count conn "Distinct String Count" "MRCON" "distinct SUI" "LRL" srl)
 771       (insert-ustats-count conn "Associated Expression Count" "MRATX" "*" "KSRL" srl)
 772       (insert-ustats-count conn "Context Count" "MRCXT" "*" "KSRL" srl)
 773       (insert-ustats-count conn "Co-occuring Concept Count" "MRCOC" "*" "KLRL" srl)
 774       (insert-ustats-count conn "Definition Count" "MRDEF" "*" "KSRL" srl)
 775       (insert-ustats-count conn "Locator Count" "MRLO" "*" "KLRL" srl)
 776       (insert-ustats-count conn "Rank Count" "MRRANK" "*" "KSRL" srl)
 777       (insert-ustats-count conn "Relationship Count" "MRREL" "*" "KSRL" srl)
 778       (insert-ustats-count conn "Semantic Type Count" "MRSTY" "*" "KLRL" srl)
 779       (insert-ustats-count conn "Simple Attribute Count" "MRSAT" "*" "KSRL" srl)
 780       (insert-ustats-count conn "Source Count" "MRSO" "*" "SRL" srl)
 781       (insert-ustats-count conn "Word Index Count" "MRXW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 782       (insert-ustats-count conn "Normalized Word Index Count" "MRXNW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 783       (insert-ustats-count conn "Normalized String Index Count" "MRXNS_ENG" "*" "KLRL" srl)
 784       (insert-ustats-count conn "Bonus Attribute Name Count" "BONUS_ATN" "*" nil srl)
 785       (insert-ustats-count conn "Bonus Relationship Count" "BONUS_REL" "*" nil srl)
 786       (insert-ustats-count conn "Bonus Source Abbreviation Count" "BONUS_SAB" "*" nil srl)
 787       (insert-ustats-count conn "Bonus Term Type Count" "BONUS_TTY" "*" nil srl))
 788     (sql-execute "create index USTATS_SRL on USTATS (SRL)" conn))
 789   (find-ustats-all))
 790
 791 (defun insert-ustats-count (conn name table count-variable srl-control srl)
 792   (insert-ustats conn name (find-count-table conn table srl count-variable srl-control) srl))
 793
 794 (defun find-count-table (conn table srl count-variable srl-control)
 795   (cond
 796    ((stringp srl-control)
 797     (ensure-integer
 798      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a where ~a <= ~d"
 799                               count-variable table srl-control srl)
 800                       conn))))
 801    ((null srl-control)
 802     (ensure-integer
 803      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a"
 804                               count-variable table )
 805                       conn))))
 806    (t
 807     (error "Unknown srl-control")
 808     0)))
 809
 810 (defun insert-ustats (conn name count srl)
 811   (sql-execute (format nil "insert into USTATS (name,count,srl) values ('~a',~d,~d)"
 812                        name count (if srl srl 3))
 813                conn))
 814
 815 (defun find-ustats-all (&key (srl *current-srl*))
 816   (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil srl srl
 817                                    :order (name asc))
 818    (make-instance 'ustats :name name :hits (ensure-integer count)
 819                   :srl (ensure-integer srl))))
 820
 821 (defun find-ustats-srl (srl)
 822   (collect-umlisp-query (ustats (name count) nil srl srl :order (name asc))
 823                            (make-instance 'ustats :name name :hits (ensure-integer count))))
 824
 825
 826
 827 (defun find-bsab-sab (sab)
 828  (collect-umlisp-query (bonus_sab (name count) nil sab sab :single t)
 829      (make-instance 'bsab :sab sab :name name :hits (ensure-integer count))))
 830
 831 (defun find-bsab-all ()
 832  (collect-umlisp-query (bonus_sab (sab name count) nil nil nil :order (sab asc))
 833      (make-instance 'bsab :sab sab :name name :hits (ensure-integer count))))
 834
 835 (defun find-btty-tty (tty)
 836  (collect-umlisp-query (bonus_tty (name count) nil tty tty :single t)
 837      (make-instance 'btty :tty tty :name name :hits (ensure-integer count))))
 838
 839 (defun find-btty-all ()
 840  (collect-umlisp-query (bonus_tty (tty name count) nil nil nil :order (tty asc))
 841   (make-instance 'btty :tty tty :name name :hits (ensure-integer count))))
 842
 843 (defun find-brel-rel (rel)
 844   (collect-umlisp-query (bonus_rel (sab sl rel rela count) nil rel rel)
 845     (make-instance 'brel :sab sab :sl sl :rel rel :rela rela
 846                     :hits (ensure-integer count))))